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Los ácidos nucleicos (DNA y RNA) están constituidos por la unión de numerosos nucleótidos, de 4 tipos.
Como introducción a su estudio, se consideran algunos aspectos de interés para cada uno de los componentes
estructurales de dichas unidades, los nucleótidos:
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El fosfato inorgánico (Pi), mezcla de las especies químicas resultantes de la disociación de la molécula de ácido
fosfórico, aparece como anión a pH ácido, como dianión a pH fisiológico y como trianión a pH alcalino. En la
célula, el fosfato se encuentra tanto en forma libre (Pi) como formando parte de numerosos compuestos
orgánicos (R–P), resultado de un enlace éster entre el fosfórico y un grupo hidroxilo (alcohol); entre ellos se
encuentran los nucleótidos.
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Cuando un nucleótido se encuentra formando parte de un ácido nucleico, su grupo fosfato está esterificado
al mismo tiempo con dos grupos alcohol (formando un enlace fosfodiéster, pág. 28), por lo que sólo existe un
equilibrio de ionización. El pK de tal ionización es similar al pK1 del ácido fosfórico, razón por la que se
denominan ácidos nucleicos:
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2.1.1 Difosfatos
El difosfato o pirofosfato (PPi) se presenta a pH fisiológico como trianión (una de las 4 formas iónicas del ácido
pirofosfórico). Es estable en disolución a pH neutro o alcalino; sin embargo, dentro de la célula es inestable por
acción de las pirofosfatasas, que lo hidrolizan formando 2 Pi. Aparece combinado fundamentalmente en
nucleósidos-difosfato (por ejemplo, ADP).
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2.1.2 Trifosfatos
El trifosfato (PPPi) se presenta a pH fisiológico como tetraanión. No aparece en forma libre en las células, sino
formando parte, esencialmente, de nucleósidos-trifosfato (por ejemplo, ATP).
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La elevada densidad de carga negativa presente en estos compuestos es responsable de que los nucleósidos-
trifosfato, los nucleósidos-difosfato y el PPi, e incluso el Pi, se encuentren en la célula en su mayor parte
formando complejos con iones Mg2+ (págs. 23-24).
Pueden distinguirse cinco tipos de enlaces fosfato que van a formar parte de los nucleótidos. Obsérvese la
estructura y nombre de todos ellos, así como la diferencia entre enlaces éster y anhídrido en los nucleósidos
difosfatados y trifosfatados.
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Más adelante se irán encontrando ejemplos de biomoléculas con estos enlaces, tales como el AMP
(fosfoéster, pág. 20), los dinucleótidos, oligonucleótidos y ácidos nucleicos (fosfodiéster), la vitamina B12
(fosfodiéster, pág. 19), el ADP (difosfato, pág. 20), el ATP (trifosfato, pág. 20), o las coenzimas NAD, FAD
y CoA (diésteres pero también difosfatos, pág. 25).
El azúcar (en su denominación histórica, una osa) siempre es una pentosa (monosacárido con 5 átomos de
carbono), bien la D-ribosa o la D-desoxirribosa. La ribosa (nombre derivado de osa del Rockefeller
Institute of Biochemistry, 1908) interviene en nucleósidos y nucleótidos bajo su forma más estable,
b-D-ribofuranosa.
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La fórmula representada como ejemplo puede extenderse a otras muchas moléculas de interés bioquímico,
como D-glucosa, D-galactosa, 3-desoxi-D-ribosa, etc., aunque éstas no forman parte de los ácidos nucleicos, por
lo que no se exponen aquí.
Son moléculas heterocíclicas, con varios átomos de nitrógeno, formadas bien por un anillo único (pirimidina) o
bien por dos anillos condensados (purina). Obsérvense en los ejemplos de bases que intervienen en los ácidos
nucleicos la numeración de los átomos del heterociclo y la posición de los sustituyentes externos.
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Existen otras bases purínicas y pirimidínicas, en general poco frecuentes, que bien se sintetizan a partir de o bien
pueden considerarse como derivados estructurales de las bases principales A, G, C, T y U o de la hipoxantina
(H), una base purínica emparentada metabólicamente. Algunas existen de forma natural, mientras que otras se
han obtenido de modo sintético. Algunas forman parte de la estructura de ácidos ribonucleicos, o presentan
una función en el DNA (metilación de las citosinas como señal de regulación epigenética, pág. 278). Otras, en
particular sintéticas, muestran utilidad como agentes antibióticos, antivíricos o antitumorales.
