TEMA 3: CONFORMACIÓN TRIDIMENSIONAL DE PROTEÍNAS: NIVELES ESTRUCTURALES.

TIPOS
DE ENLACE Y FUERZAS QUE ESTABILIZAN ESTAS ESTRUCTURAS.

CONFORMACIÓN TRIDIMENSIONAL:

Las proteínas están constituidas por una o más cadenas polipeptídicas que adoptan
conformaciones tridimensionales específicas, la configuración que adopta cada proteína se
conoce como conformación nativa, que es única para cada proteína y es la directamente
responsable de la actividad de dicha proteína. Desde el punto de vista estructural las proteínas
se pueden clasificar en:

 Fibrosas: varias cadenas polipeptídicas

que se enrollan de forma paralela o a lo
largo de un eje. Estas proteínas forman
fibras o láminas largas, son muy
resistentes e insolubles en agua o en
disolventes acuosos diluidos. Tienen una
función estructural en las células.
 Globulares: una o más cadenas
polipeptídicas que se pliegan
estrechamente sobre sí mismas para
formar las estructuras esféricas o
globulares. Son solubles en agua o en disoluciones acuosas diluidas, y cumplen una
función dinámica.
 Intermedias: proteínas de transporte cuya estructura es fibrosa, pero sin embargo son
solubles en agua en medios acuosos.

NIVELES ESTRUCTURALES: la estructura primaria, la secuencia de aa, es especificada por la

información genética. Al plegarse la cadena polipeptídica se forman determinadas
disposiciones localizadas de aa adyacentes que constituyen la estructura secundaria. La
forma tridimensional global que asume un polipéptido se denomina estructura terciaria.
Se dice que las proteínas que constan de dos o más cadenas polipeptídicas tienen
estructura cuaternaria.

-ESTRUCTURA PRIMARIA: se refiere a la

secuencia y orden de colocación de los
aa en la proteína. Esta secuencia es
única para cada proteína, además es la
que contiene toda la información para
la dopción de la estructura
tridimensional de la proteína.

El enlace peptídico covalente

parcialmente doble, planar y rígido es el
responsable de la estabilidad de esta estructura primaria o estructura unidimensional de la
proteína.
 -ESTRUCTURA SECUNDARIA: se refiere a la ordenación periódica de una proteína a lo largo
de un eje. Entre las estructuras secundarias se pueden señalar:

 Hélice-α: la proteína se enrolla de forma helicoidal formando una

espiral respecto al eje de la proteína, quedando el amino terminal
hacia arriba del enlace peptídico y el carboxilo terminal hacia
abajo, y los grupos R hacia fuera de la hélice, perpendiculares al
eje principal. Esta hélice es muy compacta y está fuertemente
estabilizada por puentes de hidrógeno entre el oxígeno del
carboxilo con el H del amino que se encuentra cuatro residuos más
adelante.

Entre un aa y el siguiente hay 1.5A. Hay 3.6 aa por

vuelta. Un aa gira 100º. (3.6 aa x 1.5A= longitud
de un aa=0.5nm).

Una hélice-α con L-aa siempre es dextrógira (a

derechas), pero si se construyera con D-aa la
hélice-α se formaría hacia izquierdas, sería
levógira. Normalmente por naturaleza se forman
hacia derechas.
El enlace peptídico entre los aa es rígido, no puede
girar. El ángulo φ y ψ, si que pueden girar hacia la
izquierda, -. Los ángulo fijos del enlace peptídico
para la hélice α son: φ=132º (-57º) y ψ=123º (-
47º).

La hélice-α se estabiliza por enlaces de puente de hidrógeno intracatenarios de residuos

próximos en la molécula, y por los enlaces peptídicos.

EJEMPLOS:

α-queratina: se encuentra en las uñas, el pelo y la piel.

La unidad estructural básica de las α-queratinas es

una estructura formada por 4 hebras denominada
protofibrilla. Esta protofibrilla está formada por
dos hélices de doble hebra que se enrollan sobre
sí, formando una superhélice levógira. Ambas
hélices contienen dos hélices α-dextrógiras. ( en
principio es una cadena de una hélice lineal a
derechas. Después estará formado por dos α-
hélices con enrollamiento a izquierdas).
Cada 4 aa hay una cadena R hidrófoba que
tienden a unirse.
FORMACIÓN: se asocian 2 hélices lineales
dextrógiras (derechas), de longitud de 300 aa, y
forman protofilamentos (levógiros). La unión de 4
 protofilamentos dará lugar a la protofibrilla. La estructura que se forma se
denomina superhélice o hélice superenrollada. Otra característica es la presencia
de Cys entre las cuales se forman puentes disulfuro. Esto determina el que una
persona tenga el pelo rizado o no, cuantos más puentes disulfuro, más rizado será
el pelo.

