Estudio de caso Fase 4 - Identificación de targets biotecnológicos.

Curso Introducción a la Bioinformática – 358128

Universidad Nacional Abierta y a Distancia - UNAD

William Duarte Luna Cod:1102716417

Grupo: 358128_1

Directora: Leidy Johana Madroñero

Universidad Nacional Abierta a Distancia (UNAD)

Escuela de Ciencias Agrícolas Pecuarias y del Medio Ambiente

Introducción a la Bioinformática

Junio de 2022
 INFORME
Estudio de caso Fase 4 - Identificación de targets biotecnológicos.
Curso Introducción a la Bioinformática – 358128
Universidad Nacional Abierta y a Distancia - UNAD
WILLIAM DUARTE

1. OBJETIVOS
 Analizar por medio de bases de datos genómicos la función y el proceso biológico
de un grupo de genes en particular.
 Describir distintivas aplicaciones biotecnológicas de las diferentes proteínas
codificadas por un grupo de genes seleccionados
Desarrollo de la actividad
Ustedes hacen parte del equipo de investigación y desarrollo de la empresa
agroTech, con el objetivo de determinar genes claves para ser usados en técnicas de
mejoramiento genético de cultivos bajo condiciones de estrés, realizaron un
muestreo en campo, en donde seleccionaron tres plantas que, a pesar de la condición
de estrés, mostraron un buen crecimiento y rendimiento en la producción, las
compararon con tres plantas que mostraron un bajo crecimiento y rendimiento en la
producción, presentes en el mismo campo de cultivo. Aislaron el RNA y midieron la
expresión diferencial de genes, obteniendo los resultados que se muestran en la
Tabla adjunta. Después de revisar y analizar los resultados.

2. RESULTADOS OBTENIDOS
 Función y aplicación de los genes
 Secuencias tipo FASTA de genes involucrados en los procesos biológicos del
cultivo

3. ANÁLISIS DE DATOS
4. CUESTIONARIO

 Que cultivo y qué condición de estrés ustedes analizarían

En este caso, aunque hay genes que realizaron una mejor expresión, quise trabajar con los
genes que trabaje inicialmente o q me fueron asignados, en vista que mis compañeros
emplearon los más significativos.
OsGSK1 (gen 1 similar a la cinasa3 de glucógeno sintasa de Oryza sativa): El arroz es una
de las plantas alimenticias más importantes del mundo y se cultiva en diversas condiciones
ambientales, Por lo tanto, para mejorar el rendimiento de los cultivos de este alimento
básico, se sugiere su empleo del gen en cultivo de arroz ante condiciones de estrés abiótico
por condiciones de frío, calor, sal y sequía en comparación con los segregantes no
transgénicos, el gen OsGSK1 sensible al estrés puede tener funciones fisiológicas en las
vías de transducción de señales de estrés y en los procesos de desarrollo floral. Koh, S.,
Lee, S. C., Kim, M. K., Koh, J. H., Lee, S., An, G., ... & Kim, S. R. (2007).

OsBRI1 Brasinoesteroides (BR): Constituyen un grupo de fitohormonas esteroides que

contribuyen a una amplia gama de funciones de crecimiento y desarrollo de las plantas. La
modulación genética de los genes del receptor BR, que juegan un papel importante en la vía
de señalización de BR, puede crear plantas semienanas que tienen grandes ventajas en la
producción de cultivos. Las transcripciones de GmBRI1 fueron más abundantes en los
hipocótilos de soja y podrían aumentar en respuesta al tratamiento con BR exógena. La
transformación de GmBRI1 en el mutante enano de Arabidopsis bri1-5 restauró el fenotipo,
especialmente en lo que respecta al tamaño de la vaina y la altura de la planta. Además, esta
complementación es consecuencia de una vía de señalización BR restaurada demostrada en
el análisis de luz/oscuridad, el ensayo de inhibición de raíces y la expresión génica de
respuesta BR. Por lo tanto, GmBRI1 funciona como un receptor BR para alterar la
señalización mediada por BR y es valioso para mejorar la arquitectura de la planta y
mejorar el rendimiento de la soja. Wang, M., Sun, S., Wu, C., Han, T., & Wang, Q. (2014).

