ÁCIDOS NUCLEICOS

Son macromoléculas formadas por polímeros lineales de nucleótidos unidos por enlace
fosfodiéster. Se clasifican en DNA y ARN.

Consiste en una serie de enlaces

azúcar-fosfato 5’ → 3’.
Azúcar: ribosa (RNA) y desoxirribosa (DNA).

Composición: azúcar, base nitrogenada

(purinas A-G o pirimidina C-T-U) y grupo
fosfato.

Base nitrogenada: RNA tiene uracilo y DNA

timina.

*Si no puedo diferenciar se tiene que mirar el

azúcar.

Nucleosidos y nucleotidos​.
Nucleósido no tiene grupo fosfato (base
nitrogenada + azúcar)
Nucleótido (base nitrogenada + azúcar +
fosfato).
*Nucleótidos tienen otras funciones como energía (ATP) o segundo mensajero (AMPc).

Polinucleótidos​.
La estructura del DNA se forma a partir de nucleótidos trifosfato. Pirofosfato liberado
entrega energía al sistema.

DNA​.
Es un polímero formado por unidades
repetidas de nucleótidos unidas a través de
enlace fosfodiéster.
Las funciones biológicas del DNA incluyen el
almacenamiento de información y su
replicación para asegurar la transmisión de la
información a la células durante la división
celular.
El enlace es entre 5’ y 3’.

Estructura primaria del ADN: secuencias de

base del DNA.
La información genética está contenida en el
orden exacto de los nucleótidos.
Las bases nitrogenadas que se hallan formando los nucleótidos de DNA son ​adenina,
guanina, citosina y timina.
(No hay diferencia entre DNA de eucarionte y procariontes)
Los nucleótidos se unen entre si mediante el grupo fosfato del segundo nucleótido, que
sirve de puente de unión entre el carbono 5’ del primer nucleótido y carbono 3’ del siguiente
nucleótido.
Como el primer nucleótido tiene libre el carbono 5’ y el siguiente nucleótido tiene libre el
carbono 3’, se dice que la secuencia de nucleótidos se ordena de 5’ a 3’ (5’ → 3’)

Secuencia de DNA.
La secuencia de DNA se escribe con un código de 4 letras y corresponde a una sola hebra,
la hebra codificantes (5’ → 3’)

Estructura secundaria del DNA: doble hélice.

Se descubrió a través de tecnología rayos X.
- Carbono C1’ de las dos cadenas están a la misma distancia en ambos pares de
bases (siempre es igual para el par A-T como para el par C-G).
- Apilamiento de bases.Cada par de bases representa una rotación de 36º respecto al
siguiente.
- Hay una distancia de 0.34 nm entre cada par de base.

Ambas cadenas son complementarias​, pues la

adenina de una se une a la timina de la otra, y la
guanina de una a la citosina de la otra, mediante
puentes de hidrógeno que le dan estabilidad a la
estructura.
- El par adenina-timina tiene 2 puentes de
hidrógeno.
- El par citosina-guanina tiene 3 puentes de
hidrógeno.
Ambas cadenas son antiparalelas, pues él extremo
3’ de una se enfrenta al extremo 5’ de la otra.
Las dos hebras están enrolladas en torno a un eje
imaginario, que ​gira en contra del sentido de las
agujas del reloj. Las vueltas de estas hélices se
estabilizan mediante puentes de hidrógeno.

DNA A, B y Z ​(lectura complementaria).

Doble hélice sufre variaciones dependiente de los tipos de bases que se encuentren. Son
deformaciones de la doble hélice dependiendo de los tipos de bases. Hay zonas del DNA
más difíciles de generar traducción o transcripción debido a la cantidad de genes y la
compactación.
Estructura terciaria del DNA: compactación.
El contenido de DNA de una célula diploide humana es de unos 8x10^9 pb, que se estima
tiene una longitud de 3 metros. Este DNA debe quedar empaquetado en un núcleo con un
diámetro de 10 um (10^-5 m).
Los cromosomas eucariontes no se
encuentran libremente en el
citoplasma. Cuando la células no se
están dividiendo los cromosomas se
encuentran al interior del núcleo
formando un complejo
DNA-proteína, llamado cromatina.

Cromatina​.
Material filamentoso de los
cromosomas eucariontes, formado
por DNA, histonas y otras proteínas
asociadas.
Nucleosoma​.
Unidad estructural de primer orden para el
empaquetamiento de la cromatina, que está formada por
146 pb de DNA que envuelven 1.75 veces un núcleo
octámero de proteínas histonas. Los siguientes
nucleosomas están conectados por fragmentos de DNA
conector o “linker”.

En la fibra de cromatina las proteína se agrupan a

intervalos de 200 pb a lo largo del DNA.

Nucleasa corta los nucleosomas debido a impedimento

estérico.

Proteínas del nucleosoma: H2A, H2B, H1(con DNA linker),

H3 y H4.

Formado por DNA y proteínas (histonas y no histonas).

Los nucleosomas se van enrollando entre sí mediante
enlaces no covalentes.
 REPLICACIÓN

Genotipo​.
Patrimonio genético característico de un organismo especie o individuo. Propiedad
inherente a los genes presentes en un organismo.

