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Estructura primaria
El enlace más
importante es el
enlace
fosfodiester. (que
hace un nucleótido
con otro)
La unión se da en
el grupo fosfato en
la posición 5´ con Estructura secundaria
el grupo hidroxilo Doble hebra, dextrógira.
que está en Enrolladas en un eje imaginario.
posición 3´ del Tamaño de 2,34 nm de diámetro.
nucleótido de al Las bases nitrogenadas están dispuestas al
lado. interior de las cadenas como una escalera
Esta es la en caracol.
estructura primaria Los fosfatos y pentosas al exterior.
del ADN, por fuera Son cadenas antiparalelas
tengo fosfato y Fue propuesta por Watson y Crick, es una
glúcido y al interior doble hebra de forma helicoidal, donde las
la base bases nitrogenadas están posicionadas
nitrogenada. dentro de la molécula y están unidas
Esqueleto del ADN mediante enlaces de hidrogeno.
Las dos cadenas de ADN estas en sentidos
opuestos, es decir son antiparalelas, una se
encuentra en la posición 5´ 3´ y la otra se
encuentra 3´5´, y son complementarias.
Cromosomas
Guanina con citosina forman 3 puentes de
hidrogeno, mientras que timina y adenina
solo dos.
Un alto contenido de CG es signo de
estabilidad en la molécula de ADN.
Complementariedad de bases
Replisoma
La replicación ocurre de manera veloz. El
tiempo requerido para que E. coli replique
su cromosoma puede ser tan corto como
La enzima ADN polimerasa es una
40 minutos.
holoenzima, con varias subunidades, es
Un genoma alrededor de 5 millones de
una enzima súper grande.
pares de bases debe copiarse a una
Tiene la capacidad de sintetizar solo
velocidad de 2000 nucleótidos por
cuando todas las subunidades están unidas
segundo.
formando la holoenzima polimerasa.
El núcleo catalítico del ADN pol es parte de
En el caso de la replicación en células
un complejo mucho más grande, llamado
procariotas la ADN polimerasa que sintetiza
holoenzima polimerasa.
es la ADN polimerasa de tipo III. En el caso
Son dos núcleos catalíticos y muchas
de las eucariotas la ADN polimerasa delta.
proteínas accesorias. Uno de los núcleos
En el proceso de replicación dos
catalíticos se ocupa de la síntesis del
holoenzimas polimerasas van juntas,
filamento
porque mientras una va sintetizando una
continuo, mientras que el otro se ocupa de
hebra de ADN, la otra va sintetizando la otra
la síntesis del filamento discontinuo.
hebra.
El proceso de replicación es conocido
La replicación es un proceso súper rápido.
como un proceso semiconservativo, esto
2000 nucleótidos por segundo.
quiere decir que la molécula madre de ADN
Un genoma tiene alrededor de 5 millones de
da origen a dos moléculas de ADN
pares de bases.
idénticas a ella. Pero una de las hebras es
Hay bacterias que demoran más de 48
de la hebra antigua y la otra es recién
horas en replicar su material genético.
sintetizada. Se conserva una hebra antigua
de la molécula antigua y la otra es recién
ADN polimerasa
sintetizadas
El ADN se abre en un proceso que da
origen a la horquilla de replicación.
Horquilla
Esa horquilla tiene un sentido 5’ 3’
En la cadena que va en el sentido de la
siempre y es hacia dentro de la molécula.
horquilla se da el nombre de cadena
El ADN polimerasa (III o δ) actúa sobre la
continua (líder o leading).
horquilla de replicación.
Cadena molde: 3’ 5’ sentido continuo
La ADN polimerasa siempre agrega
porque hace la nueva cadena en el sentido
nucleótidos a la punta 3‘en crecimiento. Ella
5’ 3’
reconoce el grupo hidroxil libre 3’ OH.
La síntesis de la otra cadena ocurre en el
Solo una de las dos hebras de polaridad
extremo de crecimiento 3‘o sea sentido 3´
inversa puede servir como molde para la
5’, pero esta síntesis está en la dirección
replicación hacia la horquilla de replicación.
"incorrecta “.
Esta cadena, la dirección 5‘3 'de la dirección del movimiento de la horquilla de
síntesis está lejos de la horquilla de replicación.
replicación. Otro problema en la replicación del ADN
En ese caso la cadena llama discontinua surge porque la ADN polimerasa puede
(lagging). extender una cadena, pero no puede iniciar
una cadena.
Por lo tanto, la síntesis tanto del filamento
principal como de cada fragmento de
Okazaki debe iniciarse mediante un
cebador (8-12 nt) de ARN.
Los cebadores son sintetizados por un
conjunto de proteínas llamado primosoma,
cuyo componente central es una enzima
llamada primasa, un tipo de ARN
polimerasa.
