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- Tanto el DNA como el RNA contienen:
a) dos bases purínicas principales, la adenina (A) y la guanina (G)
b) dos piridiminas principales: en el DNA y RNA una de ellas es citosina (c) pero la segunda base no es la misma
en las dos; timina (T) en el DNA y uracilo (U) en el RNA
- Solo raramente se encuentra timina en el RNA o uracilo en el DNA
- También existe una base nitrogenada denominada hipoxantina, que es una forma metabólica de las purinas,
aunque ocasionalmente puede formar del ARN
- La hipoxantina se encuentra en la carne, su estructura química es similar a la de la cafeína y con esta comparte
mucho de sus efectos: es estimulante del SNC y produce sensación de energía, también genera adicción a su
consumo
- Las bases nitrogenadas son superficies planas, y esta característica permite que como están en el centro de la
molécula, se puedan apilar una sobre otra
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La guanina se aisló por ⮚ Diferencias entre Purinas y Piridiminas
primera vez del guano - Cada una de las bases nitrogenadas pertenecientes a los dos grupos (purinas
(estiércol de ave) y la timina y piridiminas) presenta características que las hacen diferir unas de otras,
se aisló por primera vez te tanto del mismo grupo, como una estructura de un grupo y otra de otro
tejido del timo grupo
- La purina es un heterociclo, caracterizado por ser aromático, y que tiene dos anillos fusionados. De esta
derivan números compuestos por sustitución de los átomos de hidrógenos de los grupos “CH” por diversos
radicales
1. Adenina: o 6-amino-purina, como su nombre lo indica, en el carbono 6 tendrá como radical un amino (NH 2)
2. Guanina: o 2amino-6-oxi-purina, en el segundo carbono se hallará un amino (NH 2) y en el carbono 6 se tendrá
como radical un doble enlace de oxígeno
- La piridimina también es una estructura heterocíclica al igual que la purina, pero esta solo presenta un solo
anillo aromático. De esta derivan números compuestos por sustitución de los átomos de hidrógenos de los
grupos “CH” por diversos radicales. De esta manera se verán tres de sus derivados presentes en los ácidos
nucleicos
1. Citosina o 2oxi-4-amino-pirimidina, va a presentar en el carbono 2 un doble enlace con un átomo de
oxígeno y en el cuarto carbono un grupo amino
2. Uracilo: o 2,4-dioxi-pirimidina, presenta en el segundo y cuarto carbono un átomo de oxigeno unido a
este por un doble enlace
3. Timina o 2,4dioxi-
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pirimidina, como su nombre lo indica, contiene en el carbono 2 y 4 un átomo de oxigeno unido por un
doble enlace al carbono y en el quinto carbono un grupo metil (CH 3)
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- Los dímeros de timina (T-T) Son los más habituales. Las consecuencias es que se producen anomalías en la
replicación y transcripción
- Hay enzimas que se encargan de reparar este daño, como la fotoliasa que rompe los enlaces covalentes, esta
enzima requiere de luz visible para actuar y la usa como fuente de energía
2. PENTOSAS 🡪
- Los ácidos nucleicos contienen dos tipos de pentosas: ¿Qué diferencia el DNA del RNA?
- Los desoxirribonucleótidos del DNA contienen 2’-desoxi-D-ribosa Las diferentes pentosas y la
- Los ribonucleótidos del RNA contienen D-ribosa presencia de uracilo en el RNA y de
- Las pentosas son las que definen la identidad de un ácido nucleico timina en el DNA
- En los nucleótidos ambos tipos de pentosa se encuentran en la forma β-furanosa (anillo pentagonal cerrado)
- El anillo de pentosa no es plano, sino que presenta diversas conformaciones distorsionadas designadas
generalmente como formas “ahuecadas”
- Ambos átomos de carbono de las pentosas se les añade el signo prima (‘) para diferenciarlos de los átomos
numerados de las bases nitrogenadas.
