TEMA 4: Remodelación de la cromatina (I)

1. Introducción.

En las primeras etapas del desarrollo embrionario de un mamífero hay dos sucesos
fundamentales. En el cigoto (está mal dibujado porque debería haber dos pronúcleos) empieza la
desmetilación de los pro-núcleos, que dura toda la etapa de segmentación y culmina en la
blástula, donde se establece el patrón de metilación de los diversos tejidos.

Las células de las mórulas humanas no están determinadas. Esto se sabe debido a que en la
mórula a veces se divide en dos de forma que da a dos embriones viables, es decir, gemelos
univitelinos. Es en la blástula donde se produce la determinación de la célula: cambio epigenético
que conduce a una célula a un tipo de diferenciación en el futuro.

Hay que diferenciar esto de la definición de diferenciación, la cual es: conjunto de cambios de
función, organización y/o morfología celular causados por cambios en la expresión génica.

Hay muchos tipos de señales que producen la diferenciación del citoplasma. La primera es la
distribución del citoplasma. La herencia desigual del citoplasma en las células hijas va a influir en
la formación de los patrones de metilación. Esto puede ocurrir en cada división y empieza en el
propio óvulo.

Los óvulos de los anfibios como Xenopus sirven para estudiar diversas cosas. Aquí podemos
encontrar el polo animal (zona de color naranja más ocuro) donde veremos una zona de
coloración distinta del resto.
Hay más señales a lo largo del desarrollo que indican a las células qué deben hacer. Algunas se
conocen y otras son hipotéticas. Las señales pueden ser:

- Difusión de señales.
- Contacto directo.
- Conexión directa.

La blástula dará lugar a la gástrula. Cuando llegamos a unas 8.000 células, se diferencian las 3
hojas blastodérmicas: ectodermo (dará lugar a la epidermis, tejido nervioso…), endodermo
(dará lugar al tubo digestivo, tracto respiratorio…) y el mesodermo. Estas capas provienen de
la masa interna, ya que el trofoblasto será el que de lugar a las estructuras extraembrionarias.

En la gástrula, a diferencia de la blástula, si hay estudios de expresión génica como el

siguiente:
Vemos que cada tipo de hoja blastodérmica tiene un patrón diferente. Estos patrones se
establecen mediante dos mecanismos: metilación del DNA y remodelación de la cromatina.

2. Genoma ecuariótico.
El genoma eucariótico se organiza en nucleosomas, que es un octámero de histonas alrededor
del cual está envuelto en una longitud fija (147 pb) el DNA. Entre nucleosomas hay un linker,
con una histona, H1 (esta histona no está en los nucleosomas).

En el dibujo podemos ver unas colas, conocidas como colas de las histonas. Son las colas N-
terminales que se quedan fuera del nucleosoma. Estas colas van a ser fundamentales para
remodelar la cromatina.

La estructura nucleosómica es flexible y cambia de condensación. Si comparamos el DNA con

la estructura del cromosoma, este está 10.000 veces más condensado. Podemos encontrar:
eucromatina (poco empaquetada) y heterocromatina (muy condensada). La heterocromatina
está siempre en los telómeros, en los centrómeros y en otras zonas. Es fundamental en las
técnicas de bandeo porque donde hay una zona heterocromática se produce una banda. Esto
también se puede observar en el núcleo interfásico según se tiña (lo más oscuro es la
heterocromatina).
En realidad hay dos tipos de heterocromatina:

- Constitutiva. Siempre está en este estado y en todas las células. Esta está en las zonas
que deben estar siempre metiladas y compactadas, las zonas mencionadas
anteriormente, porque no debe de expresarse. Es transcripcionalmente inerte.
H3K9me3
- Facultativa. En algunas células es heterocromatina y en otras eucromatina. Varía
según el tipo de célula o tejido y/o según el momento o las condiciones. Es
transcripcionalmente permisiva. H3K27me3

*Realmente no hay una sola estructura de heterocromatina constitutiva, facultativa o

eucromatina, hay muchas variantes, pero entre ellas hay analogías.

3. Complejos remodeladores de la cromatina dependientes de ATP.

Suelen estar implicados en producir eucromatina. Son complejos de proteínas que gastan ATP
para dar lugar a la eucromatina. La formación de eucromatina hace accesibles los promotores
(y también los orígenes de replicación y los sitios de inicio de la reparación del DNA).

