INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL

ESCUELA NACIONAL DE CIENCIAS

BIOLÓGICAS

Ingeniería Bioquímica
Laboratorio de Bioinformática

Práctica 6:
Explorando plásmidos y genes

Grupo: 7IX1

Profesora responsable: José Carlos Parada Fabián

Alumno:
Sánchez Zamorano Julio César
Sánchez Zamorano Julio César Lab. De Bioinformática – P6 – Explorando plásmidos y genes 21/06/2023

Datos de entrada

1. Descargar del NCBI las secuencias fasta y gbk de la tabla 1 y llenar la

siguiente tabla y reportarla:

Secuenci Organism Longit %GC Sitios Aplicación

a o ud de tecnológica
pb restricci o industrial
ón
M77789.2 Cloning 2686 50.63 Clonación
vector Secuenciación de
pUC19 insertos de ADN

J01749.1 Cloning 4361 53.75 Clonación

vector Secuenciación de
pBR322 insertos de ADN

AH002844. Homo 4969 Clonación

2 sapiens
X17300.1 Clostridium 2576 Clonación
perfringens

2. Crear un proyecto, mediante el menú file y New project. Revisar la ruta de

exportación con respecto al folder de la práctica.

3. Nombrar al proyecto como “Inspección de plásmidos”

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4. Importar el archivo fasta de PUC19. Describa brevemente para qué sirven los
botones que se encuentran a mano izquierda:
Wrap sequence

Show complementary strand

Show translation (prueba show all frames)

Select genetic code

El de wrap sequence nos permite linealizar la secuencia, dependiendo de como nos convenga
más trabajar.
Show complementary strand si tenemos una cadena nos muestra 2, si tenemos las 2 pues
oculta una.
Show translation, nos permite ver como es el marco de lectura dependiendo de donde
decidamos empezar. Si vemos “*” es porque son los codones de paro. La “M” aparece en color
verde debido a que es nuestro codón de inicio. La “L” que codifica para lisina aparece remarcada
debido a que puede ser un codón de inicio alternativo.
Selec genetic code, este nos sirve para editar y seleccionar una parte de la secuencia para ver
el código genético y predecir secuencias.

5. Probar los siguientes botones:

● Find pattern y utiliza la secuencia “ataagct” la cual está asociada al

promotor. Corroborar la secuencia en
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/J01749.1. ¿Cuántos sitios encontró
con la función Find pattern?
Buscando la secuencia ATAAGCT se encontraron 2 resultados para la secuencia dada.
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● Find pattern Smith Waterman y utiliza la secuencia modificada en un

nucleótido, ejemplo “atacgct”. ¿Qué diferencia tiene este botón con el
anterior?
Smith Waterman permite hacer una búsqueda no solo en la cadena directa, sino también
en ambas o en la complementaria, tiene un algoritmo con penalizaciones que hacen que
sea una búsqueda más minuciosa.

● Anotate plasmid. Reporta la imagen resultante.

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6. Para las enzimas de restricción, investigue los sitios de restricción de la

secuencia en https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/15367014.
¿Qué enzimas están reportadas para el plásmido? HiNd III y CLA I
Utilizando el botón de find restriction sites, utilice la opción por default y realice una
búsqueda en el
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genoma completo. ¿Cuántos sitios encontró y de qué enzimas?

Reporte la imagen de los sitios generado con show circular view.
pUC19 (no hay)

pBR322

7. En caso de no tenerlo en database, localizar “File” en la parte superior izquierda,

desplegar las opciones y seleccionar “Access remote database”.
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8. Colocar el ID, por ejemplo, el ADN del virus de la influenza “CY056954” y seleccionar
OK.

9. Automáticamente se desplegará la secuencia de nucleótidos, para abrir el analizador

de sitios de restricción, posar el puntero sobre la secuencia de nucleótidos y hacer
click derecho.

10. En seguida se desplegará una serie de opciones, buscar y seleccionar “Analyze”, está
opción desplegará automáticamente una lista, buscará aquella llamada “Find
restriction sites”.
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11. Se desplegará una lista de todas las enzimas de restricción ordenadas

alfabéticamente o bien, buscarla por su nombre en el “Filter by name”.

12. Automáticamente el software selecciona unas enzimas. A la derecha hay una

serie de botones con diversas funciones, para seleccionar todas las enzimas
basta con presionar “Select all” o, por el contrario, si queremos dejar de
seleccionar todas, basta con apretar “Select none”.
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13. En caso de tener las enzimas en el ordenador, seleccionar la opción “open

enzymes”.

14. Seleccionar las enzimas de restricción, estas aparecerán en el recuadro blanco

“Selected enzymes”. Todas las enzimas muestran información de ellas, como
la secuencia qué reconocen y a que tipo pertenecen.

15. Una vez seleccionadas, se puede filtrar el número de resultados en un mínimo

o máximo, depende de cada analista.
16. Finalmente, seleccionar OK y el software buscara los sitios, mismos que están
resaltados en un tono de color variado.

17. Explore los siguientes botones, reporte un par de gráficas.

18. Explore los siguientes botones

Annotation highlights

Statistics

In Silico PCR

19. Importe los archivos GBK, Reporte las gráficas circulares. ¿Qué son los orf?
Identifique la región repetida, la region mobile, map peptide.
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20. Inserte el gen de la insulina humana en los dos vectores de clonación y discuta
sobre las diferencias encontradas en cada uno.
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PCR in silico

21. Abrir la secuencia X17300.1 formato fasta.

22. Dar clic en el botón Prime3, dejar los parámetros por default y presionar “Pick
primers”.

23. Seleccionar un par de iniciadores sugeridos. ¿Cuántos pares de iniciadores se

han sugerido?

24. Ir al botón “In silico PCR”

25. Copiar la secuencia del iniciador forward y reverse

26. Dar clic en el botón “Find producto(s)”

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27. Anotar los resultados

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REFERENCIAS

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M77789.2/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/J01749.1/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AH002844.2/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/X17300.1/