Aminoácidos, péptidos y proteínas

Tema 4: Proteínas: concepto, clasificación y función

Tema 5: Aminoácidos: estructura general y clasificación
Tema 6: Enlace peptídico y Niveles estructurales de las proteínas
Tema 7: Relación estructura-función de proteínas específicas
 Tema 6. El enlace peptídico y
Niveles estructurales de las proteínas

•Estructura
•Propiedades
 R2
   
+ CH CO NH CH CO NH CH CO NH CH COO-
H3N
R1 R2 R3 Rn
residuo dirección de secuencia residuo
N-terminal C-terminal
(dirección de síntesis)
El enlace peptídico

Oligopéptido: unión de pocos aminoácidos

Oxitocina (hormonas), aspartamo

(edulcorante), amanita (veneno de setas) y
antb
Polipéptido: masas moleculares < 1000
Presentan más de 10 aa → calcitonina, glucagón,
gastrina, secretina, péptido pancreático, …

Proteínas: masas moleculares > 1000

Citocromo c, lisozima, mioglobina, hexoquinasa,

RNA polimerasa….
El enlace peptídico

Oligopéptido: unión de pocos aminoácidos

Polipéptido: masas moleculares < 1000

Proteínas: masas moleculares > 1000

El enlace peptídico
El enlace peptídico

•Es muy estable

•Tiene mucha capacidad para formar enlaces de hidrógeno:
• el –NH procedente del grupo amino es un buen dador de hidrógeno
• y el –CO procedente del carboxilo es un buen aceptor de H.
•Es un enlace parcialmente doble

-
60% 40%
 CARACTERÍSTICAS DEL ENLACE PEPTÍDICO

➢ Longitud de enlace:
C-N > enlace peptídico > C=N
(híbrido de resonancia)

O H R H R H R

➢ Enlace planar e isomería cis-trans. C C C C

C N
➔ El carácter parcialmente doble del H
C N
R H
enlace C-N implica restricción en el O H

giro. isómero “trans” isómero “cis”

(menor impedimento estérico) (mayor impedimento estérico)
Forma más estable Forma menos estable

➢ La cadena peptídica no es una estructura rígida: es una sucesión de planos unida por los
C que constituyen las bisagras entre ellos.
rotación impedida
(carácter parcialmente doble)

O H R O H R O H R O
H H F H
C C N C C N C C N C
      
C N C C N C C N C C N
Y
R H H R H H R H H R H H
O O O

libre rotación sobre enlaces sencillos

Ángulos de conformación
Y: ángulo de rotación sobre el enlace C-C
F: ángulo de rotación sobre el enlace N-C
Punto isoeléctrico de una proteína
• Las proteínas, tienen el grupo amino y el grupo carboxilo de los aa comprometidos en enlaces peptídicos (con excepción de
los aminoácidos situados en los extremos de las cadenas) .

• La carga de una proteína depende exclusivamente de las cadenas laterales de los aminoácidos y de los grupos amino
terminal y carboxilo terminal de la proteína.

• El pI dependen del número global de residuos ácidos y básicos que posee:

• si tiene mayor número de aminoácidos ácidos es una proteína ácida, con valor de pΙ<7y se encuentra con carga
negativa a pH fisiológico.
• si tiene mayor número de aminoácidos básicos presenta un valor de pΙ>7, es una proteína globalmente básica y
exhibe carga positiva a pH fisiológico.
 Niveles estructurales de las proteínas

• Niveles estructurales:
• Estructura 1ª, 2ª y 3ª.
• Estructura 4ª
NIVELES ESTRUCTURALES DE LAS PROTEÍNAS
Cada proteína tiene una estructura tridimensional única, definida por su secuencia de
aminoácidos, que determina su función.

▪ Estructura primaria:
Secuencia de aa y posición de los puentes disulfuro

▪ Estructura secundaria:
Ordenación regular y periódica de la cadenas
peptídicas en una dirección (eje).

▪ Hélice 
▪ Lámina b
▪ Hélice del colágeno

▪ Estructura terciaria:
Plegamiento total de la cadena en el espacio.

▪ Estructura cuaternaria:
Sólo en las proteínas oligoméricas.
Disposición relativa entre las distintas subunidades.
ESTRUCTURA PRIMARIA

• Proteínas: son polipéptidos con una

secuencia definida.
• Estructura primaria: secuencia de
aa y posición de puentes disulfuro.
 ESTRUCTURA PRIMARIA

Secuencia de aa definida por la naturaleza y el orden de los residuos unidos por enlaces
peptídicos (covalentes) y la localización de los puentes disulfuro si los posee.
Esqueleto covalente completo de la proteína.

Enlaces peptídicos: formados por condensación del grupo -amino de un aa con el -

carboxílico de otro aa → enlace amida

   
+ CH CO NH CH CO NH CH CO NH CH COO-
H3N
R1 R2 R3 Rn
residuo dirección de secuencia residuo
N-terminal C-terminal
(dirección de síntesis)

Secuencia: N → C

Nomenclatura: desde el extremo N-terminal se nombran los residuos acabados en –il

excepto el último.
residuos separados por guiones: secuencia
residuos separados por comas: composición
 Las proteínas: estructura secundaria

• Ordenamiento espacial de los aa adyacentes derivada de la secuencia de

aa

• -hélice
• Hoja Plegada-b (Lámina- b)
• Giros (Giros b)
NIVELES ESTRUCTURALES DE LAS PROTEÍNAS
Cada proteína tiene una estructura tridimensional única, definida por su secuencia de
aminoácidos, que determina su función.

▪ Estructura primaria:
Secuencia de aa y posición de los puentes disulfuro

▪ Estructura secundaria:
Ordenación regular y periódica de la cadenas
peptídicas en una dirección (eje).

▪ Hélice 
▪ Lámina b
▪ Hélice del colágeno

▪ Estructura terciaria:
Plegamiento total de la cadena en el espacio.

▪ Estructura cuaternaria:
Sólo en las proteínas oligoméricas.
Disposición relativa entre las distintas subunidades.
 ESTRUCTURA SECUNDARIA

▪ Disposición en el espacio de la cadena polipeptídica en una dirección.

▪ Estructura regular y periódica.
▪ Se mantiene a través de interacciones entre aa situados próximos mediante enlaces de
hidrógeno entre los grupos que forman el enlace peptídico:
-amino (dador de H) y -carboxilo (aceptor de H).

▪ Las proteínas presentan este nivel de estructuración:

• En las proteínas fibrosas su estudio es más fácil al presentar poca estructura de

orden superior. Es el nivel estructural más importante.
• En las proteínas globulares los tramos de estructura secundaria se interrumpen con
codos y replegamientos que dan lugar a la estructura terciaria.

Patrones principales:
➢ -hélice: disposición alrededor de un eje
➢ b-laminar: disposición sobre un plano
➢ hélice levógira (colágeno)
 Estructura secundaria: α-Hélice

Determinada por Pauling y Corey (1951) en la -queratina

▪ Se genera por arrollamiento helicoidal dextrógiro de la cadena principal de la proteína, dejando

orientados hacia el exterior todas las cadenas laterales (R). C

O O
N N
C C
C C
N O H N O H

H C C O H C C O
N N
C C
H H
O C O C
N N
O C C O C C
N H N H

Estabilización de la estructura C
H
C
O
C
H
C
O

▪ La -hélice se estabiliza por enlaces

N N
C C
C H C
H O O
N N
O C O C

de hidrógeno entre el grupo carbonilo de C

C
N

H
O
C H
C
C
N

H
O
C H

un aa y el grupo amino de otro aa N

H
C
C O
N
N

H
C
C O
N

H C H C
situado cuatro posiciones por detrás en C C

N N

la secuencia. E de H intracatenarios.
▪ Los planos peptídicos quedan situados
casi paralelos al eje → Los enlaces de H O H
se encuentran orientados. C N C

▪ Cada aa establece 2 enlaces de H. enlaces

H R

▪ Existe cooperatividad en el proceso de de hidrógeno

plegamiento. O H
C N C
H R
 Estructura secundaria: α-Hélice

AMINOÁCIDOS que inestabilizan la -HÉLICE

▪ Aminoácidos cargados (Asp, Glu, Lys, Arg, His): comprimen o estiran la estructura por
interacciones electrostáticas.
▪ Aminoácidos con tendencia a formar EH: compiten con los enlaces de H que estabilizan la
hélice (Ser, Thr).
▪ Aminoácidos voluminosos y ramificados (Ile): Impedimentos estéricos.
▪ Aminoácidos aromáticos (Phe, Tyr, Trp) pueden situarse favoreciéndose o distorsionando la
-hélice debido a su naturaleza planar.
Disposiciones posibles para
distorsiones en la -hélice anillos aromáticos enfrentados
-hélice normal
por interacciones electrostáticas
C C C CH3 CH2 CH

-
CH3

repulsión
+
atracción Grupo excesivamente próximo
- -
al esqueleto peptídico

Tendencia a separar

N N N

AMINOÁCIDOS que NO pueden formar la -HÉLICE H2C CH2 Prolina

O (ó hidroxiprolina)
H2C CH
C NH
▪Prolina (Pro) e hidroxiprolina provocan O C
N

Ángulo condicionado
distorsión total de la estructura. CH
NH
N amínico:
▪Glicocola (Gly) dificulta que adopte un ángulo carece de H disponible para la
formación de enlaces de hidrógeno

preciso.
Idónea para estructura b-laminar.
 Integración de la a-hélice en la estructura global de la proteína
codos
▪ Proteínas globulares: muestran regiones de -hélice discontinuas bucles
inversiones
que insertan con frecuencia Pro en las regiones de giro, permite arrollamientos al azar

interacciones entre aa alejados

Albúmina Glucoamilasa Ferritina Mioglobina

(sérica humana) (Aspergillus awamori) (Escherichia coli) (cachalote)

▪ Proteínas fibrosas: presentan este tipo de

estructura a lo largo de toda la cadena. Estas
proteínas tienen muy poca o ninguna estructura
terciaria (-queratinas: piel, pelo, uñas).
 Estructura secundaria: Hoja-β

▪ Estructura b, hoja plegada b, lámina b periodicidad =

7Å
O O O O
▪ Esqueleto peptídico en disposición a lo largo de
H R H H R H H R H
C C N C C N C C N C
      
C N C C N C C N C C N
un plano en forma de zig-zag R H H
O R H H
O R H H
O R H H

▪ Casi totalmente extendida. distancia entre

▪ Periodicidad 7Å (2 aa). 2 aa contiguos = 3,5 Å

▪ Los R perpendiculares al plano alternándose.

Estabilización de la estructura.
La conformación b se mantiene por enlaces de H intercatenarios e intracatenarios con otras
cadenas que presenten la misma conformación ➔ estructura de plano plegado (estructura b):
cada cadena se asocia a otras dos.

▪ El plano plegado puede ser:

❑ paralelo: todas las cadenas en dirección N→C

❑ antiparalelo: las cadenas alternan la dirección (mejor orientados para el enlace de H)

Estructura 2ª: Hoja-b

C-terminal

C-terminal

Paralelas: con el mismo sentido N-->C terminal.

Estructura 2ª: Hoja-b

C-terminal

Antiparalelas: sentido opuesto N y C-terminal.

EH direccionales MÁS ESTABLE

 Estructura secundaria: Lámina b

• Aminoácidos que desestabilizan la formación de hoja b

• Prolina (Pro)
• Aa con cadenas laterales voluminosas (impedimento estérico)
• Aa con radicales cargados (interacciones electrostáticas)

• Aminoácidos que estabilizan la formación de hoja b

• Aa pequeños y neutros: Glicina o glicocola (Gly)
 Integración de la lámina b en la estructura global de la proteína

▪ Proteínas globulares algunas proteínas están constituidas por zonas con hélice ,
zonas con estructura b y zonas con estructuras al azar (plegamiento no regular),
siguiendo modelos de asociación bien definidos ➔ estructuras supersecundarias
 Integración de la lámina b en la estructura global de la proteína

▪ Proteínas fibrosas estructura b queda completa en sí misma (no requiere protección

superior).

➔ b-queratinas: se caracterizan por su abundancia en residuos de cadena lateral

pequeña y neutra (Gly, Ala, Ser..) y carencia de Cys.

➔ Fibroína de la seda: secuencia altamente repetitiva en la que se alterna siempre Gly

con otro residuo pequeño (Gly-Ala-Gly-Ala-Gly-Ser) condiciona el plano antiparalelo.
Estructura 2ª: Giro-b
• Permite el cambio de dirección
(180º).
• Están siempre en la superficie.
• Participan en las interacciones.
• Ricos en Pro y Gly.
ESTRUCTURA TERCIARIA

• Estructura tridimensional del plegamiento de una proteína

• Proteínas fibrosas
• Proteínas globulares
Estructura Terciaria

Estructura terciaria
• La estructura terciaria de una proteína es su estructura tridimensional completa.

• La funcionalidad de una proteína está íntimamente ligada a su estructura terciaria:

sólo una conformación tridimensional determinada posibilita su función biológica
específica.

Imposiciones del entorno

La mayoría de las proteínas globulares son solubles en medios acuosos se organizan exponiendo al

medio los grupos polares y los grupos hidrófobos quedan orientados hacia el interior.

Las proteínas de membrana tienen un diseño diferente se organizan exponiendo al medio los grupos

apolares y los grupos hidrófilos quedan orientados hacia el interior.

 Estructura terciaria: interacciones entre aminoácidos

Interacciones NO COVALENTES: Interacciones COVALENTES:

▪ ENLACES DE HIDRÓGENO: ▪ PUENTES DISULFURO
▪ PUENTES SALINOS
▪ INTERACCIONES DIPOLO-DIPOLO
▪ FUERZA HIDRÓFOBAS
 Estructura Terciaria:
Interacciones NO covalentes y covalentes entre cadenas laterales de los aa

Interacciones NO COVALENTES:
▪ ENLACES DE HIDRÓGENO (EH):
▪ El enlace peptídico forma EH
▪ Los aa con grupos amidas, alcoholes, ácidos, básicos en la cadena lateral estabilizan la
geometría final de la molécula.
Contribuyen poco a la estabilidad de la estructura

▪ PUENTES SALINOS (I. electrostáticas):

▪ Entre grupos ionizables: aa ácidos y aa básicos
▪ Su fuerza depende de la carga y de la distancia que separa los aa.
Contribuyen poco a la estabilidad de la estructura

▪ INTERACCIONES DIPOLO-DIPOLO (F de Van der Waals)

▪ Entre residuos con carga parcial: grupos hidroxilos (Ser, Thr y Tyr)
grupos amida (Gln, Asn).

▪ FUERZA HIDRÓFOBAS:
▪ Asociación de restos apolares (alifáticos o aromáticos) entre sí para minimizar el
contacto con el entorno acuoso.
▪ Son las más débiles pero las más abundantes → mayor contribución al mantenimiento
de la estructura globular.
 Estructura Terciaria:
Interacciones NO covalentes y covalentes entre cadenas laterales de los aa

Interacciones NO COVALENTES y COVALENTES:

Interacciones NO COVALENTES: O- 2

▪ ENLACES DE HIDRÓGENO C O HO

▪ PUENTES SALINOS 3
C NH2+ -
▪ INTERACCIONES DIPOLO-DIPOLO NH2
OOC

▪ FUERZA HIDRÓFOBAS 6
2. Enlaces de hidrógeno

S S
5 3. Interacciones iónicas

4. Interacciones dipolo-dipolo

5
Interacciones COVALENTES: 3 5. Interacciones hidrofóbicas
CH2 CH3 CH3
▪ PUENTES DISULFURO CH CH NH3+ -
OOC
CH3 CH3 CH2 6. Puentes disulfuro
Se establecen entre residuos Cys
4
Son las más fuertes pero son poco frecuentes. CH2 OH
- +
 

Excepto en las proteínas de secreción. HO CH2

+ -
 
 Estructura Cuaternaria

Máxima complejidad estructural de las proteínas globulares

Proteínas oligoméricas:
▪ constituidas por más de una cadena polipeptídica.
▪ cada cadena se denomina subunidad

Relación espacial de los polipéptidos en la proteína global.

▪ Disposición de las subunidades en el espacio.
▪ Como interaccionan entre sí.

2-100 unidades

Estabilización de la estructura
Van der Waals
Puentes de Hidrógeno
Fuerzas electrostáticas (son los que más
contribuyen a la estabilización)
• Estructura nativa

• Desnaturalización

• Renaturalización
DESNATURALIZACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

Estructura nativa y desnaturalización de una proteína

Conformación en su medio natural, donde tiene su máxima actividad biológica

Irreversible o total
Desnaturalización
reversible

Pérdida de su estado nativo

Procesos cooperativos
(al principio lentos y luego
rápidos)
ESTRUCTURA NATIVA, DESNATURALIZACIÓN Y RENATURALIZACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

▪ Estructura nativa: conformación que adopta la proteína en el medio natural (posee su

máxima actividad biológica).

secuencia de aa → estructura tridimensional → función

▪ En el medio biológico, las proteínas sufren pequeños cambios conformacionales que no

suponen pérdida de su capacidad funcional.

▪ Cambios profundos en su estructura nativa ➔ desnaturalización:

▪ REVERSIBLE
▪ IRREVERSIBLE

DESNATURALIZACIÓN provoca pérdida de funcionalidad

(actividad biológica)
 ESTRUCTURA NATIVA Y DESNATURALIZACIÓN
→ Conformación nativa:
Conformación biológicamente activa de una proteína (la más estable).
→ Desnaturalización:
• Desplegamiento parcial o completo de la estructura nativa.
• Pérdida de la estructura 3D (NO se afectan los enlaces covalentes de la E. 1aria).
• Se rompen interacciones que mantienen su estructura 3-D.
• Se produce cambiando las condiciones del medio.

R R
R R R R R R
R Desnaturalización R R R R
R R R R R
Renaturalización
R R R R R
R
E. DESNATURALIZADA
R: Aas apolares
(cadena desplegada con disposición “al
R: aas polares
azar”)
E. NATIVA
 Estructura nativa, desnaturalización y renaturalización

• La proteína debe su funcionalidad a su estructura tridimensional

• La desnaturalización puede afectar a cualquiera de los niveles de estructuración, con
excepción de la estructura primaria → degradación.
AGENTES DESNATURALIZANTES

▪ Altas temperaturas: indiscriminado (>50ºC)

▪ Ultrasonidos y agitación: indiscriminado
▪ Variaciones de pH: puentes salinos
▪ Concentraciones salinas elevadas: puentes salinos
▪ Disolventes orgánicos: fuerza hidrófobas
▪ Metales pesados
▪ Agentes químicos específicos:
▪ Urea y Cloruro de guanidinio
▪ Detergentes iónicos

RENATURALIZACIÓN

▪ Tratamientos energéticos e indiscriminados → desnaturalización IRREVERSIBLE

▪ Tratamientos suaves → puede revertirse la desnaturalización
▪ Recuperación de la estructura nativa: renaturalización
PRINCIPALES AGENTES DESNATURALIZANTES. MECANISMOS DE ACCIÓN

• Variación de pH.

Las variaciones de pH pueden producir alteraciones en los puentes salinos

Afectan los EH
Pueden producir reacciones entre las cadenas laterales de los aa
PRINCIPALES AGENTES DESNATURALIZANTES. MECANISMOS DE ACCIÓN

• Concentraciones salinas elevadas.

Las sales, a elevadas concentraciones, tienden a desmoronar los puentes salinos,
afectando a las estructuras terciaria y cuaternaria.

• Disolventes orgánicos.
Promueven la salida hacia el exterior de los residuos apolares para interaccionar con el
solvente, afectando a estructuras terciaria (la más afectada) y cuaternaria.

• Sales de metales pesados.

En medios alcalinos forman con ellas complejos proteína-metal que producen reajuste y
estiramiento de las cadenas y que, normalmente resultan insolubles en el medio acuoso
PRINCIPALES AGENTES DESNATURALIZANTES. MECANISMOS DE ACCIÓN

• Altas temperaturas.
Aumentan los niveles energéticos de los átomos
La temperatura que puede resistir una proteína depende de cada proteína.
Generalmente son estables a bajas temperaturas e inestables a partir de los 50ºC.
Las proteínas con muchos puentes disulfuro son mas resistentes

• Agitación enérgica y ultrasonidos.

Tienden a distorsionar todo tipo de interacciones y conducen a la perdida de la estructura.
Hay que realizar los procesos de agitación de una forma suave
 ESTRUCTURA NATIVA Y DESNATURALIZACIÓN

→ Consecuencias de la desnaturalización:
1. Pérdida de actividad biológica.
2.  solubilidad.
3. absorción uv (aas aromáticos salen al exterior, apantallamiento).
4. viscosidad (paso de una forma + o – esférica a alargada).
5. reactividad (+grupos qcos accesibles).