TEMA 10 : Regulación de la expresión génica en eucariotas.

1. Niveles de regulación de la expresión génica..

En eucariotas, hay un nivel más alto de complejidad en comparación con las procariotas.
Las diferencias de los órganos también va a depender del repertorio de proteínas que haya
en las células, y en definitiva, todo. Es decir, la regulación es el nivel más base de la
biología, del que parte todo.

Antes de que ocurra la transcripción de los genes, se puede controlar ya la expresión,

gracias a cambios conformacionales en cuanto al empaquetamiento de la cromatina.

- Control pre-transcripcional:
- Amplificación génica.
- Reordenamiento programado del DNA.
- Modificaciones epigenéticas.
- Control transcripcional:
- Elementos reguladores Cis y Trans.
- Control post-transcripcional:
- Modificación de los extremos 5’ y 3’.
- Regulación de la estabilidad del mRNA.
- Procesamiento alternativo del RNA mensajero (Splicing diferencial).
- Edición de mRNA maduro.
- Control en el transporte del mRNA.
- Control traduccional. Mecanismos alternativos.

2. Modos de regulación pre-transcripcional.

2.1. AMPLIFICACIÓN GÉNICA.

Aumento del número de copias del gen: Aumenta la eficacia de las células en producir
moléculas funcionales que necesita.
Ejemplos: genes de las histonas, ribosomales; Cáncer (en muchos casos de cáncer, el gen
HER2 se ha amplificado en el tumor, es decir, hay muchas copias de este gen en el tumor.
Esto facilita la creación de fármacos y, por tanto, aumenta la posibilidad de supervivencia. El
gen HER2 funciona como regulación).

Esto también podía verse en las familias de genes, de tal forma que se acumularán
mutaciones, y cambiarán la función hasta especializarse más, incluso llegando a desactivar
algunos genes. Esto es desde el punto de vista evolutivo, por lo tanto no es instantáneo y
no es exactamente una regulación.
 2.2. REORDENACIÓN PROGRAMADA DE DNA.

Creación de nuevos genes a partir de fragmentos

ubicados en diversas posiciones dentro del genoma
(recombinación). El cuerpo tiene la capacidad de crear
genes para aumentar la diversidad de inmunoglobulinas.
Ejemplo: genes de inmunoglobulinas.

2.3. REGULACIÓN EPIGENÉTICA.

Diferentes tipos de células.

El receptor epigenético es el que marca el tipo de célula.
Otro caso importante es la floración de las plantas,
controlado por la modificación epigenética del gen que
controla la proliferación de la flor. También puede
modificar el promotor de un gen de resistencia.
En animales, existe una metilación del promotor de
genes en el desarrollo de la abeja reina, es decir, que una abeja trabajadora o una reina
depende de la regulación epigenética de determinados genes. Puede determinar el sexo la
emtilación del promotor de determinaods genes en genes (por ello, los peces pueden
controlar el número de individuos machos o hembras para el favorecimiento de la especie).
En humanos, concretamente en gemelos, se ve que hay diferencia entre los gemelos en la
incidencia de dolencias, al haber una distinta regulación epigenética.

Una definición general de la epigenética serían lso cambios heredables en la expresión

génica que no van acompañados de cambios en la secuencia de DNA.
No todo el genética, sino que la epigenética también influye en la información de nuestros
genes

2.3.1. CONCEPTOS DE LA EPIGENÉTICA.

El nucleosoma es la unidad fundamental y esencial de la cromatina.

Mecanismos epigenéticos que no cambian el DNA:
- Metilación de ADN (en una C a la que le sigue una G)
- Principal modificación epienética de DNA en mamíferos.
- Adición de grupo químico metilo al carbono 5’ de la citosina en los
dinucleótidos CpG en presencia de S-adenosil-metionina por la enzima
DNMT.
- Guía de posicionamiento y mantenimiento de otras marcas epigenéticas.
- 60/90% de CpG nucleótidos metilados.
- Islas CpG.
- Secuencias ricas en CpG dinucleótidos =secuencias promotoras de genes.
- Tamaño de 0,5-5 kb.
- Contenido de CG de al menos 55%.
- La mayoría y en condiciones normales: NO metiladas.
- Suponen un 1% del genoma.
- 60% de promotores: contenido alto en CpG.
 - Código de histonas: Incorporación de grupos metilos o acetilos a determinados
residuos de aminoácidos de las histonas.
Complejos enzimáticos encargados de:
- Acetilación: acetiltransferasa de histonas / desacetilasas de histonas.
- Metilación: metiltransferasas de histonas / demetilasa de histonas.
No se sabe exactamente la función de estas metilaciones y acetilaciones. Hay
marcas activadoras, pero no son una “ley”, por lo que es un código epigenético aún
por descifrar.
- Organización y remodelación de la cromatina: Los complejos de remodelado de la
cromatina:
- Cambian la estructura (en cuanto a compactación), composición y posición
de los nucleosomas.
- Son complejos multiproteicos que requieren la hidrólisis de ATP para alterar
las uniones de histonas/DNA.
- Se cree que esta maquinaria es capaz de leer las modificaciones que tiene la
historia (el código visto anteriormente), y actuar en función del mismo.
- Cinco familias de complejos de remodelado de la cromatina. Ejemplo: familia
SWI/SNF en la levadura.
Un gen A es regulado a través de la acetilación de histonas. ¿Qué sucede con la expresión
de A si HDAC están mutadas (defectivas)? ¿Y si existe una mutación que impide que se
metile el DNA?

