Documentos de Académico
Documentos de Profesional
Documentos de Cultura
de bioquímica
facultad de Agronomía
Universidad de la república
Montevideo, 2018
Esta publicación cuenta con el apoyo de la Comisión Sectorial de Enseñanza (CSE) de la Universidad de la
República (Udelar). Forma parte de la serie “Manuales de aprendizaje” de la CSE, que tiene como objetivo
mejorar las condiciones de aprendizaje de los estudiantes y, al mismo tiempo, propiciar la autoformación docente
mediante la reflexión sobre sus prácticas y sobre el estado del arte de su disciplina. Secundariamente, esta
publicación pretende colaborar en la constitución de tradiciones disciplinares y culturas educativas nacionales.
1. Aminoácidos............................................................................................................... 1
2. Proteínas..................................................................................................................... 5
3. Enzimas...................................................................................................................... 11
4. Lípidos........................................................................................................................ 21
5. Glúcidos...................................................................................................................... 27
6. ácidos Nucleicos......................................................................................................... 35
7. Membranas Biológicas.............................................................................................. 45
8. Cadena Respiratoria.................................................................................................. 51
9. Glucólisis.................................................................................................................... 61
11. fotosíntesis................................................................................................................ 79
• Entender que “las prácticas” no son algo adicional a la teoría, sino que forman parte de un todo
integrado y simultáneo de la buena enseñanza, donde existe “una fecundación cruzada” entre
ambas, pues se retroalimentan recíprocamente, dentro de un conjunto indivisible.
• Finalmente, logrado lo anterior, desmitificar la arraigada creencia que las llamadas ciencias
duras son de por sí difíciles y su comprensión inalcanzable para el común de los seres humanos.
Si este Manual contribuye para el cumplimiento de alguna de estas condiciones, y ayuda a que un
cierto porcentaje de estudiantes se “enamore” de la bioquímica, habrá justificado plenamente su
publicación.
1. AMINOÁCIDOS
S. Signorelli, E. Casaretto y J. Monza
Revisado por los Dres. Antonio Márquez y Marco Betti,
Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de Plantas,
Facultad de Química, Universidad de Sevilla, España.
Figura 2. Disposición de la nube electrónica en moléculas polares y apolares. A. Molécula de agua. La mayor
afinidad del O por los electrones genera diferente densidad electrónica entre el O y el H: la molécula es polar.
B. Nube electrónica en un enlace O-H de la molécula de agua. La zona hacia donde está desplazada la nube
de electrones es más electronegativa. Cualquier molécula con esta asimetría es polar sin carga. C. Molécula de
alcano. La densidad de electrones entre los C y los H es homogénea, por lo que no se generan zonas con diferente
polaridad: la molécula es apolar. D. Disposición de la nube electrónica en una molécula de CO2. Si bien los
electrones se desplazan hacia los O, la molécula es simétrica, por lo que no tiene momento dipolar neto, es apolar.
3.3 Aminoácidos polares con carga (fig. 6). Esto se debe a que el grupo -COOH se
comporta como un ácido (cede un H+) mientras
Estos aminoácidos presentan en el -R un
que el grupo -NH2 se comporta como una base
segundo grupo ácido o base (fig. 5). De esta
(capta un H+). La consecuencia es la formación
forma, a pH 7.0, los aminoácidos ácidos tienen
de un dipolo (fig. 6).
el -R cargado negativamente porque el -COOH
se encuentra desprotonado (-COO-), mientras
que los aminoácidos básicos tienen el -R cargado
positivamente, porque tienen un grupo -NH2
protonado (-NH3+).
Figura 7. Aminoácido monoamino monocarboxilo a diferentes pH. Algunos aminoácidos (glu, asp, lys,
his, arg, cys, tyr) tienen otros grupos ácidos o bases en el -R, por lo que hay otros equilibrios adicionales no
representados en esta figura.
4
2. PROTEÍNAS
J. Monza y S. Signorelli
Revisado por la Dra. Mónica Marín, Instituto de
Biología. Facultad de Ciencias, UdelaR.
1. Las proteínas están formadas por ami- La principal diferencia entre ellos es la masa
noácidos molecular, relacionada con la cantidad y el
La condensación de los aminoácidos ocurre por peso molecular de los aminoácidos que los
la reacción entre el grupo carboxilo (-COOH) de forman.
un aminoácido con el grupo amino (-NH2) de • Las proteínas son macromoléculas porque su
otro, con la formación de un enlace peptídico y la peso molecular supera los 10.000 Da. Si bien
pérdida de H2O (fig. 1). En las células este enlace se la cantidad de aminoácidos que las integran
produce mayormente en los ribosomas, en la etapa varía, un número frecuente es entre 200 y 300
de traducción de la síntesis proteica. La hidrólisis aminoácidos.
del enlace peptídico libera aminoácidos (fig.1)
• Tanto los polipéptidos como las proteínas • Algunas funciones de las proteínas se resumen
son cadenas aminoacídicas no ramificadas. en el cuadro que aparece a continuación.
Función Ejemplos
Estructural Queratinas, que forman la lana, el pelo y las uñas, o el colágeno que es la mayo parte del cuero.
Enzimática Enzimas digestivas, catalizan la ruptura de enlaces y tienen especificidad por el sustrato sobre el
que actúan.
Inmune Los anticuerpos responsables de la defensa celular, que reconocen a los antígenos (sustancias por
lo general exógenas).
Toxinas Muchas sustancias de este tipo son de naturaleza peptídica, como la toxina diftérica, la
botulínica y veneno de ofidios.
Transportadores Transportadores de nitrato, proteínas de membrana de células de raíz que permiten el ingreso de
de membrana ese ión a la planta.
+ Observe que una característica de las proteínas es la especificidad que tienen muchas de ellas,
como las enzimas, transportadores y anticuerpos.
Figura 1. Formación e hidrólisis del enlace peptídico. El enlace peptídico se da entre el C y el N, y es consecuencia de
la reacción entre un -COOH y un -NH2, con liberación de H2O. La hidrólisis del enlace peptídico libera aminoácidos.
6
-X-H |||||||||| Y-
Figura 6. Proteína con estructura terciaria. Se indican con flechas las diferentes interacciones que estabilizan
a la estructura tericiaria y las regiones con estructura secundaria.
-R, y entre los -R y el medio acuoso en el que conformación más estable termodinámicamente,
están las proteínas. se denomina conformación nativa.
• Los grupos -R polares, por lo general se
• La conformación nativa de las proteínas puede
orientan hacia la parte externa de la proteína e
perderse por acción de agentes químicos
interaccionan con el agua.
y físicos. Este proceso se conoce como
• El plegamiento de la proteína resulta de la desnaturalización y corresponde a la pérdida
conformación con menor energía, es decir, la de la estructura espacial de la molécula (fig. 8),
forma más estable. que se acompaña de la pérdida de su función.
• La flexibilidad de la molécula permite que
• Entre los desnaturalizantes químicos se
-R alejados en la estructura primaria se
encuentran los ácidos, las bases, los metales
encuentren próximos cuando esta se pliega
pesados, la urea y los solventes orgánicos. Entre
formando la estructura terciaria.
los agentes físicos, el calor y las radiaciones.
Cualquiera de estos agentes produce cambios
6. Desnaturalización en la conformación espacial de la proteína, sin
afectar la secuencia de aminoácidos (estructura
Una cadena polipeptídica podría plegarse en un
primaria).
número infinito de conformaciones. Sin embargo,
una secuencia adopta la misma conformación a Hay muchos ejemplos cotidianos relacionados
determinada temperatura, pH y fuerza iónica. Esa con la desnaturalización de proteínas. El
Figura 8. Desnaturalización por pH. La proteína tiene la conformación nativa a pH 7.2. Al aumentar el pH a 8.2
pierde parcialmente la estructura terciaria, pero se conservan regiones en α hélices y hoja β. Si el pH vuelve a pH
7.2, la proteína puede recuperar su conformación nativa (renaturalización). Si el pH continúa aumentando, se
pierde la estructura secundaria y ocurre un desplegamiento completo de la proteína. Cuando la alteración es tan
grande, la renaturalización no suele ocurrir.
10
3. ENZIMAS
1.3 Diferentes modelos explican la y el sustrato sería tan fuerte en el complejo ES,
formación del complejo enzima-sustrato que el sustrato no se transformaría en producto.
Para explicar la especificidad de la enzima por El modelo aceptado actualmente propone que
el sustrato, se propuso inicialmente el modelo el sitio activo es complementario al estado
llave-cerradura (fig. 2), en el cual la cerradura es de transición que se forma en el proceso de
el sitio activo de la enzima y la llave es el sustrato. transformación del reactivo en el producto
Si bien el modelo ejemplifica el concepto de (fig. 3). El sustrato debe modificarse para
especificidad, las enzimas no actúan de este unirse a la enzima en forma óptima. Esta
modo. De ser así, la interacción entre la enzima modificación hace que el sustrato se asemeje
Figura 2. Modelo llave-cerradura. E: enzima; S: sustrato; P: producto. El modelo propone que el sitio activo es
complementario al sustrato.
Figura 3. Mecanismo de acción de las enzimas. Los signos de + y – indican los -R con carga positiva y negativa
respectivamente, y las A los -R apolares. El modelo plantea que el S no es complementario al sitio activo y que
debe ser modificado para interactuar con este en forma óptima. En esta representación el S entra en el bolsillo
hidrofóbico, se desestabiliza y se facilita su modificación a producto.
más al producto y pueda convertirse en él (E + se oxida y otro se reduce. La enzima
P) o volver a sustrato libre (E + S). lactato deshidrogenasa es un ejemplo de
oxidorreductasa (cáp. 9, fig. 2).
2. Las enzimas se nombran y clasifican de 2. Transferasas: transfieren grupos funcionales
acuerdo al tipo de reacción que catalizan de un compuesto a otro. Un tipo de transferasas
son las quinasas, que transfieren al grupo
Las enzimas pertenecen a seis grupos que se fosfato (cáp. 9, reacción 7).
resumen a continuación, junto a ejemplos que se 3. Hidrolasas: rompen un enlace con adición de
verán en el curso. una molécula de agua. La lactasa que hidroliza
1. Oxidorreductasas: catalizan reacciones de a la lactosa es un ejemplo de este tipo de enzima
oxidorreducción, en las cuales un sustrato (cáp. 5, fig. 6).
13
4. Liasas: rompen enlaces por mecanismos aumento de la formación de producto por unidad
distintos a la hidrólisis o la oxidación. Las de tiempo, según se representa en la figura 4.
descarboxilasas y aldolasas son ejemplos de
Generalmente, la velocidad depende de la
liasas (cáp. 9, reacción 4).
concentración de las especies incluidas en el
5. Isomerasas: catalizan reacciones de proceso y de la constante de velocidad de dicha
interconversión de isómeros. La glucosa-6- reacción.
fosfato isomerasa es un ejemplo de este grupo
Por ejemplo, para una reacción de orden uno
(cáp. 9, reacción 5).
la conversión reversible de A en B tiene una
6. Ligasas: unen moléculas utilizando energía velocidad de reacción directa, cuya ecuación es:
proveniente del ATP. También se llaman
sintetasas y un ejemplo es la glutamina v = k+1 [A] (ec. 2)
sintetasa (cáp. 13, fig. 4). y otra inversa que es:
Cada enzima tiene un nombre recomendado,
generalmente el nombre trivial o histórico; v inversa = k-1 [B] (ec. 3)
también tiene un nombre sistemático, que
consiste en el nombre del sustrato seguido del en las que k+1 y k-1 son las constantes de velocidad
tipo de reacción; por último, tiene un número, y [A] y [B] representan las concentraciones de
que incluye a su vez cuatro números precedidos A y B respectivamente. En el equilibrio, las dos
de la abreviatura EC (por Enzyme Commission). velocidades son iguales, lo que lleva a definir la
constante de equilibrio de la reacción (Keq) como:
3. Cinética enzimática
• Cuando la [S] es baja, la vo aumenta en forma 3.5 KM y Vmáx se pueden calcular por el
proporcional a la [S]. En esa parte de la método de las inversas
curva (fig. 7) el aumento de moléculas de S
Para determinar KM y Vmáx se usa una
incrementa la formación de ES y la cinética de
transformación de la ecuación 4, realizada por
reacción es de orden uno (fig. 5).
