Biología

Molecular
 Procariontes

• Sin membrana nuclear

• DNA circular y elementos extracromosomales
• No tienen sistema de endomembranas
• Pili para transferencia horizontal de genes
• Menor tamaño
• Pared celular
Eucariontes

• Núcleo definido por una doble membrana

• Organelos membranosos
• Célula vegetal con pared celular y cloroplastos
• Cadena respiratoria en mitocondrias
• DNA lineal

Hibridación del átomo de carbono

• sp3- tetrahedral
• sp2- planar trigonal
• sp – linear

Carbono quiral con diferentes

Estereoisómeros

Los mismos átomos con los mismos enlaces, pero con

diferente acomodo espacial.
AMINOÁCIDOS

NUCLEÓTIDOS

Estereoisómeros
β – nucleótido: Base nitrogenada arriba de la ribosa. Común en la naturaleza. s

α – nucleótido: Base nitrogenada debajo de la ribosa

 En la naturaleza sólo tenemos beta, endo, anti nucleótidos.

La estabilidad de la molécula depende de esta

estructuración

Los pares de bases de Watson y Crick no son los únicos que existen, sin embargo, los otros son más
inestables.
Friedrich Miescher (1871) descubrió que la vida tiene una base química “nucleína”. En Alemania, trabajó con
pacientes.

El principio transformante
Frederick Griffith (1928), su experimento con dos cepas de pneumococos, una infecciosa y otra no infecciosa.

Años más tarde, Avery, MacLeod y McCarty (1944), retomaron el experimento de Griffith y descubrieron que
el DNA era el principio transformante.

Alfred Hershey y Martha Chase (1952), el DNA como

material genético. Creían que el principio transformante
era atribuido a las proteínas o al DNA, marcaron ambas
moléculas, encontraron que la parte marcada que
ingresaba a la célula era DNA.

Walther Flemming (1882), acuñó el término de cromatina.

La doble hélice
James Watson y Francis Crick (1953), estructura del DNA, bases pareadas.

Erwin Chargaff- Correspondencia en la cantidad de bases nitrogenadas en el DNA

Rosalind Franklin y Maurice Wilkins, la fotografía 51 de cristalografía de rayos X de la estructura del DNA.
ESTRUCTURA
**Cuando se cumplen los pares de bases
de Watson y Crick.

Hibridación
Técnica para conocer si cierto DNA de interés se encuentra en la muestra. Utilizando una sonda radioactiva que
sea complementaria a la secuencia que interesa. Posteriormente se realiza una autoradiografía para ubicar
dónde está la sonda y por ende la secuencia de DNA.
Microarreglos
Una laminilla con diferentes sondas (diferentes secuencias, de diferentes organismos), en los microarreglos se
marca el DNA, no las sondas. Se hibridan.

Se introducen a un escáner de microarreglos (como una cámara). Y se identifican y ubican de acuerdo a las
sondas que se sabe que hay en la muestra.

Restricción
Corte del DNA, realizados por enzimas de restricción.

• Extremos romos o blunt ends- Longitud simétrica

• Extremos cohesivos y sticky ends- Longitud
distinta

Síntesis
• Hacer nuevo DNA a partir de un molde. Realizar copias.
• Las primeras síntesis fueron realizadas por la DNA Pol I de E.coli.
• Fragmento Klenow

Polymerase Chain Reaction- PCR

PCR cuantitativa o en tiempo real
Se utilizan fluoróforos y quencher
apaga la emisión de flourescencia,
que son una secuencia que no se
une a ninguno de los dos
extremos.

Cada sonda que se une, se rompe

y el fluoróforo se aleja del
quencher, esto genera una
emisión que es la que se cuantifica.

Secuenciación
Maxam y Gilbert, técnica que implicaba la
destrucción de bases.

Se marca un extremo de la secuencia, se aplican

los tratamientos para conocer qué bases se tiene y
en qué orden (de acuerdo a la presencia de las
bandas en el gel).

Electroferograma- Resultado de la electroforesis capilar.

Secuenciación de Sanger
Shotgun sequencing

Hierarchical shotgun sequencing

Profundidad- Cuántas veces se secuencia la misma parte de la secuencia. Lecturas más cortas dan mayor
profundidad.
Estructura
Doble cadena del RNA es una alfa hélice (como en DNA alfa).
Apareamiento de una cadena consigo misma.

Motivos de estructura secundaria

Horquilla o Hairpin- Formada por un tallo (zona apareada) y

un loop que puede ser externo o interno.

Ubicados a lo largo de toda la cadena.

Fuerzas que estabilizan las interacciones como base stacking.

Motivos de estructura terciaria

Una estructura más larga es más estable que uno más corto.

Si se modifica la periodicidad, afecta la estabilidad de la

cadena.

Interactúan motivos de estructura secundaria. Kissing loops como la interacción más simple.

Pseudoknots- Dos stem and loop, uno encima del otro.

Interacciones a- minor- Las secuencias libres pueden unirse a tallos que tengan libre. Interacciones de
adeninas mediante nubes de electrones en el surco menor del tallo.
ANÁLISIS DEL RNA
Retro transcipción

La primer forma de analizar el RNA es hacer una copia de RNA, es decir cDNA, con ayuda de una retro
transcriptasa que polimeriza una molecular de DNA a partir de una RNA.