Si está acetilado, habrá transcripción, mientras que si no está acetilado, no sucede la

transcripción. La HDAC elimina grupos acetilo, por lo que pasa a no tener grupos acetilados,
y la HAT vuelve a metilarlo, por lo que se transcribe.
La mutación de la DNA transferasa es independiente, ya que el gen sigue regulado por la
HDAC.

dibuja estructura gen eucariota regulado

3. Control transcripcional.
región activadora BLE y región represor
XRE
3.1. ELEMENTOS REGLADORES CIS Y TRANS.

- Elementos reguladores en cis: Secuencias próximas o distales al gen que iene un

efecto regulador sobre la tasa de trasncricpión.
- Elementos reguladores en trans: Proteínas de unión al DNA.

3.1.1. ELEMENTOS CIS. como se regula expresión gen eucariota

Podemos determiar distintos tipos de elementos regulaores cis, dependiendo de la actividad

de ese elemento en cuanto a un gen concreto:
- Promotor: si no hubiese promotor la RNA polimerasa II no lo iba a reconocer como
como un gen, por lo que es un elemento regulador cis.
- Secuencias potenciadoras: intensificadora o enhancers: aumento de la transcripción
del gen, con una serie de condiciones.
- Secuencias silenciadoras: silencers: si quitamos estas secuencias, su efecto va a
ser que la expresión de este gen aumenta.
En procariotas, es constante que haya estas regulaciones en estos tipos de genes.

A, REPRESOR
B, ACTIVADOR
C (sitio are y bre)que sucede con la expresión de C si en esa célula expresamos A
Al comienzo de la transcripción, lo que sucede es que se unen una serie de proteínas que
coloca las regiones potenciadoras o silenciadoras cerca del promotor, para promover o
cesar la síntesis. Por lo tanto, hay un complejo proteico llamado potenciosoma.

Los elementos cis también pueden dividirse en constitutivas (necesarias para que se
exprese el gen en condiicones basales) e inducibles (al igual que en el operón lactosa, una
serie de regiones son capaces de responder a las condiciones del medio ambiente,
reprimiendo o aumentando la expresión de los genes) según el tipo de gen.

3.1.2. ELEMENTOS TRANS.

Se unen al DNA para determinar la expresión o no de un gen. Es decir, son proteínas.

Se les llama factores de transcripción. Pueden ser:

- Basales: interaccionan con el promotor del gen.

- Específicas: interaccionan con diferentes secuencias reguladoras/cis del gen.
- Activados: interactúan con la secuencia activadora.
- Represores: interactúan con secuencias silenciadoras o inhibidoras.

El sistema es similar a el de procariotas, pero el más complejo en cuanto a la presencia de

secuencias reguladoras diferentes en un mismo gen.

Un ejemplo es el gen de la metalotioneina (MT):

- Elementos reguladores trans:
- TFIID/SP1/AP1/AP4.
- Receptor glucocorticoide.
- MTF1.
- AP2.
- Elementos rguladores cis:
- BLE: elemento basal.
- GRE: elemento de respuesta a glucocorticoides.
- MRE: elemento de respuesta a metales.
- ARE: elemento de respuesta a antioxidantes.

No tienen porqué actuar todos a la vez. Los factores cis deben estar en todas las células
obligatoriamente, mientras que los trans dependen de la regulación del genoma.
Una forma de inactivar una secuencia cis sin la presencia de factores trans podría ser la
metilación o acetilación del mismo, puesto que es una regulación pre.trasncripcional.

