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ESPÉCIMEN:
es un material, líquido, sólido o gaseoso que se caracteriza o analiza en un laboratorio.
-Sangre
-Orina
-Heces
-Esputo
-LCR (liquido cefaloraquideo)
MANEJO DE MUESTRAS EN BM
La implementación y realización de las técnicas moleculares debe llevarse a acabo por personal capacitado.
El manejo de la muestra implica tres pasos fundamentales:
1. Selección de la muestra
2. Toma de muestra Higiene en todo el proceso
3. Preservación de la muestra
Ej., si se quiere determinar los niveles de expresión del gen de la telomerasa en cáncer de pulmón, la
muestra indicada será la biopsia del tumor.
EXTRACCIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOS
TIPOS DE ADN
-ADN nuclear -ADN mitocondrial -ADN cloroplástico en plantas
El procedimiento ideal de lisis debe tener la fuerza necesaria para romper el material de inicio
(células o tejido) y la delicadeza requerida para preservar las moléculas de interés (ADN o ARN).
MÉTODOS ENZIMÁTICOS
-Lysozima: rompe enlaces b-1.4- entre N-acetil murámico y N- acetil glucosamina de peptidoglicán
de la pared celular de bacterias
-Lyticasa: rompe enlaces b-1.3 de glucano de levaduras
-Proteasas: rompe enlaces peptídicos de prot. de pared y membrana plasmática e interacciones
célula-célula.
• Amortiguador de pH (7-8).
3. PURIFICACION
-Desproteinización con fenol, que al denaturar proteínas causa su precipitación.
-Precipitación de proteínas con sales (“salting out”)
-Extracción de DNA desde un gel de agarosa
Tejido de timo-> Adición de amortiguador de pH, con EDTA -> Adición de detergente -> Molienda-
lisis -> Tomar alícuota -> Adición de una sal (NaCl) (salting out) -> Centrifugación -> an en
solucion
Acuosa y proteina insoluble (se separan) -> Adición de etanol -> DNA es insoluble en solución
alcohólica -> centrifugacion -> sobrenadante
l-> Sedimento -> Lavados y resuspención en H2O ultrapura
Analysis of samples:
Barley (A): This sample is fine
Corn (B):This sample is fine
Oat (C) :This sample is fine
Rice (D): This sample is fine
Wheat (E): This sample has severe degradation can work for PCR but should re-extract
APLICACIONES:
-Identificar individuos.
-Detectar polimorfismos génicos de predisposición o protección.
-Analizar mutaciones.
-Establecer el diagnóstico de enfermedades génicas.
ESPACIAL
• Representa la base de la diferenciación celular
• Los genes no se expresan en todos los tejidos. Ej., la insulina se expresa en las células beta del
páncreas; la albumina en los hepatocitos, etc.
TEMPORAL
• Depende del estado metabólico en que se encuentre el individuo: sano/enfermo; triste/eufórico
• El individuo, es el resultado de la expresión de sus genes en un momento dado.
Detección del ADN procedente de cualquier fuente ajena al paciente, como bacterias y virus de
ADN. Por lo que constituye una herramienta útil para el diagnóstico molecular de enfermedades
causadas por microorganismos.
Ej. Detección de Mycobacterium tuberculosis en 24 h a diferencia con cultivo microbiológico 5
días.
Para la detección de genomas exógenos (ADN/ARN), la muestra dependerá de la historia natural del
microorganismo infectante.
Ej. En la detección del VHB, VHC y HIV, que los virus se diseminan por todo el organismo
(SUERO).
ADN
PCR
reacción en
SOUTHERN BLOT SECUENCIACIÓN cadena de la
polimerasa
+
TEGNOLOGIA DE ADN RECOMBINANTE
CLONACION
Mediante la clonacion de DNA se logra:
Conseguir que un fragmento de DNA se integre en un elemento genético autoreplicable (plásmido)
en una bacteria, de tal manera que la molécula puede ser reproducida generando miles de copias
idénticas.
