TEMA 5: Remodelación de la cromatina (II)

1. Identidad celular y memoria celular.

Vamos a ver los mecanismos por los cuales se establece definitivamente la identidad y la
memoria celular.

La identidad celular está definida por sus componentes, que a su vez son producto de un
patrón específico de expresión génica. Estos patrones específicos en las células somáticas
deben mantenerse a largo plazo.

El mantenimiento a largo plazo (la “memoria”) de los patrones de expresión génica es

mediado por señales epigenéticas heredables en mitosis.

Los principales mecanismos de memoria celular son la metilación del DNA y los complejos
proteicos conocidos como POLYCOMB y TRITHORAX. Los que mandan son los primeros.

Estos complejos lo que van a hacer es conferir una identidad a una zona determinada de la
cromatina. Esta identidad habrá que propagarla a las células hijas. Un mecanismo que sirve
para propagar información, como ya hemos visto, es la metilación, porque este mecanismo es
muy sencillo de propagar. Como durante la replicación se produce DNA hemimetilado no hay
más que copiar esta información a las células hijas.

Con lo cual, de todos los mecanismos que veremos, la metilación es el mecanismo que se
mantiene siempre, el que nunca se elimina. Sirve para transmitir la memoria, el estado de esa
célula, a las células hijas.
 2. Polycomb (PcG).
Son complejos que remodelan la cromatina impidiendo el acceso de los factores de
transcripción a los promotores. Participan en el establecimiento y la propagación de los
patrones de expresión génica durante el desarrollo, habitualmente como represores (hay
excepciones). Tienen un papel clave en el mantenimiento de la memoria y la identidad celular.
Por lo tanto, van a dar lugar a heterocromatina. Además, van a determinar qué genes no
deben expresarse en un determinado linaje celular.

La palabra Polycomb viene de unos estudios en Drosophila. Los mutantes polycomb de

Drosophila producen pequeñas alteraciones en las patas. Los peines de estos mutantes son
más gruesos, tienen más quetas que la extirpe silvestre, sobre todo los machos. Esto fue
descubierto por Vincenzo Pirrotta.

Estos mutantes resultaron tener mutaciones viables en proteínas de los complejos conocidos
actualmente como PRC (Polycomb Repressive Complex). Hay dos tipos de estos complejos:
PRC2, que inicia la formación de heterocromatina; y el PRC1 que lo mantiene y lo propaga.

Estos complejos van a introducir señales de las que hemos visto en la lección anterior. El
complejo PRC2 metila, dimetila y trimetila la lisina 27 de la histona H3. Entonces, esta señal
será leída por el complejo PRC1 que se une a estas zonas y ubiquitina la lisina 119 de la histona
H2A. Esto provoca la compactación de la cromatina. Con lo cual, podemos decir que el PRC2
es el iniciador de la represión y el complejo PRC1 es el estabilizador.

Hay una serie de variantes dentro de estos complejos, pero las proteínas clave de cada
complejo son las siguientes:

PRC2 PRC1
En resumen:

- EZH1, un componente de PRC2, es una metiltransferasa de histonas que metila H3K9 y

H3K27.
- La trimetilación de H3K27 es una señal leída por el cromodominio de HPC1-3, un
componente de PRC1.
- La unión de un dímero de PRC1 a nucleosomas adyacentes forma un “puente” entre
dos nucleosomas; además el componente RING1 ubiquitina K119 en H2A.
- Las modificaciones de las colas de histonas y la formación de múltiples “puentes”
entre nucleosomas inducen la formación de una estructura compacta de orden
superior en la cromatina, dando lugar a heterocromatina facultativa. Además, PRC1
recluta Dmnt3 (esto refuerza el estado heterocromático).

Es un mecanismo del que aún se desconocen muchas cosas.