Se usa un oligo dT.

A partir de ello, al tener el DNA se puede analizar con las técnicas de análisis de DNA.

Análisis enzimáticos de la estructura secundaria

RNasa rompe en la cadena sencilla

RNasa que rompe enlace de cualquier nucleótido que esté en cadena doble hecho a base de veneno de
cobra.
ARES- Atomic Rotationally Equivariant Scorer.

RNA mensajero, de transferencia y ribosomal.

El RNA mensajero resultado de la transcripción, los transcritos primarios aún pasan por un proceso, pasen por
el splicesosoma.

tRNAs, tienen forma de trébol en cuanto a estructura secundaria, sin embargo, no es así en la estructura
terciaria que tienen más estructura de cuña. Alto nivel de conservación.

El plegamiento de la estructura tiene gran importancia.

Bases no canónicas- Diferentes a las G, T, A y U. Presencia de pseudouridina sintasa (la más frecuente,
eliminación de Hidrogeno del Uracilo), ribotimina, metilguanosina.
Metilación de bases. Estructura diferente por tanto, interacciones diferentes.

rRNA es el más frecuente en todas las células, 80% de

la masa de RNAs.

Estructura terciaria formada por distintos dominios.

RNAs no codificantes

• Son muy pocos los genes que codifican para proteínas.

• Los DNA “basura” que se replicaba.
• El 74.7% del genoma se transcribe
• Elementos regulatorios
ncRNAs largos.

ncRNAs pequeños: snoRNAs, snRNAs, miRNAs, siRNAs.

• snoRNAs (small nucleolar RNA)- Regulan la metilación y poliadenilación tRNAs y rRNAs. Dos
clases diferentes que dependen de su secuencia.

C/D box- Compuestos de una caja C (UGAUGA) y D (CUGA). En su estructura terciaria tiene un canal por el
cual pasa el RNA a modificar. Llevan a cabo la metilación.

Se aparean con el RNA a modificar y agregan el metilo.

H/ACA box- Caja H (ANANNA) y Caja ACA. Tienen actividad de

pseudouridina sintasa. A los loops se les une el RNA a modificar y
le elimina el nitrógeno formando la pseudouridina. Identificados
en diferentes organismos.

Más complejo el organismo, más cantidad de snoRNAs.

Una vez transcritos se pliegan y unen a las proteínas, se

transportan al nucleolo.

• snRNAs (small nuclear RNA)- Participan en el splicing de los mRNAs

• Transcripción de genes
independientes. Existen U1, U2, U4, U5, U7,
U11 y U12.
• Familia de proteínas sn
• Se transcriben en el núcleo y se
exportan al citoplasma.

• miRNAs (micro RNA)- Regulan la expresión génica.

• Función regulatoria. Reguladores negativos
• Se unen a un complejo RISC que funcionan como guías.
• Se pega a una región complementaria de una secuencia. El complejo RISC degrada el RNAm. Suelen
darse en el extremo 32’
• No siempre se corta el RNA, impedimento estérico o corte.
Puede haber genes regulados por más de un microRNA

Pre-microRNA se exporta al citoplasma donde se une

con RISC
 • lncRNA (long non coding RNA)

Se encuentran en todas partes de la célula.

Regulación epigenética.

Unen a un RNA o proteína para llevarlo a donde debe hacer su función.

XIST lncRNA- Plegamiento del cromosoma X. Modifica la cromatina.

Transcripción de RNAs largos

 RNAs catalíticos

• Se cree que puede ser vestigio del RNA world.

• Estructura secundaria compleja.
• Ribozima- Cataliza la hidrólisis de RNA. Enzima hammerhead

Intrones de tipo 1

• Intrones autocatalíticos
• Genes de procarionte y de organelos como cloroplastos y mitocondrias. (Como no hay una maquinaria
de splicing, lo hace el RNA por sí solo).
• Se plegan sobre sí mismos y se separan de los exones.
 La replicación es un proceso
semiconservativo

Idea planteada por Watson y

Crick

Experimento de Meselson y Stahl

Trabajaron con gradientes de sacarosa, marcaron
el DNA. En la siguiente generación el DNA se
volvió menos pesado que el DNA original (porque
ya estaba repartido en los dos dobles cadenas
formadas). Si la replicación fuese conservativa, la
banda se hubiera mantenido a la misma altura
que el original a través de las generaciones, ya
que el nuevo DNA no estaría marcado.
Sin embargo, se ve que a lo largo de las
generaciones se ve menor proporción del DNA
marcado.

REPLICACIÓN EN PROCARIONTES
Los organismos procariotas tienen el DNA
circular.
Un único origen de la replicación (un replicón) y un solo punto de termino.
INICIACIÓN
• En el origen de replicación hay unos repetidos de secuencia, que se rodean de otros repetidos de 13
nucleótidos llamados DUE (DNA unwinding element) o elementos de desenrrollamiento.
• Estas regiones se unen a una proteína DNA A que tiene dos dominios: uno para unirse al DNA y otro a
otras proteínas DNA A, provocando el enrrollamiento del origen de replicación y posteriormente el
separamiento de las cadenas de DNA.
• Una vez separadas, se une la proteína DNA B que funciona como helicasa. Desenrrolla el DNA para
separar las cadenas.