Lineweaver-Burk, que consiste en usar la inversa
• A determinada [S], todas las moléculas de E de cada término, de manera que la ecuación
están formando el complejo ES, por lo que la vo queda:
se hace independiente de la [S] (fig. 7). En ese
momento, la cinética de reacción es de orden (ec. 5)
cero y alcanza la velocidad máxima (Vmáx).
La representación gráfica con coordenadas 1/vo y
+Observe que, alcanzada la Vmáx aunque 1/[S] es una recta (fig. 8). El corte de la recta en
aumente [S] no se incrementa la velocidad de el eje y permite calcular Vmáx y el corte con el eje
reacción, porque todas las moléculas de enzima x permite calcular KM.
tienen su sitio activo ocupado con sustrato.
(ec. 4, Michaelis-Menten)
actividad va a tender a aumentar conforme 6. Las enzimas pueden ser inhibidas por
aumente el pH, porque habrá más cisteínas moléculas específicas
desprotonadas.
Algunos medicamentos, insecticidas y
• La temperatura afecta la actividad y la herbicidas interfieren con el funcionamiento de
estabilidad de la enzima. Por un lado, el determinadas enzimas. Los principios activos de
aumento de la temperatura hace que la esas moléculas pueden actuar como inhibidores y
velocidad de la reacción catalizada aumente, producir descensos en la actividad de las enzimas
pues determina que hayan más moléculas con a las que se unen reversible o irreversiblemente.
la energía suficiente para reaccionar, en forma
• Los inhibidores que se unen de manera
consistente con la ecuación de Arrhenius. En
irreversible, como el Hg+2 y el Pb+2, lo hacen
cambio, a temperaturas bajas la actividad de
formando interacciones fuertes, incluso enlaces
la enzima está disminuida. En esto se basa
covalentes, con residuos aminoacídicos. Un
la conservación de los alimentos en frío.
ejemplo de inhibidor irreversible es el ácido
No obstante, el aumento de la temperatura
acetilsalicílico (Aspirina®), que inactiva
también afecta la estructura de la proteína y
irreversiblemente la ciclooxigenasa, enzima
puede llevar a su desnaturalización irreversible.
de la vía de síntesis de prostaglandinas. Otro
Por lo tanto, suele observarse que los gráficos
ejemplo son los compuestos organofosforados,
de velocidad en función de temperatura pasan
como el paratión y el malatión. Estos compuestos
por un máximo (fig. 9 B), que corresponde a la
inactivan la enzima acetilcolinesterasa e
temperatura óptima.
interfieren en la conducción nerviosa. Tienen
utilidad como insecticidas.
5. Las enzimas se cuantifican a través de
• Los inhibidores que se unen reversiblemente
las reacciones que catalizan
a la enzima lo hacen por interacciones
débiles. Entre ellos se encuentran los
Una unidad de actividad enzimática (U) se define
inhibidores competitivos y acompetitivos. Un
como la cantidad de enzima que cataliza la
ejemplo de inhibidor competitivo de unión
transformación de 1 µmol de sustrato en producto,
reversible es el ibuprofeno, principio activo
en un minuto, bajo condiciones definidas. Por
de varios analgésicos, que también se une a la
lo tanto, las U/mL de un preparado biológico
ciclooxigenasa, pero reversiblemente.
representan la concentración de enzima. De esta
forma, si se quiere saber a qué concentración se 6.1 Inhibición competitiva
encuentra una enzima presente en un preparado
Cuando un inhibidor competitivo (IC) y un
biológico, se puede conocer determinando la
sustrato están en presencia de una enzima,
velocidad de la reacción que cataliza.
compiten entre sí por ocupar el sitio activo.
Figura 10. Inhibición competitiva. A. Interacción de la E con el S y con el IC, con la formación de los complejos
ES y EIC. Observe que el S y el IC tienen similitud estructural, por lo que el IC es reconocido por el sitio activo. B.
Al aumentar las concentraciones de S o IC se puede desplazar el equilibrio hacia la formación de EIC que no rinde
P o ES, sino que rinde E y P. C. Velocidades de reacción en ausencia del inhibidor (línea continua) y en presencia
del inhibidor (línea punteada). KMap es la KM aparente, que corresponde a la KM en presencia de IC.
+ Observe que la unión del IC a la E es reversible, • Como algunos complejos ES están unidos
por lo que, si se aumenta la [S] se puede aumentar al IA y no rinden producto (fig. 11 B), la Vmáx
el número de complejos ES y se alcanzar laVmáx disminuye (fig. 11 C).
(fig. 10 C).
• La formación del complejo ES se ve
6.2 Inhibición acompetitiva incrementada por la presencia del IA, ya que
Cuando el aumento de la concentración de el equilibrio se desplaza hacia la formación
sustrato no puede revertir el efecto de un de ES y ESIA, y de este modo la KMap es menor
inhibidor, la inhibición no es competitiva. a la KM sin inhibidor (fig. 11 C).
Un ejemplo de este tipo de inhibición es la
acompetitiva.
7. Las enzimas son regulables
• En la inhibición acompetitiva el inhibidor
(IA) se une a un sitio distinto del sitio activo, En el metabolismo, el producto de una reacción
una vez que se ha formado el complejo ES enzimática es el sustrato de la enzima siguiente
(fig. 11 A). Esto da lugar al complejo ESIA, que en la vía. A su vez, el conjunto de reacciones
no rinde producto (fig. 11 B). que integran una vía metabólica está controlado
• La unión del sustrato a la enzima produce por enzimas cuya estructura-función varía por
un cambio en el sitio de unión al IA, que diferentes razones. Además, la concentración
favorece su unión (fig. 11 A). Por esta razón de enzima puede regularse a través de procesos
el inhibidor sólo se une a la enzima cuando celulares como la transcripción, traducción y
está formado el ES. degradación de proteínas.
18
Figura 11. Inhibición acompetitiva. A. Interacción ES y EIAS. Observe que el S y el IA no tienen similitud
estructural y se unen en distintos sitios de la E. Cuando se forma ES, el sitio de unión al IA se modifica de manera
que puede unirse. B. La E no se une al IA hasta que no se forma el complejo ES. Esto hace que en presencia del
IA el equilibrio se desplace hacia la formación de ES. C. Velocidad de reacción en ausencia (línea continua) y en
presencia (línea punteada) del IA. KMap y Vmáxap son las constantes KM y Vmáx aparentes en presencia de IA.
7.2 Las enzimas alostéricas tienen cinética • La unión del modulador al sitio alostérico
diferente a la de Michaelis-Menten origina cambios conformacionales que
se trasmiten al sitio activo y producen
La mayoría de las enzimas que catalizan
modificaciones en las propiedades catalíticas
reacciones sucesivas en las vías metabólicas
de la enzima.
tienen cinética de Michaelis-Menten (fig. 7). Sin
embargo, la regulación fina de la vía se da por la • Las moléculas que al unirse al sitio alostérico
participación de enzimas alostéricas que tienen incrementan la actividad catalítica son
una cinética distinta. moduladores positivos y los que reducen o
inhiben la actividad catalítica son moduladores
• Las enzimas alostéricas, además del sitio activo,
negativos (fig. 14).
tienen un sitio al que se unen los moduladores,
llamado sitio alostérico (fig. 13).
• Las enzimas alostéricas catalizan reacciones
ubicadas en sitios claves de la vía, por ejemplo
en su inicio (fig. 13). La retroalimentación
negativa (feedback) es un mecanismo de
regulación del metabolismo a través del cual la
vía metabólica se enlentece cuando la cantidad
de producto final es alta.
Figura 13. Regulación de una vía por Figura 14. Cinética de una enzima alostérica en
retroalimentación negativa de una enzima alostérica. presencia de diferentes moduladores. Se representan
E1 a E4 son las enzimas de la vía. A es el producto los cambios en la velocidad de reacción en respuesta al
de E1 y sustrato de E2, y así sucesivamente. D es el agregado de un modulador positivo (punteado ancho)
producto final que se une a un sitio alostérico de la o negativo (punteado fino). Observe cómo en presencia
primera enzima de la vía (E1). Como D es modulador o ausencia de moduladores varía la velocidad de
negativo de E1, la actividad de esta enzima disminuye. reacción para una misma concentración de sustrato.
4. LÍPIDOS
O. Borsani, M. Sainz y J. Monza
Revisado por la Dra. Inés Ponce de León,
Departamento Biología Molecular, Instituto de Investigaciones
Biológicas Clemente Estable.
1. Los lípidos son moléculas apolares • Según el número de carbonos, los ácidos
grasos pueden ser pares o impares, pero en la
Los lípidos constituyen un grupo heterogéneo naturaleza predominan los de número par (de
de moléculas orgánicas caracterizadas por su 14 a 22C).
solubilidad en solventes orgánicos e insolubilidad
en agua: son apolares. • Cuando la cadena hidrocarbonada no tiene
dobles enlaces, los ácidos grasos son saturados,
• Desde el punto de vista de sus funciones y cuando presentan dobles enlaces (cis o trans)
biológicas pueden tener un rol estructural son insaturados.
(fosfolípidos de las membranas), reservar
energía (grasas), captar luz (pigmentos • El punto de fusión de los ácidos grasos depende
como los carotenos) y regular diferentes de la longitud de la cadena, es decir de la cantidad
procesos (hormonas esteroideas y vitaminas de C, y del grado de insaturación (Cuadro 1).
liposolubles).
• La estructura química de los lípidos es muy 2.2 Los ácidos grasos insaturados pueden
diversa. Están agrupados según un criterio autooxidarse
físico: la solubilidad. La autooxidación de los ácidos grasos insaturados
(fig. 2) tiene efectos dañinos a nivel celular y
• Otro criterio para agruparlos es si presentan
también sobre los alimentos, que se enrancian
o no ácidos grasos en su molécula. Siguiendo
como consecuencia de este proceso.
este criterio se establecen dos categorías, que
se desarrollan a continuación.
+ Observe que moléculas antioxidantes como
2. Lípidos que presentan ácidos grasos el ácido ascórbico (vitamina C) y los tocoferoles
(vitamina E) reaccionan con los radicales libres y
2.1 Ácidos grasos protegen de la oxidación.
Son ácidos orgánicos que tienen un grupo 2.3 Triacilgliceroles: grasas y aceites
carboxilo (-COO-) y una cadena hidrocarbonada Los triacilglicéridos (TAG) son moléculas de
de longitud variable (fig. 1). reserva que se acumulan en el tejido adiposo de
animales y en algunas semillas, y son fuente de
energía para las células: liberan 9.4 kcal/g. Los
glúcidos y proteínas liberan 4.1 kcal/g.
Cuadro 1. Punto de fusión de ácidos grasos. Se incluyen ácidos grasos pares con diferente cantidad de C y grado
de insaturación.
Nombre N ° de C Dobles Fórmula Punto de
común enlaces fusión (°C)
Láurico 12 - CH3(CH2)10COOH 44,2
Palmitoleico 16 1 CH3(CH2)5CH=CH(CH2)7COOH 0
Linoleico 18 2 CH3(CH2)4CH=CHCH2CH=CH(CH2)7COOH -5
+ Observe que cuanto mayor es el número de C mayor es el punto de fusión, mientras que al aumentar
la cantidad de dobles enlaces el punto de fusión disminuye.
• Las grasas, mantecas y aceites son TAG. Estos ambiente por tener en su molécula ácidos
se forman por esterificación de los grupos grasos insaturados.
alcohol del glicerol con los grupos carboxilos
• Los ácidos grasos insaturados se pueden saturar,
de tres ácidos grasos, con liberación de agua
parcial o totalmente, por hidrogenación de los
(fig. 3).
dobles enlaces. Así se producen las margarinas,
• Los aceites son TAG frecuentes en plantas y se que son aceites hidrogenados viscosos o sólidos a
encuentran en estado líquido a temperatura temperatura ambiente.
Figura 2. Autooxidación de un ácido graso. La luz incrementa la producción del radical superóxido (O2•-) y de
H2O2, que generan radical hidroxilo (•OH). El •OH reacciona con el ácido graso insaturado y causa la pérdida
de hidrógeno. El radical ácido graso derivado reacciona con el O2 y con un H de otro ácido graso instaurado
que ingresa en el proceso de oxidación. De este modo se forman aldehídos y cetonas, que dan el sabor y olor
desagradable a los alimentos rancios.
