Práctica 2.

Diseño y predicción de propiedades

fisicoquímicas y biológicas de péptidos
Alexandra García Claros; Camila Ramírez Valencia

1. UNA EXPLICACIÓN GENERAL

En esta infografía te enseñaremos sobre los péptidos antimicrobianos, de los cuales aprenderemos a
relacionar sus propiedades biológicas y fisicoquímicas, además de la importancia de su modificación por
medio del “diseño racional de estructuras”. 

Para lograr este objetivo, nos enfocaremos en la secuencia de aminoácidos LL-37 derivados del fragmento
peptídico KR-12  y, teniendo en cuenta este péptido lo modificaremos para tener unas condiciones
especiales (P.I, carga neta, % hidrofóbico, Índice de hidropatía) y poder mejorar su mecanismo de acción. 

2. MARCO TEORICO
Los seres vivos son sistemas abiertos, es decir, que se encuentran expuestos al ambiente, provocando un
mayor riesgo para adquirir infecciones; por lo que es importante tener un sistema de defensa eficiente que
en nuestro caso tenemos un sistema inmune, el cual puede ser innato o adaptativo [1]

En el sistema innato se encuentran los péptidos antimicrobianos, los cuales son unas moléculas efectoras
pertenecientes a una familia de sustancias polifacéticas, que poseen una interacción entre el patógeno a
través de su membrana, o también afectando blancos internos; un ejemplo practico sería la síntesis de
proteínas que interactúa con el huésped en las funciones inmunomoduladores de la regulación del proceso
inflamatorio y posteriormente de la cicatrización, además de la replicación del ADN.

Este tipo de péptido por lo generar tiene menos de 200 aminoácidos que son producidos por varios tipos de
células, donde se expresan de forma constitutiva o se pueden inducir dependiendo del tipo de organismo y
del tejido en el que se encuentre al momento de la infección; estos péptidos poseen un amplio espectro
antimicrobiano y múltiples mecanismos de acción aunque con el tiempo puede perder su efectividad por lo
que más adelante se explicara los motivos y las posibles soluciones.
 
Los péptidos de esta naturaleza se clasifican según su composición y su estructura secundaria, tales como
lineales,  hélice alfa (cecropinas, mellitinas y magaininas), que son caracterizados por el enriquecimiento de
uno a dos aminoácidos, que poseen puentes disulfuro (defensinas, protegrinas) y también fragmentos de
otras proteínas más grandes

3. PROBLEMA
La situación actual de resistencia de los microorganismos a los antibióticos convencionales ha
llevado a la búsqueda de nuevas alternativas por lo que es importante su modificación para
hacer que mejore su acción de defensa, esto se puede dar por el uso excesivo de antibióticos
en medicina, en veterinaria y en agricultura y esto se logra por medio de “diseño racional de
estructuras".
4. ¿Qué es el Diseño racional de péptidos
antimicrobianos?
Es una técnica que consiste en modificar la secuencia de aminoácidos de un péptido
natural, con el finde optimizar las propiedades de los péptidos (anfipaticidad, cationicidad,
y hidrofobicidad) en favor de una o varias características deseadas sobre la actividad
biológica,. es decir, se puede realizar una modificación en una o más de sus biomoléculas
(aminoácidos) con el finde mejorar la selectividad celular o la actividad antibacteriana,
también se puede hacer con el fin de incrementar la estabilidad estructural o incrementar
la estabilidad a proteasas [2]

Características a tener en cuenta

para la modificación de KR-12

5. Hidrofobicidad
Esta cactaterística es clave para las interacciones de los péptidos con las membranas; esto se debe
principalmente porque determina el grado de unión que se da entre el péptido y su inserción en el
centro hidrofóbico de una membrana; es decir, si posee una baja hidrofobicidad, entonces se
produciría un ligero aumento de la actividad antimicrobiana, además se puede tener un rango de
hidrofobicidad óptimo, y si se aumenta o se disminuye por a fuera de los limites de este rango
provocara una reducción en la actividad antibacteriana. adicionalmente, si se aumenta la
hidrofobicidad, la actividad hemolítica es cada vez más fuerte. Es importante recalcar que en los
péptidos antimicrobianos con una estructura α-helicoidales deberían de tener un mínimo de
hidrofobicidad con el finde insertarse en la membrana de las células bacterianas.