Fenotipo​.
Conjunto de características observables o medibles de un organismo, especie o individuo.
Las proteínas son las que dan cuenta de la función de ese gen. Manifestación externa del
genotipo de un organismo.

Gen​.
Entidad que codifica para un producto, donde el producto puede ser una proteína, un
péptido o RNA. Un gen constituye información almacenada. Los genes se encuentran a su
vez, en macromoléculas de información, llamadas ​ácidos nucleicos.

Genoma vs gen.

Dentro de un genoma existen regiones promotoras (hay regiones que dan cuenta de
promotores), inicio de transcripción, fin de traducción, etc. Las regiones que no codifican
generalmente son regiones regulatorias.

¿Cómo llegamos a saber que era el DNA el material genético?

- Experimento de Griffith (1928): hay dos cepas, una virulenta (que mata) y una
avirulenta (no mata). La cepa virulenta tiene una cápsula y expresa un fenotipo
distinto en las cápsulas, la cual protege a la bacteria (de macrófagos, etc).
 ¿Qué origina la transformación?
La sustancia inductora, de acuerdo a sus
propiedades físicas y químicas, parece
tratarse de un ADN altamente polimerizado y
viscoso. Por otro lado, él polisacárido
capsular tipo III, cuya síntesis está
provocada por ese agente transformador,
consiste principalmente de un polisacárido
no-nitrogenado. Por ello, es evidente que la
sustancia inductora y el producto resultante
son químicamente distintos y biológicamente
específicos en su acción, y que ambos son
necesarios en la determinación de la
especificidad del tipo de célula de la que
forman parte.

- Experimento de Hershey y Chase

(1952): se incorpora P32 y S35 para
distinguir grupos fosfatos y proteínas. Se
incorporan el P y S en el medio de
cultivo para marcar. Se descubre que los
virus inyectan el material genético a las
bacterias que contiene P.
Los nuevos fagos tienen un 30% del P32
y menos del 1% del S35.
Cápside contiene el 80% del S35.
Bacterias contienen el 70% del P32.
*Virus necesitan un hospedero para replicarse.

Dogma central de la biología molecular:

Replicación del RNA: virus RNA

Transcripción reversa: retrovirus.

DNA se replica, se transcribe a un RNA y se

traduce a una proteína.
Hay virus que replican su RNA y también
pueden transcribirlo inversamente en DNA.
Replicación semiconservativa.

- Modelo conservativo:​ en este modelo las

dos cadenas de ADN parentales se vuelven a
juntar después de que ocurre la replicación. Una
molécula hija contiene a ambas cadenas
parentales y la otra contiene al nuevo material
sintetizado.

- Modelo semiconservativo: en este

modelo las dos cadenas parentales del ADN se
separan y sirven de molde para la síntesis de
una nueva cadena de ADN. El resultado son dos
dobles hélices de ADN, donde ambas están
constituídas de una cadena parental y una
cadena nueva.

- Modelo dispersivo: en este modelo la

doble hélice parental es rota en segmentos de
doble cadena de ADN. Al igual que en él modelo
conservativo, actúan como moldes para la
síntesis de nuevas moléculas de doble hélice. Lo
segmentos se recomponen en dobles hélices de
ADN completas, cada una con segmentos
intercalados de padres e hijos.

Experimento de Messelson y Stahl.

Con el experimento de ​Messelson y Stahl ​se comprobó que la replicación era de tipo
semiconservativa. ​En este experimento se utilizaron bacterias, las cuales se cultivaron en
un medio con nitrógeno 15. Luego, estas mismas bacterias se extrajeron y se cultivaron en
un medio con nitrógeno 14, por lo cual se generó un ADN híbrido con nitrógeno 15 y
nitrógeno 14. Después, esta mezcla se centrifugó junto a cloruro de cesio, compuesto que
genera una gradiente de densidad en el tubo y que permitiría detectar la diferencia entre el
nitrógeno 14 y el nitrógeno 15, porque uno es más denso que el otro, por lo que uno estaría
más abajo que el otro. Al analizar el ADN de las generaciones con nitrógeno 15 solo se veía
una banda en el fondo. En las primeras generaciones replicadas (expuesto a nitrógeno 14 y
15) se hizo una sola banda situada en el intermedio del tubo porque tenía una densidad
intermedia. En el ADN las segundas generaciones salieron dos bandas, una estaba
intermedia y otra más alta, lo que significaba que había un ADN híbrido y otro ADN con sólo
nitrógeno 15, comprobando que la replicación era semiconservativa.

Origen de replicación: el replicón.

Secuencia de DNA en el cual interactúan una serie de proteínas.
La iniciación del proceso de replicación comienza por el reconocimiento de un origen (ori)
por una serie de proteínas, no es azarosa y comienza en estos puntos específicos.
Las secuencias requeridas para un origen de replicación varían según las especies.
Una de las diferencias de eucariontes y procariontes es la cantidad de estos orígenes de
replicación, en ​procariontes es generalmente ​uno​, mientras que en ​eucariontes son
varios​ (cientos).
Saccharomyces cerevisiae: 3-4 secuencias de 10-15 pb en regiones de 100-150 pb. Posee
aproximadamente 400 elementos ARS (Autonomously Replicating Sequences) en diferentes
cromosomas.

