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El crecimiento de una población que normalmente cuando se hace ene el laboratorio uno lo puede
medir en función de varias cosas, por ejemplo, la masa del cultivo, en función del número de las
células (a pesar que se observa el crecimiento de la población uno puede determinar el número de
células que hay), esos aumentos o cambios están relacionados con la velocidad de crecimiento y
obviamente con el tiempo de generación ( el tiempo que una población se demora en que de una
célula se toman dos), tiempo que el que se duplica la población (a nivel de población).
Uno puede hacer determinación del crecimiento del cultivo con la masa celular y para eso lo que
uno hace es toma una fracción del cultivo, por ejemplo, de 100 ml tomo 20 ml, obtengo las células
ya sea por filtración o centrifugación y peso la masa celular y posteriormente después de un
tiempo tomo otra alícuota del cultivo, vuelvo y peso y voy midiendo el cambio en esos pesos y es
me da un índice de más o menos cuanto y como va creciendo el cultivo. Uno de los que mas se
utilizan en el laboratorio es detectar el número de células que van aumentando la población, en
este caso es muy importante el tiempo de generación (fase de crecimiento logarítmica, está
incrementando por una unidad de tiempo el número de células, fase donde mayor crecimiento se
da), se van realizando gráficas de como van creciendo las células con respecto al tiempo, a partir
de unas tablas se determina el tiempo de generación que es cuando la población se va a duplicar
(en fase logarítmica), cuando un microorganismo crece en el laboratorio atraviesa por diferentes
fases.
En el laboratorio normalmente crecen en unos sistemas cerrados líquidos (es lo ideal para
determinar el crecimiento), se realizan en tubos, frascos, Erlenmeyer. Se llaman cerrados porque
agrego el medio y las células y cierro el sistema, no lo abro hasta que se acaba el cultivo, no coloco
nutrientes, no saco sustancias de desecho, allí los microorganismos van creciendo hasta que se
dan todas las fases de crecimiento y las células se empiezan a morir (se agotan los nutrientes). El
crecimiento en esos sistemas se observa en una curva de crecimiento, uno observa que el
crecimiento se dan en 4 fases, cada una de las fases tiene unas características, la primera fase,la
fase lag, que se denomina también fase de latencia, en esta fase empieza en el momento en que
se colocan las células en el medio de cultivo (a esto se le llama inocular) y estas empiezan a hacer
una exploración del medio de cultivo, a ver que nutrientes tienen y a encender los genes para
poder expresarlos, codifican las proteínas que se requieren para metabolizar los nutrientes en ese
medio de cultivo (es una fase de exploración), normalmente en esta fase revisan el medio y no hay
gran cantidad de crecimiento, empiezan a crecer tímidamente en el medio, cuando ellas conocen
el medio de cultivo (saben que tienen y encienden todo lo que necesitan para metabolizar los
nutrientes, cuando sucede esto empieza una fase de crecimiento rápido, fase exponencial,
empiezan a tomar los nutrientes y a dividirse y allí es donde se empieza a ver el medio de cultivo
turbio porque se da el crecimiento rápido, velocidades altas (en esta fase se dan las mayores
velocidades de crecimiento), ellas estuvieron creciendo mucho, se consumen todo, y también
expulsan unas sustancias de desecho que van cambiando el pH (acidificando), el ambiente son se
trona tan bueno, llega un momento en que debido a que se acabaron los nutrientes y las
condiciones cambiaron, se empieza a frenar el crecimiento, allí se llega a la tercera fase, fase
estacionaria, ellas están creciendo lentamente, unas se están dividendo otras no y algunas se
están muriendo, en esta fase el número de células nuevas en más o menos igual al número de
células que se están muriendo, por eso la gráfica se mantiene constante, en ese momento esto se
denomina crecimiento críptico, porque unas están creciendo y dividiéndose y otras muriéndose,
eso hace que se mantenga más o menos constante el número de microorganismos en esa
población, aguantan con los poquitos nutrientes que tienen, y como hay unas que se están
dividiéndose entonces hay que controlar la población, llega un momento en el que los nutrientes
se agotan y ya no alcanzan para sostener la población, las células empiezan a morirse y es lo que
se denomina fase de muerte, aquí la población empieza a caer y llega un momento determinado
cuándo uno va a sacar una muestra de esos microorganismos y se encuentra que esos
microorganismos han muerto, así termina la curva de crecimiento, esto es lo normal que se de en
sistemas de crecimiento cerrados.
Hay unos sistemas que se denominan sistemas de cultivo abierto o de cultivo continuo, allí el
cultivo se puede mantener por un tiempo indefinido, puedo hacer que permanezcan en una fase
exponencial o fase estacionaria por el tiempo que yo quiera y eso depende de que como el cultivo
es un sistema abierto de la cantidad de medio que yo le agregue, no son cultivos sencillos (no son
en frascos), estos tiene una cámara de cultivo donde están los microorganismos con el medio, una
cámara por donde se inyecta el medio nuevo al cultivo (cámara reservorio), también se tiene un
sitio de drenaje, por ahí se puede sacar medio viejo del cultivo, medio agotado que ya no tiene
nutrientes (también cuando la cámara de cultivo se va llenando). Siempre va a haber nutrientes
para que las células crezcan, van a tener todos lo nutrientes necesarios para que se dé el
crecimiento. En algunas ocasiones se puede por el sitio de drenaje salir células de las bacterias, sin
embargo en muchos sistemas se colocan filtros de manera que solamente salga el medio de
cultivo, estos medios varían de acuerdo a lo que se necesite, se utiliza este medio de cultivo
cuando se va a hacer una producción de tipo industrial, por ejemplo, cuando necesito producir un
antibiótico, ácido láctico, etanol, uno de los modelos que se utilizan en el laboratorio son los
fermentadores y estos tienen un sitio de drenaje y uno a través del cual se agregan las sustancias
químicas que necesita el microorganismo para crecer (carbono, nitrógeno…), de estos tipos de
sistemas abiertos hay varios están los quimiostatos donde agrego los reactivos químicos y de
acuerdo a la cantidad de reactivo químico que le agregue, voy a determinar en dónde está
creciendo la célula, hay otros que se llaman turbidostatos, en estos simplemente lo que manejo no
es tanto la cantidad del medio de cultivo que agrego sino la turbidez del medio, voy midiendo la
turbidez y con esa medición puedo decir si agrego o no más medio de cultivo.
Quimiostato: los microorganismos se cultivan a una amplia variedad, puedo definir en qué sitio
de la curva los quiero mantener, allí se dan normalmente crecimientos balanceados, voy
dirigiendo el crecimiento de acuerdo a un nutriente que le vaya agregando, y puedo determinar
qué cantidad de células quiero mantener en ese sistema, puedo decir que se vaya duplicando de
cierta manera o que tenga un tiempo de generación x, puedo controlar diferentes condiciones de
crecimiento en este tipo de medios.
Cuando uno parte un tipo de cultivo como por ejemplo Los de cultivo abierto, normalmente parte
de un inóculo que tenga un número determinado de células, es decir vamos a partir por ejemplo
de 1.5*10-4 /ml, entonces debo ser capaz de colocar en 1 ml esa cantidad de células, esto se hace
contando los microorganismos.
hay varias técnicas para realizar ese conteo, se pueden contar células totales o células viables.
células totales: se utiliza una cámara (Petroff-Hauser), que es como un portaobjetos y hay
diferentes tipos de cámaras, O se puede con contadores electrónicos (contador coulter,
citometría de flujo) (contraparte de las cámaras), En este cojo mi medio líquido lo coloco
en un orificio que el contador tiene, ello desplaza por una manguera hacia un capilar y
automáticamente cuenta las células.