 Β-laminar: es mucho más estirada que la hélice-α (hebras-β formadas por una
única cadena de aa, separadas 3.5A)

Esta estructura va a estar

estabilizada tanto por puentes de
hidrógeno intercatenarios y por los
propios enlaces peptídicos.

Estos puentes de hidrógeno pueden

unirse de forma paralela o
antiparalela, formando lo que se
denomina como lámina plegada.

En la estructura paralela, todas las

hebras se encuentran en la misma
dirección, comienzan por el mismo
extremo.

En la antiparalela las hebras no

tienen la misma dirección, no
empiezan por el mismo extremo.

Existe un tercer tipo de láminas, las

láminas mixtas, que es una mezcla de
la paralela y de la antiparalela.

La unión de las hebras-β se lleva a

cabo a partir de puentes de H
perpendiculares al eje de la lámina.
Estos puente de H se establecen
entre el O del carboxilo de un aa con el H del grupo amino del aa de la otra cadena. Estos
 puentes de H en las láminas antiparalelas se lleva a acabo entre el O del carboxilo de un aa con
el H del grupo amino que está justo debajo.

Con respecto a los grupos R de los aa se sitúan hacia el exterior.

EJEMPLOS:

Colágeno: componente principal del tejido conjuntivo. Hay más de 20 tipos diferentes.

Colágeno:
Su cadena polipeptídica no se dispone ni en α -hélice ni en hoja plegada. Es muy importante cuantitativamente como es el
caso de los mamíferos donde llega a ser el 30% de todas las proteínas. Está presente en todos los organismos pluricelulares.
Tiene función estructural formando parte de huesos, tendones, cartílagos... Está formada por fibras paralelas y al
microscopio electrónico se ven estrías transversales separadas unos 70 nm.
Composición en aminoácidos: es muy particular, pues ¹/ 3 de los aminoácidos son glicina y hay mucha alanina, además de
otros raros en gran proporción como prolina y aminoácidos modificados (no codificables) como hidroxiprolina (Hyp) e
hidroxilisina (Hyl). El 50% de las prolinas presentan hidroxilación en el C 3 ó C4 y las lisinas en el C5. El OH sirve para establecer
puentes de hidrógeno que estabilicen la estructura. También tiene azúcares unidos a la hidroxilisina (monosacáridos y
disacáridos). Secuencialmente la glicina es uno de cada tres aminoácidos,lo que es imprescindible para la estructura del
colágeno. Como también es rico en hidroxiprolina e hidroxilisina una secuencia típica es:
Gly - Pro - Hyp - Gly - X - Pro - Gly - Hyp - O - ....
Estructura tridimensional: La unidad estructural es una fibra de triple hélice enrollada hacia la derecha llamada
tropocolágeno. Es una proteína de las más largas y estrechas mide unos 3000 ángstrom de largo y 15 de ancho. La triple
hélice es un elemento de estructura secundaria mantenida por puentes de hidrógeno transversales al eje del tropocolágeno.
Es muy estable y resistente. Tiene muchas prolinas e hidroxiprolinas que son aminoácidos de cadenas laterales grandes que
rompen la α -hélice. Cada cadena tiene tres residuos por vuelta, estable por repulsiones de tipo estérico y las prolinas están
lo más alejadas unas de otras. Cuando se asocian tres cadenas uno de los aminoácidos se tiene que quedar dentro, por eso
hay tanta glicina. Se establecen puentes de hidrógeno entre grupos del enlace peptídico. La prolina no tiene dador porque la
cadena vuelve a unirse al aminoácido. La cadena polipeptídica tiene cabeza y cola diferenciadas porque la secuencia de
aminoácidos no permite adquirir estructura, como consecuencia el principio y el final de la triple hélice está un poco
desordenado. Cuando se unen las cadenas se desplazan un poco unas sobre otras y al solaparse cabezas y colas se ven las
estrías. Hay dos características que explican su gran estabilidad:
- Hay muchos aminoácidos hidroxilados que pueden aportar un OH extra para formar puentes de hidrógeno, sin los
aminoácidos hidroxilados el colágeno es más frágil. La hidroxilación de la prolina se produce cuando ésta ya forma parte de
la cadena gracias a la enzima hidroxilasa. Si ésta falla el colágeno será más frágil. El escorbuto es una carencia de vitamina C
que forma parte de la composición de la hidroxilasa, al escasear produce fragilidad y consiguiente rotura de capilares. Hay
enlaces covalentes cruzados entre la misma triple hélice o entre distintas que se establecen entre un residuos de lisina
estando una de ellas oxidada por una oxidasa. El número de enlaces covalentes cruzados aumenta con la edad haciendo los
huesos más quebradizos.

