Bioquímica

Fernando González
Tema 7. Nucleótidos y Estructura Covalente De Los Ácidos Nucleicos

TEMA 7. NUCLEÓTIDOS Y ESTRUCTURA COVALENTE DE LOS ÁCIDOS

NUCLEICOS
CONTENIDOS:
1. Nucleótidos.
2. Enlace fosfodiéster.
3. Cadenas de ácidos nucleicos.
4. Emparejamiento de bases.
5. Experimento de Chargaff.
6. Estructura: Doble hélice de DNA.
7. RNA: Características, estructuras secundarias y tipos.
8. Diferencias y semejanzas entre el DNA y RNA.
9. Compuestos nucleotídicos que no forman parte del DNA o RNA.
10. Secuenciación de DNA.
11. Síntesis química del DNA.

Los seres vivos tienen capacidad de replicación para la continuación de la vida. Se necesita para
ellos almacenará la información completa del organismo y un sistema para transmitir la
información a las células hijas.
Watson y Crick (1953) postularon la hipótesis de la doble hélice del ADN.
Se revela…
→ la composición del DNA: nucleótidos
→ el apareamiento de los nucleótidos dentro de la estructura.
→ justifica la replicación del DNA
Se llega al DOGMA DE LA BIOLOGIA MOLECULAR

Nucleótidos
Los ácidos nucleicos están compuestos por moléculas anfipáticas, los nucleótidos, que van a determinar sus
características físicas y químicas.
Los nucleótidos son moléculas orgánicas formadas por la unión covalente de un monosacárido de cinco carbonos
(pentosa), una base nitrogenada y un grupo fosfato. Se denomina nucleósido a la unión de la base nitrogenada y la
pentosa. Cuando se une el grupo fosfato es cuando hablamos de nucleótido Cada nucleótido es un ensamblado de
tres componentes:
● Bases nitrogenadas: derivan de los compuestos heterocíclicos aromáticos purina y pirimidina.
 o Bases nitrogenadas purínicas: son la adenina (A) y la guanina (G). Ambas forman parte del DNA y
del RNA.
o Bases nitrogenadas pirimidínicas: son la timina (T), la citosina (C) y el uracilo (U). La timina y la
citosina intervienen en la formación del DNA. En el RNA aparecen la citosina y el uracilo.
● Pentosa: el azúcar de cinco átomos de carbono; puede ser ribosa (RNA) o desoxirribosa (DNA). La diferencia
entre ambos es que el ribosa posee un grupo OH en el segundo carbono mientras que la desoxirribosa posee
un -H en el carbono 2 . Se unen a la base nitrogenada mediante el carbono 1’ (anomérico) con un enlace
N-glucosídico. Se unen al fosfato en posición carbono 5’.
● Ácido fosfórico: de fórmula H3PO4. Cada nucleótido puede contener uno dos o tres grupos fosfato.

La nomenclatura de los nucleótidos es compleja, pero sigue

una estructuración. Los nucleótidos de bases púricas, como la
adenina, se denominan: Adenosín; mono, di o tri fosfato. La
adenosina es un nucleósido formado de la unión de la adenina
con un anillo de ribosa a través de un enlace glucosídico

AMP → Adenosín monofosfato.

ADP → Adenosín difosfato.

ATP → Adenosín trifosfato.

TODOS LOS NUCLEÓTIDOS

Enlace fosfodiéster
Los carbonos de la pentosa se nombran con números del 1’ al 5’, siendo el número uno el que está unido a la base
nitrogenada y número cinco el que está unido al grupo
fosfato. En el enlace fosfodiéster, se enlazan
covalentemente el grupo OH del carbono 3’ de la
pentosa del primer nucleótido y el grupo fosfato del
carbono 5’ de la pentosa del siguiente nucleótido. En
esta reacción se libera una molécula de agua y se
forma un dinucleótido. Los enlaces fosfodiéster son
esenciales para la vida, pues son los responsables del
esqueleto de las hebras de DNA y RNA. Los grupos
fosfato están cargados negativamente a pH neutro, es
por esta razón que se requiere de mucha energía para
formar el enlace fosfodiéster. La energía necesaria para
que el enlace ocurra proviene muchas veces de
nucleótidos que tienen más de un grupo fosfato,
especialmente la adenosina. La adenosina tri-fosfato
(ATP) es una gran fuente de energía.

