RESUMEN PDF

Resumiendo lo que le dije a sus compañeros en clase el día de hoy:

A grandes rasgos lo que veremos en el semestre será lo siguiente:
o 1° parcial: generar una entrada de genbank, GENOME Browser y BLAT
o 2° parcial: Diseño de primers para PCR y PCR en tiempo Real, mediante PRIMER3PLUS y Oligoanalyzer.
o Consultar la base de datos de KEGG para analizar rutas metabólicas de algún compuesto de interés y ver si es
posible replicarlo en algún microorganismo.
Ponderación: La instrucción que se nos dio fue que continuáramos con el modelo del año pasado, de tal
manera que la ponderación queda así:
o Tareas: 1° parcial 6 pts, 2° parcial 7 pts y 3° parcial 7 pts. Total 20 pts.
o Examen: Examen a mitad de semestre 20 pts y Examen final 20 pts. Total 40 pts. o PIAS: 1 por parcial, cada uno
con un valor de 13.3 pts. Total 40 pts.
¿Cuándo asistirán de manera presencial?
o En siase se dividió al alumnado en subgrupos para respetar el aforo que se impuso
a cada aula. En otras palabras, habrá rotación de alumnos:
 Subgrupo 1 asiste la semana 1, 3, 5, 7, 9... etc. Semanas nones. Solo
aquellos con la letra “P” al final.
Otras pautas:
 Alumnos que inscribieron la materia en Linea NUNCA asisten al salón.
¿Si el alumno está inscrito en línea se puede cambiar a presencial? Tengo entendido que
esto no es posible, quedaría en línea por todo el semestre.
¿El modelo híbrido-mixto se aplicará todo el semestre? Si los contagios de Omnicron no disminuyen para el
último de enero; si se extiende todo el semestre. Hay que estar al pendiente de los avisos que de la facultad o
la Universidad.
¿Vamos a regresar al modelo en Línea? Si la cantidad de contagios de Omnicron lo justifica, si es posible
regresar al modelo en línea. Hay que estar al pendiente de los avisos que de la facultad o la Universidad.
¿Qué pasa si el alumno presenta Covid? Es necesario que avise a sus profesores y presente la prueba donde
dio positivo (antígeno o PCR) para que se les justifiquen las faltas, para regresar a la facultad ya que se
recuperen es necesario presentar una prueba COVID donde de negativo (antígeno o PCR). AL MENOS ES LO
QUE YO ENTENDÍ.
¿Qué pasa si el alumno presenta síntomas dentro de la facultad? Tengo entendido que se pueden retirar pero
antes de irse a sus casas necesitan ir a la dependencia de servicios médicos que está enfrente de la librería
universitaria para que los evalúen y les digan que procede.
¿Qué pasa si el maestro tiene Covid? Si su salud se lo permite las clases las impartirá mediante teams desde
su casa, de lo contrario se asignarían temas o ejercicios para que el alumno tenga material en que trabajar. En
el peor de los casos se pierde la clase.
¿COMO GENERAR Buscar en Google --> BankIt (nih.gov)

UNA ENTRADA EN https://uanledu.sharepoint.com/sites/Section_02303010133802031401040101452451/Shared

Documents/General/Sesión 1. Entrada de Genbank..mp4

GENBANK?
Ingreso con mi correo de gmail y ahora si continuamos

1. Para saber que cosa queremos

meter nosotros(el ultimo es si
queremos poner solo secuencias
fasta. --> Seleccionar Datos de
secuencia no enumerados --> En
Welcome Bankit User
2. Seleccionamos “star bankit
submission”
Llenar el formulario de contacto --
> continue

3.“Sequence authors”: autores de la secuencia,

5. En Sequencing Technology: aquí me pide

4. “Referece infomation” es el estado en el
que se encuentra la secuencia, como si ya esta
publicado o no, y poner el titulo e la revista,
volumen y de que pagina a que pagina. El profe
le puso no publicado. Poner cualquier Titulo
Se pone el doctor con el que se hizo tesis
el metoo e secuenciación( como lo obtuve)
se eligió el de SANGER por ser el mas
común en este caso y me dice si la
secuencia es ensamblada o no, es decir, si
tiene uno mas marcos e lecturas abiertos.
En bacterias lo que metes hay quizá 4ORF's
diferentes (Unssambled le picamos)
6.“Nucleotide” para ver cómo quieres que se
publique, le picamos en Inmediately after
processing, además de elegir que tipo de
secuencia fue(si es DNA, ribosomal, plasmido, etc),
también ponemos ahí nuestra secuencia FASTA si
es lineal o circular pero solo pegamos los
nucleótidos y le cambiamos el código de acceso.
Le ponemos que no en la pregunta. Le damos a
continue