Esta compactación es tan obvia, que en los núcleos de las células, si los tratamos con un Ac
anti-Polycomb, podemos ver las zonas que están heterocromatinizadas, conocidas como
cuerpos Polycomb. Así podemos identificar estas zonas. Como el núcleo interfásico tiene una
arquitectura más o menos fija, hay quien ha pensado en utilizar estos cuerpos como prueba
diagnóstica, porque su constancia en un tipo celular es prácticamente absoluta. Es decir, si
una célula epitelial la teñimos con estos Ac y registramos el patrón, cabe la posibilidad de
utilizar la detección de cuerpos como prueba diagnóstica de alteraciones en el patrón de
expresión génica. Se está estudiando para utilizarla como prueba diagnóstica pre-cancerosa.
¿Por qué se unen los cuerpos Polycomb al DNA? Porque estos cuerpos reconocen zonas
conocidas como elementos de respuesta de Polycomb (PREs). Estos elementos son secuencias
de DNA a las que se unen los complejos.

La búsqueda de estos elementos ha sido una pesadilla durante años, porque no son secuencias
consenso habituales como las que estamos acostumbrados a tratar, sino que son zonas que
tienen una determinada distribución de secuencias, pero no son secuencias específicas, sino
que también existen en otros genes.

Por ejemplo, cuando pensamos en proteínas que se unen al DNA, se nos ocurren sitios como el
operón lac, ya que fue la primera secuencia de unión al DNA descubierta. Es una secuencia
determinada que hace que el represor lac la detecte y se una. A este operón lac también se
une otra proteína, de respuesta al AMPc. Esta proteína también tiene una secuencia
determinada para unirse.

Cuando una determinada proteína de unión al DNA se une a muchos sitios de unión en un
mismo organismo, o a sitios homólogos u ortólogos, a veces las secuencias son diferentes,
pero siempre se parecen, y si las alineamos podemos llegar a una secuencia consenso. En esta
secuencia, las diferencias se olvidan y se establece una analogía. Con herramientas como
BLAST podemos buscar nuestras secuencias consenso en el genoma.

En cambio, esto no ocurre con los PREs. Los PREs no son variaciones de una secuencia
consenso. Su composición entra dentro del concepto de “lógica difusa” (“fuzzy logic”) definido
por el matemático Lofti A. Zadeh (1921-2017). Un ejemplo sería: no hay dos perros iguales,
pero cuando vemos un perro sabemos que es un perro.

Un PRE es una región de DNA que contiene secuencias que también

están presentes en regiones que no son PREs. Lo que define a un PRE
es la densidad y distribución de dichas secuencias. Por ejemplo, en la
imagen de la derecha vemos un PRE en el gen bxd de Drosophila (el
primero que se descifró). Tiene una serie de motivos que también
están en otros sitios, como en el gen white. Incluso en el gen LacZ de
E.coli encontramos estos motivos. Pero la distribución es diferente,
con lo cual lo que leen los complejos Polycomb es una distribución de
motivos que por algún motivo es reconocido por ellos.
 3. Trithorax (Trx).
Como hemos visto, los complejos Polycomb son complejos represores y tienen un papel
fundamental en la identidad celular porque dan lugar a heterocromatina. Además, participan
en el establecimiento de los patrones de expresión génica durante el desarrollo (también
como represores).

En cambio, los complejos Trithorax son complejos activadores. Estos remodelan la cromatina
activando la expresión génica, con lo cual, dan lugar a la eucromatina. Están en un escalón
inferior a los anteriores, ya que estos complejos actúan cuando les deja Polycomb, es decir,
donde no actúan los complejos Polycomb pueden actuar ellos.

Además, estos complejos mantienen los patrones de expresión génica asociados al desarrollo,
en ocasiones como antagonistas de PcG.

En este caso, no son un grupo característico como los Polycomb, sino que es un grupo
heterogéneo de activadores de la transcripción. Podemos encontrar muchas cosas, como:

Ambos complejos, tanto Polycomb como Trithorax, son factores de memoria que establecen y
mantienen la identidad celular.

Debemos añadir que además de haber Trithorax que actúan de forma general, a diferencia de
Polycomb, también los hay específicos de linaje. Por ejemplo, son distintos en linfocitos B,
que en células musculares, que en células neuronales.
 4. Interacción de Polycomb y Trithorax con sus dianas.
En la interacción de estos complejos con sus dianas intervienen RNAs largos no codificantes
(long ncRNas). Estos RNA son un descubrimiento relativamente reciente. Son moléculas que
intervienen en la señalización epigenética.

