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Manual de Practicas de Genetica Humana PDF
Manual de Practicas de Genetica Humana PDF
MANUAL DE PRÁCTICAS
GENÉTICA HUMANA
MANUAL DE PRÁCTICAS DE GENETICA HUMANA
COMPILADORES:
Principal: M. en C. Rocio Cortes Rodríguez
Colaboradores: M. en C. Rocio Cortes Rodríguez
Revisado por: Academia de Biologia 2011
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Pracitca 1
EXTRACCION DE DNA
Objetivo:
Introducción
Extracción de DNA
1) Ruptura de las células.- es casi virtualmente posible obtener DNA de todas las
células que se conocen, únicamente tendrá que adaptarse a las necesidades y
facilidades para escoger los métodos de lisis celular. Entre los mas utilizados
están:
a) Los detergentes.- El uso de detergentes es útil para extraer DNA
especialmente de parásitos, células en cultivo y tejido.
b) Enzimas.- cuando se trata de extracción de DNA en bacterias, se utiliza la
lisosima que es una enzima que se encuentra en varias secreciones del
cuerpo humano como lagrimas y moco, y en la clara de huevo. Actúa
desestabilizando la pared celular bacteriana cuando rompe las uniones
glucosidicas entre los polisacáridos.
2) Eliminación de proteínas.- para eliminar las proteínas se utilizan enzimas
proteolíticas, como la pronasa, la cual es activa contra un amplio espectro de
proteínas naturales.
3) Eliminación de ARN.- Una vez concluida la digestión con las proteasas, se
realiza la digestión con una RNasa para eliminar en su totalidad la presencia
de ARN. La RNasa se utiliza a una concentración de 100mg/ml.
4) Extracción de proteínas.-la eliminación de las proteínas de la muestra se
termina utilizando solventes organicos como el fenol que es utilizado en la
extracción de las proteínas debe ser biodestilado o ultrapuro.
5) Precipitación del DNA.- para poder concentrar el DNA después de la
eliminación de las proteínas, se utilizan una serie de sales entre las que se
encuentran el acetato de sodio, acetato de potasio, acetato de amonio y cloruro
de litio. Una vez que el DNA ha estado en contacto con los cationes
seleccionados se precipitan con volúmenes de etanol absoluto.
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Extracción del DNA
Para 1 10
muestra muestras
Agua 290 µl 2.9 ml
0.5 M EDTA 100 µl 1.0 ml
0.1 M tris (pH 50 µl 0.5 ml
8.0)
10% SDS 50 µl 0.5 ml
Proteinasa 10 µl 0.1 ml
Total 500 µl 5.0 ml
8.- Tomar el sobrenadante (el cual contiene el DNA), y ponerlo en un tubo nuevo.
Descartar el tubo con el pellet.
9.- Repite los pasos 6 y 8 de 2 a 3 veces, o hasta que el sobrenadante este claro y
no turbio.
12.- Toma el sobrenadante (el cual contiene el DNA) y colócalo en un nuevo tubo.
Repite los pasos 10 al 12.
1.- Raspar cuidadosamente dentro de la mejilla 4 veces con la punta de una pipeta
P200 µl; raspar con la punta con un ángulo hacia la mejilla de manera que las
células sean colectadas alrededor y dentro de la punta.
2.- Pon la punta de la pipeta dentro del tubo para microcentrifuga que contenga
500 µl de NaCl. Con un pipetor para la pipeta P200 suba y baje 3 a 5 veces para
resuspender las células.
7.- Dar vortex por 10 a 15 segundos, después pasarlo al hielo por 1 minuto.
9.- Remover el sobrenadante a otro tuvo y dejarlo en el hielo hasta que vaya a ser
utilizado.
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CUANTIFICACION DE DNA
Cuantificación en espectrofotómetro.
Absorbance=
GEL DE AGAROSA
Bromuro de etidio: colorante que fluoresce de una color rojo anaranjado (560nm)
cuando se excita con luz ultravioleta (260 a 360 nm). Esto permite detectar 10ng
de DNA. Tiene carga negativa y corre en dirección opuesta al DNA. El colorante
se intercala entre los pares de bases que se encuentran en las moléculas lineares
y circulares del DNA, haciéndolas mas rigidas.
Inactivación:
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Referencias:
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Practica 2
Objetivo.
Introducción.
Los ácidos nucleicos son separados mediante esta tenica utilizando una matriz o
gel. El gel puede estar compuesto de agarosa o de poliacrilamida. El gel es
sumergido en un buffer de electroforesis el cual provee iones que lleva una
corriente.
Materiales y Métodos
El Bromuro de etidio debe ser manejado siempre con guantes y bajo la supervisión
del maestro. (Los geles con Bromuro de etidio deben ser desechados
apropiadamente).
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Equipo
Camara de electroforesis
Horno de microondas o mechero
Transiluminador
Metodología
1. Preparación de un gel agarosa al 1%. Pesar agarosa suficiente para 50 ml.
De TAE 1X. fundir la agarosa hirviendo en un mechero o en un horno de
microondas, estar pendientes de que no se derrame. Dejar enfriar en la
mesa por 5 min. agitándola suavemente con movimientos circulares. Añadir
Bromuro de etidio a una concentración final de 30µg por cada 100 ml.
Vaciar la agarosa a una charola para electroforesis horizontal con un peine
de al menos 10 pozos.
2. Una vez que gelifique el gel, se retira el peine y se coloca la charola en la
cámara de electroforesis horizontal, se agrega TAE 1X hasta un cubre gel.
3. Preparar las muestras, añadiendo el buffer de cargado hacer los cálculos
necesarios para cargar las siguientes cantidades de DNA genómico por
pozo: colocar 10,50, 100, 300, 500, 800 ng, 1 y 2 µd de DNA genómico y en
el ultimo pozo cargar un marcador de un peso molecular.
