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APC1 U.T.

1 El laboratorio de biología molecular y citogenética BMC

U.T. 1 EL LABORATORIO DE BIOLOGÍA MOLECULAR Y CITOGENÉTICA

1. Biología molecular y citogenética

Conceptos:

Biología molecular: Parte de la biología que estudia la composición, estructura y función de


las moléculas biológicamente importantes, así como de los procesos en los que están
implicadas.

Proteína: PROTEÓMICA (el estudio de proteínas).

Ácidos nucleicos: GENÓMICA (aquí se ubican los laboratorios de biología molecular


propiamente dichos).

Citogenética: Parte de la genética que estudia la estructura, función y comportamiento de


los cromosomas en metafase. La citogenética es el estudio de los cromosomas y de las
enfermedades relacionadas, causadas por un número o una estructura anómalos de los
cromosomas.

La Citogenética Molecular combina técnicas de Citogenética Convencional con Técnicas de


Biología Molecular permitiendo la detección de alteraciones cromosómicas numéricas y/o
estructurales submicroscópicas, responsables de diferentes patologías de origen genético
imposibles de diagnosticar con las Técnicas de Citogenética Convencional.

La Unidad de Genética, Aúna en un mismo espacio:

- Laboratorio de BIOLOGÍA MOLECULAR


- Laboratorio de CITOGENÉTICA

En ella se realizan todos estudios tanto de BM como de CG, aún constituyendo una unidad,
los laboratorios pueden ser independientes.

Características comunes en el laboratorio de biología molecular y en el laboratorio de


citogenética:

- Se realizan técnicas de alta complejidad.


- Equipamiento especializado y costoso.
- Elevado riesgo de contaminación
- Infraestructura en dos áreas perfectamente separadas: “área de sucio” y “área de
limpio”
- Flujo de trabajo unidireccional.

2. El laboratorio de biología molecular


- EQUIPAMIENTO
- ESTRUCTURA DEL LABORATORIO
- FLUJO DE TRABAJO
- CONDICIONES DE TRABAJO
- USO EFICIENTE DE LOS RECURSOS

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La técnica básica que se lleva a cabo en un laboratorio de biología molecular es la reacción


en cadena de la polimerasa (PCR). Técnica in vitro de amplificación de ADN que permite
obtener millones de copias iguales de un fragmento concreto de ADN, partiendo de una
cantidad mínima de ADN molde.

EQUIPAMIENTO:

– Específico es el que permite realizar las técnicas exclusivas de este tipo de


laboratorio (PCR).

– Genérico, material y aparatos de uso general en cualquier laboratorio clínico.

Equipamiento específico:

- Termociclador
- Equipo de electroforesis
- Documentador de geles
- Aparatos automáticos: para extracción de ácidos nucleicos, secuenciadores de
fragmentos

TERMOCICLADOR:

Aparato en el que se lleva a cabo la PCR. Permite realizar secuencialmente un número


elevado de ciclos repetitivos programables con temperaturas diferentes y distintos
tiempos de incubación, controlados por un microprocesador. CADA CICLO SUPONE UNA
AMPLIFICACIÓN EN EL NÚMERO DE COPIAS DEL FRAGMENTO DE ADN QUE
QUEREMOS ESTUDIAR.

TERMOCICLADOR RT (REAL TIME):

Incorpora un sistema de irradiación láser y un detector de fluorescencia. Permite detectar


la síntesis de productos de amplificación a tiempo real. Permite, además, variar las
temperaturas y los tiempos de incubación en cada ciclo.

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Partes del termociclador:

- BLOQUE INCUBADOR. Es un soporte metálico con múltiples pocillos para colocar


los tubos de reacción de PCR. Capaz de mantener de manera homogénea
temperatura y tiempos programados para cada fase y en cada uno de los ciclos
(entre 4-96ºC).
- TAPA DEL BLOQUE INCUBADOR. Tapa termostatizada a 102-105ºC, contacta
directamente con la tapa de los tubos evitando la evaporación del agua y
concentración de los reactivos por efecto del calor.

