Estructura y función del genoma

humano: Nuclear y mitocondrial

Profesores
Dra. Juana Inés Navarrete Martínez
Dr. David Cervantes Barragán

Hospital Central Sur, PEMEX, Picacho.

México D.F. a 26 de julio de 2011.

 Características Generales del Genoma Nuclear
-Información hereditaria de un organismo.
-Genoma Humano nuclear
+ Conformado por 3 billones de nucleótidos.

+ Almacenado en 23 pares de cromosomas.

+ Se tienen alrededor de 23,000 a 25,000 genes.

+ La mayoría de los genes codifican para proteínas

- Un gen puede generar muchas proteínas diferentes
+ Uso alterno de secuencias codificantes.
+ Modificaciones bioquímicas subsecuentes.
+ 25,000- 1millón de proteínas diferentes.
- Redes funcionales:
+ Diferentes proteínas que responden a diferentes señales.
 Eucariontes
Organismo Genes
Levadura 6000
Mosca 13600
Plantas 25000
Ratón 25000
Humano 25000

No relación entre tamaño del genoma y número de genes

Características Generales del Genoma Nuclear

DNA
Maquinaria de
Núcleo
transcripción
Transcripción

mRNA
rRNA
Traducción
Citoplasma
tRNA

Proteínas
Características Generales del Genoma Nuclear
 Características Generales del Genoma Nuclear

- Gen: Unidad de herencia de un organismo vivo.

Secuencia de DNA que codifica para un producto funcional (proteína o
RNA) asociada a secuencias regulatorias necesarias para su
expresión.
Gen promedio tiene 27 kb y 9 exones.
1.5% de todo el genoma
 Distribución
• Cromosomas ≠ cantidad de genes
• Regiones “desiertas” (500 kb)
• Los más ricos en genes >10% desierto
• Secuencias repetitivas >50%
Organización del genoma
 Distribución

30% 60%

10%
 Distribución
• 90% del genoma no codifica precursores
de mRNA u otros RNA
• DNA repetido variaciones “huellas
dactilares”
• Móviles – mutaciones
• Evolución
• Genes dentro de esta región
 Secuencias altamente
repetitivas
• 10%
• Centrómeros, Telómeros, Y
• Tandem
• Mayor densidad (40% GC)
 Macrosatélites
• Cientos de kb, DNA repetitivo en tandem
• α satélite (centrómero)
• 171 pb
 Minisatélites
• 1 a 15 kb
• No función
• Marcadores DNA

• Telómeros
• 10 a 15 kb (hexanucleótidos) TTAGGG
 Microsatélites
• 4 pb o menos
• No función
• Dinucleotidos (CA/TG) Z
• 0.5% genoma
• Marcador DNA
Secuencias altamente
repetitivas
REPETICIONES DISPERSAS DE DNA
Y ELEMENTOS TRANSPOSABLES
• El genoma humano contiene una cantidad importante de repeticiones
dispersas
• Abarcan cerca del 35% de todo el genoma.
• Hipótesis de la integración de DNA exógeno
• Se dividen en:

+ SINE´s ( Short interspersed elements)

* Elementos Alu: repetido de 340 bp. – Abarcan cerca del 10% del
genoma.
- Aparecen cerca de 500 mil a un millón de veces
- Se localizan en las bandas G claras.
- Algunos se pueden transcribir: Reverso transcriptasa.
REPETICIONES DISPERSAS DE DNA
Y ELEMENTOS TRANSPOSABLES
• + LINE´s (Long interspersed elements)
* Abarcan 15% de todo el genoma.
* Repetidos 50,000 a 100,000 copias y 6 kb de largo.
- Se localizan en bandas G obscuras (cromosoma X
pericentromérico).
- Contienen muchos genes trucados, por la extensión del extremo 5’.

+
 Familias de genes
• Grupo de genes que codifican para
proteínas relacionadas o idénticas
• La proporción de genes únicos disminuye
con el tamaño del genoma
 Familias de genes
• Se originan cuando un gen es duplicado,
inicialmente las copias son idénticas –
mutaciones (Parálogos)
• Ortólogos.- genes que codifican para
proteínas correspondientes en diferentes
organismos.
• Secuencia similar <80%
Familias de genes: Pseudogenes

+Pseudogenes procesados:
* mRNA que por acción de reverso transcriptasa se integra al DNA
* Constituye una mínima parte de DNA

+ Pseudogenes no procesados:
* Duplicacion genica que acumula mutciones
 GENOMA
MITOCONDRIAL
 Teoría endosimbiótica
Unión de una célula eucarionta
primitiva y una eubacteria

