Universidad del Valle de México Campus Lomas Verdes

Reporte de la práctica 3: Práctica virtual: Flujo y expresión de la información genética

Francisco González Luis Angel, Galán Aguilar Melissa, Hernández Hernández Oscar Hilario,
Mariage Pimentel Nery Xilonen, Sánchez Villaseñor Karla Sibely, Velazco Villalvazo Dalia del
Carmen.

Asignatura: Biotecnología de los alimentos

Licenciatura en QFBT

Periodo 2022-5

Docente: Joseph Guevara Luna

Fecha de entrega: 25 de agosto de 2022.

RESUMEN
Los ácidos nucleicos son macromoléculas presentes en todos los seres vivos cuya importancia
radica en sus funciones: almacenamiento, expresión y transmisión de información genética.
Este proceso es conocido como el dogma central de la biología molecular, aunque
actualmente es formalmente conocido como "flujo de información genética''. Para el
desarrollo de esta práctica, se utilizaron materiales virtuales proporcionados por el manual de
prácticas de la asignatura en los que se incluían cuestionarios o ejercicios a modo de
retroalimentación respecto al tema de biología molecular y el flujo de información genética.
Finalmente, a partir de los resultados obtenidos se llevó a cabo la discusión de la importancia
de conocer estos procesos biológicos y el cómo funcionan algunas de las herramientas
disponibles para la identificación de elementos como proteínas e incluso microorganismos a
partir de secuencias genéticas.

Palabras clave: ácidos nucleicos, biología molecular, flujo, información genética.

INTRODUCCIÓN codificantes que cumplen otras funciones.

La expresión génica es el proceso por el
cual la información codificada por un gen
se usa para producir moléculas de ARN
que codifican para proteínas o para
producir moléculas de ARN no
La expresión génica actúa como un
“interruptor” que controla cuándo y dónde
se producen moléculas de ARN y
proteínas y como un “control de volumen”

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para determinar qué cantidad de esos
materiales se produce.
El proceso de expresión génica está
cuidadosamente regulado, y cambia
considerablemente en diferentes
condiciones. Los productos de ARN y
proteínas de muchos genes sirven para
regular la expresión de otros genes. (NIH,
2002)
El dogma central de la biología molecular
es un proceso por el que las instrucciones
del ADN se convierten en un producto
funcional. La información genética
codificada y grabada en el ADN se
transcribe en casetes individuales
transportables, compuestos de ARN
mensajero (ARNm), cada casete de ARNm
contiene las instrucciones para la síntesis
de una proteína concreta (o un pequeño
número de proteínas) (NCBI, 2007).
Replicación.
Es el modo de perpetuar la información
genética, y asegurar una copia fiel de la
información en cada una de las células
producidas por división. En lo referente a
la transmisión de la información dentro de
la célula, los pasos fundamentales son dos:
Transcripción.
Consiste en la copia exacta de una de las
hebras de ADN a ARN; la secuencia de
ARN será exactamente igual a la del ADN
copiado, excepto por la presencia de
uracilo (U) en vez de timina (T).
(UVIGEN, s.f)
Traducción.
Implica la síntesis de proteínas haciendo
uso del código genético, que identifica
aminoácidos específicos a partir de un
conjunto de tres bases.
Los tres procesos son procesos de
polimerización, que pueden dividirse en
tres etapas: Iniciación, elongación y
terminación, definidas en cada caso por
eventos concretos.
Entre la transcripción y la traducción, hay
en ciertos casos un procesamiento de los
transcritos a fin de obtener ARN
mensajero (ARNm) maduro. Los
productos de la traducción también son
procesados. En cada caso hay en juego
elementos de señalización en la molécula
que porta la información (ADN, ARN o
proteína) para dar lugar a un copiado o
procesamiento correcto. (UVIGEN, s.f)
Código genético.
- Consiste en la asignación de
tripletes de nucleótidos (codones)
en el RNA mensajero (mRNA) a
cada uno de los aminoácidos que
formarán una cadena polipeptídica.
- Existen 64 combinaciones posibles
de codones. El código es
redundante, porque los 20
aminoácidos usualmente presentes
en los seres vivos son codificados
por 61 de estas combinaciones. Los
tres codones restantes actúan como
señales de terminación de la
traducción. (Andaño, 2007)
- Con muy pocas excepciones, el
código genético es el mismo en
casi todos los seres vivos.
Alimentos transgénicos consumidos por
el humano.
La mayoría de los cultivos transgénicos se
utilizan en la alimentación de animales
como vacas y pollos. Algunas frutas y
verduras frescas están disponibles en
variedades de OGM, pero la mayoría de
los OGM que la gente consume se
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encuentran en los alimentos envasados.
Entre los OMG disponibles para los
consumidores hay ciertos tipos de alfalfa,
manzanas, canola, maíz, algodón, papaya,
patatas, soja, calabaza de verano, betabel
azucarero y piña (FDA, 2022).
Un salmón del Atlántico criado en granja y
la carne de un tipo de cerdo han sido
aprobados para su uso alimentario pero
aún no se les puede ver en el mercado
porque no están ampliamente disponibles
(FDA, 2022).
Fundamento de la práctica virtual.
La simulación de prácticas virtuales
mediante la incorporación de problemas
profesionales de trabajo que se realiza por
parte de las ramas de la biotecnología,
donde se brinda los principios
fundamentales/básicos para la
comprensión de dicho proceso, y
promueve la capacidad para resolver
problemas, compromiso, formación de
convicciones y sentido de aprendizaje
duradero y transferible a nuevas
situaciones (Ordoñez, 2017).
PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA
El proceso de replicación se basa en una
copia exacta del código genético, para esto
se lleva a cabo previamente una
transcripción y una traducción para que de
esta manera se obtenga una molécula
idéntica de ADN. Para realizar este
proceso se pueden utilizar simuladores los
cuales facilitan este proceso, por otra parte
el uso de estos también nos ayuda a
identificar el genoma de diversos
organismos, para esto es necesario tener la
secuencia de dicho organismo para de esta
manera poder ser caracterizado.
JUSTIFICACIÓN
El uso de simuladores es de suma
importancia ya que por medio de estos
podemos caracterizar diferentes
organismos a partir de una secuencia de
nucleótidos o aminoácidos, para esto es
importante conocer el proceso de
traducción, ya que por medio de este se
lleva a cabo la secuenciación del ADN el
cual nos dará a conocer el tipo de
organismo con el que se maneja.
OBJETIVOS
General.
Aprender de manera puntual cómo se lleva
a cabo la información genética hasta el
proceso de la obtención de proteínas
mediante el uso de simuladores.
Específicos:
● Identificar el código genético de las
plantas y compararlo con otros
organismos existentes.
● Conocer la importancia del sistema
Blast en esté ámbito.
● Comprender la importancia del
proceso para el diseño de
organismos genéticamente
modificados y su uso en la
Biotecnología Alimentaria.
HIPÓTESIS
Se formuló una hipótesis de acuerdo a los
aspectos a estudiar en la práctica:
- Si conocemos que el “Dogma
central de la Biología molecular”
propone la existencia de
unidireccionalidad en la expresión
de la información contenida en los
genes, es decir, que el ADN es
transcrito a ARN mensajero y éste
es traducido a una proteína. Al
saber esto, podremos ser capaces
de diseñar organismos modificados
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genéticamente y utilizarlos dentro nuestra secuencia de nucleótidos, para esto

de la Biotecnología de los se seleccionaron las dos con mayor
alimentos. aproximación en su secuencia de
nucleótidos o aminoácidos. Y se registró
METODOLOGÍA
en la Tabla 1.
Tabla 1. Proteínas seleccionadas.

Definición Alcohol Alcohol

dehydrogen dehydrogen
ase class-P. ase class-3.

Accesión 4RQT_A 3UKO_A

Clase Oxidoreduc Oxidoreduc

Diagrama 1. Procedimiento experimental tasa tasa
de la práctica 3.
RESULTADOS Organismo Arabidopsis Arabidopsis
Durante la práctica realizamos mediante thaliana thaliana
simuladores una observación de lo que es
el ARN monocatenario y cómo E. value 0.0 5✖10-155
interacciona sus bases, además de realizar
% de 100 59.36
una traducción de nucleótidos de manera
identidad
manual en la búsqueda de conocer la
proteína indicada para la práctica.

Imagen 1. ARN monocatenario.

Imagen 2. Comparación de proteínas

identificadas por NCBI-BLASTP..
Imagen 3. Alcohol Dehydrogenase Crystal
Una vez identificada la proteína a partir de Structure [Arabidopsis thaliana] (Chen, et
NCBI, se observó cual poseía mayor al., 2015).
porcentaje de identidad, así como E.value,
para seleccionar la más adecuada según

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La imagen es una representación
estructural en 3D de la proteína Alcohol
dehydrogenase class-P
Imagen 4. Crystal Structure of
S-Nitrosoglutathione Reductase from
Arabidopsis thaliana, complex with NADH
[Arabidopsis thaliana] (Madej, et al.,
2014).
La imagen es una representación
estructural en 3D de la proteína Alcohol
dehydrogenase class-3.
ANÁLISIS DE RESULTADOS
Por parte del RNA monocatenario
(Imagen 1), se consideró para responder
que la zona con menor apilamiento de las
bases son entre los nucleótidos 5 y 6
debido a que dentro del
dodecarribonucleótido estos son los que
están presentes justo en el centro y a partir
del modelo de esferas, estas presentan muy
poca capacidad de unión con otras bases al
estar en ese estado compacto, además que
factores como las fuerzas de unión (como
las de Van der waals) pueden verse
interferidas en esta situación, llegando a
provocar también fuerzas de repulsión o de
conformación muy inestables, dando lugar
a que ciertas zonas sean más probables de
apilamiento antes que estas. (Herráez,
2012).
Para la selección de la proteína se tomó en
cuenta el porcentaje de identidad arrojada
por el algoritmo o programa informático
de NCBI BLAST, donde la primer proteína
indica un % de identidad del 100%
demostrando así cuan similar es la
secuencia query a la secuencia blanco o el
número de caracteres idénticos en cada
secuencia (Suárez, 2019), mientras que
arroja un valor de E-value de 0, por lo que
con estos dos datos podemos confirmar
que la secuencia de nucleótidos brindada
se trata de la primer proteína arrojada
(Imagen 3), sin embargo, aquí es donde se
presenta la comparación con la segunda
proteína arrojada (Imagen 4) donde
estructuralmente si se nota una gran
diferencia aún siendo que son de la misma
clase, esta proteína tiene un % de identidad
menor que la primera con un 59.36%
indicando una mayor diferencia entre el
parecido de la secuencia introducida y la
que nos presenta el programa, mientras
que el E-value es de 5✖10-155 un valor
más significativo, ya que este indica que el
número de resultados con igual puntuación
que la obtenida al azar es más pequeña que
la de la primer proteína, o que el azar
presentado es menor (Chicano, 2010), por
lo que, el valor es más confiable, además
que esta segunda proteína indica ser de la
misma especie que la primera pero de otra
clase además que esta compleja con el
NADH, algo relevante al considerar que
una alcohol deshidrogenasa tienen relación
con esta, al ayudarla en el proceso de
reducción del NAD+ y formar este
complejo enzima sustrato (García, 2020),
un indicio que resalta la relación de
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identidad entre la primer y segunda
proteína, dando mayor veracidad de
tratarse de la proteína arrojada “Alcohol
deshidrogenasa”. Es aquí donde
intervienen más consideraciones a tomar
en cuenta, si basarnos en el % id, E-value
o la relación enzima-sustrato. Por lo que,
para nuestro caso de validez se considera
que tiene más relación la segunda proteína
ya que considera el complejo presente,
además que su valor significativo de
E-value es menor, algo que en el caso de la
primera puede presentar alguna
intervención del proceso al presentar este
“azar” en la unión de los resultados, esta
justificación tomada por parte del E-value
es sustentada por un estudio de Chicano
(2010) donde realiza pruebas con
“E-value” y toma a consideración los
valores más pequeños arrojados como
correctos, así como Wieds (2007) que
indica E-value < 10e-100 como “secuencias
idénticas” mientras que 1<E-value <10e-6
cómo “podría ser un verdadero homólogo
pero es un área gris”.
Retomando el tema del programa
informático, dentro de NCBI-BLAST
existe la opción de utilizar otros
algoritmos en este proceso realizado para
la identificación de la secuencia de una
proteína, para nuestro caso, la mejor
opción fue BLASTP ya que compara
proteínas con una base de datos de
proteínas (sin embargo, la traducción en
nuestro caso de nucleótidos a aminoácidos
fue manual) lo cual pudo haberse evitado
utilizando BLASTX ya que traduce los
nucleótidos automáticamente y los
compara con una base de proteínas, algo
que no se podría realizar con BLASTN
debido a que compara nucleótidos con una
base de datos de nucleótidos (más utilizada
para secuencias de nucleótidos próximas
filogenéticamente, y puede haber mayor
diferencia al comparar) y no se
recomienda para buscar proteínas
homólogas de otros organismos, mejor
BLASTP/X o TBLASTX (aunque este es
más especializado para secuencias muy
distintas al ser más sensible), mientras que
TBLASTN compara proteínas con una
base de nucleótidos (antes los traduce),
pero aquí se puede presentar ciertas
variaciones en la presentación del orden en
los nucleótidos para la codificación de un
aminoácido y variar para la identificación
de idénticos. (Blanca et al., S.f).
Finalmente, tras la realización de una
consulta bibliográfica para determinar
diferencias en el código genético entre
animales y plantas se estableció que no
hay tales. Como describe Pauli (2005), los
bloques y la forma de las moléculas de
ADN entre animales y plantas son iguales
puesto a que ambas poseen células
eucariotas. Tal cuál, la única diferencia que
igualmente está presente en todo los seres
vivos reside en el orden de las bases
nitrogenadas que conforman a los ácidos
(adenina, citosina, guanina y timina).Sin
embargo, Pauil (2005) también menciona
que aunque algunas proteínas con las que
cuentan tanto los humanos como las
plantas tienen secuencias de ADN muy
similares, estas poseen diferentes
funciones en el organismo.
CONCLUSIÓN
A partir de simuladores y la aplicación de
la bioinformática se logró comprender
cómo se lleva la información genética de
los ácidos nucleicos en particular del ácido
ribonucleico para la obtención de proteínas
a partir del proceso de traducción presente
en las células al haberse simulado para la
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obtención de aminoácidos, así como se ● García, E. García, E. (2020). ADH,

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