4. Correr el gel a 80 V constante del polo negativo al polo positivo, durante 2
horas.
5. Visualizar en un transiluminador.
6. Tomar una foto si es posible o bien dibujar y describir lo que se observo. Si
el DNA genómico fue aislado correctamente debe aparecer como una
banda de alto peso molecular y con un ligero barrido por debajo de ella. Si
aparecen barridos más extensos o de bajo peso molecular quiere decir que
el DNA se degrado en algún paso del aislamiento, este DNA degradado es
un DNA de mala calidad el cual no podrá ser utilizado en experimentos
subsecuentes en el laboratorio.
Referencias.
Sambrook, J., Fritsch, E., Maniatis, T.1989. Molecular Cloning. Cold Spring Harbor
Laboratory Press
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Practica 3
EL CARIOTIPO HUMANO
Objetivo
Introducción
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(Todos los cromosomas autosómicos están ordenados en orden decreciente de
tamaño, excepto el cromosoma 21 que ahora se sabe que es más pequeño que el
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A B
1 2 3 4 5
C
D E
13 14 15 16 17 18
Crs.
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Materiales:
Computadora
Acceso a internet
Metodologia:
Referencias:
Sambrook, J., Fritsch, E., Maniatis, T.1989. Molecular Cloning. Cold Spring Harbor
Laboratory Press
Cuestionario:
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Practica 4
Objetivo
Que el alumno entienda la Identificación de los distintos errores que pueden ocurrir
durante la replicación del DNA.
Introducción
La enzima que sintetiza una nueva hebra de DNA se denomina DNA polimerasa,
existen3 tipos de DNA polimerasa: la I está involucrada en la reparación del DNA
dañado y en un tipo de replicación llamada semiconservativa; la II también está
involucrada en reparación y la III, una proteína con múltiples sub-unidades, es la
responsable de la síntesis de novo de hebras de DNA añadiendo nucleotidosa un
extremo 3´-OH.
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Cuestionario
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3. Un análisis de una proteína muestra que dos mutantes diferentes contienen
una substitución de aminoácidos en el sitio normalmente ocupado por la
leucina. El origen de estos mutantes es :
Leu→Val→Met-1
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Gly→Arg→Met-2
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5. Un RNAm que codifica una pequeña hormona peptidica de tan solo once
aminoácidos tiene la siguiente construcción:
5´AUG UGU AAU UUG UGG CAU UGC UAU UUU UAG AAAAAAAA-3´
a) ¿ Que aminoácidos conforman esta proteína?
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b) ¿Cuáles de los siete codones que especifican aminoácidos podrían ser
cambiado a un codón de terminación por una sola sustitución de una base?
De el codón de terminación en cada paso que cite.
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6. Los plásmidos que portan los genes pen-r y test-r fueron expuestos a
enzimas de restricción que cortan la región que porta prn-r pero dejan
intacta a tet-r. El plásmido digerido se mezclo con fragmentos genómicos
de restricción de una biblioteca genómica clonada de ratón para producir
DNA recombinante, el cual fue utilizado para transformar bacterias
sensibles a drogas. Las bacterias transformadas fueron paqueadas
(puestas a crecer en un medio de cultivo solido) en medio selectivo para
identificar aquellas colonias de bacterias portando DNA recombinante, con
los siguientes resultados.
Medio nutritivo + tetraciclina Medio nutritivo + penicilina
a) ¿Qué colonias portan DNA recombinante? Explique.
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b) ¿Qué colonias podrían crecer en medio que contuviera penicilina y tetraciclina? Explique.
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Referencias bibliográficas
Avers, Ch. J. 1984. Genetica. Segunda edición. Willard Gran Prees, Boston E.U.
Sambrook, J., Fritsch, E., Maniatis, T. 1989 Molecular cloning. Cold Spring
Harbor Laboratory Press.
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Practica 5
OBJETIVO
OBJETIVOS PARTICULARES
INTRODUCCION
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endonucleasa dentro de la molecula, asi como el tamaño de los fragmentos
generados.
METODOLOGIA
REACTIVOS MATERIALES
ADN del bacteriófago lambda Baño maría a 37°C
Amortiguador de reacción (2x) Micropipetas 0.5-10 µl
Enzima EcoRI Equipo electroforético
Enzima hindIII Microcentrifuga
H2O Regla y papel semi-logaritmico
BIBLIOGRAFIA
Devlin T.; Bioquimica: libro de texto con aplicaciones clínicas, 2006, 4ta edición,
editorital Reverte, S.A., Barcelona, España.
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Practica 6
SOUTHERN ¨BLOTTING¨
OBJETIVO
INTRODUCCION
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METODOLOGIA
1. Cargar (por duplicado: en geles idénticos) las muestras de ADN (ADN del
bacteriófago lambda con o sin digestión que proporcionara el profesor
2. Llevar a cavo la electroforesis, 2 horas, 80 volts.
3. Teñir un solo gel (con bromuro de etidio o colorante Biosafe), tomar
fotografía y guardar gel a 4°C, en oscuridad.
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la esquina derecha superior de la membrana de la misma manera que lo
hizo para el gel.
2. Para formar la pirámide colocar en orden
a) La charola de vidrio
b) Transversalmente, el puente (tabla de vidrio o plástico)
c) El papel filtro largo que cubra la tabla y toque al interior de la charola.
d) El gel (con los puntos de carga hacia abajo)
e) La membrana humedecida en agua bidestilada colocada
exactamente encima del gel (con las esquinas recortadas en misma
ubicación). Una vez ubicada no moverla.
f) El plástico hermético alrededor del gel y membrana para evitar el
contacto directo entre el puente y las siguientes capas.
g) 2 hojas de papel whatman grueso, humedecidas en SSC 2x.
h) 10 cm de papel Whatman delgado y seco.
i) Suficiente solución SSC 20x para que humedezca el papel filtro
grande.
j) Película de plástico alimenticio que cubra toda la charola (evita
evaporación y polvo).
k) Por último un peso (1kg aprox)
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Verificación del éxito de la transferencia:
1.- Para cerciorarse del éxito de la transferencia del ADN a la membrana se suele
teñir el gel después de la transferencia y comprarlo con el gel que se tiño pero no
se transfirió.