Se une aquí
Metilación del DNA
La metilación del DNA impide la replicación de las cadenas recién
sintetizadas

La Dam metilasa (DNA adenine methyltransferase) es la enzima

encargada de metilar el DNA. Sólo está activa después de la
replicación.

La DNA A sólo se une a doble cadena metilada. El DNA hemimetilado,

no permite que se una la DNA A.

• La helicasa separa las cadenas y las SSB (Single strand binding protein) se unen a la cadena simple
impidiendo que se vuelva a enrollar.
• DNA G tiene una función de primasa, es decir, sintetiza los primers de DNA.
• Una cadena de DNA basada en la cadena molde en dirección 5’. Por ello
hay una cadena líder y una retrasada, dichos términos no son inherentes a una
sola cadena, pues cada cadena se sintetiza en dirección 3’ de manera
discontinua y dirección 5’ de manera continua
• Una burbuja de replicación está compuesta por dos horquillas de
replicación.

** La cadena de arriba suele representarse de 5’ a 3’.

La topoisomerasa separa las cadenas enrolladas, corta una de las dos para
poderla girar, libera tensión y las vuelve a unir.

ELONGACIÓN
• DNA G con tres dominios. Uno se une a la helicasa,
la zona catalítica donde sintetiza el DNA, y otro que se une
al DNA.
• DNA polimerasa con tres dominios: palma, dedos y
mano.
• Las bacterias tienen muchas polimerasas, las más
importantes en la replicación son la pol III conocida como
replicasa y forma el replisoma, y la pol I.
• El replisoma se forma por la pol III, complejo CLAMP
y Clamp louder.
 • Fragmentos de Okazaki de 1000 nt. Se sintetiza un
fragmento de Okazaki, el DNA se recorre, el
complejo Clamp louder desbarata el clamp, quita la
polimerasa, y se encarga de volverlo a ensamblar.

Entre cada fragmento de Okazaki está la pol I que

desintegra el primer, después se une la ligasa.

Ligasa- Envuelve al DNA y sintetiza el enlace que hace falta para completar la cadena entre cada fragmento de
Okazaki.

TERMINACIÓN
• Se encuentran secuencias TER a las cuales se les unen TUS (Terminus utilization substance).
• Estas proteínas detienen las horquillas de replicación, disminuyen su velocidad
• Cada replisoma al final queda concatenados, para liberarlos lo resuelve una topoisomerasa IV
REPLICACIÓN EN EUCARIONTES

• Los cromosomas en eucariontes son lineales.

• No hay un solo inicio, no hay un punto n que se encuentren
al final
• Son mucho mucho más grandes.
• Existen muchos replicones.
• Dos formas en que puede terminar la replicación: Cuando
choca con otra horquilla de replicación o al llegar al final de la
cadena.
• Existen de 30000 a 50000 orígenes de replicación.
• Los orígenes de replicación están sincronizados por las fases
de ciclo celular.

INICIACIÓN
• Conjunto de proteínas ORC (Origin Recognition Complex) de la 1 a la 6. Conservadas en muchos
organismos actuales.
• No se ha identificado cuál es la secuencia en metazoos.
• Mecanismos parecidos a procariotas.
• Se unen proteínas Cdc6 (Cell Division Cycle) que generan la torsión de las cadenas.
• La separación de las cadenas permite la unión del complejo MCM (Mini Chromosome Maintenance)
que junto con ORC y Cdc se conoce como complejo de pre replicación.
• A este complejo se le unen las polimerasas y una proteína Geminina y hacen que inicie la replicación.
• En lugar de las proteínas SSB, se unen las proteínas RPA (Replication Protein A).
• Cuando se inicia la replicación se une la proteína PCNA (Proliferating Cell Nuclear Antigen), que tiene la
misma funcionalidad del clamp.
 • La Topoisomerasa I tiene la función de liberar tensión como en procariotas.
• Existen orígenes de repliación que nunca son utilizados, otros que se utilizan todo el tiempo y otros a
veces.
• Las enzimas HBO 1 (Histone Acetyltranferase binding to ORC 1) son las que metilan el DNA recién
sintetizado para que no se replique

***Los orígenes de replicación que no se utilizan están metilados. Cuando se metila, se inhibe la replicación.

ELONGACIÓN

• Complejo RFC (Clamp loader)

• Dos polimerasas distintas: Pol  para la
cadena continua y la pol  para la cadena
discontinua. El ensamblaje de una u otra depende
de la estabilidad al sintetizar.
• La pol α es la encargada de eliminar primers
de los fragmentos de Okazaki.
• Una ligasa normal une los fragmentos de
Okazaki.

***FEN 1 subunidad unida al Pol delta, es un

mecanismo de reparación.
TERMINACIÓN
Dos mecanismos de terminación:

• Cuando se encuentran las horquillas

A lo largo de la cadena se encuentran secuencias de terminación TER que provocan la disminución de
velocidad de las horquillas de replicación. Cuando llega una horquilla con la otra forman intermediarios
concatenados. Una topoisomerasa tipo 2 será la encargada de eliminar esta concatenación en la fase
G2.

