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Hemos descubierto una variedad de un vegetal, que aparentemente es capaz de crecer en

terrenos de elevada salinidad.

Estamos interesados en descifrar los mecanismos que confieren a esta variedad estas
capacidades extraordinarias, ya que permitiría la repoblación de ciertos terrenos desérticos.

En el laboratorio disponemos de un completo equipamiento de proteómica.

Describe qué técnicas de proteómica comparativa utilizarías para explicar el misterioso

mecanismo.

El proteoma es el conjunto de proteínas que se expresan en una células a lo largo de su vida. El

proteoma de una célula o un tejido puede variar en diferentes momentos.

Siempre partimos de una muestra inicial en este caso el tejido vegetal, realizamos la extracción
de proteínas según nuestro protocolo.

1. Rompemos el tejido e inhibimos sus células

2. Extracción de proteínas
3. Cuantificamos las proteínas usando el espectrofotómetro
4. Sabiendo las proteínas que hemos extraído, realizamos un fraccionamiento o una
separación de esta mezcla compleja de proteínas

Cada punto del gel da lugar a una proteína y nos da una idea de la complejidad de la muestra.

Mediante espectrofotometría de masas podemos identificar la proteína en concreto que nos

interesa haciendo Webster

Si tenemos pocas proteínas podemos llevarlos a una espectrofotómetro de masas podemos

identificar las proteínas con las que estamos trabajando

Para realizar una identificación de las proteínas podemos realizar una digestión de las
proteínas con tripsina que la corta las proteínas siempre por las misma secuencias y nos da los
mismos fragmentos y por lo tanto estos fragmentos se llaman huella peptídicas podemos
separarlos en un nanoLC, cada una de esas fragmentos de la cromatografía liquida lo ponemos
en TANDEM con un espectrómetro de masas que identifica los péptidos y se obtiene una
huella peptídica que la usamos para ir a la base de datos y podremos identificar la proteína
original.

Para identificar los péptidos existe una serie de combinaciones que nos puede dar la masa
carga, entonces nos da una lista de una serie de péptidos posibles que podría ser el nuestro,
ordenados de mayor a menor según su probabilidad. Con esta lista de péptidos hacemos una
comparación con el espectro teórico que tenemos en la base de datos de los cuales
conocemos las proteínas, sus péptidos, su huella peptídica, entonces obtenemos el péptido al
cual mas se parece este espectro.

Si identificamos 3,4 o 5 péptidos que se corresponden a una proteína podemos obtener la

huella peptídica de esa proteína e identificarla.

Podemos conocer que proteínas se encuentran en la muestra y cuales no podemos hacer una
comparativa con bases de datos y conocer que proteínas se encuentran en una muestra y
cuales no se encuentran en otra como por ejemplo que proteínas encontramos en esas plantas
que pueden vivir en condiciones de alta salinidad. Estos se pueden usar con los geles 2D,
superponerlos e intentar identificar que picos se encuentran en una muestra y cuales están
ausentes en la otra, a partir de aquí podemos secuenciarlos y llevarlo a un espectrofotómetro
de masas para determinar la proteína especifica que se encontraba en una muestra y estaba
ausente en la otra.

Mediante comparativa proteómica también podemos marcar cada una de las muestras con un
fluoróforo diferente por ejemplo una muestra de color rojo y otra verde los superponemos los
mezclamos y los corremos en el mismo gel. Los puntos que vemos de diferentes colores son
los que solo se encuentran en una de las muestras. Con estos puntos podemos ir a una base de
datos de geles e intentar identificar que proteínas son las de esos puntos.

Si conocemos cuales son las proteínas que se encuentran en las plantas que pueden crecer en
suelos salinos, podremos repoblar muchos terrenos con estas características.

Bibliografía

Casado,J. APROXIMACIÓN PROTEÓMICA AL ESTUDIO DE PODREDUMBRE APICAL.

Gerald,K. (7 edicion).(2019). Biología celular y molecular. (panamericana).