BIBLIOGRAFIA
Lunque J.; Herraez A.; Biologia Molecular e ingeniería genética, 2001, primera
edición, editorial harcourt, Madrid, España.
Solución SSC 6x: al momento de su uso, diluir 3.3 veces el amortiguador SSC
20x.
NaOH---------- 0.5 M
NaCl------------ 1.5 M
Solucion de neutralización
Tris pH 7.4---------- 1M
NaCl------------------ 1.5 M
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Practica 7
Objetivo
Que el alumno aprenda una de las técnicas más utilizadas en la biología molecular
para le analisis genetico.
Introducción
Entre las prioridades de los plásmidos que favorecen su utilización como vector de
clonación se incluyen: (1) su pequeño tamaño que hace que el ADN sea fácil de
aislar y de manipular; (2) su naturaleza circular que hace que el ADN se mas
estable durante la extracción; (3) su origen de replicación independientemente del
control directo de la replicación del cromosoma bacteriano; (4) su múltiple numero
de copias, de manera que se aumenta la eficiencia de la extracción del ADN
plasmidico; y (5) la presencia de marcadores seleccionables, tales como genes de
resistencia a antibióticos, haciendo así mas fácil la detección y la selección de las
bacterias que contienen plásmidos.
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sitios únicos para enzimas de restricción, no encatrados en ninguna región del
plásmido.
Materiales y Métodos
Materiales
Puntas para micropipetas estériles
Espátulas para sembrar bacterias
Mechero
Marcador indeleble punta negra
Tubos 10 ml estériles
Tubos para microcentrífuga de 1.5 ml.
Matraz de 100 ml. estéril
Material biológico
Cepas DH5α
Equipo
Incubadora a 37°C
Baño María 42°C
Microcentrífuga
Metodología
1. Poner, de una caja fresca de células de la cepa DH5α, un cultivo de 5 ml
estéril, dejarlo toda la noche a 37° C con agitación.
2. Agregar al día siguiente 100 ml de medio luria, 3ml del cultivo de células de
la cepa DH5α, incubar con agitación a 37°C hasta que alcance una
densidad óptica entre 0.4 a 0.6 (O.D. 600).
3. Centrifugar las células a 3000 rpm por 10 min. Se desecha el medio
sobrenadante y las células se resuspenden delicadamente en 20 ml. De
una solución 100 mM de CaCl₂ fría. (Es muy importante que la solución
este muy fría por que la pared de las células es muy delicada en este
momento y la temperatura ayuda a mantener la viabilidad de las células).
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4. Centrifugar de nuevo a 3000 rpm por 10 min. Resuspender en 1 ml de la
solución de CaCl₂ fría. Dividir el volumen en 10 tubos para microcentrífuga
de 1.5 ml estéril y conservar en hielo.
5. Marcar cinco tubos como contro a, 1 ng a, 10 ng a, 100 ng, 300 ng a. Los
cincos restantes marcarlos igual pero con al letra b.
6. A los tubos con la letra ¨a¨ añadir la cantidad indicada del plásmido
pBluescript y a los tubos marcados con la letra ¨b¨ añadir la cantidad indica
del plásmido pBluescript-ATRAX, el cual lleva clonado del DNA de un gen.
A los tubos control no se les añadirá nada. Esto se hace para comprobar
que las baterías componentes recién preparados no estén contaminados
con otro plásmido.
7. Incubar el DNA con las bacterias durante 1 hora en el hielo. Durante este
tiempo de incubación se preparan 10 tubos de 5 ml con 1 ml de medio luria
líquido, y se marcan como los tubos del inciso 5.
8. Terminado el tiempo de incubación rápidamente se pasan los tubos a un
baño de 42°C (choque térmico) durante 1 min. al término de este minuto se
vuelven a pasar los tubos al hielo durante otro minuto, se les agrega 1 ml
de medio a cada tubo y se transfiere el medio a los tubos de 5 ml que se
prepararon.
9. Se incuban los tubos en agitación a 37°C durante una hora para permitir
que las bacterias se recuperen. Durante este tiempo de incubación a las
cajas con medio solido agar-luria, se les agrega 25µ de X-Gal y se extiende
con una espátula en un ambiente estéril (mechero).
10. Una vez transcurrido el tiempo de incubación se centrifugan los tubos a
3000 rpm durante 10 min., se decanta el medio y con el medio restante se
toma la totalidad de las bacterias y se siembran en las cajas en ambiente
estéril y se espátulan para extenderlas. Las cajas se dejan incubar en una
estufa a 37°C.
11. Al día siguiente se cuenta el número de colonias, y se calcula la
competencia de las células dividiendo el número de colonias obtenidas en
cada caja por la cantidad de DNA (en microgramos) que se agrego.
Unas células muy bien preparadas deben de dar una competencia entre
10⁵ y 10⁶. Unas células muy componentes pueden estar en el orden de
hasta 10⁸.
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Referencias bibliográficas
Consepcion, J., Puerta, B., Cludia, P., Ureña, P., Practicas de biología
molecular. Pontifica Universidad Javeriana.
Sambrook, J., Fritsch, E., Maniatis, T. 1989 Molecular cloning. Cold Dpring
Harbor Laboratory Press.
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Practica 8
FUNDAMENTOS DE LA CLONACIÓN.