Fuente de DNA
Cromosómico, CDNA, DNA Recombinante
DEFINICIONES
• Enzima de restricción: enzima capaz de cortar el DNA en un lugar determinado, denominado diana
o sitio de restricción.
•Diana o Sitio de restricción: secuencia de DNA, que es reconocida por una enzima de restricción.
•Vector de clonación: molécula de DNA artificial capaz replicarse en un organismo hospedador (p.e.
en una bacteria).
•DNA recombinante: molécula de DNA creada artificialmente a partir de fragmentos con orígenes
distintos.
•Clon: Copias idénticas de la molécula de DNA recombinante.
TIPOS DE VECTORES
-Clonación
Almacenamiento, mantenimiento, propagación de un fragmento de DNA.
-Expresión
Contiene elementos genéticos para dirigir la expresión de un gen en un tipo de célula específico,
produciendo muchas copias de una proteína seleccionada, en una célula huésped.
PLASMIDOS
información genética contenida en moléculas de DNA
distintas a las del cromosoma bacteriano
-Propiedades fenotípicas
ADN PLASMIDICO
-Islas de patogenicidad
Bacterias potencialmente patógenas para el hombre (Genes para la sintesis de sustancias tóxicas)
Clostridium tetani
DISCOVERY
-Arbor y Dussoix en 1962 descubrieron que ciertas bacterias contienen endonucleasas que tienen la
capacidad de escindir el ADN.
-En 1970, Smith y sus colegas purificaron y caracterizaron el sitio de escisión de una enzima de
restricción.
-Werner Arbor, Hamilton Smith y Daniel Nathans compartieron el Premio Nobel de Medicina y
Fisiología de 1978 por su descubrimiento de las enzimas de restricción.
ENZIMAS DE RESTRICCION
Exonucleasas
Último nucleótido del extremo 5' o 3' de un polinucleótido
ENDONUCLEASAS
Enlaces fosfodiéster situados en el interior de los polinucleótidos.
• Se
unen al
DNA,
NOMENCLATURA
• La primera letra del nombre de la enzima proviene del
género.
• Las próximas letras de la especie.
• La cuarta letra de la cepa.
• EL número romano hace referencia a la cantidad de
endonucleasas que han sido extraídas de la misma
bacteria.
ISOESQUIZÓMEROS
Los isoesquizómeros son dos enzimas de restricción con la misma secuencia de reconocimiento,
aunque pueden que no corten en la misma posición.
Tipos de corte
-Puentes de hidrogeno ADN
-Recombinante
The DNA
Digestion Reaction
Restriction Buffer provides optimal conditions
• NaCI provides the correct ionic strength
• Tris-HCI provides the proper pH
• Mg2+ is an enzyme co-factor
Incubate at 37 c
Patron de restriccion por electroforesis
Electroforesis de DNA
-Tecnica usada para separar y purificar macromoleculas (i. e. proteinas, acidos nucleicos) que varian
en tamaño, carga o conformacion.
-Cuando moleculas cargadas son colocadas en un campo electrico, estas migran hacia el polo
positivo (anodo) o polo negativo (catodo) de acuerdo a su
carga.
Tipos de geles
Geles de agarosa
Electroforesis horizontal
Preparar el gel.
2. Aplicación de la muestra.
3. Electroforesis.
4. Detección por tinción con
Bromuro de Etidio (BrEt): se intercala en el DNA y
al irradiarlo con luz UV emite fluorescencia.
Ncol/BstEll 2067pb
1548pb
750pb
Ejercicio
...ATGCGAATTCCCGCCAGGTTATGCAATTCATG... ...TACGCTTAAGGGCGCTCCAATACGT
TAAGTAC...
Cuales y cuantos serían los fragmentos que originaría si se corta con la restrictasa EcoRI
Dado el siguiente fragmento de ARNm:
... U U A C G U U A A G C U A U A G ...