Estos complejos reconocen zonas donde el DNA no está metilado para hacerlas accesibles, es
decir, alterar la estructura nucleosómica de un modo que puedan entrar las maquinarias de
transcripción, replicación…

Estos complejos gastan ATP para remodelar. Eso hace referencia a:

- Desenvuelven el DNA de los nucleosomas.

- Movilizan nucleosomas.
- Expulsan nucleosomas.
- Cambian histonas.

El nombre SWI/SNF procede de estudios genéticos en levadura, que permitieron el

descubrimiento de 2 genes, SWI y SNF, cuya carencia origina un fenotipo nutricional SWItch/
Sucrose Non Fermentable”. Cuando estos genes estaban mutados la levadura no fermentaba
la sacarosa. Se pensaba que era un fenotipo meramente bioquímico, pero más tarde se vio
que no era así.

Las mutaciones de pérdida de función en estos genes disminuyen la transcripción en una serie
de genes; por tanto SWI y SNF codifican activadores de la transcripción.

Con los años se vio que SWI/SNF es un complejo proteico remodelador de la cromatina, que
usa la energía del ATP para recolocar nucleosomas. Su actividad es necesaria para hacer el
DNA accesible durante la replicación, la transcripción y la reparación. Esta muy conservado en
la evolución.
El SWI/SNF humano se conoce como BAF. Este complejo
está formado por un número variable de proteínas (unas
14), de las cuales una será una ATPasa.

Participan en todos los procesos en los que hay que

producir eucromatina. Además estos complejos se unen a
los centrómeros e incluso tienen acciones fuera del núcleo:
interaccionan con moléculas virales.

Su importancia se ve en el hecho de que en tumores vemos

alteraciones de forma frecuente en subunidades del
complejo. Mutaciones de pérdida o ganancia de función
de estas subunidades dan lugar a las células tumorales. Por
ejemplo, en la leucemia se ve una disminución de la
expresión de SNF5 y BRG1.

Dentro de estos complejos, hay una parte constante:

- Bromodominio (bromodomain). Motivo estructural de unos 110 aas con afinidad por
cromatina que contiene histonas con lys monoacetiladas.
- Cromodominio (chormodomain). Dominio estructural de 40-50 aas presente en muchos
remodeladores de la cromatina.
- Dominio SANT.

Son motivos estructurales conservados.

Hay otras familias remodeladoras de la cromatina como: ISWI, CHD (tiene cromodominios en
tándem), INO80.

4. Modificación postraduccional de histonas.

El segundo tipo de modificiación de la cromatina es la modificación postraduccional de histonas.

En las histonas del nucleosoma, sobre todo en las colas N-terminales, hay aminoácidos que se
pueden modificar. El ejemplo más claro es la lisina, la cual se puede: acetilar, sumoilar, ubiquitinar
y biotinilar. También hay otros aminoácidos que pueden sufrir cambios como:

- Arginina. Metilación, citrulinación y ADP-ribosilación.

- Ácido glutámico. ADP-ribosilación.
- Serina y treonina. Fosforilación.
- Prolina. Cis-trans isomerización.
Por ejemplo, en la histona H2A en el extremo terminal hay dos lisinas: 9 y 13. En ellas se han
descrito casos de acetilación y de biotinilización.

Un mecanismo fundamental es la acetilación de lys. Esto consiste en añadir un grupo acetilo a

una de las lys del extremo N-terminal. El acetil-CoA e el donador. Esto es realizado por un
grupo de enzimas llamadas histona acetil transferasas (HATs). Se encuentran en el núcleo.
Concretamente en este caso sería lisina acetil transferasa. Así, quedaría una acetil-lisina.

Esta acetilación activa la transcripción y reparación del DNA. Está implicada en la fabricación
de eucromatina. Podemos decir que la acetilación de lisina “abre” la cromatina.

Esto ocurre porque su acetilación va a atraer a proteínas con bromodominios (como por
ejemplo el complejo SWI/SNF). Por tanto, la acetilación de lisina es una marca activadora.

*Estas zonas tienen que estar no metiladas para que se produzca la acetilación.