 ¿Cuáles sería el mejor estadio de desarrollo de la planta para tomar las

muestras y por qué?
La variación del color de las flores es uno de los criterios de selección más cruciales en la
reproducción de una planta de maceta con flores, como también es el caso de la azalea
(híbridos de Rhododendron simsii). La biosíntesis de flavonoides se estudió intensamente
en varias especies. Los estudios de expresión génica de la última década se han
implementado ampliamente para estudiar el color de las flores. Sin embargo, los métodos
utilizados a menudo eran solo semicuantitativos o la cuantificación no se realizaba de
acuerdo con las directrices de MIQE. Nuestro objetivo fue desarrollar un protocolo preciso
para RT-qPCR y validar el protocolo para estudiar el color de las flores en una población de
mapeo de azaleas. De Keyser, E., Desmet, L., Van Bockstaele, E., & De Riek, J. (2013).

 Analice los resultados de la tabla en conjunto (Niveles de expresión y valor p) y

escoja cuáles serían los mejores candidatos para ser usados en las siguientes
estrategias biotecnológicas para el mejoramiento genético del cultivo.

Análisis
psaA: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen psaA tiene un
un P value mayor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es cierta, además si analizamos
los resultados este gen no es significativo, no hubo una expresión relevante en ninguno de
los dos ensayos como cuando se aplica en plantas con una buena adaptación al estrés o
como cuando se aplica en plantas con mala adaptación al estrés, la diferencia entre los
resultados de la media promedio es de 0,6.

AtBAK1: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen BAK1
tiene un P value menor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es falsa. Teniendo en cuenta
los resultados obtenidos para el gen BAK1 se puede determinar que este gen se expresa de
manera significativa en plantas mejor adaptadas en comparación con las plantas que no se
adaptaron al estrés. En cuanto al Fold Change, este gen indica que hubo una sobreexpresión
en las plantas que se adaptaron al estrés con un nivel de expresión 16 veces mayor en las
plantas bien adaptadas con relación a las plantas con baja adaptación al estres.

AtHSD1: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen HSD1
tiene un P value menor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es falsa. Teniendo en cuenta
los resultados obtenidos para el gen HSD1 se puede determinar que este gen se expresa de
manera significativa en plantas mejor adaptadas en comparación con las plantas que no se
adaptaron al estrés. En cuanto al Fold Change, este gen indica que hubo una sobreexpresión
en las plantas que se adaptaron al estrés con un nivel de expresión 24 veces mayor en las
plantas bien adaptadas con relación a las plantas con baja adaptación al estrés, de acuerdo a
la notable diferencia establecida en los dos resultados de ensayo con relación a la media
promedio.
chBP: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen chBP tiene un
P value mayor 0,05 esto significa que hipótesis nula es verdadera. Teniendo en cuenta los
resultados obtenidos para el gen chBP se puede determinar que este gen no es significativo,
ya que no hubo una expresión relevante en ninguno de los dos ensayos como cuando se
aplica en plantas con una buena adaptación al estrés o como cuando se aplica en plantas con
mala adaptación al estrés, la diferencia entre los resultados de la media promedio es de 6,6
no representa una gran variabilidad en su expresión.

CYP: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen CYP tiene un
P value menor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es falsa. Teniendo en cuenta los
resultados obtenidos para el gen CYP se puede determinar que este gen se expresa de
manera significativa en plantas mejor adaptadas en comparación con las plantas que no se
adaptaron al estrés. En cuanto al Fold Change, este gen indica que hubo una sobreexpresión
en las plantas que se adaptaron al estrés con un nivel de expresión 4 veces mayor en las
plantas bien adaptadas con relación a las plantas con baja adaptación al estrés, de acuerdo a
la notable diferencia establecida en los dos resultados de ensayo con relación a la media
promedio con una diferencia de 293 unidades de expresión.
DWF4: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen DWF4 tiene
un P value menor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es falsa. Teniendo en cuenta los
resultados obtenidos para el gen DWF4 se puede determinar que este gen se expresa de
manera significativa en plantas mejor adaptadas en comparación con las plantas que no se
adaptaron al estrés. En cuanto al Fold Change, este gen indica que hubo una sobreexpresión
en las plantas que se adaptaron al estrés con un nivel de expresión 4 veces mayor en las
plantas bien adaptadas con relación a las plantas con baja adaptación al estrés, de acuerdo a
la notable diferencia establecida en los dos resultados de ensayo con relación a la media
promedio con una diferencia de 648 unidades de expresión.

