Estructura de proteínas (estructura primaria)

La estructura primaria es una descripción de todos los enlaces covalentes

(principalmente enlaces peptídicos y puentes disulfuro) que unen los aminoácido
de una cadena polipeptídica. El elemento más importante de la estructura primaria
es la secuencia de aminoácidos.

La estructura secundaria se refiere a disposiciones muy estables de los residuos

aminoácidos que dan lugar a patrones estructurales recurrentes.

La estructura terciaria describe todos los aspectos del plegamiento tridimensional

de un polipéptido.

La estructura cuaternaria está representada por el acoplamiento de varias

cadenas polipeptídicas, iguales o diferentes, con estructuras terciarias
(protómeros) que quedan autoensambladas por enlaces débiles, no covalentes.

La función de una proteína depende de su secuencia de aminoácidos

Cada tipo de proteína tiene una secuencia de aminoácidos única que le confiere
una estructura tridimensional particular.
Esta estructura es la que a su vez le confiere una función única.
Proteínas con funciones diferentes siempre tienen secuencias de aminoácidos
diferentes.
Se han correlacionado miles de enfermedades genéticas humanas con la
producción de proteínas defectuosas.
El defecto puede ir desde un único cambio en la secuencia de aminoácidos a la
eliminación de una parte mayor de la cadena polipeptídica.
En el caso de la distrofia muscular una eliminación de una gran porción del gen
que codifica la proteína distrofina da lugar a la producción de una proteína más
corta e inactiva.
Se calcula que entre el 20 y el 30 % de las proteínas humanas son polimórficas,
que presentan secuencias de aminoácidos variables entre la población humana.
Muchas de estas variaciones de secuencia no tienen ningún efecto, o muy poco,
sobre la función de la proteína. Además, proteínas que llevan a cabo una función
similar en especies distantes evolutivamente pueden diferir de manera importante
en el tamaño global y en la secuencia de aminoácidos.
La mayoría de proteínas contienen regiones cruciales que son esenciales para su
función y cuya secuencia se encuentra, por tanto, conservada. Esta fracción de
secuencia crítica varía de proteína a proteína, lo que complica la tarea de
relacionar secuencia con estructura tridimensional y estructura con función.

Determinación de la secuencia de aminoácidos de una proteína

En 1958 James D. Watson y Francis Crick dedujeron la estructura en doble hélice
del DNA y propusieron la base estructural para explicar su precisa replicación.
Frederick Sanger resolvió la secuencia de aminoácidos de las cadenas
polipeptídicas de la hormona insulina
Muy pronto resultó evidente que la secuencia de nucleótidos del DNA y la
secuencia de aminoácidos de las proteínas estaban, de algún modo, relacionadas.
Tan solo una década después de estos descubrimientos se había determinado el
código genético que relaciona la secuencia nucleotídica del DNA con la secuencia
de aminoácidos de las moléculas proteicas.
Según el esquema tradicional de secuenciación de proteínas grandes, se
determinaba en primer lugar la identidad del residuo amino-terminal mediante
inarcaje.
El grupo a-amino del extremo amino-terminal puede marcarse con 1-fluoro-2,4-
dinitrobenceno (FDNB), cloruro de dansilo o cloruro de dabsilo
El método de la degradación de Edman, marca y elimina sólo el residuo amino-
terminal de un péptido, dejando el resto de enlaces peptídicos intactos. Se hace
reaccionar el péptido con fenilisotiocianato en condiciones alcalinas suaves, lo que
convierte el aminoácido amino-terminal en un aducto feniltiocarbamolo (PTC). El
enlace peptídico contiguo al aducto de PTC se rompe a continuación mediante
reacción en ácido trifluoroacético anhidro, que conlleva la eliminación del
aminoácido amino-terminal en forma de un derivado anilinotiazolinona. El
aminoácido modificado se extrae con disolventes orgánicos, se convierte en un
derivado más estable, feniltio-hidantoína, mediante tratamiento con una disolución
acuosa de ácido, y, finalmente, se identifica.
El proceso se repite hasta, normalmente, la identificación de unos 40 residuos
secuenciales de aminoácido.
Los enzimas denominados proteasas catalizan la rotura hidrolítica de los enlaces
peptídicos. Algunas proteasas cortan solamente los enlaces peptídicos
adyacentes a residuos aminoácidos específicos y, por tanto, fragmentan una
cadena polipeptídica de forma predecible y reproducible.
Varios reactivos químicos también cortan los enlaces peptídicos adyacentes a
residuos específicos
La elección de un reactivo para romper la proteína en péptidos más pequeños
puede beneficiarse de la determinación previa de la composición de aminoácidos
de la proteína entera tratada con ácido para reducirla a sus aminoácidos
constituyentes.
En el método clásico de secuenciación se procedería a cortar la proteína dos
veces, usando cada vez una proteasa o un reactivo químico diferentes, de manera
que los extremos de los fragmentos fueran diferentes.
los métodos usados para romper enlaces disulfuro pueden usarse para
desnaturalizar proteínas cuando sea necesario.
Otros residuos aminoácidos son modificados con reactivos unidos a un colorante o
a otro tipo de molécula, lo que permite la detección de proteína o llevar a cabo
estudios funcionales.