Recuento células viables: Aquí se cuentan células vivas, me aseguro de que las células
están vivas observando el crecimiento en placas de Petri. El crecimiento en una placa de
Petri (que contiene el medio de cultivo) se puede observar mediante unos puntos, que se
denominan colonias, teóricamente cada uno de estos puntos se originan de un
microorganismo, Cuando uno hace recuento de células viables uno lo reporta como
unidades formadoras de colonia, Esta metodología se puede hacer por siembra en
superficie o por siembra en profundidad.
siembra en superficie: Lo que se hace es que se tiene un cultivo y quiero saber cuántas
células hay en el cultivo entonces de este cultivo se coge una muestra lo agito y lo agrego
en 9 ml de medio limpio, o sea medio que no contiene células (medio estéril), ese mililitro
está diluido en 10 veces, o sea, 1/10 veces su volumen Esto da un factor de dilución de 10 -1
Luego de esto se empieza una serie de diluciones seriales, de cada tubito voy a sacar una
muestra de 1 ml y lo voy a agregar a 9 ml de medio estéril lo agito bien y vuelvo a sacar 1
ml y lo vuelvo a agregar a un medio limpio así sucesivamente, voy haciendo una serie de
diluciones, normalmente el máximo que se hace es 1/10 6. una vez se tiene toda la dilución
seriada se toma 1 ml de cada tubito y se siembra en una caja de Petri que tienen medio de
cultivo sólido, lo incuba toda la noche y al otro día se evalúa el crecimiento, se empieza
por la menor dilución (hay muchas células), se cuentan las colonias pero uno se encuentra
con que hay muchas juntas y eso no sirve por lo que se pasa a la siguiente caja Petri
(dilución 1/100) aquí todavía se observa que todavía se están uniendo colonias entonces
uno pasa a la siguiente caja Petri (1/1000) aquí por lo general sí se pueden contar las
colonias y las va marcando con un marcador (las va señalando con un marcador) luego de
tener la cantidad de colonias, se multiplica por el factor de dilución, en este caso sería por
103 (unidades formadoras de colonias por mililitro y si quiero saber la cantidad total que
había en el medio de cultivo lo multiplico por todos los mililitros que hay, y esto va a dar el
valor total de células que habían en el cultivo. Un punto muy importante es la siembra de
los tubos en las cajas Petri, uno coge el cultivo y lo agrega sobre la caja (en el medio de
cultivo sólido) y luego lo platea con un aza que forma como un triángulo (las más comunes
son de vidrio), con esta aza se reparte el medio por toda la superficie, cada punto en la
superficie debe quedar con cultivo, luego se encuba próxima parada en contraparte muy
diferente en Medellín para volver a este lugar se llama mucho tiempo feliz y en la
superficie se ven los microorganismos creciendo.
Siembra en profundidad: uno coge la caja de Petri estéril y vacía, agrega el cultivo y luego
agrega el medio de cultivo sólido, el medio de cultivo debe venir caliente para que se
encuentre en estado líquido (si no se calcula bien la temperatura el calor puede lograr
matar alguno de los microorganismos y el recuento va a tener errores), luego de agregar el
medio de cultivo la tapa y se sacude un poco la caja de manera circular, algunas van a
crecer en la superficie y otras por dentro del medio de cultivo, entonces no es fácil la
visualización, se puede confundir uno contando (las que están en el medio de cultivo se
ven borrosas)
MÉTODOS TURBIDIMÉTRICOS
Todos los tipos de microorganismos vistos en la gráfica tienen una serie de características que
hacen que se adapten a esas temperaturas (se adaptan a t bajas)
ADAPTACIONES MOLECULARES:
A T BAJAS
ellos se adaptan porque los fosfolípidos de la membrana tienen más ácidos grasos no saturados
con cadenas más cortas, Como son cadenas más cortas la membrana va a ser más estable, o sea,
más compacta, eso hace que la membrana tenga la característica de ser semifluida a esas
temperaturas tan bajas.
Tienen enzimas más resistentes al frío, proteínas que tienen mayor Alfa hélices y menor cantidad
de hojas beta, tienen más aminoácidos polares y esto hace que las proteínas resistan al frío y sean
más flexibles. también se ha observado que estos microorganismos tienen unas proteínas que se
denominan proteínas de choque frío (cobijan), Las células en el citoplasma empieza a almacenar
una gran cantidad de sustancias que se denominan crioprotectantes Y celoni y otras proteínas que
lo que hacen es que el agua que hay en el citoplasma se congele se formen cristales y así ella logra
sobrevivir a bajas temperaturas.
tienen también unas membranas con unos ácidos grasos saturados y tienen una cadena larga, las
únicas formas que soportan esas temperaturas por encima de los 65° son todos los
microorganismos procariotas, Hay algunos arquea que viven por encima de los 100 °C. Estos sean
encontrados en chimeneas submarinas, que se llaman fuentes hidrotermales que se encuentran
en el fondo del océano y que tienen temperaturas de 300 °C, por ahí sale gas caliente y se han
encontrado en diferentes sitios, son muy abundantes en Nueva Zelanda, Islandia, Japón, Estados
Unidos, también se pueden encontrar en los termales.
además de que la membrana tiene ácidos grasos saturados con cadenas largas, estos se han visto
que tienen unas enzimas que son termorresistentes el interior de estas enzimas es hidrofóbico,
tienes más enlaces iónicos y esas también producen otros solutos como di-inositol fosfato,
diglicerol fosfato, manosilgricerato. Estabilizan proteínas
un ejemplo de enzimas que están a altas temperaturas son las termos acuáticos (TAQ polimerasa).
En arqueas tienen éteres de hidrocarburos en la membrana y que en vez de informar una bicapa
lipídica forman una monocapa lipídica, hay bifitanil-tetraéteres
Los aerobios utilizan el oxígeno y los anaerobios no lo utilizan (incluso para algunos es
tóxico).
Aerobios: Los microaerófilos (si necesitan el oxígeno lo utilizan en muy pocas cantidades,
pueden crecer con niveles de oxígeno muy reducidos), una de las características de los
aerobios es que crecen en el aire que respiramos (el aire tiene aproximadamente 22% de
oxígeno). Los facultativos (están en capacidad de utilizar el oxígeno pero si no hay realizan
otros procesos), ambos, usen oxígeno o no pueden vivir en presencia de oxígeno.
Anaerobios: Los aerotolerantes (si hay oxígeno no les importa, pero igualmente no lo
utilizan, no se mueren). Los obligados (para eso es el oxígeno es tóxico, si hay oxígeno en
el medio ellos se mueren, deben vivir en un ambiente que sea anoxigénicos, libres de
oxígeno)
NOTAS DE CLASE 6
CONTROL DE LAS POBLACIONES MICROBIANAS
Las células para dividirse y para crecer empezaban a elongarse, empezaban a hacer la replicación,
comenzaban a hacer una serie de pasos con el fin de poder mejorar esa replicación acá lo que se
va a ver es quien les da esas señales a las células para que para que lo haga.
Después de ver estas técnicas vamos a mirar cuáles son los puntos de cómo se puede localizar
o realizar estos experimentos, vamos a ver qué es lo primero que sucede cuando una célula se
va a dividir, esta se va a preparar para el proceso de crecimiento, lo primero que hace la célula
es comenzar a replicar su material genético, una vez comienza a replicarse la célula
inmediatamente no debe comenzar otra replicación, hay que esperar que pase un tiempo. Ese
inicio de la replicación está regulado por unas proteínas que se llaman DnaA y SeqA. El origen
de replicación de E.coli es el oriC, Hay una secuencia cercana a ese ori donde se puede unir
DnaA, DnaA solamente se une a unas secuencias que son guanina, adenina, timina y citosina,
pero se unen sólo si la adenina en esa secuencia de cuatro nucleótidos está metilada (los
puntos rojos en cada secuencia de GATC indican que la adenina está metilada) y la DnaA está
activa si tiene ATP unida a ella, y cuando ella está activa es que va y se une a esa zona en la
región del ori y cuando ella se une quiere decir que se inicia la replicación, vienen las DNA
polimerasas, topoisomerasas y empieza la replicación, cuando se empieza a la replicación (es
semi conservativa) las cadenas se dividen y las cadenas nuevas se van formando de muestra
de las cadenas molde y esa nueva va a tener una característica la cual es que no está metilada,
la metilación sea posterior a la replicación y como no está metilada el DnaA no se va a unir (la
hemimetilacion no le gusta al DnaA), a la nueva cadena que no está metilada se le une una
proteína llamada SeqA protegiéndola para que no se vaya a unir un DnaA ni que vaya a volver
a empezar la replicación, al unirse SeqA inactiva al DnaA, se compite por la unión al OriC.
Cuando ha pasado un tiempo determinado viene una enzima que se llama Dna adenina
metilasa, ésta reconoce las secuencias (de nucleótidos) y las metila y SeqA se suelta y el sitio
Ori queda libre para que se pueda volver a unir una DnaA, la replicación es demasiada rápida,
en E.coli ya va más de la mitad del material genético replicado (E.coli se replica en 20’), esta se
replica muy rápidamente.
REPLICACIÓN EN CÉLULAS DE CRECIMIENTO RÁPIDO
Digamos en un tiempo de replicación de una hora, la célula replica su material genético, hace
las 2 hebras, empieza a elongarse, una vez ha conseguido lo que se llama una masa umbral es
decir el tamaño requerido para dividirse, se divide y cada una de esas cebras va a las células
hijas.
Cuando las células tienen un DNA suficientemente grande que sólo pueden ser replicado en 40
minutos, lo que ellas hacen es que manejan el proceso de regulación de manera que no se ha
terminado un proceso de replicación y ya ella ha comenzado el otro y cuando uno mira esas
células con un microscopio electrónico, uno observa que el proceso de replicación se está
dando varios procesos en cadena en la misma célula y de esa manera es la única manera en
que la célula puede crecer utilizando un tiempo de generación menor al tiempo de la
replicación ella va adelantando la tarea.
