Proteínas.

Aminoácidos y proteínas.
•Polímeros no ramificados de
aminoácidos.

•Constituyen más del 50% del peso

seco de la célula.

•Cumplen múltiples funciones en la

célula: catalíticas (luciferasa),
transporte (hemoglobina),
estructurales (queratina), etc.

Clasificación de las proteínas.

Según su composición pueden dividirse en proteínas:

•Simples: compuestas sólo de aminoácidos.

•Conjugadas: poseen otros componentes adicionales

(lipoproteínas, glucoproteínas, metaloproteínas,
nucleoproteínas).

El componente no aminoacídico de las proteínas

conjugadas recibe el nombre de grupo prostético.

Tamaño de las moléculas proteicas. Aminoácidos: constituyentes de las proteínas.

Arbitrariamente se define un peso mínimo de 5000 D para una proteína
(bajo ese valor se denomina péptido)
Características:

•Grupo carboxilo.

•Grupo amino.

•Grupo R (existen 20 grupos R distintos).

•Carbono α es quiral (excepto en la glicina).

•La configuración del carbono α es siempre L.

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Quiralidad del carbono.

•Solo existe en carbono sp3,

unido a cuatro grupos
diferentes.

•Es consecuencia de la
geometría tetraédrica de los
orbitales del carbono.

•Físicamente se manifiesta
en la capacidad de rotar el
plano de la luz polarizada.

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 Isómeros quirales.
Número total de estereoisómeros = 2n ; n = número de C quirales

•Enantiómeros: difieren en la configuración de todos los C quirales.

•Diasterómeros: difieren en la configuración de algunos C quirales.
•Epímeros: difieren en la configuración de un C quiral.

•Los diferentes estereoisómeros no son interconvertibles entre si.

Actividad óptica de los compuestos quirales. Asignación de configuración absoluta:

Sistema Cahn Ingold Prelog.

•Actividad óptica: capacidad de rotar el plano de la luz

polarizada: compuestos dextrorotatorios (+) o
levorotatorios (-).

•Cuantitativamente se expresa como la rotación

específica.

rotacióno bservada ⋅ 100

rotación específica = [α]D25 =
recorrido óptico(dm) ⋅ concentración(g / 100ml)
•Mezclas equimolares de formas dextro y levorrotatorias
de un compuesto no tienen actividad óptica (mezclas
racémicas).
•Se asigna prioridad a cada grupo en base al número atómico del
átomo unido diréctamente al carbono.
•El grupo de menor prioridad se coloca hacía atrás.
•El giro se define en orden decreciente de prioridad:
•En el sentido del reloj: R.
•Contra el sentido del reloj: S.

Asignación de configuración relativa: Representaciones de Fischer de la alanina.

Sistema Fischer.
•Esta basado en la configuración
del gliceraldehído.
•Existen dos configuraciones del
carbono a del gliceraldehído:
•D (en general equivalente al
R).
•L (en general equivalente al
S).
•Se ordenan los grupos de manera
análoga a la distribución del
gliceraldehído.
•El giro se define en orden
decreciente de prioridad:
•En el sentido del reloj: D.
•Contra el sentido del reloj: L.

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Representaciones de Fischer simplificadas. Aminoácidos normalmente encontrados en
proteínas (aminoácidos standard).

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5
 Oxidación de la cisteína: puentes disúlfuro.

Aminoácidos no standard en proteínas. Aminoácidos no standard en el metabolismo.

Comportamiento ácido base de los aminoácidos. Curva de valoración de la glicina (grupo R no ionizable).

Cuando pH = pI, todas las moléculas se hallan como zwitterion

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 El comportamiento ácido base de los grupos unidos al carbono a Curva de valoración del ácido glutámico (grupo R
difiere al observado en compuestos de peso molecular comparable. ionizable ácido).

Curva de valoración de la histidina (grupo R ionizable Péptidos y proteínas se forman a través de la

neutro).
polimerización de los aminoácidos.

Formación de enlace peptídico: reacción de condensación

entre los grupos amino y carboxilo de dos aminoácidos.
Dicha reacción es catalizada por el ribosoma.

Péptidos: polipéptidos de peso molecular inferior a 5000 D. Convención de representación de péptidos y

proteínas.

Ser Gly Tyr Ala Leu

SGYAL

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 Organización estructural de las proteínas.

Conformación: estado nativo característico de una proteína.

Las proteínas sólo son funcionales en su conformación nativa.

Proteínas fibrosas:
•Formadas por cadenas polipeptídicas paralelas.
•Constituyen materiales resistentes, insolubles en agua.
•Ejemplos: colágeno (en tendones y huesos), α-queratina
(pelo, uñas, plumas), elastina (tejido conjuntivo elástico).
Proteínas globulares:
•Formadas por cadenas polipeptídicas plegadas→forma
esférica o globular compacta.
•Generalmente son materiales solubles en agua, y
desempeñan funciones dinámicas en la célula (enzimas,
anticuerpos)

Niveles de organización estructural. Niveles de organización en proteínas.

Estructura primaria: esqueleto covalente de la cadena

polipeptídica→secuencia de aminoácidos.

Estructura secundaria: ordenación regular y periódica en el

espacio de las cadenas polipeptídicas a lo largo de una
dirección.

Estructura terciaria: forma como la cadena polipeptídica se

curva para formar la estructura de las proteínas globulares.

Estructura cuaternaria: ordenación espacial de las cadenas

proteicas de una proteína oligomérica
(subunidades→protómeros)

Estructura primaria: secuencia aminoacídica. Estructura secundaria:

Rol del enlace peptídico.

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 Las diversas estructuras pueden ser definidas No todas las combinaciones de φ y ψ dan lugar a
en términos de los ángulos de rotación φ y ψ. conformaciones posibles.

Debido al efecto de resonancia, el enlace peptídico no posee

libre rotación. Los enlaces Cα-N y Cα-C poseen libre rotación,
caracterizada por lo ángulos φ y ψ, respectivamente.

Diagrama de Ramachandran.

Estructura secundaria y proteínas fibrosas.

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Estructura secundaria: hélice α.

La conformación
dextrorotatoria de la α-
hélice es más estable.

Por cada vuelta de la

hélice hay
aproximadamente 3.6
aminoácidos.

Estructura secundaria de la queratina.

Puentes disúlfuro intercatenarios. Puentes de hidrógeno intracatenarios.

Al ser expuestos al calor, los puentes

de hidrógeno se rompen, permitiendo
que la queratina se estire y pase a
una conformación de lámina β.

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Estructura secundaria: lámina β paralela. Estructura secundaria: lámina β anti-paralela.

Ejemplo: α-queratina estirada al aplicar calor. Ejemplo: fibroína (seda).

Las cadenas se mantiene ordenadas por puentes

de hidrógeno intercatenarios que confieren gran
estabilidad a la estructura.

La estructura de lámina β es favorecida por

aminoácidos con cadenas laterales pequeñas
(alanina o glicina)→el cabello vuelve a su largo
original.

Estructura secundaria: triple hélice. Estructura de la triple hélice.

Los residuos de glicina quedan en el centro de la hélice.
Constituyente principal del tejido conectivo (tendones,
cartílago, ligamentos, huesos).

Posee una composición característica: ~30 % glicina, ~15-

30% prolina e hidroxiprolina (sintetizado por la prolina
hidroxilasa).

Prolina + H2O → hidroxiprolina

La hidroxiprolina es esencial para la estabilidad del

colágeno.

La actividad de la prolina hidroxilasa requiere vitamina C

(carencia de vitamina C→escorbuto).

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Estructura de la fibra de colágeno. Entrecruzamiento del tropocolágeno.

Otros tipos de estructura secundaria: giro β.

Estructura terciaria: Mioglobina: primera proteína globular

Organización tridimensional de las proteínas caracterizada a nivel estructural.
globulares.

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Facilita el transporte de oxígeno en el tejido
muscular de mamíferos marinos.

Grupo hem: grupo

prostético responsable de
la capacidad de fijar
oxígeno.

Las proteínas globulares pueden contener

hélices α y láminas β.