EQUIPO DE ELECTROFORESIS:

El laboratorio de biología molecular precisa de un equipo específico de electroforesis en


gel. La electroforesis es una técnica separativa que permite obtener separadas sustancias
contenidas en una mezcla. El fundamento de la técnica es la diferente migración de las
mismas cuando son sometidas a la acción de un campo eléctrico sobre un soporte adecuado.

Variables de la migración:

- Carga
- TAMAÑO
- Forma de las distintas sustancias a separar

Según el tipo de soporte utilizado y el pH del ensayo, priman unas variables sobre las otras.

Toda técnica de electroforesis va a suponer el empleo de:

- Una fase fija (el soporte)


- Una fase móvil (solución tampón de pH conocido en el que está disuelta la mezcla)
- Un campo eléctrico establecido entre los extremos del soporte

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Las bandas de separación obtenidas son incoloras debiéndose realizar un posterior revelado
de las mismas para su identificación.

En el laboratorio de biología molecular se precisa de un equipo específico de electroforesis


en gel para:

- Separar moléculas de ácidos nucleicos de distintos tamaños


- Analizar los productos amplificados en una PCR
- Purificar y obtener fragmentos de tamaños concretos de ADN.

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La matriz que se utiliza para la electroforesis en gel de ácidos nucleicos puede ser:

- Geles de agarosa (entre 0,5% -2%) para separar fragmentos de mayor tamaño;
permiten electroforesis rápidas pero con resolución limitada.
- Geles de poliacrilamida para separar moléculas de menor tamaño con mayor poder
de resolución.

Elementos del equipo de electroforesis en gel:

- Soporte plástico “cama”, para solidificar el gel.


- Cubeta de electroforesis:
o Soporte central para la cama con el gel.
o Zonas de depósito de tampón de electroforesis en los extremos.
o Electrodos positivo y negativo en cada extremo.
- Fuente de alimentación. Suministra corriente eléctrica continua a la cubeta.

Cubeta de electroforesis y generador de corriente

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DOCUMENTADOR DE GELES

Equipo que permite visualizar las bandas de ácidos nucleicos en el gel después de la
electroforesis y obtener una fotografía de él. Consta de:

- Transiluminador: Fuente de luz U.V. (245-360 nm) por debajo de superficie


transparente donde se coloca el gel.
- Cámara fotográfica o sistema de captación. En la parte superior de la cámara
oscura.

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Equipamiento genérico del laboratorio de biología molecular y citogenética:

El equipamiento genérico es común con otro tipo de laboratorio.

CABINA DE BIOSEGURIDAD. Se deben utilizar cabinas de clase II:

- Protegen al técnico, al material con el que trabaja y al medio ambiente


- Imprescindibles para trabajar con ARN (el ARN se degrada rápidamente por
ARNasas que están presentes en todas partes)
- Imprescindibles para trabajar con cultivos celulares.

SISTEMA DE PURIFICACIÓN DE AGUA.

Se requiere un suministro estable de agua purificada tipo II y agua ultrapura tipo I.

ESPECTROFOTÓMETRO

Para la medida de la concentración de ácido nucleico de una muestra y de su pureza


mediante el registro de absorbancias.

MICROSCOPIO DE LUZ TRANSMITIDA Y FLUORESCENCIA

Para poder observar e interpretar las técnicas de hibridación in situ.

AUTOCLAVE

Permite esterilizar material y medios por calor húmedo.

INCUBADOR O ESTUFA

Permite cultivar bacterias (estufa cultivo microbiológico) y células (incubador de CO2).

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Baños termostatizados.

Placas calefactoras.

Centrífugas y microcentrífugas.

Neveras y congeladores.

Otros: balanzas, vortex…

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La estructura del laboratorio:

La técnica PCR implica:

- Preparación de reactivos
- Extracción y purificación de ADN de una muestra biológica.
- Reacción de amplificación
- Análisis de los productos de la reacción mediante electroforesis y documentación
en gel.

