clasificación de las proteínas

Las proteínas (del griego: πρωτεῖος [prōteîos] ‘fundamental, principal’)1 o prótidos2 son

macromoléculas formadas por cadenas lineales de aminoácidos. Las proteínas están
formadas por aminoácidos y esta secuencia está determinada por la secuencia de
nucleótidos de su gen correspondiente (llamados genes estructurales). La información
genética determina qué proteínas tiene una célula, un tejido y un organismo.34

La síntesis de las proteínas se presenta a través de la traducción ribosomal, es decir que

está a cargo de los ribosomas y guiada por la información de una molécula de ARNm que
actúa como molde.5

Muchas proteínas están compuestas por una sola cadena polipeptídica, por lo que se les
llama proteínas monoméricas. Por otro lado, las proteínas oligoméricas presentan más
de una cadena, que puede ser una copia adicional de la misma o una cadena diferente, y a
cada cadena polipeptídica se le llama subunidad. Las proteínas oligoméricas presentan
estructura cuaternaria. La mioglobina es un ejemplo de proteína monomérica y la
hemoglobina de proteína oligomérica.

Las proteínas pueden presentar adicionalmente una molécula orgánica o bien uno o más
iones6 para ser completamente funcionales, como es el caso de la mayoría de enzimas. Los
grupos prostéticos son estos componentes orgánicos no proteicos que están unidos
fuertemente a la proteína y que hacen posibles sus funciones. Por otro lado, los iones unidos
a las proteínas son cofactores.

Son biomoléculas muy diversas y son esenciales para la vida. La mayoría de proteínas
desempeñan más de una función (ver más adelante).

Son polímeros constituidas por 3 unidades estructurales llamados aminoácidos.7 Las

proteínas son necesarias para la vida, sobre todo por su función plástica (constituyen el 80 %
del protoplasma deshidratado de toda célula), pero también por sus funciones
biorreguladoras (forman parte de las enzimas) y de defensa (los anticuerpos son proteínas).8
Por este motivo el crecimiento, la reparación y el mantenimiento del organismo dependen de
ellas.9 Representan alrededor del 50 % del peso seco de los tejidos.10

Se clasifican de acuerdo a diversos criterios de forma general, localización, función,

composición o elementos estructurales. A la fecha no existe un sistema único de
clasificación.
La localización espacial y temporal de las proteínas depende de la regulación de la expresión
genética. Por lo tanto, son susceptibles a señales o factores externos. El conjunto de las
proteínas expresadas en una circunstancia determinada es denominado proteoma

Muchos organismos presentan otras biomoléculas formadas por aminoácidos11, pero cuya
biosíntesis no depende del ribosoma, tal es el caso de algunos péptidos antimicrobianos de
síntesis no ribosomal, los péptidos que entrelazan a los polisacáridos en la peptidoglicana
(pared celular bacteriana) y las toxinas de diversos organismos, como las microcistinas.

Las moléculas proteicas abarcan una diversidad extraordinaria : presentes en enzimas,

hormonas, proteínas de almacenamiento como los huevos de las aves y las de las semillas,
proteínas de transporte como la hemoglobina, proteínas de contráctiles como las de los
músculos, inmunoglobulinas (anticuerpos), proteínas de membranas y muchos otros tipos de
proteínas estructurales. En relación con sus funciones la diversidad es abrumadora, pero en
cuanto a su estructura, todas siguen un mismo plan general muy sencillo porque todas son
polímeros de aminoácidos dispuestas en secuencias lineales.

Bioquímica

Los prótidos o proteínas son biopolímeros formados por un gran número de unidades
estructurales simples denominadas aminoácidos, unidas por enlaces peptídicos. La
formación de cada enlace peptídico ocurre por una reacción de condensación, entre el grupo
carboxilo (-COOH) y el grupo amino (-NH2) de aminoácido subsecuentes, acompañado de la
liberación de una molécula de agua, motivo por el cual se habla de residuos de
aminoácidos.13

Los aminoácidos que se incorporan durante la traducción son los estereoisómeros L-α-
aminoácidos. La mayoría de organismos estudiados tiene proteínas formadas por
combinaciones de 20 aminoácidos, que están especificados en el código genético
estándar. También se pueden encontrar en varias proteínas distintos aminoácidos
modificados, como la 4-hidroxiprolina, 5-hidroxilisina, 6-N-metil-lisina, desmosina, γ-
carboxiglutamato y la desmosina.14 Muchos otros organismos presentan codones
modificados para la incorporación de selenocisteína o de pirrolisina.

