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UNIVERSIDAD D E LA SALUD
A D C IE N C IA S
FACULT A CLÍNICA
U R A E N Q U ÍM IC
LICENCIAT
BIOLOGIA MO L E C U L A R
NA G U A DA LU P E R O DR ÍGUEZ SANTIAGO
DOCENTE: MAGDALE RD O PA IS ANO ALVAREZ
ALUMNO: BR A ND EN E DU A
• EL INTENTO DE ALTERAR O MEJORAR
RASGOS HUMANOS COMPLEJOS, TALES
COMO LOS QUE SON CODIFICADOS POR
UN GRAN NÚMERO DE GENES.
• CORTAMOS EL ADN CIRCULAR DEL PLÁSMIDO CON ENZIMAS DE RESTRICCIÓN, PARA GENERAR
EXTREMOS COHESIVOS.
• CORTAMOS EL ADN QUE QUEREMOS MULTIPLICAR. DEBEMOS ASEGURARNOS DE QUE LOS EXTREMOS
DEL PLÁSMIDO Y LOS DEL ADN A INSERTAR SEAN COMPLEMENTARIOS Y PUEDAN UNIRSE.
• UNIMOS EL GEN QUE QUEREMOS INTRODUCIR (INSERTO) POR MEDIO DE LA ENZIMA ADN-LIGASA Y
LUEGO INTRODUCIMOS EL PLÁSMIDO CON INSERTO EN BACTERIAS.
• LAS CÉLULAS DE MAMÍFERO SON CÉLULAS QUE SE DERIVAN O SE AÍSLAN DEL TEJIDO DE
UN MAMÍFERO. EN ESTE EXPERIMENTO, LOS ESTUDIANTES SE PRESENTAN A CUATRO TIPOS
DE CÉLULAS DE MAMÍFEROS: FIBROBLASTOS, CÉLULAS EPITELIALES, LINFOCITOS Y
MACRÓFAGOS. LOS LINFOCITOS SE ENCUENTRAN DENTRO DE LA SANGRE. LAS CÉLULAS
EPIDÉRMICAS, LOS FIBROBLASTOS Y LOS MACRÓFAGOS SE ENCUENTRAN DENTRO DE LOS
TEJIDOS.
FIBROBLASTOS
• LOS FIBROBLASTOS SON UN GRUPO
HETEROGÉNEO DE CÉLULAS, TAMBIÉN
DENOMINADAS CÉLULAS FIBROBLÁSTICAS.
ESTAS SUBPOBLACIONES CELULARES INCLUYEN
LOS “FIBROBLASTOS CLÁSICOS” Y OTROS TIPOS
DE FIBROBLASTOS ESPECIALIZADOS COMO LOS
MIOFIBROBLASTOS, LOS LIPOFIBROBLASTOS, LA
CÉLULA INTERSTICIAL CONTRÁCTIL (CIC) Y LOS
PERICITOS.
CÉLULAS EPITELIALES
DE SENCILLA:
• UNA ENZIMA *ECO*RI SE UNE A UN SITIO *ECO*RI EN UN
FRAGMENTOS FRAGMENTO DE ADN Y HACE CORTES EN AMBAS
CADENAS DEL ADN. EL PATRÓN DE CORTE ES:
DE ENZIMAS
DE
RESTRICCIÓN
• DEESTA MANERA SE PRODUCE UN EXTREMO DE 5'-AATT-3' QUE SOBRESALE EN CADA
EXTREMO DEL ADN CORTADO. SI OTRO FRAGMENTO DE ADN TIENE SECUENCIAS
SOBRESALIENTES COMPLEMENTARIAS (PORQUE TAMBIÉN SE CORTÓ CON ECORI, POR
EJEMPLO), LOS EXTREMOS PUEDEN UNIRSE POR COMPLEMENTARIEDAD DE BASES. POR
ESTA RAZÓN SE DICE QUE LAS ENZIMAS QUE DEJAN EXTREMOS DE CADENA SENCILLA
PRODUCEN EXTREMOS COHESIVOS. LOS EXTREMOS COHESIVOS SON ÚTILES EN LA
CLONACIÓN PORQUE MANTIENEN DOS FRAGMENTOS DE ADN JUNTOS PARA QUE LA ADN
LIGASA LOS PUEDA UNIR.