Sólo hélices α: mioglobiba

Sólo láminas β: concanavalina

La mayoría de las proteínas tienen ambos

elementos (~27% hélice α y 23% lámina β)

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La localización de las cadenas depende de la
polaridad.
Los residuos no polares Val, Leu, Ile, Met y Phe se ubican casi
siempre en el interior de la proteína, para evitar contacto con el
solvente (residuos hidrofóbicos).
Dominios en la estructura proteica.
Los polipéptidos con más de 200 residuos aminoacídicos
generalmente forman dominios estructurales.
Los dominios se comportan como estructuras independientes
(pequeña proteína globular independiente)

Los residuos polares cargados Arg, His, Lys, Asp y Glu se ubican
casi siempre en la superficie de la proteína, en contacto con el
solvente.

Los residuos polares sin carga Ser, Thr, Asn, Gn, Tyr y Trp,
pueden estar en la superficie, pero en forma frecuente se hallan
hundidos en la estructura proteíca, formando puentes de
hidrógeno entre si.

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Estructura cuaternaria:
Organización tridimensional de varias
subunidades.

Hemoglobina: compuesto de 4 subunidades (α2β2).

Organización tridimensional de una proteína es Una proteína desnaturalizada puede recuperar

esencial para su funcionalidad. por si sola su conformación nativa.

La secuencia aminoacídica en cierta forma contiene la

información para plegar la proteína en su conformación nativa.

Estabilidad de la estructura tridimensional de

las proteínas.

Existe un delicado equilibrio que mantiene a la proteína en

su conformación nativa.

Aparte de la estabilidad conferida por interacciones

covalentes (Ej: puentes disúlfuro), la conformación es
resultado de tres tipos interacciones no covalentes:

•Interacciones electrostáticas (atractivas y repulsivas).

•Interacciones de hidrógeno (intramolecular y con el agua).

•Efecto hidrofóbico.

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 Interacciones electroestáticas.

Interacciones iónicas: Contribuyen poco a la estabilidad de

la proteína (10-100 kcal/mol).

Interacciones dipolo-dipolo: Muy importantes en determinar

la estructura (10-100 kcal/mol).

•Dipolo permanente (0-1 kcal/mol).

•Dipolo inducido:
ƒIon-dipolo inducido (1-10 kcal/mol).
ƒDipolo-dipolo inducido (0-1 kcal/mol).

•Fuerzas de dispersión de London (1-10 kcal/mol).

Puentes de hidrógeno. Interacciones hidrofóbicas (efecto hidrofóbico).

Importantes, pero a veces pueden tener un efecto

desestabilizante de la estructura (1-10 kcal/mol) Efecto hidrofóbico: influencia que hace que los solutos no
polares minimicen su contacto con el agua.

Residuos aminoacídicos hidrofílicos e hidrofóbicos.

La proteína se pliega de modo de exponer al solvente los

residuos hidrofílicos (Glu, Lys, etc) y esconder en el centro
de la estructura los residuos hidrofóbicos (Val, Leu, Ile, Phe,
etc).

Es la causa más importante de la estabilidad de la estructura

de las proteínas.

El efecto hidrofóbico es entrópicamente dirigido.

∆G=∆H-T∆S

Entropía: esta relacionada con el nivel de desorden del

sistema.

A mayor entropía mayor desorden.

La solvatación de un soluto no polar requiere un alto nivel de

organización de las moléculas de solvente.

La forma menos ordenada del sistema es la que produce la

separación de fases.

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 La desnaturalización puede producirse a través Las mutaciones en el DNA pueden manifestarse
de diversos métodos. en estructuras proteícas alteradas.

Cambio de solvente.

Acción de detergentes.

Agentes caotrópicos.

Exposición a agentes reductores.

Calor.

Ejemplo: anemia falciforme:

Una mutación en el gen de la cadena β de la

hemoglobina resulta en una alteración grave en la
estructura proteica.

Substitución de residuo Glu β6 por Val.

Electroforesis de proteínas.

Es la migración de iones en un campo eléctrico.

Las proteínas poseen carga debido a la presencia

de grupos ionizables.

Es posible separar proteínas en térmios de

diferencia de movilidad electroforética.
q
µ=
f
La técnica permite separar proteínas, y estimar su
peso molecular.

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 Desnaturalización con SDS. El medio en que se realiza la electroforesis es
un gel de poliacrilamida.

Despliega las cadenas.

Proporciona carga neta negativa (~1 molécula de
SDS cada 2 residuos)

La migración relativa tiene una relación lineal

con el logaritmo del peso molecular.

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