Estructura de las Enzimas

Dra. Fátima Yubero

ESTRUCTURA y CLASIFICACIÓN DE AMINOACIDOS
 PROTEINAS
ESTRUCTURA PRIMARIA
ESTRUCTURA SECUNDARIA: α- hélice
ESTRUCTURA SECUNDARIA: hoja plegada β
ESTRUCTURA TERCIARIA
ESTRUCTURA
CUATERNARIA
 ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS
(motifs, folds)- Proteínas globulares

 Son arreglos de varios elementos de la estructura secundaria y

conexiones.
Contribuciones a la energía libre de desplegamiento
Estabilizan la conformación nativa:
 Uniones hidrógeno
 Interacciones hidrofóbicas
 Atracción de Wander Waals
 Puentes salinos
 Formación de puentes S-S
 Glicosilación
 Formación de estructuras cuaternarias
 Unión de ligandos
 CLASIFICACION ESTRUCTURAL DE LAS PROTEINAS

 Todo α

Todo β

α / β : los segmentos se encuentran alternados.

 α + β: contiene regiones de ambos tipos de estructuras.

 FAMILIAS DE ENZIMAS
 Número de secuencias de aminoácidos posibles: más de 10 20

Limitaciones estructurales tridimensionales “plegamientos”

Categorías generales estructurales de los plegamientos “dominios”: todo

α, todo β, α / β, α + β.

Dominio: es una región definida de la enzima que cumple con una

función determinada, por ejemplo el sitio catalítico.

Conociendo la secuencia de aminoácidos se realiza el “análisis de racimos

hidrofóbicos” (Hydrophobic clauster analysis), y se agrupan los dominios
en “FAMILIAS”.

Cuando la estructura primaria de una proteína coincide en los racimos

hidrofóbicos de los dominio de dos o más enzimas, estas pertenecen a la
misma “FAMILIA”.

Varias familias pueden tener el mismo plegamiento “SUPERFAMILIAS”,

pero también hay plegamientos propios de una sola familia (singletes
estructurales).
Familias de celulasas (Henrissat, 1989)

EG: 1,4-β-D-glucanohidrolasa (EC 3.2.1.4)

CBH: 1,4-β-D-glucancelobiohidrolasa (EC 3.2.1.91)
Familia de las Hidrolasas (Himmel, 1997)
Representación (β/α)8 barrel o TIM barrel

(Van der Maarel, 2002)

Familia de las α-amilasas- Familia 13 (Van der Maarel, 2002)
Base de datos de proteínas. Server EXPASY.

 http://www.cazy.org/CAZY

 Glicosilhidrolasas: 128 familias

 Glicosiltransferasas: 90 familias

 Polisacárido liasas: 18 familias

 Carbohidratoesterasas: 15 familias
 ESTRUCTURA 3D DE LIPASA DE Candida rugosa

 Lámina β formada por 11 hebras. La lámina β presenta un enroscamiento.

 El centro de la lámina β presenta hebras paralelas.

 3 α-hélices del lado convexo de la lámina β.

 2 α-hélices en el lado cóncavo de la lámina β.

 8 loops localizados sobre la parte superior de la hoja plegada β.

 El sitio activo está compuesto por la tríada catalítica : Ser 209, His
449, y Glu 341 y está localizado en la parte superior de la lámina β
cerca del centro.

 Ser 209 surge abruptamente como un codo de un loop corto entre unα α-
hélice y una hebra de la lámina β (nucleophilic elbow).
 Oxyanión hole: tres gurpos NH de los residuos Gly 124 y Ala 210 y
probablemente Gly 123 (ambas Gly están localizadas en un loop corto
cercano al nucleophilic elbow), estabilizan al oxaanión. Parte importante del
sitio activo.
(Cygler,1999)
BASES DE DATOS DE PRTEINAS
BIBLIOGRAFIA
Henrissat,B; Claeyssens,M; Tomme,P; Lemesle,L and J.P. Mornon. “Cellulase Families
Revealed by Hydrophobic Cluster Analysis”.1989. Gene, 81:83-95.

Henrissat,B and Bairoch.”New Fa,iliaes in the Classification of Glycosyl Hidrolases Based on

Aminoacid sequence Similirites”.1993. Biochem. J,293:781-788.
Himmel,M.E.; Karplus,P.A.; Sakon,J.; Adney,W.S.; Baker,J.O. and S.R.Thomas. “Polysacharide
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Cygler.M and D. Schrag. 1999. “Structure and conformational flexibility of Canida rugosa lipase”.
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Zhongli,C; Maruyama,Y; Mikami,B; Hasimoto,W and K. Murata. “Crystal Structure of

Gycoside Hydrolase Family 78 α-L-Rhamnosidase from Bacillus sp.”GL1”.2007. J.Mol.Biol. 374:384-
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Van der Maarel,M; van der Veen,B; uitdehaag,J.C.M.; Leemhuis,H and L.Dijkhuizen.
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