• NO TODAS LAS ENZIMAS DE RESTRICCIÓN PRODUCEN EXTREMOS COHESIVOS. ALGUNAS
PRODUCEN "EXTREMOS ROMOS", CORTES A LA MITAD DE LA SECUENCIA BLANCO QUE NO
DEJAN EXTREMOS DE CADENA SENCILLA. LA ENZIMA DE RESTRICCIÓN SMAI ES UN
EJEMPLO DE ENZIMA QUE CORTA ASÍ: LA ENZIMA CORTA EN MEDIO DE ESTA SECUENCIA EN
AMBAS CADENAS Y PRODUCE EXTREMOS ROMOS. LOS SITIOS DE CORTE SON:
PREPARACIÓN DEL VECTOR
• CORTE CON LA(S) MISMA(S) ENZIMA(S) DE RESTRICCIÓN CON QUE SE DIGIRIÓ EL INSERTO Y
OBTENER UN ADN LINEAL. LA ESTRATEGIA DE CLONACIÓN DEBE DISEÑARSE PARA QUE EL
CORTE GENERE EXTREMOS CON SECUENCIAS COMPLEMENTARIAS A LOS EXTREMOS DEL
INSERTO A CLONAR.
• DESFOSFORILACIÓN DEL VECTOR CON LA FINALIDAD DE IMPEDIR LA AUTO LIGACIÓN DEL
VECTOR. SE REALIZA USANDO LA FOSFATASA ALCALINA BOVINA DE ORIGEN INTESTINAL
(CIP) O LA FOSFATASA BACTERIANA (BAP) QUE ELIMINA LOS GRUPOS FOSFATO 5’ DE UNA
CADENA DE ADN.
DESFOSFORILACIÓN
• LA DESFOSFORILACIÓN ES LA ELIMINACIÓN DE
UN GRUPO FOSFATO (PO 4 3− ) DE UN
COMPUESTO ORGÁNICO POR HIDRÓLISIS . ES
UNA MODIFICACIÓN POSTRADUCCIONAL
REVERSIBLE .
• LA DESFOSFORILACIÓN Y SU CONTRAPARTE, LA
FOSFORILACIÓN , ACTIVAN Y DESACTIVAN LAS
ENZIMAS DESPRENDIENDO O UNIENDO
ÉSTERES Y ANHÍDRIDOS FOSFÓRICOS .
ADAPTADORES
• UN ADAPTADOR ES UNA SECUENCIA DE
OLIGONUCLEÓTIDOS DE DOBLE CADENA QUE SE
UTILIZA PARA UNIR DOS MOLÉCULAS DE ADN. ES UNA
SECUENCIA CORTA CON UN EXTREMO ROMO Y UN
EXTREMO PEGAJOSO O COHESIVO. POR LO TANTO,
CONSTA DE UNA COLA MONOCATENARIA EN UN
EXTREMO, LO QUE MEJORA LA EFICIENCIA DE LA
LIGADURA DEL ADN.
LIGACIÓN
• LA LIGACIÓN ES EL ESTABLECIMIENTO DEL
ENLACE FOSFODIESTER DE LAS CADENAS DE
ADN. LA LIGASA CATALIZA EL PROCESO DE
FORMACIÓN DE ESTE ENLACE COVALENTE BAJO
UNAS CONDICIONES DETERMINADAS. ES
UTILIZADA PARA REPARAR CORTES EN CADENAS
DE DOBLE HEBRA. SU BASE BIOLÓGICA SE
ENCUENTRA EN LA UNIÓN DE FRAGMENTOS DE
OKAZAKI DURANTE LA REPLICACIÓN.