Se necesitan Cuatro salas independientes:

- Sala de preparación de reactivos (área limpia).


o Cabina de bioseguridad
o Presión positiva
- Sala de preparación de muestras y extracción de ADN (área sucia).
o Cabina,
o Espectrofotómetro
o Presión negativa.
- Sala de PCR.
o Termocicladores y espacios de trabajo para añadir las muestras de ADN a la
mezcla de reacción.
- Sala de post-PCR.
o Equipos de electroforesis y documentación de gel.
o Presión negativa y recomendable sala oscura
o Microscopio de fluorescencia.

Puede requerirse una sala “limpia” adicional para cultivos celulares y otra “sucia” para los
secuenciadores.

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Flujo de trabajo en el laboratorio:

El gran problema de la PCR: CONTAMINACIÓN POR ADN exógeno. El flujo de trabajo y


de las muestras debe ser siempre unidireccional, desde las áreas limpias hacia las sucias, en
el sentido único hacia delante:

pre-PCR PCR post-PCR

Cada área debe disponer de sus propios EPI, material y aparatos.

Condiciones de trabajo:

La contaminación de la muestra es la introducción accidental en la muestra de material


exógeno que altera su pureza.

Es causa de errores en los resultados. Los contaminantes más peligrosos:

- Ácidos nucleicos extraños.


- Enzimas que degradan ácidos nucleicos (nucleasas).

Fuentes de contaminación:

- Contaminación cruzada
o Material no amplificado del medio ambiente (aerosoles)
o Contaminantes procedentes del personal técnico (células de descamación).
o Contaminantes de las superficies de trabajo.
- Contaminación por productos amplificados anteriormente por la PCR (carryover)
- Contaminación de los reactivos comerciales y del material fungible, que viene
estéril pero no libre de ADN ni nucleasas.

Normas de manipulación de materiales y reactivos:

Hay que intentar anular o prevenir las fuentes de contaminación:

1. Separación física de las áreas de trabajo

2. Flujo unidireccional de trabajo

3. Utilizar material libre de nucleasas

4. Control exhaustivo de los reactivos.

5. Controles negativos en todas las técnicas

6. Condiciones asépticas en los hábitos de trabajo

Técnica aséptica:

Es el conjunto de actividades encaminadas a prevenir la contaminación por


microorganismos, ácidos nucleicos y nucleasas. Los objetivos de las medidas de prevención
de la contaminación son:

a) Prevenir la contaminación de la muestra.

b) Prevenir la contaminación del trabajador.

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Actividades de la técnica aséptica:

1. Lavado de manos. Norma higiénica básica.

2. Uso de EPI (equipo de protección individual): Guantes, batas, mascarillas.

3. Centrifugación rápida de Eppendorf antes de abrirlos.

4. Descontaminación de superficies: métodos físicos (UV), químicos (hipoclorito sódico


10%), descontaminantes comerciales (DNAzap, DNAremover, DNAaway)

5. Prevención de contaminación ambiental

- Cabinas de bioseguridad de clase II.


- Puntas de micropipeta especiales ( con filtro o con desplazamiento positivo).

6. Prevención de carryover: la contaminación con cantidades muy pequeñas de


productos amplificados da falsos positivos.

HAY QUE RESPETAR EL FLUJO UNIDIRECCIONAL

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Uso de recursos:

El uso eficiente de los recursos debería contemplar los siguientes puntos mínimos:

- Equipamiento e infraestructuras: Plan de mantenimiento y revisiones técnicas.


- Reactivos. Trazabilidad de los reactivos (desde su consumo hasta eliminación)
- Recursos humanos. Formación del personal en materia de seguridad y gestión de
recursos.
- Técnicas: uso de procedimientos normalizados de trabajo.
- Gestión medioambiental. Código de buenas prácticas en cuanto:
o al consumo de agua y electricidad
o Implantación de sistemas de reciclado y gestión de los residuos

3. LABORATORIO DE CITOGENÉTICA Y CULTIVOS CELULARES

Laboratorio de cultivos celulares: Laboratorio dedicado a la propagación o crecimiento de


células eucarióticas de organismos pluricelulares en medios de cultivo artificiales en
condiciones controladas.

Laboratorio de citogenética: Laboratorio para el


estudio de cromosomas metafásicos de especies
eucarióticas.

- Punto de vista morfológico: Cariotipo


- Punto de vista molecular: Citogenética
molecular

Ambos tipos de laboratorio comparten también su


principal problema, la contaminación de los cultivos
por microorganismos.