SEGREGACIÓN DE CROMOSOMAS
cuando se replica el material genético cada hebra debe ir a una célula hija y eso se llama
segregación de cromosomas (cada una de las copias quedan en una célula hija). En
caulobacter se ha visto que en la segregación hay un sistema que tiene un papel muy
importante el cual se llama par, el cual está conformado por diferentes unidades uno es una
proteína que se llama ParAATPasa, una ParB ( proteína de Unión al cromosoma en una
secuencia que se llama parS) y hay un complejo que se llama PopZ, lo que sucede es que una
de las hebras (de la cadenas) que se va replicando las proteínas ParB unidas a ese sitio parS las
anclan al complejo PopZ y quedan fijas, las sostienen para que no se vaya detrás de la otra
cadena y las migran al otro extremo de las células (la otra se va orientada a donde hay una
mayor hidrólisis de ATP), lo que queda es un complejo y Unido a la célula original y la otra va
migrando el extremo terminal dónde se va a formar la otra célula. Cuando las 2 copias están
en la misma célula hay un proceso que se llama oclusión nucleoide y este proceso impide que
la célula comienza a dividirse en un punto determinado es decir por ejemplo si la célula se
divide en el centro la oclusión nucleoide impide que se empiece a formar el septo, el proceso
de oclusión nucleoide indica la célula que dónde está el material genético ahí no se puede
dividir.
Después de que se segreguen los cromosomas seguiría que la célula empiece a formar el
septo, cuando se separan los cromosomas entonces los nucleoides se van hacia cada uno de
los extremos de ese cromosoma, por la oclusión nucleoide mientras el núcleo está en el centro
no puede haber división. Las proteínas FtsZ se hacen en el centro de la célula, proteínas del
divisoma, y este divisoma está conformado por diferentes proteínas (las amarillas son las
donas) e indican el plano de división celular donde ellas se hacen ahí se da la formación del
centro y estas proteínas las trae otra llamada FtsA y esta las atrae y a su vez ayuda a anclarlas
a la membrana citiplasmática, hay otra proteína llamada ZipA que sirve para estabilizar esa
conexión con la membrana de la FtsZ, las Fts1 son importantes en la síntesis de
peptidoglucanos, la FtsK y estás vigilan que el cromosoma no esté por ahí para que este no se
rompa en la formación del septo. En el divisoma para el caso de los bacillus y cocos se
empiezan a formar nuevas unidades de membrana o pared, cuando se utilizan esas técnicas
vistas a principio y se le hace un seguimiento a las FtsZ y se vio que donde se encuentra esta
proteína es donde se forma el septo, el divisoma le señala a la célula donde debe formar el
septo, es un complejo de proteínas que están relacionadas con la formación de nuevo
material.
PROTEÍNAS Min
Ahora vimos unas proteínas (FtsZ) que le avisaba no le decían a la célula que se había dado la
segregación de esos cromosomas para que ya comenzara a formar el septo, ahora también
vimos que haya región nuclear en el centro no se va a formar anillo FtsZ. Además de la FtsK
que vigila que no hayan cromosomas hay otras proteínas que se llaman Min (MinC, MinD y
MinE) lo que hacen es que esas proteínas protegen cuando está la oclusión núcleo y de esa
zona para que no se vaya a dar esa formación de septo y se vaya a empezar la división sin que
éstos cromosomas hayan empezado a migrar, La MinE se encuentran en el centro y y las otras
2 tienen una función y ese estar hacia los lados, MinE se empieza a mover y empieza a
empujar a las otras 2 hacia los lados es como si estuviera limpiando la zona, limpia el centro y
eso empieza a coincidir con la segregación del cromosoma, cuando ellos están empezando a
migrar empieza a formarse el anillo FtsZ ya el material debe haber migrado y cuando este
anillo empieza a formarse empieza la formación del septo, la acción de colocar nuevo material
genético para para que las células cierre se da de la siguiente manera:
en bacilos resulta que hay una proteína que se llama MreB, esa es la responsable de la
morfología celular la estudiaron porque hay observaron que habían unos puntos donde la
MreB se unía con la membrana y la pared y en esos puntos se empezaba a dar crecimiento,
cuando se empezaba en local la célula en los extremos se metía material nuevo. MreB se
encarga de la formación de un citoesqueleto en bacterias y en algunas especies de archea.
Esta proteína hace un espiral debajo de la célula y con este espiral se va dando forma a la
célula, se encargan de darle forma a los bacilos, si se quita esta proteína en los bacilos, las
células se volvían cocos, así que por defecto la morfología de las bacterias sean cocos,
solamente en aquella donde está la proteína expresada había la forma de los bacilos al igual
que sucede en otras células. Ellas identifican donde hay material nuevo de la célula.
CRESCENTINA
Se estudiaron otras proteínas y se dieron cuenta que no solo MreB estaba relacionada con la
forma, sino también por ejemplo en Caulobacter estaba MreB (daba la forma alargada) y otr a
proteína llamada crescentina que hacía que pareciera una curva.
BIOSÍNTESIS DE PEPTIDOGLUCANO
Donde MreB se unía allí empezaba a crecer la célula y se veía rayada, empezaron a ver que
pasaba en cocos ya que no había MreB entonces se quería saber donde se adicionaba el
material nuevo, en cocos el material se adiciona a partir del anillo FtsZ, las células se empiezan
a dividir, hay una célula vieja y una hija, cada una de ellas tiene mitad de material nuevo y
viejo, para uqe crezca en tamaño. Lo que se muestra en la figura es un crecimiento localizado,
las de gemación también.
¿cómo se da lugar al material nuevo?
Hay otros procesos en los cuales la célula requiere regulación y en ellos debe haber una
expresión diferencial de genes, uno de esos procesos es la formación de endosporas en
bacillus y el otro es la diferenciación de los tipos celulares en Caulobacter (le dice que divídase
y de lugar a una célula flagelada).
Regulación de la formación de endosporas: Estas se formó aun cuando las células se
iban a enfrentar a un ambiente que no era muy bueno y con el fin de lograr la
supervivencia de la especie se formaban esas endosporas, las células sabían eso ya
que normalmente ellas tienen unos vigilantes qué le dicen cómo está ese medio y esas
son unas enzimas que se llaman quinasas, estas monitorean el ambiente, como un
número medio se reconocen 5 de esas quinasas, cuando detectan que hay un cambio
ya que son unos sensores inmediatamente empiezan a transferir grupos fosfatos a
otras moléculas esas moléculas siguen con la transferencia de grupos fosfatos y eso es
un aviso a la célula de que el ambiente se está dañando y se empieza a hacer la
esporulación, la fosforilación sucesiva que se va pasando de unas proteínas a otras
cuando el ambiente se va dañando llegan hasta la fosforilación de una proteína, de un
factor que se llama Spo0A y cuando se fosforila ese último se empieza a esporular.
Cuando cambia el ambiente, se está secando, hay demasiadas células, no hay comida,
se dan las señales: las quinasas comienzan las fosforilaciones hasta que se fosforila
Spo0A, Y esta va y activa a un factor que se llama SpoIIE y este va y le quita el fosfato a
uno que se llama SpoIIAA Y cuando esto sucede es la señal donde se dice que llegó el
momento de trabajar, se pone activa y se va a donde está SpoIIAB y donde está sigma
F, el primero suelta a sigma F porque hay que empezar la esporulación, SpoIIAB se une
a la SpoIIAA la cual no tiene el fosfato, sigma F cuando está activo se una a la RNA
polimerasa y empieza la transcripción de genes necesarios para la esporulación,
dentro de esos genes está lo que son otros factores, cuando Sigma F se libera empieza
a formar la endospora y a hacer que se expresen otros factores como por ejemplo
Sigma E el cual permanece dentro de la célula madre y este Sigma E dirige otra parte
de la formación de esa espora, se empieza a manejar la transcripción de muchos genes
incluido uno que se llama sigma K, también se empieza a producir Sigma G la cual está
dentro de la espora y todos estos juntos empiezan a hacer que se forme la espora, se
rompa la célula madre y se pueda liberar al medio ambiente, están 2 factores
importantes que actúan en la espora que son Sigma F y Sigma G, ideas importantes
que actúan en las células madre que son Sigma E y Sigma K. ¿cómo se aseguran las
células que se ha terminado el proceso de esporulación? resulta que cuando se
fosforila el Spo0A hace que la célula empiece a producir una toxina y esa toxina va a ir
a matar a todas las otras células que se han dormido y no han empezado la
esporulación, resulta que esas células liberar compuestos de manera que si se acaban
los nutrientes ellas se pueden alimentar y terminar el proceso de esporulación, la que
no empezó la esporulación sirve de alimento.