TRANSFORMACIÓN
• LA TRANSFORMACIÓN DE PLÁSMIDOS O VECTORES
ES EL PROCESO MEDIANTE EL CUAL EL ADN
EXÓGENO SE TRANSFIERE A LA CÉLULA HUÉSPED.
LA TRANSFORMACIÓN GENERALMENTE IMPLICA LA
ABSORCIÓN DE ADN EN CÉLULAS BACTERIANAS, DE
LEVADURA O VEGETALES, MIENTRAS QUE LA
TRANSFECCIÓN ES UN TÉRMINO GENERALMENTE
RESERVADO PARA LAS CÉLULAS DE MAMÍFEROS. EL
MÉTODO PARA LA TRANSFORMACIÓN DE UNA
CONSTRUCCIÓN DE ADN EN UNA CÉLULA HUÉSPED
ES LA TRANSFORMACIÓN QUÍMICA, LA
ELECTROPORACIÓN O EL BOMBARDEO DE
PARTÍCULAS.
• EN LA TRANSFORMACIÓN QUÍMICA, LAS CÉLULAS SE VUELVEN COMPETENTES (CAPACES DE
ABSORBER ADN EXÓGENO) MEDIANTE EL TRATAMIENTO CON CATIONES DIVALENTES COMO
EL CLORURO DE CALCIO, QUE PRODUCEN LA BACTERIA. PARED CELULAR MÁS PERMEABLE AL
ADN. EL CHOQUE TÉRMICO SE UTILIZA PARA FORMAR TEMPORALMENTE POROS EN LA
MEMBRANA CELULAR, LO QUE PERMITE LA TRANSFERENCIA DEL ADN EXÓGENO A LA
CÉLULA. EN LA ELECTROPORACIÓN, SE USA UN PULSO ELÉCTRICO CORTO PARA HACER QUE
LA CÉLULA BACTERIANA SEA TEMPORALMENTE PERMEABLE. EL BOMBARDEO DE PARTÍCULAS
SE UTILIZA NORMALMENTE PARA LA TRANSFORMACIÓN DE CÉLULAS VEGETALES. LAS
PARTÍCULAS DE ORO O TUNGSTENO SE RECUBREN CON LA CONSTRUCCIÓN DE ADN Y SE
FUERZAN FÍSICAMENTE A LA CÉLULA MEDIANTE UNA PISTOLA DE GENES.
SELECCIÓN DE CLONAS
RECOMBIANTES
• AGENTE DE SELECCIÓN: SON GENES CONTENIDOS
EN LA SECUENCIA DEL VECTOR, LOS CUALES LE
CONFIEREN CARACTERÍSTICAS ADICIONALES AL
SISTEMA DE CLONACIÓN (BACTERIAS, LEVADURAS,
ETC.), QUE PERMITEN LA IDENTIFICACIÓN Y
SELECCIÓN DE LAS CLONAS RECOMBINANTES, ES
DECIR, CLONAS QUE CONTIENEN EL FRAGMENTO
DE DNA DE INTERÉS.
MÉTODOS PARA LA IDENTIFICACIÓN DE CLONAS
• EL BANCO DE GENES PERMITE
CONSERVAR POR INGENIERÍA GENÉTICA,
LOS GENES DEL ADN DENTRO DEL
MATERIAL GENÉTICO DE BACTERIAS,
ESCOGIENDO EL MATERIAL MÁS
IMPORTANTE DE UN CONJUNTO Y
SUSTITUYÉNDOLO EN LA CADENA DE
MATERIAL GENÉTICO DE DICHA BACTERIA
O VIRUS.