Cadenas de ácidos nucleicos

Los ácidos nucleicos son grandes polímeros formados por la repetición de monómeros ​denominados nucleótidos,
unidos mediante enlaces fosfodiéster. Se forman largas cadenas; algunas moléculas de ácidos nucleicos llegan a
alcanzar tamaños muy grandes. Existen dos tipos básicos, el DNA y el RNA. La cadena de RNA es monocatenaria y la
cadena de DNA es bicatenaria. Todos los nucleótidos de la cadena tienen la orientación: 5’ → 3’. La ordenación de las
bases de 5’ -> 3’ constituye la secuencia del DNA.
Emparejamiento de bases
El emparejamiento de bases se refiere a la interacción entre bases nitrogenadas que da
origen a las formas híbridas o plegadas de los ácidos nucleicos, tanto en el DNA como en el
RNA. Las interacciones entre las bases se dan a través de puentes de hidrógeno entre
regiones específicas. El primer patrón de apareamiento modelado por Watson y Crick
describe la interacción G-C(guanina-citosina con 3 puentes de H), A-T(adenina-timina con 2
puentes de H) y como consecuencia la estructura de doble hélice del DNA. Las bases de una
hebra de ADN se aparean intermolecularmente con bases de su hebra complementaria,
mientras que en los RNA de cadena sencilla el apareamiento se da intramolecularmente
entre regiones complementarias cercanas dentro de la misma hebra. La adenina se
empareja con la timina A-T (en DNA) o el uracilo A-U (en RNA) mientras que la citosina se
empareja con la guanina G-C.

Experimentos de Chargaff (conclusiones)

1.- La composición de bases del DNA suele variar de una especie a otra.
2.- Las muestras de DNA extraído de tejidos diferentes de la misma especie tienen la misma composición de bases.
3.- La composición de bases del DNA de un organismo no varía con su edad, estado nutricional o variaciones
ambientales.
4.- En los DNA de todos tipos celulares y con independencia de la especie se mantenían las proporciones de bases
A=T y G=C, o lo que es lo mismo, A+G=T+C, o [purinas]=[pirimidinas]
Este resultado reflejaba por primera vez un aspecto estructural del DNA. Indicaba que, independientemente de la
composición de A o de G en un DNA, siempre la concentración de A es igual a la de T y la de C igual a la de G.
Sin embargo, las cantidades de A+T no tienen por qué ser iguales a G+C

Estructura: Doble hélice de DNA

Según el modelo de doble hélice, la estructura consiste en dos cadenas de polinucleótidos con las bases nitrogenadas
hacia dentro, enfrentadas entre sí formando parejas, de modo que siempre frente a una Adenina se sitúe una Timina
y frente a una Guanina, una Citosina. Se dice por
ello que las dos cadenas son complementarias,
pues conociendo la secuencia de bases de una, se
deduce la de la otra por complementariedad.
Esto requiere que ambas cadenas sean

antiparalelas, es decir, se orienten con distinta

polaridad en el espacio, de manera que si una tiene la dirección 5′ -> 3′, la otra se oriente en dirección 3′ -> 5′. La
imagen que representaría esta disposición es la de una escalera de mano en la que los peldaños serían los pares de
bases enfrentadas y las barandillas serían las dos cadenas de desoxirribosafosfato, lo que equivaldría a la estructura
primaria de la molécula. El DNA es una doble hélice enrollada alrededor del eje central de la molécula. Casi siempre
es dextrógira. La doble hélice se estabiliza por el efecto hidrofóbico, que favorece los enlaces de H entre las bases,
contactos de Van der Waals entre las bases apiladas y por interacción de los grupos fosfato con cationes (Mg2+). Las
bases se orientan de forma perpendicular al eje de la hélice.
Como resultado de la asimetría de cada par de nucleótidos el DNA presenta surcos de tamaño diferente, y como
cada par de bases gira unos 35º respecto al anterior, estos surcos se van repitiendo. Son las zonas donde las bases
nitrogenadas van a ser accesibles desde el exterior. Se van alternando así dos tipos de surcos: un surco mayor y un
surco menor. La mayor capacidad informativa se encuentra en el surco mayor como consecuencia de la mayor
variabilidad de los grupos químicos que presenta.

TIPOS DE ADN
El DNA puede existir en tres conformaciones distintas: B, A y Z. En las células aparece la conformación B. El DNA-A
es un tipo estructural de DNA, diferente del modelo propuesto por Watson y Crick que aparece en condiciones de
humedad escasa y menor temperatura. Se trata de una doble hélice dextrógira, al igual que el DNA-B. En
comparación a la doble hélice del DNA-B, ésta es más abierta. Las bases nitrogenadas están más próximas entre sí y
localizadas más simétricamente respecto al centro. El DNA-B
corresponde con el modelo de la Doble Hélice. El DNA-B es una
doble hélice enrollada helicoidalmente. Cada hélice es una serie de
nucleótidos unidos por enlaces fosfodiéster. Las dos hélices se
mantienen unidas mediante puentes de hidrogeno producidos
entre las bases nitrogenadas de cada hélice. Las dos hélices por
razones de complementariedad de las bases nitrogenadas son
antiparalelas. La conformación Z está favorecida por un elevado
contenido en G-C. Las secuencias de DNA pueden pasar de la forma
B hacia la forma Z y viceversa. La formación de DNA -Z se produce
durante la transcripción de genes. En la imagen el de la derecha es
el DNA-A, el del medio DNA-B y el derecho el DNA-Z

RNA: Características, estructuras secundarias y tipos.