23
Figura 3. Formación e hidrólisis de un triglicérido. El glicerol se esterifica con tres ácidos grasos y se produce un
TAG y H2O. La hidrólisis, que libera los ácidos grasos y glicerol, ocurre por entrada de H2O en los enlaces éster. Los
adipocitos y algunas semillas tienen lipasas, enzimas que hidrolizan a los TAG y liberan ácidos grasos y glicerol.
Figura 5. Ácido fosfatídico. A. El glicerol está esterificado a dos ácidos grasos, en este caso al ácido palmítico
(saturado) y al ácido oleico (insaturado), y al ácido fosfórico. La X representa a un aminoalcohol esterificado al
grupo fosfato. B. Aminoalcoholes frecuentes.
24
3.1 Esteroides
Figura 8. Colesterol y algunos derivados. Con A, B, C y D se indican los anillos del ciclopentano
perhidrofenantreno.
5. GLÚCIDOS
1. Los glúcidos tienen más de un grupo carbono asimétrico, o carbono quiral, lleva
alcohol y un grupo aldehído o cetona cuatro sustituyentes diferentes.
2. Monosacáridos
2.1 Las hexosas son monosacáridos de 6C • En las fórmulas cíclicas es común representar
el -OH como una barra, hacia arriba o hacia
Las hexosas y pentosas se encuentran abajo (fig. 2).
predominantemente en forma cíclica (fig. 2). La
ciclación ocurre por la formación de un enlace • Según la posición del -OH del C anomérico, los
covalente intramolecular: el enlace hemiacetal. isómeros pueden ser α (-OH hacia abajo) o β
Este enlace se da entre el grupo carbonilo y el (-OH hacia arriba).
oxígeno de un grupo -OH en posición 4 ó 5, y la
molécula se cicla en forma semejante al furano y • Otro monosacárido abundante en la naturaleza
al pirano respectivamente (figs. 2 y 3). es la fructosa. Mientras que la glucosa es una
aldohexosa (hexosa con un grupo aldehído),
• Como consecuencia de la ciclación se genera el la fructosa es una cetohexosa (hexosa con un
C anomérico, que en la glucosa es el C1 (fig. 2). grupo cetónico) que se cicla como un anillo de
cinco vértices (fig. 3). El enlace hemiacetal se
• En las fórmulas escritas en proyección lineal, los forma entre el -OH del C5 y el carbonilo del C2.
-OH se representan a la derecha o a la izquierda.
En la fórmula cíclica (Haworth) los -OH que en la • La fructosa es abundante en frutas y su poder
fórmula lineal están a la derecha, se representan edulcorante es casi el doble comparado con
hacia abajo y los que están a la izquierda, hacia el poder del azúcar de mesa, el disacárido
arriba del plano definido por el ciclo (fig. 2). sacarosa.
Figura 2. Fórmula lineal y cíclica de la D-glucosa. A. Fórmula lineal. El -OH del C asimétrico más alejado del
grupo carbonilo define la serie D o L. En la glucosa, ese C es el 5, por lo que la forma representada es la D. B. Entre
el grupo alcohol del C5 y aldehído del C1 se forma el enlace hemiacetal. C. Fórmula cíclica de la glucosa. Con
círculos se indica la posición del -OH del C anomérico, que define los anómeros α y β. Se indican los porcentajes
de las distintas formas en agua.
Figura 3. Fórmula lineal y cíclica de la D-fructosa. En la fórmula lineal el -OH del C5 está a la derecha. Entre los
grupos -C=O y -OH de los C2 y C5 se forma el enlace hemiacetal. La molécula ciclada corresponde a la α fructosa
porque el -OH del C anomérico, indicado con un círculo, está hacia abajo.
29
2.2 Las pentosas son monosacáridos de 5C mayor que el monosacárido sin fosforilar, lo
que favorece su participación en las reacciones
Las pentosas también se encuentran metabólicas.
predominantemente en forma cíclica (fig.4). La
ribosa y la 2-desoxirribosa son aldopentosas que 2.4 Los monosacáridos son agentes
forman parte de los nucleótidos y de los ácidos reductores
nucleicos. La diferencia entre ellas está dada en
el C2: mientras que en la ribosa hay un -OH, en Los monosacáridos pueden ser oxidados por
la 2-desoxirribosa hay un -H (fig. 4). agentes oxidantes suaves como Fe+3, Cu+2 o
Ag+2. En estas reacciones el carbonilo se oxida a
ácido carboxílico. Esta propiedad es la base de
la reacción de Fehling, ampliamente usada para
determinar la presencia de glúcidos reductores.
En la reacción de Fehling el C aldehídico se oxida
a un grupo ácido. En el ejemplo que aparece
abajo la glucosa actúa como un reductor y el Cu2+
se reduce a Cu+: actúa como un oxidante.
Figura 6. Condensación e hidrólisis de la lactosa. La reacción ocurre entre el grupo -OH del C1 de la β galactosa
y el C4 de la β glucosa. Se forma un enlace glucosídico β 1-4, indicado con una flecha, y se libera H2O. La hidrólisis
ocurre por la ruptura de ese enlace con entrada de H2O. Se indica con un círculo el C anomérico libre.
La maltosa es un disacárido formado por dos α Figura 8. Sacarosa. El enlace glucosídico α 1-2
glucosas unidas por enlace α 1-4 (fig. 7). Las células se establece entre el C1 de la glucosa y el C2 de la
fructosa. Como el enlace se establece entre los dos C
no sintetizan maltosa, esta se obtiene por hidrólisis anoméricos, el disacárido no es reductor.
de los polisacáridos almidón y glucógeno.
4. Polisacáridos
Figura 9. Glucógeno. A. Se identifica con un * un residuo glucosa con un enlace glucosídico α 1-4 y una
ramificación formada por un enlace glucosídico α 1-6. B. Esquema de la molécula de glucógeno, con ramificaciones
cada menos de 10 residuos de glucosa. En general, posee unos 120.000 residuos de glucosa.
32
Figura 10. Almidón. A. Amilosa, fórmula y esquema de la disposición espacial. El yodo presente en el reactivo
Lugol, usado para identificar almidón, se ubica en el interior de la hélice que forma la amilosa y da el color
azul característico. B. Amilopectina, se indican los enlaces α 1-4 y α 1-6, estos últimos son los que generan las
ramificaciones.
• La amilosa es una cadena de 1000-4000 forma parte de las paredes celulares de los
residuos de α glucosa, unidos por un enlace vegetales y contribuye a darles estructura
α 1-4, que se ordena en el espacio de manera y sostén. La resistencia y flexibilidad de
helicoidal. la pared celular está determinada por la
cantidad de celulosa y de otros polisacáridos
• La amilopectina consta de α glucosas unidas como las hemicelulosas y pectinas, además
por enlaces α 1-4 y α 1-6, lo que la hace de polímeros no glucídicos como la lignina y
similar al glucógeno, pero difiere de este en la de proteínas como la extensina.
frecuencia de las ramificaciones (una cada 25-
30 unidades) y en la longitud de estas (fig. 10).
4.2.2 Quitina
6. ÁCIDOS NUCLEICOS
S. Signorelli y J. Monza
Revisado por la Dra. Estela Castillo,
Sección Bioquímica-Biología Molecular.
Instituto de Biología. Facultad de Ciencias. UdelaR.
1. Los ácidos nucleicos están formados • Al grupo fosfato esterificado al C5’ se puede
por nucleótidos unir un segundo grupo fosfato, y a este un
tercero, mediante enlaces fosfoanhidro (fig.
Desde el punto de vista funcional el ácido 2). Este tipo de enlace requiere mucha energía
ribonucleico (ARN) y el ácido desoxirribonucleico que para su formación, parte de la cual libera
(ADN), llamados colectivamente ácidos cuando se hidroliza .-Si la base es la adenina,
nucleicos, son moléculas relacionadas con el el nucleótido puede ser el AMP, ADP o ATP,
almacenamiento de información y la expresión según la cantidad de grupos fosfato (fig. 2). Si
de los genes. la base es la guanina será el GMP, GDP o GTP,
etc.
• Los ácidos nucleicos son polinucleótidos,
formados por la condensación de unidades • Según la pentosa los nucleótidos pueden ser
llamadas nucleótidos (fig. 1). ribonucleótidos (ribosa) o desoxirribonucleótidos
• Un nucleótido está formado por una pentosa (desoxirribosa), que forman al ARN y ADN
(ribosa o desoxirribosa), un grupo fosfato y respectivamente .
una base nitrogenada que puede ser la adenina
(A), timina (T), guanina (G), citosina (C) o
uracilo (U).
• La base nitrogenada está unida al C1´ de la
pentosa por un enlace N-glucosídico, y el grupo
fosfato (-PO4-2) al C5’ por un enlace éster (fig. 1).
La hidrólisis de los enlaces del nucleótido libera
una pentosa, un fosfato y una base.
A B
Figura 5. Representación espacial y estructura química del ADN. A. Modelo de la molécula de ADN propuesto
por Watson y Crick (1953). Las cintas representan el esqueleto pentosa-fosfato y las barras orientadas hacia el
eje las bases nitrogenadas. B. Molécula de ADN. Cada hebra tiene dos extremos, uno 5’ y otro 3’. Los enlaces
fosfodiéster se dan entre un grupo fosfato del C5’ y un -OH de un C3’. Las bases complementarias se aparean
entre sí por puentes de hidrógeno, dos entre A=T y tres entre C≡G.
38
3.2 El ADN puede perder la estructura Cuanto mayor es el porcentaje de GC, mayor es
secundaria al aumentar la temperatura la temperatura media de fusión (fig. 6). Esto se
debe a que entre esas bases se establecen tres
Cuando el ADN se somete a calentamiento se puentes de hidrógeno, por lo que se requiere
logra una agitación térmica suficiente para más energía para separarlas que si fueran AT,
separar puentes de hidrógeno entre los pares de entre las que hay dos puentes de hidrógeno.
bases: el ADN se desnaturaliza.
• La temperatura en la cual el 50 % de las 4. En los cromosomas de eucariotas el
bases están desapareadas corresponde a la ADN está asociado a proteínas
temperatura media de fusión, constante para
un mismo ADN. Tanto en células procariotas como eucariotas el
ADN se compacta, lo que permite una adecuación
• La desnaturalización consiste en la ruptura de
a las dimensiones celulares. Los grupos fosfato
puentes de hidrógeno entre bases apareadas y
cargados negativamente son un impedimento
en la pérdida de las interacciones hidrofóbicas:
para que el ADN se enrolle sobre sí mismo. En
las hebras se separan, pero los enlaces
las células eucariotas esto es posible en parte por
covalentes se mantienen intactos. Lo mismo
la participación de las histonas que son proteínas
ocurre con pH extremos.
básicas, ricas en aminoácidos básicos con -R
• Si la temperatura o el pH vuelven a valores positivo, que permiten el enrollamiento del ADN.
fisiológicos, las bases complementarias
de regiones desapareadas pueden volver a • Las histonas son proteínas pequeñas, con alta
aparearse y se restablece la estructura de proporción de aminoácidos básicos como la
doble hebra: el ADN se renaturaliza parcial o lisina y arginina, cuyo -R positivo interacciona
totalmente. con el ADN.
5. El ARN está formado por ribonucleótidos ribosomas está en el tamaño de las subunidades,
debido a la cantidad de proteínas y ARNr que las
El ARN mensajero (ARNm), el ribosómico integran (fig. 8).
(ARNr), el de transferencia (ARNt) y el nuclear de
pequeño tamaño (ARNsn) son polinucleótidos.
Al igual que en el ADN, los mononucleótidos se
unen a través de enlaces fosfodiéster, pero entre
el grupo -PO4-2 del C 5’de una ribosa y el -OH del
C 3’ de otra.
Figura 10. Representación del ARNt. A. Modelo de la estructura primaria, en forma de hoja de trébol. B.
Modelo de la estructura secundaria. El anticodón, formado por tres bases de secuencia, es variable según el
ARNt y reconoce las bases complementarias en el ARNm. Al extremo 3’ libre se une el aminocácido y se forma
el aminoacil-ARNt.
5.3 ARN de transferencia que se generan por modificaciones de las bases
comunes, después de la síntesis del ARNt
Los ARNt son moléculas pequeñas formadas
por unos 80 nucleótidos que se pliegan en una 5.4 ARNsn: pequeñas moléculas de ARN
estructura tridimensional compleja (fig. 10). Una nuclear
representación sencilla de esta molécula es la
El ARNsn (small nuclear) tiene pocos nucleótidos
forma de hoja de trébol (fig. 10 A), sin embargo su
y está asociado a proteínas formando complejos.
estructura secundaria es más compleja (fig. 10 B).
