INTRODUCCIÓN A LA BIOINFORMÁTICA

FASE 2 SECUENCIAS BIOLÓGICAS: APLICACIONES EN LA

BIOTECNOLOGÍA AGROAMBIENTAL.

WILLIAN DUARTE LUNA

INGENIERA. LEIDY JOHANA MADRONERO

DIRECTORA.

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD

ESCUELA DE CIENCIAS AGRICOLAS PECUARIAS Y DEL MEDIO AMBIENTE
ABRIL 2022
 DESARROLLO
1. Escoger un organismo de los sugeridos en la tabla que se presentará al final, o de
otros que su docente pueda considerar.

Reino Especie representativa

Bacteria Azotobacter vinelandii
Archaea Pyrococcus furiosus
Protozoa Giardia lamblia
Chromista Didymosphenia geminata
Plantae Ananas comosus
Fungi Saccharomyces cerevisiae
Animalia Aedes aegypti

2. Cada estudiante, deberá realizar la búsqueda de mínimo 3 artículos científicos en

las bases de datos de PubMed o en Google académico que estén relacionados a
la identificación y caracterización de genes o de secuencias de interés biológico o
biotecnológico en el organismo seleccionado. Cada estudiante, debe presentar los
artículos en el foro colaborativo y ponerse de acuerdo con sus compañeros, sobre
cual organismo y sobre cuáles artículos trabajar.

Identificación y caracterización de genes o de secuencias de interés biológico o

biotecnológico en el organismo seleccionado Saccharomyces cerevisiae
La levadura Saccharomyces cerevisiae es un microorganismo inocuo (que no daña) para
el ser humano. Por esta razón, este hongo es ampliamente utilizado en la industria
biotecnológica y farmacéutica en la producción de proteínas, péptidos, vacunas y
compuestos altamente valorados en el mercado.
 Figure 1 tomado de Biology Dictionary

 Casas Rodríguez, Sahirys. (2018). Saccharomyces cerevisiae y Aspergillus

oryzae: estimuladores y modificadores de la fermentación y crecimiento
microbiano ruminal. Artículo de revisión. Revista de Producción Animal, 30(2),
1-8. Recuperado en 21 de abril de 2022, de http://scielo.sld.cu/scielo.php?
script=sci_arttext&pid=S2224-79202018000200001&lng=es&tlng=es.
 Yegres, F, Fernández-Zeppenfeldt, G, Padin, CG, Rovero, L, & Richard-
Yegres, N. (2003). Saccharomyces cerevisiae en la fabricación del licor
Cocuy.. Revista de la Sociedad Venezolana de Microbiología, 23(1), 51-54.
Recuperado en 21 de abril de 2022, de http://ve.scielo.org/scielo.php?
script=sci_arttext&pid=S1315-25562003000100012&lng=es&tlng=es.
 Hartwell, L. H. (1974). Saccharomyces cerevisiae cell cycle. Bacteriological
reviews, 38(2), 164-198.
 Gancedo, J. M. (2001). Control of pseudohyphae formation in Saccharomyces
cerevisiae. FEMS microbiology reviews, 25(1), 107-123.

3. Una vez escogidos los artículos (uno por cada integrante), en grupo deberán
organizar una presentación que debe durar máximo 15 minutos y que debe incluir
un encabezado presentando la información de cada uno de los artículos
seleccionados (título, autores, en dónde se hizo el trabajo), debe también
responder qué objetivo tenían los autores, qué genes se analizaron y cuál es la
importancia o la aplicación del estudio de esos genes en el organismo
 seleccionado. Los artículos incluidos deben ser artículos de investigación y deben
haber sido publicados por lo menos, en los últimos 10 años.

El alginato es un copolímero lineal de ácido -D-manurónico y su epímero C-5, ácido -L-

gulurónico. Durante la biosíntesis, el polímero se obtiene primero como manuronato y
luego se procesan varias fracciones de los monómeros epimerizado a ácido gulurónico
por manuronano C-5-epimerasas.

El genoma de Azotobacter vinelandii codifica una familia de siete epimerasas

extracelulares (AlgE1 a AlgE7) que muestran motivos característicos de las proteínas
secretada a través de una vía de tipo I. Regiones putativas de cassette de unión a
ATPasa de la secuencia preliminar del genoma se compararon la cepa OP de A.
vinelandii y los transportadores de tipo I verificados experimentalmente de otras especies.
Este análisis condujo a la identificación de un sistema putativo de A. vinelandii tipo I
(eexDEF). Los genes correspondientes se interrumpieron individualmente en A. vinelandii
cepa E, y análisis de transferencia Western usando anticuerpos policlonales contra todas
las epimerasas AlgE mostró que estas proteínas estaban presentes en los sobrenadantes
de cultivo de tipo salvaje pero ausente de los sobrenadantes mutantes eex. De acuerdo
con esto, la cepa de tipo salvaje y los mutantes eex alginato producido con
aproximadamente 20% de ácido gulurónico y manuronano casi puro (<2% de ácido
gulurónico), respectivamente.

El tipo salvaje de A. vinelandii es capaz de entrar en una etapa de reposo tolerante a la

desecación particular designada quiste. En esta etapa, las células están rodeadas por una
capa rígida en la que el alginato es un constituyente principal. Tales células de tipo salvaje
formaron una cubierta en un medio de crecimiento particular, pero faltaba en los mutantes
eex. En estos también se encontró que los mutantes no podían sobrevivir a la desecación.
La razón de esto es probablemente que se necesitan tramos de residuos de ácido
gulurónico para que tenga lugar la formación de gel de alginato.

4. A partir de la segunda semana de la actividad, su docente, organizará un

encuentro con cada grupo, por google meet, Teams u otra herramienta sincrónica
o asincrónica que su docente pueda considerar, en este encuentro o espacio, los
estudiantes deberán realizar la sustentación de los artículos seleccionados. Todos
 los estudiantes del grupo deben realizar por lo menos una aparición durante la
sustentación.

5. De los artículos presentados, se seleccionará un solo artículo que ha sido

evaluado positivamente por el docente para que los estudiantes puedan continuar
con la elaboración del informe y desarrollo de la guía de actividades a partir del
siguiente punto.

6. Realizar un mapa conceptual con la información más relevante del artículo y que
de respuesta a los Cuestionamientos del qué se hizo, por qué o para qué se hizo,
cómo se hizo (Métodos y herramientas usadas) y, qué se obtuvo (resultados y
conclusiones).

7. Especifique cómo la bioinformática cobra importancia en investigación que refiere

el artículo científico seleccionado. Cada aporte debe estar acompañado de la(s)
cita(s) que referencia la(s) fuente(s) documental(es) de consulta.

8. Investigue qué es un formato Fasta, cuál es su funcionalidad, cuál es su

arquitectura, cómo se almacena y qué extensión (es) debe tener el archivo.

9. Finalmente, relacione claramente al final del informe, cuál es o son los genes de
interés estudiados en la actividad y que serán con los que se continuará
trabajando en la siguiente fase.

REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS