BIOQUÍMICA (I)

MÓDULO 4. ESTRUCTURA, PROPIEDADES Y FUNCIÓN DE LOS NUCLEÓTIDOS Y

ÁCIDOS NUCLEICOS. REPLICACIÓN DEL DNA
19. Estructura, propiedades y función de los nucleótidos.

1. Composición de los ácidos nucleicos. Estructura y propiedades de las principales

bases púricas y pirimidínicas.
Los ÁCIDOS NUCLÉICOS:
 Están compuestos por carbono (C), hidrógeno (H), oxígeno (O) y nitrógeno (N).
 Forman parte de los compuestos nitrogenados del organismo, junto a las proteínas.
 Se forman a partir de la unión de:
- Una monosacárido PENTOSA, que puede ser ribosa (ARN) o desoxirribosa (ARN).
- Una BASE NITROGENADA, las cuales pueden ser:
 PÚRICAS.- Derivadas de la purina:
ADENINA, que puede funcionar como 2º
mensajero.
GUANINA.
 PIRIMIDÍNICAS.- Derivadas de la pirimidina:
TIMINA, CITOSINA y URACILO. Todas ellas
pueden estar presentes tanto en el DNA como
en el RNA, excepto la timina, que solo se
encuentra en el DNA y el uracilo, que solo se
encuentra en el RNA.
-Aunque la mayoría de los nucleótidos contienen solamente las purinas y pirimidinas
principales, el DNA y RNA contienen bases secundarias.
En el DNA las más comunes son las FORMAS METILADAS de las bases principales,
que Sirven a menudo como señales específicas para la

regulación o protección de la información genética.

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En algunos DNA víricos, ciertas bases pueden estar HIDROXIMETILADAS o

GLICOSILADAS.
En el RNA y en especial en el RNAt se encuentran también bases minoritarias de
muchos tipos.

- Una molécula de ÁCIDO ORTOFOSFÓRICO (H3PO4.)

2. Estructura de los nucleósidos. Nucleótidos constituyentes del DNA y RNA.

La unión de la pentosa con la base nitrogenada forma NUCLEÓSIDOS, que se nombran con el nombre de
la base nitrogenada mas la terminación –osina si son bases púricas (adenosina, guanosina) o –idina si son
bases pirimidínicas (timidina, citidina, uridina). La mayoría son neurotransmisores.

La unión del nucleósido con el ácido ortofosfórico forma los NUCLEÓTIDOS.

Se pueden nombrar con el nombre del nucleósido (sin la a final) y añadiéndole el número del carbono de
la pentosa al que va unido el fosfato seguido de “ ’-monofosfato”, como por ejemplo Adenosin-5’-
monofosfato (AMP).
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Los nucleótidos que contienen
ribosa se denominan

RIBONUCLEÓTIDOS y los que contienen desoxirribosa se denominan DESOXIRRIBONUCLEÓTIDOS.

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INCISO MUY IMPORTANTE. Las células también contienen nucleótidos con grupos fosfato en diferentes
posiciones.

Las modificaciones tienen mucha importancia en biogenética, ya que puede haber mutaciones en ellas.
También puede haber modificaciones por metilaciones.

Conformación respecto a la ribosa

 Existen diferentes conformaciones de los nucleósidos respecto a la ribosa.
 Cuando la ribosa está unida a una base púrica, puede establecerse la conformación anti- (hexosa de la
base en el lado izquierdo) o conformación sin- (hexosa de la base en el lado derecho).
 Cuando está unida a una base pirimidínica solo puede establecer conformación anti-.
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3. El enlace fosfodiéster en la estructura de los ácidos nucleicos, su direccionalidad y

estabilidad.
Los NUCLEÓTIDOS polimerizan dando lugar a ÁCIDOS
NUCLÉICOS mediante un enlace que permite la unión
covalente de los nucleótidos sucesivos del DNA y RNA. En
él se une el radical hidroxilo (-OH) del carbono 3’ de la
pentosa con un radical hidroxilo del fosfato (enlace éster)
unido mediante otro enlace éster al –OH del carbono 5’
de la pentosa del nucleótido siguiente. Esto se denomina
ENLACE FOSFODIÉSTER (dos enlaces éster).

Por lo tanto, los esqueletos covalentes de los ácidos

nucléicos consisten en residuos alternados pentosa-
fosfato, mientras que las bases pueden considerarse como
grupos laterales unidos al esqueleto a intervalos
regulares.

Todos los enlaces fosfodiéster en el DNA y RNA tienen la

misma orientación a lo largo de la cadena lineal de cada
ácido

nucléico. Con lo cual cada cadena lineal tiene una polaridad específica y extremo 5’ (end) y 3’ (grower)
diferenciados.
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El ENLACE DE HIDRÓGENO

 Es un enlace en el que participan las bases nitrogenadas, interaccionando los grupos aminos y
carboxilos.
 Se establece por complementariedad de bases, siendo DOBLES entre la Adenina y la Timina (A=T) y
TRIPLES entre la Guanina y la Citosina (G=C).
 Constituyen el modo más importante de interacción entre dos cadenas de ácidos nucléicos, pues se
utilizan para mantener la estructura de esta molécula, hasta el punto de que si rompemos estos
enlaces, la molécula se puede abrir y ya no mantiene su estructura, por lo que puede ser la
responsable de una patología.

Diferencias entre DNA y RNA

CRITERIOS DNA RNA

ESTRUCTURA BICATENARIO MONOCATENARIO

PENTOSA DESOXIRRIBOSA CON PENTOSA RIBOSA CON

COMPOSICIÓN
BASES: A, T, G y C. BASES: A, U, G y C
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NÚCLEO, MITOCONDRIAS Y
LOCALIZACIÓN NÚCLEON Y CITOSOL
CLOROPLASTOS

ALMACENAR LA INFORMACIÓN TRADUCCIÓN PARA LA SÍNTESIS

FUNCIÓN
GENÉTICA (VITAL). DE PROTEÍNAS (ESTRUCTURAL)

NUCLEÓSIDOS Y NUCLEÓTIDOS NO
NUCLÉICOS. ENERGÍA
Existen nucleótidos que no forman parte de los ácidos nucleicos pero llevan a cabo funciones biológicas
muy importantes.

COFACTORES ORGÁNICOS TRANSITORIOS. COENZIMAS ÓXIDO-

REDUCTORAS.

 NAD Y NADP:

 SON NUCLEÓTIDOS COENZIMÁTICOS DERIVADOS DE LA PIRIDINA.

 Son dinucleótidos formados por la unión mediante enlace fosfodiéster del nucleótido de
nicotidamida y el de adenina. La nicotidamida o ácido nicotínico, también denominada
VITAMINA B3 O NIACINA, es una base nitrogenada derivada de la piridina.
 Se pueden encontrar en forma oxidada (NAD+, NADP+) o reducida (NADH, NADPH).
 El NAD (dinucleótido de nicotidamida y adenina) y el NADP (fosfato del dinucleótido de
nicotidamida y adenina) son también coenzimas de deshidrogenasas:
- El anillo de nicotidamida porta un ion hidruro que se separa enzimáticamente de la
molécula de sustrato por algunas deshidrogenasas).
- No suelen ser grupos prostéticos.
- Después se liberan al medio y pueden ser utilizados por otras deshidrogenasas.
- Se transfieren 2 electrones y u ion hidruro (H-) desde el sustrato al anillo de nicotidamida de
la coenzima (tiene un hueco con carga positiva que, al unirse, aparece sin carga) y se libera
un protón (H+).
- Ejemplo: la lactato deshidrogenasa.
 Intervienen en diversos procesos metabólicos, como la respiración celular.
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 Finalmente, cabe destacar que el NADPH se suele emplear en rutas de biosíntesis, para no gastar
el NADH del organismo, puesto que este último es importante en el transporte electrónico para
sintetizar ATP.

 FMN Y FAD:
 SON NUCLEÓTIDOS COENZIMÁTICOS DERIVADOS DE LA FLAVINA.
 Están formados por una base nitrogenada, la flavina, y como pentosa, un derivado de la ribosa, el
ribitol. Al unirse ambos para formar el nucleósido, constituyen un compuesto denominado
RIBOFLAVINA O VITAMINA B2.
 Algunas de sus características estructurales son:
- En el FMN (flavín-mononucleósido), la flavina (base nitrogenada) está unida a un grupo
fosfato.
- El FAD (flavín-adenín-dinucleótido) está formado por una molécula de FMN unida mediante
enlace fosfodiéster a otra de AMP (adenosín monofosfato).
 Ambos son coenzimas de las deshidrogenasas, enzimas que catalizan las reacciones de oxidación-
reducción (reacciones REDOX) y se pueden encontrar tanto en forma oxidada (FAD, FMN) como
en forma reducida (FADH2, FMNH2). Para pasar de una forma a otra, captan o ceden hidrógeno
oxidando o reduciendo el sustrato:
- Suelen actuar de grupo prostético.
- Transfieren 2 protones (H+) y 2 electrones desde el sustrato al anillo de flavina,
reduciéndose.
- Después, los 2 protones (H+) y los 2 electrones se transfieren a otro sustrato, volviendo la
coenzima al estado oxidado.
Ejemplo: la succinato deshidrogenasa (que participa en el ciclo de Krebs).

 ATP: nucleótido formado por una base nitrogenada (adenina) unida al carbono 1 de un azúcar de
tipo pentosa, la ribosa, que en su carbono 5 tiene enlazados tres grupos fosfato.
El ATP es la principal fuente de energía para la mayoría de las funciones celulares. Esta capacidad de
almacenamiento energético se debe a su estructura química, ya que presenta tres grupos fosfatos
unidos entre sí mediante enlaces fosfodiéster altamente energéticos.
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La hidrólisis de una molécula de ATP da como resultado ADP (adenosín difosfato), un grupo fosfato y
energía.

SEGUNDOS MENSAJEROS

Participan en la transducción de señales que ocurre cuando una molécula de señalización

extracelular activa un receptor de superficie de la célula. A su vez, este receptor altera moléculas
intracelulares creando una respuesta. Hay dos etapas en este proceso:

1. Una molécula de señalización activa un receptor específico en la membrana celular.

2. Un segundo mensajero que a menudo es un nucleótido, transmite la señal hacia la célula

provocando una respuesta fisiológica.

 AMP cíclico (Adenosín monofosfato cíclico): se forma a partir de ATP (el ATP es el sustrato del AMPc),
en una reacción catalizada por la enzima adenilato ciclasa. La unión de moléculas mensajeras
(hormonas,neurotransmisores), a determinados receptores específicos de la membrana plasmática
activan la enzima adenil ciclasa. El AMP cíclico permite la ejecución de varios procesos bioquímicos
que, en última instancia, originan la respuesta celular.
*El adenilato ciclasa es una enzima que se encuentra en la memb y cataliza la reacción de ATP a AMPc

La formación de AMP cíclico y la activación de PKA se llevan a cabo de la siguiente manera:

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1. Unión ligando-receptor: se trata de un receptor específico que está asociado a una proteína G. El
receptor sufre un cambio conformacional haciendo que la subunidad α de la proteína G,
intercambie GDP por GTP. Ese intercambio conlleva la disociación de la subunidad α.

2. La subunidad α se desplaza por el citosol y se une a la adenilato ciclasa que se encuentra en el lado
citoplasmático de la membrana,

3. La adenilato ciclasa cataliza la reacción mediante la cual se obtiene AMP a partir de ATP.

4. El AMP cíclico es el modulador alostérico positivo de PKA (proteína quinasa A con 4 subunidades,
dos de ellas son reguladoras y las otras dos, catalíticas). Tras unirse al sitio de unión de la PKA que
se encuentra en las subunidades reguladoras, se produce la activación de la PKA

5. Tras la unión del AMP cíclico a las subunidades reguladoras, se produce la disociación de las
subunidades catalíticas. Estas subunidades catalíticas ejercen su función fosforiladora en diversas
enzimas citosólicas, de esta manera regulan diversas rutas metabólicas. Cabe destacar que la
fosforilación puede activar o desactivar las proteínas sobre la que ejerce su acción.

6. La proteína quinasa A también puede pasar al núcleo celular donde puede afectar a la transcripción
de los genes, cada uno de los cuales se encuentra cerca de una secuencia específica de DNA
denominda elemento de respuesta al AMPc (CRE). La subunidad catalítica de la proteína quinasa A,
fosforila la proteína de unión al CRE (CREB). CREB es proteína que actúa como factor de
transcripción, es decir, es una proteína que regula la transcripción de ADN. Una vez activado el
factor de transcripción, se a los CRE cerca de determinados genes y actúa activando la expresión de
esos genes.
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 cGMP (nucleótido guanosina 3’,5’-monofosfato cíclico): es un segundo mensajero intracelular esencial

para el correcto funcionamiento del organismo. Se sintetiza mediante la acción del grupo de enzimas
guanilato ciclasa.

 Guanosina tetrafosfato: nuncleótido de guanina que contiene cuatro grupos fosfato. Dos de ellos
unidos en posición 5’ y los otros dos unidos a 3’. Su función es la de inhibir la síntesis de moléculas de
rRNA y tRNA, necesarias para la síntesis de proteínas, evitando así la producción innecesaria de ácidos
nucleicos.

OTROS COMPUESTOS ENERGÉTICOS

 Fosfoenol piruvato: está molécula tiene un papel importante en el metabolismo ya que es el segundo
intermediario de la glucólisis. El fosfoenol piruvato tiene un enlace anhidrido de alta energía. Al
hidrolizarse ese enlace, el fosfoenol piruvato pasa a ser piruvato, esta conversión está acoplada a la
síntesis de ATP.
 Glucosa 6-fosfato: enlace tipo ester que libera una baja cantidad de energía cuando se produce la
hidrólisis del grupo fosfato.
 Acetil fosfato: es una molécula compuesta por una mezcla entre un grupo carboxilo y enlaces
anhídridos fosfóricos. La escisión del grupo fosfato libera una gran cantidad de energía.
 Acetil coA. Es el producto común del catabolismo de los glúcidos, lípidos y proteínas. Proviene de la
descarboxilación oxidativa del piruvato y de la beta-oxidación de los ácidos grasos. Una molécula de
coenzima A posee grupo sulfhidrilo que es donde se unen los restos acetilos mediante un enlace tiol-
ester para dar lugar al acetilcoA. La formación del enlace es importante porque la ruptura libera
mucha energía. El paso de piruvato a acetil coA se lleva a cabo en cuatro etapas dentro del complejo
enzimático piruvato descarboxilasa.

Finalmente se forma el acetilcoA. Durante la descarboxilación oxidativa del piruvato, se reducen otros
compuestos como NAD Y FAD dando lugar a NAD+ y FADH2+, principales transportadores de electrones
para la cadena de transporte que, como resultado final, producirá la síntesis de ATP

PIRUVATO HIDROXIACETIL PIROFOSFATO DE TIAMINA ACETIL DE LIPOAMIDA ACETIL

- CoA
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