Se localiza en el núcleo celular y participa
Las principales características de la molécula de
principalmente en el proceso de maduración del
ARNt son:
ARNm, en el corte de intrones y ensamble de
• La presencia de 4 segmentos o brazos en los exones.
que hay regiones con apareamientos entre
bases complementarias, 3 ó 4 bucles con bases 6. Enzimas de restricción
no apareadas y un extremo abierto (fig. 10).
• Un bucle donde se encuentra el anticodón, Las enzimas de restricción o restrictasas son
que corresponde al triplete de bases endonucleasas que reconocen secuencias
complementarias al codón del ARNm. específicas en el ADN, de 4, 6 o más bases,
denominadas sitios de restricción o dianas. La
• El extremo 3’ (CCA), donde se une el hidrólisis de los enlaces pentosa-fosfato por las
aminoácido, específico para cada ARNt. restrictasas, genera fragmentos de restricción
• El extremo 5’ con una G. (fig. 11).
• La presencia de bases poco frecuentes, como • Las restrictasas son enzimas de origen
la pseudouridina, dihidrouridina e inosina, bacteriano, que se denominan según el género
41
Figura 14. Secuencia de pasos para construir maíz Bt. 1. El ADN de Bacilus thuringiensis (donde se encuentra el gen
de interés cry) y el plásmido donde se clonará ese gen, se cortan con una enzima de restricción o se amplifica por PCR
(no mostrado). 2. El fragmento de ADN que contiene el gen de interés se separa de los otros fragmentos por electrofore-
sis y se extrae del gel (no mostrado). 3. La enzima ligasa permite unir el gen de interés al plásmido vector. 4. El plásmido
recombinante (plásmido vector con el gen clonado) se transfiere a Agrobacterium, que naturalmente puede infectar
plantas. 5. Para introducir el gen en células vegetales se co-cultiva al Agrobacterium con segmentos de epicótilo. 6. Los
epicótilos se transfieren a un medio de selección con un antibiótico, donde crecen los tejidos transformados, a partir de
los cuales se regeneran plantas con el gen de interés. 7. Cultivo en condición de campo.
44
7. MEMBRANAS BIOLÓGICAS
M. Sotelo y O. Borsani
Revisado por Dr. Flavio Zolesi, Departamento
Biología Celular y Molecular, Facultad de Ciencias. UdelaR.
En las células eucariotas la membrana delimita • Los glúcidos están unidos covalentemente
los organelos y se distribuye formando el sistema a lípidos y a proteínas, y se encuentran en el
retículo endoplásmico, que aumenta la superficie exterior de la membrana plasmática de las
de intercambio con el medio extracelular. células animales (fig 1).
Figura 1. Modelo de la membrana plasmática. Las membranas están formadas por una bicapa de fosfolípidos
con proteínas embebidas en ellos. La fracción glucídica de las glucoproteínas se encuentran del lado extracelular
y el colesterol interacciona con las zonas apolares de los fosfolípidos.
46
1.2 En las membranas también hay • Las proteínas transmembrana tienen una
glucolípidos y colesterol región embebida en la zona apolar de la bicapa
de fosfolípidos (figs. 1 y 2). En contraste con
Los fosfolípidos, glucolípidos y el colesterol son esa región, rica en residuos hidrofóbicos,
los lípidos más abundantes en las membranas. los dominios citosólicos y extracelulares son
• Los lípidos de las membranas son anfipáticos, hidrofílicos e interaccionan con el medio
es decir, tienen una región hidrofóbica acuoso (fig. 2).
(apolar) y una región hidrofílica (polar). • Las proteínas periféricas interaccionan con
Estas moléculas en medio acuoso pueden otras proteínas de membrana o con las cabezas
formar espontáneamente bicapas con las colas polares de los fosfolípidos. Estas proteínas se
hidrofóbicas hacia el interior de la bicapa y las localizan en el citosol o en el medio extracelular
cabezas hidrofílicas hacia afuera, en contacto (fig. 1).
con el medio acuoso (fig. 1).
2.1.1 Ósmosis
Figura 2. Proteína transmembrana. Los residuos Una membrana semipermeable permite el
aminoacídicos hidrofóbicos, representados como
círculos rellenos, se encuentran al interior de la bicapa pasaje de moléculas de agua (solvente), que
de fosfolípidos, y los hidrofílicos, representados como difunden a través de ella, pero no permite el
círculos vacíos, hacia el medio acuoso. pasaje de solutos. El agua pasa desde la zona
47
• Las proteínas canal forman poros, cubiertos Figura 5. Transporte mediado por una proteína
de agua en la superficie interna del canal, carrier. Este tipo de proteína se une a la molécula
a ser transportada para transferirla a través de la
que permite el pasaje de iones y moléculas membrana. Las moléculas se mueven a través de la
hidrofílicas pequeñas (fig. 4). membrana a favor del gradiente.
48
Figura 8. Transporte activo secundario. Como en el transporte activo primario, las moléculas atraviesan la
membrana en contra del gradiente de concentración, utilizando energía que proviene del pasaje de otras
moléculas a favor de su gradiente de concentración.
• Explicar la estructura de la membrana a partir de las propiedades de las moléculas que la integran.
8. CADENA RESPIRATORIA
J. Monza y S. Signorelli
Revisado por la Dra. Ana Denicola,
Laboratorio de Fisicoquímica Biológica,
Instituto de Química Biológica, Facultad de Ciencias. UdelaR
Figura 3. Mononucleótidos trifosfato. Los enlaces de alta energía, indicados con flechas, ocurren entre dos
fosfatos con pérdida de agua. Su hidrólisis, es decir su ruptura con entrada de agua, libera en todos los casos la
misma cantidad de energía.
55
Figura 4. Esquema y microscopía electrónica de una mitocondria. A. Esquema de una mitocondria donde se
observa la membrana interna, que separa la matriz del espacio intermembrana, y la membrana externa, que
separa este espacio del citoplasma. En la matriz hay ADN y ribosomas que le permiten sintetizar algunas proteínas
necesarias para el funcionamiento mitocondrial. Por esta razón las mitocondrias son organelos semiautónomos.
B. Microscopía electrónica de trasmisión de una mitocondria (corte longitudinal).
• Las mitocondrias están limitadas por dos 3.1 Los transportadores tienen diferente
membranas, una externa y otra interna, que afinidad por los electrones
delimitan dos espacios: la cámara externa o
espacio intermembrana y la matriz (fig. 4). La Cadena respiratoria consiste en centros
redox donde se llevan a cabo reacciones de
• En la membrana interna se localizan enzimas oxidorreducción. Mediante estas reacciones se
y transportadores de electrones de la cadena transfieren electrones desde el NADH.H+ o desde
respiratoria (NADH.H+ deshidrogenasa, el FADH2 hasta el oxígeno, que es reducido a H2O
Coenzima Q, citocromos, etc.). (fig. 5).
• La Cadena respiratoria está asociada a una
membrana, dado que para su funcionamiento + Observe que los electrones pueden ser
es necesario un ordenamiento espacial captados o cedidos de diferentes formas: un
estrictamente definido de los transportadores electrón individualmente, un electrón unido a un
y proteínas que la integran, como se verá más protón (como un átomo de H), o dos electrones
adelante. En las células procariotas la cadena unidos a dos protones, es decir como molécula de
respiratoria se localiza en la membrana celular. hidrógeno (H2).
Figura 5. Representación de la cadena respiratoria. Los cofactores y transportadores están ordenados según su
afinidad creciente por los electrones, desde los que tienen menor potencial redox (menor afinidad) a los de mayor
potencial redox (mayor afinidad). NAD+: nicotín adenín dinucleótido. FAD: flavín adenín dinucleótido. CoQ:
coenzima Q o ubiquinona. Cit: citocromos.
56
Figura 6. Representación de la cadena respiratoria en la membrana mitocondrial. Las flechas indican el sentido
del transporte de electrones (e-) a través de los Complejos I al IV. Las flechas verticales indican el sentido del
bombeo de H+ desde la matriz al espacio intermembrana, o desde este espacio a la matriz a través de la ATPasa.
El Complejo V no está vinculado al transporte de electrones como los otros, sino a la síntesis de ATP.
a. F0 corresponde al canal protónico (fig. 7). La • Desde el NADH.H+ al O2 los electrones liberan
oligomicina, un antibiótico que se une a este la energía suficiente para el bombeo de H+
canal y no permite el pasaje de H+, por lo que al espacio intermembrana, de manera que
inhibe la síntesis de ATP. cuando vuelven a la matriz se generan tres
ATP. La relación P/O = 3.
b. F1 contiene las unidades catalíticas de la
ATPasa, que permite sintetizar el ATP a partir • Desde el FADH2 al O2 los electrones liberan la
del ADP y P (figs. 6 y 7). energía suficiente para generar dos ATP. La
relación P/O = 2.
+ Observe que en el Complejo IV se reduce el O2
a H2O y que parte de la energía que se libera por el + Observe que la relación P/O se refiere a cuántos
gradiente de pH permite la fosforilación del ADP fosfatos pasan a formar enlaces de alta energía en
a ATP en el complejo V. Por eso este proceso de relación con la cantidad de oxígeno consumido. Así,
formación de ATP se llama fosforilación oxidativa. por cada NADH.H+ se generan 3 ATP (relación 3/1) y
por cada FADH2 se generan 2 ATP (relación 2/1).
• El bombeo de H+ hace que el pH de la matriz sea Las moléculas que actúan como inhibidores
alcalino y el del espacio intermembrana ácido, lo que de la cadena respiratoria impiden el flujo de
genera un gradiente químico y también eléctrico por electrones entre los transportadores, y por lo
la asimetría de cargas. La fuerza protón motriz hace tanto la síntesis de ATP.
que los H+ vuelvan a la matriz (fig. 8).
• El amital (un barbitúrico) o la rotenona (un
• Cuando los H fluyen pasivamente hacia
+ insecticida) bloquean el flujo de electrones
la matriz a través del canal F0, el complejo entre el NADH.H+ y la CoQ, la antimicina (un
enzimático ATPasa (F1) utiliza la fuerza protón antibiótico) lo hace entre la CoQ y el Cit b y
motriz para generar el enlace fosfoanhidro el cianuro, la azida y el monóxido de carbono
entre el ADP y el fosfato, y producir ATP. actúan sobre la citocromo c oxidasa.
Figura 8. Teoría quimiosmótica de Mitchel. Mientras los electrones pasan desde el Complejo I hasta el O2, la
energía liberada se usa para bombear H+ desde la matriz hacia el espacio intermembrana. Los H+ vuelven a la
matriz a través de los canales protónicos (F0), que se abren como consecuencia del gradiente generado a ambos
lados de la membrana. Parte de la energía liberada por los H+ al volver a la matriz genera ATP.
59
Figura 1. Esquema general de la Glucólisis. GA3P: gliceraldehído 3P. D3P: dihidroxicetona 3P. PEP:
fosfoenolpiruvato. Las reacciones, identificadas con números, se describen en el texto.
64
Reacción 1
La primera reacción de la Glucólisis consiste en
la fosforilación de la glucosa, que tiene como Reacción 4
producto glucosa 6P (G6P). Esta reacción es La F1,6P una hexosa, genera por acción de la
catalizada por la enzima hexoquinasa y consume aldolasa (liasa) dos triosas (moléculas de tres
ATP. La hexoquinasa fosforila a otras hexosas carbonos): la dihidroxicetona 3 fosfato (D3P) y
como fructosa, galactosa y manosa. Este paso es el gliceraldehído 3 fosfato (GA3P). Esta reacción
uno de los tres irreversibles de la vía. De todas es reversible.
formas, como se verá en Glucogénesis, con otra
enzima (una fosfatasa) se puede remover el
grupo fosfato y obtener glucosa.
Reacción 5
La D3P se isomeriza a GA3P. Esta reacción es
La G6P tiene carga negativa, lo que impide que reversible y la cataliza una isomerasa (triosa
vuelva a atravesar la membrana celular y salga fosfato isomerasa).
de la célula. Esto evita la pérdida de un sustrato
energético.