Diferenciación en Caulobacter: Comienza con una célula nadadora donde se está
expresando el gen en mayor cantidad, ella viaja, se alimenta y empieza a disminuir la
traducción y transcripción del gen (CtrA-P) y empieza a aumentar la producción de
DnaA , se empieza la replicación, la célula pierde el flagelo y empieza la etapa de
síntesis de otra cadena de DnaA luego empieza a formar gracias a la expresión de Gcr
una protuberancia o tallo y se vuelve quieta, fija y se queda esperando a terminar el
proceso de formación de la célula hija, una vez se forma esta vuelve y sigue todo ese
desarrollo, esta expresión de genes es la que dirige la formación de la prosteca, la
elongación, la división celular.
FORMACIÓN DE BIOPELÍCULAS
Hay algunas células que crecen de manera especial, forman lo que se llaman las biopelículas, estas
es un crecimiento a través de las cuales las células se unen a través de una matriz la cual puede ser
de diferentes compuestos, para la formación de una película por parte de una bacteria hay un
proceso que se llama adhesión donde las células libres se adhieren a una superficie y se empiezan
a multiplicarse a colonizar esa superficie, a producir más ese compuesto que va a permitir la unión
entre ellas, se sigue creciendo la biopelícula y por ultimo algunas células se liberan en una etapa
que se llama dispersión y ellas empiezan a formar biopelículas a otro lado. (1. Adhesión, 2.
Colonización, 3. Desarrollo, 4. Dispersión).
Las biopelículas no permiten la entrada de antibióticos. Muchas veces las personas que tienen
válvulas, que tienen metales muchas veces sufren infecciones por células que forman biopelículas
y esas infecciones son super difíciles de combatir.
Lo primero que pasa es que la célula se adhiere y empiezan a producir los genes de las
biopelículas, señales que le avisan a las otras células que también produzcan esos genes y por
último se produce esa matriz, en muchos casos esa matriz tiene diferente composición y cuando
esto sucede por ejemplo cuando se forman esas biopelículas, se forma un compuesto que se llama
di-guanosina monofosfato cíclico (c-di-GMP) qué es lo que haces que este compuesto indica que
se ha formado en la biopelícula y que el flagelo se pierda, regula algunas proteínas en la superficie,
y también dirige lo que es la síntesis de la matriz.
La matriz de P.aeruginosa está compuesta por un compuesto que se llama Acil Homoserine
lactona.
NOTAS DE CLASE 7
SISTEMAS REGULATORIOS MICROBIANOS
Vamos a ver otras moléculas encargadas de diferentes procesos dentro de la célula, por ejemplo
moléculas que se encargan de avisarle a la célula cuando se está enfrentando a unas condiciones
que no son las adecuadas y cuáles estrategias la célula debe tomar para poder sobrevivir a estos
cambios ambientales o a todas las situaciones que ponen en riesgo a la supervivencia de la célula.
Expresión génica:
Constitutiva: son los genes que codifican para moléculas que ella necesita siempre
para desarrollar todas sus funciones
Regulada: corresponde a los genes que se deben expresar en ciertas ocasiones, en
determinadas condiciones estos se expresan en diferentes niveles dependiendo de si
las células necesitan o no y en qué cantidad.
Vamos a hablar de cómo se regula la expresión de todos estos genes, en general hay 2 formas de
regulación, las bacterias o células pueden regular la expresión génica por:
se puede regular a nivel de la transcripción a nivel del paso de la información de DNA a RNA y
se puede regular también en la etapa de la traducción, etapa en la cual es RNAm da lugar a lo
que son las proteínas, una vez la proteína está formada viene la segunda clase de regulación y
es si esa proteína entonces interactúa con otras, si hay una inhibición por retroalimentación, si
se degradan esas proteínas, si hay modificaciones que necesitan esas proteínas para ser
activas o si esa proteína se pliega correctamente con el fin de mantener la actividad o ser una
proteína activa, en todos estos puntos puede haber regulación de lo que es la producción o los
niveles de producción de la proteína.
Intervienen unas proteínas reguladoras: estas proteínas pueden tener una interacción
que pude ser especifica o no con el material genético (DNA), y lo que le da la
especificidad es la interacción entre unos aminoácidos específicos de las proteínas y
unos nucleótidos o bases en el material genético, estas interacciones son las que dan
la especificidad de las proteínas. ¿Qué pasa en el material genético para que se de esa
interacción? Lo que se ha reportado es que en el material genético hay unas
secuencias que se llaman repeticiones invertidas y lo que pasa con estas repeticiones
es que son los sitios donde se unen las proteínas regulatorias (las que ejercen la
regulación), en la estructura del material genético se tienen unas hendiduras mayores
y menores, en la primera es donde se da la interacción entre esas proteínas. (proteína
homodimérica, compuesta por dos dímeros iguales), en esos dominios se da la unión
con el DNA. Las proteínas lo que hacen es que toman conformaciones especiales que
le permiten unirse a lo que es el DNA (material genético) la más común que se puede
encontrar es una hélice-vuelta-hélice, esta forma tiene dos segmentos de polipéptidos
que están unidos a partir de una vuelta y estar unidos de esta forma le permite tomar
la conformación para que puedan unirse al material genético, lo que se ha reportado
en la literatura es que hay una hélice que es una hélice de reconocimiento y es la que
se fija que la secuencia de material genético que sea la correcta para poder unirse y la
otras es una hélice de estabilidad y esta estabiliza la proteína realizando diferentes
tipos de interacciones. También hay otras formas en las que se unen las proteínas al
material genético, no son tan comunes como la hélice-vuelta-hélice, otro tipo son los
dedos de zinc estos se encuentran muchísimo en los eucariotas y se llaman así porque
normalmente hay unos iones metálicos unidos a lo que es la conformación de la
proteína. Hay otra conformación, por ejemplo, la cremallera de leucina, tiene una
característica y es que cada cierta frecuencia tiene unas leucinas y estas imprimen una
característica y es que ellas forman unos puentes entre ellas para mantener los dos
dominios de la proteína unidos.
TIPOS DE CONTROL
Está basado en la represión de la transcripción y existe una molécula que se llama co-represor y
ayuda a la represión del sistema.
Por ejemplo, tengo un medio de cultivo y una célula se está dividiendo, está haciendo la síntesis y
agrego arginina, inmediatamente se frenará la producción de arginina por parte de la célula y con
esto se frenará la producción de todo lo relacionado con la arginina.
Nivel molecular
En la imagen se observan los genes para la producción de las enzimas de la via de la arginina,
región promotora, operados y los tres genes. Cuando todo esto se esta expresando se produce la
arginina, en la imagen de arriba como no hay arginina el represor no es capaz de unirse al
operador y si esto no sucede todo se sigue produciendo (arginina?). Cuando se le agregó arginina,
esta va y se une al represor actuando como co-represor y esta va a hacer que el represor sufra un
cambio conformacional y esto hace posible que el represor se una a la región operadora y la RNA
polimerasa y cuando va a pasar se encuentra con el represor y no puede hacer la transcripción del
DNA, y esta transcripción se bloquea y esto energéticamente lo aprovecha la célula, se ahorra la
energía necesaria para producir la arginina.
cualquiera de los 2 sistemas anteriores vistos está bajo un control negativo porque cuando está
unida la molécula el sistema está frenado, cuando se une el represor al operador. Hay por
represión cuando el que las hace unir es un represor o por
inducción cuando el que las separa es un inductor.
Activador:
La Unión de una molécula me activa el sistema por eso se llama control positivo, y en el control
positivo la Unión de la molécula me frena el sistema esa es la diferencia entre ambos tipos de
Los regulones son un conjunto de operones, y los operones son unos genes que se transcriben en
una misma cadena de RNA mensajero y los regulones son operones Regulados por la misma
proteína reguladora, Hay también un activador el cual activa la transcripción de varios conjuntos
de genes.
Estos se refieren a que hay una regulación simultánea de muchos genes (en el regulon todos los
genes estaban relacionados), en este caso esos genes no están relacionados, normalmente estos
sistemas de control global sean en respuesta a lo que son los cambios ambientales entonces en
ocasiones una bacteria necesita regular muchos genes y los necesita hacer simultáneamente, es
decir en el mismo momento, la forma en la que lo regula es utilizando o haciendo uso de estos
sistemas de control global. uno de los ejemplos del sistema de control global que ha sido de los
más estudiados es el de la represión catabólica, esta represión catabólica es un mecanismo de
control global que controla el uso de carbono cuando hay más de una fuente de carbono
disponible, se ha estudiado mucho esto porque resulta que la mayoría de las bacterias cuando uno
les coloca glucosa ellas crecen muy contentos en la glucosa, la glucosa se dice que es una fuente
de carbono de rápido metabolismo, cuando uno está produciendo antibióticos en algunas cepas
de bacilos resulta que utilizar glucosa no es lo mejor, porque a veces cuando se hace la utilización
de glucosa la bacteria deja de producir los metabolitos secundarios, deja de producir los
antibióticos, entonces cómo se necesita producir antibióticos entonces la glucosa en este caso no
sería una de las fuentes de carbono óptimas para esta producción de antibióticos, entonces lo que
se hace es que se coloca la bacteria en otras fuentes de carbono como la lactosa, glicerol… hay que
tener en cuenta que cuando hay glucosa en el medio las células se dedican a crecer en glucosa y
no se dedican sino a dividirse la población aumenta en número.