En el filamento principal, solo se necesita
un cebador inicial, porque después de la
acción del cebador inicial, la cadena de
Primer paso para que ocurra la replicación, ADN en crecimiento sirve como cebador
se necesita disociar la molécula de ADN, para la adición continua de nucleótidos.
para exponer las bases nitrogenadas del
interior, cunado esto pasa se forma la
horquilla de replicación que corresponde a
la abertura de la molécula.
La horquilla de replicación tiene un sentido
de la derecha a la izquierda. La replicación
tiene que seguir el caminar de la horquilla.
Cuando se abre la molécula la horquilla va
Además de no poder trabajar en los dos
hacia delante, trabaja generando un
sentidos la horquilla no puede comenzar el
fragmento en la dirección 5´3´.
proceso de síntesis de ADN, sin un grupo
La hebra que sigue el sentido de la
hidroxilo libre.
horquilla de replicación puede ser seguida
Hay una enzima que se llama primasa que
de manera directa en la hebra 3´5´porque
va a generar en todas las moléculas
ADN polimerasa va a generar una hebra en
cebadores de ARN, es decir pequeños
el sentido 5´ 3´.
caminitos de material genético en forma de
La cadena de arriba se llama cadena
ARN, que va a dejar la punta 3´libre.
discontinua, porque ella es leída en
En la hebra continua se necesita un solo
fragmentos. Mientras una es leída de
partidor en el comienzo de la hebra.
manera continua la otra es leída de en
En la hebra discontinua la primasa va
fragmentos de 1000 a 2000 pares de bases
haciendo varios fragmentos de cebadores
llamados fragmentos de Okasaki.
de ARN y va señalando que necesita
extensión y va formando los fragmentos de
Cadena continua y discontinua
Okasaki y de esta manera esta molécula va
La síntesis de la cadena discontinua debe
siendo sintetizada.
ocurrir en segmentos cortos (1000-2000)
Después la ADN polimerasa con actividad
llamados fragmentos de Okazaki.
exonucleasa de 5´ 3´ remueve estos
La síntesis del filamento continuo (leading)
cebadores de ARN y ahí mismo sintetiza el
puede continuar sin interrupción en la
material genético complementario a esa El replisoma contiene dos clases de
hebra. proteínas que abren la hélice y evitan una
Y la ADN ligasa forma los enlaces mayor helicoidización: son helicasas y
fosfodieter entre los fragmentos topoisomerasas.
Las helicasas son enzimas que rompen los
¿Por qué en la replicación hay dos tipos de enlaces de hidrógeno que mantienen
cadena: uno continua y otro discontinua? unidas las dos hebras de la doble hélice.
Porque las cadenas son antiparalelas. La helicasa encaja como un hilo alrededor
Mientras una está en dirección 3’5’, la del ADN; desde esta posición, desenrolla
otra está en la dirección 5’ 3’. rápidamente la doble hélice frente a la
La horquilla de replicación sigue solamente síntesis de ADN.
un sentido: el sentido 5’3’ de síntesis de El ADN desenrollado se estabiliza mediante
la nueva cadena y ese es el sentido del proteínas de unión monocatenarias (SSB),
proceso continuo. que se unen al ADN monocatenario y
Por ello la cadena 3’5’ es leída de evitan que el dúplex se reestructura.
manera continua y la otra 5´3’ de manera
discontinua. Van a ingresar por la abertura de la
molécula, lo primero es la disociación de la
Replisoma: conjunto de proteínas de una molécula, quien lleva a cabo esta
horquilla de replicación. disociación va a depender de la célula.
Una importante proteína accesoria llamada Quien mantiene esta disociación se
pinza beta rodea el ADN como una denomina enzima helicasa, esta va a
rosquilla. destruir las raíces del material genético,
Esa estructura mantiene la holoenzima pol como que abraza a la molécula de ADN, va
unida a la molécula de ADN. rompiendo los puentes de hidrogeno
La holoenzima pol se transforma de una abriendo la molécula a medida que la
enzima que puede agregar solo 10 horquilla de replicación va avanzando.
nucleótidos antes de salir del molde Cuando la horquilla va avanzando con el
(llamada enzima distributiva) a una enzima material genético y va adelante, necesita
que permanece en la horquilla móvil y una topoisomerasa rompiendo enlaces
agrega decenas de miles de nucleótidos fosfodiester para evitar que el material
(una enzima de proceso). genético se pierda.
Ahora se tienen que formar los cebadores
de ARN para señalar en polimerasas que
ahí tienen que sintetizar. Un cebador en la
hebra continua y varios cebadores en la
hebra discontinua.