Reacción 2
La G6P se transforma en fructosa 6P (F6P) por
acción de una isomerasa. Esta enzima cataliza la
isomerización reversible de estas hexosas.
Reacción 3 Reacción 6
La tercera reacción, catalizada por la enzima El GA3P es oxidado y fosforilado a 1,3
fosfofructoquinasa 1(FFQ-1), fosforila a la F6P bisfosfoglicerato (1,3P glicerato). La reacción
en el C1 y produce fructosa 1,6 bifosfato (F1,6P). es catalizada por la gliceraldheído 3P
65
Figura 3. Lanzadera del glicerol 3P. El poder reductor del NADH.H+ generado en la Glucólisis es transferido a
la mitocondria por el GP. El GP es oxidado por una enzima que tiene como cofactor el FAD y el FADH2 generado
se oxida en Cadena respiratoria. Como consecuencia de esto se generan 2 ATP por triosa.
67
• Hay dos lanzaderas, la del Glicerol fosfato (GP) por hexosa se reducen 2 FAD a 2 FADH2 en la
y la del malato – aspartato (malato): mitocondria. Como cada FADH2 genera 2 ATP,
se producen 4 ATP/hexosa.
a. En la lanzadera del GP un transportador de
la membrana mitocondrial le permite a esa • En resumen, por cada hexosa se generan 4
molécula llegar a la matriz, donde se oxidada ATP por fosforilación a nivel de sustrato y
por una deshidrogenasa que tiene como 4 ATP por lanzadera del GP: se producen
cofactor al FAD. Así se regenera D3P que 8 ATP/hexosa. Como se consumen 2 ATP
vuelve al citoplasma (fig. 3) mientras que el para producir la F1,6P el balance neto son 6
FADH2 se oxida en la Cadena respiratoria. ATP/hexosa.Si ocurre lanzadera del malato
Finalmente los electrones son aceptados por se generan 3 ATP/triosa, es decir 6 ATP/
el O2 y se forma H2O. La energía liberada es hexosa. En este caso el balance es 8 ATP/
suficiente para producir 2 ATP. hexosa.
La lanzadera malato-aspartato regenera 4. El piruvato tiene diferentes destinos en
NAD+ a partir del NADH.H+ con reducción células aerobias y fermentativas
de oxalacetato a malato (fig. 3). La reacción
es catalizada por la malato deshidrogenasa En las células aerobias la oxidación del piruvato
citosólica. El malato se oxida en la continúa en el ciclo de Krebs, en el que se generan
mitocondria y como consecuencia se generan
NADH.H+ y FADH2, cuya oxidación en la Cadena
3 ATP en la Cadena respiratoria.
respiratoria produce ATP. Por otro lado, en células
+ Observe que cuando actúa una lanzadera el fermentativas y en algunas células aerobias en
aceptor final de los electrones es el O2. condiciones de bajo oxígeno, el piruvato se reduce
a lactato por fermentación láctica (fig. 2), o deriva
a otras fermentaciones como la alcohólica, que
3. La cantidad de ATP producido por
produce etanol.
la Glucólisis en células aerobias y
fermentativas es diferente
+ Observe que en las fermentaciones el
piruvato no es oxidado totalmente, por lo que
En células fermentativas:
el rendimiento energético, expresado como
• En la primera fase de la Glucólisis (hexosa no cantidad de ATP formado, es inferior al que
fosforilada hasta F1,6P) se consumen 2 ATP/ ocurre en condiciones aerobias.
hexosa (fig. 1).
5.Regulación de la Glucólisis: hexoquinasa,
• A partir de una hexosa se generan 2 triosas
FFQ-1 y piruvato quinasa
y por cada triosa ocurren 2 FNS (fig. 1), de
manera que se producen 4 ATP/hexosa .
Las enzimas que catalizan las tres reacciones
• El b2ulas aerobias: irreversibles de la glicólisis son las responsables
de la regulación de la vía. Estas son: la
• Al igual que en células fermentativas, en la hexoquinasa (fig. 1, reacción 1), la FFQ-1 (fig. 1,
primera fase de la Glucólisis se consumen 2
reacción 3) y la piruvato quinasa (fig. 1, reacción
ATP/hexosa y en la segunda etapa las 2 triosas
9). La regulación de la vía tiene su punto
producen por FNS 4 ATP (fig. 1).
limitante en la reacción 3, e incluye mecanismos
• Como por cada hexosa se producen 2 triosas se tales como inhibición por producto, modulación
generan 2 NADH.H+ que se oxidan y reducen a alostérica y modulación covalente de las enzimas
2 GP (fig. 3). Cada GP se oxida, de manera que mencionadas.
68
• La hexoquinasa es inhibida por el producto de intermediarios del ciclo de Krebs. Esta vía ocurre
reacción, la G6P (fig. 1). en órganos como el hígado (90 %) y el riñón.
• La FFQ-1 tiene como moduladores alostéricos Para que ocurra la síntesis de glucosa sin la
positivos el AMP y ADP y como modulador formación de ciclos fútiles, en la Glucogénesis
negativo el ATP y el citrato (fig. 4). Observe que se deben saltear las reacciones irreversibles
se da una lógica metabólica que asegura el uso de la Glucólisis: de piruvato a PEP (rodeo
de las hexosas según la necesidad celular. metabólico), de F1,6P a F6P y de G6P a glucosa
• La piruvato quinasa tiene como moduladores (fig.1, reacciones. 1, 3 y 10).
negativos al ATP y a la acetil-CoA. • Piruvato a PEP. Las reacciones involucradas
El principal mecanismo de regulación de la en la conversión de piruvato a PEP, conocidas
Glucólisis y Glucogénesis es el estado energético en conjunto como rodeo metabólico, están
de la célula: más ATP o más ADP-AMP (fig. 4). catalizadas por la piruvato carboxilasa que
Sin embargo, en las células del hígado la actividad carboxila al piruvato, y la PEP carboxiquinasa
hexoquinasa sólo se inhibe por el producto (G6P) que fosforila y descarboxila al OAA, generando
y es independiente de la concentración de ATP. PEP (fig. 4, reacción C).
• F1,6P a F6P. Una fosfatasa, la fructosa 1,6
6. La Glucogénesis es una vía que permite bifosfatasa, elimina el grupo fosfato del C1 de
síntetizar glucosa la F1,6P y rinde F6P (fig. 4, reacción B).
La Glucogénesis es una vía anabólica que • G6P a glucosa. Una fosfatasa elimina el grupo
permite la síntesis de glucosa a partir de lactato, fosfato del C6 de la G6P y rinde glucosa (fig. 4,
piruvato, glicerol y de algunos aminoácidos e reacción A).
Figura 4. Regulación de la Glucólisis y Glucogénesis por ATP/ADP. El ATP modula negativamente a la FFQ-1, lo
que produce una disminución en el flujo de moléculas a través de la Glucólisis, mientras que activa a la piruvato
carboxiquinasa que permite la formación de PEP y que ocurra la Glucogénesis. El ADP y AMP (este último no
se representa en el esquema) modulan negativamente a la piruvato carboxiquinasa y positivamente a la FFQ,
aumentando el flujo de intermediarios de la Glucólisis, y por lo tanto la síntesis de ATP.
69
Para que estas reacciones tengan lugar, la 8. Vía de las Pentosas fosfato: otra vía
relación ATP/ADP debe ser alta o debe haber catabólica de hexosas
una señal hormonal como la liberación de
glucagón por el páncreas. En esa condición, La vía de las Pentosas es otra ruta catabólica de
la FFQ-1 y la piruvato quinasa se inhiben al hexosas que ocurre en el citoplasma y genera
tiempo que se activa la piruvato carboxiquinasa poder reductor como NADPH.H+ y produce
(fig. 4, reacciones A y C). A su vez, el ADP y glúcidos con diferente cantidad de carbonos.
AMP inhiben la piruvato carboxiquinasa lo que
favorece que el piruvato se metabolice a través • El poder reductor acumulado como NADPH.
del ciclo de Krebs, con la consecuente formación H+ es usado principalmente en la biosíntesis
de ATP (fig. 4). de ácidos grasos.
El ciclo de Cori permite regenerar glucosa en el • En la fase oxidativa, a partir de la G6P y con
hígado a partir del lactato producido en el músculo pérdida de CO2 se produce NADPH.H+ y
cuando la actividad física es intensa (fig. 5). ribulosa 5P.
• En las células musculares la fermentación
• En la fase no oxidativa, la ribulosa 5P puede
láctica es un mecanismo que permite oxidar el
dar ribosa 5P (R5P) o xilulosa 5P (X5P) por
NADH.H+ generado en la Glucólisis (fig. 2).
acción de una isomerasa. Estas moléculas
• El lactato generado es transportado por la pueden generar F6P y GA3P por acción de
sangre al hígado, donde se transforma en transcetolasas (transfieren grupos de 2C) y
piruvato (fig. 5). En ese órgano el piruvato transaldolasas (transfieren grupos de 3C). De
produce glucosa, que es transportada por la esta forma, se pueden producir glúcidos de
sangre hacia el músculo (fig. 5) diferente número de C, con variados destinos
metabólicos.
Figura 6. Vía de las pentosas fosfato. La ribulosa 5P puede dar xilulosa 5P (X5P, reacción 1), o ribosa 5P
(R5P, reacción 2). Estas pentosas pueden intercambiar 2C y los productos son el gliceraldehído 3P (GA3P)
y la sedoheptulosa 7P (P7P), las cuales pueden intercambiar 3C y dar fructosa 6P (F6P) y eritrosa 4P (E4P).
Finalmente, la E4P puede reaccionar con una segunda molécula de X5P (reacción 3) y rendir F6P y GA3P.
+ Observe que a partir de tres R5P se generan tres NADPH.H+ y se pierden tres CO2.
J. Monza y S. Signorelli
Revisado por el Dr. Homero Rubbo,
Centro de Investigaciones Biomédicas, Facultad de Medicina. UdelaR
Figura 3. Ciclo de Krebs. Cuatro reacciones están catalizadas por deshidrogenasas (3, 4, 6 y 8), tres tiene como
cofactor al NAD+ y una al FAD. En la reacción 5 se genera un GTP por fosforilación a nivel de sustrato. Los dos
carbonos que ingresan al ciclo como un acetilo salen como CO2 (reacciones 3 y 4).
+Observe que el ciclo se puede resumir en la siguiente ecuación:
Acetil CoA + 3NAD+ + FAD + GDP + Pi g HSCoA + 3NADH.H+ + FADH2 + GTP + 2CO2
75
Total 36 ATP
Reacción 8: el malato se oxida a
oxalacetato 6. El propionato generado en el rumen
Las reacciones del ciclo en su conjunto conducen ingresa al ciclo como succinil CoA
a la regeneración del oxalacetato. La malato
En los rumiantes, los microorganismos del
deshidrogenasa cataliza la última reacción del
rumen producen por fermentación ácidos
ciclo, que consiste en la oxidación del malato a
grasos volátiles (AGV) a partir de los alimentos
oxalacetato, con la reducción de un NAD+. La
ingeridos.
oxidación del NADH.H+ en la cadena respiratoria
forma 3 ATP. • El AGV producido mayormente por la
fermentación es propionato (3C), que mediante
dos reacciones produce succinil CoA (fig. 4).
• La succinil CoA ingresa al ciclo de Krebs, donde
se transforma en malato (fig. 1, reacciones 5,
6 y 7) que puede salir de la mitocondria por
transportadores específicos.
de piruvato a PEP. A partir del PEP las células CoA, y a nivel de la subunidad E3 por alta
del hígado pueden sintetizar glucosa (ver concentración de NADH.H+.
glucogénesis).
• La regulación alostérica está dada por la La actividad citrato sintasa (fig. 3, reacción 1)
relación ATP/ADP, NADH.H+/NAD+ y acetil está regulada por sus sustratos: la acetil CoA y el
CoA/HSCoA. El ATP es un modulador negativo oxalacetato. El ATP es un modulador alostérico
de la PDH y el ADP un modulador positivo. negativo de esta enzima que aumenta la KM por
la acetil CoA. Cuando aumenta la concentración
• La regulación por modificación covalente se da de NADH.H+, también disminuye la actividad de
por fosforilación/desfosforilación de la PDH, esta enzima.
concretamente de la subunidad E1 (fig. 5).Una
quinasa fosforila y una fosfatasa desfosforila un 7. 3. Regulación de las deshidrogenasas NAD+
residuo de serina del sitio activo de esa enzima.