• Cuando se termina la cadena

Al terminar la replicación de la cadena continua, el replisoma se desensambla de la cadena de DNA
provocando que la cadena discontinua no termine de sintetizar completamente el último fragmento de
Okazaki. Lo cual supone un problema porque a medida que va sucediendo el ciclo celular, cada que
ocurra le replicación se irán perdiendo esos últimos nucleótidos que no fueron sintetizados.
Algunas soluciones a este problema es la repetición de pares de bases en las regiones teloméricas, para
que así cada que se pierda una secuencia, se encuentre otra igual en el siguiente proceso replicativo.
 Otro mecanismo que aunque no es tan eficiente sirve, es la elongación de la cadena sencilla no
sintetizada. Esta es la función de la telomerasa.

Telomerasa
Esta formada por un componente de proteínas enzimático (Telomerase RetroTranscriptasa) y otro de
RNA (TERC- Telomerase RNA Component).
Elonga la cadena sencilla para que después la primasa añada un primer permitiendo la actividad de la
DNA polimerasa en el fragmento de Okazaki restante.

***La replicación continua aunque se eliminen los telómeros, sin embargo, conforme continua la replicación,
pierde información codificante.

La clave de longevidad de un organismo está más relacionada con los mecanismos de reparación del DNA y en
general con la integridad del DNA.
 • Algunas células tienen una cuarta fase llamada G0- en la cual no se dividen, no crecen y continúan
viviendo ejerciendo su función como células germinales y del sistema inmune.
• Durante la fase G1- Las células tienen carga 2n
• En la fase G2 tienen 4 n, sin embargo, es una etapa muy corta porque justo es muy inestable.
• Poliploidía cuando la carga genética es del doble y no se divide la célula.

Checkpoints
• Entre G1 y S
• Entre G2 y M
• Entre Metafase y Anafase en M

El ciclo celular en mamíferos dura alrededor de 24 horas, variable el tiempo de cada fase

• G1- 12 horas
• S- 7 horas
• G2- 4 horas
• M- 1 hora

Citometría de flujo- Para estudiar el ciclo celular. Mide la cantidad de DNA, agregando a las células yoduro de
propidio (recientemente otros compuestos). Relación fluorescencia-cantidad de DNA.

Cantidad de fluorescencia en el eje de las x y la cantidad de células en el eje de las y.

Ciclinas y cinasas (CDK)
La CDK fosforila diferentes proteínas durante cada fase celular para
que realicen ciertas funciones. Sólo lo puede hacer con la
conformación activa, es decir, el complejo Ciclina/CDK.

Las ciclinas activan a las CDK y eso determina el ciclo celular. Cada
CDK tiene sitios activos para diferentes ciclinas que les permite activar
a otros elementos.

***Existen fármacos que provocan la sincronización del ciclo celular

por la presencia o ausencia de ciclinas.

Algo de lo que fosforilan son factores de transcripción.

Cuando se activa CDK2, inicia el proceso de replicación en la fase S.

Inhibición

Fosforilación del complejo CDK- La mayoría cloquea el sitio activo o el plegamiento que a su vez modifica el sitio
activo.

Impedimento estérico- Se une una proteína p27 impidiendo la unión de CDK-Ciclina a otra proteína.

G1/S CHEKPOINT

• CDK4 y CDK6 con Ciclina D

• La función de retinoblastoma (Fosforilzado)
• Los efectores son genes pRb y E2F
S CHEKPOINT
• Cuarto checkpoint, aún no aceptado por varios autores
• Se fosforila MCM que iniciará después el proceso de replicación.
• Acción de CDK2 y Ciclina A/E

• En este checkpoint los mecanismos de reparación detectan los daños del DNA.
• Reguladores del ciclo- ATR y ATM que funcionan sobre Check 1 y 2 que activan a los mecanismos de
reparación. Si es mucho el daño, se detiene el ciclo hasta reparar el DNA.

G2/M CHEKPOINT
• CDK1 con Ciclina B
• Aurora cinasa como primer mensajero para
posteriormente funcione el complejo Ciclina-CDK
correspondiente.
• Depende de que ya no esté dañado el DNA y los
cromosomas estén listos para la división celular.
SPINDLE ASSEMBLY CHEKPOINT
• Activa a APC
• Degrada a Securina, una vez degradada, la separasa activa rompe los cinetocoros que unen los
cromosomas.
ESTRUCTURA DE LA CROMATINA
• Octámero de histonas
• 146 bp de DNA
• Nucleosoma

Enzimas “writer” que catalizan la modificación

Enzimas “eraser” que remueven la modificación.

Modificaciones de la cromatina- Eliminar o agregar grupos

funcionales a la cromatina.

• Metilación
• Acetilación
• Fosforilación
• Ubiquitinación

Complejos remodeladores- Mueven los nucleosomas.

• Liberan la torsión del DNA

• Cuando funcionan los complejos Remodeladores, se
encuentra el DNA en su forma Z.
• Sirva para que se expresen ciertos genes y otros no. O
tensar una región que no queremos que se exprese.
• Leen las modificaciones de la cromatina.

Diferentes estados de la cromatina en las diferentes fases del ciclo celular.

