Vigilancia por laboratorio de

Virus Respiratorios
Antecedentes
 PANDEMIAS POR ERV
1918 1957
1968 2009 2020

Gripe de Gripe COVID-19

Gripe Gripe
“Coronavirus”
“Española” “Asiática” “Hong Kong” “Influenza A ​
A(H3N2) pandémica” SARS-CoV-2
A(H1N1) A(H2N2)
Aprox. 6
50-100 1-4 millones 2-5 millones A(H1N1)
millones
millones muertes muertes 151,700 -575 400
muertes
muertes muertes
 ESTRUCTURA DEL VIRUS
INFLUENZA
SARS-CoV-2
------------------
0.12
µM----------------

80 a 120 nm
Definiciones operacionales
 CASO SOSPECHOSO. ERV
Persona de cualquier edad que en los últimos 10 días haya presentado al menos uno de los
siguientes signos y síntomas: tos, disnea, fiebre o cefalea*

Acompañados de al menos uno de los siguientes signos o síntomas:

• Mialgias
• Artralgias
• Odinofagia
• Escalofríos
• Dolor torácico
• Rinorrea
• Polipnea
• Anosmia
• Disgeusia
• Conjuntivitis
*En menores de cinco años de edad, la irritabilidad puede sustituir a la cefalea.
 CASO DE INFECCIÓN RESPIRATORIA
AGUDA GRAVE (IRAG)
Toda persona que cumpla con la definición de caso sospechoso de Enfermedad Respiratoria Viral,

y con presencia de alguno de los siguientes datos de gravedad:

• Disnea
• Dolor torácico
• Desaturación
Una vez identificado el caso sospechoso, se tendrá que llevar a cabo la toma de muestra.
Las unidades USMER privilegiaran el diagnóstico por medio de RT-PCR con el objetivo
de mantener la vigilancia virológica de virus respiratorios.

TOMA DE MUESTRA

La muestra deberá tomarse de manera

obligatoria por personal designado por la
unidad de salud y capacitado en el uso de
equipo de protección personal (EPP) en todos
los turnos. Las muestras deberán ser
consideradas como altamente infecciosas, por
lo que es indispensable portar el siguiente
equipo de protección personal:
•
 TOMA Y CONSERVACIÓN DE MUESTRAS
• EXUDADO FARINGEO y/o NASOFARINGEO (Ambulatorios ≤ 5 días de
evolución; Graves ≤ 10 días de evolución)

0 A 5días de iniciado los síntomas, hasta Introducir el hisopo

Uso de EPP 10 días pacientes hospitalizados graves inmediatamente
MTV/MTU e hisopo de dacrón o
rayón con mango de plástico

Hisopos bien
24 HORAS de tránsito al LESP Realizar triple embalaje de la(s) mantener red fría (2- introducidos en el
muestra(s) 8°C) MTU/MTV
Criterios de aceptación y rechazo
 CRITERIOS DE ACEPTACIÓN
• Que incluya estudio epidemiológico de caso
• Definición operacional de sospechoso correctamente llenado y
caso sospechoso capturado en la Plataforma SISVER

• Medio de transporte y volumen

correcto 2ml, hisopo dacrón, • Días de tránsito establecidos y
rayón o nylon. Muestras conservadas en red fría
(2-8°C).

• Pacientes ambulatorios toma de muestra no debe exceder a los 5 días

de iniciados los síntomas, pacientes graves la toma de muestra no
debe exceder de los 10 días
 CRITERIOS DE RECHAZO
• No cumplir con definición operacional de caso
sospechoso o IRAG.
• Hisopo no adecuado (algodón, alginato de
calcio).Volumen insuficiente o medio de
transporte incorrecto.
• Datos incorrectos o por falta de ellos en
muestra o documentación.
• Incumplimiento
• Tiempo de a la red fría.
tránsito
excedido. • Días de evolución fuera de lo
establecido según algoritmo (5
ambulatorios y 10 graves).
Algoritmo diagnóstico
 ALGORITMO DE DIAGNÓSTICO
VIGILANCIA EPIDEMIOLOGICA
PLATAFORMA SISVER