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- Las unidades nucleotídicas del DNA suelen simbolizarse por A, G,T y C, y en ocasiones por dA, dG, dT y Dc;
- Las del RNA por A, G, U y C
- En su forma libre los desoxirribonucleótidos se suelen abreviar como dAMP, dGMP, dTMP, dCMP y los
ribonucleótidos como AMP, GMP, UMP Y CMP
- En cada nucleótido el nombre más común va seguid por el nombre completo entre paréntesis
- Todas las abreviaturas suponen que el grupo fosfato se encuentra en posición 5’
3. GRUPOS FOSFATO 🡪
- Se une normalmente en la posición 5’ de la pentosa, aunque también puede aparecer en otras posiciones (2’,
3’)
- El grupo fosfato utilizado en los nucleótidos es el ácido fosfórico y de esta manera se completaría la
estructura del nucleótido
- En un principio se mencionó que los nucleótidos son los principales constituyentes de los ácidos nucleicos y
esto gracias a la unión de los mismos mediante puentes de grupos fosfato, en los cuales el grupo –OH en la
posición 5’ de un nucleótido está unido a un grupo –OH del siguiente nucleótido en la posición 3’, mediante
un enlace fosfodiéster
- De modo tal, los esqueletos de los ácidos nucleicos están constituidos por residuos de fosfato y pentosa,
quedando las bases nitrogenadas como grupos laterales unidos al esqueleto
(GMPc)
ENLACES FOSFODIÉSTER EN LA FORMACIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOS
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- Los nucleótidos sucesivos del DNA y el RNA están unidos
covalentemente mediante “puentes” de grupo fosfato, en los
cuales el grupo hidroxilo en 5’ de un nucleótido está unido al
grupo hidroxilo en 3’ del nucleótido siguiente mediante un
enlace fosfodiéster
- Entonces, los esqueletos covalentes de los ácidos nucleicos
consisten en residuos alternados de fosfato y pentosas, y las
bases se consideran como grupos laterales unidos al esqueleto
en intervalos regulares
- Estos esqueletos covalentes de DNA y RNA son hidrofílicos
- Los grupos OH de los residuos de azúcar forman enlaces de H
con el agua
- Los grupos fosfatos, con un pKa cercano a 0, se encuentran
completamente ionizados y cargados (-) a pH 7
- Las cargas negativas se encuentran neutralizadas por
interacciones iónicas con cargas positivas de proteínas, iones
metálicos o poliaminas
- Durante formación de este enlace se desprende una molécula
de agua
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- La deslocalización de los electrones entre los átomos del anillo confiere a la mayoría de los enlaces el carácter de
doble enlace parcial, y, como consecuencia de esto, las piridiminas son moléculas planas y las purinas casi
planas, con una ligera deformación
- Las bases purinícas y pirimidínicas libres pueden existir en dos o más formas tautoméricas según el pH
- Todas las bases nucleotídicas absorben luz UV, y los ácidos nucleicos se caracterizan por una fuerte absorción a
longitudes de onda cercanas a 260 nm
CARACTERÍSTICAS HIDROFÓBICAS 🡪
- Las bases purínicas y pirimidínicas son hidrofóbicas e insoluble en agua al pH celular cercano a la neutralidad
- A pH ácido o alcalino las bases adquieren carga y aumenta su solubilidad en agua
- Uno de los tipos principales de interacción entre las bases de ácido nucleicos son las hidrofóbicas de
apilamiento, que sitúan paralelamente los planos de los
anillos de dos o más bases (como apilar monedas)
- Este apilamiento también resulta de una combinación de
interacciones de van de Waals y dipolo-dipolo entre las
bases
- El apilamiento de las bases ayuda a minimizar el contacto
con el agua y es importante para la estabilización de la
estructura tridimensional de los ácidos nucleicos
FORMACIÓN DE PUENTES DE H 🡪
- Los grupos funcionales de las purinas y piridiminas son los
grupos carbonilo y los átomos de nitrógeno del anillo y los
grupos amino exocíclicos
- Entre los grupos amino y carbonilo se pueden formar
puentes de H, y esto representa el modo más importante
de interacción entre dos (en ocasiones tres o cuatro)
cadenas de ácido nucleico
- Watson y Crick (1953) postularon los patrones más frecuentes en los que se dan los puentes de H:
oLa A se une específicamente con T (o U)
oLa G se une con C
- Esos dos tipos de pares de bases predominan en el DNA y RNA de doble cadena, y tautómeros
- Este “apareamiento” específico de las bases permite la duplicación de la información genética
TIPOS DE NUCLEÓTIDOS
MONONUCLEÓTIDOS 🡪
- Lo forman los nucleótidos en sí, y se nombran con tres letras:
oLa primera indica la base nitrogenada,
oLa segunda y tercera indica el número de fosfatos (mono, di o tri) que tienen unidos
