Estructura y organización del genoma

• Definición molecular del gen. Unidad de transcripción

• Genoma y sus distintas clases de DNA
• Empaquetamiento del DNA y estructura a gran escala
FIGURE 1.1 A brief history of genetics.
 The central dogma states that information in nucleic
acid can be perpetuated or transferred, but the transfer of
information into a polypeptide is irreversible
RNA: polipéptido o rRNA, tRNA, RNA pequeños (sRNA) y RNA largos
(lncRNA)

GEN: unidad funcional de la herencia. Producto discreto con función.

MENDEL
the gene was recognized as a
“particulate factor” that passes largely unchanged from parent to
progeny
 La base hereditaria de todo organismo vivo es su genoma
El genoma incluye ADN cromosómico, ADN en plásmidos y (en eucariotas)
ADN organelas

Los productos de la expresión de secuencias de nucleótidos dentro del

genoma determina desarrollo.
Físicamente, el genoma se puede dividir en una serie de diferentes moléculas
de ADN o cromosomas. La definición definitiva de un genoma es la secuencia
del ADN de cada cromosoma.
Funcionalmente, el genoma se divide en genes. Cada gen es un secuencia de
ADN que codifica a ARN y, en muchos casos, en última instancia, un
polipéptido.

GEN: toda la secuencia de DNA requerida para la síntesis de una proteína

funcional o molécula de RNA. Incluye además de las regiones que se
transcriben (exones y pude tener intrones), regiones de control de la
transcripción.
GENES:
ADN que codifica a proteínas (copia única o familia de genes)
ADN no codificante (tRNA, rRNA, miRNA, smRNA, lncRNA

ADN repetitivo
ADN móvil: transposones
ADN espaciador (no clasificado) (regiones intergénicas)

A gene is defined as the entire nucleic acid sequence

that is necessary for the synthesis of
a functional gene product (polypeptide or RNA).
Organización del genoma entre distintos organismos
Familia de genes
Los genes que codifican proteínas pueden ser
únicos o pertenecer a una familia de genes

Los productos de genes muy utilizados

están codificados por múltiples copias de genes

Los genomas de muchos organismos

contienen ADN “no funcional”
Organización cromosómica de genes y ADN no
codificante
Habiendo revisado la relación entre las unidades de transcripción y los genes, ahora
consideramos la organización de los genes en los cromosomas y la relación de las
secuencias de ADN no codificante con las secuencias codificantes.

Ejemplo: Humanos 55% del genoma se transcribe (alto porcentaje de esto no llega a
proteína, intrones y RNA no codificante) 97% del genoma no codifica proteínas
45% no codificante, regiones intergénicas, y DNA repetitivo

El tamaño del genoma no está directamente relacionado con su complejidad

biológica
Curvas Cot

the rate of reassociation is inversely proportional to genome complexity.

DNA repetitivo: minisatélites
Fingerprinting o huellas dactilares del DNA
DNA repetitivo, Transposones: Elementos móviles
Son la fuente de gran parte del ADN de nuestros genomas, sino que también proporcionan
un segundo mecanismo, además de la recombinación meiótica, para producir
reordenamientos cromosómicos del ADN durante la evolución. Una razón de esto es que
durante la transposición de un elemento móvil en particular, el ADN adyacente a veces
también se moviliza. Las transposiciones ocurren raramente: en humanos, hay
aproximadamente una nueva transposición de línea germinal por cada ocho individuos.
Dado que el 97 por ciento de nuestro ADN no codifica, la mayoría de las transposiciones no
tienen efectos nocivos.
Enzimas codificadas por los elementos móviles
catalizan la inserción de esas secuencias
en nuevos del ADNg

Procariotas: Mayoría DNA transposones

Eucariotas: Mayoria retrotransposones
y algunos transposones
Transposones en bacterias

IS: secuencias de inserción o elementos IS

RETROTRANSPOSONES:
1) Se transcriben de DNA a RNA, el RNA producido pasa a DNA por la transcriptasa
reversa (a menudo codificada en el elemento transponible). Este ADN copiado se
inserta nuevamente en el genoma en un nuevo sitio. Son similares a los retrovirus
como el HIV.
2) Se agrupan en tres tipos distintos:
A) Retrotransposons, with long terminal repeats (LTRs),
which encode reverse transcriptase, similar to retroviruses
B) Retroposons que no tienen long terminal
repeats (LTRs). Hay dos subtipos: i) long interspersed nuclear elements (LINEs), which
encode reverse transcriptase transcribed by RNA polymerase II
ii) Short interspersed nuclear elements (SINEs) do not
encode reverse transcriptase and are transcribed by RNA polymerase III. Do not encode
protein!