Todas las bases poseen átomos electronegativos de oxígeno (excepto la adenina), en posición exocíclica o
extranuclear, y de nitrógeno, tanto exocíclicos como en el anillo, nucleares. Como consecuencia, son
abundantes los enlaces polares, lo que les permite interaccionar entre sí mediante puentes de hidrógeno,
que poseen una importancia capital en la estructura secundaria de los ácidos nucleicos, en especial del
DNA (capítulo 4).
2.3.3.2 Hidrofobia
La naturaleza aromática de los anillos hace que las bases tengan un marcado carácter apolar, sean hidrófobas y
poco solubles en agua al pH celular, cercano a la neutralidad. A pH ácido o alcalino adquieren carga y se hacen
más solubles en agua. Como ya se estudiará, el efecto hidrófobo (es decir, el aislamiento de las bases evitando el
contacto con el agua) y las interacciones de apilamiento, que tienen lugar entre bases dispuestas paralelamente
(a modo de monedas apiladas), son esenciales para estabilizar la estructura tridimensional de los ácidos
nucleicos.
La observación de modelos tridimensionales permite apreciar la coplanariedad de los anillos y de buena parte
de sus sustituyentes, asociada con el carácter aromático.
Los grupos funcionales ceto y amino de las bases están sometidos a equilibrios tautoméricos que afectan, entre
otras cosas, a su capacidad de ionización y de formación de enlaces de hidrógeno. A pesar de ello, en las bases
libres las formas tautoméricas lactama (ceto) y amina son las predominantes.
Todas las bases nitrogenadas son bases débiles, pues sus átomos de N, tanto nucleares como extranucleares, se
pueden protonar, con valores de pKb comprendidos entre 9 y 10. Sin embargo, este carácter básico, propio de
los anillos purina y pirimidina, se ve disminuido por la presencia de algunos sustituyentes. En concreto, es
ligeramente ácido el grupo -OH de las formas lactima tautoméricas en las bases nitrogenadas con grupos
lactama (ceto).
Ésta es una propiedad característica de las bases purínicas y pirimidínicas, debida a su carácter aromático. En
los espectros de absorción, a pH = 7, se observa una fuerte absorción de la luz en el ultravioleta (UV), con un
máximo cerca de 260 nm para todas ellas.
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El mantenimiento de esta propiedad en nucleósidos, nucleótidos (pág. 24) y ácidos nucleicos, de los que las
bases forman parte, permite su utilización analítica en estos compuestos; por ejemplo, para la cuantificación de
ácidos nucleicos (pág. 32). Debe adelantarse, sin embargo, que la magnitud de la absorción se ve reducida
cuando las bases forman parte de ácidos nucleicos, en especial si son bicatenarios (págs. 32 y 163).
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La unión covalente (enlace N-glicosídico) entre la base y el azúcar (ribosa o desoxirribosa) se establece entre el
C-1’ (carbono anomérico) del azúcar y el N-1 del anillo pirimidínico o el N-9 del anillo purínico, con pérdida de
una molécula de agua.
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Debe distinguirse entre nucleósidos constituyentes de ácidos nucleicos y otros nucleósidos de interés biológico y
clínico. Su descripción siempre se hace en función de la naturaleza química de la base y del azúcar, como se verá
a continuación.
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Además de los componentes de nucleótidos y ácidos nucleicos, existen en la naturaleza otros nucleósidos en
forma libre o combinada. Algunos de ellos son significativos por su localización o acción bioquímica, e incluso
por sus aplicaciones clínicas. Cabe citar los siguientes:
nucle!
otido ¼ nucle!
osido þ fosfatoðsÞ ¼ base nitrogenada þ az!
ucar þ fosfatoðsÞ
nucle!
otido ¼ az!
ucar-fosfato þ base nitrogenada
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La unión, de carácter covalente (fosfomonoéster), se establece entre uno o varios grupos fosfato y sendos
grupos OH del azúcar del nucleósido.
La importancia de los nucleótidos es excepcional, principalmente porque son los monómeros constituyentes
de los ácidos nucleicos y, por ello, tanto sus precursores biosintéticos como los productos de su hidrólisis. Al
mismo tiempo, porque aparecen en forma libre en distintas localizaciones subcelulares, formando parte de
moléculas de gran interés bioquímico (especialmente coenzimas).
Para estudiar los nucleótidos se emplean distintos criterios de clasificación, atendiendo a:
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Se consideran nucleótidos sencillos los que presentan fosfato(s) en una sola posición del azúcar; esto incluye
tanto los que tienen un único fosfato (monofosfatos) como los que tienen dos o tres fosfatos que están unidos
entre sí (difosfatos y trifosfatos). Se muestran como ejemplos los correspondientes a la adenina:
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Los nucleótidos que forman parte de los ácidos nucleicos son siempre NMP con un fosfato en posición 5’. Su
estructura y nomenclatura se estudian de forma detallada a continuación. Los nucleótidos con 2 o 3 fosfatos
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consecutivos unidos en 5’ (difosfatos o NDP y trifosfatos o NTP, respectivamente), dada su importante función
bioquímica, son objeto de estudio en cursos de bioquímica general. Finalmente, otros nucleótidos, con fosfatos
en múltiples posiciones del azúcar, se estudian posteriormente como nucleótidos cíclicos o complejos
(pág. 25).