¿ porque sólo la bacteria solamente crece alimentándose o nutriéndose de esa glucosa, Como
hace ella para favorecer o preferir esa glucosa frente a los otros?
efecto glucosa: cuando la glucosa está en el medio, que es la mejor fuente de energía entonces se
dedican a alimentarse de esa glucosa, en algunas ocasiones cuando hay mucha concentración de
glucosa la célula deja incluso de producir las proteínas necesarias para la producción del flagelo,
porque cómo no se va a mover ya que está en un sitio o hábitat óptimo, deja de producir todo lo
relacionado con la síntesis del flagelo.
cuando uno coloca la célula a crecer y en este caso en un medio de cultivo que tiene glucosa y que
tiene lactosa, lo que hace la célula primero es consumirse la glucosa y una vez que acabe la
glucosa ella vuelve y hace una fase de latencia y empieza a pensar que más tienen el medio para
consumir, reconoce que también hay lactosa y empieza a encender todos los genes necesarios
para producir las proteínas para degradar la otra fuente de carbono que es la lactosa y no morirse,
entonces inicialmente ella realiza el crecimiento en glucosa, después atraviesa la fase de latencia y
comienza de nuevo a crecer en lactosa. ¿ por qué no prefiere primero la lactosa y luego la
glucosa? la glucosa es una fuente de rápido metabolismo, uno supondría que como hay lactosa en
el medio se deberían de encender los genes los cuales producirían las proteínas necesarias para
degradar la lactosa y esto no es lo que sucede porque está creciendo en glucosa.
Resulta que eso se controla a través de una proteína que se llama proteína receptora de AMP, A
través del AMP cíclico, además del mecanismo visto anteriormente donde había un inductor que
era la lactosa y que se unía a ese represor, resulta que también hay un control en este sistema, en
esta proteína receptora de AMP cíclico, este AMP cíclico se produce partir de lo que es el ATP, Se
produce a partir de lo que es la adenina. y se produce porque una molécula que se llama adenilato
ciclasa y está lo que hace es que produce un ciclo en esa de Nina y esto se llama AMP cíclico, se
pierden los 2 fosfatos, se separan y queda una adenina monofosfato, la adenilato ciclasa produce
un ciclo y esto se llama AMP cíclico.
Para que se regule ese operon lac, Se hace a través de lo que es este sistema, resulta que cuando
había glucosa y lactosa en el medio, siempre la célula va a consumir la glucosa, resulta que para
que se den los genes necesarios para la producción de las proteínas relacionadas con la
degradación de la lactosa se deben cumplir en la bacteria 2 condiciones, la primera de las
condiciones es que la proteína receptora del AMP cíclico (proteína CRP) debe unirse a AMP cíclico,
y solamente cuando está unido a este AMP cíclico va y se une al sitio de unión, entonces para que
se produzcan estos genes debe esta proteína receptora AMP cíclico unida a AMP cíclico, la
segunda condición es que existe en el medio el inductor, en este caso el inductor es la lactosa y
entonces esa lactosa viene y se une a ese represor, complejo de AMP es incapaz de unirse al
operador por lo tanto queda libre para que pase la RNA polimerasa y después de eso puede darse
ya la transcripción.
tiene que haber un inductor que impida que se una el represor y segundo que se haya Unido la
proteína receptora de AMP cíclico (proteína CRP) al AMP cíclico, y si estas 2 condiciones se dan
entonces se pueden producir las proteínas relacionadas con el catabolismo de la lactosa.
Se cumple la condición de tener un inductor, pero por un lado resulta que la glucosa va a hacer
que se deje de producir el AMP cíclico y por el otro lado cuando hay glucosa se expresan unas
proteínas que actúan como una bomba las cuales terminan de sacar el AMP cíclico que hay dentro
de las células y no se produce más de este, por lo tanto la cantidad de este AMP cíclico en la célula
disminuye y como esto sucede no hay AMP cíclico para unirse a la proteína de regulación (CRD) y
como no se unen en el punto determinado entonces no hay transcripción de los genes, estos
últimos sólo se van a transcribir si la glucosa disminuye en el medio y cuando eso pasa se dejan de
producir las bombas secretoras de AMP cíclico y se empieza a producir de nuevo AMP cíclico, eso
quiere decir que el AMP cíclico va a aumentar y entonces se va a producir el RNAm para las
proteínas del catabolismo de la lactosa, el AMP cíclico actúa como un nucleótido regulatorio, hay
varios de estos, no solo está el AMP cíclico, también está el GMP cíclico, la guanina monofosfato
cíclica, también esta guanosina tetrafosfato o pentafosfato.
Vamos a ver cómo se puede controlar la transcripción en lo que son los arqueas, se ha observado
que existen sistemas que regulan la transcripción de los genes, se han descrito en arqueas
represores y activadores, proteínas que tienen estas funciones por tanto es claro que estas tienen
estos sistemas de regulación, uno de los ejemplos que está más claro en arqueas es un sistema
que regula la asimilación de nitrógeno.
Las represoras:
Bloquean la Unión de la RNA pol
Bloquean la Unión de la proteína TBP y/o TFB (proteína de unión a la TATA y factor de
transcripción B, respectivamente).
Los activadores funcionan realizando la función contraria
REGULADORES DUALES
En arquea también se han observado unos reguladores de transcripción que se dice que son
duales, esto se refiere a que estos reguladores duales tienen las 2 funciones, pueden activar o
pueden reprimir la transcripción dependiendo del sitio donde se unan, Unos de estos que han
sido muy estudiados son de una familia que se llama TrmBL (Son muy comunes en arqueas, se
conocen aproximadamente 250 proteínas de este tipo). El TrmBL está relacionado con lo que
es el metabolismo de los azúcares: A continuación, se va a explicar todo lo que sucede con un
microorganismo que se llama Pyrococcus furiosus.
Estos sistemas son unos sensores que normalmente están vigilando el medio, analizando qué está
sucediendo en este medio y luego cuando hay un cambio en el medio estos sistemas lo que hacen
es que transmiten estas señales al interior de la célula y entonces ya la célula apenas recibe esas
señales determina que apaga o que enciende y cuál es la estrategia que ella va a producir o a
manejar, estas señales son detectadas por un sistema sensor que hacen una transducción de
señales es decir va pasando señales de una molécula a otra. las señales recibidas del ambiente son
transmitidas a proteínas específicas para ser reguladas, en ocasiones estas señales son detectadas
por un sistema sensor que transmite la señal a los sistemas reguladores: transducción de la señal.
en las bacterias es muy común los sistemas regulatorios que son de 2 componentes: es decir que
los principales en estos sistemas regulatorios de 2 componentes son 2 proteínas, en E.coli se han
observado que hay más de 50 de estos sistemas de 2 componentes. Vamos a ver cómo funcionan
estos sistemas:
RESPUESTA ESTRICTA
En las células también hay otra respuesta que se denomina respuesta estricta, y ésta funciona
cuando la célula está llegando a un punto grave, a un punto crítico, como por ejemplo se acaban
los nutrientes, no hay agua, hay desecación, hay estrés, hay antibióticos, y cuando la célula se está
definiendo entre la vida y la muerte enciende la respuesta estricta y esta respuesta estricta como
es una respuesta cuando ella ya está enfrentada a unas condiciones adversas entonces frena la
síntesis de una macromolécula y ella se reorganiza, entonces lo que sucede en ella es:
ALARMONES
También hay otras formas en las que ellas actúan, estas formas son marcando el RNA bien sea
para que degrade una ribonucleasa o protegiéndolo entonces
en este caso por ejemplo el fragmento se une a un sitio x y lo
marca para que la ribonucleasa lo degrade en ese punto, en
algunas otras ocasiones lo que sucede es que lo protege y lo
hace es uniéndose al extremo entonces cuando llega la
ribonucleasa lo ve con cadena doble y así no lo puede degradar.
RIBOSWITCHES
Este mecanismo lo que hace es que termina la síntesis del RNA, hay 2 formas
en las que se lleva a cabo, las 2 se da por plegamiento del DNA (¿o RNA?), Una
permite la síntesis y la otra impide la síntesis, esta regulación es muy común
en genes que controlan la biosíntesis de los aminoácidos, depende de la
actividad de proteínas reguladoras o eventos a nivel del ribosoma.
cuando hay exceso de tryptophan se pliega de una manera que impide el paso
de la RNA poliemerasa, y cuando hay poco él se pliega hacia el lado contrario
y permite que pase la RNA poliemerasa y continúe con la transcripción y de acuerdo con esto se
produce o no el tryptophan.
