UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS- ESPE

CIENCIAS DE LA VIDA Y LA AGRICULTURA

INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA
INFORME DE BIOINFORMATICA

Integrante: Alejandra Muñoz Sasha Sigüenza

Practica N°: 07
Fecha: 70-07-2018 NRC: 4304

1. TEMA: Predicción de estructuras proteicas terciarias

2. OBJETIVO:
• Predecir la estructura tridimensional de una proteína a partir de su estructura primaria.
• Hacer un alineamiento estructural de la proteína predicha con su homólogo más cercano.
• Reconocer los posibles sitios activos de la proteína modelada.

3. MATERIALES Y METODOS
Equipos: Computador
Muestras: Secuencia de aminoácidos de nuestra proteína de interés
MPHSTALPEARPTKMSALGAVIALLLWGQLFAVDSGNDVTDIADDGCPKPPEIAHGYVEHSVRY
QCKNYYKLRTEGDGVYTLNNEKQWINKAVGDKLPECEADDGCPRPPEIAHGYGKESVRYQCKN
YYKLRGEGDGVYTLNDKKQWINKAVGDKLPECEAVCGKPKNPANPVQRILGGHLDVKGSFPWQ
AKMVSHHNLTTGATLINEQWTTAKNLFLNHSENATAKDIAPTLTLKNAKKQLAEIEKVVLHPNYSQ
VDIGILKLKQKVSVNERVMPICLPKDYAEVGKVGYVSGWGRNAQFKFTDHLKYVMTPVADQDQC
IRHYEGSTVPEKKTPRSPVGVQPIQNEHTFCAGMSKYQEDTCYGDAGSAFAVHDLEEDTWYAT
GILSFDRSCAVAEYGLISKVTSIQDWVQKTIAEN

4. DESARROLLO
Predicción de estructura tridimensional
a) Correr la secuencia de interés en el programa Phyre2 en línea
b) Observar la estructura tridimensional predicha en Chimera

c) Explorar las diferentes formas de visualizar la proteína en Chimera con la opción de menú “Presets”

d) Observar la secuencia de aminoácidos con la opción de menú “Favorites”

e) Colorear las hélices alfa de amarillo y las láminas beta de verde con la opción de menú “Tools”,
“Depiction”.

f) Enfocar la imagen en el residuo 85 y mostrar su cadena lateral con la opción de menú “Actions”,
“Atoms/Bonds”

g) Identificar todos los residuos que está a una distancia de 5 angstroms o menos del residuo 85 con
la opción de menú “Select”, “Zone”.
Alineamiento estructural
a) Descargar el archivo pdb del modelo que usa Phyre2 como plantilla

b) Medir la distancia entre el nitrógeno delta del residuo 483 y el carbono gamma del residuo 532 con
la opción de menú “Tools”, “Structure Analysis”
c) Hacer una búsqueda del homólogo más cercano a nuestra secuencia de interés en RCSB y
descargar el archivo pdb de esta proteina
d) Explorar las diferentes formas de visualizar la proteína en Chimera con las opciones de menú
“Actions” y “Select”

e) Hacer un alineamiento estructural de nuestro modelo con el modelo que usa Phyre2 como plantilla
y con el primer hit de RSCB con la opción de menú “Tools”, “Structure Comparison”, “Match Maker”
 f) Observar las regiones conservadas en un alineamiento múltiple de las cadenas homólogas con la
opción de menú “Tools”, “Structure Comparison”, “Match-Align”

Reconocer potenciales sitios activos

a) Revisar la información sobre las estructuras con las que se alineó la estructura tridimensional de
nuestra proteína
b) Determinar los posibles sitios activos de nuestra proteína
 c) Mostrar los potenciales sitios activos de nuestra proteína en forma de esferas

5. RESULTADOS
- Modelo tridimensional predicho por Phyre2 mostrando hélices alfa en amarillo y láminas beta en verde

- Acercamiento del residuo 85 en donde se observa su cadena lateral

- Alineamiento estructural del modelo predicho por Phyre2 y la estructura correspondiente al modelo que
usa Phyre2 como plantilla y la cadena homóloga del primer hit de la búsqueda en RCSB

- Estructura tridimensional de nuestra proteína mostrando sus potenciales sitios activos en forma de
esferas

Responder:
- ¿Cuáles son los pasos que se describen durante la corrida del programa Phyre2?
1. Finding homologues with PSI-Blast
2. Building hidden Markov model of sequence
3. Checking for transmembrane helices
4. Constructing models
5. Loop modelling
6. Generating results page

- ¿Cuál de los pasos toma más tiempo?

El paso 2 basado en la construcción de modelos de secuencias de Markov

- ¿En el modelo “Preset” “Interactive 3” de Chimera, ¿qué representa el color azúl y qué representa el color rojo?

Azul zonas hidrofílicas, rojo zonas hidrobóbicas

- ¿El modelo utilizado por Phyre2 como base para la predicción de estructura terciaria corresponde al mismo que
detecta la búsqueda en la base de datos RCSB como el homólogo más cercano a nuestra secuencia?
No corresponde al mismo, solo representa al homólogo más cercano. Solo la cadena H de la estructura de RCSB es
homóloga y correspondiente a nuestra secuencia.

- ¿Cuál es la distancia entre el nitrógeno delta del residuo 483 y el carbono gamma del residuo 532 en el modelo
utilizado por Phyre2?
3,557 Amstrongs

- ¿Cuál de las cadenas de la proteína obtenida de la búsqueda en RSCB es homóloga a nuestra proteína?
La cadena H

- ¿Qué residuos son potencialmente parte del o los sitios activos de nuestra proteína? ¿Por qué?
Mediante el recurso tools – sequence – info – región browser el programa Chimera encuentra los residuos que
conforman el sitio activo.
Active sites: HIS 483.A, ASP 532.A y SER 633.A

6. CONCLUCIONES
-Mediante el uso de programa bioinformático Phyre2 se logró predecir el modelo tridimensional más probable a
partir de una estructura primaria de la secuencia de estudio.

-Se realizó un alineamiento estructural de la proteína predicha con su homólogo más cercano y se reconocieron
los posibles sitios activos de la proteína modelada.