Estructura

tridimensional
de las
proteínas
Bioquímica
Química y Farmacia
magdalena.cortes@uv.cl
 Contenidos

1. Clasificación de proteínas
2. Niveles de organización delas
proteínas
3. Plegamiento de proteínas
4. Plegamiento anómalo
1. Chaperonas
2. Priones
3. Enfermedad Alzheimer
4. Beta-talasemias
5. Colágeno
También llamados “péptidos
pequeños” → De 4 – 10 aa

Todas la proteínas son

polipéptidos.
→ + de 10 – 2.000 aa
 Cada proteína puede plegar ETD de diferentes formas, dada la
características del enlace covalente

Cada proteína
única ETD única
Función qca o estructural

Cómo lo logra, de qué depende

Nivel de organización primario
de las proteínas
Secuencia aminoácidica, es el orden en que están unidos y organizados los aa
en la cadena polipeptidica

1930, Linus Pauling y Robert Corey,

E.E.U.U:
sentaron las bases sobre la estructura
de proteínas, dedujeron enlace
peptídico
 Los péptidos
son cadenas
de
aminoácidos

condensación

enlace “residuo” …
amida
CONVENCIÓN CLAVE:
extremo amino se coloca
a la izquierda y .. La
secuencia se lee de
izquierda a derecha.

Mathews, 3ºed.2004
 Características del enlace peptídico
receptor de hidrógeno
40%

donador de hidrógeno

Esta disposición atómica está

Como el nitrógeno es menos estabilizada por resonancia de forma
electronegativo que el que los seis átomos implicados en la
Imino, no tiene
oxígeno, el enlace C-O tiene formación del enlace peptídico están
tendencia a ionizarse
un 60% de carácter de doble contenidos en el mismo plano
o captar H+ en el
enlace
rango de pH 1 a 14
 Características del enlace peptídico

I___I I___I I___I La rotación es

6 átomo del enlace peptídico: posible, ángulos de
Cα-C C-N N-Cα giro de los enlaces:
configuración plana rígida
 (fi) = N-C
 (psi) =C-C
✓ Los Cα de aa adyascentes se
-180º a 180º
encuentran separados por 3
enlaces covalentes
Nivel de organización secundario
de las proteínas
• Se refiere a como puede organizarse espacialmente cualquier
segmento de una cadena polipeptidica, considerando las
restricciones que impone el enlace peptídico
• Las más frecuentes son la conformación:
– Hélice alfa
– Conformación beta
– Giro beta
– Estructura no regular, indefinida, no es al azar, sino que es prácticamente
constante y altamente específico para la estructura y función de cada
proteína en particular
 ❖ La unidad repetitiva es ❖La cadena polipeptídica se enrolla
el giro de hélice que como una espiral alrededor de un
incluye 3.6 aa (0.54
nm)
eje imaginario
❖Los grupos R de los residuos aa se
proyectan hacia exterior
Puente intracatenario
❖Enlaces hidrógeno
aa1imino - aa4CO
aa2 -aa5.

¿función enlace H?
1. Organización ordenada
2. Estabiliza la estructura
3. Proporciona flexibilidad
levogiro dextrógiro El giro de la Hélice  es
DEXTRÓGIRO
en todas las proteínas,
son más estables

Cómo distinguir

¿Por qué se forma la hélice alfa con más facilidad que otras conformaciones?
Hace un uso óptimo de puentes H internos
La secuencia de aminoácidos afecta a la estabilidad de la
hélice α

Restricciones que afectan la estabilidad de hélice

1. La tendencia intrínseca de cada residuo a formar la hélice; ejemplo ala muestra la

mayor tendencia a formas hélice alfa
2. Repulsión electrostática entre aa vecinos cargados, ejemplo Glu consecutivos a pH
7
3. Tamaño y forma del residuo, ej ser, thr si están muy cercanos, en este caso
separados por 2 aa
 La secuencia de aminoácidos afecta a la estabilidad de la
hélice α

4.- Presencia de prolina y gly. 5.- Interacciones entre R de un aa y R de un aa separada

• En la pro, el át N forma parte del anillo rígido, por lo de ella 3 a 4 aa. Los aminoácidos cargados positivamente
que la rotación alrededor del enlace N-Cα ubicados a 3 residuo de aa cargados negativamente, lo
• Gly da más flexibilidad conformacional que permite interacción iónica
 Los giros beta son frecuentes en proteínas

