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“Bioenergética:”
Entalpía (H):
- Se refiere a la absorción o liberación de energía en forma de calor, depende
del número y tipo de enlaces de reactantes y productos
H = △E +P ● V H: Entalpía
E: Energía interna
P: Presión del sistema
V: Volumen del sistema
Energía interna: Energía cinética + Energía potencial
- Si la presión y el volumen permanecen constantes:
△H = △E
Entropía (S):
- Corresponde al desorden molecular de una reacción
△G = △H - T ● △S
△G = G°p - G°r
△G = △G`° + R ● T ● Ln (C)(D)
(A)(B
Catabolismo → Proceso exergónico (Oxidación de carbohidratos, grasas y proteínas).
Anabolismo → Proceso endergónico.
Adenosintrifosfato (ATP):
Las moléculas de Atp son las principales portadoras de energía química en las células
Por lo general se estabiliza con Mg+ (cargas de O-) en forma de MgATP(2-) y MgADP-
Por ejemplo:
Glucosa + ATP → Glucosa-6-P + ADP ΔG’0 = - 16,8kJ/mol
Base química del elevado ΔG’o (-) asociado a la hidrólisis del ATP:
Acoplamiento de reacciones:
Se suman las reacciones y se elimina la especie o término en común, en este caso
corresponde a B, por otro lado los ΔG’ se deben sumar ya que las energías libres estándares
son aditivas.
En conclusión:
Los productos de hidrólisis de moléculas energéticas, que poseen altos valores de energía
libre pero negativo , son más estables que los respectivos reactivos:
- Por disminución de la tensión de enlace debida a las repulsiones electrostáticas.
- Estabilización por resonancia.
- Estabilización por ionización
- Estabilización por isomerización
das
Da
Aminoácidos y péptidos:
Los ácidos y bases pueden ser fuertes o débiles, en función de su tendencia a donar o aceptar
protones, respectivamente.
● Los ácidos fuertes son aquellos que se deprotonan completamente, mientras que los
ácidos débiles se deprotonan parcialmente hasta alcanzar un equilibrio.
HA ← → H+ + A-
● Las bases fuertes son aquellas que se protonan completamente, mientras que las bases
débiles se protonan parcialmente hasta alcanzar un equilibrio.
A- + H+ ← → HA
Recuerda:
HA ← → H+ + A-
pH → -log [H+]
A pH cercanos al pKa, el pH varía muy poco cuando se incrementa los equivalentes de ácidos
o bases. Esta región se denomina en la curva de titulación, “ Zona de amortiguación”.
Por ejemplo:
Glicina: pK1 → 2,34
pK2 → 9,60
En este caso no existe pKr, ya que R en la glicina es un hidrógeno
Aminoácidos y péptidos parte 2:
Punto isoeléctrico:
El punto isoeléctrico (Pi) de un aminoácido depende de su estructura y se calcula como el
promedio de las constantes de disociación ácida que incluyen el zwitterion neutro.
- En caso de ser un aminoácido con cadena lateral fuerte o débil, el Pi se calcula como
los dos valores más bajos.
- En caso de ser un aminoácido con cadena lateral básica, Pi se calcula como el
promedio entre las constantes de disociación más altas.
Se forma por una sustitución entre el carboxilo del primer aminoácido (carboxilo unido en α)
y el grupo amino (unido en α) del segundo aminoácido.
Esta unión se hace debido al ataque nucleofílico que se hace entre el carbono alfa (carga
positiva) de un aminoácido y el grupo amino de otro aminoácido (carga negativa). Al
llevarse a cabo esta unión, se desprende una molécula de H2O.
- Oxígeno del grupo carbonilo, tiene una carga negativa parcial y el nitrógeno tiene una
carga positiva parcial produciendo un pequeño dipolo eléctrico, características de
doble enlace.
- La longitud entre los enlaces C-O y C-N son iguales debido a la resonancia que se
genera.
- Los péptidos son cadenas con más de dos aminoácidos que actúan como bloques de
construcción para las proteínas.
- Se forma a través de enlaces covalentes entre el grupo carboxilo (-COOH) de un
aminoácido y el grupo amino (-NH2) del aminoácido contiguo inmediato.
- Siempre que se forme un péptido, el primer aminoácido, dejará libre su grupo amino y
el siguiente aminoácido dejará libre su grupo carboxilo.
Ionización de un péptido:
La ionización de un péptido estará determinada por los pKa de los grupos deprotonables que
estén presentes.
Recuerda que dentro de un péptido, hay tantos pKa como grupos posiblemente protonables,
por lo que la cantidad de equivalentes de OH es la misma también.
Estas interacciones determinarán el nivel estructural que adoptará una proteína determinando
así, la función que cumplirá. (estructural, catalítica, receptora etc)
Puentes de Hidrógeno: Se requiere que los átomos que componen la molécula sean
hidrógenos y átomos con una electronegatividad muy diferente al hidrógeno, para así formar
un dipolo.
Interacciones hidrofóbicas: Se presenta entre moléculas apolares y/o anfipáticas (que contiene
cabezas polares y colas apolares), en presencia de agua.
- Tendencia de las sustancias apolares a formar agregados en solución acuosa,
excluyendo las moléculas de agua desde el interior del agregado (“Micelas”).
- Aumenta el desorden de las moléculas de agua que participan en la esfera de
solvatación, por lo que la entropía del sistema aumenta.
Interacciones Débiles o Fuerzas de Van Der Waals: Son muy débiles que se presentan en
moléculas cuyos átomos no presentan gran diferencia en electronegatividad, pero lo
suficiente para generar un dipolo permanente.