Los microorganismos tienen una velocidad de crecimiento en cultivo muy superior a la de las
células eucarióticas y provocan la muerte del cultivo en poco tiempo.

EQUIPAMIENTO

ESTRUCTURA DEL LABORATORIO

CONDICIONES DE TRABAJO: TÉCNICA ASÉPTICA

Equipamiento:

Equipamiento específico para cultivos celulares.

- Cabina de seguridad biológica de clase II


- Incubador de CO2
- Microscopio invertido
- Equipo de criogenia

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Equipamiento específico para citogenética

- Equipo de análisis de imagen


o Microscopio óptico convencional
o Cámara digital
o Software específico
- Microscopio óptico convencional y de fluorescencia (distinto al del análisis de
imagen).

• Equipamiento común a los dos laboratorios

En la sala de cultivos (limpia):

1. Sistema de aire filtrado , con presión positiva

2. Cabina de flujo laminar de clase II (bioseguridad).

3. Incubadores

4. Microscopio invertido

En la sala de laboratorio convencional (sucia):

1. Todo el equipamiento para extensiones, tinciones, cariotipos,


citogenética, etc.

En la sala de frío:

1. Congeladores

2. Equipo de criogenia

CABINA DE FLUJO LAMINAR DE CLASE II

Infraestructura en el interior de la cual se realizan todos los procesos y manipulaciones de


cultivos celulares:

- Preparación de medios
- Siembra de cultivos
- Cambios de medio
- Subcultivos

Elementos de la cabina de flujo laminar de clase II:

- Panel frontal transparente. Mantiene estabilidad del flujo laminar en el interior.


- Rejilla frontal. Genera una corriente entrante de aire.
- Sistema mecánico. Impulsa el aire entrante y el aire recircularizado hacia la parte
superior.
- Filtro HEPA de gran superficie. Forma el techo de la cabina.
- Segundo filtro HEPA. Más pequeño y por encima del anterior filtra el aire que se
elimina al exterior.

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INCUBADOR DE CO2

El incubador de CO2 es el aparato que proporciona las condiciones ambientales óptimas


para el crecimiento de las células en el medio de cultivo.

Incubador roller: para incubar cultivos de células que sólo crecen en monocapa de botellas
especiales cilíndricas con gran superficie de adhesión.Un sistema de rotación hace que las
botellas de cultivo roten y las células crezcan en toda la superficie.

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Elementos del incubador:

- Control de temperatura (fija y mantiene la Tª óptima para el cultivo)


- Recircularización del aire interior (homogeiniza la temperatura)
- Control de CO2 ( Mezcla el CO2 suministrado con aire en proporción 4-7% y lo
inyecta en el interior del incubador)
- Control de humedad (inyecta agua estéril)

MICROSCOPIO INVERTIDO

Tiene invertida la posición de la fuente de luz y el revólver de objetivos respecto al


microscopio convencional. Si tiene sistema de contraste de fases se visualizaran mejor las
células en crecimiento, ya que son estructuras vivas, transparentes y sin tinción.

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EQUIPO DE CRIOGENIA

Permite conservar a largo plazo muestras de células y líneas celulares en forma viable.
Consta de un tanque o depósito de nitrógeno líquido. Es imprescindible para el laboratorio
de cultivos celulares.

Equipamiento específico para citogenética

EQUIPO DE ANÁLISIS DE IMAGEN

Para documentar y analizar metafases con el objetivo de obtener un cariotipo.

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Elementos del equipo de análisis de imagen:

- Microscopio óptico convencional. Para visualizar cromosomas en metafase.


- Cámara digital. Para obtener imágenes de las metafases y posteriormente
analizarlas.
- Software específico. Para analizar las metafases, permitiendo su reconocimiento
con base en el patrón de bandas y su emparejamiento para obtener el cariotipo.
- Microscopio óptico convencional y de fluorescencia. Para recuentos celulares,
estudios de viabilidad y morfología, visualización de hibridación in situ
fluorescente,…

Otro equipamiento común

EQUIPO DE ESTERILIZACIÓN.

