Secuenciación y ensamblaje de novo de genomas bacterianos: una alternativa para el estudio de nuevos

patógenos
La obtención de herramientas bioinformáticas que permitan manipular la información de los genes en un organismo
bacteriano o eucariontes que se puede expresar en cualquier momento de su vida (NGS-next generation
sequencing).
Es un método poderoso para la rápida identificación de genes en un organismo.
Secuenciación de genomas La secuencia genómica provee un conjunto virtual de todas las proteínas que el
organismo puede expresar.
Método de secuenciación Este método de secuenciación de ADN fue diseñado por sanger ,Nicklen y coulson
automática de sanger también en 1977 se conoce como el método de los terminadores de cadena o
dideoxi.
La tecnología 454 conocido como la pirusecuenciacion fue la primera NGS en salir al mercado entre los años 2004
y 2005

Illumina en 2006, basada en secuenciación por síntesis, SOLiD en 2007 , basada en secuenciación por ligación, y
Ion Torrent en el año 2010 basada en detección de pH, las cuales necesitan de la amplificación del ADN
previamente a su secuenciación. Además, se han desarrollado tecnologías que no necesitan del paso inicial de
amplificación, sino que secuencian directamente una sola molécula de ADN, entre las que se encuentran Helicos,
salida al mercado en 2008 y SMRT Pacific Biosciences (PacBio) en 2010.

Características generales de Aplicaciones de las Ensamblaje de genomas

las tecnologías NGS tecnologías NGS en el
estudio de patógenos
La mayor ventaja ofrecida por Descifrar la secuencia genómica
las NGS es la capacidad para Las aplicaciones de las a partir de pequeños fragmentos
producir un inmenso volumen de tecnologías NGS se extienden a de ADN. Se le denomina
datos de forma económica. muchos campos de la biología, ensamblaje de genomas las
como la genómica, la estrategias para el ensamblaje se
De manera general, los pasos transcriptómica, la epigenética, la dividen en 2 categorías :
para el ensamblaje de novo genómica de poblaciones, la ensamblaje por comparación en
se resumen en la imagen. metagenómica, entre otros. el que se utiliza un genoma como
Inicialmente, la aplicación más referencia. – y el ensamblaje del
obvia fue la secuenciación de novo en el cual se utiliza la
genomas completos, incluyendo información obtenida de la
resecuenciación o secuenciación secuenciación para reconstruir el
de novo. Dependiendo cual es el genoma en cuestión.
microorganismo en cuestión.
Las herramientas empleadas chequean la calidad de las bases
Control (probabilidad de que la base asignada sea la correcta), la
de calidad distribución de los nucleótidos, la distribución del contenido de
GC, secuencias repetidas, entre otros parámetros. la
tendencia es a filtrar los reads que tengan poca calidad, o
Ensamblaje de genomas-novo cortarlos a partir de la posición en la cual la calidad comienza
a decaer.
los métodos de ensamblaje se basan en la simple suposición de que fragmentos de ADN altamente similares se originan
de la misma posición dentro del genoma. De esta manera, la similitud entre secuencias de ADN se usa para conectar
fragmentos individuales en secuencias contiguas más largas, denominadas contigs (secuencias consenso obtenidas a
partir del ensamblaje de los reads).. Las estrategias de ensamblaje son :Greedy, Overlap-LayoutConsensus y gráficos de
Bruijn, OLC (por sus siglas en inglés, Overlap-LayoutConsensus), Gráficos De Bruijn.

Evaluación de calidad de ensamblaje

Los indicadores métricos que permiten evaluar la calidad del ensamblaje cuantitativamente. Se calcula generalmente la
talla mínima, máxima y media de los contigs, así como la talla total del ensamblaje, la cual debe coincidir con la talla
esperada del genoma. Para una mejor valoración de la calidad, desde el punto de vista cualitativo, se puede realizar
el alineamiento de los reads con los contigs obtenidos, proceso denominado remapeo.

Terminación del genoma

Muchas veces se asocia también al proceso de cierre de gaps, pero esencialmente está dedicado a corregir los errores
que quedaron en el ensamblaje, y errores de secuenciación. Los métodos in silico-pc empleados durante la fase de
terminación del genoma incrementan considerablemente la posibilidad de cerrar el genoma. Aun así, cuando quedan
gaps entre los contigs, o las conexiones entre ellos son ambiguas, solo las técnicas de laboratorio pueden ayuda .
Entre las técnicas más empleadas se encuentran «chromosome walking», PCR múltiple optimizado asociado a
secuenciación Sanger, y la técnica mapa óptico. Pero estas técnicas son muy laboriosas y costosas.