- a-Dipolo- Dipolo: Entre moléculas polares con dipolos permanentes
- b-Dipolo- inducido: Una molécula polar induce un dipolo en una molécula apolar
- c-Interacciones de dispersión de London: Se da entre moléculas apolares y que por la
densidad electrónica se generan dipolos momentáneos.
Estructura primaria:
Estructura secundaria:
Consiste en una estructura rígida y plegada por consecuencia de las interacciones entre los
grupos R de cada aminoácido, está formada por secuencias de aminoácidos. Su estabilidad se
logra a través de puentes de hidrógeno.
1. Hélice alfa
- La cadena adopta un orden lineal en las que los residuos R de los aminoácidos, se van
alternando por encima y por debajo del plano del enlace peptídico formando un ZIG-
ZAG.
- Se estabiliza por puentes de hidrógeno entre varias cadenas polipeptídicas paralelas
entre ellas (β laminar)
- Puente de hidrógeno intercatenario → Entre distintas cadenas
- Si los grupos R son capaces de formar un puente de hidrógeno dentro de la misma
cadena, sería intracatenario.
- Existen dos formas de disposición de hojas plegadas, las paralelas y las antiparalelas:
Paralelas → Todas las cadenas se ordenan desde grupo amino a carboxilo, por otro
lado los enlaces puentes de hidrógeno no son lineales.
Antiparalelas → Se organiza de forma en que el primer péptido se posiciona de
amino a carboxilo, la siguiente al revés. Sus enlaces puente de hidrógeno sí son
lineales.
3. Giros Beta:
- Son secuencias cortas que presentan un brusco giro de 180°. Estos giros están
estabilizados principalmente por puentes de hidrógeno entre los residuos 1 y 4 del
giro beta. Puente de hidrógeno de tipo intra.
- “El carbonilo del residuo n enlaza con el amino del residuo n + 3”
- Los aminoácidos que no permiten una buena formación de otras estructuras
secundarias, aparecen en esta, ya que al tener una estruyctura muy rígida o por ser
muy pequeña, favorece la curva de la secuencia, por ejemplo la Prolina y la Glicina.
Estructura terciaria:
Hace referencia a la forma en que se pliegan sobre sí mismas los segmentos de hélice alfa y/o
conformación beta, de una cadena polipeptídica en el espacio, existen dos formas:
1. Estructura fibrosa:
- Mayoritariamente compuesta por un tipo de estructura secundaria. (Hélice en alfa u
hoja plegada en beta)
- Adaptadas para cumplir funciones de tipo estructural.
- Insolubles en agua → Mayoría de los aminoácidos con características apolares.
2. Estructura globular.
- Presenta más de un tipo de estructura secundaria, pedazos de hélice en alfa y otros de
hoja plegada en beta
- En las proteínas globulares hay un plegamiento de la cadena polipeptídica.
- Se forma este glóbulo o globo, ya que los grupos R se distribuyen de acuerdo a su
polaridad, si son apolares, estos se encuentran orientados hacia el interior de la
proteína, de esta forma, no entran en contacto con el medio acuoso que la rodea,
creando un centro hidrofóbico. Y si son polares, están orientados hacia el exterior,
interactuando con el medio acuoso.
- Los grupos polares sin carga se distribuyen por toda la proteína (interior y exterior).
- Son solubles en agua.
- Se estabilizan por interacciones débiles.
- Es la más estable termodinámicamente “conformación nativa”.
- Es una estructura dinámica → Realiza cambios conformacionales a medida que la
lleva a cabo su función.
Estructura cuaternaria
Se caracteriza por estar formada por dos o más subunidades o cadenas peptídicas globulares.
- La asociación de subunidades idénticas producen homo-oligómeros.
- La asociación de subunidades diferentes producen hetero-oligómeros.
Estas subunidades están unidas a través de interacciones no covalentes, interacciones débiles.
Desnaturalización:
Existen enzimas que solamente requieren de los residuos de aminoàcidos para funcionar, a las
que se les llama enzimas simples, y hay otras que requieren de un componente químico
externo a ellas llamado “cofactor”, este tipo de enzimas se llaman enzimas conjugadas.
La unión covalente entre el cofactor con la proteìna se conoce como “Grupo prostètico”
La Holoenzima es una enzima formada por una apoenzima más un cofactor.
Especificidad → No todas las enzimas son capaces de interactuar con cualquier sustrato,
sino que son capaces de reconocer sustratos de forma selectiva y de esta forma fijarlo en
su sitio activo.
Recuperación → Cuando la reacción deja de ser catalizada, las enzimas son capaces de
volver a su forma catalíticamente activa
E + S ← → ES ← → EP ← → E + P
El mecanismo de reacción consta de tres fases:
E + S ← → ES: Transformación de enzima más sustrato a complejo enzimático.
ES ← → EP: Transformación de complejo enzimático a complejo enzima-producto
EP ← → E + P: Transformación de complejo enzima-producto en enzima más producto.
1. Modelo llave - cerradura (Fischer): La molécula de sustrato se adapta al sitio activo de
la enzima, (Tal como ocurre con una llave en la cerradura) Entre las estructuras existe
un complemento.
Con este modelo se hace énfasis a la especificidad de la enzima para determinado
sustrato, de tal manera de que no todo sustrato es capaz de adaptarse en dicha enzima.
2. Modelo encaje inducido (Koshland): Sugiere que el sitio activo no requiere ser una
cavidad geométrica rígida preexistente.
Dicho sitio activo debe tener una disposición espacial, precisa y específica de ciertos
grupos de la enzima que en presencia del sustrato, son capaces de adaptar su
estructura en el momento de la interacción. (Enzima flexible)
La enzima es complementaria al sustrato.
La enzima es complementaria al estado de transición