Objetivo
El alumno aprenderá la utilidad de la clonación para investigación actual.
Introducción
El desarrollo de métodos para la introducción de DNA en células de mamíferos, ha
hecho posible expresar genes clonados en una gran variedad de tipos de células
de diferentes estructurales, y para identificar elementos involucrados en el control
de la expresión genética. En este tipo de estudios se inserta la secuencia de
interés en un vector de expresión apropiado, se clona en una bacteria, se amplifica
por replicación y posteriormente se utiliza para transfectar células de mamífero, de
insecto o bien para hacer organismos transgénicos.
Estas construcciones también pueden utilizarse para sobre-expresar
proteínas o fragmentos de proteínas las cuales son posteriormente purificadas
para hacer anticuerpos específicos contras esas proteínas.
La clonación tiene por lo tanto múltiples aplicaciones y últimamente con
ayuda de la ingeniera genética se han podido introducir mutaciones en genes que
codifican para proteínas de interés, para producir proteínas mutantes en grandes
cantidades en bacterias o en células de insecto o mamíferos. El introducir este
mutación en el gen, en sitios específicos, ha llevado muchas veces a encontrar
funciones para proteínas desconocidas, o a estudiar en células de mamífero cómo
se comportan estas proteínas mutadas y analizar a nivel celular su contribución a
una enfermedad determinada.
Las principales herramientas que un biólogo molecular tiene para poder
manipular el DNA son enzimas de restricción y otras enzimas modificadoras del
DNA. Las enzimas de restricción se unen específicamente y cortan el DNA de
doble cadena en sitios específicos en secuencias llamadas sitios clasificadas en 3
grupos: el grupo I y III cortan el DNA en su secuencia blanco y después se disocia
del sustrato. El grupo II consiste de un sistema binario, el cual lleva una
endonucleasa que corta una secuencia específica de nucleótidos y una metil-
transferasa por separado que modifica la misma secuencia blanco. Este tipo de
enzimas son las que han sido ampliamente utilizadas en biología molecular. La
mayoría de las enzimas reconocen 4,5 o 6 nucleótidos específicos los cuales
generalmente son palindromes. Existen también enzimas que reconocen 6
nucleótidos específicos los cuales generalmente son palindromes. Existen también
enzimas que reconocen 6 nucleotidos o mas, pero las secuencias no son exactos
o están degeneradas. Hay enzimas que cortan justo en el eje de simetría creando
fragmentos de DNA cohesivos.
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El DNA restringido con una cierta enzima posteriormente puede ser ¨ligado¨
a un vector que haya sido cortado con la misma enzima ya que tendrán extremos
complementarios. Muchas veces al diferir con dos enzimas diferentes. Ya ligar
estos fragmentos a veces se puede formar un nuevo sitio de reconocimiento para
una tercera enzima de restricción.
El conocer toras estas combinaciones, ha hecho que los biólogos
moleculares cuenten con muchas herramientas para poder manipulas los genes o
el gen que codifican para una proteína particular a su conveniencia.
Cuestionario
1. ¿Cuáles son las propiedades de las endonucleasas del grupo II que las hacen
útiles para la clonación?
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Figura: Mapa de restricción del plásmido YIP5 de 5,541 pb. Los números indicados
después de cada enzima de restricción indican las posiciones de los sitios de corte.
Indicar los tamaños de los fragmentos que se obtendrían tras la digestión de los
plásmidos YIP5 con las siguientes enzimas de restricción:
EcoRI
EcoRI y Eagl,
Hindilll y Apal
Hindilll y Smal
Pvull y Eagl
Apal y Pvull
Se transfiere el ADN del gel (iii) mediante la técnica de Soutjern blot. ¿Qué
fragmentos hibridaran con una sonda de DNA del vector pBR322, marcada con
P32?
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5´ATGGGGTAGAATTCGAATTCAAGCTTGGCCCTGCAGGGATCC3´
Indicar las secuencias potenciales de reconocimiento de las enzimas de
restricción, si las hay, en la forma de doble hélice de DNA.
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5. A continuación se muestran los sitios internos de corte del gen humano Cyp1A en
el plásmido PCMvSport6.
Enzima Corte
1 2
BamH I 1,773
Sph I 1,577 2,444
EcoRI 1,515 1,071
HInC II 732 1,345
Suponga que ha digerido este inserto con las encimas indicadas en la tabla
anterior cada una por separado, y con BamH I- EcoRI. Lleve a cabo el análisis de
los productos de digestión después de haber realizado una electroforesis de un gel
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teñido con bromuro de etidio. En el esquema del gel mostrado a continuación
indicar en cada carril las bandas que se espera obtener para cada muestra.
BamH I -
kb Marcador BamH I Sph I EcoRI HLnC II EcoRI
23,000
9,000
6,000
4,000
2,322
2,027
565
125
Referencias bibliográficas
Sambrook, J., Fritsch, E., Maniatis, T. Molecular cloning. Cold spring Harbor
Laboratory Press.
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Practica 9
REGULACIÓN GÉNICA EN PROCARIONTES.
Objetivo
El alumno entenderá el proceso de regulación génica en procariontes.
Introducción
Un Operón es grupo de genes estructurales cuya expresión está regulada por los
mismos elementos de control (promotor y operador) y genes reguladores.
El promotor (P): se trata de un elemento de control que es una región del ADN con
una secuencia que es reconocida por la ARN polimerasa para comenzar la
transcripción. Se encuentra inmediatamente antes de los genes estructurales.
Abreviadamente se le designa por la letra P.
El operador (O): se trata de otro elemento de control que es una región del ADN
con una secuencia que es reconocida por la proteína reguladora. El operador se
sitúa entre la región promotora y los genes estructurales. Abreviadamente se le
designa por la letra O.
