Genómica

Dr. Marco Adán Juárez Verdayes

Sonia Patricia Durón García

Ing. En Biotecnología

26 de agosto del 2020

Introducción a la genómica.
Para comenzar debemos definir que es la genómica: es una ciencia que se encarga de
estudiar todo el genoma de cada uno de los genes que se encuentran en un organismo, se
estudia la secuencia de un ADN completo.
Un genoma es todo nuestro ADN, todos los organismos poseen uno ya que en él se tiene
toda nuestra información genética. Ayuda a nuestro cuerpo a saber cómo desarrollarse y
como debe funcionar. Para comprender mejor este concepto debemos saber que el ADN es
una molécula que tiene forma de escalera retorcida es por eso que se le llama doble hélice,
esta se lee como un código el cual está conformado por 4 bases: adenina, guanina, citosina
y timina. El orden que se les vaya a dar a estas bases va a depender de la función que vayan
a desarrollar.
El ADN se divide en segmentos de diferentes tamaños, estos se llaman cromosomas y están
en todos los organismos, pero en diferente cantidad. Estos almacenan la información
genética de cada organismo y deben ser empacados para que puedan estar dentro de una
célula. Siempre vienen en pares y nosotros como humanos tenemos 46 cromosomas, es
decir, 23 pares. El contenido de una célula se debe dividir entre uno o más cromosomas.
Cada célula humana tiene dos copias de cada cromosoma, una es herencia de la madre y
la otra del padre. Estos cromosomas se llaman homólogos, los únicos que no son de esta
forma son los cromosomas sexuales.
Un gen es una pequeña parte del ADN el cual da órdenes a la célula para que codifique
proteínas para ciertas funciones en nuestro organismo. Los genes determinan diferencias
en nosotros como el color de cabello, de ojos, de piel, etc.
Si hay algún cambio o alguna mutación en uno o varios genes esto puede causar una
enfermedad genética (mutación en la secuencia de ADN). Una variante genética la podemos
observar cuando falta alguna de las bases (A, T, G, C) en la secuencia, esto da como
resultado una proteína dañada o inexistente, llegando a afectar nuestra salud y causando
enfermedades que son hereditarias.
Una prueba genética es una técnica que se realiza a partir de ADN, sus funciones cambian
según el tipo de prueba que se va a utilizar y estas pueden ser:

 Predictivas: ayudan a saber si un paciente tendrá una misma enfermedad que algún
familiar. Se deben realizar antes de que aparezca algún síntoma.
 Diagnóstica: se usan para detectar o eliminar sospechas de que el paciente tenga
alguna enfermedad genética.
 Farmacogenómicas: ayudan a saber la reacción que tendrá cierto paciente ante
algún medicamento.
  Reproductivas: ayudan a los pacientes que son padres o quieren serlo para que
puedan saber si tienen alguna posibilidad de que sus hijos hereden variantes
genéticas.
 Directas: se realizan a partir de una muestra de ADN, no necesariamente se debe
obtener en un laboratorio, es decir, puede ser con una muestra de saliva. Después
son llevadas a una compañía para así saber si hay parentesco con alguna persona o
si puede tener alguna enfermedad riesgosa.
 Forenses: se utilizan en situaciones en las que es necesario identificar algún
sospechoso de un crimen.
La secuenciación del ADN nos dice el orden en que irán los nucleótidos o bases que
formarán nuestro genoma. Esta se puede realizar por diferentes métodos y uno de ellos es
el método de Sanger el cual usa dideoxinucleótidos, la diferencia es que contienen un grupo
–H en el tercer carbón en vez de un –OH, los dideoxinucleótidos hacen que al querer unirse
un nucleótido termine la cadena ya que estos no pueden formar enlaces fosfodiester. Otro
método de secuenciación es la pirosecuenciación que se basa en la secuenciación por
síntesis, busca los pirofosfatos que se liberan de los nucleótidos y así hace miles de copias
de la secuencia.
A partir de estos métodos se desarrollaron diferentes tecnologías que han ayudado al
estudio de la genómica haciendo métodos más efectivos y que necesitan menor cantidad
de tiempo para realizarlos.
Para secuenciar el genoma completo del ADN se pueden usar dos métodos. En el primero
se deberán cortar fragmentos del ADN en piezas de aproximadamente 150Mb para estos
colocarlos en vectores de cromosomas artificiales de bacterias, también llamados BAC, se
replicarán y se almacenarán. Estos fragmentos de BAC se hacen más pequeños y cada uno
de estos clona un plásmido y se secuencian en las cadenas, este método es llamado BAC
por BAC.
El otro método es la secuenciación shotgun, el
ADN se corta en pequeños fragmentos al azar, los
cuales se leerán por medio del método de
terminación de cadena para que los BAC ya no
puedan pasar. Este proceso se repetirá varias
veces hasta que se forme toda una secuencia.
Un transcriptoma es la parte del ADN que codifica
proteínas, está conformado por moléculas de ARN
(mensajero, de transferencia y ribosomal). Secuenciación por shotgun
El transcriptoma es precursor del proteoma, que son todas las proteínas que están
presentes en los organismos. Los transcriptomas pueden estudiarse por medio de
secuenciación o microarreglos. Gracias a la tecnología ha sido posible estudiar la expresión
génica directa del ADN complementario, así se ha logrado descubrir nuevos genes en los
transcriptomas.
Otro concepto importante es la epigenética que estudia los cambios que pueden tener los
genes hereditarios, muchos de estos se deben al medio ambiente y es necesario saber esto
para conocer el funcionamiento de los genes en el organismo. Podemos observar esto en
los cultivos de vegetales y en la salud humana.
Para saber la relación que tienen los genes con el tipo tenemos a la genómica funcional la
cual trata de describir las funciones que hay entre los genes y las proteínas por medio de
técnicas básicas de la biología molecular. Los métodos usados en esta rama de la
genómica son el ARNi (ARN de interferencia), mutagénesis, espectrometría de masas, etc.
Las investigaciones se hacen en plantas, animales y humanos ya que son organismos que
dejan una herencia.
Otro método utilizado son los microrrays los cuales son miles de fragmentos
microscópicos de ADN (sonda) que se ponen en una superficie de cristal, aquí se medirá el
nivel de hibridación que hay entre la sonda y un target.
La espectrometría de masas tiene tres componentes: debe tener una fuente de iones, un
analizador de masas que se encargara de separar los iones por medio de un campo
electromagnético y por un último un detector.
Este método ha sido muy importante al momento de hacer estudios proteómicos a gran
escala. Son usadas técnicas de ionización como lo es la ionización por electropulverización
la cual se puede combinar con diferentes tipos de analizadores de masas. También
podemos realizar con este instrumento la identificación de proteínas completas.
Al hablar de organismos eucariotas sabemos que tienen por lo menos un cromosoma y sus
moléculas de ADN son lineales, y el número de cromosomas no está relacionado con las
características del organismo ni con el tamaño del genoma.
Las técnicas de mapeo físico demostraron que algunas especies de filos bacterianos tenían
cromosomas lineales. Un ejemplo es A. tumefaciens que tiene un genoma lineal y uno
circular. Por lo general un cromosoma bacteriano puede codificar del 80 al 90% de una
proteína.
El empaquetamiento del ADN se realiza por medio de proteínas de unión que son llamadas
histonas. Estas proteínas al interactuar entre ellas dan la fibra de 30nm la cual, es la
cromatina principal en la interfase. Al dividirse el núcleo el ADN se empaca de manera más
compacta así dando resultado a los cromosomas metafásicos, cada uno contiene dos copias
de su ADN.