8. En “Submission category” es para ver si es una secuencia original

7. “En organism” es para identificar e que organismo lo o si me base de alguien mas(quien hizo la anotación) --> donde
saque y como aparecerá el titulo e mi secuencia, de esta el promotor, loop, el CDS o detalles e eso. Identificar los
donde la saque, ej. Escherichia coli. Y da un preview de detalles de mi secuencia y seleccionamos uno de los dos, si es el 2
como se vería la secuencia pues tenemos que poner los datos de las personas
 9. Aquí en “source modifers” como el medio de cultivo en el que nosotros trabajamos
para conseguir la secuencia(como decir si es un cultivo e enriquecimiento). Donde se
encuentra el DNA. Ahí en la opción de source modifers es para decir en que
condiciones creció mi micoorganismo. si el cultivo es puro. Axénico: significa saber si se
logro aislar el organismo solo para ver si hay contaminación posible de DNA. Si es un
cultivo de enriquecimiento es para organismos muy difíciles pero salen otros
microorganismos con contaminación de DNA
SELECCIONAR PURE CULTURED STRAIN, especificar que tipo de DNA es. En source
modifiers: es de donde se aislo mi organismo o bajo que caracteristicas fue cultivado:
Isolation source, etc. Soll en value

10. En “Features” es para que

en nuestra secuencia
podamos poner en que parte
se encuentra el CDS de tal a
tal par de bases, promotor y
todo eso. Nombre de la
proteína u otras
descripciones. Nombre del
gen como nombres de los
alelos.

11. En “Review” me pone toda la

información final que llene. No
darle click al FINISH
SUBMISSION.
 ANOTACIÓN DE UN Nos sirve para publicar sobre un gen nuevo, trabajar con un plásmido
o reportar algo nuevo y registrarlo en la base e datos e BANKIT.
GENOMA
Determinar la estructura e un gen, es decir, identificar el
1 La anotación de un GEN consiste en CDS, la región promotora y la secuencia repetida/consenso,
sitio de unión al ribosoma.

Dar un resumen de lo que hay en un genoma como el total

2 La anotación de un genoma consiste en de genes, longitud promedio de un gen, genes no
codificantes, total e RNAm y longitud de ese, etc.

¿Cómo se obtiene la anotación? Hay 2 Puede se de manera experimental (ideal)

3 formas:
a. Porque hay evidencia, no siempre se puede y ahí entra la
predictiva.
b. Se necesita identificar la poteina en el CDS para poder
2. Puede ser Predictivo ientificar que es lo que codifica.
CDS de una secuencia desconocida sin proteína -> Marcos de lectura c. Proteína + secuenciación de sus aminoácidos+
abierta. transcripción/ orden de sus aminoácidos. + código genético
a. Se necesita identificar los marcos de lectura abierto(se usa si no (se busca donde se ubica el CDS de mi proteína)
tienes la proteína o hay una secuencia desconocida. d. Se determina el oren de los AA de la proteína, se busca
b. Marcos de lectura abierto: 1 secuencia ininterrumpida de codones una región y así identificar el CDS.
de un tamaño aproximado de 3000 pb o una secuencia de un e. Región promotora antes del ATG 10 pb antes
producto(proteína) de aprox 300 AA, EJ: ATG…….TGA. aproximadamente. TATA en eucariotas.
¿Porque 300 AA? Por que es común tener ese valor en la naturaleza
en los ORF’s.
c. Entrar a FASTA desconocido, hay un gen onta CDS, lo metemos al
programa, no es común que haya metioninas (muchas en la secuencia)
d. Luego se “Blastea” alinea para comparar con otos genes para
ientificar a que familia pertenece.
Se busca la secuencia consenso 30 - pb antes

1. NCBI -> Seleccionamos genome en genbank y

ponemos search sin poner nada, luego sleccionamos
la opción de células eucariotas, para seleccionar en la
pestaña de “annotated genomes” o genome anotaron
para que acceder a los genomas mas importantes que
se han anotado en las células eucariotas y que se usan
en proceimientos experimentales. le ponemos en se all

2. En la fila del ser humano se ven 3 opciones( FTP,AR y

GDV), en el AR es el resumen de la genética en el ser
humano.
3. Nos va a aparecer una tabla sobre un resumen, por
ejemplo en esta se nos muestra cuantos genes y
pseuogenes hay(54,630), cuantos de esos genes
codifican para una proteína, cuantos de esos genes no
codifican para una proteína, etc.