La región proximal se organiza en cuanto a regiones modulares de los promotores,

otorgando nombres a las secuencias y evitando que, en una secuenciación se obtengan
todas las bases. Por tanto se pueden cambiar los módulos, sin casi variar la función
(exceptuando la zona cercana al promotor). No es como con las proteínas, puesto que
cambiando el orden de bases se obtienen proteínas distintas; el DNA es mucho más flexible
en este ámbito.
 3.2. COMPLEJO DE INICIACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN.

Como en cualquier proceso importante en la célula, hay un complejo proteico muy grande,
en este caso con la única función de que la polimerasa II comience a transcribir en el inicio
del gen. La proteína más importante del complejo es la TDP, puesto que es la que se une a
la caja TATA.

Esto nos ayuda comprender la acción de los factores de transcripción.

Los factores de transcripción pueden unirse a una secuencia de DNA determinada (!!!).
Cada uno de ellos, a una región determinada.

Las proteínas tienen dominios de unión al DNA, como los dedos de Cinc, el HLH, cremallera
de leucina (bZIP)... Pequeños cambios en estos dominios hacen que se unan a distintas
secuencias. La homeodomain se une a la homeobox.
 a) Se inicia la transcripción.
b) No está esa región, por lo que el gen no se ve alterado.
c) No se podría unir, o se uniría más flojo, por lo que no habrá activación.

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4. Respuesta de la lactosa en eucariotas.

No hay operones, y las secuencias GAL 10 y GAL 1 están cerca, y se transcriben en sentido
contrario.
Cuando no hay galactosa, el GAL 80 bloquea la activación de GAL 4, y por tanto, se
transcribe el gen.
Cuando hay galactosa, el GAL 80 no bloquea la activación de GAL 4 y, por tanto, no se
transcribe el gen.

Este es un sistema que existe en eucariotas, pero en levaduras y otros. Hemos usado este
proceso para transportarlo a procesos que hemos creado. Podemos crear un gen (por
ejemplo, el de la insulina), al que le incorporamos UAS y GAL 4 controlado por otro gen
determinado, de tal forma que en determinadas condiciones, se va a producir la insulina.
Este proceso se usa mucho en investigación, concretamente en ingeniería genética.
 5.1
UTRs --> región que se transcribe pero no se traduce
dibujar estructura gen
4. Control Post-Transcripcional. eucariota con su
secuencia reguladora

4.1. MODIFICACIÓN DE LOS EXTREMOS 5’ Y 3’.

- Modificación del extremo 5’: dibuja estructura gen con

- formación de la estructura CAP o caperuza. su secuencia reguladora a
- Metilación de la estructura CAP. nivel de DNA (pregunta
examen)
- Modificación del extremo 3’.
- Formación del extremo 3’ y su relación con el final de la transcripción.
- Poliadenilación del extremo 3’.

4.2. REGULACIÓN DE LA ESTABILIDAD DEL mRNA.

La longitud de poliA está directamente relacionada con la estabilidad citosólica del mRNA.
La vida media del RNA se puede regular mediante la acción de las RNasas o de las
proteínas estabilizadoras del mRNA en el citoplasma.

La proteína PABP protege la cola poliA para evitar la acción de las nucleasas (RNasas).

Vida media de mRNA:

- procariota: 1-5 minutos.
- Eucariotas: RNAm de c-fos 10-30 min; RNAm de la globina 24 horas.

4.3. PROCESAMIENTO ALTERNATIVO DEL mRNA.

Un mismo gen puede dar diferentes proteínas con diferentes funciones. Un ejemplo es el
gen de ala calcitonina.
- Procesamiento en la tiroides; péptido de calcitonina.
- Procesamiento en el hipotálamo; péptido CGRP (péptido relacionado con el gen de
la calcitonina).

Hay una edición del mRNA maduro, de tal forma que se cambia la secuencia del mRNA
maduro. El mecanismo de edición es la modificación de base in situ, como la desaminación
C-U.
 4.4. CONTROL EN EL TRANSPORTE DEL mRNA.

Intercambios del mRNA entre ribó proteínas del núcleo y del citoplasma a través de los
complejos del poro nuclear. Si no se transporta el mRNA al citoplasma, no se puede
expresar la proteína.

5. Control traduccional. Mecanismos alternativos.

Tanto estos como los anteriores son post transcripcionales, con la diferencia de que en este
caso participan más activamente los ribosomas.