Espectrometría de masas
La espectrometría de masas proporciona una medida muy exacta de la masa
molecular de una proteína permiten obtener muy rápidamente las secuencias de
múltiples fragmentos polipeptídicos cortos (de 20 a 30 aminoáçidos) procedentes
de una muestra de proteína.
Las moléculas a analizar, (analitos), se ionizan en primer lugar en el vacío.
Cuando las moléculas recién cargadas se introducen en un campo eléctrico y/o
magnético, sus trayectorias a través del campo son función de su relación masa-
carga, m/z. La medición de esta propiedad de las especies ionizadas puede
utilizarse para deducir la masa (m) del analito con una precisión muy elevada.
Sin embargo Esto no podría aplicarse a macromoléculas tales como las proteínas
y los ácidos nucleicos. Las medidas de m/z se realizan sobre moléculas en fase
gaseosa, y el calentamiento u otros tratamientos necesarios para llevar una
macromolécula a la fase gaseosa causaban normalmente su rápida
descomposición.

Se desarrollaron dos técnicas diferentes para superar este problema. En una de

ellas, las proteínas se colocan dentro de una matriz capaz de absorber luz. Con un
pulso corto de luz láser, las proteínas se ionizan y a continuación se desorben de
la matriz hacia el sistema de vacío. (MALDI MS)

En un segundo proceso, que también da muy buenos resultados, se fuerza a

macromoléculas en disolución a pasar de la fase líquida a la fase gaseosa
directamente. Se hace pasar una disolución de analitos a través de una aguja
cargada que se mantiene a un elevado potencial eléctrico, con la consiguiente
dispersión de la disolución en una fina niebla de microgotas cargadas. El
disolvente que rodea las macromoléculas se evapora rápidamente, dejando iones
macromoleculares con múltiples cargas en la fase gaseosa. (ESI MS)
La m/z de la molécula puede analizarse en la cámara de vacío.

Una vez que se conoce con precisión la masa de una proteína, la espectrometria
de masas es un método práctico y preciso para detectar cambios de masa debidos
a la presencia de cofactores unidos, iones metálicos unidos, modificaciones
covalentes, etc.
La información secuencial se obtiene utilizando una técnica denominada MS en
tán-dem, o MS/MS. Una disolución que contiene la proteína que se está
investigando se trata en primer lugar con una proteasa o un reactivo químico para
hidrolizarla a una mezcla de péptidos más cortos. La mezcla se inyecta entonces
en un dispositivo que consiste esencialmente en dos espectrómetros de masas
En el primero de ellos se separa la mezcla de péptidos de forma que sólo uno de
los diversos tipos de péptidos producidos por la fragmentación sale por el otro
extremo. el peptido selecionado viaja entonces a través de una cámara de vacío
entre los dos espectrómetros de masas.
En esta cámara de colisión, el péptido vuelve a fragmentarse por impactos de
elevada energía con un "gas de colisión" en promedio cada péptido individual se
rompe en un solo sitio. A pesar de que las roturas no son hidrolíticas, la mayoría
de ellas tienen lugar en el enlace peptídico.
El segundo espectrómetro de masas mide entonces las relaciones m/z de todos
los fragmentos cargados.
Este proceso genera uno o más conjuntos de picos. Un determinado conjunto de
picos La diferencia de masa de pico a pico identifica el aminoácido que se ha
perdido en cada caso, revelando así la secuencia del péptido. Las únicas
ambigüedades implican la leucina y la isoleucina, que tienen la misma masa.

Los diversos métodos utilizados para obtener información sobre la

secuencia proteica se complementan.
El procedimiento de degradación de Edman sirve, a veces, para obtener
información secuencial sólo del extremo amino-terminal. Sin embargo, es
relativamente lento y requiere mayor cantidad de muestra que la espectrometría
de masas.
La espectrometría de masas es el método de elección para identificar proteínas
presenten en cantidades muy pequeñas. La técnica es, por ejemplo, lo suficiente.
mente sensible coro para analizar los pocos centenares de nanogramos de
proteína
La secuenciación por cualquiera de los dos métodos puede desvelar cambios en
la secuencia proteica que sean producto de la modificación del RNA mensajero en
eucariotas, por este es que ambas son de gran importancia.

Es posible sintetizar químicamente algunos péptidos y proteínas pequeñas.