LINKS
https://uanledu.sharepoint.com/sites/Section_02303010133802031401040101452451/Shared Documents/General/Sesión 2. Anotación
de genomas..mp4
Eukaryotic genomes annotated at NCBI (nih.gov)
Genome List - Genome - NCBI (nih.gov)
 GENOME Our tools Genome Browser ¿Qué genoma? Human Año always

BROWSER POPULAR SPECIES

REPRESENTED SPECIES
2009

Es una herramienta para ver y analizar la

estructura de un gen, este solo maneja
genes eucariotas no de Human Assembly
bacterias(procariotas). 2009
Representa el gen visualmente
Buscador de genomas de varias especies.
Flecha arriba: Botones de navegación <- ->
Position de pares b o el
Zooming - Zoomout (+-)
nombre del gen, en
Multi-region (coordenadas genómicas) cromosoma 7 entre los pares que ahí
este caso INSIG1
dice.
12,460 pb -> longitud en pares de bases
Dibujo de cromosoma raya roja = posición del gen
Si me desplazo <- o -> las coordenadas cambian AGUAS porque va de
acuerdo a la caja blanca en el PIA, evidencia y eso. NO MOVERLE tmb el GO
zoom.
Para saber las verdaderas coordenadas -> Click en INSIG1
Mapviewer --> Caja blanca --> Toda la info (secuencia genética y barra azul =
gen)
Si se repite el gen a la izquierda son las variantes del gen NO COPIAS DEL MISMO Agregar info
y son diferentes pero a fin de cuentas codificar a la misma proteína. Similitud de secuencia con otra especie
La variante subrayada (INSIG1) a la izquierda es la + común Comparative genomics-> Conservation -full ->
Cajas o recuadros = exones Refresh -> Vert. cons -> Lo que se conserva = exones
Lineas punteadas = entrones <-<-<-<- en comparación de especies barra azul mientras más
Dirección de expresión de gen 5' a 3' si la flechita va -> arriba el exon 1 (100)
Dirección de expresión de gen 3' a 5' si la flechita va <- (strand means 5 a 3) GEN KISS1
Click a INSIG1 = Rhesus, Mouse, Dog, Elephant -> Barra negra solida
Nombre gen (match / gen del organismo y alineación) -> Espacio
Descripción de lo que hace blanco = gaps
Coordenadas Variación de especies: intrones
FASTA Modificación de especies-> Comparative genomics ->
Proteína -> Sequence links to tools -> Protein (277 aa) = F Conservation (selecciona submit)
Seq del gen -> Sequence links to tools -> Genomic sequence (seleccionamos COLOR BEIGE: Ese pedazo entre especies no son
lo que queremos ver) idénticos (C-A, T-G, C-T)
Si hay MAYUS COLOR NEGRO: Ese pedazo entre especies si son
Exones idénticos (C-C, T-T, A-A)
Codifica
Si hay MINUS
5 o 3 UTR
Intrones
No codifica
5' UTR -> regiones no traducidas promotor
3' UTR -> el final de transcripciones

GEN TRAF 2
5 variantes
Cromosoma 9 Polimorfismos Buscar debajo de las
Cadena 5' a 3' Variación Full Submit
Mutaciones especiees rayitas
11 exones dbsNPIS3
como
11 entrones |
40,103 pb | |
GEN KISS1
C1 Gen tiene guanina

6,151 pb y cambia a timina COLOR VERDE = Mutación que cambia codon pero
1 variante es la única rs74897770 G/T igual codifica -> No hay cambios en la proteína
3 exones
COLOR NEGRO: En regiones que no se
2 intrones 5'UTR
traducen/utilizan -> intrones
ACTA 1
COLOR AZUL: Región que es UTR pero no traduce
Hay mas alineación
COLOR ROJO: Mutación que codifica aminoácidos
5' UTR cuando está
diferente es la que si es peligrosa
aplastada en la barra
negra ACTA1
 GEN RAB12 GEN HOXA1
Regulation -> encode regulation Célula eucaristía - nivel de detección raro
2, 3, 4, 6 en full -> submit Si hay dos genes
Te vas a la región promotora lado 5' a 3' o 3' a 5' Se puede 1 promotor en 2 genes
depende antes del exon y ubicas 3 gráficas de (comparten), un pico entre dos secuencias
colores.
1 Metilación
2 Acetilación
Región media porque es la promotora -> observar la
parte más alta de detección pero hay que analizar la
sección 5'UTR que contiene el promotor un pico azul
bebe donde podría estar
Transcription factor -> POLR2A
Metila, histona, RNApol, Polimerasa
Me1 ______ ->
Me3 ______ ->
27Ac______ ->
Se enrolla y se bloquea
Picos= presencia de histonas, se metal y aceita
histonas