C= negro,
H = blanco
O = rojo
N azul
R=verde

✓ En las proteínas globulares, con una estructura de plegamiento compacta, aproximadamente un tercio de
los residuos de aminoácidos están en giros o bucles donde la cadena polipéptidica cambia de dirección
✓ Estos son elementos de conexión que unen tramos sucesivos de hélices alfa o conformación beta
✓ A menudo Gly (pequeño) y pro (configuración cis) en el giro
NIVEL DE ORGANIZACIÓN SECUNDARIO
CONFORMACIÓN BETA
Conformación beta organizada
en cadenas polipeptídicas

❑ Una hoja beta se forma uniendo 2 o más

hebras mediante puentes H intercatenarios:
participan todos los grupos imino y carbonilo:
otorgan estabilidad estructura

❑ Las cadenas polipéptidica pueden ser

paralela o antiparalelas, con la misma
dirección amino-carboxilo o la opuesta,
respectivamente
 ❑ Estructura repetitiva, casi
completamente extendidas en
zig-zag
❑ La distancia entre aa adyascentes
es app 3,5 A, en contraste de 1,5
A en una hélice alfa.

R están sobre o bajo el plano

zigzagueante no deben ser muy
voluminosos o con carga que
sea incompatible a esta
estructura
Nivel de organización terciaria
de las proteínas
 Estructuras terciarias

Giros β

▪ Secretada por páncreas al intestino ▪ Pte clara huevo.

▪ enzima digestiva secretada, degrada ARN ▪ 4 –S-S-
▪ 4 –S-S- ▪ Bactericida
 ¿Cómo se estabilizada la conformación de una proteína?

principalmente por interacciones débiles

Los residuos hidrofóbicos se ubican en el interior

de la proteína, lejos del contacto con el agua
 Enlace H internos en lisozima
•Grupo del armazón

• Débiles en disolución acuosa, numerosos (ser, treo, gln, his,

enlace peptídico)
M.Cortéspuede
2010 contribuir a la estabilidad. lisozima
28
 Resumiendo
• Toda proteína posee una ETD, asociada a su función
• La ETD de las proteínas está estabilizada por interacciones
débiles. Las interacciones hidrofóbicas son las que más
contribuyen a la forma globular
• La naturaleza de los enlaces covalentes en proteínas impone
limites en la ETD
Plegamiento de Proteínas
Bioquímica - Química y Farmacia
magdalena.cortes@uv.cl
29 marzo 2022
 El plegado de una proteína globular es un proceso favorecido TD en
condiciones fisiológicas
1.- Entropía conformacional. Plegado
favorecido TD en condiciones
fisiologicas ∆G= ∆H -T∆S

∆G = - proceso ∆H: -, trabaja a favor del

plegado, interacciones ∆S -, trabaja contra el
espontaneo
internas (puentes hidrógeno, plegado. Para buscar
carga-carga, Van der Walls) explicación a ∆G negativo:
∆H negativo
2.- ∆H: interacciones internas
Al plegarse la cadena polipéptica permite tener máximo interacciones H intramolecular entre:
◼ grupo imino y carbonilo de los enlaces peptídico
◼y dejar los potenciales grupos de la –R que ptan polaridad en la superficie, para que formen interaciones hidrógeno
con agua.
3.- efecto hidrófobo

• La internalización de los grupos

hidrófobos a través del plegado
aleatoriedad de todo el sistema y,
por consiguiente, produce unS al
doblarse
 Plegamiento de las proteínas
Paradoja Levinthal”, Cyrus Levinthal 1968.
Una cadena ribonucleasa (124 residuos) 1050
conformaciones.
Sí intentará una nueva conformación cada 10-13s:
1030 años.

0,1-0,2s para recuperar forma nativa dp de

desnaturalización
¿Cómo lo logra?

“campo de golf” de Levinthal.

Superficies energéticas para visualizar

las conformaciones proteicas:
N, conformación nativa
D, desnaturalizado
A y B, caminos alternativos
 Agentes desnaturalizantes
Interacción Química: Tratamientos
1. Ácidos y Bases Físicos:
2. Metales 1. Tº
3. Disolventes orgánicos: 2. Radiación
alcoholes 3. mecánica
4. Detergente (SDS)
5. reductores (mercaptoetanol
6. polares neutros (urea)
7. Sales a elevada concentración
Chaperoninas
(refugio
de más de la mitad de las
proteínas de mamíferos.