La ligasa está ahí en amarillo, hizo su
trabajo la primasa, deja una punta 3’
dejando un hidroxilo libre señalando que
necesita hacer la replicación a la ADN
polimerasa, la ADN polimerasa también
abraza la molécula de ADN y otra proteína
viene y se pega a ella que se llama pinza
beta.
Esa pinza beta va a hacer como una presión
para que la ADN polimerasa sea más
procesiva, que procese rápidamente y que
esté conectada al ADN y no se disocia de la
molécula de ADN
Entonces estas dos moléculas se unen y
empiezan el procesamiento de la síntesis
de material genético.
Otras proteínas que hacen parte del
proceso son las proteínas de unión al ADN
monocatenario (color blanco), estas
proteínas se conectan ahí para quitar las
vueltas del material genético y dejar el ADN
más recto para facilitar el paso de la ADN
polimerasa y la pinza beta sintetizando la
molécula de ADN.
Los fragmentos de Okazaki para que sean
correctamente sintetizados el ADN da una
vuelta y cuando el ADN da la vuelta las dos
ADN polimerasas empiezan a sintetizar, es
por eso que esa hebra es leída en
fragmentos a cada hora se da una vuelta y Tanto procariotas como eucariotas parten
hace un poco de fragmentos sueltos, hace de un punto, las bacterias tienen el punto
otra vuelta síntesis de otro fragmento y así de origen de replicación llamado OriC,
va a ser el movimiento de la horquilla. tienen el ADN circular y la replicación
Después de toda la replicación viene la puede ser dada en las dos direcciones, es
ADN polimerasa haciendo la revisión, decir es bidireccional, hasta que todo el
quitando los elevadores de ARN, llenando material genético circular es replicado, a
los huecos con ADN y por último la ligasa medida que esa horquilla de replicación
viene ligando los fragmentos de Okazaki bidireccional avanza ocurre lo mismo que
en la célula eucariota, nuevamente las
ADN girasa en el ADN circular topoisomerasas y las girasas vienen, hacen
Tanto los giros como las superhélices una doble rotura para liberar la tensión y
deben eliminarse para que continúe la evitar una rotura del material genético.
replicación.
Esta súper-helicoidización puede ser Sitio de iniciación de procariotas
relajada por enzimas llamadas El ensamblaje del
topoisomerasas, de las cuales la ADN replisoma es un
girasa es un ejemplo. proceso ordenado
Las topoisomerasas relajan el ADN súper que comienza en
helicoidal al romper una sola hebra de ADN lugares precisos del
o ambas hebras, lo que permite que el ADN cromosoma
gire y se convierta en una molécula (llamados orígenes).
relajada. Ocurre solo en
Las topoisomerasas terminan uniéndose a ciertos momentos de
las hebras de la molécula de ADN ahora la vida de la célula.
relajada. La replicación de E.
coli comienza en un
origen fijo (llamado
oriC) y luego
continúa en ambas
direcciones (con las horquillas moviéndose grandes, compactados en ADN con
en ambos extremos. histonas
El primer paso es la unión de una proteína A diferencia del cromosoma bacteriano, los
llamada DnaA a una secuencia específica cromosomas eucariotas existen en el
de 13 pares de bases (bp) (denominada núcleo como cromatina.
"caja o sitio de DnaA"), que se repite cinco La unidad básica de la cromatina es el
veces en oriC. nucleosoma, que consiste en ADN envuelto
En respuesta a la unión de DnaA, el origen alrededor de proteínas histonas.
se deselicoidiza en un grupo de nucleótidos El replisoma no solo necesita copiar los
AyT filamentos parentales, pero también
Es más fácil separar (disociar) la doble desmontar los nucleosomas en los
hélice en sitios de ADN ricos en bases A y filamentos parentales y montarlos en las
T. moléculas hijas.
Después del inicio de la deselicoidización, Se distribuye al azar histonas nuevas y
las proteínas DnaA se unen a regiones de antiguas con la ayuda de una proteína
hebra única recién deselicoidizada. llamada factor de ensamblaje de cromatina
Con DnaA cubriendo el origen, dos 1 (CAF-1).
helicasas (proteína DnaB) ahora se unen y CAF-1 se une a las histonas y las dirige a la
se deslizan en la dirección de 5 'a 3' para horquilla de replicación, donde pueden
comenzar a abrir la hélice en la horquilla de conjugarse con el ADN recién sintetizado.
replicación. CAF-1 y su carga de histonas alcanzan la
La primasa y la holoenzima de ADN pol horquilla de replicación al unirse a la
ahora se reclutan en la horquilla de versión eucariota de pinza beta, llamada
replicación mediante interacciones antígeno de proliferación de células
proteína-proteína, y comienza la síntesis de nucleares (PCNA)
ADN.
