BIOQUÍMICA

TEMARIO

1. Actividad enzimática. Conceptos. Composición

enzimática.
2. Especificidad. Sitio activo. Complejo enzima – sustrato.
3. Factores que afectan la actividad enzimática. Inhibición
enzimática.
4. Clasificación y nomenclatura enzimática.
5. Regulación enzimática.
6. Isoenzimas. Ejemplos. Enzimas de escape.
No se transforman ni se pierden en la reacción.

No modifican el resultado final de la reacción sino que sólo favorecen que se obtenga a mayor
velocidad el producto.

Las enzimas se unen a los sustratos por medio de interacciones hidrofóbicas y electrostáticas,
puentes de hidrógeno y fuerzas de van der Waals.
Composición enzimática: Parte proteica + Parte no proteica.

• Parte proteica: Apoenzima (carece casi siempre de actividad por sí

sola).
• Parte no proteica: grupos prostéticos.
- cofactores: metales o coenzimas (compuestos orgánicos).

HOLOENZIMA (Enzima activa)= APOENZIMA + COFACTOR o COENZIMA

Grupos prostéticos
Se caracterizan por estar íntimamente asociados a la estructura proteica de las
enzimas (apoenzimas) mediante uniones covalentes o no covalentes, le dan
actividad a la enzima.

- Cofactores:
• Iones metálicos (que son los grupos prostéticos más comunes). Existen enzimas
que los contienen los iones asociados fuertemente a ellas, las metaloenzimas:
Mg2+, Fe2+, Cu2+, Zn2+.
• Coenzimas son compuestos orgánicos, tales como el fosfato de piridoxal, flavina
mononucleótido (FMN), flavina adenina dinucleótido (FAD), derivados de
vitaminas.
Estructura química de las enzimas
• Presentan una estructura globular.
• Tienen un sitio activo: lugar donde se reconoce el sustrato y posteriormente se une a él a través de
interacciones hidrofóbicas y electrostáticas, puentes de hidrógeno y fuerzas de van der Waals, favorececiendo
que se lleve a cabo la reacción. Normalmente adquiere la forma de una hendidura o bolsillo, que protege
a los sustratos unidos a él del medio, los fija y al mismo tiempo facilita la catálisis.
• Las enzimas tienen alta especificidad y afinidad por un sustrato, el cual transforma y favorece la
formación de productos finales resultados de esta reacción.
• Hay enzimas que también presentan un sitio alostérico: el que no va a unirse a un sustrato, ni va a
participar modificándolo, sino que se van a unir a los efectores alostéricos, que modifican la configuración
espacial de la enzima, alterando así su eficacia catalítica (la activan o la inhiben). Estas enzimas son las
denominadas enzimas alostéricas, las que desempeñan un papel esencial en el control del metabolismo.
Algunos fragmentos de ARN también tienen capacidad de catalizar reacciones relacionadas con la
replicación y maduración de los ácidos nucleicos, las ribozimas.
Sitio activo
Los aminoácidos de la enzima que participan en la interacción con el sustrato están
alejados unos de otros en la secuencia lineal de aminoácidos de la proteína; pero
como resultado del plegamiento de ésta, se agrupan para formar el sitio activo de
la enzima, un arreglo geométrico de aminoácidos complementario a los grupos
químicos del sustrato.

Sólo se necesitan tres puntos de contacto entre la enzima y el sustrato para que
ocurra la discriminación entre dos moléculas muy parecidas.
Actividad enzimática
En la actividad enzimática participan tres
actores:
1- El sustrato.
2- La enzima.
3- El producto.
Cinética enzimática
Especificidad enzimática
Cientos de enzimas y miles de sustratos coexisten en el reducido espacio de una
célula.
Dada la gran especificidad de cada enzima por su sustrato, no ocurren cambios
químicos inespecíficos por acción de una enzima sobre moléculas diferentes a su
sustrato.
Lo anterior contribuye a mantener el orden dentro de la célula y permite la
regulación de su metabolismo, a pesar de la alta concentración de moléculas
presentes y de su intenso tráfico.
Especificidad enzimática
Las enzimas son extremadamente específicas, tanto en función de la reacción que
catalizan como del sustrato o de un grupo de sustratos relativamente relacionados
sobre los que actúan.
- Especificidad de sustrato: Las enzimas actúan específicamente sobre un único
sustrato o sustratos relacionados, esto va a depender de la unión enzima-
sustrato.
- Especificidad de función: se refiere a que un mismo compuesto puede ser
sustrato de varias enzimas, que lo transforman en distintos productos.
Especificidad enzimática
1- Modelo de la llave y la cerradura: el sustrato queda perfectamente
ajustado a la enzima para que ésta lleve a cabo su acción catalítica en la
formación del producto (o los productos).
Especificidad enzimática
2- Modelo del ajuste inducido: implica la distorsión de la enzima y del
sustrato al unirse a ella, mediante su ajuste, la enzima fuerza al sustrato
a adoptar una conformación de tensión. La acción catalítica de una
enzima implica la capacidad de su estructura proteica para moldearse
ante la presencia del sustrato.
 Factores que afectan la velocidad de reacción
enzimática.
1. Concentración de la enzima.
2. Concentración del sustrato.
3. Concentración del producto.
4. Presencia de Inhibidores.
5. pH.
6. Temperatura.
 1- Concentración enzimática
Saturación enzimática.
 2- Concentración de sustrato