2.5.2.1 Nomenclatura
a) Como ésteres fosfato del nucleósido. Por ejemplo: adenosina-monofosfato, guanosina-difosfato, uridina-
trifosfato, etc. (abreviados, respectivamente, como AMP, GDP, UTP).
b) Como ácidos, sustituyendo la terminación del nombre de la base por el sufijo –ílico. Este criterio sólo se
utiliza normalmente para los nucleósidos-monofosfato. Por ejemplo: ácido adenílico, ácido guanílico, ácido
uridílico, etc. (respectivamente, para AMP, GMP y UMP). En el caso de nucleósidos-difosfato y –trifosfato,
se emplearían los nombres diadenílico, triadenílico, diguanílico, etc. (para ADP, ATP y GDP). Si se quiere
tener en cuenta que los restos fosfato están ionizados a pH fisiológico, se utiliza el sufijo –ilato: adenilato,
guanilato, uridilato, etc.
Bajo ambos criterios, para indicar de forma más detallada la estructura, se especifica el número y la posición
de los fosfatos. Por ejemplo:
Cuando no se especifica el número, implícitamente se asume que el fosfato ocupa la posición 5’. En este
sentido, los dos últimos ejemplos se nombran simplemente como ADP y ATP.
Estos sistemas de nomenclatura se aplican tanto a desoxirribonucleótidos como a ribonucleótidos.
Lógicamente, para los primeros debe anteponerse el prefijo desoxi- o su forma abreviada, la letra d. Por
ejemplo: desoxicitidina monofosfato, dCMP, desoxicitidilato, 5’-dCMP.
Una forma aún más abreviada de representar los nucleósidos-monofosfato es mediante la inicial de su base,
anteponiendo la letra ‘‘p’’ si el fosfato se une en 5’ o posponiendo la ‘‘p’’ si la unión es en 3’. Por ejemplo: pA,
pG, pU, Ap, Gp, Up. Este criterio es de interés para la descripción de la hidrólisis química o enzimática de los
ácidos nucleicos (págs. 31 y 210).
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Las tablas siguientes resumen todos los nucleótidos sencillos (NMP, NDP y NTP) existentes en la célula,
incluyendo sus distintas denominaciones.
2.5.2.2 Estructura de los nucleósidos-monofosfato que forman parte de los ácidos nucleicos
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Como consecuencia de la disociación –en disolución acuosa– de los grupos P, PP y PPP, todos los nucleótidos
(NMP, NDP y NTP) muestran un marcado carácter ácido, con 2, 3 y 4 valores de pKa, respectivamente. En
general, al ser sus valores de pKa inferiores a 7, se encuentran cargados negativamente (existen como aniones) a
pH fisiológico. Gracias a este carácter aniónico, los nucleótidos forman sales con metales, son cristalizables y
son más solubles en agua que los nucleósidos o sus bases nitrogenadas.
Los grupos PP de los NDP y PPP de los NTP muestran gran afinidad (NTP 10 veces más que NDP) por cationes
divalentes, como Mg2 þ , Mn2 þ y Ca2 þ . Al estar éstos presentes en la célula en elevada concentración, los NDP
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y NTP no existen como aniones libres, sino formando complejos quelato 1:1, principalmente con Mg2+. Bajo
estas ‘‘formas activas’’ (MgADP1! y MgATP2!) ambos nucleótidos participan en las reacciones enzimáticas de
transferencia de fosfato.
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Los nucleósidos y los nucleótidos muestran el característico máximo de absorción de la luz en el UV, próximo a
260 nm, debido a la base nitrogenada correspondiente (págs. 16-17).
Muchos nucleótidos (fundamentalmente, los NDP y NTP) actúan en todo tipo de células y en multitud de
procesos metabólicos como compuestos ricos en energía. Entre ellos, los nucleósidos-trifosfato intervienen
como precursores de la síntesis de DNA y RNA, con liberación de pirofosfato.
2.5.3.5 Hidrólisis
Los nucleósidos y nucleótidos pueden ser hidrolizados en sus componentes, en medio ácido o alcalino. Esta
hidrólisis química posee cierto interés en el estudio de los ácidos nucleicos. Para más detalles, véase pág. 31.
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