A su vez, la quinasa también está regulada Los pasos catalizados por las deshidrogenasas
alostéricamente por ATP, su modulador NAD+ dependientes (reacciones 3, 4 y 8, fig. 3)
positivo. Cuando aumenta la concentración de regulan la velocidad del ciclo según la relación
ADP se desfosforila la PDH y pasa a su forma NADH.H+/NAD+. De esta forma, si desciende
activa (fig. 5). la concentración del cofactor de estas enzimas,
el NAD+, la actividad de las deshidrogenasas
• La actividad del complejo PDH también desciende. A su vez, el ATP es un modulador
es modulada negativamente a nivel de la negativo de estas enzimas y el ADP es un
subunidad E2 por alta concentración de acetil modulador positivo (fig. 6).
78
+ Observe que hay un principio unificador en la regulación: cuando la concentración de ATP celular
es alta se reduce su producción, y viceversa (fig. 6).
Figura 6. Regulación del ciclo de Krebs. La piruvato deshidrogenasa es inhibida alostéricamente cuando son
altas las relaciones ATP/ADP, NADH.H+/NAD+ y acetil CoA/HSCoA. La baja disponibilidad de NAD+ enlentece
los tres pasos catalizados por deshidrogenasas dependientes de ese cofactor.
Fotosíntesis
11. FOTOSÍNTESIS
S. Signorelli, M. Sainz y J. Monza
Revisado por la Dra. Mariam Sahrawy,
Depto. de Bioquímica y Biología Molecular y Celular de Plantas.
Consejo Superior de Investigaciones Científicas, España.
Figura 2. Espectro electromagnético. Se representan las regiones del espectro y sus longitudes de onda (λ). El
espectro visible se sitúa entre 400 y 700 nm. Observe que la λ es inversamente proporcional a la energía.
• Según la longitud de onda (λ), los fotones • Los electrones excitados se estabilizan al volver
tienen diferente energía: a menor λ, mayor al estado basal con la liberación de la energía
energía. De esta forma la energía decrece desde absorbida (fig. 4). La energía liberada puede:
la región violeta a la roja (fig. 2).
a. Disiparse como calor (relajación).
• Los pigmentos, como las clorofilas a y b
(fig. 3), carotenos, xantofilas, ficoeritrinas y b. Disiparse como luz emitiendo un fotón con
ficocianinas, captan fotones porque tienen menor energía (fluorescencia).
electrones fácilmente excitables. La excitación c. Transferirse a otra molécula adyacente
consiste en que los electrones más externos, al (transferencia de energía).
absorber la energía de un fotón, pasan desde
un estado basal a un estado excitado de mayor d. Producir la transferencia del electrón
energía. previamente excitado a una molécula
adyacente, que se reduce (transferencia de
carga o fotoquímica).
2. 1. 2. Los pigmentos agrupados en antenas con una pérdida mínima de energía. Para la
absorben fotones en todo el espectro transferencia de energía es determinante el
visible ordenamiento preciso de los componentes
Cada pigmento tiene máximos de absorción de de la antena y del centro de reacción en la
luz con longitudes de onda características (fig. 5). membrana de los tilacoides.
De esta forma los diferentes pigmentos absorben
fotones de todo el espectro visible.
lo obtiene del agua, que por fotólisis da 2H+, 2 • A través de sucesivas reacciones redox los
e- y oxígeno (fig. 7). electrones pierden gradualmente energía,
que es utilizada para generar un gradiente
• El O2 generado se libera al medio y es utilizado protónico capaz de sintetizar ATP. Este
como aceptor final de electrones en la cadena transporte de electrones se denomina “flujo no
respiratoria de plantas y animales. En plantas, cíclico” porque parten del H2O y terminan en el
si bien el consumo de O2 ocurre durante el NADPH.H+ (fig. 7).
día y la noche, es muy bajo en relación al que
producen. • Cuando la cantidad de NADPH.H+ es alta
ocurre el “flujo cíclico de electrones” porque
• Cuando un fotón excita a un electrón de un los electrones del P700 llegan a la ferredoxina
pigmento antena del PSI, ocurre lo mismo que pero en lugar de derivar al NADP+ vuelven al
en la antena del PSII. Se da una transferencia P700 (fig. 7). De esta forma se sintetiza ATP
de energía desde los pigmentos de la antena por fotofosforilación cíclica, pero no se produce
hasta el centro de reacción P700 (fig. 7), que NADPH.H+ ni se libera oxígeno. Esta vía de
se oxida y queda como radical catiónico (con síntesis de ATP es minoritaria respecto del que
carga +). se produce por fotofosforilación no cíclica.
• El electrón liberado por el P700 es captado por
un aceptor primario, diferente al del PSII, y
2. 1. 5. La energía de los fotones genera un
pasa por transportadores de electrones hasta
gradiente protónico que produce ATP
reducir el NADP+ a NADPH.H+ (fig. 7). Observe
que ocurre un flujo de electrones desde el H2O La energía liberada por los electrones entre el
hasta el NADP+. PSII y el PSI es utilizada para bombear H+ contra
Figura 7. Diagrama Z: una representación del flujo de electrones por los fotosistemas. Los electrones del H2O pasan al P680
—centro de reacción del PSII— y desde este, a través de una cadena de transporte de electrones, al centro de reacción del PSI
(P700) donde se había generado un hueco electrónico. La energía liberada por los electrones en la cadena de transportadores
se usa para bombear H+ y generar ATP (fotofosforilación acíclica). Los electrones del centro de reacción P700 reducen al
NADP+. El flujo cíclico de electrones (P700, ferredoxina reducida y vuelta al P700) genera ATP (fotofosforilación cíclica)
pero no NADPH.H+
85
Figura 8. Síntesis de ATP cloroplástico. La energía liberada por los electrones es utilizada para bombear H+
desde el estroma al espacio tilacoidal, lo que genera un gradiente electroquímico. Cuando los H+ se muevan a
favor del gradiente a través del complejo CF0, la ATPasa (CF1) fosforila el ADP a ATP.
+ Observe que el mecanismo de síntesis de • El CO2 que ingresa a la célula es fijado a través
ATP en mitocondrias y cloroplastos se da por de distintas estrategias, según la planta sea C3,
la generación de un gradiente protónico. En C4 o CAM (Crassulacean Acid Metabolism).
86
Figura 10. Ciclo C3 o Calvin y Benson. A la derecha del nombre de cada molécula se indica la cantidad de C y abajo
y entre paréntesis, el total de C para esta estequiometría. Las reacciones ocurren en el estroma; el ATP y el NADPH.
H+ consumidos son productos de la fase luminosa. La D3P, una triosa fosfato, es transportada al citoplasma.
87
por la PEP carboxilasa, y en las de la vaina, por • La concentración de CO2 en las células de la
la rubisco. vaina llega a 2000 ppm, unas seis veces más
que en la atmósfera (330 ppm). Así minimizan
la actividad oxigenasa de la rubisco, por lo que
la fotorrespiración no es evidente.
Figura 15. Activación de la rubisco. Cuando se alcaliniza el estroma, se activa la rubisco activasa, enzima que
remueve la RuBP del sitio activo de la rubisco. El residuo Lys del sitio activo se desprotona y carbamila, y la
rubisco pasa a la forma activa.
90
Figura 16. Activación de enzimas por el sistema Al finalizar la preparación del tema será
tiorredoxina-oxidorreductasa. Cuando la ferredoxina
(Fd) reducida se oxida, la tiorredoxina (Tx) se reduce, y
capaz de:
cuando esta se reoxida, se reduce a un enlace disulfuro • Diferenciar la antena del centro de reacción
(-S-S-) a sulfhidrilos (-SH), y la enzima se activa.
según la estructura y función de cada uno.
5. Algunos herbicidas inhiben el transporte
• Establecer una relación entre fotones, agua y
fotosintético de electrones
generación de ATP y NADPH.H+.
• Los derivados de la urea, como el Monurón • Caracterizar los mecanismos de síntesis de
o CMU (3-p-clorofenil-1,1-dimetilurea) ATP por fotofosforilación.
y el Diurón o DCMU (3 [3,4 diclorofenil]
• Explicar el papel del H2O en la síntesis de
1,1-dimetilurea), se aplican en el suelo, llegan
glucosa.
a las hojas por el xilema e inhiben el transporte
de electrones fotosintético (fig. 17). • Justificar por qué las plantas consumen
menos O2 del que producen.
• Los herbicidas, a base de triazinas (Simazina y la • Caracterizar funcionalmente la enzima rubisco.
Atrazina), y otros, a base de uracilos sustituidos
• Establecer el patrón común en la fijación de
(Bromacil e Isocil), desplazan la forma oxidada de
CO2 por las plantas C3, C4 y CAM.
la PQ y ocupan el sitio de unión específico de QB
del PSII. Como los herbicidas no son capaces de • Diferenciar la fijación de CO2 de la fotorrespiración.
aceptar electrones, las QA no puedan oxidarse y se • Fundamentar cómo las plantas C4 minimizan
bloquea el flujo de electrones (fig. 17). la fotorrespiración.
91
• En los mamíferos entre el 5 y 25% de su peso • En los tejidos, los TAG que provienen de grasas
corporal son lípidos y el 90% de ellos están y aceites ingeridos o del tejido adiposo donde
como TAG. se reservan, se hidrolizan en glicerol y ácidos
grasos que se oxidan y son fuente de energía.
• En las plantas los TAG no tienen relevancia
como fuente de energía; se usan como • Los ácidos grasos son degradados por la β
reserva de ácidos grasos para sintetizar oxidación, una vía que suministra poder
fosfolípidos de membranas, y en semillas de reductor a la cadena respiratoria y abastece
oleaginosas en germinación, como fuente de de acetil CoA al ciclo de Krebs, con la
carbono para la síntesis de glúcidos. consecuente formación de ATP.
Figura 1. Ingreso del glicerol a la glucólisis. El glicerol se oxida y fosforila a expensas de ATP y rinde
dihidroxicetona 3P, que por una isomerasa se transforma en gliceraldehído 3P.
92
Figura 2. Etapas de la degradación de un ácido graso. A. Activación de un ácido graso. La activación consume dos enlaces de
alta energía (ATP a AMP) y rinde un ácido graso activado (acil CoA). B. Transporte de un ácido graso activado a la mitocondria.
El ácido graso activado se une a la carnitina y la acil carnitina es transportada por la translocasa a la matriz mitocondrial. C.
Reacciones de la β oxidación. En cada vuelta se reduce un FAD y un NAD+, coenzimas de deshidrogenasas que se oxidan en la
cadena respiratoria, y se libera un ácido graso activado con 2C menos y una acetil CoA (2C)
94
Los ácidos grasos de número impar de carbonos • Los cuerpos cetónicos son transportados por
aparecen en baja proporción en los seres vivos. la sangre al cerebro, músculo y corazón, donde
De todas formas, en los rumiantes se generan se convierten de nuevo en acetil CoA y se usan
como consecuencia de la fermentación ruminal como fuente de energía (fig. 4).
ácido propiónico (3C), importante para estos En ovejas preñadas puede producirse lo que
animales. se conoce como toxemia de la preñez, una
• Los ácidos grasos de número impar de C fisiopatía generada por un desorden metabólico
se metabolizan en la misma secuencia de caracterizado por un bajo contenido de azúcar
reacciones de β oxidación, pero en la última y una alta acumulación de cuerpos cetónicos en
vuelta quedan 5C, que por ruptura generan sangre. Esto se explica por una baja actividad del
una molécula de 2C (acetil CoA) y otra de 3C Ciclo de Krebs debido a un inadecuado suministro
(propionil CoA). de OAA derivado de la glucosa u otros precursores
glucogénicos (propiónico, por ejemplo). En
• El ácido propiónico (3C) generado en los esta situación la acetil CoA producida por la β
rumiantes por fermentación se transforma en oxidación para suplir el déficit energético deriva
propionil CoA, y esta en succinil CoA a través en la acumulación de cuerpos cetónicos, tóxicos
de una reacción de carboxilación (fig. 3). a determinadas concentraciones.
