Factores de transcripción y control transcripcional en células eucariotas

Por: Theresa Phillips, Ph.D. (Escribe Science Right) y Laura Hoopes, Ph.D. (Pomona

Colegio) © 2008 Educación de la Naturaleza

Cita: Phillips, T. & Hoopes, L. (2008) Factores de transcripción y control transcripcional en células
eucariotas. Educación de la naturaleza 1 (1) ¿Cómo se volvieron los organismos eucarióticos mucho
más complejos que los procarióticos, sin muchos más genes? La respuesta está en los factores de
transcripción.

¿Tienen los organismos complejos más genes que organismos más simples? Ahora que los
investigadores pueden secuenciar genomas completos y lo han hecho para varios organismos, saben
que muchos vertebrados tienen casi el doble de genes que los invertebrados, y muchos de ellos son
el resultado de la duplicación de genes existentes en lugar del desarrollo de nuevos genes. Pero si
no hay tantos genes nuevos, ¿cuál es el responsable de la increíble diversidad de especies de plantas
y animales?

La respuesta simple a esta pregunta es que los eucariotas han desarrollado una forma más compleja
de controlar la expresión de sus genes existentes que los procariotas. Este sistema de control de la
expresión se basa en un grupo de proteínas conocidas como factores de transcripción (TF), y permite
a los eucariotas alterar sus tipos de células y patrones de crecimiento de diversas maneras. Los FT
no son los únicos responsables de la regulación de genes; Los eucariotas también dependen de la
señalización celular, el empalme de ARN, los mecanismos de control de ARNip y las modificaciones
de la cromatina. Sin embargo, los TF que se unen a las secuencias de ADN reguladoras cis son
responsables de influir positiva o negativamente en la transcripción de genes específicos,
determinando esencialmente si un gen particular se activará o desactivará en un organismo.

Factores de transcripción reconocen secuencias específicas de ADN.

Figura 1: Estructura de la solución del núcleo NFATC1-ADN complejo.

Representación topológica de elementos de estructura secundaria en el complejo entre el factor de
transcripción NFATC1 y su secuencia de unión de 12 bases en el ADN. El complejo NFATC1-ADN
muestra que NFATC1 es un barril beta antiparalelo de diez cadenas. Las dos hojas primarias (beta-
IHFCE y beta-ABG) que forman el núcleo del barril beta se encuentran alejadas de la interfaz del
ADN y casi no se ven afectadas por estar unidas al ADN. La tercera hoja (beta-DG), que no contacta
directamente con el ADN, sino que se adhiere y se apoya en varios segmentos que sí lo hacen,
también es muy similar en la proteína libre y en el complejo binario. Los cambios más radicales que
ocurren al unirse al ADN involucran dos grandes bucles de superficie.

Gran parte de la complejidad en la diferenciación en células animales y vegetales puede atribuirse

a la evolución de sistemas elaborados compuestos por secuencias o motivos de ADN regulados en
cis cortos (de 6 a 8 pares de bases), así como a los FT que se unen a los motivos, interactuar entre sí
para formar complejos, y reclutar ARN polimerasa II (Levine & Tjian, 2003). La mayoría de los genes
eucariotas tienen promotores que consisten en la caja TATA cerca del extremo 5 'del gen y, más
arriba, varios motivos reconocidos por factores de transcripción específicos. Además, muchos genes
tienen una o más secuencias cercanas denominadas potenciadores. Los potenciadores afectan la
transcripción; estas secuencias se producen en sentido ascendente, descendente o dentro de los
intrones, y continúan funcionando, ya sea en la orientación normal o hacia atrás en el genoma. En
la levadura, no se conocen potenciadores; en cambio, solo hay secuencias de activador en sentido
ascendente (UAS). Los potenciadores se pueden encontrar a miles de pares de bases de un
promotor, mientras que los UAS están generalmente dentro de unos pocos cientos de pares de
bases en sentido ascendente. Los promotores de la ARN polimerasa II típicos pueden estar
influenciados por muchos potenciadores y por múltiples factores unidos a las secuencias promotora
y potenciadora.

El modo de acción de los TF es reconocer y unirse a un segmento de ADN en la región promotora y

/ o potenciadora. A menudo, un cambio en la conformación, o estructura tridimensional de un TF,
acompañará a la unión al ADN. Por ejemplo, los dos bucles en NFATC1 que interactúan con el ADN
se encuentran en diferentes conformaciones, dependiendo de si NFATC1 está complejado con el
ADN o no (Figura 1). Además, la estructura de diferentes familias de TF, descrita más adelante en
este artículo, da como resultado áreas específicas en estos complejos de proteínas que interactúan
con el motivo de reconocimiento de ADN. El motivo de reconocimiento suele tener una longitud de
entre 6 y 10 pares de bases.