UCSC Genome Browser Gateway

1. Aquí vemos que genome browser maneja muchas especies, por lo que seleccionamos al
humano y siempre debemos manejar la 2009 por que es la mas completa, también
debemos de poner el gen que queremos observar como el gen “insig1 o hoxa1”, luego le
picamos en “go”.

Naranja: Si aparece 2 o mas veces, son sus Azul: Es la ubicación del gen-->”chr7= es el • Rojo: Son para
diferentes variantes y cada una tiene cromosoma” navegación, ya sea para
diferencias con las otras y la que esta o El numero de a lado “12,460 pb” es lo largo del gen. desplazarte a la izquierda
remarcada de color azul es la variante más o Se dibuja el cromosoma y la raya roja en el dibujo te o a la derecha y para
común del gen. inicia en que parte del cromosoma se encuentra ese gen. hacer zoom.

• Amarillo: La raya azul solida corresponde a los exones y esta puede tener varios exones, por ejemplo, en la imagen podemos observar que
hay 4 exones (4 líneas solidas). Las rayas azules delgadas corresponden a los intrones, igualmente podemos observar que en la imagen hay
4 intrones.
o Las flechas en los intrones corresponden a la dirección en la que se expresa ese gen.
 Las flechas “-->” se expresa de 5’ a 3’ plus (es decir que el gen empieza de derecha a izquierda)
 Las flechas “<--” se expresa de 3’ a 5’ minus (es decir que el gen empieza de izquierda a derecha)
2. Sí le picamos en el gen nos va a parecer mucha información sobre él, o también en “Genomic sequence” si le picamos ahí podemos
personalizar la información que podemos ver en la secuencia FASTA.
a. Por ejemplo, nos muestra las coordenadas, longitud, exones, dirección e expresión.
b. Ahí viene el FASTA: le picas en el protein (277aa) y te arroja toda la secuencia FASTA.
3. Para agregar Información extra en la caja blanca.
a. Comparative sequence: Conservation --> nos muestra lo que se conserva y se muestra
b. Regulation --> Encode --> es para lo que esta asociado a los promotores, le ponemos en las opciones (Txn y H3K) en full y esto nos
muestra zonas de metilación o acetilación(es una forma e regular la expresión genética, en la histona se acetila por lo que se relaja para que se
desenvuelva el DNA y así pueda llegar el RNA polimerasa y así empezar a trabajar en la transcripción y viceversa).

a. Hay que buscar regiones donde estén todos los colores empalmados y onde haya picos más altos de
detección.
i. En la imagen vemos que hay una raya morada que nos inicia el límite de detección.
ii. Esto nos sirve para saber dónde está el promotoraquí vemos que en esa región se encuentra el promotor y
ahí es donde va a llegar la polimerasa sobre ese intrón(NOTA: EL PROMOTOR DEBE SER ANTES DE UN EXON).
iii. Para comprobar, podemos bajar desde esat región hasta abajo buscamos si hay actividad con la polimerasa,
en este caso vemos que si hay(es la línea negra larga y mientras más oscuro más fuerte es su expresion).
b. Comparative genomics--> conservation: nos muestra lo que se conserva y se muestra100 vet cons.
i. Donde se encuentra los animales, se nos muestra una alineación e la secuencia con otras y la raya negra salida
es porque es idéntica y los espacios en blanco son gaps.
ii. Cuando hay barra beish es porque no todos son iguales en ese pedazo.
iii. De color negro es que son idénticos.
c. Variants--> dsnp153--> le podemos full y son regiones donde hay una mutación o polimorfismo
i. Un ejemplo es cuando se cambio un AA como la G por la T
ii. Color negro: Son regiones que no se traducen (no altera).
iii. Color verde: Es una mutación en el mismo AA(no hay cambio).
iv. Color rojo: cambia la proteínacambia todo.
 BLAT
Blast Algoritm Tool
Alineación de secuencias similar BLAST
Secuencia problema en la caja de herramienta, hace la alineación únicamente de mi secuencia contra un genoma que yo determine,
se acota a un solo organismo.
Como analizar, cual es la mejor y ver en que lo puedo utilizar.
Es más rápido que BLAST
https://uanledu.sharepoint.com/sites/Section_02303010133802031401040101452451/Shared%20Documents/General/Reunión%20e
n%20_General_-20220209_114533-Grabación%20de%20la%20reunión.mp4