- P. ej., ATP es Adenosina Tri Fosfato
- Los que tienen 3 fosfatos unidos, transportan energía en los enlaces con los últimos 2 fosfatos, de manera que, si
los enlaces se rompen, la energía se libera (se requiere energía para volver a formar dichos enlaces)
- Otros ejemplos de mononucleótidos son el ATP y ADP que ambos son transportadores de energía
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DINUCLEÓTIDOS 🡪
- Nucleótidos formados por la unión de 2 nucleótidos
- Algunos ejemplos: NAD+, FAD y NADP+
- La función que tienen es la de ser Coenzimas transportadoras de electrones y protones,
para reacciones Redox (P. ej.: Fotosíntesis y Respiración)
- La Co-A también es un dinucleótido, y una coenzima, pero transporta grupos acetilo
- La Nicotinamida Adenina Dinocleótido (NAD+), también llamada difosfopiridina y
coenzima l, es una coenzima que se encuentra en todas las células vivas. Es un
dinucleótido, ya que consta de dos nucleótidos unidos a través de sus grupos fosfato con
un nucleótido que contiene un anillo Adenosina y el otro que contiene nicotinamida
POLIUCLEÓTIDOS 🡪
- Se forman por la unión de varios mononucleótidos mediante enlaces fosfodiéster
- Son polinucleotidos las cadenas de AND y ARN, donde se guarda la información genética de los virus y de las
células humanas
- Ambos están formados por nucleótidos iguales, pero la diferencia es que el ADN además de estar formado
por 2 cadena de nucleótidos está formado por las bases nitrogenadas adenina, guanina, citosina y timina,
mientras que el ARN en cambio está formado por una sola cadena de mononucleótidos y cambia la base
timina por el uracilo
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ESTRUCTURA DEL ADN
- La determinación de la estructura del DNA por parte de James Watson y Fracis Crick en 1953 marcó el
nacimiento de la biología molecular moderna
- Watson y Crick postularon un modelo tridimensional para el DNA:
1. Existen dos cadenas de polinucleótidos enrolladas alrededor de un eje común,
formando una doble hélice dextrógira
2. Las dos cadenas son antiparalelas (es decir, transcurren en direcciones opuestas)
3. Las bases ocupan el centro de la hélice (en el interior), donde están apiladas gracias a
sus estructuras en anillo hidrofóbicas y casi planas; las cadenas hidrofílicas formadas
por la desoxirribosa y los grupos fosfato alternados se encuentra en el exterior de la
doble hélice, en contacto con el agua circundante
4. La superficie de la doble hélice contiene dos hendiduras de ancho desigual: los surcos
mayor y menor
5. Cada base de una cadena está apareada en el mismo plano con una base de la otra
cadena y unidas a través de puentes de hidrógenos, para formar un par de bases plano.
Cada residuo de adenina debe formar pareja con un residuo de timina y viceversa, y
cada residuo de guanina debe aparearse con un residuo de citosina y viceversa. Estas interacciones conocidas
como apareamiento de bases complementarias, da como resultado la asociación específica de las dos cadenas
de la doble hélice
- La doble hélice se mantiene unida por dos tipos de
fuerza: los enlaces de hidrógeno entre los pares
de bases complementarias, y las interacciones de
apilamiento de las bases. Entre G y C se pueden
formar tres enlaces de H, mientras que
solamente se pueden establecer dos entre A y T.
Esta es una de las razones de la dificultad para
separar las hebras apareadas del DNA: cuanto
mayor sea la relación de pares de bases G - - - C con
respecto a las A - - T, más difícil será su
separación. La complementariedad de las
hebras del DNA se debe a los enlaces de
hidrógeno que se establecen entre los pares de bases
- Las dos cadenas polinucleotídicas antiparalelas del
DNA de doble hélice no son idénticas ni en
secuencia ni en composición. En cambio, son
complementarias entre sí
- Un gran número de resultados experimentales
apoyan las principales características del
modelo de Watson y Crick para el DNA.
Además, a partir del propio modelo, sugirió de
inmediato un mecanismo para la transmisión de la
información genética. La complementariedad de las
dos hebras del DNA permitió deducir, antes de disponer de pruebas experimentales, que la replicación de la
estructura podía tener lugar naturalmente a través de:
1) La separación de las dos hebras y
2) La síntesis de hebras complementarias de cada una de ellas
⮚ ATP
- Ribonucleótido constituido por adenina y ribosa, a la que se unen 3 grupos fosfato
- El enlace entre la ribosa y el fosfato es de tipo éster, los otros enlaces son anhídridos de ácido fosfórico
- La rotura de los enlaces fosfoanhídrido libera gran cantidad de energía
¿Cómo sucede?