Debido a su gran tamaño, cuando estas moléculas se dispersan en un disolvente adecuado,

forman siempre dispersiones coloidales, con características que las diferencian de las
disoluciones de moléculas más pequeñas. Muchas proteínas presentan carga neta en ciertos
rangos de pH del medio. Por ello pueden considerarse ionómeros.

Por hidrólisis, las moléculas de proteína se dividen en numerosos compuestos relativamente

simples, de masa molecular pequeña, que son las unidades fundamentales constituyentes de
la macromolécula. Estas unidades son los aminoácidos, de los cuales existen veinte
especies diferentes y que se unen entre sí mediante enlaces peptídicos. Desde decenas a
miles aminoácidos pueden participar en la formación de la gran molécula polimérica de una
proteína.

Todas las proteínas tienen carbono, hidrógeno, oxígeno y nitrógeno, y casi todas poseen
también azufre. Si bien hay ligeras variaciones en diferentes proteínas, el contenido de
nitrógeno representa, por término medio, 16 % de la masa total de la molécula; es decir, cada
6,25 g de proteína contienen 1 g de N. El factor 6,25 se utiliza para estimar la cantidad de
proteína existente en una muestra a partir de la medición de N de la misma.15

La síntesis proteica es un proceso complejo cumplido por las células16 según las directrices
de la información suministrada por los genes. La secuencia de aminoácidos en una proteína
está codificada en su gen (una porción de ADN) mediante el código genético. los residuos en
una proteína sufren a veces modificaciones químicas por modificación postraduccional.
Dichas modificaciones ocurren antes de que la proteína sea funcional en la célula o como
parte de mecanismos de control. Las proteínas también pueden trabajar juntas para cumplir
una función particular, a menudo asociándose para formar complejos proteicos estables. Las
proteínas se ensamblan de diversas formas, lo que les permite participar como los
principales componentes estructurales de las células y los tejidos.

Por sus propiedades fisicoquímicas, las proteínas se pueden clasificar en proteínas simples
(holoproteidos), formadas solo por aminoácidos o sus derivados; o proteínas conjugadas
(heteroproteidos), formadas por aminoácidos acompañados de sustancias diversas, y
proteínas derivadas, sustancias formadas por desnaturalización y desdoblamiento de las
anteriores.

Biosíntesis

Artículo principal: Biosíntesis proteica

Las proteínas se ensamblan a partir de sus aminoácidos utilizando la información codificada
en los genes. Cada proteína tiene su propia secuencia de aminoácidos que está especificada
por la secuencia de nucleótidos del gen que la codifica. El código genético está formado por
un conjunto de tri-nucleótidos denominados codones. Cada codón (combinación de tres
nucleótidos) designa un aminoácido, por ejemplo AUG (adenina-uracilo-guanina) es el código
para la metionina. Como el ADN contiene cuatro nucleótidos distintos, el número total de
codones posibles es 64; por lo tanto, existe cierta redundancia en el código genético, estando
algunos aminoácidos codificados por más de un codón. Los genes codificados en el ADN se
transcriben primero en ARN pre-mensajero mediante proteínas como la ARN polimerasa. La
mayor parte de los organismos procesan entonces este pre-ARNm (también conocido como
tránscrito primario) utilizando varias formas de modificación post-transcripcional para formar
ARNm maduros, que se utilizan como molde para la síntesis de proteínas en el ribosoma. En
los procariotas el ARNm puede utilizarse tan pronto como se produce, o puede unirse al
ribosoma después de haberse alejado del nucleoide. Por el contrario, los eucariotas
sintetizan el ARNm en el núcleo celular y lo translocan a través de la envoltura nuclear hasta
el citoplasma donde se realiza la síntesis proteica. La tasa de síntesis proteica es mayor en
procariotas que en eucariotas y puede alcanzar los 20 aminoácidos por segundo.17

El proceso de sintetizar una proteína a partir de un molde de ARNm se denomina traducción.