 El ADN que se encuentra en los
centrómeros contiene características
especiales que forman el cinetocoro.
Los telómeros marcan los extremos de
los cromosomas. Un conjunto de
proteínas se une a los telómeros para
formar una estructura que los protege
de la degradación hecha por nucleasas, esta se llama shelterin.
Los eucariontes como lo son los hongos tienen genomas pequeños, pero en cambio los
vertebrados y plantas tienen genomas más grandes. Esto podría parecer lógico debido al
tamaño de estos organismos, pero al hablar del genoma de Saccharomyces cerevisiae
(levadura) hay algunos cambios. Su genoma es de 12,2Mb es por lo que se esperaría que
solo 82 genes codificaran para proteínas, pero no es así, 6692 genes son los que este
organismo codifica para proteínas. Esto nos da a entender que la densidad genética de la
levadura es mayor que la de los humanos, muy pocos genes de la levadura son discontinuos
y esto se debe a que su genoma es mucho más compacto que el de nosotros.
Los seres humanos contamos con un total de 20,441 genes que codifican proteínas y
algunos de estos genes codifican para más de una sola proteína, a esto se le llama empalmes
alternativos. El número de genes no es el número de proteínas que se van a codificar.
Los organismos eucariotas tienen en el mismo conjunto básico de genes, pero los
organismos más desarrollados tienen más genes en cada una de las diferentes categorías.
Uno de los métodos para clasificar genes es el GO (ontología génica) el cual los puede
clasificar por su función biológica, su función molecular, etc. Otra manera de clasificarlos es
según la estructura de cada proteína y en este método se tiene la ventaja de que se puede
utilizar en genes que sus funciones aún no se saben.
Las llamadas familias multigénicas son grupos de secuencias que son idénticas o similares.
Un ejemplo de esto es que la mayoría de los organismos eucariotas tiene varias copias de
los genes ARN ribosómicos.
Se le llama seudogen a la secuencia de nucleótidos que es parecida a un gen “real” pero no
codifica para un ARN o una proteína funcional. Hay casos en los que algún gen pierde su
función y este se va a transformar en un seudogen ya que su secuencia cambio o fue
mutada.
Los seudogenes pueden ser pseudogenes los cuales se transforman por que alguna parte
de la familia multigénica deja de funcionar. Esto no afecta al organismo ya que las demás
partes aún siguen funcionando. Un seudogen también puede surgir por procesos que no
implican mutación como lo es cuando hay una anormalidad en la expresión de uno de los
genes.
Al ADN satélite es llamado así ya que sus fragmentos tienen secuencias repetidas en tándem
y de esta manera se forman bandas satélites. Tiene largas series de repeticiones que pueden
llegar a medir hasta cientos de kb. En un genoma podemos encontrar diferentes tipos de
ADN satelital.
Se dice que las secuencias tándem han surgido por dos razones: ya sea que su secuencia
progenitora se expandiera por algún proceso de ADN recombinante o por un deslizamiento
en la replicación.
Al hablar sobre organismos procariotas estos se dividen en dos: bacterias y arqueas. En
cuanto el tamaño de los genes podemos decir que los organismos procariotas son más
cortos que los eucariotas, haciendo que los genomas bacterianos tengan un espacio más
reducido entre cada uno de sus genes. Se demostró que algunas bacterias han sufrido
degradación genómica, esto causa que su genoma se más pequeño, estas comenzaron
como organismos de vida libre, pero gracias a los cambios que tuvieron pasaron a ser
organismos patógenos simbiontes. Otros de los procesos que se han dado como explicación
para el tamaño de estos organismos son la mutación y la deriva genética.
Las bacterias que se consideran de vida libre tienen el genoma más grande que los otros
tipos de bacterias, pero no cuentan con una de pseudogenes. En cambio, las bacterias
patógenas tienen un genoma pequeño pero una cantidad de pseudogenes mayor.
Ahora si decimos que un elemento es transponible significa que su secuencia se puede
mover por el genoma y en ciertos casos trasladarse de un individuo a otro.
Hay algunos genomas procariotas que cuentas con algunas secuencias transponibles, dos
de estas clases son las siguientes:
- Secuencias palindrómicas extragénicas repetidas (REP), la mayoría son de 20 a 35 pb de
longitud y se producen de forma individual o también conjuntos. Muchas secuencias REP se
transcriben en moléculas de pequeño tamaño de ARN.
- Repeticiones palindrómicas cortas (CRISPRs) son 20-50 pb secuencias que se pueden
observar en conjuntos tándem, tienen una secuencia única.
Las secuencias repetidas transponibles y no transponibles que se encuentran en los
genomas procariotas ocupan menos del 1% de la secuencia del genoma, pero hay algunas
excepciones.
 Las secuencias transponibles y no
transponibles no ocupan gran cantidad del
genoma, casi siempre ocupan el 1% de este
pero claro hay algunas excepciones. Otra
característica de los genomas de los
organismos procariotas es que casi no tiene
intrones y los pocos intrones que tienen
pertenecen a un grupo que tiene a capacidad
eliminar las transcripciones de ARN sin la necesidad de proteínas catalíticas. A un grupo de
genes que están muy juntos entre si se les llama operón. Todos estos genes solo se expresan
con una sola unidad, un ejemplo de ello es E. Coli y su operón es la lactosa.