Por tanto, los complejos que confieren identidad celular, saben donde tienen que ir en el
genoma en cada momento gracias a estos RNAs que les guían.

El primero que se descubrió como un guía de estos complejos es el HOTAIR: un RNA largo no
codificante que regula la actividad de complejos Polycomb. Se descubrió en Drosophila. El
cromosoma 12 está fabricado de RNA HOTAIR y es un descubrimiento histórico. Este RNA
llevaba al complejo PRC2 a unos genes del desarrollo llamados HOXD que se expresan en la
vida larvaria pero que deben reprimirse en un momento determinado. Esta represión la
consiguen gracias al complejo Polycomb. Estos genes se encuentran en el cromosoma 2.

Una alteración de estos complejos, ya sea en una célula madre o en una célula diferenciada,
puede dar lugar a un tumor. Lo mismo ocurre con la síntesis de lncRNAs a destiempo o en
cantidad no apropiada. También puede dar lugar a otros problemas.

¿Cómo se producen señale diferentes en células diferentes?

Desde la primera división del cigoto, el citoplasma no es igual en las células hijas, con lo cual, a
medida que las células se dividen van teniendo distinto citoplasma. Además luego se van
produciendo señales que se pueden dar por: difusión de señales, contacto directo, conexión
directa…

Dentro del embrión hay un sistema de señalización continúa que va a hacer que en un
momento determinado, en una célula determinada, aparezca el HOTAIR para guiar a PRC2 o
aparezca otro para guiar a TrxG.

Por tanto, estos complejos son los que nos van a definir qué es eucromatina y qué
heterocromatina.

5. Propagación de los patrones que definen la identidad celular.

Este cuadro resume cómo se encuentra la cromatina:
Pero, ¿cómo se transmite esta memoria epigenética a las células hijas? Vamos a verlo
fijándonos en el ciclo celular:

- En fase G1, los PRE/TREs silencian por defecto (a menos que sean genes que deban
transcribirse).
- En fase S, ocurre la replicación del DNA, con lo cual PRE/TREs se replican.
- En fase G2, los PRE/TREs silencian por defecto (a menos que sean genes que deban
transcribirse). Antes de entrar en mitosis, los PcG tienen que disociarse, para que
pueda realizarse la compactación de la cromatina.
- En mitosis, ocurre un cierre transcripcional global. Luego, antes de entrar de nuevo en
fase G1 debe volver a montarse los PcG.

Es lógico que este proceso tan complejo tenga fallo y haya células que pierdan su identidad.

En todo este proceso es clave la metilación del DNA, ya que esta se mantiene, solo pasa por
hemimetilación durante la fase S. Con lo cual, la metilación mantiene una marca epigenética
en el genoma para que luego pueda volver a montarse todo.

La heterocromatina no siempre se forma solo con complejos Polycomb. De hecho, hay una
proteína, llamada HP1, que se añade a todos los mecanismos que hemos visto anteriormente
para formar la heterocromatina constitutiva. También da lugar a algunas zonas de
heterocromatina facultativa.

Esta proteína es característica de telómeros, centrómeros… Se une en respuesta a la

trimetilación de la lisina 9 de la histona H3. La realiza la SUV39H1, una lisina-metiltransferasa
de histonas con cromodominio y dominio SET. Interacciona con MBD1.

Esta proteína también se llama CBX (“chromobox homolog”). Es de una familia de proteínas
esencial para la formación de heterocromatina constitutiva. HP1 y/o sus homólogos están
presentes en los telómeros y centrómeros de todos los ecuariotas (a excepción de
Saccharomyces).

También se encuentran en otras regiones heterocromáticas de los cromosomas (ej. satélites),

y, a concentraciones más bajas en otras regiones, impidiendo la expresión génica.

Todas las proteínas de la familia poseen un cromodominio N-terminal que reconoce H3K9
trimetilada. Se unen a los nucleosomas en forma de dímero y la unión es cooperativa,
permitiendo la formación de multímeros.