En las eucariotas el ADN se encuentra todo
Una diferencia entre la replicación en compactado, las estructuras de las vueltas
eucariota y procariota es el sitio de del ADN dan en las histonas y quien hace
iniciación, existen dos regiones en el eso se llama factor de ensamblaje de
genoma procariota que se llaman sitio de cromatina de tipo 1 (CAF-1), ella se conecta
ligación del ADNA que es una enzima que a las histonas activas de la molécula de
reconoce la región que está repetida 5 ADN y después la vuelve a la misma
veces de 13 pares de bases y antecede una molécula de ADN, y tiene también apoyo del
región llamada TATA BOX, esa región está reensamblaje de histonas a los
llena de timina y adenina, porque es más nucleosomas en una proteína llamada
fácil romper los puentes de hidrógeno, antígeno de proliferación de células
entonces las ADNA se unen a esa región de nucleares
unión del material genético y toma un punto Ensamblaje del nucleosoma – eucariotas
de TATA BOX y comienza a disociar la
molécula en ese punto, se reclutan las
helicasas que van a abrazar la molécula de
ADN y hace el movimiento de la horquilla
rompiendo los demás puente de hidrógeno.
Eucariotas
La replicación es mucho más compleja en
eucariotas, debido a sus genomas que son
Hace el mismo rol que la Pinza beta, se
conecta a esta enzima de ensamblaje de
cromatina que está cargando las histonas
que va a empezar a tratar de ensamblar el
material genético después de la replicación.
Además de hacer el ensamblaje del
núcleosoma es decir formado complejo de
histonas que da las 2 vueltas de ADN y
después de eso se va uniendo para formar
los solenoides.
Ella también promueve la síntesis de
histonas.
Las procariotas no necesitan hacer el
ensamblaje de cromatina porque tienen el A diferencia de los cromosomas
ADN desnudo, ya que tengo que sacar el procariotas, cada cromosoma eucariota
nucleosoma y después tengo que sintetizar tiene muchos orígenes de replicación para
histonas y volver a reensamblar ese replicar rápidamente genomas eucariotas
nucelosoma más grandes.
Aproximadamente 400 orígenes de
Eucariotas: inicio replicación están dispersos en los 16
Bacterias como E. coli suelen completar el cromosomas de levadura, y se estiman
ciclo de replicación-división en 20 a 40 min. alrededor de miles de horquillas de
En eucariotas este ciclo puede variar de replicación en los 23 cromosomas
1,4h en levadura a 24h en células animales humanos.
cultivadas. Así, en eucariotas, la replicación evoluciona
Los eucariotas deben resolver el problema en ambas direcciones desde múltiples
de coordinar la replicación de más de un puntos de origen.
cromosoma. Cuando se completa la replicación de las
Los orígenes de 100 a 200 pb tienen una dos cadenas, resultan dos moléculas hijas
secuencia de ADN conservada, que incluye de ADN idénticas.
una región rica en AT que se disocia Iniciase en la fase S del ciclo celular
cuando una proteína específica se une. Región en el ADN (de 100 a 200 pb de
longitud) llamado de sitio de origen son
El inicio en eucariotas se lleva a cabo en reconocidos por las subunidades ORC.
una región mucho mayor, en lugar de El ORC en el origen sirve para reclutar
llamarse OriC se llama ORC. otras dos proteínas, Cdc6 y Cdt1. Estas
Otro cambio que ocurre entre procariota y proteínas más ORC luego reclutan
eucariota tiene que ver con el material helicasa, llamada complejo MCM, y otros
genético. componentes del replisoma.
La replicación está vinculada al ciclo celular
por la disponibilidad de Cdc6 y Cdt1.
En la levadura, estas proteínas se
sintetizan durante el final de la mitosis y el
intervalo 1 (G1) y se destruyen mediante
proteólisis una vez que ha comenzado la
síntesis.
De esta manera, el replisoma se puede
ensamblar justo antes de la fase S. Cuando
comienza la replicación, no se pueden
formar nuevos replisomas en los orígenes,
ya que Cdc6 y Cdt1 se degradan durante la Eucariotas: problemas al final
fase S y ya no están disponibles. Existe un problema inherente en la
replicación de los dos extremos de las
moléculas de ADN lineales, las regiones
llamadas telómeros.
Puede producirse una síntesis continua del
filamento principal hasta la punta del molde.
Sin embargo, la síntesis de filamento
discontinuo exige cebadores antes del
proceso; por lo tanto, cuando se elimina el
último cebador, se pierden las secuencias
al final del filamento.
Como resultado, queda una punta
monocatenaria en una de las moléculas
hijas de ADN.