Transporte de electrones
y Fosforilación oxidativa

• Enzimas metabólicas
• DNAmt
• Maquinaria genética para la
replicación y transcripción
 IV.-10 ncls
Fosforilación oxidativa IV.- 3 genes mt (H)

I.- 6 genes (H) Complejos

1 gen (L) II.- 4 ncls respiratorios

I.-39 ncls

V.- 12 ncls

III.- 1 gen mt (H
Transferencia de )
electrones III.- 10 ncls
•Cooperación entre el genoma
mitocondrial y el nuclear
 • Organización del
DNA mitocondrial :
genoma mitocondrial
Doble cadena denominada de acuerdo a su coeficiente de sedimentación
Circular
16.6 mb
Repliación, Transcripción y Traducción independientes del genoma nuclear
División mt independiente del ciclo celular

Cadena pesada
(H)
H.- 28 genes
L.- 9 genes
13 RNAm
37 genes 22 RNAt
2 RNAr Cadena ligera
(L)
Genes del complejo I
Genes del complejo III
Genes del complejo IV
15-17 kb

Genes de la ATP sintasa

Genes de RNAs de transferencia
Genes de RNA ribosomal
 GENOMA NUCLEAR GENOMA  MITOCONDRIAL
Tamaño 3 000 Mb 16 569 kb
N° de moléculas de 1 de ADN circular, cerrado y sin
23 (en XX) ó 24 (en XY), todos lineales
DNA diferentes extremos
Total de moléculas de 23 en las células haploides
Varios miles por célula (poliploídia)
DNA/célula 46 en las células diploides
Varias clases de proteínas histonas y no no histonas; pero asoc a varias
Proteínas asociadas
histónicas proteínas para formar nucleoides
N° de genes 50.000 a 100.000 ?? 37
Densidad génica ~1 per 40,000 bp 1 per 450 bp
Intrones En la mayoría de los genes Ausentes

% de DNA codificante 2a3% Aproximadamente 95 %

Repetición de DNA Amplias fracciones Muy poco

La mayoría de los genes se transcriben Trascripción continua de multiplicidad

Trascripción
individualmente de genes
mecanismo acoplado a hebras usando DNA modelos acoplados a hebras y de
Replicación
pol  desplazamiento, solo usa DNA pol 
AUA para metionina (Isoleucina) ; TGA
Código genético universal
Utilidad de codón para triptofano (Paro), AGA y AGG
codones de paro (Arginina)
Al menos una vez por cada par de
Recombinación Escasa
homólogos en la meiosis
Mendeliana, en las secuencias en “X” y en
Herencia autosomas; paterna, en las secuencias en Exclusivamente materna
Mutaciones
 Definición
• Cambio permanente en la secuencia del
DNA.
– DNA
• Codificante (estructural)
• No codificante (reguladora)
– Heredable ( germinal)/ No heredable
(somático)
• No afecta a más del 1% de la población.
• Patógenas
 Frecuencia

• Mutaciones en el DNA codificante cercana

a 1.65 x 10-6 a-8 por división celular.
 Fisiopatología
• Exógeno
– Mutágenos
• Físicos: UV, Rx

• Químicos: alquilantes

• Biológicos: Virus
 Fisiopatología
• Endógeno +
– Replicación
• Para reducir el índice de incorporación errónea:
– DNA pol con actividad exonucleasa 3’---5’ (fidelidad)
» Elimina nucleótidos del extremo 3’ hasta tener un
apareamiento correcto
– Error no corregido 10-9 a 10-11
– Reparación.
 Clasificación General
• DNA
– Sustituciones
– Inserciones
– Deleciones
• Proteína
– Sinónimas
– No sinónimas
 Sustituciones
• Consiste en el cambio de un solo
nucleótido.
• En el DNA:
– Codificante
– No codificante
 Sustituciones de bases
Clasificación
• Transiciones
– Pirimidina por piridimina
– Purina por purina

• Transversiones +
– Pirimidina purina
 Sustituciones de bases
Transiciones
• Son favorecidas (secuencia polipeptídica
más conservada).
• CpG por TpG son las más frecuentes.
– Índice de mutación 8.5 veces mayor que otros
dinucleótidos
 Deleción
• Pérdida de uno o
más nucleótidos.

• Común en DNA no
codificante

• Pueden originar
cambios en el
marco de lectura.
 Inserción
• Uno o más
nucleótidos
adicionales en una
secuencia.

• DNA no codificante.

• Raro en codificante.
 Expansión de tripletes
• Repetidos trinucleótidos .

