Universidad Autónoma de Nuevo León

Facultad de Ciencias Biológicas

Bioinformática y Programación (2° semestre)

PIA etapa 3

Nombre: Jose Maria Espinosa Davila Grupo: 424

Instrucciones: Lea lo que se le pide en cada ejercicio y responda de la forma más completa
posible

I. Utilice un programa de perl que le permita analizar los sitios de corte para la
secuencia pGluc.txt (circular) y llene la tabla.

Tipo de corte Posición

Secuencia de nucleótidos que
Enzima que realiza en la que
reconoce
(Sticky/Blunt) corta
EcoRI GAATTC Sticky 20
EcoRV GATATC Blunt 30
XhoI CTCGAC Sticky 36
HindIII AAGCTCC Sticky 45
KpnI GGTACC Sticky 51
SacI GAGCTC Sticky 57
BamHI GGATCC Sticky 63
NotI GCGGCCGC Sticky 634
XmaI CCCGGG Sticky 1602
BsaI (ACGT)(ACGT)(ACGT)(ACGT) Sticky 1409
(GAGACC)

II. ¿Cuáles de las enzimas de restricción que están arriba forman parte del MCU
(Multi-
cloning site)? Si este se encuentra entre el par de bases 12 a 63.
EcoRI, EcoRV, Xhol, Hindilll, Kpnl, Sacl, BamHI

III. El plásmido pGluc contiene un gen reportero que emite fluorescencia en la región
que abarca del par de base 76 al 633. Si se deseara reemplazar ese gen reportero
por otro ¿Qué enzimas de restricción utilizaría?
Ninguna enzima de restricción
IV. Usted trabaja en una empresa de alimentos y se le pide muestrear para
determinar si existe contaminación por bacterias patógenas. Se tomó una muestra
del producto 1 y del producto 2 buscando extraer dna 16s ribosomal que es
característico de bacterias y obtuvo las secuencias que están en el archivo 16s1.txt
y 16s2.txt (Secuencias lineales). Existe contaminación bacteriana, pero ¿es la
misma bacteria?:
a. Si tomamos el gen de 16s1.txt y lo digerimos con las enzimas de restricción
SacI y SmaI se van a generar tres fragmentos de DNA con tamaños de:
i. Fragmento 1: 979 pb
ii. Fragmento 2: 394 pb
iii. Fragmento 3: 125 pb
b. Si tomamos el gen de 16s2.txt y lo digerimos con las enzimas de restricción
SacI y SmaI se van a generar tres fragmentos de DNA con tamaños de:
i. Fragmento 1: 610 pb
ii. Fragmento 2: 769 pb
iii. Fragmento 3: 160 pb
c. Acomode los fragmentos que obtuvo al digerir ambas secuencias en la
siguiente representación de un gel de electroforésis:

Marcador 16s 1 16s 2

2000

1000

500

200

d. ¿Es el mismo tipo de bacteria o son bacterias distintas?

Diferentes bacterias
V. De acuerdo a los patrones de cortes generados en el siguiente gel de electroforesis
de una prueba de paternidad; identifique quien es el padre del infante.
HOMBRE 1, es el padre