- Tiene lugar cuando:
o Un grupo fosfato se transfiere a otro compuesto, liberando ADP o,
o Se transfiere el AMP y se libera pirofosfato (PPi)
- Cuando el aceptor es agua, el proceso se conoce como hidrólisis
- La hidrólisis de cada uno de los enlaces anhídridos libera apróx. 30 kJ/mol, mientras que la hidrólisis del enlace
éster libera 14 kJ/mol
- El ATP puede transferir de forma espontánea un grupo fosforilo a los grupos apropiados de moléculas como
glucosa o glicerol para aumentar su energía
- Algunos compuestos que tienen tendencia de transferir sus grupos fosfato mayores al ATP pueden transferir un
grupo fosforilo de forma espontánea al ADP para formar ATP
- Sin embargo, estos no reaccionan a menos que actúe sobre ellos una enzima apropiada
- Siempre que se utiliza la energía química de ATP, éste
pasa a ADP + Pi
¿De qué sirve?
- Es el vínculo entre el catabolismo y anabolismo
- Es la moneda energética de la célula viva
- Gran parte de la energía liberada de la glucosa y otros
combustibles se almacena mediante la síntesis de ATP
a partir de ADP + Pi
- ATP cede su energía a procesos químicos: biosíntesis
de moléculas, transporte de sustancias contra
gradientes de concentración, movimiento mecánico,
etc
Nota:
- Los otros nucleósidos trifosfato (GTP, UTP y CTP) y
todos los desoxinucleósidos trifosfato son equivalentes
al ATP energéticamente
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- Es decir, pueden actuar igual al ATP
- El ATP es la moneda energética principal porque está en mucha mayor concentración en las célula
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COFACTORES ENZIMÁTICOS 🡪
- Algunas de las coenzimas que acompañan a las enzimas que catalizan reacciones de oxidación y reducción son
nucleótidos
⮚ NAD+ Y NADP+
- El dinucleótido de nicotinamida y adenina (NAD + en su forma oxidada) y su análogo próximo, el dinucleótido
fosfato de nicotinamida y adenina (NADP+), están formados por dos nucleótidos unidos a través de sus grupos
fosfato por un enlace fosfoanhídrido
- Ambas coenzimas experimentan una reducción reversible del anillo nicotinamida:
⮚ FAD Y FMN
- El FAD (dinucleótido de flavina y adenina) y el FMN (mononucleótido de flavina) son dos nucleótidos de
flavina que se unen a las flavoproteínas, enzimas que catalizan reacciones oxidación-reducción
- La flavina es capaz de reducirse de manera reversible, aceptando uno o dos electrones en forma de uno o dos
átomos de hidrogeno (cada átomo consiste en un electrón más un protón) desde un sustrato reducido. Así se
forman completamente reducidas:
- Los nucleótidos de flavina suelen estar unidos fuertemente a la mayoría de las flavo proteínas, incluso de
forma covalente
- Estas coenzimas fuertemente unidas se denominan grupos prostéticos y provienes de la vitamina riboflavina
(Vitamina B2)
- La deficiencia de riboflavina es bastante rara en los seres humanos. Los sistemas de la deficiencia de
riboflavina, que se asocia con la desnutrición general o con dietas poco equilibradas, son la inflamación de la
lengua, lesiones en las comisuras de la boca y dermatitis
MOLÉCULAS REGULADORAS 🡪
⮚ AMP cíclico
- El adenosín monofosfato cíclico es un nucleótido que actúa como 2do mensajero de diversos procesos
biológicos
- Se produce a partir del ATP, en una reacción catalizada por la adenilil ciclasa, asociada a la cara interna de la
membrana plasmática
- La [AMPc] en una célula es función de la relación entre su velocidad de síntesis a partir del ATP y su velocidad
de degradación a AMP
¿De qué sirve?
- Participa en las rutas de transducción de señales en las células, en respuesta a estímulos como hormona
glucagón o adrenalina) o una respuesta de regulación posttraducional
- Suele estar relacionado con la activación de proteínas quinasas específicas
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- Indispensable para la actividad de la proteína quinasa A dependiente de AMPc (PKA) una enzima que fosforila
residuos de Ser o Thr de numerosas proteínas celulares, cinluyendo la fosforilasa quinasa y la glucógeno
sintetasa, de gran importancia metabólica
⮚ Coenzima A
- Es una molécula que desempeña un papel central en el metabolismo
- Actúa como transportador de acetilo y otros grupos acilo
- Los grupos son importantes tanto en el catabolismo (por ejemplo, en la oxidación de ácidos grasos), como
anabolismo (la síntesis de lípidos de membrana)
- El centro reactivo es el grupo sulfhidrilo terminal del CoA
- Los grupos acilos se unen a la CoA mediante un enlace tioéster, formándose un derivado denominado acil-
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