El colágeno está formado por tres hélices polipeptídicas levógiras (1000residuos/cadena) que
están enrolladas una sobre la otra para formar una triple hélice dextrógira.
La Gly constituye el 33% de la proteína. Las cadenas R de las Gly se sitúan hacia el interior.
Cada 2 aa hay una Gly. El glucógeno presenta gran cantidad de Gly, Pro e Hyp

El colágeno posee aa modificados; 4-hidroxiprolina + 5-hidroxilisina. Las distancias entre las

bandas del colágeno es de 64nm (se van colocando una detrás de otra).

 4-hidroxiprolina: esta hidroxilación se produce después de que se haya formado el

colágeno. Su OH permite la formación de
los puentes de H. necesita de vitamina C. en
ausencia de esta vitamina no se hidroxilan
las prolinas y las lisinas, por lo que no se
pueden formar los
puentes de H. las
fibras de colágeno
se desprenden
unas de las otras.

 5-hidroxilisina: en posición 5 hay un Oh que no tiene la

Lys.

El colágeno es una glicoproteína, se glicosila, es decir, se unen glúcidos al colágeno.

En el colágeno se producen entrecruzamientos con la edad, por lo que pierde elasticidad y se

va rompiendo.

A altas temperaturas, llega un punto en el

que la hélice se va desnaturalizando.

Representación ramachandran:
-ESTRUCTURA TERCIARIA: plegamiento de la estructura secundaria en el espacio.

Los puentes de H son paralelos a la

α-hélice y perpendiculares a la β-
laminar (puentes de H
intercatenarios).

Las proteínas de la estructura

terciaria son la mayoría de la que
existen en los seres vivos.

Dentro de la estructura secundaria

(tanto α como β), se producen
bucles (giros internos) y doblan la
molécula. Esta estructura deja
huecos: estructuras activas.

Los giros hacen que entre las Cys se formen puentes disulfuro.

EJEMPLOS:

 Ribonucleasa: si la tratamos con urea, que es un agente desnaturalizante, no se

rompen los enlaces covalentes. Para que se rompan los puentes disulfuro, se necesita
un agente reductor, para que la proteína se despliegue por completo, dejando de ser
biológicamente activa. Si se retira la urea y el agente reductor, y se añade un agente
oxidante se renaturaliza, es decir, se vuelve activa. La cadena primaria de aa inicial
indica la forma de la estructura terciaria. La información necesaria para la
conformación espacial de las proteínas está contenida en su configuración.

DESNATURALIZACIÓN Y RENATURALIZACIÓN

Hay muchos agentes físicos y químicos que pueden perturbar la conformación nativa de una
proteína. El proceso de desorganización de una proteína se denomina desnaturalización.
Dependiendo del grado de desnaturalización, la molécula puede perder de forma parcial o
total su actividad biológica. Si las condiciones vuelven a ser favorables, la proteína se
renaturaliza, es decir, vuelve a su estructura nativa, siendo de nuevo funcional.

ESTRUCTURA SUPERSECUNDARIA (ααCORNER, β-α-β loop, estructura β tipo barril)

Las Estructuras Supersecundarias pueden definirse como combinaciones de alfa-hélices y

estructuras Beta conectadas a través de asas o lazos, que forman patrones que están
presentes en muchas proteínas diferentes. Estos plegamientos se estabilizan a través de la
misma clase de enlaces que mantiene a la estructura terciaria. Algunas veces se utiliza el
término “motivo” (“motif” en inglés) para describir a estas estructuras supersecundarias.

Estas estructuras pueden ser relativamente simples, como alfa-alfa (dos hélices alfa unidas por
un asa), Beta-Beta (dos Beta-hebras unidas por un asa), Beta-alfa-Beta (Beta-hebra unida por
un asa a una alfa-hélice que esta a su vez unida a otra Beta-hebra por otro lazo) o estructuras
más complejas, como el motivo llamado de “Llave Griega” (“Greek key”), o el Barril Beta
(“beta-barrel”).
 Motivo de "Llave Griega"

Barril beta

Es muy interesante que estas estructuras repetitivas

pueden diferir mucho en su estructura primaria, y
además, pueden estar presente en proteínas muy diferentes.