El ARNm se carga en el ribosoma y se lee, tres nucleótidos cada vez, emparejando cada
codón con su anticodón complementario localizado en una molécula de ARN de transferencia
que lleva el aminoácido correspondiente al codón que reconoce. La enzima aminoacil ARNt
sintetasa "carga" las moléculas de ARN de transferencia (ARNt) con los aminoácidos
correctos. El polipéptido creciente se denomina cadena naciente. Las proteínas se
biosintetizan siempre del extremo N-terminal al extremo C-terminal.

De esta forma, se consigue la estructura primaria de la proteína, es decir, su secuencia de

aminoácidos. Ahora ésta debe plegarse de la forma adecuada para llegar a su estructura
nativa, la que desempeña la función. Anfinsen en sus trabajos con la ribonucleasa A, postuló
su hipótesis que dice que toda la información necesaria para el plegamiento se encuentra
contenida enteramente en la estructura primaria.18 Esto dio pie a que en 1969 Levinthal
sugiriese la existencia de una paradoja a la que se conoce como la paradoja de Levinthal: si
una proteína se pliega explorando al azar todas las conformaciones posibles necesitaría un
tiempo mayor que la edad del propio Universo. Dado que las proteínas se pliegan en un
tiempo razonable y de forma espóntanea, se ha resuelto esta paradoja indicando que las
proteínas no prueban todas las conformaciones posibles, sino que eligen una vía de
plegamiento específica con un número de pasos finitos, es decir, se reduce el hiperespacio
potencial de plegamiento. También cabe mencionar la existencia de chaperonas moleculares,
proteínas que ayudan a otras a plegarse con gasto energético (ATP).19

El tamaño de la proteína sintetizada puede medirse por el número de aminoácidos que

contiene y por su masa molecular total, que normalmente se expresa en daltons (Da)
(sinónimo de unidad de masa atómica), o su unidad derivada kilodalton (kDa). Por ejemplo,
las proteínas de la levadura tienen en promedio 466 aminoácidos y una masa de 53 kDa. Las
proteínas más largas que se conocen son las titinas, un componente del sarcómero
muscular, con una masa molecular de casi 3000 kDa y una longitud total de casi 27 000
aminoácidos.20

Síntesis química

Mediante una familia de métodos denominados de síntesis peptídica es posible sintentizar

químicamente proteínas pequeñas. Estos métodos dependen de técnicas de síntesis
orgánica como la ligación para producir péptidos en gran cantidad.21 La síntesis química
permite introducir aminoácidos no naturales en la cadena polipeptídica, como por ejemplo
aminoácidos con sondas fluorescentes ligadas a sus cadenas laterales.22 Estos métodos
son útiles en laboratorios de bioquímica y biología celular, pero no tanto para aplicaciones
comerciales. La síntesis química es ineficiente para polipéptidos de más de 300 aminoácidos,
y las proteínas sintetizadas puede que no adopten fácilmente su estructura tridimensional
nativa. La mayor parte de los métodos de síntesis química proceden del extremo C-terminal
al extremo N-terminal, en dirección contraria por tanto a la reacción biológica.23

Degradación de las proteínas

Al igual que la síntesis de las proteínas, su degradación es un proceso complejo y regulado

con cuidado. la conjugación de las proteínas con el polipéptido de 74 aminoácidos ubiquitina
las marca para su degradación. Este polipéptido se ha conservado mucho a lo largo de la
evolución y está presente en especies que van de desde las bacterias hasta los seres
humanos. Se ha sostenido que es esencial un grupo NH2- libre terminal para unirse a la
ubiquitina, pero la conformación causante del proceso es, en la actualidad, un tema de
debate y de activa investigación.24
Proteoma

El Proteoma son todas las proteínas expresadas por un genoma, célula o tejido.25

Funciones

Todas las proteínas realizan elementales funciones para la vida celular, pero hay proteínas
que tienen más de una actividad. Entre las distintas funciones se conocen las siguientes:

Catálisis: Las enzimas proteicas que se encargan de realizar reacciones químicas de

una manera más rápida y eficiente. Procesos que resultan de suma importancia para el
organismo. Por ejemplo la pepsina, esta enzima se encuentra en el sistema digestivo y
se encarga de degradar los alimentos.
Reguladoras: Las hormonas proteicas ayudan a mantener la homeostasis en el
cuerpo. Tal es el caso de la insulina que se encarga de regular la glucosa que se
encuentra en la sangre.
Estructural: Muchas proteínas determinan la forma o el soporte en las células y los
tejidos, ya que forman cables o rieles para dirigir el movimiento y se forman por el
ensamble de subunidades.26 Este es el caso de la tubulina que se encuentra en el
citoesqueleto. También otras proteínas tienen la función de dar resistencia y elasticidad
que permite formar tejidos así como la de dar soporte a otras estructuras. Por ejemplo,
la colágena es el principal componente de la matriz extracelular del tejido conectivo.
Defensiva: Son las encargadas de defender el organismo. Las inmunoglobulinas son
glicoproteínas que defienden al organismo contra cuerpos extraños. Otros ejemplos son
la queratina que protege la piel, así como el fibrinógeno y protrombina que forman
coágulos.
Transporte: La función de estas proteínas es llevar sustancias a través del organismo a
donde sean requeridas. Por ejemplo, la hemoglobina lleva el oxígeno por medio de la
sangre. Otras proteínas permiten o impulsan el paso solutos a través de las membranas
celulares. En esta segunda categoría se encuentran los translocadores, permeasas,
canales iónicos y poros membranales.
Receptoras: Este tipo de proteínas se encuentran en la membrana celular y llevan a
cabo la función de recibir señales para que la célula pueda realizar su función, como el
receptor de acetilcolina que recibe señales para producir la contracción muscular.
 Proteínas motoras. Estas proteínas actúan como motores de escala nanométrica que
mueven a otros componentes celulares. Por ejemplo, en las fibras musculares la actina
compone a los microfilamentos de las células y la miosina activa el movimiento durante
la contracción muscular.
Funciones de reserva y almacenamiento. Son materia prima como fuente de carbono
y de energía química en diferentes organismos. Ejemplos: la ovoalbúmina en el huevo,
o la caseína de la leche. La ferritina forma una estructura hueca donde se almacena
hierro.
Prácticamente todos los procesos biológicos dependen de la presencia o la actividad de
este tipo de moléculas. Muchas proteínas que se encuentran en el citoplasma
colaboran además en el mantenimiento del pH, ya que actúan como un tampón
químico.

Estructura

Artículo principal: Estructura de las proteínas

Es la manera como se organiza una proteína para adquirir cierta forma, presentan una
disposición característica en condiciones fisiológicas, pero si se cambian estas condiciones
como temperatura o pH pierde la conformación y su función, proceso denominado
desnaturalización. La función depende de la conformación y ésta viene determinada por la
secuencia de aminoácidos en un medio determinado. Una hipótesis propone que solamente
una conformación es funcional termodinámicamente.

Y es esa manera de organización que tiene cada proteína la que definirá sus propiedades
biológicas tales como las inmunológicas, enzimáticas u hormonales. Si ocurre una
modificación o pérdida de esa confomación "nativa" se sucederán cambios en su entorno y
por lo tanto cambios en sus propiedades.27

Para el estudio de la estructura es frecuente considerar una división en cuatro niveles de

organización, aunque el cuarto no siempre está presente.

Niveles estructurales

Para describir una proteína:28

 Estructura primaria, es la secuencia de aminoácidos de una cadena polipeptídica.

 Estructura secundaria, son patrones locales de plegamiento que presentan ciertas
secuencias de la proteína.
 Estructura terciaria, es la conformación plegada tridimensional de una cadena
polipeptídica.
 Estructura cuaternaria, es la organización de una proteína oligomérica o ensamble de
proteínas.

Las proteínas adquieren su estructura instantáneamente, no pasan por cada una de las
estructuras.