El RNA se puede definir como la molécula formada por una cadena
simple de ribonucleótidos, cada uno de ellos formado por ribosa,
un fosfato y una de las cuatro bases nitrogenadas (adenina,
guanina, citosina y uracilo). El RNA celular es lineal y monocatenario
(de una sola cadena). Este puede formar estructuras secundarias: El
RNA se pliega como resultado de la presencia de regiones cortas con
apareamiento intramolecular de bases, es decir, pares de bases
formados por secuencias complementarias más o menos distantes
dentro de la misma hebra. La estructura secundaria se refiere,
entonces, a las relaciones de apareamiento de bases. Encontramos
diversos tipos de estructuras secundarias: bucle (loop), bucle en
horquilla, bucle interno, etc.

Además, encontramos diferentes tipos de RNA, entre los que destacamos: RNAmensajero (RNAm), RNAribosómico
(RNAr) y el RNA de transferencia (RNAt).
El RNA mensajero es el ácido ribonucleico que transfiere el código genético procedente del DNA del núcleo celular a
un ribosoma en el citoplasma. A pesar de que la mayoría de los RNAm eucarióticos son monocistrónicos, es decir,
contienen información para una sola cadena polipeptídica, algunos estudios han demostrado que ciertos genes
eucarióticos organizados en grupos se transcriben como policistrónicos al igual que en los organismos procariotas.
Los RNAm policistrónicos codifican más de una proteína.

mRNA Eucariotas Procariotas

Estables Lábiles
Monocistrónicos Policistrónicos
Muchas secuencias sin sentido Secuencias sin sentido
Modificaciones post-transcripcionales
en 3‘ y 5’ Secuencias ricas en purinas
Exones e intrones

Protección por la CAP (RNAm en eucariotas): Inicia con la adición al extremo 5' de la estructura denominada CAP que
es un nucleótido modificado de guanina (7-metilguanosina) que se añade al extremo 5' de la cadena del RNAm
transcrito primario. Esta CAP es necesaria para el proceso normal de traducción del RNA y para mantener su
estabilidad.

El ácido ribonucleico ribosómico o ribosomal es un RNA que forma

parte de los ribosomas. Los ribosomas contienen dos principales
tipos de RNAr que forman dos subunidades: la subunidad mayor y la
subunidad menor. El RNAr es el tipo de RNA más abundante en las
células y está formado por una sola cadena de nucleótidos, aunque
presenta regiones de doble hélice intracatenaria.

El RNA de transferencia es aquel que transfiere las moléculas de

aminoácidos a los ribosomas, para posteriormente ordenarlos a lo
largo de la molécula de RNA mensajero (RNAm); estos aminoácidos
se unen por medio de enlaces peptídicos para formar proteínas
durante el proceso de síntesis de proteínas. Cada tipo de RNAt se
combina específicamente con 1 de los 20 aminoácidos que se van a incorporar en las proteínas. Existe una molécula
de RNAt para cada aminoácido, con una tripleta específica de bases no apareadas, el anticodón, codón y el RNA
(ribosomal). El RNA de transferencia, que contiene sólo 80 nucleótidos, es una molécula relativamente pequeña
comparada con la del RNA mensajero. En la estructura secundaria de los RNAt se distinguen las siguientes
características:
● Brazo aceptor formado por el extremo 5' y el extremo 3'
● El bucle (o brazo) TΨC, que actúa como lugar de reconocimiento del ribosoma.
● El bucle (o brazo) D, cuya secuencia es reconocida de manera específica por una de las veinte enzimas.
● El bucle situado en el extremo del brazo largo del "búmeran", que contiene una secuencia de tres bases
llamada anticodón.
Diferencias entre DNA y RNA
DNA RNA
Tamaño Pocas moléculas de gran tamaño Mucho más cortos, pero más
abundantes
Bases A=T y C=G A=U y C=G
Azúcar Desoxirribosa Ribosa
Reactividad Poco reactivo Muy reactivo (-OH en 2’)
2 hebras 1 hebra
Estructura 1 molécula en procariotas y unas En procariotas y eucariotas existen
pocas en eucariotas que se tres tipos: RNAm, RNAr, y RNAt. En
organizan en fibras se cromatina eucariotas también RNAnh y RNA sn
Slmacenar información genética RNAm es el portador de la
completa para: información contenida en el DNA
a) Especificar las estructuras que se traduce en secuencia de
de proteínas y ácido aminoácidos
nucleicos RNAr constituye los ribosomas hasta
b) Programar la biosíntesis el 75%
Función ordenada de todos los RNAt sirven de adaptadores para la
componentes celulares traducción de la secuencia de
c) Determinar las actividades nucleótidos
del organismo a lo largo de RNAm en secuencia de aminoácidos
su ciclo vital de las proteínas
d) Definir la individualidad de RNAnh es el precursor del RNAm
un organismo RNAsn participa en la elaboración
de los RNA