Retroviruses can also be considered TEs. For example, after the conversion of retroviral
RNA into DNA inside a host cell, the newly produced retroviral DNA is integrated into
the genome of the host cell. These integrated DNAs are termed proviruses. The
provirus is a specialized form of eukaryotic retrotransposon, which can produce RNA
intermediates that may leave the host cell and infect other cells.

Retrotransposones LTR (long direct terminal repeats)
Se comportan como retrovirus intracelulares
Son comunes en levaduras y drosofila
Menos comunes en mamíferos
In addition to the short 5ʹ and 3ʹ direct repeats of all transposons
LTRs containing 250–600 are characteristic of integrated
retroviral DNA and are critical to the life cycle of retroviruses.
Protein-coding region: all the proteins of the most common
type of retroviruses, except for the envelope proteins.
Lacking these envelope proteins, LTR retrotransposons cannot
bud from their host cell and infect other cells;
Because of their clear relationship with retroviruses, LTR retrotransposons
are often called retrovirus-like elements.
El LTR de la izquierda, funciona como un
promotor que dirige a la polimerasa para iniciar
la transcripción en la secuencia indicada como
R.

LTR retrotransposons encode reverse

transcriptase and integrase.

Recombination between homologous LTRs at

different positions in the genome has probably
contributed to the chromosomal DNA
rearrangements leading to gene and exon
duplications, the evolution of proteins with new
combinations of exons, and the evolution of
complex control of gene expression.
 LINE
Since LINEs do not contain LTRs, their
mechanism of transposition through an RNA
intermediate differs from that of LTR
retrotransposons

In vitro studies
indicate that transcription by RNA polymerase is
directed
by promoter sequences at the left end of
integrated LINE
DNA.
Evidence for the mobility of L1 elements first came
from analysis of DNA cloned from patients with
certain genetic diseases such as hemophilia and myotonic
dystrophy. DNA from these patients was found to carry
mutations resulting from insertion of an L1 element into a
gene
 SINE
SINEs The most abundant class of mobile elements in the
human genome, SINEs constitute about 13 percent of total
human DNA. Varying in length from about 100 to 400 base
pairs, these retrotransposons do not encode protein, but
most contain a 3ʹ AT-rich sequence similar to that in LINEs.

SINEs are transcribed by the same nuclear RNA polymerase

(pol III)
that transcribes genes encoding tRNAs, 5S rRNAs, and
other small stable RNAs
Transposones y evolución
Although mobile DNA elements appear to have no direct
function other than to maintain their own existence, their
presence has had a profound effect on the evolution of
modern-day organisms. As mentioned earlier, about half
the spontaneous mutations in Drosophila result from insertion
of a mobile DNA element into or near a transcription
unit. In mammals, mobile elements cause a much smaller
proportion of spontaneous mutations: about 10 percent
in mice, and only 0.1–0.2 percent in humans. Still, mobile
elements have been found in mutant alleles associated with
several human genetic diseases. For example, insertions into
the clotting factor IX gene cause hemophilia, and insertions
into the gene encoding the muscle protein dystrophin lead to
Duchenne muscular dystrophy. The genes encoding clotting
factor IX and dystrophin are both on the X chromosome.
Consequently, disease resulting from a transposition into
these genes occurs primarily in males, in which there is no
second copy of the normal gene to complement the resulting
mutation.
Organización estructural de los cromosomas
NUCLEOSOMAS:
Octámero (2X H2A, H2B, H3 y H4)
Link entre octamero y octamero es la H1 (que termina de ensamblar las cuentas de collar)
Nucleosoma contiene 147 pb (dos vueltas) y el DNA espaciador entre 15-55
DNAasa
DNAasa micrococal
Transcripción
Epigenética:
La epigenética, es el estudio de los mecanismos
que regulan la expresión de los genes
sin una modificación en la secuencia
del ADN que los compone.
ChIP
Chromatin
Immuno
Precipitation