En la forma tridimensional de una proteína globular, podemos identificar los siguientes

elementos de la estructura secundaria de las proteínas:

Giros

Están compuestos por tres o cuatro aminoácidos, son giros se encuentran en la superficie de
una proteína, formando curvas cerradas que redirigen el esqueleto del polipéptido de vuelta
hacia el interior, glicina y prolina son comúnmente presentes en los giros, son estructuras
definidas.29
Bucles

Pueden presentar diferentes formas, estos son partes del esqueleto polipeptídico, son curvas
más largas que los giros.29

Motivos

Son combinaciones particulares de estructura secundaria, se acumulan en la estructura

terciaria de una proteína. En algunos casos, los motivos son para una función específica
asociada, los tres principales motivos29 son:

 Hélice-giro-hélice: caracteriza a la familia de factores transcripsionales.

 Dedo de cinc: encontrado en proteínas que enlazan ARN o ADN.
 Hélice superenrollada: presente en proteínas fibrosas.

Dominios

Son parte de la estructura terciaria de las proteínas, es una región compacta plegada del
polipéptido, que no dependen de otras partes de la proteína para mantener su estabilidad.
Pueden ser diferentes combinaciones de motivos, por ejemplo, la membrana viral presenta
dos tipos de dominios, un dominio globular y un dominio fibroso.

Propiedades de las proteínas

Cinco son las propiedades principales que permiten la existencia y aseguran la función de las
proteínas:

 Amortiguador de pH (conocido como efecto tampón): Actúan como amortiguadores de

pH debido a su carácter anfótero, es decir, pueden comportarse como ácidos
(donando electrones) o como bases (aceptando electrones).
 Capacidad electrolítica: Se determina a través de la electroforesis, técnica analítica en
la cual si las proteínas se trasladan al polo positivo es porque su molécula tiene carga
negativa y viceversa.
 Especificidad: Cada proteína tiene una función específica que está determinada por su
estructura primaria.
 Estabilidad: La proteína debe ser estable en el medio donde desempeñe su función.
Para ello, la mayoría de proteínas acuosas crean un núcleo hidrofóbico empaquetado.
Está relacionado con su vida media y el recambio proteico.
  Solubilidad: Es necesario solvatar la proteína, lo cual se consigue exponiendo residuos
de similar grado de polaridad al medio en la superficie proteica. Se mantiene siempre y
cuando los enlaces fuertes y débiles estén presentes. Si se aumenta la temperatura y
el pH se pierde la solubilidad.

Estas propiedades son el resultado de tres actividades principales que presentan distintas
proteínas:26

1. se unen a otras biomoléculas, incluyendo otras proteínas

2. catalizan reacciones químicas
3. se pliegan para formar un canal o un poro.

Clasificación

Se pueden aplicar distintos criterios para clasificar a las proteínas y no existe un sistema
universal de clasificación. Se ofrecen los que se citan con más frecuencia.

Según su forma

 Fibrosas: presentan cadenas polipeptídicas largas y una estructura secundaria en la

cual predomina un tipo de estructura secundaria: hélice alfa u hoja beta. Tienen
secuencias repetitivas de residuos. Usualmente tienen función estructural. Se asocian
en forma paralela y con frecuencia las cadenas vecinas están entrecruzadas con
enlaces covalentes (disulfuro o de otro tipo).33 Son insolubles en agua y en
disoluciones acuosas. Algunos ejemplos de éstas son queratina, colágeno y fibrina.
 Globulares: se caracterizan por doblar sus cadenas en una forma esférica apretada o
compacta dejando grupos hidrófobos hacia adentro de la proteína y grupos hidrófilos
hacia afuera, lo que hace que sean solubles en disolventes polares como el agua.
Presentan elementos diversos de estructura secundaria en una misma cadena
polipeptídica (hélices alfa, hojas beta, giros, vueltas, regiones intrínsecamente
desordenadas). Las hojas beta comúnmente están enrolladas o envueltas.33 La
mayoría de las enzimas, anticuerpos, algunas hormonas y proteínas de transporte,
son ejemplos de proteínas globulares.
 Mixtas: posee una parte fibrilar (comúnmente en el centro de la proteína) y otra parte
globular (en los extremos).
Según su solubilidad:26