REGULACIÓN DE ENZIMAS
Y PROTEÍNAS
Inhibición feedback
o por
retroalimentación:
esta se refiere a
que cuando se
produce un
producto final y hay
mucha cantidad de
ese producto final
la enzima tiene un
sitio activo y ese producto final se puede unir a esa enzima impidiendo que se una el
sustrato
Regulación post-traduccional
Inhibición feedback
NOTAS DE CLASE 8
GENÉTICA DE BACTERIAS Y ARCHAEA
Cada microorganismo tiene una secuencia de nucleótidos en su cromosoma bacteriano que tiende
a permanecer invariable es decir que no debe sufrir cambios es lo normal, por ejemplo cuando se
está haciendo el proceso de replicación siempre lo que se busca es que no hayan cambios en esta
secuencia por eso la polimerasa tiene una actividad digamos de copiar las bases y hacerlo como
muy de manera fiel, que siempre se conservan las mismas con el fin de que no hayan cambios en
ese material genético, porque si hay cambios eso es normalmente no se manejan, son cambios
que ocurren espontáneamente y esos cambios no se pueden definir si son buenos o malos en
determinado momento, la tendencia siempre es a que se mantenga ese material genético
conservado, que la secuencia sean las mismas, estas secuencias en algunos casos son tan
conservadas que permiten establecer diferencias entre ellos y permiten hacer por ejemplo lo que
es la identificación, cuando hay cambios en estas secuencias entonces ya estaríamos hablando de
un fenómeno que se llama mutación.
Mutación
Cambio hereditario de la secuencia de bases del genoma de un organismo, (se heredan de las
células madre a la célula hija o de la célula original a las células que se derivan de ella). El
microorganismo que sufre ese cambio se le denomina mutante y ese microorganismo que resulta
o que alberga ese cambio difiere en algunas ocasiones por su fenotipo y siempre va a diferir por el
genotipo, en el genotipo se refiere a los genes a las secuencias de ese genoma por lo tanto cuando
hay un cambio o sea una mutación este siempre va a ser diferente, cuando habla del fenotipo nos
referimos a lo que se observa a lo que está expresando ese genotipo y en algunas ocasiones las
mutaciones pueden causar cambios observables en los microorganismos. cuando se observan esos
cambios, por ejemplo una colonia que era roja se vuelve blanca, estamos hablando que el hecho
en ese cambio en ese fenotipo nos está mostrando que hay un fenotipo mutante, que detrás de
todo esto debió haber habido un cambio y el microorganismo original del cual se deriva esos
mutantes en lo que se conoce como una cepa silvestre, a esa cepa silvestre también se le
denomina cepa parental (la que había antes de que sufriera ese cambio).
En esta imagen tienen unos microorganismos que han sufrido unas mutaciones, la moradita es la
cepa silvestre la cual crece en un medio diferencial es decir cuando el microorganismo es capaz de
utilizar la maltosa él se torna de un color rojo, (cepa de E.coli) cuando se siembran otras cepas de
microorganismos se observa que estas son incapaces de digerir la maltosa, no utilizan la maltosa
por lo tanto quedan de color amarillo, de las 2 cepas amarillas se concluyó que tienen 2
mutaciones diferentes y gracias a esas 2 mutaciones diferentes no son capaces de degradar la
maltosa, se le denominan mutante 1 y mutante 2. En este caso se observa una mutación en la
inhabilidad de degradar la maltosa.
Este ejemplo nos va a servir para ver cómo es la nominación de esas mutaciones, normalmente la
enzima está codificada o su código está en un gen que se llama hisC , la proteína se llama HisC
(para la nomenclatura de las proteínas la primera está en mayúscula y no se escribe en cursiva),
esta proteína es la que está relacionada con la biosíntesis del aminoácido histidina, cuando se
habla de una mutación se hace referencia al gen, la proteína va a presentar unos cambios los
cuales son originados porque hubo un cambio en el gen principal, en este caso como las
mutaciones sobre el gen se denomina hisC1 e hisC2, esto no quiere decir que es el nucleótido uno
o el nucleótido 2 ni codón 1 o codón 2, estas mutaciones se le da nombre dependiendo de cómo
se reportan, por ejemplo, hisC1 fue la primera mutación que se reportó y la segunda reportada es
hisC2, cada una de ellas debe ser diferente, ese número se refiere al orden en que se aislaron los
mutantes, en que se reportaron y probablemente cada una tiene una repercusión en la proteína
HisC, cuando se tiene una mutación de cualquier cepa, la histidina en este caso que se formó por
una de esas mutaciones algunas pueden tener la enzima original inactivo o no se está produciendo
o no está funcionando y éstas que no tienen esa actividad se denominan His -, ya se refiere a la
proteína porque nos estamos refiriendo a lo que es la actividad enzimática, Por otro lado la que
tiene la actividad que serían las normales se llamarían His +, de esta manera uno puede determinar
si la cita es capaz de producir una histidina activa o si es inactiva, de esta última manera es como
se escriben los fenotipos. Los cambios en el genotipo no siempre se reflejan en el fenotipo, esto es
debido a que el código genético es degenerado.
MUTACIONES SELECCIONABLES
hay una propiedad muy importante en estas mutaciones y es que esas mutaciones son
seleccionables, una mutación seleccionable es aquella que se puede escoger porque le ofrece a
ese microorganismo que la sufrió algún tipo de ventaja, las mutaciones no siempre son
perjudiciales en algunos casos por ejemplo las bacterias mutan
con el fin de sobrevivir por ejemplo a un antibiótico o para
sobrevivir a un ambiente en el que hay unas sustancias tóxicas y
de esta manera las mutaciones no siempre son perjudiciales, el
cambio puede dar algunas ventajas de sobrevivencia al
microorganismo, lo normal que uno hace en el laboratorio es
seleccionar las mutaciones que otorgan esas ventajas y este
proceso de selección es una herramienta de trabajo muy potente
y que permite el aislamiento de esos mutantes esto se puede
hacer a través de unas estrategias o de unos protocolos
(metodologías) que se llaman screening (también se puede llamar rastreo o
tamizaje), en el laboratorio seleccionar una mutación es muy importante
cuando uno está trabajando con un antibiótico y allí se lesiona la cepa que
sea capaz de producir mayor cantidad de antibiótico, también es importante
cuando se está trabajando en una empresa en una industria y ésta produce
ácido láctico allí se selecciona las bacterias ácido lácticas las que sean capaz
de producir mayor cantidad de ácido láctico, es decir seleccionar estas
mutaciones tienen una aplicabilidad y esta es tener mayor rendimiento en
los procesos de producción. Hay algunas mutaciones que no son
seleccionables y estas son las que no ofrecen o no tienen una ventaja a ese
microorganismo.
Otro tipo de mutación que uno busca muchísimo que es demasiado útil en lo que es la biología
molecular son los auxótrofos.
Estos microorganismos son nutricionales, estos son bastante útiles cuando uno va a buscar un gen
por complementación, un auxótrofo es una bacteria que necesita unos nutrientes adicionales, por
ejemplo factores de crecimiento, estos pueden ser aminoácidos que se agregan al medio de
cultivo, puede ser la leucina, por ejemplo una bacteria que sufrió una mutación y por lo tanto no
es capaz de producir la leucina por lo tanto hay que agregarla al medio de cultivo, eso quiere decir
que es una auxótrofa para leucina, el organismo del cual se deriva un auxótrofo es un prototrofos,
es el original que no tiene la mutación, en muchas ocasiones esto se utilizan para determinar la vía
o para determinar los genes relacionados con la producción de ciertos aminoácidos en este
ejemplo la leucina, lo que hace uno es hacer una librería de DNA de un microorganismo que tiene
la posibilidad de producir esa leucina, uno extrae el DNA de ese microorganismo, lo corta en
fragmentos con enzimas de restricción y cada uno de esos fragmentos lo meten un plásmido y
cada plásmido se coloca en un auxótrofo y se empieza a tratar de determinar en cuál de ellos
volvió a producir la leucina sea capaz de producir otra vez la leucina se tiene el plásmido que
contiene el gen en el cual esta bacteria se encuentra mutada.
En la imagen anterior se tiene un plato conteniendo un medio de cultivo y resulta que esos
microorganismos están creciendo allí, esas colonias, uno quiere saber si en esa colonia hay
auxótrofos lo que uno hace es que siembra esos microorganismos en medios de cultivos que
tienen por ejemplo leucina y lo siembra en un medio de cultivo que no contiene leucina, es
importante guardar la direccionalidad de esto, es decir que estos microorganismos que den
sembrados en el mismo lugar en ambos medios de cultivo, es importante hacer esto porque hay
microorganismos que no van a crecer en el medio que no está completo o sea el que no contiene
leucina y esos son los microorganismos auxótrofos para leucina, por eso es importante la
orientación que se tenga en cada medio de cultivo.