El gen regulador (i): secuencia de ADN que codifica para la proteína reguladora
que reconoce la secuencia de la región del operador. El gen regulador está cerca
de los genes estructurales del operón pero no está inmediatamente al lado.
Abreviadamente se le denomina gen i.
Las cepas normales de E. coli son inducibles, de manera que en ausencia del
inductor (la lactosa), la proteína represora producto del gen i se encuentra unida a
la región operadora e impide la unión de la ARN-polimerasa a la región promotora
y, como consecuencia, no se transcriben los genes estructurales.
El operón lactosa también está sujeto a un control de tipo positivo, de manera que
existe una proteína que estimula la transcripción de los genes estructurales. En los
sistemas de control negativo existe una proteína que que impide la transcripción
de los genes estructurales, en los sistemas de control positivo existe una prteína
activadora que estimula la transcripción de los genes. En principio existen cuatro
tipos de sistemas posibles de regulación de la expresión génica:
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Tipo 3: Represible, control negativo (operón triptófano y operón histidina)
Por supuesto, un operón pude estar sujeto a más de un tipo de control, como
sucede en el caso del operón lactosa que esta bajo control negativo ejercido por la
proteína represora y bajo control positivo ejecutado por una proteína activadora
por catabolitos (CAP) también llamada proteína activadora del AMP cíclico (CRP).
El control positivo del operón lactosaa como veremos está estrechamente
relacionado con la Represión catabólica.
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Cuestionario
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3. Explicar porque las mutaciones I del operón lac son recesivas frente al
alelo silvestre I+ y por qué I+ es recesivo frente a las mutaciones I5.
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4. ¿Qué significa que las mutaciones Oc del operón lac sean dominantes
en cis?
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5. Completar el siguiente cuadro.
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8. Describir y explicar, con ayuda de esquemas como funcionan el cAMP y
CAP en el operón de la lactosa.
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Referencias bibliográficas
Klug W.S y Cummings M.R. 2002. Essentials of Genetics. 4Th ed. Prentice Hall.
Upper Sadle River N.J. 508 pp.
Lewin B. 2001. Genes VII. Oxford Press. New York. 990 pp.
Lewis M., Chang G., Horton N.C., Kercher M.A., Pace H.C., Schumacher M.A.,
Brennan R.G y Lu P. 1996. Crystal structure of the lactose operon repressor and
its complexes with DNA and inducer. Science 271: 1247-1254.
Niu W, Kim Y., Tau G., Heyduk T y Ebright R.H. 1996. Transcription activation ar
class II CAP-dependent promoters: two interactios betwwn CAP and RNA
polymerase. Cell 87: 1123-1134.
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Practica 10
Objetivo
Introducción
Los acrecentadores son elementos que tiene una organización modular, es decir,
tienen sitios de unión para diversos factores transcripcionales, son tejidos
específicos y todos aumentan la tasa de transcripción.
Los silenciadores también tienen una organización modular pero al contrario en los
enhanceres, estos tienen un efecto negativo sobre la transcripción. Una
característica compartida tanto por los acrecentadores como por los silenciadores
en que se pueden actuar sobre un promotor independientemente de su posición,
es decir, pueden encontrarse rio arriba o rio abajo del promotor y potenciar o
reprimir su trascripción. A los acrecentadores y silenciadores se unen factores
transcripcionales que pueden atraer actividades remodeladoras de la cromatina
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como acetiltransferasas de hisotonas para favorecer una estructura ¨abierta¨ o
bien desacetilasas de hisotonas para favorecer una estructura ¨cerrada¨.
Los islotes son elementos que tienen una actividad neutra, es decir no tienen
efecto sobre la transcripción, no son promotores, ni silenciadores. Son elementos
contitutivos, es decir que se mantienen a lo largo de la diferenciación celular y que
no son tejidos específicos. Estos islotes se han encontrado en algunos casos
enmarcando a un gen o a un grupo de genes y se ha propuesto que correspondan
a los limites físicos de los dominios transcripcionalmente activos. Se ha propuesto
que estos elementos son capaces de ayudar a la formación de un dominio
transcripcionalmente activo protegiéndolo del silenciamiento por
heterocromatizacion y de la acción de elementos de regulación adyacentes al
dominio. Funcionalmente los islotes se definen porque con capaces de bloquear la
acción de un acrecentador sobre su promotor únicamente cuando esta
posicionados entre el acrecentador y el promotor, es decir, su actividad depende
de su posición, al contrario de los silenciadores y de lo acrecentadores.
Cuestionario
(b) ¿Por qué la actividad del gen reportero disminuye con el fragmento C?
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
(c) Al analizar otras de las clonas del fragmento B que se obtuvieron, hay una
en particular que tiene mutada la caja TATA (sitio de unión TBP). De
acuerdo a los valores obtenidos para los distintos fragmentos (A, B y C),
¿cuál será la actividad hipotética del gen reportero si se ensaya este
fragmento?
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
45
2. Se está tratando de determinar la función de un fragmento de DNA
genómico que tiene varios posibles sitios de unión a factores de
transcripción. Se quiere determinar si se trata de un silenciador, o de un
islote. El alumno todavía no lo sabe pero esa región es un islote. Se
tiene el siguiente vactor y se decide seguir la estrategia de
transfecciones transitorias en el problema No.1:
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
__________________________________________________________________
46
Referencias bibliográficas
47
Practica 11
BIOLOGÍA GENÓMICA
Objetivo
Introducción
Material
Diskettes o discos compactos (CD) nuevos.
Equipo
Computadora con conexión a internet
Programa de alineamiento
Programa para análisis filogenético
Métodos
1. Investigar la biología de las especies que conforman al genero Canis y de
Lycaon pictus.