Proteína Globular
Proteínas globulares (ver arriba)
Proteínas fibrosas (ver arriba)
Proteínas integrales de membrana (o proteínas transmembranales): presentan
secuencias de residuos hidrofóbicos, que usualmente adoptan conformaciones de
hélice alfa o hebras beta afines a la parte hidrofóbica de las membranas celulares.
Siguen mecanismos de plegamiento distintos a las de las proteínas citoplásmicas.
Proteínas intrínsecamente desordenadas. Tienen una estructura flexible que cambia
en función de sus interacciones con el disolvente o con otras moléculas que actúan
como ligandos. Usualmente tienen una composición rica en residuos cargados (lisina,
arginina, glutamato, aspartato e histidina) y se les encuentra con mayor frecuencia en
células eucariontes que en procariontes. Muchas proteínas presentan dominios
intrínsecamente desordenados (como p53), pero otras carecen completamente de
estructura rígida (por ej., las proteínas ribosomales o del spliceosoma).34

Según su composición química

Las proteínas según su composición química pueden ser clasificadas en:

1. Proteínas simples u holoproteínas: en su hidrólisis solo produce aminoácidos.

Ejemplos de estas son la insulina y el colágeno (globulares y fibrosas),
albúminas.Proteína simple
2. Proteínas conjugadas o heteroproteína: estas proteínas contienen cadenas
polipeptídicas y un grupo prostético. La porción no aminoacídica se denomina grupo
prostético, estos pueden ser un ácido nucleico, un lípido, un azúcar o ion inorgánico.
 Ejemplo de estas son la mioglobina y los citocromo. Las proteínas conjugados o
heteroproteínas se clasifican de acuerdo a la naturaleza de su grupo prostético:

 Nucleoproteínas: Su grupo prostético son los ácidos nucleicos.

 Lipoproteínas: Su grupo prostético son los fosfolípidos, colesterol y triglicéridos.
 Metaloproteínas: El grupo prostético está formado por metales.
 Cromoproteínas: Son proteínas conjugadas por un grupo cromóforo (sustancia
coloreada que contiene un metal).
 Glucoproteínas: El grupo prostético está formado por los carbohidratos.35
 Fosfoproteínas: Son proteínas conjugadas con un radical que contiene fosfato, distinto
de un ácido nucleico o de un fosfolípido.

Nutrición

Fuentes de proteínas

Las fuentes dietéticas de proteínas incluyen carne, huevos, legumbres, frutos secos,
cereales, verduras y productos lácteos tales como queso o yogur. Tanto las fuentes proteínas
animales como los vegetales poseen los 20 aminoácidos necesarios para la alimentación
humana.

Calidad proteica

Las diferentes proteínas tienen diferentes niveles de familia biológica para el cuerpo humano.
Muchos índices han sido definidos para medir la tasa de utilización y retención de proteínas
en humanos. Estos incluyen valor biológico, NPU (Net Protein Utilization), NPR (Cociente
Proteico Neto) y PDCAAS (Protein Digestibility Corrected Amino Acids Score), la cual fue
desarrollado por la FDA mejorando el PER (Protein Efficiency Ratio). Estos métodos
examinan qué proteínas son más eficientemente usadas por el organismo.

Reacciones de reconocimiento

 Reacción de Biuret

El reactivo de Biuret está formado por una disolución de sulfato de cobre en medio alcalino,
este reconoce el enlace peptídico de las proteínas mediante la formación de un complejo de

coordinación entre los iones Cu2+ y los pares de electrones no compartidos del nitrógeno
que forma parte de los enlaces peptídicos, lo que produce una coloración rojo-violeta.
  Reacción de los aminoácidos azufrados

Se pone de manifiesto por la formación de un precipitado negruzco de sulfuro de plomo. Se

basa esta reacción en la separación mediante un álcali, del azufre de los aminoácidos, el
cual al reaccionar con una solución de acetato de plomo, forma el sulfuro de plomo.

 Reacción de Millon

Reconoce residuos fenólicos, o sea aquellas proteínas que contengan tirosina. Las proteínas
se precipitan por acción de los ácidos inorgánicos fuertes del reactivo, dando un precipitado
blanco que se vuelve gradualmente rojo al calentar.

 Reacción xantoproteica

Reconoce grupos aromáticos, o sea aquellas proteínas que contengan tirosina o fenilalanina,
con las cuales el ácido nítrico forma compuestos nitrados amarillos