GhDET2: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen GhDET2
tiene un P value menor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es falsa. Teniendo en cuenta
los resultados obtenidos para el gen GhDET2 se puede determinar que este gen se expresa
de manera significativa en plantas mejor adaptadas en comparación con las plantas que no
se adaptaron al estrés. En cuanto al Fold Change, este gen indica que hubo una
sobreexpresión en las plantas que se adaptaron al estrés con un nivel de expresión 4 veces
mayor en las plantas bien adaptadas con relación a las plantas con baja adaptación al estrés,
de acuerdo a la notable diferencia establecida en los dos resultados de ensayo con relación a
la media promedio con una diferencia de 177 unidades de expresión.

hepS: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen hepS tiene un
un P value mayor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es cierta, además si analizamos
los resultados este gen no es significativo, no hubo una expresión relevante en ninguno de
los dos ensayos como cuando se aplica en plantas con una buena adaptación al estrés o
como cuando se aplica en plantas con mala adaptación al estrés, la diferencia entre los
resultados de la media promedio es de 0,6 no representa una gran variabilidad en su
expresión.

LTMF: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen LTMF tiene
un P value mayor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es cierta, además si analizamos
los resultados este gen no es significativo, ya que no hubo una expresión relevante en
ninguno de los dos ensayos como cuando se aplica en plantas con una buena adaptación al
estrés o como cuando se aplica en plantas con mala adaptación al estrés, la diferencia entre
los resultados de la media promedio es de 0,3 no representa una gran variabilidad en su
expresión.

mvaA: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen mvaA tiene
un P value menor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es falsa. Teniendo en cuenta los
resultados obtenidos para el gen mvaA se puede determinar que este gen se reprime en las
plantas mejor adaptadas en comparación con las plantas que no se adaptaron al estrés. En
cuanto al Fold Change, este gen indica se reprime en las plantas que se adaptaron al estrés
con relación a las plantas con baja adaptación al estrés las cuales tienen una ventaja con un
nivel de expresión 4 veces mayor que as que se adaptaron al estrés, desde mi punto de vista
no es un gen que haya sido representativo en nuestro ensayo de estudio.

OsBRI1: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen OsBRI1
tiene un P value menor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es falsa. Teniendo en cuenta
los resultados obtenidos para el gen OsBRI1 se puede determinar que este gen se expresa
de manera significativa en plantas mejor adaptadas en comparación con las plantas que no
se adaptaron al estrés. En cuanto al Fold Change, este gen indica que hubo una
sobreexpresión en las plantas que se adaptaron al estrés con un nivel de expresión 8 veces
mayor en las plantas bien adaptadas con relación a las plantas con baja adaptación al estrés,
de acuerdo a la notable diferencia establecida en los dos resultados de ensayo con relación a
la media promedio con una diferencia de 860 unidades de expresión.

OsDWARF4 : De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen

DWARF4 tiene un P value menor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es falsa.
Teniendo en cuenta los resultados obtenidos para el gen DWARF4 se puede determinar que
este gen se reprime en las plantas mejor adaptadas en comparación con las plantas que no
se adaptaron al estrés. En cuanto al Fold Change, este gen indica se reprime en las plantas
que se adaptaron al estrés con relación a las plantas con baja adaptación al estrés las cuales
tienen una ventaja con un nivel de expresión 0,3 veces mayor que las que se adaptaron al
estrés, desde mi punto de vista no es un gen que haya sido representativo en nuestro ensayo
de estudio.

OsGSK1: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen GSK1
tiene un P value menor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es falsa. Teniendo en cuenta
los resultados obtenidos para el gen GSK1 se puede determinar que este gen se expresa de
manera significativa en plantas mejor adaptadas en comparación con las plantas que no se
adaptaron al estrés. En cuanto al Fold Change, este gen indica que hubo una sobreexpresión
en las plantas que se adaptaron al estrés con un nivel de expresión 7 veces mayor en las
plantas bien adaptadas con relación a las plantas con baja adaptación al estrés, de acuerdo a
la notable diferencia establecida en los dos resultados de ensayo con relación a la media
promedio con una diferencia de 716 unidades de expresión.