LESP
1.Muestra positiva a SARS-CoV-2. Se envían de manera No USMER
USMER inmediata al InDRE para BANCO CoV-2 (enviar únicamente el 10% de
graves, 10% de defunciones y el 5% de ambulatorios). Solo algunas
de las muestras de banco se seleccionan para su aislamiento y
Muestreo 10% secuenciación de acuerdo a la gravedad y distribución geográfica).
Muestreo 100% Graves
Ambulatorios No se emitirá resultado. Muestreo 100% IRAG
2.Muestras positivas a influenza con valores de Cq menor o
igual a 32 se envían para REFERENCIA DE INFLUENZA.
100% de muestras se 100% de muestras se 3.Enviar 100% de muestras positivas a Influenza A no
procesan para Diagnóstico procesan para Diagnóstico subtipificables para REFERENCIA DE INFLUENZA (sin importar valor 100% de muestras se
por RT-PCR en tiempo real por RT-PCR en tiempo real de Cq). procesan para Diagnóstico
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2 4.Muestras negativas a SARS-CoV-2 e influenza de casos graves por RT-PCR en tiempo real
y defunciones se envían al InDRE para “REFERENCIA DE PANEL SARS-CoV-2
VIRAL”.

Si ¿El
¿El Si resultado
resultado
Se reporta resultado a la Plataforma SISVER positivo?
positivo?
No No
No

1 de cada 10 muestras negativas a SARS-
CoV-2 se procesan para Diagnóstico por
RT-PCR en tiempo real para Influenza
A(H1N1)pdm09, A(H3N2), Influenza B y
Linajes de Influenza B (Victoria y
Yamagata)
1 de cada 10 para graves y 100% de 1 de cada 10 para graves y 100% de
defunciones negativas a SARS-CoV-2 se defunciones negativas a SARS-CoV-2 se
procesan para Diagnóstico por RT-PCR en procesan para Diagnóstico por RT-PCR en
tiempo real para Influenza tiempo real para Influenza
A(H1N1)pdm09, A(H3N2), Influenza B y A(H1N1)pdm09, A(H3N2), Influenza B y
Linajes de Influenza B (Victoria y Linajes de Influenza B (Victoria y
Yamagata) Yamagata)

Si Si ¿El resultado
¿El resultado positivo?
positivo?

No
No

Enviar al InDRE únicamente el 10% de ¿El caso es grave o

¿El caso es grave o
graves y defunciones para Diagnóstico defunción?
defunción?
Si Diferencial (Panel Viral Respiratorio)
Si
 ALGORITMO DIAGNÓSTICO DE SARS-COV-2 E
INFLUENZA POR RT-PCR DUPLEX
USMER
Muestreo 10% Ambulatorios
100% de muestras se procesan para Diagnóstico por RT-PCR
en tiempo real
SARS-CoV-2/influenza A y B (multiplex)
Muestreo 100% Graves
1.Muestra positiva a SARS-CoV-2. Se envían de manera
inmediata al InDRE para BANCO CoV-2 (enviar únicamente el 10% de
graves, 10% de defunciones y el 5% de ambulatorios). Solo algunas
de las muestras de banco se seleccionan para su aislamiento y
secuenciación de acuerdo a la gravedad y distribución geográfica).
No se emitirá resultado.
2.Muestras positivas a influenza con valores de Cq menor o
igual a 32 se envían para REFERENCIA DE INFLUENZA.
3.Enviar 100% de muestras positivas a Influenza A no
subtipificables para REFERENCIA DE INFLUENZA (sin importar valor
de Cq).
4.Muestras negativas a SARS-CoV-2 e influenza de casos graves
y defunciones se envían al InDRE para “REFERENCIA DE PANEL
VIRAL”.