Los experimentos han demostrado que los TF pueden unirse fuertemente, tanto dentro de las
células como in vitro. Después de que los TF se unen a las regiones promotoras o potenciadoras del
ADN, interactúan con otros TF unidos y reclutan la ARN polimerasa II. Su influencia, sin embargo,
puede ser positiva o negativa, dependiendo de la presencia de otros dominios funcionales en la
proteína y el impacto general de todo el complejo TF. Un TF típico tiene múltiples dominios
funcionales, no solo para reconocer y unirse a la cadena de ADN apropiada, sino también para
interacciones con otros TF, con proteínas llamadas coactivadores, con ARN polimerasa II, con
complejos de remodelación de cromatina y con pequeños ARN no codificantes.

Los FT controlan muchas partes importantes del desarrollo; por lo tanto, los organismos con una
eliminación de un gen TF exhiben profundas irregularidades en la organización y el desarrollo (Tabla
1). Por ejemplo, en Drosophila, la eliminación del gen de antennapedia TF da como resultado el
desarrollo del disco imaginal de la antena en piernas en lugar de antenas.

Tabla 1: Efectos de algunas deleciones del gen del factor de transcripción (TF) en Drosophila

Gen de TF Grupo genético Tipo de TF Efectos fenotípicos observados

eliminado
Cabeza de botón Brecha Dedo de zinc Falta de segmentos de cabeza
mandibular, intercalar y antenal
peluda Regla de par bHLH Expresión ectópica de cerdas en patas y
alas.
Antenapedia Homeótico Homeobox Piernas en la cabeza donde deben estar
las antenas.

Factores de transcripción ejercen control combinatorio

Se sabe que muchos TF facilitan la transcripción en cientos de promotores diferentes, mientras que
algunos solo están activos en unos pocos seleccionados. Las técnicas de laboratorio, como la
inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) y los microarrays de ADN, se utilizan comúnmente para
estudiar los motivos de ADN diana reconocidos por los FT individuales (Iyer et al., 2001). Las
moléculas de señal pueden influir en la activación de los TF mediante la unión o modificación
covalente de sus dominios funcionales. Incluso es posible que un TF responda a una señal física,
como la luz roja o roja lejana, pero la señal debe ser transducida a un activador modificado
químicamente que interactúa con el TF.

La complejidad y las gradaciones finas de la expresión del ADN en eucariotas resultan de la

combinatoria, en el sentido de que se lee la combinación de las señales de cromatina y TF, en lugar
de la señal de TF individual. Por lo tanto, el control transcripcional depende de las interacciones de
todos los TF y de si atraen la ARN polimerasa o la bloquean para que no inicie la transcripción. Se
pueden acumular múltiples TF, creando un volumen del tamaño de un ribosoma. Una vez unidos,
los cambios en los dominios funcionales de un TF y / o las interacciones covalentes con otros
factores pueden activar o desactivar la transcripción, dependiendo de si permiten o prohíben el
reclutamiento de la ARN polimerasa.

Un potenciador típico puede tener hasta 500 pares de bases de longitud y contener múltiples sitios
de unión para al menos dos o tres TF diferentes (Levine y Tijan, 2003). Dos TF unidos a sitios cercanos
entre sí en la cadena de ADN pueden combinarse para formar un dímero y doblar el ADN en lo que
se cree que es parte del proceso de activación. La estructura de la cromatina permite que los
activadores se asocien entre sí, incluso cuando están unidos a secuencias de ADN separadas por
muchos cientos de pares de bases. Se cree que algunos TF actúan como elementos de enlace entre
los potenciadores distantes y los promotores al formar conexiones con otras proteínas.

La evolución de las familias de factores de transcripción

Figura 2

Los organismos superiores tienen un gran número de familias de TF diversas definidas por la
secuencia de sus dominios de unión al ADN. Los estudios evolutivos han demostrado que, aunque
el motivo de unión al ADN está altamente conservado entre las plantas y los animales, el resto de
las secuencias de proteínas de estos organismos a menudo es muy diferente. Además, una familia
particular de TF puede tener diferentes roles en las plantas que en los animales, y algunos nuevos
TF han evolucionado en cada reino desde su divergencia.