PAXM: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen PAXM tiene
un P value mayor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es cierta, además si analizamos
los resultados este gen no es significativo, ya que no hubo una expresión relevante en
ninguno de los dos ensayos como cuando se aplica en plantas con una buena adaptación al
estrés o como cuando se aplica en plantas con mala adaptación al estrés, la diferencia entre
los resultados de la media promedio es de 1,6 no representa una gran variabilidad en su
expresión.

petN: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen petN tiene un
P value mayor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es cierta, además si analizamos los
resultados este gen no es significativo, ya que no hubo una expresión relevante en ninguno
de los dos ensayos como cuando se aplica en plantas con una buena adaptación al estrés o
como cuando se aplica en plantas con mala adaptación al estrés, la diferencia entre los
resultados de la media promedio es de 37 unidades de expresión no es algo representativo
para su aplicabilidad en este tipo de estudios en condiciones de estrés.

psbA: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen psbA tiene un
P value mayor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es cierta, además si analizamos los
resultados este gen no es significativo, ya que no hubo una expresión relevante en ninguno
de los dos ensayos como cuando se aplica en plantas con una buena adaptación al estrés o
como cuando se aplica en plantas con mala adaptación al estrés, la diferencia entre los
resultados de la media promedio es de 12 unidades de expresión no es algo representativo
para su aplicabilidad en este tipo de estudios en condiciones de estrés.

psbE: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen psbE tiene un
P value mayor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es cierta, además si analizamos los
resultados este gen no es significativo, ya que no hubo una expresión relevante en ninguno
de los dos ensayos como cuando se aplica en plantas con una buena adaptación al estrés o
como cuando se aplica en plantas con mala adaptación al estrés, la diferencia entre los
resultados de la media promedio es de 10 unidades de expresión con favorabilidad en
plantas con mala adaptación al estrés, por tal motivo no es algo representativo para su
aplicabilidad en este tipo de estudios en condiciones de estrés.

psbL: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen psbL tiene un
P value mayor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es cierta, además si analizamos los
resultados este gen no es significativo, ya que no hubo una expresión relevante en ninguno
de los dos ensayos como cuando se aplica en plantas con una buena adaptación al estrés o
como cuando se aplica en plantas con mala adaptación al estrés, la diferencia entre los
resultados de la media promedio es de 7 unidades de expresión no es algo representativo
para su aplicabilidad en este tipo de estudios en condiciones de estrés.

wecB : De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen wecB tiene un
P value mayor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es cierta, además si analizamos los
resultados este gen no es significativo, ya que no hubo una expresión relevante en ninguno
de los dos ensayos como cuando se aplica en plantas con una buena adaptación al estrés o
como cuando se aplica en plantas con mala adaptación al estrés, la diferencia entre los
resultados de la media promedio es de 30 unidades de expresión no es algo representativo
para su aplicabilidad en este tipo de estudios en condiciones de estrés.

ZmDWF4: De acuerdo con los resultados obtenidos en el presente estudio el gen

ZmDWF4 tiene un P value menor 0,05 esto significa que la hipótesis nula es falsa.
Teniendo en cuenta los resultados obtenidos para el gen ZmDWF4 se puede determinar
que este gen se expresa de manera significativa en plantas mejor adaptadas en comparación
con las plantas que no se adaptaron al estrés. En cuanto al Fold Change, este gen indica que
hubo una sobreexpresión en las plantas que se adaptaron al estrés con un nivel de expresión
3 veces mayor en las plantas bien adaptadas con relación a las plantas con baja adaptación
al estrés, de acuerdo a la diferencia establecida en los dos resultados de ensayo con relación
a la media promedio con una diferencia de 79 unidades de expresión.

 Analice a qué vía de señalización puede estar sobre-representada en su grupo

de genes y discuta su importancia.