95
Figura 6. Síntesis de un ácido graso. La malonil CoA que abastece la síntesis de ácidos grasos se produce por
carboxilación de la actil CoA con gasto de ATP. El complejo enzimático ácido graso sintasa (AG sintasa), del que
forma parte la proteína portadora de acilos (ACP), cataliza la síntesis de los ácidos grasos. El acetil CoA y malonil
CoA se condensan al ACP y forman el β cetoacil-ACP. Ese compuesto es reducido (reacción 2), deshidratado
(reacción 3) y nuevamente reducido (reacción 4), y se genera butiril-ACP (4C). En cada vuelta se consume una
malonil CoA y se incrementa de a 2 el número de C del ácido graso.
97
• Calcular los ATP que se pueden generar a partir de ácidos grasos con diferente número de C.
• Identificar otros destinos de la acetil CoA diferentes al abastecimiento del Ciclo de Krebs.
1. A partir del suelo las plantas obtienen • Como el NH4+ y el NO3- ingresan por transporte
nitrato y amonio activo, su absorción decrece con baja presión
parcial de O2 en el entorno radicular; esto
El nitrógeno forma parte de aminoácidos, mismo sucede si se aplican inhibidores o
proteínas, nucleótidos, ácidos nucleicos, desacoplantes de la cadena respiratoria.
clorofilas y fosfolípidos entre otras biomoléculas.
2 El N2 del aire es reducido a NH4+ por
• Las principales fuentes de nitrógeno para bacterias
las plantas son el amonio (NH4+) y el nitrato
(NO3-), este último la forma de nitrógeno
combinada más abundante en el suelo. El 78% de la atmósfera es N2. Esta molécula no
puede ser utilizada como tal por las plantas ni los
• El NO3-, absorbido activamente por las células animales porque es muy estable. Sin embargo,
de las raíces, debe ser reducido a NH4+ para ser un grupo minoritario de bacterias pueden
asimilado (fig. 1). reducir el N2 a NH4+ por medio de una enzima,
la nitrogenasa. Este proceso se conoce como
• En las plantas hay dos tipos de transportadores
fijación biológica del nitrógeno (FBN).
para de NO3-, los de baja afinidad (LATS) que
tienen una KM alta (en el rango de mM) y los • Entre las bacterias fijadoras de N2 están los
de alta afinidad (HATS) que tienen una KM baja rizobios que se asocian a leguminosas y otras
(en el rango de μM). que fijan N2 sin asociarse a plantas (fig. 2).
• El NH4+ también es absorbido activamente • Los rizobios dentro de las células radiculares
por transportadores específicos y una vez en la de las leguminosas son capaces de reducir el N2
célula se asimila como tal (fig. 1). a NH4+. Por esto, las leguminosas noduladas
por rizobios pueden utilizar tanto el nitrógeno
del suelo como el que proviene del aire que
deriva de la FBN (fig. 1).
• En el Cuadro 1 se presentan ejemplos de la
magnitud de la FBN realizada por algunos
microorganismos con importancia agronómica.
Cuadro 1. Cantidad de nitrógeno fijado por diferentes
bacterias. Las cianobacterias y Azospirillum sp. fijan N2
en vida libre, es decir fuera de la planta. Los rizobios lo
hacen dentro de las células de la planta, en una relación
que se conoce como simbiosis rizobio - leguminosa.
Figura 1. Fuentes de nitrógeno utilizadas por las Microorganismo kg/ha año
plantas. El N2 es reducido a NH4+ por la nitrogenasa,
enzima presente en el rizobio, que se denomina Cianobacterias 5
bacteroide cuando está dentro de la célula vegetal. El Azospirillum 12
NO3- y el NH4+ ingresan a las células epidérmicas de Rizobio-soja 90
la raíz mediante transportadores específicos. El NO3-
Rizobio-lotus 100
es reducido a NH4+ en células de las raíces o de otros
órganos de la planta. Rizobio-alfalfa 200
100
Figura 5. Asimilación de amonio. La GS incorpora el amonio al glutamato con gasto de ATP para dar glutamina.
La GOGAT transfiere el grupo amida de la glutamina al α-cetoglutarato, con poder reductor proviene del NADH.
H+ o de la Fdred, y se generan dos moléculas de glutamato. Una aminotransferasa (AT) permite la síntesis de otros
aminoácidos.
1. La duplicación del ADN es semiconservativa duplicación tiene unas 245 pb, con cuatro
sitios de unión para la proteína DnaA.
La duplicación del ADN ocurre de manera similar • Otra proteína con actividad helicasa (DnaB)
en procariotas y eucariotas. El proceso consiste separa las hebras del ADN y se forma una
en generar dos moléculas de ADN iguales entre burbuja de duplicación (fig. 2).
sí y a la molécula que les dio origen. Debido a
esto, como las células duplican su ADN antes de • En cada burbuja hay dos horquillas de
cada división, las células hijas tienen la misma duplicación (fig.2), de manera que la síntesis
información y el mismo contenido de ADN. Una de ADN se da en dos direcciones. En la figura
excepción son los gametos, que contienen la 2 se representa la formación de la burbuja de
mitad de ADN que la célula madre, son haploides. duplicación en un cromosoma procariota y se
indican las horquillas de duplicación.
• En la duplicación del ADN cada hebra actúa
como molde para la síntesis de una hebra nueva.
Como se muestra en la figura 1, cada hebra
molde (madre) queda junto a una hebra nueva
(hija): la duplicación es semiconservativa.
• A partir de un oriC se replica una unidad descripción se analizará lo que ocurre solo en
funcional denominada replicón. En bacterias, una de ellas.
que tienen un solo oriC, todo el genoma es un
• Para separar las hebras, la helicasa se desplaza
replicón. En el genoma humano se estiman
a lo largo del ADN y utiliza energía de la
entre 10.000 y 100.000 oriC, por lo que habría
hidrólisis del ATP.
hasta 100.000 replicones.
• Al separar las dos hebras se genera un
superenrollamiento en el ADN “por adelante”
de la helicasa. Para disminuir la tensión
generada actúan las topoisomerasas, enzimas
que hidrolizan una o ambas hebras de ADN y
permiten el giro de la molécula y la eliminación
del superenrollamiento (fig. 3).
• Las hebras se mantienen transitoriamente
Figura 2. Origen de duplicación en un cromosoma separadas como monohebra por la acción
procariota. En el origen de duplicación se forma la de proteínas SSB (single stranded DNA
burbuja de duplicación y se generan dos horquillas,
una para cada lado: la síntesis de ADN avanza en binding proteins), también llamadas proteínas
sentidos opuestos. estabilizadoras de monohebra. Estas proteínas
interaccionan con el ADN y mantienen
2. 2. Separación de las hebras de ADN separadas las hebras para que puedan actuar
como molde.
La separación de las hebras ocurre por acción
de la enzima helicasa, que rompe los puentes + Observe que las hebras de ADN no se
de hidrógeno entre las bases complementarias. separan ni se mantienen como monohebra
Como consecuencia se forman dos horquillas espontáneamente; para ello participan una
de replicación (fig. 2), pero para facilitar la enzima y proteínas específicas.
Figura 3. Duplicación del ADN. A. Cebador. El ARN cebador se sintetiza por adición de NTP por acción de la
primasa. Al extremo -OH 3´ libre del cebador se une un dNTP por acción de la ADN pol, que continúa la adición de
dNTP al ADN creciente. B. Síntesis del ADN. La helicasa rompe los puentes de hidrógeno entre las bases, las SSB
estabilizan las hebras simples y la topoisomerasa hidroliza el ADN y permite eliminar el superenrollamiento. El
crecimiento de la hebra continua (superior) acompaña el sentido de apertura de las hebras. La hebra discontinua
(inferior) crece en fragmentos (fragmentos de Okasaki), en sentido opuesto a la hebra continua. La primasa
sintetiza el cebador, al que se adicionan los dNTP por acción de la ADN pol III. El cebador es remplazado por
ADN por acción de la ADN pol I. La ligasa une los fragmentos de ADN de la hebra discontinua.
107
• La ADN pol adiciona el primer dNTP al extremo • La velocidad de duplicación del ADN es del
-OH 3´ libre del cebador y continua adicionándolos orden de 50 nucleótidos por segundo en
al extremo -OH 3´ del ADN creciente: el ADN crece eucariotas y hasta 1.000 nucleótidos por
en sentido 5´a 3´ (figs. 3 y 4). segundo en procariotas.
108
• La ADN pol I tiene una velocidad menor, de 3. Las ADN pol I y III tienen capacidad de
unos 10-20 nucleótidos por segundo, y se corregir errores
suelta después de polimerizar menos de 30
nucleótidos, lo que enlentece más el proceso. El ADN debe conservar la información de manera
En esta enzima la procesividad, que hace estable para transmitirla de célula a célula. Las
referencia a la cantidad de nucleótidos que ADN pol además de ser precisas son capaces de
polimeriza sin desprenderse del molde, es corregir errores “de copia” lo que garantiza la
baja. fidelidad de la duplicación.
• Debido a la complementariedad de bases, las • Las ADN pol I y III tienen actividad exonucleasa
moléculas de ADN hijas son iguales a la madre, de (3´a 5´) que consiste en hidrolizar varios
manera que la información genética es la misma. nucleótidos hacia el extremo 5´ de la hebra
nueva (fig. 5). Esto es equivalente a “ir hacia
atrás” respecto al sentido de la síntesis.
• En la figura 5 se representa el mecanismo
de corrección de un error durante la
duplicación. Como las bases no se aparean
correctamente, el nucleótido queda separado
de la base de la hebra molde, que no es la
complementaria. La subunidad ε de la ADN
pol III hidroliza en sentido 3´a 5´ y vuelve
a polimerizar dNTP sobre el ADN molde,
corrigiendo así el error.
15. TRANSCRIPCIÓN
O. Borsani, M. Sotelo y J. Monza
Revisado por la Dra. Sabina Vidal, laboratorio de Biología Molecular Vegetal,
Instituto de Química Biológica, Facultad de Ciencias, UdelaR.
Cada gen está pautado por secuencias específicas Figura 2. Síntesis de ARN. Formación de un
enlace fosfodiéster entre el -OH 3´y el fosfato 5´ de
que franquean a la región molde y marcan el ribonucleótidos trifosfato. El proceso es catalizado por
principio y fin de la trancripción. la enzima ARN pol y el producto es una hebra de ARN.
110
3.2 Elongación
• La ARN pol tiene la capacidad de añadir El transcripto primario, es decir el ARNm recién
nucleótidos al ARN en crecimiento sin sintetizado, es modificado en el núcleo celular
disociarse del ADN molde. Sin embargo, ciertas antes de ser exportado al citoplasma donde será
secuencias en el ADN se pueden producir traducido a proteína. A este proceso se le conoce
pausas en la síntesis del ARN. como maduración del ARN y consiste en:
112
Figura 5. Secuencia de pasos para obtener ARNm maduro. Al transcripto primario (ARNm recién sintetizado)
se le adiciona una caperuza en el extremo 5´y posteriormente es poliadenilado en el extremo 3´. Los intrones
son escindidos y los exones empalmados para formar el ARNm maduro que será traducido. UTR (untranslated
region) región no traducida.
• Adición de la caperuza 5´. Se adiciona un codifican para la proteína (fig. 5). Este proceso
nucleótido de guanina modificado con un reduce la longitud de la hebra de ARNm
grupo metilo en el extremo 5´ del ARNm. Esta significativamente. La enzima encargada de
adición se realiza durante la síntesis del ARN, catalizar estas reacciones es la snRNA (small
cuando el transcripto tiene unos 20 nucleótidos nuclear ribonucleoprotein particles).
de longitud.
5. Regulación de la trasncripción
• Poliadenilación. Se añaden entre 200 y 250
adeninas (A) al extremo 3', formando la cadena Para que las células puedan adaptar su
poli-A que sirve entre otras cosas, para retardar metabolismo a condiciones intra o extracelulares
la hidrólisis del ARN por las endonucleasas y
cambiantes la expresión de los genes debe estar
alargar su "vida media".
regulada. Un mecanismo de control común es la
• Acortamiento del ARN. El ARN recién regulación a nivel de la transcripción de los genes.
sintetizado es procesado mediante el splicing
(o corte y empalme), que consiste en el corte y • Los genes que codifican enzimas que participan
eliminación de segmentos del ARNm (intrones) en procesos celulares que son necesarios de
que no participan en la síntesis de proteínas, manera permanente se expresan de manera
y en el empalme de segmentos (exones) que continua. Es decir, su expresión es constitutiva.