2. Entrar a la dirección electrónica del Gene Bank: http://ncbi.nlm.nih.gov/
3. Seleccionar las secuencias nucleotidicas del citocromo b de las especies
que se agrupan en el género Canis.
4. Guardar la información en un disco
5. Alinear las secuencias con el programa de alineamientos que hayas
seleccionado.
6. Utilizar el programa para análisis genéticos y generan el o los arboles
filogenéticos, utilizando a L. pictus como grupo externo
7. Analizar los resultados e inferir la historia filogenética del genero Canis.
Referencias bibliográficas
Gotelli, D., Sillero-Zubiri, G.D, M.S. Roy, D.J Giramn, J. Garcia-Moreno, E.A.
Ostrander y R.K. Wayne 1994. Molecular genetics of the most endangered canid:
the etiopian wolf Canis simensis. Mol . Ecol. 3, 301-312.
Martin, L.D. 1989. Fossil history of the terrestrial carnivore. En : Gittleman, J.l.
(Ed) Carnivore behavior, ecology and evolution. Pp 536-568 Cornell University
Press. New York.
49
Practica 12
ESTUDIO GENEALOGICO EN GENETICA HUMANA
Objetivo:
Introduccion:
Procedimiento:
La práctica en sí consiste, en primer lugar, en el reconocimiento de las variaciones
fenotípicas para cada uno de los caracteres monogénicos que se describen a
continuación, de donde el alumno deducirá su genotipo en cada caso. Los datos
se tomarán en una hoja como la que se indica al final de esta práctica. Se usará
una hoja de datos para cada persona.
2) Línea frontal del pelo. Puede ser continua o tener un saliente frontal en el centro
denominado "pico de viuda". Obviamente las personas calvas no se pueden
contabilizar.
4) Pigmentación del iris. Ojos azules frente a ojos más oscuros, sean éstos
verdes o marrones. Lo que se compara es la ausencia total o no de pigmentación
en la superficie del ojo. En ausencia de ésta, se observa la lámina interna azul del
iris, y los ojos serán totalmente azules. La presencia de pigmento en las capas
superiores del iris enmascara en mayor o menor grado el color azul del fondo.
Otros genes determinan el color exacto y su intensidad para ojos verdes,
marrones, etc., pero en esto no nos fijaremos.
6) Dedo meñique doblado. El meñique puede estar recto, o bien con la última
falange doblada hacia el dedo anular. Se colocan ambas manos relajadas sobre
una mesa y se observa si los dedos están paralelos o si los meñiques se doblan
hacia dentro.
7) Longitud relativa del dedo índice. Dedo índice más o menos largo que el anular.
Se realiza la observación como en el caso anterior. Se trata de un carácter de
expresión influenciada por el sexo.
51
8) Hoyuelos faciales a ambos lados de la boca. Presencia o ausencia de hoyuelos
en las mejillas.
9) Presencia de pelo en las segundas falanges de los dedos. Aunque sólo haya
algo de pelo en alguna de las diez falanges, se considera como fenotipo positivo.
10) Dedo gordo del pie corto. El dedo gordo del pie puede ser más corto o más
largo que el índice adyacente.
52
I
1 2 3 4
II
1 2 3 4 5 6 7 8 9
III
1 2 3 4 5
Los varones se representan con cuadrados, las mujeres con círculos, y por
rombos los individuos de los que no se conocen los datos (II.9). Las parejas se
unen por una línea horizontal. Los descendientes se disponen bajo una línea
horizontal desde la que parte una línea vertical por individuo, excepto en el caso
de mellizos (III.4 y 5) o gemelos fraternos (II.4 y 5), que se indican por líneas
convergentes (ver figura). Los individuos que muestran el fenotipo en estudio se
indican rellenando el símbolo.
53
Referencias:
54
HOJA DE DATOS 1
Parentesco:
Fenotipo Fenotipo
Lóbulo de la oreja ..... separado ..... unido Dedo autoestopista ..... presente..... ausente
Pico de viuda .... presente .... ausente Longitud del índice ..... corto ..... largo
Lengua en U ..... capaz ..... incapaz Dedo meñique ..... curvado ..... recto
Pigmentación del iris .... presente ..... ausente Hoyuelos faciales .... presentes... ausentes
Pelo en 2ª falanges .... presente .... ausente Dedo gordo del pie ..... corto ..... largo
Detección PTC: …. SI .… NO
HOJA DE DATOS 2
Parentesco:
Fenotipo Fenotipo
Lóbulo de la oreja ..... separado..... unido Dedo autoestopista ..... presente..... ausente
Pico de viuda .... presente .... ausente Longitud del índice ..... corto ..... largo
Lengua en U ..... capaz ..... incapaz Dedo meñique .... curvado ..... recto
Pigmentación del iris ... presente ..... ausente Hoyuelos faciales.... presentes... ausentes
Pelo en 2ª falanges ... presente ..... ausente Dedo gordo del pie ..... corto ..... largo
Detección PTC: …. SI .… NO
HOJA DE DATOS 3
Parentesco:
Fenotipo Fenotipo
Lóbulo de la oreja ..... separado..... unido Dedo autoestopista ..... presente..... ausente
Pico de viuda ..... presente .... ausente Longitud del índice ..... corto ..... largo
Lengua en U.... capaz ..... incapaz Dedo meñique.... curvado ..... recto
Pigmentación del iris.... presente..... ausente Hoyuelos faciales .... presentes... ausentes
Pelo en 2ª falanges.... presente..... ausente Dedo gordo del pie ..... corto ..... largo
Detección PTC: …. SI .… NO
55
Practica 13
ESTUDIO DE LA HERENCIA POLIGENICA
RECUENTO DE LAS LÍNEAS DE LAS HUELLAS DACTILARES
Objetivo:
Que el alumno comprenda la importancia del estudio de la herencia poligenica. Y
comprenda el estudio que será totalmente de las líneas de la huella (en inglés:
total ridge count o TRC)
Introducción:
56
ARCOS LAZOS ESPIRALES
Los patrones de los dibujos de las huellas se pueden clasificas en tres grupos
principalmente: arcos, lazos y espirales. El arco es el patrón más simple y menos
frecuente. En las huellas donde aparecen lazos, las líneas aparecen en tres
direcciones, encontrándose en un punto intermedio (el trirradio) con ángulos de
unos 120 grados. En el centro del punto de encuentro se forma un triángulo. Los
lazos pueden denominarse radiales o cubitales, dependiendo de hacia dónde
estén inclinados; por ejemplo, un dedo meñique presentará un lazo radial si su
trirradio se abre hacia el pulgar de su misma mano. Un lazo cubital será aquel que
del pulgar se abra hacia el meñique de la misma mano. El patrón espiral presenta
dos trirradios (formándose dos triángulos). Las frecuencias de estros tres patrones
en la población son de 5,0% para el arco, 5,4% para el lazo radial, 63,5% para el
lazo cubital, y 26,1% para el espiral.