En muchos animales, incluidos los seres humanos, un grupo prominente de genes involucrados en
el desarrollo celular, incluidos muchos que codifican TF, contiene una secuencia de 180 pares de
bases llamada homeobox de unión al ADN. El homeobox codifica un segmento de proteína de 60
aminoácidos llamado homeodominio, que reconoce y se une a los promotores en el ADN de sus
genes objetivo. El control completo sobre la transcripción, y en ocasiones vinculante, depende de
las interacciones entre los FT, por lo que la activación a menudo depende de la presencia de otro
FT. Un sistema similar de reconocimiento de genes se encuentra en las plantas, donde el dominio
de unión al ADN se llama el cuadro MADS.

Los FT a menudo tienen ciertos motivos específicos de unión al ADN, uno de los cuales es la
estructura básica de hélice hélice (hélice) que reconoce una secuencia específica de ADN y se asienta
en el ADN como un vagón en una vía. Un ejemplo de ello es el TF MyoD (determinación de
mioblastos). La expresión del gen MyoD da como resultado la producción de la proteína MyoD, que
se une a los promotores de los genes que determinan los músculos, causando la diferenciación de
las células precursoras de los músculos (mioblastos) en fibras musculares. MyoD también se une a
su propio promotor, manteniendo así sus propios niveles en células musculares diferenciadas y su
progenie.
Además de bHLH, hay algunos otros motivos estructurales comunes para el reconocimiento y la
unión del ADN, y estos se encuentran en la mayoría de las proteínas reguladoras. Estas son la hélice
Turnhelix, el dedo de zinc y la cremallera de leucina (Figura 2). El ejemplo de NFATC1 que se muestra
en la Figura 1 se conoce como un barril β. Las proteínas que tienen cada uno de estos motivos son
efectivas porque encajan perfectamente en los surcos principales o menores de la cadena de ADN,
y también porque exponen aminoácidos específicos en los lugares apropiados para formar enlaces
de hidrógeno con las bases de nucleótidos. Se pueden usar técnicas genéticas moleculares para
cambiar cualquier aminoácido para probar si esto afecta la afinidad de unión del TF por el objetivo.

Complejidad y factores de transcripción

La complejidad del control transcripcional se puede ilustrar comparando el número y las ubicaciones
de los elementos de control cis en eucariotas superiores e inferiores. Por ejemplo, Drosophila
típicamente tiene varios potenciadores para un solo gen de 2 a 3 kilobases, dispersos en una gran
región de ADN (10 kilobases), mientras que, como se describió anteriormente, la levadura no tiene
potenciadores, sino que utiliza una secuencia UAS por gen, ubicada río arriba. Se piensa que la
regulación a largo plazo es indicativa de la necesidad de un mayor nivel de control sobre los genes
involucrados en el desarrollo y diferenciación celular.

El genoma de la levadura codifica alrededor de 300 TF, o uno por cada 20 genes, mientras que los
humanos expresan aproximadamente 3,000 TF, o uno por cada 10 genes. Con el control
combinatorio, el doble aumento en los FT por gen se traduce en muchas más combinaciones
posibles de interacciones, lo que permite el aumento dramático en la diversidad entre los
organismos. Cuando consideramos las complejidades adicionales de la remodelación de la
cromatina, la estabilidad del ARNm regulado y el control de la traducción, es más fácil comprender
cómo las células de los organismos superiores pueden producir una variedad tan enorme de
respuestas genéticas a las señales ambientales.

Conclusión

Las células de organismos superiores exhiben un número increíble de respuestas genéticas a su

entorno. Esto es en gran parte el resultado de los FT que gobiernan la forma en que se transcriben
los genes y se recluta la ARN polimerasa II. A través de estos mecanismos, los FT controlan aspectos
importantes del desarrollo de los organismos. Además, al trabajar en combinación con la cromatina,
las señales de TF pueden ejercer un nivel más fino de control sobre el ADN al permitir gradaciones
de expresión. Las familias de TF aumentan aún más el nivel de complejidad genética en los
eucariotas, y muchas TF dentro de la misma familia a menudo trabajan juntas para afectar la
transcripción de un solo gen. Dada la función de los FT, junto con otros mecanismos de regulación
de genes eucarióticos, no es sorprendente que los organismos complejos sean capaces de hacer
tanto con tan pocos genes. Son estos procesos, más que el número de genes, los que separan a los
organismos complejos y simples de un punto de vista genético.