EJERCICIO 2
RESPUESTAS
El ADN se corta con una o varias enzimas de restricción simultáneamente, para determinar el
número de sitios de corte y sus posiciones relativas en la molécula, el orden y la distancia entre
ellos.
2. Generación de fragmentos para ser clonados en los vectores apropiados, y crear ADN
recombinante.
Se puede cortar una molécula de ADN con una enzima y, con el mismo tipo de enzima, cortar el
fragmento de ADN de interés para clonar. Se unen con ligasas estas dos moléculas de ADN,
generando así una molécula de ADN recombinante. Este vector recombinante puede usarse para
transformar células que expresen el gen de interés clonado o puede usarse simplemente para tener
clonado ese fragmento de ADN de interés.
DNA FINGERPRINTING
Análisis de patrones de fragmentos de DNA formados por las endonucleasas de restricción.
IDENTIFICACIÓN DE MUTACIONES
Enzimas de restriccion
los homocigotos para la mutación tendrán una sola banda más pesada, los homocigotos sin
mutación tendrán las 2 bandas (intermedia y
ligera) y los heterocigotos tendrán las
3 bandas.
FRACCIONAMIENTO CELULAR
Conjunto de métodos y técnicas que permiten obtener fracciones puras o enriquecidas de un
componente celular determinado:
a) Organelos (núcleo, mitocondrias, peroxisomas, etc).
b) Fracciones de membrana.
c) Complejo multiproteicos (citoesqueleto, actina, microtubulos, poros nucleares, etc).
HOMOGENIZACIÓN
-Métodos que permiten la disgregación de tejidos y el rompimiento de las células.
-Produce la ruptura suave de membranas celulares con lo que se libera el contenido celular.
-Desde el homogenizado o extracto crudo, se podrán extraer organelos y/o moléculas de interés
biológico.
MÉTODOS DE HOMOGENIZACIÓN
HOMOGENIZACIÓN
MÉTODOS DE HOMOGENIZACIÓN
El método de lisis a elegir dependerá de las características mecánicas del tejido o células de donde
se va a aislar la proteína, así como de su localización.
Lisis celular: para células sin pared celular como las células de tejidos animales.
CENTRIFUGACIÓN
CENTRIFUGACIÓN DIFERENCIAL
CENTRIFUGACIÓN DIFERENCIAL
CENTRIFUGACIÓN EN GRADIENTE DE DENSIDAD
Homogenizado celular que contiene partículas que difieren en masa, pero pueden ser similares en
forma y densidad (proteínas globulares y RNA).
-Permite purificar las fracciones de organelos enriquecidas que se obtuvieron con la centrifugación
diferencial.
-En esta los organelos se separan en función del coeficiente de sedimentación al ser centrifugados en
un gradiente de una sustancia densa como la sacarosa.
-Partículas de diferente tamaño se sedimentan debido al gradiente de distintos niveles, moviéndose
en bandas discretas
Extracción de proteínas/ADN
MITOCONDRIAL, ETC.
• Buffer de lisis
Extracto crudo de proteínas • Sonicación
• Centrifugación
Separación de proteínas
• Cromatografías
• Electroforesis
TÉCNICAS CROMATOGRÁFICAS:
INTERCAMBIO IÓNICO
-Separa proteínas que difieren en su carga neta, empleando columnas constituidas por bolitas o
cuentas que llevan una carga positiva/negativa.
-Las proteínas unidas se eluyen haciendo pasar por un gradiente salino (NaCI) a través de la
columna.
AFINIDAD (ANTICUERPOS)
-Ac unido covalentemente a las esferas que constituyen columna.
-Las proteínas con afinidad por el Ac. Seran retenidas por la columna las demás proteínas fluirán a
través de la columna.
-Las proteínas unidad son eludidas con unas solución ácida cambia conformación de los Ac y separa
los complejos Ag-Ac.
Si es una proteína con actividad enzimática, puedo agregar el sustrato para la enzima en la esfera.