Resumen Capitulo 3

Punto 3.4: Estructura de las proteínas: estructura primaría.

Se definen normalmente cuatro niveles de estructura de las proteínas.:

1. La estructura primaria es una descripción de todos los enlaces covalentes (principalmente

enlaces peptídicos y puentes disulfuro) que unen los aminoácidos de una cadena
polipeptídica. El elemento más importante de la estructura primaria es la secuencia de los
residuos aminoácidos.
2. La estructura secundaria se refiere a disposiciones particularmente estables de los
aminoácidos que dan lugar a patrones estructurales repetitivos.
3. La estructura terciaria describe todos los aspectos del plegamiento tridimensional de un
polipéptido. Cuando una proteína posee dos o más subunidades polipeptídicas, su
disposición en el espacio se denomina estructura cuaternaria.

la estructura primaria de una proteína determina la forma en que se pliega en una estructura
tridimensional única y ésta, a su vez, determina la función de la proteína

La función de una proteína depende de su secuencia de aminoácidos.

 Cada tipo de proteína también tiene una secuencia de aminoácidos única.
 Una observación general sobre las proteínas y sobre sus variaciones en la secuencia de
aminoácidos proporciona una serie de pistas empíricas que ayudan a sustanciar la
importante relación entre secuencia de aminoácidos y función biológica.
 Sabemos, por tanto, que si se altera la estructura primaria, la función de la proteína
también puede cambiar.
 Se calcula que entre el 20 y el 30% de las proteínas humanas son polimórficas

Se ha determinado la secuencia de aminoácidos de millones de proteínas.

 La identificación del residuo amino-terminal puede ser el primer paso de la secuenciación
de un polipéptido.
 El procedimiento de la degradación de Edman permite obtener la secuencia completa de
un péptido.

Los polipéptidos cortos se secuencian utilizando procedimientos automáticos.

 para marcar e identificar el residuo amino-terminal Sanger desarrolló el reactivo l-fluoro-
2,4-dini trobenceno (FDNB), otros reactivos utilizados son el cloruro de dabsilo y el cloruro
de dabsilo, que generan derivados más fácilmente detectables que los derivados
dinitrofenilados.
 la etapa de hidrólisis destruye el polipéptido sin embargo, puede ayudar a determinar el
número de polipéptidos químicamente diferentes en una proteína, siempre que cada uno
tenga un residuo amino-terminal diferente.
 la degradación de Edman, marca y elimina sólo el residuo amino-terminal de un péptido,
dejando el resto de enlaces peptídicos intactos. Se hace reaccionar el péptido con
fenilisotiocianato en condiciones alcalinas suaves, lo que convierte el aminoácido amino-
 terminal en un aducto feniltiocarbamilo (PTC). El enlace peptídico contiguo al aducto de
PTC se rompe a continuación mediante reacción en ácido tricloroacético anhidro, que
conlleva la eliminación del aminoácido amino-terminal en forma de anilinotiazolinona. El
aminoácido modificado se extrae con disolventes orgánicos, se convierte en un derivado
más estable, feniltiohidantoína, mediante tratamiento con ácido en disolución acuosa y
finalmente se identifica.
 La degradación de Edman se realiza en un instrumento, denominado secuenciador.

Las proteínas grandes deben secuenciarse a partir de fragmentos más pequeños.

 La precisión global en la determinación de una secuencia de aminoácidos disminuye
generalmente a medida que aumenta la longitud del polipéptido.
 En primer lugar se rompe la proteína en un conjunto de fragmentos específicos
mediante métodos químicos o enzimáticos. Si existen puentes disulfuro, es necesario
romperlos. A continuación se purifica cada fragmento y se secuencia mediante el
procedimiento de Edman. Finalmente se determina el orden en que los fragmentos
aparecen en la proteína original y se determina dónde están localizados, si es que los
hay, los enlaces disulfuro.
 Rotura de los enlaces disulfuro: Los puentes disulfuro interfieren en el procedimiento
de secuenciación
 Los puentes disulfuro también interfieren en la rotura enzimática o química del
polipéptido
 Rotura de la cadena polipeptídica: Los enzimas denominados proteasas catalizan la
rotura hidrolítica de los enlaces peptídicos.
 Rotura de puentes disulfuro en proteínas: La oxidación de un residuo de cistina con
ácido perfórmico produce dos residuos de ácido cisteico. La reducción con ditiotreitol
o Beta-mercaptoetanol que da lugar a residuos de Cys se ha de seguir con una
modificación adicional de los grupos —SH reactivos para impedir la reformación del
puente disulfuro. La acetilación con yodoacetato es útil en este último caso.
 Secuenciación de los péptidos: Todos los fragmentos peptídicos resultantes de la
acción de la tripsina se secuencian separadamente por el procedimiento de Edman.
 Ordenación de los fragmentos peptídicos: Ahora debe determinarse el orden de estos
“fragmentos trípticos” en la cadena polipeptídica original.
 el bromuro de cianógeno sólo rompe aquellos enlaces peptídicos en los que el grupo
carbonilo es aportado por Met.
 Localización de los puentes disulfuro: Si la estructura primaria incluye puentes
disulfuro, su Localización se determina en un paso adicional una vez completada la
secuenciación.
Las secuencias de aminorados se pueden deducir también mediante otros métodos.

Cada aminoácido está codificado por una secuencia específica de tres nucleótidos en el
DNA.
 Para describir el complemento proteico entero codificado por el DNA de un organismo, los
investigadores han acuñado el término proteoma.
 Las moléculas para analizar, a las que nos referimos como analitos.
 como espectrometría de masas de ionización/desorción por láser asistida por matriz
(matrix-assisted láser desorption/ ionization) o MALDI MS, se ha utilizado con éxito para
medir la masa, de una gran variedad de macromoléculas.
 El disolvente que rodea las macromoléculas se evapora rápidamente y los iones con
múltiples cargas resultantes se introducen de esta forma en la fase gas de manera no
destructiva. Esta técnica se denomina espectrometría de masas de ionización por
electrospray o ESI MS.

Es posible sintetizar químicamente péptidos y proteínas pequeñas.

 Existen tres manera de obtener un péptido:
1. por purificación a partir del tejido, tarea a menudo dificultada por las concentraciones
extremadamente pequeñas de algunos péptidos.
2. mediante ingeniería genética.
3. por síntesis química directa.

La secuencia de aminoácidos proporciona información bioquímica importante.

Gran parte de la información funcional encapsulada en las secuencias proteicas se presenta en la
forma de secuencias consenso. Este término se aplica a secuencias de RNA, DNA o proteína.

la secuencia consenso es la que contiene la base o el aminoácido más frecuente en cada posición.

Las secuencias de proteínas permiten deducir ia historia de la vida en la Tierra.

Bioinformática.

Otro factor que complica la deducción de la historia evolutiva es la poco frecuente transferencia
de un gen o grupo de genes de un organismo a otro, según un proceso que se denomina
transferencia génica lateral.

Los miembros de las familias de proteínas son proteínas homólogas u homólogos.

Si dos proteínas de una misma familia (es decir, dos homólogos) se encuentran en la misma
especie, nos referimos a ellos como parálogos. Los homólogos de especies cüferentes se
denonünan ortólogo