Igual que se acetila, se puede desacetilar, y durante el desarrollo tienen que ocurrir en
diferentes momentos las dos cosas. En este caso actuaran las histonas desacetilasas (en este
caso la lisina desacetilasa). Hay de 4 clases: I, II, III y IV. Se producirá acetato. En estas enzimas,
las de clase III se llaman sirtuinas, que son activadas por el resveratrol y la restricción calórica
(la cual se ha visto que retrasa el envejecimiento y es beneficiosa para la salud).

La lisina se puede metilar de 3 maneras, al igual que la arginina:

La metilación no es una marca totalmente inequívoca, pero tiende a ser una marca represora:

Vemos que ya hay más complejidad, por ejemplo, la metilación de la Arg17 de la histona H3 da
lugar a activación transcripcional, al igual que la Arg3 de la H4. Por tanto, la metilación tiende
a ser una marca represora pero no es universal, ya que en algunos residuos es activadora.

La metilación la realizan metiltransferasas, las cuales pueden entrar en el núcleo. Tenemos:

- Histona metiltransferasas de lisina. Metilan Lys en H1, H3 y H4 usando S-Ado-Met

como donador del grupo metilo. La metilación de Lys activa o reprime la expresión
génica dependiendo de la posición del residuo en la molécula de histona. Todas
poseen un dominio catalítico conservado (SET).
- Histona metiltransferasas de arginina. Metilan Arg H1 y H3 usando S-Ado-Met como
donador del grupo metilo. La metilación de Arg activa o reprime la expresión génica
dependiendo del residuo.

Al igual que hay histonas metilasas, hay histonas desmetilasas. Son enzimas que desmetilan,
están especializadas en general en desmetilar:

- Lys monometilada. LSD1 desmetila la lisina usando FAD como cofactor. Esta
desmetilación produce agua oxigenada.
- Lys trimetilada. Desmetilasas con dominio Jumonji (8 láminas beta antiparalelas).
- Arg monometilada. Despetilasas que convierten la arginina metilada en citrulina.

La serina y la treonina pueden fosforilarse. Esta señal no es inequívoca, pero en general se

relaciona con la preparación de los cromosomas para la mitosis.
Otras modificaciones postraduccionales de histonas son: ubiquitinación, sumoilación,
biotinilación, ADN-ribosilación.

Estas modificaciones dieron lugar a la hipótesis del código de las histonas:

- Modificaciones específicas de las colas de las histonas alteran la afinidad de

proteínas que se unen a la cromatina. Ejemplo: la acetilación de la lisina atrae
complejos con bromodominio como los complejos remodeladores de la cromatina
dependientes de ATP.
- Patrones específicos de modificación de las histonas constituyen un tipo de
información adicional a la información contenida en el DNA.
- Distintas modificaciones y combinaciones de modificaciones, junto con la densidad
de los nucleosomas que las presentan, determinan propiedades específicas de la
cromatina.
Esto es cierto para algunas modificaciones específicas. Por ejemplo, la acetilación como hemos
dicho es inequívoca, sirve para la activación y para la deposición de histonas (para poner histonas
tras la replicación). Sobre la metilación también podemos realizar un código de histonas, por
ejemplo, la metilación de H3 en el residuo K4 o K79 son siempre eucromatina; pero la K9 o la
K27 son silenciamiento (heterocromatina total). Hay incluso algunas señales dobles o triples de
fosforilación que también son inequívocas, como por ejemplo la fosforilación en la histona H2A
de los residuos S1 y T119 que producen la mitosis.

Aún así, se ha visto que esto es excepcional. Las combinaciones de orden superior, de más de dos
o tres residuos, no se conocen. Por lo tanto, no sabemos si realmente hay un código de las
histonas, si lo hay solo funciona para algunas combinaciones simples.

Esto no quiere decir que todo sea aleatorio. En un artículo se investigaron los patrones
combinatorios de acetilaciones y metilaciones en el genoma humano, y se encontraron más de
3.0. Esto nos lleva a pensar que realmente no hay ningún código, sino que
son modificaciones individuales. Sin embargo, aproximadamente 3.000 de estos genes
presentaban patrones más o menos conservados. Con lo cual, no existe un código de las histonas
pero debe haber algo que mantenga estos patrones conservados.

Por ejemplo: H3 contiene 19 lisinas, que pueden estar no metiladas, monometiladas, dimetiladas
o trimetiladas. Por lo tanto, el número de combinaciones posibles es 419. Con lo cual, debería ser
un código enorme, por ello actuamos mejor con los patrones individuales.