BIBLIOTECAS GENOMICAS
• LOS BANCOS DE ADNC SE CONSTRUYEN A PARTIR DE
SECUENCIAS DE ARNM MEDIANTE UNA REACCIÓN IN
VITRO QUE SINTETIZA UNA PRIMERA CADENA DE ADNC
UTILIZANDO UNA ADN POLIMERASA CON ACTIVIDAD DE
TRANSCRIPTASA INVERSA. EL ARNM QUE NO SE COPIA A
ADNC SE ELIMINA CON LA ADICIÓN DE LA ENZIMA
ARNASA H. LA SEGUNDA CADENA DE ADNC,
COMPLEMENTARIA A LA OBTENIDA DE LA
RETROTRANSCRIPCIÓN, SE SINTETIZA EN UNA REACCIÓN
DE PCR (VÉASE CAPÍTULO DE REACCIÓN EN CADENA DE
LA POLIMERASA) O EMPLEANDO UNA DNAC POLIMERASA
QUE UTILICE LA CADENA SENCILLA DEL ADNC COMO
TEMPLADO.
GENOTECAS DE CDNA
GENOTECAS DE ADNG
• PARA CONSTRUIR BANCOS DE ADN ES NECESARIO AISLAR EL ADNG DEL ORGANISMO DE
INTERÉS. ESTE ADNG SE CORTA CON ENZIMAS DE RESTRICCIÓN PARA GENERAR
FRAGMENTOS CON EXTREMOS COMPLEMENTARIOS A LOS DEL VECTOR DE CLONACIÓN.
UNA VEZ QUE SE HA CONSTRUIDO LA GENOTECA, SE RASTREA EL CLON O CLONES QUE
PORTAN EL ADN CON EL GEN DE INTERÉS. LOS MÉTODOS MÁS FRECUENTES DE
IDENTIFICACIÓN DE CLONES RECOMBINANTES EN UNA GENOTECA SON LA HIBRIDACIÓN
USANDO ALGUNA SONDA MARCADA (VÉASE CAPÍTULO DE TÉCNICAS DE HIBRIDACIÓN), EL
USO DE ANTICUERPOS FRENTE A LA PROTEÍNA DE INTERÉS O LA SELECCIÓN DE CLONAS
POR LA ACTIVIDAD BIOLÓGICA DE LA PROTEÍNA.
• BIBLIOTECA DE CDNA DEBE CONTENER
CLONES SUFICIENTES DE MRNA.
HIBRIDACIÓN CON SONDAS DE DNA O RNA
MARCADAS RADIOACTIVAMENTE. LA
MEMBRANA SE SECA Y A SU SUPERFICIE
SE FIJA EL ADN RECOMBINANTE. POR
ULTIMO LA MEMBRANA SE INCUBA CON
UNA SONDA CON MARCA RADIACTIVA EN
CONDICIONES DE HIBRIDACIÓN.
BIBLIOTECAS DE ADNC
• ESTA SE CONSTRUYE A PARTIR DE MRNA DE
UN TIPO PARTICULAR DE CÉLULA, SE PRODUCE
CDNA UTILIZANDO TRANSCRIPTASA INVERSA
LA CUAL PRODUCE DNA DE UNA BANDA QUE
VA A CONVERTIRSE EN DNA DE DOS BANDAS
CON LA ENZIMA DNA POLIMERASA I. ESTE
DNA SE SOMETE EN FORMA ADECUADA A LA
REACCIÓN DE TRANSFERENCIA TERMINAL Y
LUEGO EL DNA RESULTANTE SE CLONA.
• LAS BIBLIOTECAS DE EXPRESIÓN SON
MUY SIMILARES A LAS BIBLIOTECAS MÁS
TRADICIONALES PERO EN LUGAR DE LA
DETECCIÓN DE ADN DE INTERÉS, LAS
BACTERIAS TRANSCRIBEN Y TRADUCEN
YFP Y UTILIZA UNA SONDA DE
ANTICUERPO PARA ENCONTRAR LA
COLONIA DE CÉLULAS QUE HAN
EXPRESADO YFP.
BIBLIOTECAS DE EXPRESIÓN
TAM IZ A J E D E BA NC OS D E
GENES
TEMA 8
GENERALIDADES DE SONDAS
• LAS SONDAS SON UNA SECUENCIA DE ADN O ARN DE CADENA SIMPLE QUE SE UTILIZA PARA ENCONTRAR
SU SECUENCIA COMPLEMENTARIA EN EL GENOMA DE UNA MUESTRA.
