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Aminoácidos y
Proteínas
MOVIMIENTO
Miosina, actina
TRANSPORTE CATÁLISIS
Enzimas
Albúmina, hemoglobina DIVERSIDAD DE
FUNCIÓN
ADHESIÓN COMUNICACIÓN
CELULAR Hormonas, proteínas de
Integrinas, caderinas señalización
DIVERSIDAD DE
ESTRUCTURA
PROTEÍNAS DE
MEMBRANA INMUNIDAD
Receptores, bombas Anticuerpos, complemento
ASISTENCIA
Histonas, chaperonas
Resultado de aprendizaje
R – NH2
O
R1 – NH – R2
R–C
R1 – N – R2 OH
–
R3
Levodopa Alanina
a-aminoácidos
Son aminoácidos en los que los grupos amino carboxilo están unidos al mismo
carbono, denominado carbono alfa (a).
Levodopa Alanina
a-aminoácidos
Son aminoácidos en los que los grupos amino carboxilo están unidos al mismo
carbono, denominado carbono alfa (a).
Alanina Levodopa
NH2 Ca COOH
L-a-aminoácido D-a-aminoácido
El carbono a (central) es quiral en
todos los a-aminoácidos clásicos,
excepto glicina.
a-aminoácidos clásicos
La cadena lateral es lo que le proporciona identidad y reactividad específica
a cada a-aminoácido.
(Triptofano)
(Arginina)
204Da
- +
R 75Da
(Glicina)
(Aspartato)
TAMAÑO CARGA
H Nucleofilicidad
Polar Apolar
Electrofilicidad
(Aspartato)
Redox
Tamaño de a-aminoácidos
El tamaño de las cadenas laterales es específico para cada a-aminoácido y este
tamaño repercute en su disposición cuando forma parte de proteínas.
Lisina
Prolina
Glicina
Fenilalanina
Fenilalanina
a-aminoácido apolar
Cadena lateral poco
soluble en agua y soluble
en lípidos.
Reactividad redox de a-aminoácidos
Existen pocos a-aminoácidos con la capacidad de entregar electrones. Dicha
actividad está determinada por la presencia de azufre (S) en la cadena lateral.
Modificación por
Metionina un oxidante O Sulfóxido
Fenilalanina Lisina
Serina
¡Es una
amida!
(base) (ácido)
R NH2
R
R COOH
H+
NH2 Ca COOH
H+
H
R NH3+ R COO-
Ionización de a-aminoácidos
Los grupos ionizados y no ionizados reciben nombres diferentes y tienen
distintas propiedades ácido-base.
R NH2 + H+ R NH3+
Grupo Grupo
AMINO
(base) AMONIO
(ácido)
R COOH R COO- + H+
Grupo Grupo
CARBOXILO
(ácido) CARBOXILATO
(base)
Ionización de a-aminoácidos
Por convención, las ionizaciones siempre se escriben como reacciones de
ácidos. La constante de acidez (Ka) indica el grado de acidez de estos grupos.
R NH3+ R NH2 + H+
Grupo Grupo
AMONIO
(ácido) AMINO
(base)
[base] [H+]
Ka =
[ácido]
R COOH R COO- + H+
Grupo Grupo
CARBOXILO
(ácido) CARBOXILATO
(base)
Ionización de a-aminoácidos
Cada vez que se valora el grado de acidez de dos o más grupo químico, se
comparan sus valores de Ka o pKa.
[base] [H+]
Ka = pKa = - Log Ka
[ácido]
MAYOR Ka Ka MENOR Ka
R
Asignar un valor de pKa a un
NH2 Ca COOH
grupo básico es UN ERROR.
pKa = 11
pKa = 3
H
Ionización de a-aminoácidos
Cada vez que se valora el grado de acidez de dos o más grupo químico, se
comparan sus valores de Ka o pKa.
R AH R A- + H+
¿A qué pH habrá más
ácido?
¿A qué pH habrá más base?
pH ¿A qué pH habrá iguales
pKa
concentraciones de ácido y
ÁCIDO
ÁCIDO BASE de base?
BASE ÁCIDO
BASE
Ionización de a-aminoácidos
El valor de pKa es el más útil, ya que permite deducir el estado de ionización
de los grupos ionizables de los aminoácidos a diferentes pH del medio.
R AH R A- + H+
¿A qué pH habrá más
ácido?
¿A qué pH habrá más base?
pH ¿A qué pH habrá iguales
pKa
concentraciones de ácido y
ÁCIDO
ÁCIDO BASE de base?
BASE ÁCIDO
BASE
Ionización de a-aminoácidos
Los a-aminoácidos presentan a lo menos dos grupos ionizables (y dos valores
de pKa), por lo que pueden sufrir a lo menos dos reacciones de ionización.
pH
ÁCIDO
ÁCIDO BASE
BASE
pKa1 = 3 pKa2 = 11
R R R
H+ H+
H+ H+
pKa = 11 pKa = 3 pKa = 11
H MEJOR PEOR H H
ÁCIDO ÁCIDO
Especie más abundante Especie más abundante Especie más abundante
a pH < 3 a pH entre 3 y 10 a pH > 10
Ionización de a-aminoácidos
Los a-aminoácidos presentan diferente carga neta, dependiendo de los pKa
de sus grupos ionizables y el pH del medio.
pH
ÁCIDO
ÁCIDO BASE
BASE
+1 pKa1 = 3 0 pKa2 = 11 -1
R R R
H+ H+
H+ H+
pKa = 11 pKa = 3
H H H
pH
ÁCIDO
ÁCIDO BASE
BASE
+1 pKa1 0 pKa2 -1
protonación
Especie zwitteriónica y punto isoeléctrico
La especie zwitteriónica es aquella con carga neta cero y el punto isoeléctrico
(pI) corresponde al pH en el cual sólo está presente esta especie.
pH
ÁCIDO
ÁCIDO BASE
BASE
pKa1 pI pKa2
Sólo zwitterión
presente
pH
ÁCIDO
ÁCIDO BASE
BASE
pKa1 pI pKa2
pKa1 + pKa2
pI =
2
Especie zwitteriónica y punto isoeléctrico
El punto isoeléctrico se calcula como un promedio de pKa de los 2 grupos
que, al ionizarse, generan el zwitterión.
pH
ÁCIDO
ÁCIDO BASE
BASE
pKa1 pI pKa2
3 7 11
R
¿Cuál es el punto isoeléctrico de este
a-aminoácido?
NH3+ Ca COOH
+2
+
Lisina pKa = 2,2 3 grupos ionizables En cada ionización, +1
H3
1 grupo carboxilo el grupo pierde un H+
pKa = 10.5 0
+
NH3 2 grupos amonio
pKa = 9,0 -1
protonación
pI = 9,8 pH
pKa1 pKa2 pKa3
+2 2,2
+1 9,0
0 10,5
-1
Especie zwitteriónica y punto isoeléctrico
Cuando un a-aminoácido presenta tres grupos ionizables (tres valores de
pKa), presentará tres reacciones de ionización.
+1
pKa = 4.3 pKa = 2,2 3 grupos ionizables En cada ionización, 0
2 grupo carboxilos el grupo pierde un H+
Ácido glutámico
+
NH3 -1
1 grupo amonio
pKa = 9,7 -2
protonación
pI = 3,3 pH
pKa1 pKa2 pKa3
+1 2,2
0 4,3
-1 9,7 -2
Clasificación de a-aminoácidos
Existen muchas formas de clasificar a-aminoácidos. Una de las más usadas es
por tipo de cadena lateral.
Leucina Fenilalanina
CO2
NH4+
Cofactores
Huevos
Frutos
secos Leche
Frutas y
verduras
Quinua Carnes y
Granos y legumbres pescados
R R
NH2 Ca CO NH Ca COOH
H H
H2O
Enlace peptídico
Este enlace forma una nueva función orgánica (amida), que tiene diferente
reactividad a la de los grupos carboxilo y amina que reaccionaron.
TRES ENLACES
PEPTÍDICOS
Péptidos
Son polímeros pequeños formados por hasta 100 residuos de a-aminoácido.
Presentan al menos un enlace peptídico.
4 CARBONOS a
4 RESIDUOS DE
a-AMINOÁCIDO
TETRAPÉPTIDO
Péptidos
Son polímeros pequeños formados por hasta 100 residuos de a-aminoácido.
Presentan al menos un enlace peptídico.
4 CADENAS
LATERALES
Péptidos
Son polímeros pequeños formados por hasta 100 residuos de a-aminoácido.
Presentan al menos un enlace peptídico.
4 GRUPOS
IONIZABLES
+NH
3-Cys-His-Glu-Met-COO
-
Residuo de metionina
Residuo de histidina (Met)
(His)
Péptidos
Son polímeros pequeños formados por hasta 100 residuos de a-aminoácido.
Presentan al menos un enlace peptídico.
+NH
3-Cys-His-Glu-Met-COO
-
NH2
NH2
NH2 COOH
COOH
COOH
DETERMINADA ESTABLECIDA
ESPECÍFICA
GENÉTICAMENTE COVALENTEMENTE
Cada proteína tiene su La secuencia de residuos Se mantiene por enlaces peptídicos
propia estructura depende de la secuencia de ADN (covalentes) entre los residuos que
primaria específica del gen que la codifica las conforman
Estructura primaria
La forma que adopta una proteína es la expresión espacial de la información
lineal de la estructura primaria.
Glucagón
NH2-His-Ser-Gln-Gly-Thr-Phe-Thr-Ser-Asp-Tyr-Ser-Lys-Tyr-Leu-Asp-Ser-Arg-
Arg-Ala-Gln-Asp-Phe-Val-Gln-Trp-Leu-Met-Asn-Thr-COOH
Niveles de organización proteica
A partir de la estructura primaria se obtienen niveles jerárquicos de
organización espacial de las proteínas.
Hélice a Hoja b
Estructura en Estructura en
forma de cable forma de sábana
(helicoidal) (plana)
Estructura secundaria
La hélice a se forma con mayor facilidad con residuos de cadena alifática,
como Met, Ala, Leu, Asp y Lys. Residuos de Pro provocan ruptura de la hélice.
EN PROMEDIO PRESENTA
3,6 RESIDUOS POR VUELTA
SE REPRESENTA COMO
UNA CINTA
ES DEXTRÓGIRA
Estructura secundaria
La hoja b se forma con mayor facilidad con residuos aromáticos y alifáticos
ramificados, como Thr, Val e Ile.
GENERALMENTE TIENE DE 3
A 10 RESIDUOS DE LARGO
SE REPRESENTA COMO
FLECHAS PARALELAS
ES EXTENDIDA
Estructura secundaria
La hoja b se puede presentar en dos conformaciones, dependiendo de la
dirección de la cadena polipeptídica (siempre de N-terminal a C-terminal).
Hacia el
C-terminal Hacia el
C-terminal
Hacia el
N-terminal Hacia el
N-terminal
CONFORMACIÓN CONFORMACIÓN
ANTIPARALELA PARALELA
Estructura de péptidos
Debido a su pequeño tamaño, oligopéptidos y péptidos no alcanzan altos
niveles de organización, sino usualmente estructura secundaria como máximo.
ALTERACIONES
MUTACIONES PÉRDIDA DE FUNCIÓN
ESPACIALES
Provocan la pérdida de la Cambios en la secuencia de los Puede ser total o parcial,
forma del dominio o que éste residuos de a-aminoácido de dependiendo de la alteración
ya no esté expuesto al medio un motivo
Conformación nativa de proteínas
Corresponde a la estructura espacial de menor energía de las proteínas, que
es la que expresa la función biológica.
Conformaciones de
plegamiento intermedio
Conformaciones de
plegamiento intermedio
CONFORMACIÓN
NATIVA
Conformación nativa de proteínas
Corresponde a la estructura espacial de menor energía de las proteínas, que
es la que expresa la función biológica.
HIDRÓLISIS DESNATURALIZACIÓN
Pérdida de organización Pérdida de organización
espacial debido a ruptura de espacial, sin pérdida de
enlaces peptídicos estructura primaria
Hidrólisis del enlace peptídico
Es la reacción inversa a la condensación que forma el enlace peptídico, por lo
que rompe el enlace y regenera a-aminoácidos libres.
R R
NH2 Ca CO NH Ca COOH
H H
H2O
Hidrólisis de proteínas
Dado que rompe el enlace peptídico, la hidrólisis provoca una disrupción de la
estructura primaria de las proteínas y, por lo tanto es irreversible.
Ácidos 100ºC
o bases Pepsina
fuertes 48 horas
Bromuro de
cianógeno Tripsina
ALTERA LA ESTRUCTURA
HIDRÓLISIS QUÍMICA HIDRÓLISIS CATALIZADA
PRIMARIA
Rompe enlaces peptídicos Producida por agentes Intervención de enzimas
químicos hidrolíticas (proteasas)
Desnaturalización de proteínas
Corresponde a la pérdida de la organización espacial de proteínas, sin pérdida
de la estructura primaria. Puede ser reversible.
Agentes
Temperatura
reductores
OVOALBÚMINA
(irreversible) Detergentes
Urea
Alta fuerza
iónica
CASEÍNA
(reversible) Ácidos y
bases débiles
LIPOPROTEÍNAS
METALOPROTEÍNAS
LDL
Calmodulina HEMOPROTEÍNAS
FLAVOPROTEÍNAS Hemoglobina
D-aminoácido
oxidasa
Grupos prostéticos
Estos grupos, generalmente unidos a la proteína conjugada por un enlace
covalente, permiten interacciones específicas con moléculas redox activas.
Intercambio de electrones
Grupos Fe-S Interacción con oxígeno
molecular
Grupo hem
FAD SUCCINATO
Intercambio de DESHIDROGENASA
átomos de hidrógeno (Complejo II mitocondrial)
Resultado de aprendizaje
Inhibidor alostérico
Sitio
alostérico
CONFORMACIÓN
Cooperatividad positiva
RELAJADA
Máxima avidez
por el ligando
Cooperatividad negativa
CONFORMACIÓN
TENSA
Mínima avidez
por el ligando
MIOGLOBINA HEMOGLOBINA
Proteínas de transporte de oxígeno
Son proteínas especializadas, que unen oxígeno molecular para transportarlo
entre tejidos. La unión a oxígeno se produce a través de los grupos hem.
Son hemoproteínas
Monómero Tetrámero
1 hem 4 hem
MIOGLOBINA HEMOGLOBINA
Estructura Estructura
(subunidad) terciaria cuaternaria
SIMILITUDES DIFERENCIAS
Regulación de hemoglobina y mioglobina
La hemoglobina, pero no la mioglobina, exhibe cooperatividad, debido a su
estructura cuaternaria. Además, la hemoglobina presenta regulación alostérica.
CONFORMACIÓN R CONFORMACIÓN T
Cooperatividad en la unión de oxígeno
La hemoglobina exhibe una cooperatividad positiva en la unión a oxígeno
molecular de sus subunidades.
O2
A baja presión de oxígeno, la hemoglobina se
encuentra en conformación tensa y lo une con
baja avidez
MIOGLOBINA
La avidez (afinidad) por O2 de cada proteína se
deduce a partir de cuán empinada está cada
curva (pendiente)
Saturación con O2
O2 O2
- 2,3BPG
pH = 7,6
A pH más básico (menos protones, pH = 7,6), la
Saturación con O2
Presión de O2
Relevancia biológica de la regulación de la
unión a oxígeno de hemoproteínas
Esta regulación explica la carga y descarga de oxígeno.
Mioglobina
La mioglobina es una proteína residente en tejido
muscular que actúa como reserva de O2, que sólo lo
descarga cuando la pO2 es mínima
Saturación con O2