CLASES DE MUTACIONES
hay varias clases de mutaciones, estos cambios pueden ser beneficiosos, neutros o perjudiciales
También se pueden nombrar las mutaciones de acuerdo a los cambios OA las sustituciones que se
dan en cuanto a las bases por ejemplo:
Transiciones: si hay una sustitución de una purina por una purina (A o G) o una pirimidina
por una pirimidina (T o C)
Transversiones: sustitución de una purina por una pirimidina o viceversa (entre grupos)
Ocasionan un desfase en las lecturas de los codones y estas mutaciones no son causadas por
cambios en las bases, en esta desfase lo que se ve es una inserción o una delección, es decir
cuando entra una base que no estaba o cuando se saca una base, en algunas ocasiones estas
mutaciones se pueden suprimir, es decir se puede volver a la secuencia original, esta mutación es
una mutación supresora porque devuelve a la cepa original.
Se tiene la secuencia normal (la del medio) con sus tres codones, en la representación superior hay
una inserción y se puede deber a un error en la replicación, y en el ejemplos de abajo se muestra
que se pierde una de las bases (nucleótidos), en ambos casos se desplaza el marco de lectura.
REVERSIONES
Puede pasar que en el caso anterior la base que entró y desplazó el sistema
salga y entonces eso se llama un revertiente verdadero, otra
vez se recupera la secuencia original, pero si llegado el caso
no sale la base que desplazó el sistema sino otra que está
ubicado en otro lado eso se llama revertientes de un
segundo sitio, después que hay el cambio en ese primer
codon los otros recuperan la secuencia original.
TASAS DE MUTACIÓN
MUTAGÉNESIS
Las tasas de mutación son bajas y algunas veces en los procesos en el laboratorio se necesita que
los microorganismos muten muy rápido y lo que se hace es inducir esas mutaciones esto se hace a
través de un proceso que se llama mutagénesis y haciendo estos se emplean unos compuestos
que se llaman mutágenos y estos lo que hacen es que generan esos errores en la replicación,
dentro de esos mutágenos que se utilizan en el laboratorio están unos que son los análogos de
bases y estos son unas estructuras muy parecidas a las bases normales que lleva el DNA.
MUTÁGENOS QUÍMICOS
Análogos de bases: Acá se muestra el análogo para la timina, uno agrega este al medio y la
polimerasa se equivoca y cuando estos errores son muy comunes entonces ella en su afán
de corregir comete o induce otros tipos de errores, también está en análogo de la adenina
y este análogo
Agentes alquilantes: los que hacen estos agentes es que reaccionan con el material
genético e introducen unos grupos (por ejemplo, halógenos) en lo que son los nucleótidos
y de esta manera se van acumulando y en el proceso de reparación se cometen más
errores.
Intercalantes: por ejemplo, la nitrosoguanidina y el bromuro de etidio y estos hacen es
que se intercalan entre las dos cadenas y al abrir las dos cadenas cuando está pasando la
polimerasa con una función correctora va a detectar que ahí la cadena está más grueso y
en ese momento va a venir a corregir ese error y lo que hace es cortar para sacar ese
fragmento más grande y de esta manera los agentes intercalantes hacen que se produzcan
inserciones o deleciones.
RADIACIÓN:
Se utilizan diferentes tipos de radiación que ocasionan cambios en esa secuencia, se puede
utilizar radiación ionizante o no ionizante, acá se deja menos tiempo de manera que queden
medio vivos y allí es donde hay unas mutaciones.
Radiación ionizante: acá se utilizan rayos X, rayos gamma y cósmicos y lo que hacen
ellos es que forman radicales libres por hidrólisis del agua y una característica muy
importante es que esos ionizantes tienen alto poder de penetración
Radiación no ionizante: son los rayos ultravioletas, de esos rayos ultravioleta el DNA
tienen una absorción a la misma longitud de onda que es 260 nanómetros por bases,
por ejemplo la forma inicial de conseguir que una cepas produzcan mayor cantidad de
penicilina fue sometiéndola a rayos ultravioleta y de esta manera aumentó la
producción de penicilina por esta cepa, lo que hacen estos rayos ultravioleta es hacer
que se forme en el DNA unos dimeros de timina que en ocasiones normales la célula
es capaz corregirlo pero cuando ya se acumulan muchos la célula no es capaz de
corregirlos.
Reversión directa (reparación directa): donde no es necesario cadena molde, por ejemplo,
para corregir los dímeros de pirimidina (2 bases que son adyacentes).
Sistemas de reparación en una sola cadena o también en las 2 cadenas.
hay una proteína que se llama RecA y cuando hay un daño en el DNA esa proteína se activa y ella
inmediatamente vaya activa una actividad proteasa que degrada la proteína LexA lo que hace es
que mantiene apagado los genes de esas polimerasas (la IV y V) y además de apagar esas
polimerasas para que no ocasionen otros daños también apaga otros genes que están
relacionados con esas reparaciones, Entonces cuando LexA se degrada No hay quien frene el
sistema de reparación y se empiezan a producir esas polimerasas que pueden producir errores o
que son propensas a errores, se despiertan esas polimerasas arreglar lo que está dañado, algunas
veces esas reparaciones en las que se puede incurrir a errores logran salvar la célula de una
muerte segura.
También hay otra forma en la que ese material genético puede variar A través de la transferencia
de genes
Como veíamos anteriormente que a través de las mutaciones se cambia el material genético que
contiene una bacteria pues también puede cambiar a través de 3 procesos que son la
transformación, la conjugación y la transducción.
Transformación: se da cuando una célula toma material genético del ambiente a su
alrededor (por ejemplo, se lisa una célula en
cualquier otra parte entonces esta célula es
capaz de tomar parte de ese material genético
de la célula que se lisó), Modificando la
secuencia de DNA.
Transducción: también se toma material
genético externo, pero esa es mediada por un
virus.
Conjugación: cuando una célula le pasa material
genético a otra, una tiene un plásmido y ese plus
mío lo replica y se lo pasa a la otra célula.
RECOMBINACIÓN GENÉTICA
Se tiene como verde clarito el DNA externo y se entra a la célula y allí lo que sucede es que ese
material genético sufre una ruptura y hay un extremo que se vuelve de cadena sencilla y cuando
se vuelve de cadena sencilla unas proteínas se encargan de protegerlo para que no se degrade,
después viene una enzima, la RecA y esa enzima permite que se dé una
invasión de la hebra que se soltó en las cadenas del material genético del
cromosoma bacteriano posteriormente sea unos cortes en las cadenas y en
ese punto donde se realiza el corte se une pero con la otra cadena (se une el
fragmento nuevo con el viejo), de esta manera se obtienen unos híbridos
donde hay unos fragmentos de ambas cadenas. Lo anterior es una forma de
adquirir material genético de otros microorganismos, ahí se pueden generar
nuevos genotipos, las 2 cadenas que se forman pueden ser genéticamente
diferentes pero pueden estar relacionadas, hay un aumento de la diversidad,
todo lo anterior son repercusiones del intercambio de material genético.
TRANSFORMACIÓN
el primer proceso de adquisición de esos fragmentos es la transformación, esta transformación fue
descubierta en 1928 por Griffith él trabajaba con streptococcus pneumoniae y él tenía su
laboratorio 2 cepas, una tenía una apariencia lisa (la primera a la izquierda) se veía lisa porque
producía una cápsula y cuando él infectaba unos ratones con esa cápsula está sufriendo de
neumonía y se moría. El también tenía unos streptococcus pneumoniae que eran rugosos, estos
no tenían cápsulas y cuando se los inyectaba al ratón no le pasaba nada entonces se empezó a
investigar porque se daban esas diferencias de que uno se moría y el otro no, dentro de los
experimentos que el hizo fue tomar las listas y calentarlas y cuando se las dio al ratón a este no le
pasó nada, no se infectaba porque la célula estaba muerta, entonces junto las 2 células que
supuestamente no le hacían nada al ratón (las que calentó y las que eran rugosas) y se las aplicó al
ratón y ese ratón se murió. Empezó a aislar los microorganismos de los pulmones del ratón y se
dio cuenta que lo que recuperaban eran colonias de los 2 tipos, de la que estaba rugosa que no
causaba muerte y de la que estaba lista que sí la causaba y la única explicación posible que él dio
es que cuando hirvió las bacterias, se rompieron y soltaron material genético y ese material
genético entro a las rugosas y las transformó, hizo que esas empezaron a producir cápsulas, así fue
como se descubrió lo que es la transformación. El DNA de las bacterias encapsuladas que se
habían listado por calor penetraron las no capsuladas y se recombinaron los 2 DNA y por eso las
otras se volvieron virulentas.
esto se comprobó más adelante y lo que se observó es que hay un estado en el cual la bacteria es
capaz de tomar material genético foráneo, es capaz de tomar el material genético que hay
alrededor y a través de unas proteínas de Unión en el DNA en la membrana une fragmentos de
doble cadena de dna y después de que se unen esos fragmentos viene una nucleasa y degrada una
de las cadenas para así quedar con una cadena sencilla y de esa manera la cadena sencilla empieza
a penetrar esa célula e inmediatamente esta entra a la célula vienen unas proteínas de Unión a la
cadena sencilla y protegen ese fragmento para que en
el interior de la célula no se vaya a degradar y después
por acción de una recombinasa ese fragmento entra a
ser parte de ese cromosoma bacteriano (en el ejemplo
anterior cuando se entraba el cromosoma modificado
genéticamente la célula rugosa haciéndole crecer una
cápsula).
