CLASE 4 PRACTICA BIOMOL

Herramientas que se usaran: BLAST, Expasy Translate

Tool, UniProt, ProtParam, PeptideCutter, Swiss-Model

Se abren los enlaces señalados como primer paso

 Y en la búsqueda que nos da, nos
aparecen resultados de a quien se
1 3 podría parecer nuestra secuencia

4
2

Al abrir el enlace de nucleotide BLAST, nos

aparecera esta ventana en la cual En este caso nos aparece de primero ‘’ Bos Taurus, la proteína la
pegaremos nuestra secuencia problema y insulina el nombre del gen INS y que es un ARNm, esta opción que
corremos la secuencia (hacemos clic en nos arroja debería ser la correcta pero para crroborar observamos
BLAST estas casillas que nos aparezca el mayor porcentaje
 Luego nos vamos al Blast x
Copiamos de nuevo la secuencia y
1
corremos la secuencia, en este caso el
blast x nos va a permitir colocar una
secuencia de nucleótidos que no
sabemos a quien pertenece y nos va a
decir si codifica o no una proteína

En este caso en los resultados que arrojara nos fijaremos en los primeros para
corroborar si el animal es el correcto, ya que la mayoría de resultados
coincidirán con Bos Taurus y veremos porcentajes del 100% en ‘’per ident’’
 En el Protein BLAST vamos a necesitar colocar una secuencia de
aminoácidos, no en forma de nucleótidos como tenemos nuestra
secuencia.

Por esa razón vamos a traducir en

Al traducirlo nos
deberán Aca pediremos que nos
aparecer muestre la metionina en forma
nuestros 6 de M y el codon stop en forma
marcos de de guion --
lectura
Al obtener nuestros
marcos de lectura
abiertos, debemos
tomar solo los que
muestren lo que
habíamos pedido, la
metionina en forma de
M y el codon stop en
forma de guion, solo
seleccionando lo que se
encuentra resaltado en
rosado y probar cual
será el indicado en el
protein blast (blastp)
 Al obtener nuestros marcos, empezaremos a probar en el blastp con nuestras
secuencias de aminoácidos hasta encontrar la indicada que en este caso seria el Bos
Taurus que hemos estado buscando.

Y podremos obtener
resultados que coinciden
con lo antes encontrado,
pero a partir de nuestra
secuencia de aminoácidos,
corroborando asi, la
identidad de la proteína
 Luego nos 4
1 iremos al
NCBI

2
Colocamos
taxonomy el
nombre de Colocamos el GEN que en el caso de la
nuestra insulina es INS
especie ya
confirmada,

5
3
Seleccio
namos
nuestro
gen

Nos vamos a
GEN
-Nos vamos al grafico para buscar la
proteína del gen
-Presionamos la casilla de colores y
buscamos el numero de aminoácidos
de nuestra proteína insulina

Y nos indica que tiene 105

aminoácidos, nosvamos a la
barra roja porque esta es la
que nos enseña los datos de
la proteina
 Luego bajamos y buscamos NP que es la que
necesitamos para secuencia de aminoácidos,
ya que el NM es para ARNm

Copiamos y pegamos esa secuencia de referencia

Subir y sacar el formato FASTA que nos piden

Y pegarlo en nuestros datos
El uniprot nos va a permitir saber DONDE esta ubicada la proteína (fuera o dentro
de la célula, cual es la función de la proteína, a que especie pertenece y que células
la sintetizan o mejor dicho la expresan

Colocamos el Gen y el nombre de la especie y

presionamos search

Empezamos seleccionando el
primero que nos dice que son
105 aminoácidos y vemos lo
que sale
 Nos sale la función a grandes
rasgos de la proteina

Y vamos llenando estos datos de

acuerdo al programa

A la izquierda
podremos ver todo
los datos que Arriba en
podremos sacar de función nos
la proteína dará el
código
uniprot
señalado en
azul
Iremos a localización
subcelular y
encontraremos que en
este caso dice SECRETADA,
es decir, AFUERDA DE LA
CELULA ES SECRETADA

Y de esta manera llenamos los datos en uniProt

Ahora usaremos otros programas para encontrar estos datos

Nos vamos al ProtParam del Expasy

Tener mucho cuidado, recordar que

aca nos piden es la secuencia de
aminoácidos, es decir esta que
habíamos encontrado antes.
Copiamos y pegamos nuestra secuencia de
aminoácidos y le decimos que computarice
los parametros

Gel de poliamida ,Nos arroja el numero de aminoácidos,

El punto isoeléctrico y el peso molescular
Luego bajamos ahí mismo, y encontramos
la formula general que nos piden y
anotamos cuantos nros de asufres tiene
nuestra proteína que en este caso son 7
Luego nos piden la composición de aminoácidos
que es esta

- Luego nos pide sitios de clivaje con tripsina y eso

se hace en el programa peptide cutter en Espaxy
1 Aca también nos pide
trabajar con la secuencia de
aminoacidos

Asi que la pegamos y nos vamos abajo para cambiar

algunas opciones antes de darle a perform
1

Marcamos aca también porque queremos ver

la tabla y le damos a perform

Se marca la tercera y se le pide que sea con tripsina

Luego bajamos y veremos ese cuadro
pequeño donde nos dice que se han
producido 8 cortes

Simula el proceso de la
digestion por alguna enzima
frente a la proteína y darnos
una idea de la
espectofotometria de imagen
Ejemplo