Familia hsp70 (proteína de

choque por calor de 70 kDa) se
une a secuencias
cortas de aminoácidos
hidrofóbicos que emergen
mientras un nuevo polipéptido
está siendo sintetizado,
¿Se puede predecir la estructura se 2ria

V
I
F
Y
W
T

43
 El análisis de numerosas
Patrones de proteínas globulares
plegamientos
revelan patrones estructurales comunes

Estructuras Supersecundaria (Motivos o Plegamientos):

son patrones de plegamiento estables que incluye dos o
más combinaciones E2ria y las conexiones entre ellos
 Principales patrones de plegado

cilindro beta paralelo o

denominada /
DOMINIO:
unidades funcionales y
estructurales 3D
plegarse manera estable e
independiente.
Dímero, sándwich 

cilindro  lámina beta enrollada

Cubierta del virus antiparalelo

Bqca. Cortés, MP.

 d
a

c
 a

c
 Identificador Protein Data Bank, PDB
Plegamiento
SF
F
Proteína
especie

Organización de las proteínas basadas en motivos

Datos clasificación estructural: banco datos SCOP (Structural Classification of Protein)
 Isoformas Entonces, ….
Proteínas que realizan la
misma función
1. La estructura 3D de una proteína está
determinada por su secuencia
Codificadas por genes aminoacídica.
diferentes 2. Cada proteína posee una única estructur
3D.
Estructura 1ria levemente
diferente 3. La función de una proteína depende de su
estructura 3D
Familia de proteínas 4. Las fuerzas más imp que estabilizan una
proteína: fuerzas no covalente
- Similitud estructural 1ria y 3ria
- - fc similar
 FIBROSA GLOBULAR
Cadenas Dispuestas en largas hebras u hojas Plegadas en forma globulares o
polipeptídicas esféricas
E. 2ria, 3ria 2ria, mayoría un solo tipo. 2ria: varios tipos
3ria relativamente simple
Función Estructural que dan forma, y soporte Enzimas, proteína s reguladoras, etc
Solubilidad agua insoluble Soluble
propiedades Fuerza, flexibilidad

Cortés, MP.
PROTEÍNAS FIBROSAS
ACTIVIDAD
Se da de lectura colágeno y se le comparten las diapositivas y se envían preguntas para discutir en el
taller
PROTEÍNA FIBROSA
COLÁGENO
Más abundante en el cuerpos humano (25% de la proteína corporal total)
 ❖ Estructura 1ria: Tripéptido Gly-X-Pro,
Gly-pro-X aparece repetido numerosas
veces a lo largo de la cadena

❖ Estructura 2ria: hélice única,, 3 aa por

vuelta

❖ Estructura 3ria: “CADENA-α”, levógira.

una vuelta completa de la hélice
comprende 3 aa

❖ Estructura 4ria: superhélice dextrógiro,

Se enrollan alrededor de la otra por
enlace hidrógeno. Cable Cu alta
resistencia

• Un paso de rosca son 0,31 nm

• La longitud de una molécula de tropocolágeno es
300 nm y su diámetro 1,5 nm
❖ Colágeno: 35% Gly, 11% Ala,
• c/hebra: 1000 residuos
21% Pro y 4-Hyp
VITAMINA C PROLIL y LISIL-
(COENZIMA) HIDROXILASA
Entrecruzamiento (extracelular)
enlaces covalentes
• Las fibrilla de colágeno están entrecruzados por enlaces covalentes poco
habituales Lys, HyLys (5-hidroxiLys)
• Estas uniones dan lugar a residuos no estándar, deshidroxilisinonorleucina
1.- Estructura del colágeno. modificaciones
postraduccionales de lisina (hyl)
Estructura del colágeno: modificaciones
postraduccionales de prolina (hyp)
✓Cuando la enzima hidroxila se
produce un cambio en el estado
de oxidación del hierro y para
que el hierro retorno a su estado
oxidativo basal se requiere la
participación de la vitamina C

✓Al estar ausente la votamina C,

el hierro no vuelve a su estado de
oxidación original y no se puede
hidroxilar y la enzima deja de ser
funcional.

✓Prolina hidroxilarse forma

puente hidrogeno
Voet, Bioquímica
 2.Biosíntesis del
colágeno

❖ PRECURSORES se formanen los

fibroblastos (o en osteoblastos
relacionados al hueso) y
condroblastos del cartílago
❖ Matriz extracelular: las enzimas
procolágeno peptidasas eliminan
las extensiones peptídicas y se
forma la molécula de
tropocolágeno
 2.Biosíntesis del
colágeno

peptidasas
Colagenopatías

Escorbuto
1. Carencia VitC
2. Fragilidad capilar, Hematomas
extremedidades, lesiones
Estructura tridimensional de las proteínas
Asignatura Bioquímica
Escuela Química y Farmacia
BQ. Cortés, MP