Varios componentes de la vía de señalización de BR en el arroz, como OsBRI1

(Brassinosteroid-Insensitive1), OsBAK1 (receptor asociado a BRI1 Kinase1) que forman
un núcleo del complejo receptor de BR transmembrana Gruszka, D. (2020). En las plantas
y sobre todo en las que tienen interés agrícola, pecuario o forestal es de suma importancia
la activación de los sistemas de defensa. Cuando las plantas cuentan con genes que les
permite generar una respuesta ante el estrés, el aumento en la expresión de genes le permite
a la planta resistir al estrés ya sea por ataque de insectos, heladas, estrés hídrico u otra
condición y por ende un mayor rendimiento productivo del cultivo.
La señalización BR en el arroz se inicia por la percepción de la molécula BR por el receptor
quinasa OsBRI1

Figura 1. Modelo de percepción de BR, iniciación de señalización y regulación de la

transducción de señal en arroz y otras monocotiledóneas. La molécula BR se representa
como un círculo blanco con las letras 'BR' en él. La doble línea negra representa la
membrana plasmática. Los factores de transcripción se muestran como óvalos, otras
proteínas se representan como rectángulos. Las flechas verdes indican estimulación,
mientras que las líneas rojas con viñetas representan supresión. La descripción detallada se
da en el texto. Algunas de las respuestas e interacciones de BR se describieron en cebada
( A ) y sorgo ( B ). Gruszka, D. (2020).

Qué técnicas les permiten medir la expresión diferencial de genes.

Existen diferentes métodos para el análisis de expresiones diferenciales, como edgeR y

DESeq basados en distribuciones binomiales negativas (NB) o baySeq y EBSeq , que
son enfoques bayesianos basados en un modelo binomial negativo. Es importante
considerar el diseño experimental al elegir un método de análisis. Si bien algunas de las
herramientas de expresión diferencial solo pueden realizar comparaciones por pares, otras,
como edgeR, limma-voom, DESeq y maSigPro, pueden realizar comparaciones múltiples.
Rapaport, F., Khanin, R., Liang, Y., Pirun, M., Krek, A., Zumbo, P., ... & Betel, D. (2013).

 Responda, qué estudia la Transcriptómica y la Proteómica, y cuál es el papel de

la Bioinformática en estas aproximaciones.

Según el Instituto Nacional Del Cancer de Estados Unidos, la transcriptómica es el estudio

de todas las moléculas de ARN en una célula, pues esta investiga la manera en que los
genes se transforman en diferentes tipos de células y cómo esto influye a la presentación de
ciertas enfermedades como el cáncer, mientras que la proteómica o proteinómica es el
estudio de la estructura y la función de las proteínas, incluso de la manera en que trabajan e
interactúan en el interior de las células.

La bioinformática es una de las disciplinas más relevantes en la actualidad, puesto que

investiga, desarrolla y aplica herramientas informáticas y computacionales en el análisis y
manejo de datos biológicos, lo que permite una interpretación y análisis de datos más
sencilla y verídica; Es por ello que la bioinformática ocupa un papel fundamental en
ciencias como la transcriptómica y la proteómica, pues permite el procesamiento de datos
completos para su posterior análisis e interpretación.

5. CONCLUSIONES

Una vez realizados los análisis a cada uno de los 20 genes propuestos en la tabla y verificar
los cambios en la expresión de sus genes. Se puede llegar a la conclusión que los genes 1,
4, 8, 9, 10, 14, 15, 16, 17, 18 y 19 no presentan una expresión diferencial significativa
entre las plantas bien adaptadas y las plantas que no se adaptaron; Mientras que los genes
2, 3, 5, 6, 7, 11, 12, 13 y 20 presentan un P-valor menor a 0,05 por lo que se puede concluir
que presentan cambios en los niveles de expresión, lo que se evidencio en el análisis de los
procesos biológicos en el que cada uno de estos estaba involucrado, pues la mayoría de
genes que presentaron una variación significativa, cumples funciones que influyen en el
crecimiento y tolerancia de las plantas.

6. BIBLIOGRAFÍA
 Eisa-Beygi S, Hatch G, Noble S, Ekker M, Moon TW (Jan 2013). «The 3-hydroxy-
3-methylglutaryl-CoA reductase (HMGCR) pathway regulates developmental
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 De Keyser, E., Desmet, L., Van Bockstaele, E., & De Riek, J. (2013). How to
perform RT-qPCR accurately in plant species? A case study on flower colour gene
expression in an azalea (Rhododendron simsii hybrids) mapping population. BMC
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 Gruszka, D. (2020). Exploring the brassinosteroid signaling in monocots reveals
novel components of the pathway and implications for plant breeding. International
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 Rapaport, F., Khanin, R., Liang, Y., Pirun, M., Krek, A., Zumbo, P., ... & Betel, D.
(2013). Comprehensive evaluation of differential gene expression analysis methods
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