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Enzimología
MOVIMIENTO
Miosina, actina
TRANSPORTE CATÁLISIS REACCIONES A LA
Albúmina, hemoglobina Enzimas
VELOCIDAD COMPATIBLE
CON LA VIDA
ADHESIÓN COMUNICACIÓN
CELULAR Hormonas, proteínas de
Integrinas, caderinas señalización
NECESIDAD DE
PROTEÍNAS DE CATALIZADORES
MEMBRANA INMUNIDAD
Receptores, bombas Anticuerpos, complemento
ASISTENCIA
Histonas, chaperonas
Resultados de aprendizaje
Succinato
deshidrogenasa
CATÁLISIS CINÉTICA
ENZIMAS ENZIMÁTICA ENZIMÁTICA
LDH
GGT
GOT
REGULACIÓN ENZIMAS
ENZIMATICA EN CLÍNICA
¿Cómo y por qué ¿Cuál es su utilidad
son reguladas? en clínica?
Enzimas
Son catalizadores biológicos que actúan aumentando la velocidad de las
reacciones metabólicas.
Succinato
deshidrogenasa Ribosoma
Unión de
sustrato Complejo
B Enzima-Sustrato
(ES)
A
ENZIMA
A+B C+D Catálisis
CICLO
SUSTRATOS PRODUCTOS CATALÍTICO
Enzima
Moléculas sobre las que Moléculas en las que se libre
actúa la enzima transforman los sustratos
Regeneración Complejo
de la enzima Enzima-Producto
C
(EP)
D
Sitio activo de las enzimas
Es un lugar tridimensional de la proteína enzimática al cual se une el sustrato
y donde se lleva a cabo la reacción (transformación del sustrato en producto).
SITIO ACTIVO
Residuos de
UNIÓN CON EL Residuos
SUSTRATO CATALÍTICOS Microambiente
favorable a la
reacción
Sitio activo de las enzimas
Esta formado por residuos lejanos en la secuencia lineal, pero que quedan
cercanos después del plegamiento tridimensional.
Secuencia lineal
Estructura tridimensional
Sitio activo de las enzimas
El sitio activo también se asocia con cofactores o coenzimas, si la enzima los
emplea.
COFACTOR
SITIO ACTIVO
COENZIMA
Microambiente
favorable a la
APOENZIMA reacción
HOLOENZIMA
Cofactores y coenzimas
Son moléculas no proteicas, indispensables para la catálisis, que se asocian
reversiblemente a las enzimas, como si fuesen un sustrato más.
Mg2+ Mn2+
Zn2+
Hexoquinasa Arginasa
Piruvato quinasa Fe2+, Fe3+ Superóxido dismutasa
Anhidrasa carbónica
Carboxipeptidasa
ADN polimerasa Cu+, Cu2+
Catalasa
Nitrogenasa
Alcohol deshidrogenasa
Citocromo oxidasa
Coenzimas y fuentes dietarias
Son moléculas orgánicas, la mayoría derivadas de vitaminas, las cuales
pueden ser suministradas a través de la dieta en diversos alimentos.
Ascorbato
Vitamina C
Coenzimo A
Ácido pantoténico
(Vitamina B5)
Coenzima Q10
Tetrahidrofolato
Ácido fólico (Vitamina B9)
NAD+ Niacina
NADP+ (Vitamina B3)
Grupos prostéticos
Son moléculas no proteicas, indispensables para la catálisis, que se
encuentran fuertemente asociados o unidos covalentemente a las enzimas.
Intercambio
de electrones
Grupos Fe-S Interacción con oxígeno
molecular
Grupo hem
SUCCINATO
FAD
DESHIDROGENASA
Intercambio de
(Complejo II mitocondrial)
átomos de hidrógeno
Grupos prostéticos y fuentes dietarias
Son moléculas no proteicas, indispensables para la catálisis, que se
encuentran fuertemente asociados o unidos covalentemente a las enzimas.
Biotina
Hem Vitamina H
FAD
Piridoxal
FMN Riboflavina
(Vitamina B2) fosfato
Piridoxina (Vitamina B6)
Grupos Fe-S
Ácido lipoico
Propiedades de las Son
enzimas catalizadores
No cambian
Pueden ser
la constante
reguladas
de equilibrio
PROPIEDADES
Trabajan en
condiciones de
pH y Son
temperatura específicas
determinadas
No se
consumen
durante la
reacción
Propiedades de las enzimas: Catálisis
Las enzimas aumentan la velocidad de una reacción miles o millones de veces,
sin alterar el equilibrio de la reacción.
MÁS MÁS
RÁPIDA
Ea LENTA
Propiedades de las enzimas: Catálisis
El único modo de alterar la energía de activación de una reacción consiste en
cambiar el mecanismo a través del cual ésta se produce.
MECANISMO DIFERENTE
DIFERENTE VELOCIDAD
Propiedades de las enzimas: Catálisis
Las enzimas participan en la reacción que catalizan, por lo que alteran su
mecanismo de tal forma que disminuyen la energía de activación.
Complejo
Enzima-Sustrato
Reacción no catalizada (ES)
S P
CICLO
CATALÍTICO
Enzima
Reacción catalizada libre
S+E ES EP P+E
Complejo
Enzima-Producto
(EP)
Propiedades de las enzimas: Catálisis
Las enzimas participan en la reacción que catalizan, por lo que alteran su
mecanismo de tal forma que disminuyen la energía de activación.
=1
Reacción no catalizada
=1
S P
Ea
=2
Energía
=1
SUSTRATOS Ea
ES =3
Reacción catalizada
=1 =2 =3 EP
PRODUCTOS
S+E ES EP P+E
Progreso de la reacción
Propiedades de las enzimas: Catálisis
La acción enzimática depende de dos etapas fundamentales: la unión a los
sustratos y la etapa catalítica.
=1
Reacción no catalizada Ea
=1
S P Ea
=2
Energía
=1
SUSTRATOS
ES =3
Reacción catalizada
=1 =2 =3 EP
PRODUCTOS
S+E ES EP P+E Unión a
sustratos
Catálisis
Progreso de la reacción
Unión a Catálisis
sustratos
Propiedades de las enzimas: Especificidad
Cada enzima es específica para sustratos y la reacción catalizada, debido a la
forma del sitio activo y a los residuos presentes en éste.
Residuos de
UNIÓN CON EL Residuos
SUSTRATO CATALÍTICOS
Cada enzima es específica para Cada enzima es específica para la
sus sustratos reacción que cataliza
Reacción catalizada
=1 =2 =3 =2
S+E ES EP P+E =1
Energía
SUSTRATOS
ES =3
Se ganan
interacciones
Reacción catalizada
=1 =2 =3 =2
S+E ES EP P+E =1
Energía
SUSTRATOS
ES =3
SUSTRATO
Cambio conformacional
COMPLEJO
ENZIMA
ENZIMA SUSTRATO
Propiedades de las Orientan a los
sustratos de
Mecanismos de
Reaccionan
catálisis con el sustrato
para generar
Generan un
entorno
estados de favorable para
transición la reacción
nuevos
MECANISMOS
Residuos de
UNIÓN CON Residuos
EL SUSTRATO CATALÍTICOS
Causan Generan un
distorsiones en entorno
el sustrato que desfavorable
son favorables para reacciones
para la reacción secundarias
Propiedades de las enzimas: Tº óptima
Las enzimas presentan una temperatura óptima de catálisis, determinada por
un equilibrio entre su efecto termodinámico y el de desnaturalización.
EFECTO TERMODINÁMICO
Velocidad de reacción
Las reacciones catalizadas por enzimas
aumentan su velocidad a medida que
aumenta la temperatura, hasta una Tº óptima,
Reacción
específica para cada enzima. catalizada por
enzimas
A mayor temperatura, se produce la Reacción no
catalizada
desnaturalización de la enzima, por
lo que la velocidad disminuye.
Temperatura
Propiedades de las enzimas: pH óptimo
En forma análoga a la temperatura óptima, las enzimas tienen un pH óptimo
para la catálisis.
Velocidad de reacción
responder o no al pH del medio.
Reacción
catalizada por
Una reacción catalizada por enzimas enzimas
siempre responderá al pH, ya que la
estructura proteica es alterada por la
acidez del medio. Reacción no
catalizada
pH 2 pH 7 pH 13
[R]
A medida que transcurre el tiempo, la
Concentración
Tiempo
Cinética enzimática: Velocidad de reacción
La velocidad de una reacción se puede cuantificar, ya sea midiendo la
desaparición de reactante o la aparición de producto.
[R]
La velocidad de reacción se cuantifica midiendo
Concentración
Pendiente
negativa la pendiente de la porción lineal de estas curvas
[P]
Δ [R] Δ [P]
Pendiente V=- =
positiva Δt Δt
Tiempo
Cinética enzimática: Velocidad de reacción
La velocidad de una reacción catalizada se llama actividad enzimática y es
proporcional a la concentración de complejo ES.
Reacción catalizada
S+E ES EP P+E
máxima
(Vmáx) Presenta dos porciones relevantes:
la velocidad inicial y la velocidad máxima.
Velocidad
inicial (V0)
La diferencia entre estas velocidades se explica
por la presencia de enzima libre o
[Sustrato] completamente saturada con sustrato.
Cinética enzimática: Velocidad inicial
Corresponde a la velocidad medida a bajas concentraciones de sustrato, a las
cuales aún existe enzima libre de sustrato (condición no saturante).
Velocidad
Velocidad
inicial (V0)
En condiciones de velocidad inicial, no hay
suficiente sustrato para “ocupar” a toda la
[Sustrato]
enzima presente.
Cinética enzimática: Velocidad inicial
Corresponde a la velocidad medida a bajas concentraciones de sustrato, a las
cuales aún existe enzima libre de sustrato (condición no saturante).
SUSTRATO ENZIMA
Velocidad
[Sustrato]
Cinética enzimática: Velocidad máxima
Corresponde a la velocidad medida a altas concentraciones de sustrato, a las
cuales toda la enzima está como complejo ES (condición saturante).
Velocidad
Velocidad
máxima
(Vmáx)
SUSTRATO ENZIMA
Velocidad
Velocidad
máxima
(Vmáx)
MUESTRA A
Velocidad
[Sustrato]
Cinética enzimática: Michaelis-Menten
Leonor Michaelis y Maude Menten definieron matemáticamente la curva de
saturación de sustrato.
Vmáx [S]
V= Michaelis Menten
Velocidad
KM + [S]
Constante de
Michaelis-Menten
[Sustrato]
Cinética enzimática: KM
La constante de Michaelis-Menten (KM) corresponde a la constante de
equilibrio de la disociación del complejo ES.
S+E ES EP P+E
DISOCIACIÓN
[ES]
Kafinidad =
[S] [E]
S+E ES EP P+E
DISOCIACIÓN
[S] [E] 1
KM = =
[ES] Kafinidad
Cinética enzimática: Relación entre KM y afinidad
Al ser el inverso de la afinidad, la KM nos permite deducir la afinidad de la
enzima por su sustrato.
Velocidad
Kafinidad
MENOR MAYOR
AFINIDAD
AFINIDAD
KM
[Sustrato]
Cinética enzimática: Cálculo de la KM
Matemáticamente, la KM puede calcularse como la concentración de sustrato
que produce la mitad de la Vmáx.
Vmáx
Velocidad
KM [Sustrato]
Cinética enzimática: Cálculo de la KM
Matemáticamente, la KM puede calcularse como la concentración de sustrato
que produce la mitad de la Vmáx.
ENZIMA A
Kafinidad
MENOR MAYOR
AFINIDAD
AFINIDAD
ENZIMA B
Velocidad
KM
Reacción catalizada
kcat Vmáx
kcat
S+E ES P+E KM KM
NÚMERO DE RECAMBIO (kcat) EFICIENCIA CATALÍTICA
Lineweaver Burk
1/Vmáx
KM/Vmáx 1 KM 1 1
= +
V Vmáx [S] Vmáx
1/[Sustrato]
- 1/KM
y = pendiente x + intercepto
Cinética enzimática: Lineweaver-Burk
Esta representación permite discriminar más fácilmente cambios de KM o
Vmáx de una enzima, o comparar estos parámetros para diferentes enzimas.
Aumenta la KM
1/Velocidad
Disminuye 1/KM
Si la Vmáx baja
1/Velocidad
Aumenta 1/Vmáx
Disminuye Vmáx/KM
1/Velocidad
Aumenta KM/Vmáx
A
¿Tienen la misma afinidad?
B
1/Velocidad
1/[Sustrato]
Cinética enzimática: Lineweaver-Burk
Esta representación permite discriminar más fácilmente cambios de KM o
Vmáx de una enzima, o comparar estos parámetros para diferentes enzimas.
A
¿Tienen la misma afinidad?
B
1/Velocidad
1/[Sustrato]
Cinética enzimática: Lineweaver-Burk
Esta representación permite discriminar más fácilmente cambios de KM o
Vmáx de una enzima, o comparar estos parámetros para diferentes enzimas.
A
¿Tienen la misma afinidad?
B
1/Velocidad
1/[Sustrato]
Cinética enzimática: Lineweaver-Burk
Esta representación permite discriminar más fácilmente cambios de KM o
Vmáx de una enzima, o comparar estos parámetros para diferentes enzimas.
A
¿Tienen la misma afinidad?
B
1/Velocidad
1/[Sustrato]
Resultados de aprendizaje
PMSF
(Modifica residuos de serina)
Yodoacetamida DMPA
(Modifica residuos de cisteína) (Modifica FAD)
INHIBICIÓN COMPETITIVA
CATÁLISIS El inhibidor interfiere con la etapa de unión al sustrato
INHIBICIÓN NO COMPETITIVA
S+E ES P+E
El inhibidor interfiere con la etapa catálisis
Sustrato
ENZIMA
ACTIVA
Sustrato
ENZIMA
ACTIVA
-I +I
Vmáx
-I
1/Velocidad
+I
Velocidad
1
Vmáx
KM KM 1 1
[Sustrato] - - 1/[Sustrato]
KM KM
Inhibición no competitiva de enzimas
Se produce por la unión del inhibidor a un sitio diferente del activo, afectando
sólo la catálisis.
ENZIMA
Sustrato
ACTIVA
Inhibidor
ENZIMA
Sustrato
ACTIVA
Inhibidor
+I
-I Vmáx
-I
1/Velocidad
1
Velocidad
Vmáx
+I
Vmáx 1
Vmáx
KM 1
[Sustrato] - 1/[Sustrato]
KM
Inhibición mixta de enzimas
Se produce por la unión del inhibidor a un sitio diferente del activo, afectando
la afinidad por el sustrato y la catálisis.
ENZIMA
Sustrato
ACTIVA
Inhibidor
ENZIMA
Sustrato
ACTIVA
Inhibidor
-I +I
Vmáx
-I
1/Velocidad
1
Velocidad
Vmáx
Vmáx
+I
1
Vmáx
KM KM 1 1
[Sustrato] - - 1/[Sustrato]
KM KM
Inhibición reversible de enzimas: Resumen
Los cambios en KM y Vmáx aparentes permiten discriminar el mecanismo de
inhibición enzimática de un inhibidor
TIPOS DE
REGULACIÓN
Escisión Modificación
proteolítica covalente
Regulación de enzimas: Modulación alostérica
Así como otro tipo de proteínas (por ejemplo, hemoglobina), algunas enzimas
están sujetas a regulación por moduladores alostéricos.
Sustrato
Sustrato
Activador Inhibidor
alostérico
Enzima alostérico Enzima
inactiva Enzima activa Enzima activa inactiva
Vmáx /2
K0.5 [Sustrato]
Regulación de enzimas: Modulación alostérica
La cinética de enzimas alostéricas es diferente a las enzimas Michaelianas
(que siguen cinética de Michaelis-Menten).
Grupos
Nombre de la Grupo que
modificables más
modificación modifica
frecuentes
O-fosforilación Ser, Thr, Tyr (-OH) Fosforilo Existen más de 100
N-glicosilación Asn (amida) Glicósido diferentes
modificaciones
O-glicosilación Ser, Thr (-OH) Glicósido
covalentes reversibles.
N-terminal, Lys
N-acetilación Acetilo
(amina)
N-metilación Arg, Lys (amina) Metilo
Regulación de enzimas: Modificación covalente
La reversibilidad de estas modificaciones es posibilitada por enzimas que
catalizan la modificación y otras que catalizan la remoción de la misma.
QUE LA MODIFICACIÓN
Enzima sin Enzima COVALENTE ACTIVE O
modificar modificada INACTIVE A LA ENZIMA ES
ESPECÍFICO DE LA ENZIMA.
Catalizada por
proteína quinasas
FOSFORILACIÓN
DESFOSFORILACIÓN
Catalizada por
proteína fosfatasas
Regulación de enzimas: Escisión proteolítica
Algunas enzimas son sintetizadas como zimógenos inactivos, activables por la
ruptura hidrolítica de una porción específica de su cadena polipeptídica.
Creatina fosfoquinasa
Baja actividad
plasmática
Alta actividad
plasmática
Leucocitos
Eritrocitos
Vesícula biliar
Páncreas
Páncreas
Sistema
inmune
Placenta
LDH2 LDH4
Eritrocitos