TRANSDUCCIÓN
En este caso se da la transferencia mediada por virus y esa traducción puede ser generalizada o
especializada.
Generalizada: partículas del virus se llevan o son empaquetadas con DNA del hospedador,
cualquier fragmento.
Especializada: cuando es una transducción que es selectiva y sólo se transfiere a una
pequeña porción.
normalmente todo lo anterior tiene 2 fases (en el ciclo de vida de los virus)
una fase lítica en donde el virus infecta a la célula y en el interior de la célula utiliza la maquinaria
de esta para replicarse y producir más unidades de virus y cuando esto pasa la célula se rompe,
libera las unidades de virus, y esos virus van e infectan a otras células. Lo que sucede es que entre
al fago, inyecta el material genético y este empieza a
expresarse, a replicarse y posteriormente se da una ruptura
del material genético de la célula y la célula empieza a
llenarse de los empaques del virus y como el cromosoma se
rompió en uno se empaqueta material virulento y en el otro
se empaqueta material de la bacteria, fragmentos de la
bacteria y cuando se rompe van a haber unas partículas que
se llaman transductoras que contienen material genético de
la bacteria y las otras son unos fagos normales (virus
normales), y luego cada uno de ellos van a infectar a otras bacterias en este caso la partícula
transductora va a otro recipiente e inyecta material genético de la bacteria a la cual perteneció y
una vez inyectado ella va encuentra un sitio o una región común y va y hace una recombinación
homóloga, se mete dentro del material genético, esto se llama una transducción generalizada
porque se llevó cualquier parte de ese cromosoma de la célula que infectó.
Luego viene lo que es la transducción especializada, resulta que así como vimos habíamos ciclo
que lítico, ese virus también tiene un ciclo lisogénico y este último se refiere a que este no lisa a la
bacteria sino que todo lo contrario va e inserta su material genético en el material genético de la
bacteria (Material genético del fago), cuando el material genético del virus está
dentro del de la bacteria se llama profago, de acuerdo muchas cosas él puede
convertirse otra vez en el virus y volverse activo, normalmente cuando se va a
volver a la etapa lítica el material genético sale y se forman las partículas del
fago normales, hay unas ocasiones o unos eventos muy raros en donde el virus
se lleva genes de la bacteria (porciones del cromosoma bacteriano) y éste se
empaqueta en el fago y ese fago va a infectar a otra bacteria que lleva parte del
material genético de la cual salió el fago.
Hay otros agentes que se llaman agentes de transferencia génica. Se ha estudiado cómo los fagos
transfieren material genético de un lado a otro Y resulta que encontraron que en algunas
ocasiones hay unos fagos que son defectuosos, estos se llaman agentes de transferencia génica,
Esto es que son defectuosos no lisan las células, simplemente son utilizados por las bacterias para
que éstas puedan pasar material genético de un lado a otro.
CONJUGACIÓN
Este mecanismo se encuentra codificado por un plásmido. Elementos que hay en una conjugación:
ese plásmido recibe el nombre de plásmido conjugativo, este plásmido tiene una característica y
es que es capaz de manejar su propia transferencia de una célula a otra gracias a que tiene una
región que se llama tra, dónde tiene los genes necesarios para que se dé esa transferencia (Allí
tiene genes del pili sexual, Tiene todo lo que se necesita para irse de una célula a otra), en algunas
ocasiones estos plásmidos conjugativos también tienen la capacidad de integrarse en el
cromosoma bacteriano y cuando tienen esa capacidad pueden movilizar DNA cromosómico y
cuando se integra se llama Hfr (plásmido integrado). Cuando no está integrado se llama plásmido
F.
Acá se tiene el ori y unas secuencias de inserción (IS) que son las que
permiten integrarse en el cromosoma bacteriano.
para que se de ese evento de conjugación en esa región tra Hay una
zona o hay unos genes que codifican para que se forme esas
estructuras que se ven en la figura, los cuales se llaman pilis sexual y a través de
eso que se ve como un túnel se pasa el material genético de una célula a otra.
Como no tiene plásmido es F-.
en arquearse han hecho aislamientos de algunos auxótrofos y se sabe que hay plásmidos
transposones y se da lo que es la transformación, también se ha observado que se da la
conjugación pero esa conjugación se da a través de unas estructuras que ya no son pilis sexual sino
que se llaman nanotubos, estos nanotubos tienen unas características y es que permiten transferir
material genético en las 2 direcciones y direccionalmente, en algunas ocasiones también hay o se
forman unas estructuras muy parecidas al pilis sexual y en este caso la transferencia de material
genético es unidireccional.
ELEMENTOS TRANSPONIBLES
La transposición se puede hacer de 2 maneras: una que es conservativa y otra manera que es
replicativa:
Cuando uno habla de crecimiento en bacterias, de la masa de ella en sí, habla de la población,
el concepto de crecimiento de la bacteria está asociado a la población del microorganismo.
cuando apenas se pone a crecer unas células en el cultivo en ese momento se observa que el
cultivo todavía es claro, se ve transparente y esto es porque inicialmente los microorganismos no
han iniciado a crecer, cuando se incuba y se deja un tiempo determinado se va a observar que en
el medio Se va a tornar turbio hasta que se ve blanco ahí hablamos de crecimiento del cultivo más
no del crecimiento de cada uno de los individuos las células continuamente se están dividiendo y
éstas en las bacterias lo realizan a través de un proceso que se llama fisión binaria.
FISIÓN BINARIA
Lo vamos a observar cuando hablamos de crecimiento, en este proceso una célula bacteriana da
origen a 2 células, todo empieza desde la célula procariota hasta que esta célula se divide en 2,
cada una de las células que hay en el cultivo da origen a otra.
TIEMPO DE GENERACIÓN
Primero la célula empieza a replicar su material biológico (DNA cromosómico o material genómico)
a medida que se va dando la replicación se va dando un proceso de elongación en la célula, a
medida que se va replicando el material se va en enlogando y al final se tendrán 2 células iguales,
cuando termina la replicación se tiene una en elongación suficiente para dar lugar a 2 células y
cuando se termina la replicación y se va alcanzando lo que se denomina una masa umbral, se
comienza a dar formación del septo, este es el inicio de la formación del punto donde se va a
dividir la célula (inicio de la separación de las 2 células) y esto sucede hasta que se complete el
septo y se da lugar a 2 células iguales que teóricamente tienen el mismo material genético.
En resumen, la fisión binaria o generación da lugar a 2 células a partir de una célula madre o
también conocida célula parental.
El tiempo de generación varía de bacteria en bacteria, en algunas ocasiones está condicionado por
unos factores ambientales (disponibilidad de nutrientes, condiciones de pH, temperatura entre
otras), cuando las condiciones de nutrientes son escasas la célula tiende a crecer más lentamente,
a realizar el proceso de replicación de una manera más lenta.
la fisión binaria no es el único mecanismo a través de la cual las células se dividen, hay otros
mecanismos que tienen unas características. En fisión binaria se obtienen unos productos iguales a
las células de donde se genera o sea la célula parental. En otros procesos las bacterias que se
originan no son iguales y esto se da por diferentes fenómenos que pueden ser de diferente
naturaleza uno de estos es el proceso de la gemación.
GEMACIÓN
gemación directa: la célula origina o tiene una protuberancia, la protuberancia es de
material nuevo o sea se va originando, esta empieza a crecer y dar origen a una célula (el
material a partir del cual se origina la célula es completamente nuevo).
gemación a partir de hifas: en este caso seda inicialmente la formación de una hifa de la
célula madre y a partir de esa hifa (en el extremo) se va formando una protuberancia
(nueva célula) al final se tiene una célula que todavía conserva la hifa (célula madre) y una
célula nueva.
un resumen de la gemación es que se forma una célula hija, la célula madre conserva su identidad
y se da un crecimiento polar.
TIPOS DE DIVISIÓN ESPECÍFICOS
Por ejemplo, en caulobacter el producto de la división celular son 2 células, una con una
protuberancia (un tallo que les sirve para anclarse o adherirse) y otra, la nueva que tiene un
flagelo o sea, una célula nadadora libre, se obtiene una libre y otra que se adhiere al sustrato,
cuando la que tiene la hifa quiere hacer la división celular adopta la conformación del tallo y así se
puede dividir.
Otro tipo: se obtienen células iguales en tamaño a la célula original, que empieza a crecer en un
polo pero son diferentes en cuanto a la conformación de la pared.