Muchos péptidos son potencialmente útiles como agentes farmacológicos por lo
que su producción es de considerable importancia comercial.
La complejidad de las proteínas hace que las estrategias sintéticas tradicionales
de la química orgánica no sean prácticas para péptidos de más de cuatro o cinco
aminoácidos. Uno de los problemas es la dificultad de purificar el producto
después de cada paso.
El principal avance en esta tenología fue protagonizado por R. Bruce Merrifield en
1962. Su innovación consistía en que la síntesis del péptido se llevaba a cabo
manteniéndolo unido por un extremo a un soporte sólido. El soporte es un
polímero insoluble (resina) conte-nido dentro de una columna, similar a las
utilizadas en los procedimientos cromatográficos. El péptido se construye sobre
este soporte, adicionando aminoácido a aminoácido y utilizando un conjunto
estándar de reac-ciones que siguen un ciclo repetitivo . En cada paso sucesivo del
ciclo, grupos químicos protectores bloquean las reacciones no deseadas.
Los procedimientos químicos se han optimizado hasta permitir la sintesis de
proteínas de una longitud de 100 aminoácidos en unos pocos días con un
rendimiento razonable.
Sin embargo es preciso señalar que la misma proteína de 100 aminoácidos seria
sintetizada con una fidelidad exquisita en unos 5 segundos por una célula
bacteriana.

La secuencia de aminoácidos proporciona información bioquímica

importante
El conocimiento de la secuencia de aminoácidos de una proteína puede
proporcionar datos acerca de su estructura tridimensional y función, su
localización celular y su evolución.
No se conoce con detalle el modo en que la secuencia de aminoácidos determina
la estructura tridimensional, ni puede predecirse siempre la función a partir de la
secuencia. Sin embargo, existen familias de proteínas que tienen algunas
características estructurales o funcionales compartidas que pueden identificarse
rápidamente sobre la base de la similitud de las secuencias de aminoácidos.
Proteinas individuales se asignan a familias, en función de la similitud de sus
secuencias de residuos, entre una familia son parecidas entre un 25% o mas,
algunas familias se definen por identidades que afectan solamente a un pequeño
número de residuos aminoácidos que son críticos para alguna función
determinada. Diversas subestructuras similares o "dominios" se hallan presentes
en muchas proteínas no relacionadas funcionalmente.
Ciertas secuencias de aminoácidos sirven con frecuencia como señales que
determinan la localización celular, la modificación química y la vida media de una
proteína. Secuencias señal especiales, situadas normalmente en el extremo
amino, sirven para dirigir ciertas proteínas hacia la exportación extracelular,
mientras que otras proteínas contienen marcas para su distribución hacia el
núcleo, la superficie celular, el citosol u otras localizaciones celulares.

Las secuencias de proteínas permiten deducir la historia de la vida en la

Tierra
Toda función proteica reside en su estructura tridimensional que, a su vez, viene
determinada principalmente por su estructura primaria. De este modo, la
información bioquímica deducible de una secuencia proteica sólo está limitada por
nuestro grado de comprensión de los principios estructurales y funcionales.
las secuencias de proteínas están empezando a aportar datos acerca de la
evolución de las propias proteínas y, en último término, de la evolución de la vida
en el planeta.
si dos organismos están estrechamente relacionados, las secuencias de sus
genes y proteínas serán muy similares. Las secuencias son cada vez más
divergentes al aumentar la distancia evolutiva entre dos organismos.
Las secuencias de proteínas ofrecen la oportunidad de refinar en profundidad la
información disponible. Gracias a los proyectos genoma que investigan
organismos que van desde bacterias a humanos, el número de secuencias
disponibles crece a una enorme velocidad. Esta información sirve para seguir la
historia biológica.
Los residuos aminoácidos esenciales para la actividad de una determinada
proteína se conservan a lo largo del tiempo evolutivo. Aquellos residuos menos
importantes para la función pueden sufrir ciertas variaciones durante la historia, es
decir, puede haber sustituciones de aminoácidos
Algunas proteínas tienen un número mayor de residuos aminoácidos variables que
otras.
Por esta y otras razones, proteínas diferentes pueden evolucionar a velocidades
distintas.
Los genes transferidos pueden ser muy similares a los genes de los que derivaron
en los organismos de partida, mientras que la mayor parte del resto de genes de
los dos organismos pueden tener relaciones evolutivas muy distantes.
Los miembros de las familias de proteínas son proteínas homólogas u homólogos.
Se puede refinar más el concepto de homólogo. Si dos proteínas de una misma
familia (es decir, dos homólogos) se encuentran en la misma especie, nos
referimos a ellos como parálogos. Los homólogos de especies diferentes se
denominan ortólogos. El proceso de reconstrucción de la evolución implica la
previa identificación de familias adecuadas de proteínas homólogas para usarlas a
continuación en la reconstrucción de los caminos evolutivos.
La consideración de las propiedades químicas de los aminoácidos sustituidos
permite establecer un análisis más útil. Muchas de las sustituciones de
aminoácidos observadas en una familia de proteínas pueden ser de tipo
conservador, es decir, aquellas en las que un residuo aminoácido está
reemplazado por otro de propiedades químicas similares.
Para usar una familia de proteínas en estudios evolutivos es necesaria la
identificación de miembros de esta familia con funciones moleculares similares en
la gama de organismos lo más amplia posible.
Tomando en consideración la totalidad de la secuencia de una proteína, se pueden
construir ahora árboles evolutivos más elaborados que incluyan muchas especies
en cada grupo taxonómico.
El árbol puede refinarse en base a las secuencias de múltiples proteínas y
mediante la adición de datos sobre propiedades bioquímicas y fisiológicas únicas
de cada especie.