113
• Otros genes se expresan cuando sus productos la década del 50 en Escherichia coli, es un ejemplo
son necesarios, y cuando no lo son dejan de típico de regulación de la transcripción en bacterias.
hacerlo. Estos genes corresponden generalmente Estos investigadores propusieron que un grupo
a sistemas adaptativos, necesarios para que la de genes con funciones relacionadas forman una
célula se ajuste a determinada situación. unidad funcional y la denominaron operón.
Figura 6. Modelo del operón lactosa. A. El gen regulador consta de un promotor (P) y una región estructural
(E) y codifica para una proteína represora (r), que reconoce la secuencia de bases del operador (O). El O se
encuentra entre el P del gen regulado y los genes E (Z, Y, A). B. En ausencia de lactosa la Proteína represora está
unida al O, lo que impide la transcripción. C. Si se agrega lactosa (i), esta se une a la proteína r que cambia su
conformación y se libera de la región O. Así la ARN pol puede transcribir los genes E.
114
2. Genes estructurales (E). Los genes estructurales • Otros operones relacionados con vías
Z, Y, A codifican respectivamente para la catabólicas necesarias para obtener energía,
β galactosidasa que hidroliza a la lactosa, como el operón maltosa y arabinosa, se regulan
a la galactósido permeasa que transporta de la misma manera.
a la lactosa al interior de la bacteria y a la
tiogalactósido transacetilasa. Estos genes se • Los genes estructurales del operón lac (Z, Y,
disponen en la misma unidad transcripcional, A) se transcriben en un único ARNm. Estos
por lo que se expresan como un único ARNm. ARNm bacterianos que codifican para más de
una proteína se denominan policistrónicos.
3. Operador (O). Situado entre el P y los genes
E, corresponde a una secuencia de bases 5.1.2 Sistema reprimible: Operón triptofano
reconocida por la proteína represora. Los genes reprimibles se expresan en ausencia de
activador, pero dejan de hacerlo en presencia de
4. Gen regulador (R). Consta de un P y un E y
un represor. Los operones que codifican enzimas
codifica a la proteína reguladora (r), represora
encargadas de la biosíntesis de los aminoácidos
en este caso, que reconoce la secuencia de
histidina (his) y triptofano (trp) son ejemplos de
bases del O y se une a él.
este tipo de regulación. El operón se expresa en
5. Inductor (I). En este caso la lactosa, se une a la ausencia de trp, o cuando sus niveles son muy
proteína r y permite que se transcriban los genes E. bajos (fig. 7).
• El operón lac también puede ser regulado por + Observe que el operón trp es semejante al
la glucosa. Cuando las concentraciones de operón lac (fig. 7) y está constituido por:
glucosa son bajas, se produce la activación de
1. Genes estructurales (E). Un total de cinco
la transcripción. El control es ejercido a través
(trpEDCB y A) que codifican para cinco
del AMP cíclico (AMPc). El AMPc se une a la
proteínas que forman tres enzimas necesarias
proteína receptora de AMPc (CRP), que al
en la síntesis de trp.
cambiar su conformación se une al promotor
del operón incrementando la afinidad de la 2. Promotor (P) y operador (O). Conforman
ARNpol por el mismo. la región reguladora y corresponden al
Figura 7. Operón triptofano. En ausencia o poca cantidad de trp, el gen se transcribe porque la proteína
represora, producto del gen regulador, no se une al operador (O). Cuando hay trp (inductor) éste se une a la
proteína r que reconoce al O, impidiendo la transcripción
115
sitio de unión de la ARN pol y del represor, 5. Los operones represibles son comunes en la
respectivamente. regulación de vías biosintéticas y se denominan
3. Gen regulador (R). Se localiza próximo al gen así porque un intermediario de la vía reprime
regulado y consta de un P y el E, que codifica la la transcripción cuando su producto está
proteína reguladora. disponible.
16. TRADUCCION
1. La información que se traduce está en (cuadro 1). Es importante destacar que todos
el ARNm los organismos poseen en general el mismo
código genético; es decir, las mismas tres bases
La traducción consiste en pasar de un lenguaje codifican el mismo aminoácido: el código
dado por la secuencia de bases del ARNm a una genético es universal.
secuencia de aminoacídos. Este proceso ocurre
en los ribosomas e involucra también a los • En la secuencia de bases del ARNm, producto
aminoacil ARNt, que aportan los aminoácidos. de la transcripción, está la información para
sintetizar una proteína. En la traducción, que
• El ARNm contiene 4 bases diferentes: U, C, A se da en los ribosomas, ocurre el cambio de
y G, que agrupadas de a 3 forman 64 codones lenguaje de una secuencia de bases del ARNm a
distintos, pero hay sólo 20 aminoácidos que una secuencia de aminoácidos de una proteína.
forman proteínas. De esta forma, varios
tripletes codifican para un mismo aminoácido: • La traducción comienza en el codón AUG
el código genético es redundante (cuadro 1). que codifica para la metionina (Met). A su
vez, la terminación de la traducción también
• El código genético relaciona la secuencia de 3 está pautada por codones, denominados “sin
bases del ARNm (codón) con un aminoácido sentido” o codones stop (cuadro 1).
Segunda base
Primera base
Tercera base
Cuadro 1. Código genético. El código genético resume la correspondencia de las bases del ARNm (codón) con
cada aminoácido codificado. Observe que hay entre 1 y 6 codones para cada aminoácido: el código genético es
redundante. Los codones que no codifican ningún aminoácido (stop) pautan la terminación de la traducción.
120
2. Los ARNt funcionan como adaptadores • Hay alrededor de 31 ARNt diferentes, según la
entre el ARNm y los aminoácidos especie, con al menos un ARNt específico para
cada aminoácido.
Los ARNt que se encuentran en el citoplasma se
• Algunos AA-ARNt pueden reconocer de 1 a 4
unen de manera específica a los aminoácidos y se
codones que codifican un mismo aminoácido.
forman los aminoacil – ARNt (AA-ARNt). Estos
Estos codones sólo difieren en la tercera base.
son necesarios para la traducción del ARNm en
Por ejemplo, el ARNt-serina reconoce a AGU,
los ribosomas.
AGC, AGA y AGG (fig. 1).
• Los ARNt poseen en el extremo 3' una secuencia 3. La traducción ocurre en los ribosomas
CCA donde se une el aminoácido y en un bucle una
secuencia de 3 bases denominada anticodón, Los ribosomas de procariotas y eucariotas están
que reconoce al codón del ARNm (fig. 1). formados por diferentes ARNr y proteínas y
constan de una subunidad menor y una subunidad
• La unión de cada aminoácido a su ARNt mayor. Las subunidades se encuentran separadas
es catalizada por enzimas denominadas en el citosol y se asocian entre sí al comienzo de
aminoacil-ARNt sintetasas. Estas enzimas la traducción. En los ribosomas es donde se da
tienen un sitio activo que reconoce una el reconocimiento entre los codones del ARNm y
combinación única entre una secuencia los anticodones del AA-ARNt (fig. 2).
de bases del ARNt y el grupo -R de un
aminoácido.
Figura 3. Secuencia Shine-Dalgarno y sitio de iniciación de la traducción. A. La secuencia Shine-Dalgarno está situada
entre -3 y -10 nucleótidos antes del codón AUG del ARNm. B. Interacción de la secuencia Shine-Dalgarno (ARNm) con el
extremo 3´ del ARNr 16S del ribosoma (subunidad menor). A partir del codón de iniciación AUG se sintetiza el polipéptido.
122
Figura 4. Iniciación. En la iniciación se posiciona el ARNm en el ribosoma, es decir, se determina el marco de lectura,
y seguidamente se une el anticodón del f-Met-ARNt con el codón AUG del ARNm. Las subunidades mayor y menor del
ribosoma se juntan, con energía de la hidrólisis del GTP, para formar el complejo de iniciación de la traducción. El primer
f-Met-ARNt queda posicionado en el sitio P del ribosoma.
• La formación del primer enlace peptídico ocurre • Una vez formado el enlace peptídico entre los
entre la f-Met situada en el sitio P y el aminoácido que aminoácidos, el ribosoma se transloca; es decir,
esté codificado por el segundo codón, que ingresa al avanza un codón sobre el ARNm (en dirección
ribosoma por el sitio A como AA-ARNt (fig. 5). 5'g3'). De esta forma el péptido en crecimiento
ocupa el sitio P, dejando libre el sitio A para la
• La fuente de energía para la unión de los entrada de un nuevo AA-ARNt. El ARNt libre (sin
aminoácidos proviene de la activación de estos. La el aminoácido) sale del ribosoma por el sitio E (fig.
reacción no se cataliza por una enzima proteica, 5) y se utiliza para formar un nuevo aminoacil-
sino por un ARN ribosomal con actividad ARNt. La translocación requiere energía que
catalítica, que se conoce como “ribozima”. proviene de la hidrólisis de GTP (fig. 5).
Figura 5. Elongación-translocación. Una vez formado el complejo de iniciación en el que se consume GTP, llega el segundo
aminoacil-ARNt que ingresa por el sitio A del ribosoma (1). Entre los aminoácidos se forma un enlace peptídico. (2). Luego el
ribosoma se desplaza en dirección 5´ a 3´ del ARNm, con gasto de GTP (3), y el peptidil-ARNt queda en el sitio P del ribosoma
y el ARNt libre sale por el sitio E (4). El sitio A queda desocupado; allí ingresará el próximo aminoacil-ARNt.
123
+ Observe que:
• La secuencia de aminoácidos de una proteína
—su estructura primaria— está determinada
por la secuencia de bases del ADN que funciona
como molde para la síntesis de ARNm en la
transcripción.
5. Modificaciones postraduccionales de
las proteínas
17. MUTACIONES
Figura 1. Dímeros de timina. La exposición al sol favorece la formación de dímeros entre T de la misma hebra,
que forman entre sí enlaces covalentes. Esto produce una modificación en la estructura del ADN.
127
2. 2. Agentes químicos
la hebra hija. Entre los análogos de bases (fig. 4) 3. Las mutaciones pueden generar o no
se encuentran el 5-bromouracilo (análogo de cambios en el número de bases
la timina) y la 2-aminopurina (análogo de la
adenina). Las mutaciones pueden alterar o no la cantidad
de bases del ADN. Las mutaciones por sustitución
de una base por otra no generan cambio en la
cantidad de nucleótidos (cuadro 1), mientras
que las mutaciones por delección e inserción
producen respectivamente disminución o
aumento en el número de nucleótidos (cuadro 1).
Figura 4. Dímeros con análogos de bases. A. Dímero Para analizar las consecuencias que puede tener
de 5-BU (5-bromouracilo) con adenina. B. Dímero de
una mutación se debe considerar, además de si
2-AP (2-aminopurina) con timina.
varía o no el número de bases, el lugar donde
ocurrió; es decir, si se localiza en la región
• Entre las moléculas que reaccionan con el ADN
se encuentran el benzopireno, el etil metano estructural o en regiones reguladoras del gen, o
sulfonato (EMS) y la aflatoxina B1. si ocurre en regiones intergénicas.
--TTT-- --TTC--
ADN ADN mutado
--AAA-- --AAG--
+ Observe como debido a la redundancia del de bases, pueden afectar la expresión del gen
código genético este tipo de mutación no conduce si como consecuencia de ellas varía la cantidad
a un cambio de aminoácido . de ARNm transcripto. Si se afecta la cantidad
del ARNm transcripto variará la cantidad de
• Mutación sin sentido. Este tipo de proteína, pero no la calidad de la misma dado
mutación genera un codón de terminación que para que eso ocurra la mutación debe ocurrir
a partir de otro que codificaba para en la región estructural del gen, donde está la
un aminoácido. Como consecuencia se información para la secuencia de aminoácidos de
genera un polipéptido de menor tamaño, la proteína como se vio en el punto 3.1.
probablemente no funcional.
+ Observe que una mutación puede hacer
b. Mutaciones con cambio en el número de variar la afinidad promotor - ARN pol y traer
bases: por lo general tienen como consecuencia un aumento o descenso de la cantidad del
la formación de proteínas no funcionales, porque transcripto. También puede no afectar la afinidad
generan corrimiento del marco de lectura (cuadro 1). promotor - ARN pol y no haber variación en la
Esto hace que se modifique la secuencia de todos los expresión del gen.
Bibliografía
Entre la bibliografía consultada se indica con * la sugerida para ser utilizada en el curso.