Muchos modificadores de la cromatina dependen de complejos Ciclina-CDK

Organización espacial del DNA en el núcleo.
¿Cómo se organiza el núcleo interfásico?

• Heterocromatina
Zonas muy condensadas
Fibra condensada
Transcripción inactiva
• Eucromatina
Zonas menos condensadas
Transcripción activa
Fibras de 30 nm formando loops

Territorios cromosomales

• Regiones específicas para cada cromosoma en el núcleo interfásico.

• Se ha observado que el acomodo de los cromosomas es conservado en diversas
especies.
• Regiones límites entre cada cromosoma.

Espacios intercromatínicos - Donde no se encuentra ningún cromosoma

Ej: Nucleolo, espectros nucleares, cuerpos de Hall.

Poros nucleares acomodados acorde a los territorios cromosomales.

Metodologías

• FISH- Fluorescence In Situ Hybridation

Utiliza una sonda con marcaje fluorescente y se hibrida con la región
• ChiP- Chromosome Inmuno Precipitation
Interesa conocer las proteínas que interaccionan con la cromatina.
Se lisa la cromatina, se añade un anticuerpo que se una a la proteína de interés. Se elimina todo lo demás
elementos. Se revierte el croslink del anticuerpo. Se conocen las regiones del DNA que interactuaban
con la proteína de interés.

• 3C- Chromosome Conformation Capture

Unión covalente entre todos los elementos del núcleo. Digestión enzimática aleatoria. Unión
cromosómica covalente. Identificar cercanía o ubicación en el espacio en el núcleo durante la interfase.
SISTEMAS DE REPARACIÓN DEL DNA
Estas enzimas tienen alta susceptibilidad para equivocarse,
sin embargo, pueden corregirlo ellas mismas- Proofreading

Además hay enzimas específicas que se dedican a la

corrección de estos errores.

La primera reacción para resolver un error en la transcripción

es “disimularlo”.

Síntesis trans-lesión

Se activan los mecanismos de reparación del daño, en una cadena o en dos cadenas. Son cinco en total.

Reparación de rupturas de una sola cadena (SSB- Single Strand Breaks).

FOTORREACTIVACIÓN

Genes XP- Mecanismo de reparación de nucleótidos. Endonucleasas que cortan donde se encuentra la región
lesionada. La polimerasa épsilon o delta regresan a sintetizar esa parte.

EXCISIÓN DE BASES

Detecta modificaciones a las bases nitrogenadas que se hacen mayormente por presencia de compuestos
exógenos o especies reactivas de oxígeno.

Acción de enzimas glicosidasas- reconocen las bases modificadas y cortan los enlaces glicosídicos, formando
espacios anímicos que son reconocidos por la endonucleasa AP, esta rompe el enlace fosfodiéster entre
nucleótidos y permite la entrada de una pol beta, exclusiva de este mecanismo. Depende de la familia de la
glicosidasa, es la acción que tendrá a pol beta.

MISMATCH REPAIR

Dos complejos: MutS α y MutL α reconocen el sitio de mismatch, es decir, donde no se encuentra un par de
bases de Watson y Crick. Y buscan un Nick cercano, reclutan a endonucleasa que corta desde en Nick hasta la
región. La pol delta sintetiza el pedazo faltante, como si fuera parte de un fragmento de Okazaki. No es selectivo,
se quita el nucleótido ubicado en la cadena que tenga más cerca el Nick. Puede inducir mutaciones.
Reparación de rupturas de doble cadena (DSB- Double Strand Breaks).

UNIÓN DE EXTREMOS NO HOMÓLOGOS

• Llamada NHEJ
• Implica que proteínas Q70 Y 80 se unen a los extremos de ruptura de doble cadena. Reclutan a un
complejo llamado Artemisa (endo,exo nucleasa) y un marcador RAD50.Los dos extremos iguales,
reclutan a helicasa IV y XRC IV y ligan las dos cadenas que quedaron de la misma longitud.
• Si hay más de un daño en una doble cadena, puede que se unan donde no deberían.
• Descrita a partir de la enfermedad Ataxia Telangiectasia.
• No se puede reparar el DNA por una mutación en el gen ATM (ataxia-telangiectasia mutated)

RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA

• Relacionado con el marcador H2AX- isoforma de la histona H2, la sustituye cuando hay daño al DNA.
• Marcador muy utilizado para identificar el daño al DNA.
• Donde está H2AX, se une RAD50 que recluta a RAD51 Y 52. Estos complejos tienen actividad de
exonucleasa. Hace más grande la región de cadena sencilla.
• Se une una RPA para mantenerlo en cadena sencilla hasta unirse con una región homóloga de otro
cromosoma. Sucede un intercambio de filamentos.
• Se utiliza la región homóloga de otro cromosoma para la síntesis de la región faltante en la cadena
original. Restaura la secuencia perdida.
• Se lleva a cabo durante las fases S y G del ciclo celular.

INTER- STRAND CROSSLINKING

Estabilización de pares de bases mediante la interacción con diferentes compuestos. No permite los procesos
de replicación y transcripción.
Burbuja de transcripción es más pequeña que la de
replicación.

El RNA sintetizado es complementario a una de las

cadenas de DNA.