TIPOS DE SONDA
ADN ARN
Las sondas de ADN se generan de 3 Estas sondas se obtienen mediante un
maneras: proceso de transcripción in vitro a partir
1. Por vectores de clonación, donde los de
clones tienen una porción de ADN de un un ADN molde linear que incorpora
organismo determinado. nucleótidos marcados.
2. Amplificación de secuencias específicas Son de una sola hebra y susceptibles a
de ADN por PCR. la
3. A partir de ADN genómico aislado del degradación por acción de ARNsas.
núcleo de un organismo; estas sondas se Las sondas ARN tienen la ventaja de
utilizan en investigación viral, bacteriana o tener
genómica híbridos ARN-ARN más estables que los
ADN-ADN o los ADN-ARN.
TIPOS DE MARCADORES
ISOTOPOS RADIACTIVOS FLUORCROMOS NO ISOTÓNICAS
Los radioisótopos tienen Son compuestos químicos Ofrecen una estabilidad en
la foto reactivos que el marcaje de sondas, dan
propiedad emitir energía absorben energía de la luz resultados rápidos y de
en forma de radiación a determinada longitud de mejor resolución.
ionizante al buscar una onda y emiten esa luz a
configuración estable. Son una longitud de onda más
radioactivos por núcleo alta.
inestable.
TÉCNICAS DE MARCAJE
• SE UTILIZAN VARIOS MÉTODOS DE MARCAJE PARA DISTRIBUIRLO POR TODA LA SONDA, COMO LA PCR
CON DESOXINUCLEÓTIDOS (DNTP) O TRIFOSFATOS DE NUCLEÓTIDOS (NTP) MARCADOS, CEBADO
ALEATORIO Y DESPLAZAMIENTO DE MELLAS. EL MARCAJE TERMINAL ES PARTICULARMENTE ÚTIL PARA
INVESTIGAR LAS INTERACCIONES ENTRE ÁCIDOS NUCLEICOS Y PROTEÍNAS CON EL FIN DE EVITAR EL
IMPEDIMENTO ESTÉRICO.
MARCAJE DE AC
MÉTODOS DE BÚSQUEDA MOLÉCULAS
• HIBRIDACIÓN
• LOS FRAGMENTOS DE ADN SE TRANSFIEREN FUERA DEL GEL O DE LA MATRIZ A UNA MEMBRANA SÓLIDA, QUE
LUEGO SE EXPONE A UNA SONDA DE ADN MARCADA CON UNA SUSTANCIA RADIOACTIVA, FLUORESCENTE O
QUÍMICA. LA MARCACIÓN PERMITE QUE LOS FRAGMENTOS DE ADN QUE CONTIENEN SECUENCIAS
COMPLEMENTARIAS A LA SECUENCIA DE ADN UTILIZADA COMO SONDA SEAN VISUALIZADOS EN EL SOUTHERN
BLOT.
NORTHERM BLOT
• ES UN MÉTODO DE ANÁLISIS DE LABORATORIO QUE SE UTILIZA PARA ESTUDIAR EL ARN.
• LOS FRAGMENTOS DE ARN PURIFICADOS PROVENIENTES DE UNA MUESTRA BIOLÓGICA (COMO SANGRE O TEJIDO) SE
SEPARAN MEDIANTE CORRIENTE ELÉCTRICA PARA HACERLOS DESPLAZAR A TRAVÉS DE UN GEL O MATRIZ SIMILAR A UN
TAMIZ, QUE PERMITE QUE LOS FRAGMENTOS MÁS PEQUEÑOS SE DESPLACEN MÁS RÁPIDO QUE LOS FRAGMENTOS MÁS
GRANDES.