1. Entrar a la base de datos dee Genome Browser

2. Our tools --> BLAT
3. Introducir 2 archivos de texto: BLAT 1 y BLAT 2
4. Copiar y pegar en FASTA desde el archivo
5. Seleccionar contra QUÉ genoma lo quiero utilizar/alinear-->
Human
6. Assembly: siempre 2009
7. Query type: que tipo de secuencia es, nucleotidos o
aminoacidos: DNA en este caso
8. Le picamos a SUBMIT
9. Aparecen los resultados

Cada línea es una alineación diferente

COSAS QUE AYUDAN A DETERMINAR SI SE HIZO UNA ALINEACIÓN CORRECTA
Mientras más alto es el SCORE es mejor: ayuda a determinar que tan buena es la alineación
Alineación pobre= puntajes de 50 para abajo
Mi secuencia problema dice que empieza (START) en el nucleotido uno y termina en el (END) 1647
QZISE: Tamaño de mi búsqueda y dice tu secuencia problema tiene un tamaño de ..... y se pudo alinear de tal nucleotido a tal
nucleotido (START Y END) de la secuencia problema por lo que en la primera alineación se pudo alinear TOTALMENTE SIN NINGUN
PROBLEMA porque el END es el mismo numero que el QSIZE pero si fuera una diferencia entre ellos es una mala alineación
Identity: 100%-> Todos los nucleotidos que se alinearon son los mismos con lo que se esta comparando
CHROM en adelante: info en adelante de la secuencia contra la que se alineo: En la 1 alineacion la secuencia con la que se alineo esta
en el cromosoma X en la cadena 5 a 3 ' y va de los pares START 38211736 a 38280703 y SPAN significa que abarca 68968 pares de
bases

LOS APARTADOS
SCORE-->START-->END-->QSIZE-->IDENTITY CORRESPONDEN A MI SECUENCIA PROBLEMA
CHROM-->STRAND-->START-->END-->SPAN CORRESPONDEN A LA SECUENCIA CON LA QUE
SE ALINEO
 APARTADO DE DETALLES (DETAILS)

LOS APARTADOS
Al seleccionar muestra en azul mi secuencia
problema: lo que corresponde a un exonerado
Letras en celeste: inicio y final del exón

GENOMIC CHRX
Significa en la segunda parte donde la secuencia
problema esta en el genoma que yo alinee o bien
representa mi secuencia problema dentro del
genoma que estoy buscando y las letras celestes
indican inicio y fin de exón
TOGETHER
Alineación denucleotido por nucleotido como la da BLAST
Arriba secuencia problema
Abajo la region con la que se esta trabajando
Rayitas |||||| = match nucleotide por nucleotido
El missmatch es cuando hay un espacio en blanco

YA CUANDO DETERMINAS CUÁL ES LA MEJOR ALINEACIÓN, YA SE VIO QUE ESTA EN EL CHR X

Y QUE ESTA ALINEADA AL GENOMA
HAY QUE SABER A QUE GEN PERTENECE --> NOS VAMOS A BROWSER
Your Seq: mi secuencia problema
OTC: region del cromosoma con mi secuencia problema y ese de abajo es el nombre del gen --> OTC

PARA QUÉ MÁS SE PUEDE UTILIZAR BLAT

Ver si el gen que encontramos esta presente en algun otro
organismo aparte del humano, lo vamos a pedir que lo haga con el
raton, dejamos el año 2011, dejamos DNA y todo lo demas igual -->
SUMBIT--> Y da estos resultados
Es altamente similar en ambos organismos
Comparamos ambos y vemos en que se parecen y que no para
determinarlo
Tambien en browser y todo para ver en que gen y todo
CASO ARCHIVO BLAT 2
Hay muchísimos alineamientos pero le hacemos
caso a la 1 de mayor puntaje porque es la de
mejor alineación
Corresponde al gen USP 18
En el STRAND si es + es de 5 a 3' y si es negativo
- es de 3 a 5'