La cadena codificante es aquella que no se utiliza

para la síntesis de RNA, es decir que no se
transcribe, ya que el RNA sintetizado es igual (a
excepción de Uracilo) a la codificante, no a la cadena
molde.

***Cadena molde- Cadena antisentido

RNA polimerasa
Estructura similar a una pinza

Cuatro canales.

• Entrada del DNA

• Entrada de nucleótidos
• Salida de RNA
• Salida de DNA.

3 dominios en el interior de la enzima: Hélice, puente y timón-

Centro catalítico. Permiten la entrada de nucleótidos y
separación de cadenas.

Se unen a la región promotora- Región anterior a la transcripción.

El punto donde inicie la transcripción es la región +1 (primer nucleótido transcrito), la región promotora puede
ser -10 o -35 aprox, porque en cada organismo es diferente posición.

Factor sigma- Considerado como holoenzima.

Iniciación

Las RNA polimerasas interactúan constantemente con cualquier región del

DNA, sin embargo, se ensambla sólo a la región promotora, específicamente
el factor sigma.

Factor sigma- Clave para el reconocimiento del promotor.

Cuando se une, se forma el complejo abierto provocando una transcripción

abortiva. Una vez estabilizada la unión, se forma el complejo cerrado
(polimerasa, promotor y factor sigma).

Transcripción abortiva- Cuando se inicia la transcripción en donde no debe de

iniciarse, por tanto, no se estabiliza la interacción.

***Factores sigma de diferentes familias que es principal factor de

transcripción.

Existen factores represores y activadores. Pueden estabilizar o no la interacción de factores sigma y el promotor.
Modulan la unión de los factores sigma.

Los promotores son muy similares cuando se unen al mismo factor sigma, sin embargo, unos tienen mayor
afinidad que otros.

Elongación
Dentro de la enzima se separan las cadenas.

La cadena codificante pasa tal cual y a la cadena molde se unen los nucleótidos.

La enzima realiza movimientos conformacionales, en los cuales se contraen y extienden sus dominios.
 • El dominio de hélice en la pol tiene dos formas
conformacionales, una de las cuales permite el paso
de nucleótidos o otra no.
• Cuando sucede cambio conformacional de la enzima,
este dominio permite la entrada de nucleótidos,
uniéndose únicamente aquel que se estabilice por
complementariedad de bases.
• Se pega el ión Mg, provocando de nuevo cambio
conformacional que impide el paso de nucleótidos y
durante ese momento se sintetiza el enlace
fosfodiéster.
• Y así continua el ciclo.

La polimerasa hace pausas, la translocación no es continua e incluso en ocasiones se regresa.

Terminación
Terminador intrínseco.

El RNA recién sintetizado puede formar una estructura secundaria que desestabiliza la polimerasa provocando
el desensamblamiento de la misma

Terminación dependiente de ro.

Se une una proteína Ro al RNA recién sintetizado, se desplaza a lo largo de la cadena hasta la polimerasa, la
desestabiliza y se desensambla.

Transcripción en eucariontes
Principal diferencia con los procariontes: 3 tipos diferentes de polimerasas.
Se realizan ensayos con amanitina, lo cual permitió descubrir la existencia de diferentes polimerasas con
funciones distintas.

Subunidades que diferencian a cada pol cuya biosíntesis es más complicada que de las polimerasas de
procariotas.

***Hay un promotor para cada una de las 3 polimerasas.

¿Cómo funciona una polimerasa?
Reconocimiento de una región promotora por factores de transcripción. La reclutan a un área formando la
burbuja de transcripción. Se liberan factores de iniciación y de elongación hasta el término de la transcripción.

RNA polimerasa I
Transcribe siempre el RNA ribosomal. Se encuentran 4 factores: TF1B, TF1A, TF1C (reconocen elemento core)
y UBF que es upstream binding factor.

Ciclinas también funcionan como reguladores de la transcripción.

La unidad que transcribe la proteína, tiene un elemento llamado sal box y un elemento de liberación de transcrito,
estos elementos al ser reconocidos se termina la transcripción. Se liberan y reclutan endonucleasas para cortar
ese transcrito.

RNA polimerasa III

Transcribe los tRNAs y el RNA ribosomal 5S

Diferentes tipos de promotores, se encuentran en la región que se

transcribe, no antes de ella. Los factores de esta pol son: TFIIIA, TFIIIB,
TFIIIC. La polimerasa trabaja detrás de ellos.

El promotor tipo 3 que se encuentra en el snRNA U6. Elementos

proximales y distales que se encuentran río arriba del inicio de la
transcripción, a diferencia de los otros dos promotores. Este promotor
utiliza a un conjunto de proteínas llamado SNAPc, capaz de formar una
especie de puente entre un elemento proximal y otra región lejana.
Dependiente de la conformación de la cromatina.

La terminación de esta polimerasa es gracias a las subunidades C53 y

C37 que reconocen una región terminadora de los genes y se desensambla sola.
RNA polimerasa II
Múltiples variaciones de promotores.

El factor principal de esta polimerasa se llama TFIID (Factores basales) que esta compuesto de TAFs y TBP, es
muy parecido a los promotores de procariotas.

***Hay muchísimos factores de transcripción auxiliares. (proteínas que se unen).

Inicio de la transcripción por la unión de la RNA pol II, factores de transcripción y el promotor de DNA.