Algunas proteínas no tienen estructuras supersecundarias.

Dominios : Son unidades estructurales compactas, estables, dentro de una proteína, formadas
por segmentos de una cadena peptídica que se pliegan de forma independiente, con una
estructura y función distinguible de otras regiones de la proteína y estabilizadas por las mismas
fuerzas que la estructura terciaria.

Estos dominios pueden ser estructurales o funcionales, y siguen guardando su estructura y su

función aunque se independice de la proteína

***dominios del piruvato kinasa: 3 dominios diferentes. Si rompemos la proteína de manera

controlada, con proteasa, se puede aislar una parte de la proteína. Esa parte es un dominio
estructural si mantiene la misma estructura y un dominio funcional si mantiene también su
función. Por mutagénesis dirigida, se puede mutar la parte del gen que está implicado en el
dominio.

-fuerzas que estabilizan la estructura terciaria:

-enlaces de H: entre 2 átomos electronegativos. Uno de ellos unido al H. tiene lugar entre los
grupos de las cadenas laterales R.

-enlaces iónicos, puentes salinos: entre los grupos cargados + y – de las cadenas laterales de
los aa. Ej: aspártico con lisina. Estos enlaces no se dan a cualquier ph. A ph=7, los carboxilos
están desprotonados y los aminos protonados.

-enlaces hidrofóbicas: los grupos hidrofóbicos se sitúan en el interior de las proteínas. Entre
estos se establecen enlaces hidrofóbicos, que ayudan al plegamiento de las proteínas.

-enlaces covalentes

-enlaces coordinados: entre cadenas laterales. En el enlace que se forma se comparten 2e cada
uno.
-fuerzas de van der Waals: los grupos que interaccionan no tienen carga. Estabilizan la
estructura terciaria.

El citosol de una célula tiene un ambiente reductor. Los grupos SH estarán sin formar puentes
disulfuro. Los puentes disulfuro no aparecen en las células, pero si aparecerán en proteínas
que van hacia el exterior.

-ESTRUCTURA CUATERNARIA: cierto tipo de proteínas poseen un nivel estructural superior,

conocido como estructura cuaternaria. Esta nueva estructura está formada por más cadena
polipeptídica. Se puede definir como una relación espacial de las subunidades de una proteína
oligométrica. Estas cadenas polipeptídicas o subunidades pueden ser iguales o diferentes. (ej:
hemoglobina). Las proteínas con estructura cuaternaria están constituidas por subunidades
que alcanzan su activación biológico funcional al unirse, ya que solas no son funcionales.

FUERZAS QUE MANTIENEN UNIDAS ESTRUCTURAS TERCIARIA Y CUATERNARIA: las fuerzas o

interacciones que estabilizan estructuras terciaria y cuaternaria son en general de naturaleza
no covalente y se clasifican en: interacciones hidrofóbicas (entre grupos apolares que repelen
el agua), puentes salinos o interacciones iónicas (entre aa cargados), puentes de H (muy
numerosos). Hay una excepción a todas estas fuerzas y son los puentes disulfuro, pues son de
naturaleza covalente. La razón de que la mayoría de interacciones sean no covalentes está en
la funcionalidad: enlaces covalentes no permitirían que la proteína sufriera modificaciones o
cambios conformacionales con facilidad debido a su alta fortaleza de enlace.

** la estructura cuaternaria es la asociación de varias estructuras terciarias. Pueden ser:

-homotópicas: estructuras terciarias iguales.

-heterotópicas: estructuras terciarias distintas.

RUTA DE PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS: el paso de la estructura 1ª, a la 2º, 3º y 4ª es

energéticamente favorable.

1º se forman estructuras secundarias en algunas partes de la 1ª. Se van formando dominios

hasta formar el glóbulo fundido (todavía no han aparecido las interacciones hidrofóbicas, es lo
último en aparecer). La RIBONUCLEASA tiene 10 50 conformaciones. La primera conformación
tarda en formarse 10-30 s.

Tiene que haber situaciones que estén favorecidas (paradoja de cevintal).

Agrupación de proteínas de manera anormal. Ej: ELA, Huntington

La proteína para que este en su estructura nativa tiene que estar en su ph. Por factores se
estrés se puede desnaturalizar, y para ello se unen a chaperonas para que no den lugar a
agregados polipeptídicos. Pueden dar lugar a chaperoninas. Las chaperonas llevan a las
proteínas a las chaperoninas.