Semejanzas entre DNA y RNA

1. Compuestos macromoleculares.
2. Carácter polimérico: repetición de unidades sencillas, los nucleótidos, compuestos por una base nitrogenada, un
azúcar pentosa y fosfato.
3. Diferentes niveles de complejidad estructural.
4. Carácter ácido. Grupos fosfato ionizados a pH 7.
5. Absorben luz ultravioleta a diferentes longitudes de onda
debido a la presencia de bases púricas o pirimidínicas.
6. Ambos están situados en el núcleo.
7. Los dos son ácidos nucleicos.

Compuestos nucleotídicos que no forman parte del DNA o RNA.

● NAD-NADP: El dinucleótido de nicotinamida y adenina es una coenzima que se halla en las células vivas y que
está compuesta por un dinucleótido, es decir, por dos nucleótidos, unidos a través de grupos fosfatos: uno de
ellos es una base de adenina y el otro, una nicotinamida. Su función principal es el intercambio de electrones
y protones y la producción de energía de todas las células.
● NTP(nucleótidos trifosfato): Relacionado con moléculas portadoras de energía.
● Nucleótidos cíclicos: Señalización intracelular (AMPc, GMPc).
Secuenciación del DNA
La secuenciación del DNA es un conjunto de métodos y técnicas bioquímicas cuya finalidad es la determinación del
orden de los nucleótidos (A, C, G y T). La secuencia de ADN constituye la información genética heredable que forman
la base de los programas de desarrollo de los seres vivos. Allan Maxam y Walter Gilbert desarrollaron un método
para secuenciar DNA basado en la modificación química del DNA y posterior escisión en bases específicas. El método
requiere marcaje radiactivo en uno de los extremos y la purificación del fragmento de DNA que se desea secuenciar.
El tratamiento químico genera rupturas en una pequeña proporción de uno o dos de los cuatro nucleótidos en cada
una de las cuatro reacciones (G, A+G, C, C+T).
Existen Técnicas electroforéticas que permiten separar hebras de DNA que se diferencian en un solo nucleótido de
tamaño.
Método de Sanger: En primer lugar, se llevan a cabo cuatro reacciones distintas en tubos diferentes. Cada uno de los
tubos va a contener una mezcla que contiene la misma cadena molde, la DNA polimerasa, un cebador marcado
radiactivamente, los cuatro nucleótidos normales (dNTP) y uno de los cuatro dideoxinucleótidos (ddNTP). Así, el
cebador, por complementariedad, se une a la hebra molde favoreciendo su reconocimiento por la ADN polimerasa y
el inicio de la síntesis de la nueva hebra. La DNA polimerasa va añadiendo dNTPs hasta que, de forma aleatoria,
incorpora el ddNTP, por ejemplo, el ddATP (cada uno de los tubos contiene un ddNTP distinto) y se interrumpe la
síntesis. De esta forma, en el tubo van a aparecer fragmentos secuenciados de diferentes tamaños e interrumpidos
por el ddNTP del mismo tipo (en este caso ddATP). En el segundo tubo, habrá una mezcla de fragmentos
secuenciados interrumpidos por otro ddNTP (por ejemplo, ddGTP), en el tercero por otro (ddCTP) y en el cuarto por
el último (ddTTP). A continuación, el contenido de cada uno de los tubos se corre en carreras diferentes de un gel de
acrilamida. Finalmente, tras separar en función del tamaño, y gracias al cebador marcado radiactivamente, se van a
poder contemplar diferentes bandas que van a poder ser traducidas en diferentes nucleótidos.

Síntesis química del DNA

La síntesis de oligonucleótidos es la síntesis química de fragmentos relativamente cortos de ácido nucleico con una
secuencia estructural química definida con la cadena en crecimiento unida a un soporte sólido. La técnica es
extremadamente útil en la práctica actual en laboratorios. Mientras que las enzimas sintetizan DNA y RNA en una
dirección de 5' a 3', la síntesis de oligonucleótidos se
lleva a cabo en el sentido opuesto, en la dirección 3' a
5'.Los oligonucleótidos tienen muchas aplicaciones
tanto en el campo de biología molecular como en
medicina. Son comúnmente utilizados como
oligonucleótidos de antisentido, partidores para
secuenciación de DNA y amplificación, sonda
genética para detectar DNA o RNA complementario
vía hibridación molecular, herramientas para la
introducción dirigida de mutaciones y sitios de restricción, y para la síntesis artificial de genes.