- Trisomía 21: dedos con lazos cubitales generalmente, lazos radiales en dedos 4
y 5.
- Trisomía 18: líneas poco desarrolladas, gran frecuencia de arcos (media de 7-8
con al menos un arco). En los pulgares sin arcos, con lazos radiales, recuentos
TRC bajos.
- Síndrome de Turner (45,X): alto recuento TRC sin aumento de espirales.
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Materiales:
Regla
Metodologia:
1.- Recogida de un juego completo de huellas dactilares propias.
2.- Clasificar las huellas de acuerdo a su morfología.
3.- Determinar el recuento total de líneas (TRC) de un juego completo de huellas.
4.- Construír un histograma de la distribución de frecuencias con los datos
obtenidos del grupo de prácticas.
5.- Discutir las características de la herencia poligénica y el por qué de su difícil
análisis.
Bibliografia:
Gotelli, D., Sillero-Zubiri, G.D, M.S. Roy, D.J Giramn, J. Garcia-Moreno, E.A.
Ostrander y R.K. Wayne 1994. Molecular genetics of the most endangered canid:
the etiopian wolf Canis simensis. Mol . Ecol. 3, 301-312.
Martin, L.D. 1989. Fossil history of the terrestrial carnivore. En : Gittleman, J.l.
(Ed) Carnivore behavior, ecology and evolution. Pp 536-568 Cornell University
Press. New York.
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Resultados:
pulgar derecho (I) índice derecho (II) corazón dcho (III) anular derecho meñique
(VI) dcho(V)
pulgar izquierdo (I) índice izquierdo (II) corazón izdo (III) anular izdo (IV) meñique izdo
(V)
59
mano derecha
patrón
obtenido:
_________ _________ _________ _________ _________
recuento
recuento _________
total =
mano dcha
mano izquierda
patrón
obtenido:
_________ _________ _________ _________ _________
recuento
recuento _________
total =
mano izda
60
Recogida de datos del grupo de prácticas
sexo
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
61
22
23
24
media TRC
mujeres:
________
media TRC
varones:
________
Preguntas de la práctica:
1.- ¿Cuál es la media TRC para la clase? ¿Existen diferencias en las TRC medias
para los varones y mujeres?
5.- De haber recogido datos de una población mucho mayor ¿crees que el gráfico
presentaría otro aspecto? Razona tu respuesta.
62
Practica 14
ESTUDIO DE POLIMORFISMOS
ANÁLISIS DEL GRUPO SANGUÍNEO
Objetivo:
El objetivo del analisis del gurpo sangineo es analizar un polimorfismo evidente
fenotípicamente, como es el de los grupos sanguíneos. Se pretende dar a conocer
la base genética de los grupos sanguíneos más importantes. Se determinarán los
grupos sanguíneos de cada alumno mediante la extracción de unas gotas de
sangre por punción del cuarto dedo de una mano con una lanceta estéril.
Introducción:
Los polimorfismos son el reflejo de la diversidad genética de la especie. Se dice
que existe un polimorfismo en un determinado locus cuando hay más de un alelo
presente en la población con una frecuencia superior al 1%. Aunque un individuo
sólo puede presentar como máximo dos alelos distintos para un locus, un estudio
poblacional puede revelar la presencia de múltiples alelos para ese locus,
especialmente en ciertos loci que son altamente polimórficos.
Una pequeña proporción de los polimorfismos en el ADN dará lugar a diferencias a
nivel de los aminoácidos codificados, produciendo por tanto un polimorfismo de
proteínas. Pero la mayoría de los polimorfismos en las secuencias de ADN
ocurren en ADN no codificante, y no tienen por tanto efecto fenotípico (se
denominan silenciosos). La causa de que la mayor parte de polimorfismos sean
silenciosos es, por una parte, que la gran mayoría del genoma humano consiste
en ADN no codificante; y por otra, que este ADN está sometido a menores
presiones selectivas.
En esta práctica abordaremos el estudio de polimorfismos humanos de dos
maneras muy distintas. En primer lugar se estudiará el polimorfismo del locus AB0
que determina el grupo sanguíneo. Puesto que es éste un polimorfismo fenotípico,
y además la penetrancia es del 100%, el análisis se hará directamente sobre el
producto génico.
Materiales:
Sangre de los indviduos.
Metodologia:
Sistema AB0
La determinación de grupos del sistema AB0 se efectúa enfrentando los
hematíes problema con antisueros de especificidad conocida: anti-A, anti-B y anti
A,B (grupo 0). La aglutinación o no aglutinación de los hematíes ensayados frente
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a cada uno de los antisueros es indicativa de la presencia o ausencia de los
correspondientes antígenos en los mismos.