- Autoclave , para esterilizar material.


- Sistema de filtración ( filtros 0,22 µm) para soluciones.

SISTEMA DE PURIFICACIÓN DE AGUA.

- Se necesita agua purificada para preparar reactivos


- Ultrapura, estéril y libre de pirógenos para medios de cultivo

NEVERAS Y CONGELADORES (-20ºC Y -80ºC). Para conservar muestras y reactivos.

OTROS EQUIPAMIENTOS. Centrífugas, pHmetros, vórtex, agitadores, placas


calefactoras, pipeteadores automáticos…

Autoclaves

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Centrífugas

pHmetro

Baño termostatizado

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Vórtex

Horno

Balanza de precisión

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Frigorífico

Dosificador

Micropipetas

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Tubos eppendorf

Frascos de cultivo y placas Petri

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Placas de microtitulación y tubos Falcon

Estructura del laboratorio:

Debe estructurarse en tres salas:

- Sala de cultivos (limpia). Dotada de sistema de suministro de aire filtrado y ligera


presión positiva.
- Sala de laboratorio convencional (sucia). Se realizan procedimientos relacionados
con la preparación de extensiones, tinciones, cariotipos, citogenética
molecular,…Puede tener zona oscura para el microscopio de fluorescencia.
- Sala de frío. Está separada de la sala de cultivos. Tiene los congeladores y equipo
de criogenia. Sería ideal que toda la sala fuera una cámara frigorífica.

Condiciones de trabajo

Los hábitos de trabajo deben estar condicionados totalmente por la prevención de la


contaminación.

TÉCNICA ASÉPTICA

En la sala de cultivos los hábitos de trabajo se ajustan a una estricta técnica aséptica.
Todas las manipulaciones se realizan dentro de la cabina de flujo de laminar.

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Normas en la cabina de flujo laminar:

- Lavado de manos
- Uso de guantes y de bata desechables estériles
- Puerta cerrada
- Uso exclusivo de material y reactivos
- No introducir mecheros Bünsen en las cabinas (altera el flujo laminar)
- Introducir en la cabina sólo el material a utilizar
- No sacar el material estéril hasta el momento de su uso, evitando tocar superficies.
- El material usado reutilizable de vidrio se colocara en solución de hipoclorito 10%
- El material fungible se deposita en contenedores adecuados para material
contaminado.
- Restringir acceso a la sala de cultivos exclusivamente al personal.
- Limpieza de las cabinas con etanol al 70% o desinfectante comercial
- En cabinas con lámpara UV se puede conectar después de la limpieza, un máximo de
30 min.
- Realizar mantenimiento programado de cabinas (min anual) que incluya filtro HEPA
- Limpieza y desinfección de superficies con etanol al 70% o desinfectantes
apropiados.

4. Seguridad en el laboratorio

Prevención de la exposición del personal a agentes nocivos y a impedir la liberación de


éstos al exterior.

La seguridad puede ser:

- Biológica o bioseguridad. Prevención ante agentes patógenos y toxinas.


- Química. Prevención ante la exposición a agentes químicos.

Bioseguridad, la bioseguridad engloba todas las normas, técnicas, prácticas y hábitos de


trabajo que intentan evitar la exposición accidental (no intencionada) del personal a
agentes biológicos potencialmente peligrosos (patógenos y toxinas) o su liberación al
medio ambiente.

Para la prevención de riesgos biológicos la legislación establece las llamadas actividades


de confinamiento

Se clasifican en 4 tipos en función del riesgo para el ser humano y el medio ambiente:

Tipo 1: Riesgo nulo o insignificante

Tipo 2: Riesgo bajo(lab. Cultivos y citogenética)

Tipo 3: Riesgo moderado.

Tipo 4: Riesgo alto.