Complejo mediador- Funciones regulatorias. Exclusivo de la pol II.

Los factores de transcripción permanecen ahí mientras la pol sintetiza. Permite la llegada de más moléculas de
RNA polimerasa, provocando una transcripción en serie.

El complejo mediador funciona como SNAPc, permite la interacción de factores de transcripción más alejados
del sitio del promotor. Interacción con guías de señalización de la célula.

También es capaz de fosforilar (por acción de Cdk8) a la polimerasa II el extremo carboxiterminal para
activarla y comience a trabajar.

Antes de la señal de terminación, se encuentra una señal de corte. Hace que se activen factores para cortar el
RNA y la polimerasa continue sintetizando.

Modelo torpedo

Llega una exonucleasa Xm2 degrada el RNA, hasta que llega a la pol II y la desplaza.
 ¿Cómo se ensambla el andamiaje de la transcripción?

1. Un activador recluta un remodelador de la cromatina

que remueve el nucleosoma y permite la unión de los
factores basales de transcripción. Una vez estable se une
la polimerasa.
2. Interacciones constantes de remodeladores de
cromatina o factores basales de transcripción.

Probablemente no es ni de una forma, ni de otra, sino

ambas a la vez. Si la cromatina está en constante
interacción de ciertas proteínas, se estabilizan primero
las más afines.

Factores de transcripción
SAGA- Complejo proteico que se une a diferentes factores.

Enhancers
Upstream, downstream o

Afinidad a factores de transcripción.

Provoca plegamiento entre factores de transcripción y la región promotora.

Se forma un complejo al cual se une la polimerasa. Potencia la transcripción.

A la región promotora se une factores de transcripción y mediadores.

Insulators
Regiones que también permiten la unión de factores de transcripción pero con actividad inversa.

Pueden formar nudos o interacciones que impidan que el enhancer se una a la región promotora.

La remodelación de la cromatina permite la disponibilidad de cierta región para que se unan los insulators. Son
importantes para la regulación que evitan que se transcriba genes que no son de interés.

¿Cómo se identifica un factor de transcripción?

Dominios de unión al DNA y dominios de unión a proteínas.

Transcriptasa reversa

Identificadas en retrovirus. Obtener una molécula de DNA a partir del RNA.

Origen evolutivo similar a

Dominio de RNAsa H, degrada el RNA de híbrido que contengan RNA y DNA.

Utiliza el tRNA como primer, se sintetiza el DNA que posteriormente se utiliza como primer para la síntesis de
cDNA.

Retrotransposones en eucariotas

Muy similar a la funcionalidad de retrovirus.

Telomerasa

Retrotranscriptasa en eucariotas. Va extendiendo la cadena que quedó del fragmento de Okazaki.

Condición aleatoria de elongación.

RNA polimerasas dependientes de RNA

Tienen cuatro dominios.

Sintetizan la cadena complementaria.

Presentes en virus de RNA

Los virus de RNA (+) es decir de cadena positiva, se transcribe la cadena tal cual.

Los virus de RNA (-) es decir de cadena negativa, la cadena presente no es codificante.
Amplificación de blancos de siRNA

Como mecanismo de defensa

Iniciación

Diversos procesos de iniciación

Necesitan un primer que puede ser un nucleótido, se pliega la cadena sobre sí misma o sintetizan de novo

Elongación

Cambios conformacioneles, muy similares a las DNA polimerasas.

Terminación

No tienen señales como tal de terminación, sólo llegan al final

DNA polimerasa sin molde

Elonga la cadena

En antígenos.
 TRADUCCIÓN

Modificaciones transcripcionales
En células eucariotas, el RNA se madura para
tener un RNAm, se transporta del núcleo al
citoplasma para llegar al ribosoma.

Ribosoma en proca 70S y eucariotas 80S

Las modificaciones postranscripcionales suelen

pasar al mismo tiempo de la transcripción

PCAPs- Proteínas que se asocian al RNA

Capping
Desde que se sintetiza, el transcrito naciente está expuesto a nucleasas que degradan RNAm, para evitarlo, se
adhiere una estructura cap en el extremo 5’ que impide el reconocimiento por las exonucleasas. Requiere de
enzimas que modifican estructuralmente al transcrito añadiendo una guanosina y metilandolo.

Esto también permite la unión del complejo de unión al Cap, conformado por dos unidades que son CBP 80 Y
Cbp 20 que a su vez está involucrado en diversos procesos como:
Poliadenilación
Complejo de especificidad de poliadenilación y corte y el complejo de estimulación del corte. Reconocen la señal
de corte y poliadenilación, este reconocimiento permite la formación de loop, en esta nueva conformación
permite la unión de los otros complejos (Poli A polimerasa y factor de corte o cleavage factor). Cleavage factor
es una endonucleasa, corta una región entre los primeros dos complejos y la poli A polimerasa añade una cola
de poli A de aprox 300-500 nucleótidos.

Cola de poli A impide la acción de endonucleasas debido a su tamaño que impide que llegue a la parte funcional.