• Pueden expandirse e interferir con la

expresión normal del gen.
 Clasificación General
• DNA
– Sustituciones
– Inserciones
– Deleciones
• Proteína
– Sinónimas
– No sinónimas
 Clasificación por su efecto en el
producto génico

• Sinónimas (silenciosas)

• No sinónimas (cambio de secuencia)

– Sin sentido
– Sentido equivocado o erróneo
– Cambio de marco de lectura
– No cambio de marco de lectura
– Terminación retrasada
 Sinónimas o silenciosas
• NO cambian la secuencia del producto
génico.
– Cambio en el codón pero mismo aminoácido
• Por degeneración del código genético
• Aproximadamente 25% mutaciones del
DNA codificante.
• Suele afectar 3ra base del codón.
• No alteran el fenotipo normal.
 No sinónimas
• Cambian la secuencia del producto
génico.
– RNA
– Polipéptido
• Clasificación:
1. Efecto perjudicial +
2. Carecen de efecto
3. Efecto benéfico (1% de mutaciones)
 Sin sentido

• Reemplazo por codón

de paro.
• mRNA puede ser
inestable
• Si se traduce la
proteína trunca suele
degradarse rápido
 Sentido erróneo
• Conservadora
– Cambio por un aa químicamente similar
– Efecto mínimo
• No conservadora
– Cambio por un aa con una cadena lateral
distinta
 Cambio de marco de lectura
• Inserción o deleción de nucleótidos que
cambia el marco de lectura de los
tripletes.
• No múltiplo de 3
 No cambio de lectura
• Inserción o deleción de nucleótidos
• Múltiplo de 3
• Resto de la secuencia es normal
 Con terminación retrasada
• Elimina codón de terminación.

• Consecuencias fenotípicas similar a

terminación prematura.
Polimorfismos
 Definición
• Existencia simultánea de 2 o mas variantes
(alelos, secuencias, cromosómicas) que
afecta a más del 1% de la población.
• Efecto
– Variación en la expresión génica
• Localizados en región:
– No codificante 95%
– Codificante o reguladora 5%
 Tipos de polimorfismos
1. Polimorfismos morfológicos

2. Polimorfismos bioquímicos

3. Polimorfismos cromosómicos

4. Polimorfismos moleculares
 Polimorfismos bioquímicos
• Grupos sanguíneo ABO y Rh
 Polimorfismos cromosómicos
• Cambios muy grandes en DNA no
codificante
• Distinguible mediante citogenética
– Bandas C
• Cromosomas:
– 1
– 9
– 16
– y
 Tipos de polimorfismos
1. Polimorfismos morfológicos
2. Polimorfismos bioquímicos
3. Polimorfismos cromosómicos
4. Polimorfismos moleculares
– SNPs
– RFLPs
– VNTRs
– STRs
 SNPs Polimorfismo de un solo nucleótido
• Un nucleótido

• Bialélico

• DNA no codificante

• Localización: no uniforme
 SNPs Polimorfismo de un solo
nucleótido
• Son los más abundantes
– 9 millones reportados
– 1 por cada 1000pb
• Función:
– Si se localizan en sitios de regulación, afectan
la transcripción
 Tipos de polimorfismos
1. Polimorfismos morfológicos
2. Polimorfismos bioquímicos
3. Polimorfismos cromosómicos
4. Polimorfismos moleculares
– SNPs
– RFLPs
– VNTRs
– STRs
RFLPs Polimorfismos de longitud de fragmentos de
restricción

• Cambios en nucleótidos.

• Bialélicos

• Muy informativos

• Aplicación: mapas de ligamiento

VNTR Polimorfismos simple de número variable de
repeticiones en tándem

Minisatélites
• Alelos en locus que contienen tiras
repetidas en tándem de una secuencia
simple.
– Propensas a deleción/inserción.
• Secuencia de 10 a 100 nucleótidos
• Largo: cientos de nucleótidos
• Multialélico
 VNTRs
Localización
• Rara vez en DNA codificante
– Minisatélites pueden expresarse en contadas
ocasiones.
• Pueden estar cerca de genes y afectar su
expresión.
 STRs Secuencias repetidas cortas
Microsatélites
• Secuencia de 1 a 6 nucleótidos
• Largo: 10 a 100 nucleótidos
• Localización: Regiones codificantes o no
codificantes
 STRs
• Pueden ser repeticiones:
– Mononucleótidas: (A)11
– Dinucleótidas: (GT)9
– Trinucleótidas: (CTC)12
– Tetranucleótidas: (GATA)8
– Pentanucleótidas: (ATCGC)4
– Hexanucleótidas: (ATTGCC)5