La velocidad de la reacción se va a incrementar en la medida que aumente la concentración del sustrato,

hasta un punto en que esta velocidad se hace constante porque acaban los sustratos.
 3- Concentración del producto
Retroalimentación negativa.
Cuando se acumula el producto, se inhibe la reacción enzimática, la que
se reanuda una vez vayan disminuyendo.
 4- Presencia de inhibidores
1. Inhibición competitiva:
• Está relacionada con la presencia de sustancias “parecidas” al sustrato en su facilidad para unirse a los sitios activos
de la enzima, en este caso, una enzima puede unirse a la sustancia equivocada y en consecuencia, la reacción
esperada no ocurre. Puede revertirse incrementando la concentración del sustrato, el cual desplazaría a estas
sustancias parecidas, de su sitio activo.
• Es muy útil en medicina, es utilizada como mecanismo de acción de muchos fármacos como antibióticos,
antihipertensivos, etc.

2- Inhibición no competitiva:
• La unión puede ser reversible o irreversible. Puede ocurrir en el sitio activo o en otra parte de la enzima y puede o
no impedir la unión del sustrato, pero sí modifica la velocidad con que este es transformado y se diferencia de la
inhibición competitiva, en que su efecto no puede ser revertido por el simple aumento en la concentración del
sustrato.
• El carácter tóxico de muchas sustancias como el cianuro, el arsénico, el monóxido de carbono, el Hg y el Pb, se
explica por su potente inhibición no competitiva de determinadas enzimas.
 4- Presencia de inhibidores
3. Inhibición mixta:
• En la inhibición mixta, además de formarse los complejos binarios entre la enzima y el inhibidor y
entre la enzima y el sustrato, se puede formar el complejo ternario entre la enzima, el inhibidor y
el sustrato.
4. Inhibición acompetitiva:
• En la inhibición de tipo acompetitivo, el inhibidor no interactúa con la enzima libre, pero sí con el
complejo enzima-sustrato. Este tipo de inhibición se encuentra con frecuencia en las reacciones
en que participan varios sustratos y esto se debe a que el sitio para el inhibidor se crea, a través
de un cambio conformacional en la enzima, cuando uno de los sustratos se une al sitio activo.
5- pH de la reacción

pH óptimo
6- Temperatura
Regulación enzimática
Con el fin de que la actividad de las vías metabólicas en los diferentes compartimientos celulares se adapte a
las necesidades cambiantes de la célula, existen enzimas reguladoras dentro de cada vía.
La pérdida de este control tiene consecuencias perjudiciales para la célula y el organismo. Dependiendo de la
importancia de la vía metabólica y de la gravedad de la lesión molecular, este defecto puede conducir a la
muerte celular o a enfermedades graves.
Principales mecanismos:
1. Síntesis o degradación de la enzima.
2. Inhibición por producto.
3. Inhibición o activación por producto final (inhibición o activación alostéricas).
4. Modificación química de la enzima.
5. Asociación con otras proteínas o moléculas de ácido ribonucleico.
Clasificación y nomenclatura enzimática.
- Cuando fueron descubiertas la enzimas, fueron nombrándose por quién las descubría,
incluso eran o podían ser renombradas posteriormente por otros investigadores.
- Con frecuencia no existía más norma que:
- el sufijo -asa-
- precedido del nombre del órgano de donde se había aislado (pancreasa).
- del sustrato sobre el que actúan (ureasa) o del tipo de reacción catalizada (hidrolasa).
- En otros casos, el nombre de la enzima no proporcionaba indicaciones sobre su
procedencia o función (tripsina).
 Clasificación y nomenclatura enzimática según
Comité de Nomenclatura Enzimática.
Cada enzima tiene un nombre sistemático único que indica el sustrato (o
sustratos) de la reacción y naturaleza de la misma, todo ello precedido de un
código numérico que identifica el tipo de reacción que cataliza y el sustrato sobre
el que ejerce su acción.
Así pues, todas las enzimas se identifican por un número de cuatro dígitos, así
como por un nombre sistemático, que consta del sustrato (o de los sustratos)
sobre el que actúa, seguido del tipo de reacción y terminado en el sufijo –asa-. En
consecuencia, por ejemplo, la enzima E.C. 1.1.1.1 es la alcohol: NAD+ óxido-
reductasa.
 Clasificación y nomenclatura enzimática según
Comité de Nomenclatura Enzimática.
Con estos criterios, todas las enzimas se incluyen en seis clases, que a su vez se
subdividen en subclases y éstas en subsubclases.
Oxido reductasas
Catalizan reacciones de óxido-reducción entre dos sustratos:
S1 (reducido) + S2 (oxidado) ↔ S1 (oxidado) + S2 (reducido)
- Son aquellas enzimas que catalizan la transferencia de electrones o átomos de
hidrógeno entre diferentes sustratos.
- En esta categoría entran las deshidrogenasas, reductasas, oxidasas, peroxidasas,
hidroxilasas y oxigenasas.
Transferasas
Transfieren un grupo diferente del hidrógeno de un sustrato a otro:

(S1 +G) + S2 ↔ S1 + (S2+ G) Hexocinasa

Los grupos que se transfieren pueden ser amino, carboxilo, carbonilo, metilo,
fosforilo (ATP) y acilo, de acuerdo al grupo transferido se han establecido las
correspondientes subclases:
- transaminasas, transmetilasas, las transcarboxilasas, aciltransferasas, fosfotransferasas
(hexocinosa), glucotransferasas, fosforribosiltransferasas, pirofosfotransferasas y metiltransferasas.
Hidrolasas
Catalizan la ruptura hidrolítica de uniones C–O, C–N, C–C :

(A – B) + H2O ↔ (A – H) + (B – OH)

Entre las hidrolasas se encuentran:

- las esterasas, las fosfatasas, las peptidasas, amidasas y glucosidasas.
Liasas
Catalizan la eliminación atómica de grupos en enlaces C–C, C–N, C-O,
dando lugar a la formación de dobles enlaces, sin la participación de
agua u oxidación.
Entre las liasas se encuentran:
- las descarboxilasas, aldolasas, las hidratasas, las deshidratasas, las
desaminasas y las sintasas.
Isomerasas
Esta clase está constituida por un grupo heterogéneo de enzimas, que
catalizan distintos tipos de reordenamientos intramoleculares.
Dichos reordenamientos pueden ser cambios geométricos, ópticos o
estructurales (isómeros de posición) de una molécula.

En función del tipo de isomería que catalizan, pueden denominarse:

- isomerasas, racemasas, epimerasas, cistransisomerasas,
tautomerasas, mutasas o clicloisomerasas.
Ligasas
Catalizan la unión de dos moléculas, utilizando la energía de la
hidrólisis de una molécula de ATP o compuesto de similares
características.
- dióxido de carbono ligasa.
Síntesis o degradación de la enzima
Mientras haya concentraciones en aumento de la enzima a
una concentración constante de sustrato, la velocidad de
reacción también va a aumentar.
Para controlar las cantidades enzimáticas:
- Se puede alterar la transcripción y así, la síntesis del RNA
mensajero.
- Aumentando o disminuyendo la vida media del RNA
mensajero en el citosol.
- Variando la eficiencia con que se lee el RNA mensajero en
los ribosomas.
- Cambiando la velocidad de la degradación de la proteína
y así, su vida media.
Inhibición por producto
Debido a la semejanza que tienen los productos con los sustratos, la enzima se inhibe conforme el
producto se acumula.
Inhibición y activación alostéricas
Las enzimas que regulan el flujo de una vía metabólica se encuentran al principio de ésta o de
inmediato después de su bifurcación. Además, es frecuente encontrar más de una enzima
reguladora en una vía metabólica, lo que aumenta la posibilidad de su regulación.
La ubicación al inicio de la vía permite que no se acumulen productos que pueden resultar tóxicos
en caso de una desregulación.
Modificación química
La modificación química de las proteínas es uno de los mecanismos más socorridos para alterar, la
actividad de una enzima. Se le añaden grupos a la enzima que modifica temporalmente su
actividad.
- Fosforilación: transferencia de un grupo fosfato del ATP al grupo hidroxilo de un residuo de serina,
treonina y tirosina. Una vez que el estímulo desaparece, vuelven a quedar libres los grupos
hidroxilos y se recupera la actividad enzimática.
Modificación irreversible
- Este proceso de irreversibilidad es característico de las enzimas de la digestión, las que se forman
y se almacenan en formas precursoras inactivas por precaución y para evitar la autolisis celular.
- Una vez que se activan a través de la proteólisis ejercida por otras enzimas, ya se vuelve un
proceso irreversible.
ISOENZIMAS
Grupo de enzimas presentes en las células de diferentes
tejidos que van a tener afinidad por los mismos sustratos y
van a realizar la misma acción catalítica, poseen diferencias
estructurales, físicas, genéticas e inmunológicas diferentes.
Las características estructurales del sitio activo de estas
enzimas son iguales o muy similares entre sí, no son proteínas
idénticas.
- LDH: Formada por 2 unidades proteicas, H (corazón) y M
(músculo), las cuales pueden ser combinadas de 5 formas
diferentes.
- CK: De la que existen 3 isoenzimas:
• CKMB: músculo cardiaco.
• CKMM: músculo esquelético.
• CKBB: cerebro.
Enzimas de escape
Cuando las células de un tejido mueren debido a la interrupción del riego
sanguíneo, por ejemplo en infarto de miocardio, enfermedades degenerativas,
inflamación o crecimiento de células cancerosas, se liberan enzimas citosólicas a la
sangre.
La enzima que se libera a la circulación sanguínea depende del padecimiento y del
tejido afectado.