¿El resultado Si
positivo a Se reporta resultado a la Plataforma SISVER
SARS-CoV-2?

No

¿El resultado positivo a

Influenza A o B?

No Si

Realizar subtipificación de influenza A

Se reporta resultado a la No ¿El caso es grave o Y B por RT-PCR en tiempo real
Plataforma SISVER defunción? (Influenza A (H1N1)pdm09, A(H3N2) y
Linajes de influenza B (Victoria y
Yamagata
Si
Diagnóstico Diferencial por RT-PCR en
tiempo real Adenovirus, Bocavirus,
Coronavirus HKU1111, Coronavirus OC43,
Coronavirus NL63, Coronavirus 229E,
Metapneumovirus, Enterovirus/Rinovirus,
Virus Sincicial Respiratorio únicamente al
10% de graves y defunciones
Presentación del Informe de resultados emitido por el área.
 SARS-CoV-2 ( + ) INFLUENZA (-) VSR (-)

PROC. 1 PROC. 2 PROC. 3

• SARS-CoV-2 • SIN • SIN
MOVIMIENT MOVIMIENT
O O
 SARS-CoV-2 (-) INFLUENZA (+) VSR (-)

PROC. 1 PROC. 2 PROC. 3

• NEGATIVO • Este se captura una
vez realizada la
tipificación de Inf. A y • SIN
oB: MOVIMIENTO
• INF. AH3
• INF. AH1N1 PDM
• INF. B YAMAGATA
• INF. B VICTORIA
 SARS-CoV-2 (-) INFLUENZA (-) VSR (+)

PROC. 1 PROC. 2 PROC. 3

• NEGATIVO • NEGATIVO • VIRUS
SINCICIAL
RESPIRATORIO
 SARS-CoV-2 (+) INFLUENZA (+) VSR (-)

PROC. 1 PROC. 2
• SARS-CoV-2 • Este se captura una PROC. 3
• COINFECCIÓN : vez realizada la
• tipificación de Inf. A y
INFLUENZA A
oB:
• ó • INF. AH3
• SIN
• INFLUENZA B MOVIMIENT
• INF. AH1N1 PDM
(Captura según
resultado obtenido)
• INF. B YAMAGATA O
• INF. B VICTORIA
 SARS-CoV-2 ( + ) INFLUENZA (-) VSR (+)

PROC. 1 PROC. 2 PROC. 3

• SARS-CoV-2 • NEGATIVO • VIRUS
• COINFECCIÓN: SINCICIAL
• VIRUS RESPIRATORIO
SINCICIAL
RESPIRATORIO
 SARS-CoV-2 (-) INFLUENZA (+) VSR (+)

PROC. 1 PROC. 2
• Este se captura una
PROC. 3
• NEGATIVO
vez realizada la • VIRUS
tipificación de Inf. A y SINCICIAL
oB: RESPIRATORIO
• INF. AH3
• INF. AH1N1 PDM
• INF. B YAMAGATA
• INF. B VICTORIA
 SARS-CoV-2 (+) INFLUENZA (+) VSR (+)

PROC. 1 PROC. 2 PROC. 3

SARS-CoV-2 • Este se captura una • VIRUS SINCICIAL
COINFECCIÓN : vez realizada la RESPIRATORIO
tipificación de Inf. A y
INFLUENZA A oB:
ó • INF. AH3
INFLUENZA B • INF. AH1N1 PDM
(Captura según • INF. B YAMAGATA
resultado obtenido) • INF. B VICTORIA
 CAPTURA DE VALOR DE Ct:

En caso de que el resultado sea positivo, colocar el valor del Ct de

el gen según el siguiente orden preferente:
E, N, RdRp, ORF1ab y S. En caso de contar con un solo gen, ese
será el que se reporte.
En el caso de los resultados negativos reportar el valor de Ct del RP
o Ct del control interno.
PREGUNTAS