PABP- Proteína de Poli A, que permite la unión de otros complejos para funciones distintas como formar
diferentes conformaciones estructurales de RNA (loops) para facilitar el proceso de traducción y sea más
continuo acercando la parte de inicio y final de la traducción.
Splicing
Exones- Parte codificante

Intrones- No codificantes

Los intrones tienen miles de pares de bases, mientras que exones tiene cientos pb.

En los intrones puede haber codificación de otros elementos.

Actúa sobre el intrón mediante dos reacciones de transesterificación. Una modifica el enlace 5’ 3’, lo cambian a
5’ 2’, se forma un loop con la región intrónica conocido como lariat que, gracias a la siguiente transesterificación,
se recorre permitiendo la unión de extremos 5’ 3’ de los exones.

El splicing es reversible, por lo tanto, se mueve de modo que no se pueda regresar porque se realizan cambios
conformacionales.
Maquinaria basal de Splicing

Formada por snRNP (ribonucleoproteínas), reconocen extremos de los intrones.

***El proceso de splicing requiere la presencia de CBP

Tres tipos de splicesoma
Splicing por sí mismos de los exones, sobre todo el algunas bacterias que no tienen la maquinaria de
spliceosoma.

Se desensambla el spliceosoma con el lariat.

Splicing alternativo
• Regulación por factores externos del spliceosoma que impiden su acción en algunos intrones.
• Importante porque tenemos más de un transcrito maduro a partir de un transcrito primario. Permite
diferentes isoformas de las proteínas a partir del mismo gen. Diversifica el proteoma.
• Podría llevar a errores, pues alguna isoforma se podría encontrar en donde no debería.
• La maquinaria de splicing se une a secuencias consenso,

Proteínas SR

O SRSF, expresadas diferente en cada tejido. Factores auxiliares que modulan mediante el reconocimiento de
secuencias consenso también.

Algunos programas predicen a qué región se puede unir la proteína, cada una permite diferentes formas de
splicing.

Depende de:

• Regiones de unión para proteínas auxiliares

• Proteínas auxiliares
• Velocidad de la polimerasa
• Estructura secundaria del mensajero.

Transporte núcleo-citoplasma
Entre exón y exón, se encuentra el complejo EJC (Exon- junction complex) que dejó el spliceosoma. Aquí es
donde se une la proteína TREX, en el extremo 5’. Esta proteína interactúa con las que se encuentran en el poro
nuclear para que se pueda transportar al citoplasma.

Una vez en el citoplasma, los ribosomas identifican al complejo cap, comienzan a trabajar y eliminan al EJC que
volverá al nucleoplasma para volverse a unir al spliceosoma.

Non-sense mediated decay

Complejo SURF- Reconoce un EJC delante de una región de paro, lo cual indica un codón de paro prematuro.
Cuando ubica esta región, se une y forma Decay inducing complex que reclutan proteínas SMG que degradan
ese RNA
Marco abierto de lectura (ORF): Entre el cod+on de inicio y el de paro, antes o después se pueden tener
untranslated regions.

Tres posibilidades de leer la secuencia, ya que el único elemento que indica en donde iniciar la traducción es
el codón de inicio.

Los ribosomas procariotas reconoces una secuencia Shine-Dalgamo que se encuentra antes del sitio de inicio
de la traducción.

En eucariotas se encuentra la secuencia Kozak, una secuencia consenso que se encuentra en la mayor
cantidad de organismos (mayor o menor afinidad de acuerdo con la secuencia), reconocimiento espacial, no
es específica como la Shine-Dalgamo.

Inicio

El ribosoma identifica la secuencia Shine-Dalgamo y recluta a los RNAs hasta que recluta a una metionina con
grupo formilo. El tRNA suele estar asociado al IF2 (Factor de inicio de la traducción 2) se une al sitio AUG.
Elongación

El factor EF está unido al tRNA, una vez que se une al codón se separa. Cada que se estabiliza la interacción,
se realiza la actividad enzimática de peptidil-transferasa que es la principal actividad enzimática del ribosoma.
Terminación

Al llegar a los codones de paro se recluta los factores de disociación RF, que tienen función de desestabilizar la
interacción del ribosoma, es RF3 el que lo hace. Segunda actividad enzimática de esterasa.

En eucariotas

Inicio

Complejo ternario- Formado por eIF2 y un tRNA de metionina.

Elongación

La elongación es parecida a procariotes, eEF1 toma un tRNA (anticodon) y lo lleva al sitio A, luego la subunidad
mayor avanza quedando en el sitio P, después avanza la subunidad pequeña, cada que avanza el ribosoma va
incorporando tRNA y colocando los aminoácidos al sitio A formando el péptido mediante la actividad peptidil
transferasa, luego vuelve a avanzar. Toda esta reacción consume energía del GTP.

Conforme avanza el ribosoma se van removiendo los EJC.

Biogénesis de ribosomas

Varios elementos involucrados.

La RNA pol I sintetiza los rRNA.

Como no están sometidos a mutaciones, están conservados y son de ancestría muy grande, se pueden encontrar
relaciones filogenéticas a partir de espaciadores

Y La ribonucleasa T separa los RNA, que se unen a proteínas ribosomales

La unión de otras proteínas se le llama maduración nuclear

La síntesis de proteínas es exclusiva de RNA ribosomales, o RNA con propiedades catalíticas.