• LOS FRAGMENTOS DE ARN SE TRANSFIEREN FUERA DEL GEL O DE LA MATRIZ A UNA MEMBRANA SÓLIDA, QUE LUEGO SE
EXPONE A UNA SONDA DE ADN MARCADA CON UNA SUSTANCIA RADIOACTIVA, FLUORESCENTE O QUÍMICA.
• LA MARCACIÓN PERMITE QUE LOS FRAGMENTOS DE ARN QUE CONTIENEN SECUENCIAS COMPLEMENTARIAS A LA
SECUENCIA DE ADN UTILIZADA COMO SONDA SEAN VISUALIZADOS EN EL NORTHERN BLOT.
WESTERN BLOT
• ES UNA TÉCNICA DE LABORATORIO UTILIZADO PARA DETECTAR UNA PROTEÍNA ESPECÍFICA EN UNA MUESTRA DE SANGRE O
TEJIDO.
• LA PCR IMPLICA EL USO DE FRAGMENTOS CORTOS DE ADN SINTÉTICO, DENOMINADOS CEBADORES, PARA
SELECCIONAR UN SEGMENTO DEL GENOMA QUE SE AMPLIFICARÁ, Y LUEGO MÚLTIPLES SESIONES DE
SÍNTESIS DE ADN PARA AMPLIFICAR ESE SEGMENTO.
PASOS
• 1. DESNATURALIZACIÓN (96°C):
LA REACCIÓN SE CALIENTA BASTANTE PARA SEPARAR, O DESNATURALIZAR, LAS CADENAS DE ADN. ESTO PROPORCIONA LOS MOLDES DE CADENA
SENCILLA PARA EL SIGUIENTE PASO.
2. TEMPLADO (55 -65°C):
LA REACCIÓN SE ENFRÍA PARA QUE LOS CEBADORES PUEDAN UNIRSE A SUS SECUENCIAS COMPLEMENTARIAS EN EL MOLDE DE ADN DE CADENA SENCILLA.
3. EXTENSIÓN (72°C):
LA TEMPERATURA DE LA REACCIÓN SE ELEVA PARA QUE LA TAQ POLIMERASA EXTIENDA LOS CEBADORES Y SINTETICE ASÍ NUEVAS CADENAS DE ADN.
TIPOS DE PCR
• MÚLTIPLE
• ESTE TIPO DE PCR SE REFIERE AL USO DE REACCIÓN DE CADENA DE LA POLIMERASA PARA AMPLIFICAR
VARIAS SECUENCIAS DE ADN DIFERENTES SIMULTÁNEAMENTE. ESTE PROCESO AMPLIFICA ADN EN LAS
MUESTRAS QUE UTILIZAN MÚLTIPLES PRIMERS Y UNA ADN POLIMERASA MEDIADA POR TEMPERATURA EN
UN TERMOCILADOR.
EN TIEMPO REAL
• LA PCR EN TIEMPO REAL ES UNA MODALIDAD DEL PCR DE PUNTO FINAL, DONDE LA ACUMULACIÓN DE ADN
AMPLIFICADO ES DETECTADO Y CUANTIFICADO A MEDIDA QUE LA REACCIÓN AVANZA, ES DECIR: “EN
TIEMPO REAL” ESTO SE LOGRA INCORPORANDO UNA MOLÉCULA FLUORESCENTE QUE SE ASOCIA AL ADN
AMPLIFICADO, DONDE EL INCREMENTO DE ESTA FLUORESCENCIA ES LA PROPORCIONAL AL INCREMENTO
DE LA CANTIDAD DE MOLÉCULAS DE ADN AMPLIFICADAS EN LA REACCIÓN.
• EN LA RT-PCR, SE RETROTRANSCRIBE UNA HEBRA O CADENA O BANDA DE ARN EN ADN COMPLEMENTARIO
(ADNC) USANDO UNA ENZIMA LLAMADA TRANSCRIPTASA INVERSA O TRANSCRIPTASA REVERSA, Y EL
RESULTADO SE AMPLIFICA MEDIANTE UNA PCR TRADICIONAL.