Replicón.
unidad de ADN en la cual ocurre un acto individual de replicación. Este debe poseer los
elementos de control necesarios para la replicación.

*Complejo de helicasa es fundamental para abrir las hebras de DNA.

 El ​origen de replicación ​puede ser usado para iniciar una
replicación ​unidireccional ​(plásmidos) o
bidireccional​(cromosomas bacterianos).
La entrada de DNA con gasto energético genera una
curvatura o torsión del DNA que permite una mejor
desnaturalización de esa zona, y por tanto, una mejor
entrada de helicasa y primasas, las cuales generan el
partidor. Es un proceso dirigido y secuencial, no es al azar.

Replicación del DNA

La síntesis de la cadena comienza con un complejo de
proteínas denominadas primosoma (primasa + helicasa).
La elongación la lleva a cabo otro complejo denominado
replisoma.
Enzimas que participan en el proceso de replicación del
DNA:
- DNA polimerasa
- Primasa (síntesis de partidor RNA 2-60 nucleótidos)
- Helicasa
- Ligasa (enlace fosfodiéster)
- Topoisomerasas (relajan el DNA permitiendo el
avance de la horquilla de replicación).

1. Replisoma.
Complejo enzimático de la replicación que coordina la síntesis de la dos cadenas,
consta de:

- DNA polimerasa:​ sintetiza el ADN con su función polimerasa 5’ a 3’.

- Primosoma: ​complejo multiproteico encargado de ejecutar los primeros pasos que
conducen a la replicación del ADN. sintetiza el ARN iniciador, cebador o primer.
Formado por enzimas primasa (partidor del ARN, fundamental en la hebra retrasada
para formar los fragmentos de Okazaki) y helicasa (separa o desenrolla El DNA).
- Proteínas SSB (proteína de unión a cadena sencilla): ​sirven para estabilizar a la
cadena rezagada evitando que se formen plegamientos.
- Topoisomerasas tipo I (rotura una cadena) y II (rotura de dos cadenas) que en
conjunto con la DNA ligasa permiten la relajación del superenrollamiento.
 2. DNA pol.
Son enzimas con actividad sintética que adicionan
nucleótidos uno a uno a un extremo 3’-OH, es un
ataque nucleofílico al primer fosfato, permitiendo la
liberación de pirofosfato y lograr que la reacción sea
favorable.
Todas las DNA pol sintetizan de 5’ a 3’.

DNA polimerasa procarionte.

En bacterias se conocen tres enzimas DNA
polimerasa, todas tienen la actividad exonucleasa 3’-5’
(actividad correctora de nucleótidos en caso de
errores).
DNA polimerasa I: un polipéptido de 103 kDa, única
con actividad exonucleasa 5’-3’. Mientras va
avanzando va sacando RNA e incorpora DNA (la
exonucleasa corta desde los extremos). También
presenta la actividad correctora 3’à5. ​Encargada de la
eliminación de los cebadores y el “relleno” del espacio
que dejan con ADN.
DNA polimerasa II: involucrada principalmente en la
reparación del DNA.
DNA polimerasa III: complejo enzimático. Replicasa.
El la principal encargada de la elongación del ADN,
durante la cual también realiza tareas de corrección.

DNA polimerasa eucarionte.

Está compuesta por diferentes subunidades con
funciones propias.

- DNA polimerasa ​α​.

DNA pol ​α humana es un
heterotetrámero:
P180 = subunidad catalítica (actividad
DNA pol).
P68 = linker.
P55 y P49 = actividad DNA primasa.

Está relacionada con la replicación

mitocondrial. Es la única ​autoiniciadora
(dentro de su subunidad, hay una con
actividad primasa, por lo que puede
colocar un partidor, no requiere que
 llegue otra enzima para comenzar a polimerizar).
Participa de la síntesis de primer en hebra retrasada.

- DNA polimerasa .
DNA pol humana es un heterotetrámero:
P125 = subunidad catalítica.
P66 = interacción entre subunidades.
P50 = multimerización, interacción con PCNA.
P12 = interacción entre subunidades.

Principalmente involucrada en la elongación en el proceso de replicación.

Al asociarse con proteínas (“pinzas de deslizamiento”) aumenta su baja procesividad
y este más tiempo en el DNA sin caerse.

- DNA polimerasa ε.
DNA pol ε humana es un heteroterámero:
P261 = subunidad catalítica.
P59 = multimerización.
P17 = interacción entre subunidades.
P12 = interacción entre subunidades.

Presenta actividad polimerasa 5’-3’ y 3’-5’ exonucleasa. Es similar a la DNA

polimerasa I. Autocorrección.

- ​DNA polimerasa β: ​su función principal es

la reparación del DNA.

- ​DNA polimerasa γ: ​Replicación de DNA

mitocondrial.