Esta característica en otras palabras es clave su modificación si queremos aumentar la potencia del
péptido, ya que no nos afecta en su la selectividad [2]

6. Cationicidad
Normalmente los péptidos antimicrobianos poseen una carga neta entre de +2 a +9, favoreciendo
la unión que se da entre el péptido y la superficie de la membrana celular bacteriana, el cual se
ocasiona por las interacciones electrostáticas que se dan entre las cadenas laterales de los
aminoácidos catiónicos y las cabezas aniónicas de los fosfolípidos. Al igual que la característica
anterior aumenta la potencia de la actividad antibacteriana, pero además aumenta su
selectividad.
7. Índice de hidropatía
Es el número, en cual representa las propiedades hidrofóbicas o hidrofílicas que
posea la cadena lateral, es decir, cuanto mayor sea el número de este índice, más
hidrofóbico sería el aminoácido y viceversa. Este índice es importante para
poder proyectar la estructura de las proteínas, ya que los aminoácidos
hidrófobos tienden a encontrarse en su interior, en cambio, los aminoácidos
hidrófilos se encuentran con mayor facilidad en la superficie de la proteína, esto
es con respecto a la forma tridimensional [3]

8. PUNTO ISOELÉCTRICO
Es el pH en el cual la carga neta de un péptido es cero; la mayoría de
los péptidos antimicrobianos poseen un PI mayor 9, garantizando el
carácter catiónico [2]

9. METODOLOGÍA
Teniendo todos los conceptos anteriormente presentados ahora podemos dar una
primera aventura en el mundo del diseño racional de péptidos antimicrobianos, en el
cual se modificara el péptido KR-12 con el fin de obtener unas características
específicas (Carga Neta: +6, Punto isoeléctrico: 12.56, %hidrofóbico: 50 y por último,
Índice de hidropatía: -0.742) , con el fin de  mejorar actividad antibacteriana.

KR-12 es un residuos de aminoácidos de LL-37 en la sección 18 a 29; toda la teoría

que se presento con respecto a los péptidos con actividad antibacteriana era
enfocado para entender el funcionamiento del KR12, ya que tiene efecto tóxico
pero selectivo sobre las bacterias [4]

Para continuar con tu proceso en este mundo tan interactivo puedes ingresar al
siguiente link y profundizar sobre este tema ------

10. Contexto para entender el video

El video se explicara los análisis que se obtuvieron a partir de la modificación del
péptido KR-12, además se explicara más afondo sobre las propiedades de cada
aminoácido y el porque solo se modifico un aminoácido para obtener las
características deseadas; en general se abundara más sobre el tema, así que
animate para ver el video y continua con tu proceso de aprendizaje.
11. RERENCIAS
[1] Téllez, G. Castaño, J. (2010). Péptidos antimicrobianos: Antimicrobial peptides. Scielo, 14(1): 55-67. Recuperado
de http://www.scielo.org.co/pdf/inf/v14n1/v14n1a07.pdf

[2] Sánchez, A. (S, F). Diseño de Péptidos Antimicrobianos Derivados de Dermaseptina (Tesis de maestría).
Universidad Nacional de Colombia, Medellín, Colombia.
 
[3] Diccionario de ALEGSA. (2020). Definición de hidropatía [en línea]. Recuperado de https://www.definiciones-
de.com/Definicion/de/hidropatia.php © Definiciones-de.com

[4] Molecularcloud. (S,F). KR-12 amide (human) [en línea]. Recuperado de

https://www.molecularcloud.org/peptide/detail?id=98