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Seguridad química

Buenas prácticas en seguridad química:

1. Prevenir la exposición del personal (cutánea, inhalación o ingestión)

2. Almacenamiento seguro

3. Gestión eficiente de residuos

Medidas genéricas:

1. Utilización de los EPI

2. Prohibido pipetear con la boca

3. Manipular productos volátiles en el interior de las campanas de aspiración de gases.

4. Manipulación de productos inflamables lejos de llamas y fuentes de calor.

5. Correcto etiquetados de todos los envases de agentes químicos.

6. Almacenamiento en armarios adaptados y respetando las incompatibilidades.

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Listado y clasificación de sustancias peligrosas en los laboratorios de biología molecular y


citogenética:

A. Inflamables (alcoholes).

B. Tóxicos y muy tóxicos (acrilamida, azida sódica, bromuro de etidio,


diaminobencidina DAB, formamida, tetrametil urea).

C. Carcinógenos (acrilamida grado 2 , DAB, formaldehído grado 1)

D. Mutágenos (acrilamida grado 2, bromuro de etidio grado 3)

E. Teratógenos y/o perjudiciales para la fertilidad (acrilamida grado 3, formamida


grado 2, tetrametil urea grado 1)

Equipamiento y normas de seguridad

EQUIPAMIENTO, INSTALACIONES Y DISTRIBUCIÓN

• Deben disponer de instalaciones de emergencias señalizadas.

• Deben estar dotados con los EPI

• Deben tener instalaciones adecuadas para el almacenamiento de sustancias tóxicas


y peligrosas.

• Deben tener contenedores para la recogida selectiva y clasificación de los residuos.

• Deben disponer de kits para recogida de derrames.

• Deben contar con manual de seguridad y un plan de gestión de residuos.

Normas básicas para el personal

 Lavado frecuente de manos

 Utilización de EPI

 Uso de ropa de trabajo adecuada.

 Prohibición de pipetear con la boca.

 Recibir la formación adecuada para el manejo de aparatos.

 Conocer el plan de gestión de residuos y el manual de seguridad y cumplir las


normas.

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Manual de seguridad

El manual de seguridad es un documento de obligado cumplimiento de todo el personal del


laboratorio. La información que recoge:

1. Evaluación de los riesgos inherentes a cada puesto.

2. Descripción y normas de utilización del equipamiento

3. Hábitos de trabajo apropiados.

4. Normas de almacenamiento de productos químicos.

5. Normas de eliminación de desechos, residuos,derrames..

6. Normas de actuación en caso de emergencias, accidentes biológicos y accidentes


químicos.

Gestión de residuos

El plan de gestión de residuos tóxicos y peligrosos debe incluir medidas para la:

 recogida,

 clasificación y

 almacenamiento temporal de residuos hasta su recogida por una empresa gestora

Los grupos de residuos que distinguimos en los laboratorios de biología molecular y


citogenética son:

1. Residuos biosanitarios especiales.


- Objetos punzantes y cortantes que han estado en contacto con productos
biológicos
- Cultivos microbiológicos y su material contaminado
- Sangre en grandes cantidades
- Otros líquidos biológicos
2. Residuos químicos.
- Envases que han contenido residuos químicos
- Reactivos caducados o innecesariso
- EPI contaminados
- Filtros de las cabinas
- Derrames
3 Residuos citotóxicos
- Restos de productos carcinógenos, mutágenos y teratógenos.
- Envases que hayan contenido estos productos.
4- Residuos radiactivos
- Contenedores de residuos radiactivos sólidos
- Garrafas de residuos radiactivos líquidos

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Químicos Citotóxicos

DERRAMES

Es uno de los accidentes más comunes, la gestión de sus residuos implica tres pasos
principales:

 Neutralización

 Absorción :

• Serrín para no inflamables, no tóxicos, no corrosivos.

• Carbón activo para inflamables, tóxicos y corrosivos.

• Absorbentes-neutralizadores para derrames líquidos según indicaciones fabricante

• Celulosa para derrames pequeñas cantidades.

 Eliminación:

• Derrames de productos en polvos, se recogen evitando aerosoles y polvo en


suspensión.

• Derrames de productos volátiles tóxicos por inhalación, se recogen:

• Con celulosa y en envases herméticos

• Con celulosa en cabina hasta su evaporación y después se elimina como residuo


químico.

Actitud del personal frente a derrames:

 Restringir acceso

 Equipamiento adecuado con EPI

 Especial cuidado con líquidos inflamables y volátiles.

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