5.1. UTRs Y GENES.

Si tenemos un gen que se expresa en eucariotas, su transcrito va a estar dividido en exones

e intrones. Habrá una región 5’ y otra 3’ que está más allá de los exones. Es decir, hay unas
bases que se transcriben y luego comienza el exón (dependiendo de donde está el triplete
AUG). El procesamiento no elimina estas secuencias 5’ y 3’, puesto que no son intrones
tampoco. A estas dos regiones se las denomina UTR (3’UTR y 5’UTR).
El ribosoma no va a traducir estas regiones UTR.

Las regiones UTR sirven como regulación (identificar los extremos, mantener el orden de
las bases…).

Los UTR podrán también proteger al RNA de la degradación. kozak

Este punto entrará en el examen probablemente.

5.2. UNIÓN DE PROTEÍNAS REPRESORAS AL 5’ UTR DEL mRNA.

almacenaje
La ferritina es una proteína capaz de unir hierro. Sirve para secuestrar el hierro si no lo
necesitamos, y al necesitar la ferritina el hierro se libera. Si hay exceso de hierro, lo
secuestra.
Esta acción está regulada por la 5’UTR. En él hay unas secuencias llamadas IRE, que
forman una horquilla. Si la proteína que se une a los elementos IRE de esta se inactiva la
traducción de esta misma proteína. Cuando hay falta de hierro, la proteína no se une a los
elementos IRE, pudiendo sintetizar ferritina.

Este proceso sucede en la traducción ya que es más instantánea (?) que si se diese en la
trascripción.

5.3. POLIADENILACIÓN CITOPLASMÁTICA E INICIACIÓN DE LA TRADUCCIÓN.

Es un proceso muy específico de determinadas células. La adenilación de la cola poliA se

produce en el citosol, y al hacerlo, dependiendo de si controlamos o activamos esta
adenilación, activas también su traducción directamente. El tránsito se queda en el citosol
latente, pero es incapaz de ser reconocido por el ribosoma, puesto que le falta la cola poliA,
y al adenilarse, puede comenzar la traducción. Si no se necesita esta traducción, no se
adenila y se queda traduccionalemente latente.
 5.4. REGULACIÓN DE EXPRESIÓN GÉNICA DIRIGIDA POR MICRORNAs (3’
UTR).

Es una ruta que se considera epigenética, ya que es una regulación que produce cambios
en la expresión de los genes de forma más o menos estable.
Es un campo muy importante de trabajo, tanto a nivel de mecanismos, como en el
desarrollo de técnicas en biología molecular. Los virus de plantas suelen tener RNAs de
doble cadena. Por lo tanto, las plantas han desarrollado métodos para degradar los RNAs
de doble cadena. Tenemos un gen A que es un represor transcripcional que se une a
secuencias (BRE) y en su transcrito tienen una secuencia de union
al MICRORNA 91, Y TENEMOS UN GEN D que su promotor tienen
una secuencia (APE).
Hay dos casos diferentes: El gen B tiene un sitio de unión en ARE

- siRNA: Hay un RNA de doble cadena, de tamaño pequeño (70 pb), lo llamado
pre-siRNA. Hay una proteína muy importante llamada Liser, capaz de unirse a RNAs
de doble cadena, y cortarlos, dejando una estructura de unos 21 pb de doble
cadena. Esto es suficiente para atajar un problema de virus de doble cadena. Aún
así, hay un segundo ciclo para acabar con posibles moléculas que se hayan
escapado.
El complejo RISC. El siRNA se va a unir al complejo RISC, separándose, y
quedándose una sola cadena al complejo, viendo si coincide con algunos de los
siRNA, y si coincide puede sospechar que está realizando alguna función, por lo que
el complejo RISC lo corta. Por ello es un sistema de eliminación de siRNA, tanto
separándolos como cortando las ya moléculas monocatenarias.
Los animales hemos aprovechado esta técnica: si introducimos un fragmento de
siRNA, se dispara este proceso.

- miRNA: Son genes pequeños que aparecen en los genes de todos los sres vivos. No
son codificantes, pero se transcriben, y pueden tener 100 pb aprox, por lo que es
muy pequeño. El miRNA forma una estructura en forma de horquilla en el RNA, a
pesar de ser monocatenario, por lo que sucederá un proceso similar que en el
siRNA. En este caso, fundamentalmente habrá una secuencia complementaria en el
3’UTR; si se complementa, se une con el miRNA, y de esta forma se bloquea la
traducción del RNA.
Por tanto, el fragmento de miRNA regula la transcripción de de determinados genes,
expresando solo los que no posean la secuancia del miRNA.

Este último punto entra seguro!!!