1.- Dividir un porta en cuadrados. Rotular las divisiones: anti-A, anti-B y anti-AB.
2.- Con una lanceta estéril realizar una punción en el cuarto dedo de una mano.
3.- Depositar en cada cuadrado una gota muy pequeña de la sangre a ensayar.
4.- Añadir 1 gota de cada antisuero en su respectivo cuadrado.
5.- Mezclar bien la sangre con el reactivo empleando palillos distintos para cada
ensayo.
6.- Mover la placa lentamente por rotación a temperatura ambiente. Examinar
macroscópicamente la aparición de aglutinación a los 2 minutos.
Sistema Rh (anti-D)
La presencia del antígeno D se determina enfrentando los hematíes problema, en
un medio proteico alto, con suero anti-D. La aglutinación o no aglutinación de los
hematíes ensayados es indicativa de la presencia o ausencia del correspondiente
antígeno en los mismos.
1.- Depositar una gota de suero anti-D sobre un porta rotulado.
2.- Sobre otro porta depositar una gota de Autocontrol Rh-hr CROMATEST.
3.- Añadir a cada porta 2 gotas de sangre de un tamaño aproximado a la gota de
suero en él depositada.
4.- Con palillos distintos mezclar reactivo y sangre de forma que cubran una
extensión de unos 2 cm cuadrados.
5.- Colocar los portas sobre la lámpara visualizadora precalentada (45º).
6.- Mover la lámpara lentamente con movimientos pendulares durante 2 minutos,
observando macroscópicamente la aparición de cualquier signo de aglutinación .
Lectura
Reacción negativa: ausencia de aglutinación al cabo de los 2 minutos.
Reacción positiva: aglutinación visible a los dos minutos y ausencia de aglutinación
con el autocontrol. La reacción positiva indicará cuál es el antígeno presente en los
eritrocitos (por ej. si sale aglutinación en la casilla “A” el grupo sanguíneo será A).
Si los hematíes presentasen aglutinación en el Autocontrol, dar el resultado como no
válido.
Cuestionario:
65
Practica 15
OBJETIVO
INTRODUCCION
METODOLOGIA
1. Utilizando una navaja corte las puntas radiculares que han crecido en la
base de la cebolla colocada en agua; descarte las raíces mayores a 2 cm.
Coloque la mitad de las puntas radiculares en colchicina y la otra
proporción en solución de Carnoy. Mantenga las muestras siempre frescas
y no deje que se sequen en ningún momento. Sea precavido con la
66
colchicina ya que es venenosa (lave inmediatamente cualquier area de
contacto)
2. Después de unas horas en la solución de Carnoy, remueca cuatro puntas
radiculares y coloque las puntas en la solución de maceración (1:1 de
alcohol: HCl). Cronometre bien el tiempo en estos pasos, a intervalos de
dos minutos remueva las puntas radiculares a viales con 45% de acido
acético marcado con 2, 4,6 y 8 minutos. Las puntas radiculares deberán
permanecer por lo menos durante 15 minutos en acido acético al 45%.
3. Agregue una gota de acetocarmin a un portaobjeto y tranfiera la punta
radicular macerada por dos minutos en el carmín. Utilice agujas con puntas
finas (entomológicas) para remover la punta de 1mm. Descarte la opción
restante de la raíz, adicione acetocarmin a la punta si es necesario.
Detenga la punta de la raíz con una aguja de diseccion (de preferencia con
punta de dicromo) y rasge la punta; durante este procedimiento la
acetocarmina se tornara ligeramente morado, esto es ventajoso ya que
acelera la reacción de la tinción de la cromatina. Si se expone mucho a la
punta de acero la tinción formara un precipitado oscuro que puede arruinar
la preparación.
4. Ponga un cubreobjetos limpio y adicione acetocarmin para rellenar los
espacios bajo el cubreobjetos. Invierta cuidadosamente la preparación y
coloque en los bordes de papel secante; presione con cuidado, pero no
fuerte para aplastar las células. No deje que se resbale a los lados la
preparación.
5. Caliente en un mechero de alcohol la preparación con la muestra arriba
para diferenciar la tinción (los cromosomas se tiñen mas y el citoplasma se
aclara), cuide que no hierva la preparación de acetocarmina.
6. Con la punta del borrador de un lápiz presione ligeramente la preparación
para aplanar mas las células.
7. Puede en este paso sellar los lados del cubreobjetos con barniz de uñas.
8. Examine la preparación del microscopio utilizando un filtro verde para
mejor claridez. Si las células están conglomeradas y no aplanadas,
descarte la preparación y utilice las puntas radiculares que se encuentran
maceradas a 4 minutos y si aun no hay éxito utilice las de mayor tiempo.
Aunque la maceración prolongada resulta en fallas en la captación de
tinción del núcleo y cromosomas.
9. No haga las preparaciones de forma mecánica, hágalas de una en una y no
apresuradamente. Guarde mejor la preparación para posteriores estudios.
Si las mantiene por más de 2 o 3 días es mejor colocarlas en una caja de
petri con un poco de papel secante húmedo y mantenerlas en el
67
refrigerador. Normalmente las mejores preparaciones se encuentran
durante los primeros días después de preparadas.
10. Las puntas colocadas en la colchicina deben removerse después de 6
horas, colocarse en solución de carnoy par fijarse. Después de la fijación se
aplastan y tiñen en acetocarmin.
11. El numero de cromosomas de la cebolla común allium cepa es e 2n=16
Referencias:
Gotelli, D., Sillero-Zubiri, G.D, M.S. Roy, D.J Giramn, J. Garcia-Moreno, E.A.
Ostrander y R.K. Wayne 1994. Molecular genetics of the most endangered canid:
the etiopian wolf Canis simensis. Mol . Ecol. 3, 301-312.
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