El tamaño del genoma y lo que se produce dentro del gen han dado origen al siguiente
termino: pangenoma y según este término el genoma se va a dividir en dos:

 Núcleo del genoma: todos los genes que tienen todos los miembros de una misma
especie.
 Genoma accesorio: es la colección de genes que están en diferentes cepas y asilados
de la especie.
El primer organismo pangenoma que fue descrito fue Streptococcus agalactiae. Ocho
aislados de S. agalactiae revelaron un pangenoma de 2700 genes, de estos genes solo
1800 eran parte del núcleo y los restantes eran parte del genoma accesorio.
El núcleo del genoma especifica actividades bioquímicas y celulares de la especie que se
está estudiando y el genoma accesorio nos dice como es la capacidad biológica de la
especie.
Los genes pueden moverse entre las bacterias por medio de un bacteriófago o también
pueden moverse por la captación de algún fragmento de ADN. A esto se le llama
transferencia lateral y al transferir un gen a otra bacteria este tendrá una secuencia muy
similar. Un ejemplo de esta transferencia es como los genes que resisten los antibióticos se
propagan por poblaciones bacterianas en hospitales, pero también pueden propagarse en
el medio ambiente.
Llamamos metagenómica al proceso por el cual a partir de secuencias de ADN de un
genoma de un hábitat (el mar, el suelo) El ADN aquí mismo se prepara ser analizado como
una muestra, sin necesidad de aislarlo en algún cultivo. De aquí saldrán una cantidad
enorme de genomas. Un ejemplo de esto es que de una muestra de agua de sargazo se
pudo obtener la secuencia de más de 1800 especies de las cuales una parte eran especies
nuevas. El objetivo de esto es clasificar los organismos presentes en ecosistemas como que
están en el cuerpo humano como lo es el tracto respiratorio y así poder identificar los
diferentes microorganismos que nos generan enfermedades.
La teoría endosimbiótica nos dice que las mitocondrias y los cloroplastos se originaron de
las bacterias de vida libre. Este descubrimiento se observó gracias a que algunas plantas en
su genoma se encontraban fragmentos de ADN y esto las hace capaces de poder transmitir
información genética
Antes se pensaba que todos los genomas eran ADN circulares, pero ahora gracias a la
tecnología (microscopia electrónica) sabemos que puede haber cierta variabilidad en
algunos organismos. Algunos genomas mitocondriales como en el caso de algunas
levaduras siempre van a ser lineales.
Al hablar de virus podemos decir que es la forma más simple de vida, algunos de ellos
pueden codificar sus propias enzimas, pero la gran mayoría toman estas del huésped para
poder realizar su replicación y transcripción.
Un bacteriófago está compuesto por proteínas y ácidos nucleicos. La proteína forma una
cápside que es donde se va a guardar estos ácidos nucleicos. Se puede decir que existen
alrededor de 109 bacteriófagos que habitan cada gramo del suelo, sin duda los virus tienen
el mayor número de organismos habitando en la tierra.
Podemos encontrar tres tipos de cápsides:
Icosaédrica, Filamentosa y de cabeza y
cola.
En el caso de una cápside icosaédrica tiene
forma geométrica tridimensional la cual
cubre a los ácidos nucleicos.
Las cápsides filamentosas los protomeros
forman una hélice y así la estructura será
en forma de varilla.
Y por último una cápside de cabeza y cola, tiene una cabeza en forma geométrica como si
fuera icosaédrica y una cola en forma de filamento. Esta es la estructura más común para
los bacteriófagos.
Siempre que hablemos de genomas de un fago se debe usar “ácidos nucleicos” para
referirse a este ya que hay casos en que no está hecho de ADN si no de ARN. Sus genomas
pueden medir desde 150kb hasta 1,6kb.
Pueden ser clasificados de dos maneras: líticos (estos fagos desde que inicia la infección
mata a la bacteria huésped en la que se encuentra) y lisogénicos (estos fagos pueden vivir
años en el huésped sin activarse).
Para poder infectar a la célula huésped, se deben adherir a la superficie externa todo por
medio de moléculas que se encuentran en este mismo lugar. La proteínas, glicoproteínas y
polisacáridos sirven como receptores por parte del huésped para que pueda suceder la
adhesión.
Hay dos tipos de retroelementos virales: los retrovirus quienes en sus cápsides tienen ARN
y los pararetrovirus quienes en su cápside tienen ADN.
Hay elementos que pueden transponerse dentro del genoma para ya no poder salir de la
célula. Se transponen a través de un intermedio del ARN llamado retrotransposición, y en
el caso de los transposones de ADN no necesitan ningún intermediario de ARN para
realizar su ruta.
Hay varios tipos de transposones, pero los más importantes (Adicionados a E. coli) son:

 Unitarios o de tipo Tn3, se transponen replicativamente.

 Los fagos transponibles, estos son virus que se transponen como parte de su ciclo
de infección.
Se puede decir que el 3.7% del genoma humano contiene
transposones de diferentes tipos, pero, la gran mayoría se
encuentran inactivos. Esto puede ocurrir porque su gen de
la transposasa no funciona o porque la secuencia de sus
extremos tiene alguna mutación.
El primer trabajo con transposones fue el Ac/Ds de maíz,
otro ejemplo es el elemento P de Drosophila melanogaster,
ocurre un hibrido (disgenesia) y pasa cuando las moscas
hembras que son de laboratorio se cruzan moscas macho
salvajes.
La investigación genómica ha ayudado en diferentes áreas,
el conocer el genoma de las plantas y animales nos ayudara
a crear organismos más resistentes y con las características
que nosotros consideremos mejores, además ayuda a
detectar con mayor tiempo las mutaciones genéticas y
enfermedades en los seres humanos.
Gracias a los avances tecnológicos podemos identificar nuevos genomas y lograr todo lo
que se mencionó anteriormente con el fin de mejorar las necesidades de los seres,
además de darle un sentido a ciertas cuestiones que puedan surgir al analizar un
organismo.