También debemos saber otro concepto. Hemos visto factores que conducen al estado
eucromático o heterocromático. Estos estados son reforzados por lazos autocatalíticos (es decir,
los mecanismos que producen eucromatina tienden a reclutar más mecanismos de este tipo y
viceversa). Por ejemplo:

- La metilación del DNA induce desacetilación de histonas. Tiene lógica ya que son dos
señales represoras de la expresión génica. Cuando se metila un CpG, este gen no se va a
expresar y atrae a las proteínas MeCP2. Cuando se unen, van a atraer a una desacetilasa de
histonas. Esto va a dar lugar a DNA metilado e histonas desacetiladas, con lo cual no hay
posibilidades de transcribir este gen.
- La metilación de K9 en H3 induce metilación del DNA. La metilasa SUVAR39H metila la
lisina 9 de la histona H3, y esto va a atraer a HP1 (heterochromatin protein 1). Esta a su vez
va a atraer a una DNA metilasa de novo. Esto va a dar lugar a una histona H3 metilada y
DNA metilado, con lo cual de nuevo una señal represora atrae a otra represora.

Por tanto, la metilación del DNA y las modificaciones del genoma contribuyen a dividir el genoma
en compartimentos eucromáticos y heterocromáticos.
Estos patrones de modificiación del DNA y de las histonas son heredables. Esto significa que
cada vez que se replica el genoma hay que reconstruirlas en las células hijas. En el momento
en que haya replicación del DNA, en las moléculas hijas hay que reproducir el patrón de
metilación (lo que es relativamente sencillo) pero también tienen que heredar la estructura de
la cromatina. Para empezar hay que poner nucleosomas, lo que se conoce como la deposición
de histonas. Luego estos hay que modificarlos tomando de molde los nucleosomas de la célula
madre (se realiza con los modificadores epigenéticos EM).

5. Variantes de histonas.
Además de los procesos descritos anteriormente, hay momentos en la fisiología de las células
en los que en los nucleosomas se sustituye la histona canónica por una variante. Por ejemplo,
en nuestras células, tenemos:

- H3. Se conocen las variantes H3.3 y cenH3.

- H4. No se conocen variantes.
- H2A. Se conocen: H2A.Z, H2A.X, H2A.B, macroH2A
- H2B. No se conocen variantes.
- H1. No se conocen variantes.

Son muy similares entre sí, con pequeñas diferencias en sus aminoácidos. Estas variantes
sirven para modificar los nucleosomas.

En muchos genes (no en todos), cuando se produce la activación transcripcional, a parte la

desmetilación de la isla CpG y la acetilación de la histona H3, se sustituye en algunos
nucleosomas la histona H3 por la H3.3. Su significado funcional debe ser que facilita de algún
modo el ensamblaje de la maquinaria de transcripción. Lo mismo ocurre en el centrómero,
hay un momento en la vida de la célula en la cual se va a formar el cinetocoro y en este caso la
histona H3 se sustituye por CENP-A.

Esto también pasa con las variantes de H2A. Cuando el DNA se va a reparar o va a recombinar,
se sustituye por la variante H2AX; cuando se va expresar un gen y durante el proceso de
segregación de los cromosomas se sustituye por H2AZ; y cuando hay inactivación del
cromosoma X y en general para la represión de la transcripción es común la variante
macroH2A.

Hay alteraciones asociadas a

variantes de histonas en
diversos tumores, como
podemos ver en la tabla.

Esto demuestra que estas

modificaciones no son
triviales.
Como resumen, el epigenoma es una información más flexible que la que encontramos en el
genoma. Podemos dividir las maquinas epigenéticas en tres grupos:

- Escritoras: DNA metiltransferasas, histona acetilasas (HATs), histona metilasas,

histona kinasas, ubiquitina ligasas, SUMO ligasas, etc.
- Borradoras: DNA desmetilasas (proteínas Tet), histona desacetilasas (HDACs), histona
metilasas, histona fosforilasas, ubiquitinasas, proteasas SUMO-específicas, etc.
- Lectoras: complejos de los que forman parte proteínas con cromodominios,
bromodominios, dominios SANT, dominios MBD, etc.