Cap.

04 ESTRUCTURA Y FUNCION DE LAS

PROTEINAS
La descripción de estas notables macromoléculas se inicia con el análisis
de sus estructuras tridimensionales y de las propiedades que éstas
confieren. A continuación, se comenta cómo funcionan: de qué modo las
enzimas catalizan las reacciones químicas, cómo algunas proteínas
actúan como interruptores moleculares y cómo otras generan
movimientos coherentes. Después, se examina cómo controlan las
células la actividad y la localización de las proteínas que contienen. Por
último, se presenta una breve descripción de las técnicas que utilizan los
biólogos para trabajar con proteínas, incluidos los métodos para su
purificación -a partir de tejidos o de cultivos celulares- y la determinación
de su estructura
Estructura y función de las proteínas

Cuando se examina una célula con el microscopio o se analiza su

actividad eléctrica o bioquímica, se está observando, en esencia, el trabajo
de las proteínas.
Las proteínas son los componentes a partir de los cuales se ensamblan
las células, y representan la mayor parte de su masa seca.
Pero, además de darle forma y
estructura, también realizan la mayor
parte de sus innumerables funciones.

La multiplicidad de funciones que

desempeñan las proteínas es el
resultado del enorme numero de
formas que adoptan:
la estructura dicta la función.
LA FORMA Y LA ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS

Las proteínas son las moléculas de mayor complejidad estructural y

refinamiento funcional. (La estructura y la actividad de cada proteína ha sido
desarrollada y puesta a punto durante millones de años de historia evolutiva).
La forma de una proteína es especificada por su secuencia de aminoácidos

Las proteínas se ensamblan a partir de un grupo de 20 aminoácidos

diferentes, cada uno con distintas propiedades químicas.
Una molécula de proteína está formada por una larga cadena de
aminoácidos, unidos por enlaces peptidicos covalentes.

Cada tipo de proteína tiene un orden singular de

aminoácidos, exactamente la misma de una
molécula a otra del mismo tipo.
Cada cadena polipeptidica consta de un esqueleto que sostiene las
distintas cadenas laterales de aminoácidos.
El esqueleto polipeptidico está formado por la secuencia repetitiva de los
atomos centrales de los aminoácidos que forman la cadena.
Las cadenas laterales le otorgan a cada aminoácido sus propiedades
particulares.
Las cadenas polipeptidicas largas son muy flexibles,
(enlaces covalentes que unen átomos de C permiten la rotación
libre de los átomos que vinculan; por lo tanto las proteínas se
puedan plegar en varias formas).

Cada cadena plegada esta limitada por grupos

diferentes de enlaces no covalentes debiles que se
forman dentro de las proteinas, estos son:
- enlaces de hidrogeno
- atracciones electrostaticas
- atracciones de van der Waals
- interaccion hidrofoba.
Un factor importante que rige el plegamiento de
cualquier proteína es la distribución de sus
aminoacidos polares y no polares:
Las cadenas laterales no polares tienden a agruparse
en el interior de una proteina plegada (evitan el
contacto con el citosol acuoso).
Las cadenas laterales polares tienden a disponerse
cerca de la parte externa de la proteína plegada
(formar enlaces de hidrogeno con el agua y con otras
moleculas polares).
Cada tipo de proteína tiene una estructura tridimensional particular, que
ésta determinada por el orden de los aminoácidos de su cadena.

Además, cada proteína se pliega normalmente en una única conformación

estable. Sin embargo, esta conformación cambia ligeramente cuando la
proteína interactúa con otras moléculas de la célula (crucial para la función de la
proteína).
Cuando las proteínas se pliegan de modo incorrecto, a veces forman
agregados que pueden dañar las células. Los agregados proteicos son la base
de una serie de trastornos neurodegenerativos, como la enfermedad de
Alzheimer y la enfermedad de Huntington.
Aunque una cadena proteica se puede plegar en su conformación correcta sin
ayuda externa, el plegamiento de una proteína en una célula viva en general
es asistido por proteínas especiales, denominadas chaperonas moleculares.
Las proteínas adoptan una amplia variedad de formas complejas
Están entre las macromoléculas con mayor diversidad estructural de la
célula, la extensa mayoría tiene entre 50 y 2.000 aminoácidos de longitud.
Las proteínas pueden ser globulares o fibrosas; pueden formar filamentos,
láminas, anillos o esferas.
La resolución de la estructura de una proteína suele comenzar con la
determinación de su secuencia de aminoácidos.
(La primera proteína secuenciada fue la hormona insulina).
La helice a y la hoja b son patrones de plegamiento comunes
Cuando se comparan las estructuras tridimensionales de moléculas
proteicas diferentes, resulta claro que, aunque la conformación general de
cada proteína es única, suele haber dos patrones de plegamiento regular:
Hélice a (hallado en la proteína a-queratina).
Hoja b (hallado en la proteína fibroina).
Las helices a se forman facilmente en las estructuras biologicas
La helice a se genera cuando una cadena polipeptidica simple gira sobre sí
misma formando un cilindro rigido (escalera de caracol).
Cada 4 aminoácidos se forma un enlace de hidrogeno, que une el C=O de un
enlace peptidico al N-H de otro. Esto da origen a una helice regular con una vuelta
completa cada 3,6 aminoacidos.
Las hojas b forman estructuras rigidas centrales en muchas proteinas
Las hojas b se generan cuando se forman enlaces de hidrogeno entre
segmentos adyacentes de las cadenas polipeptidicas.
Las hojas b tienen propiedades notables: otorgan a las fibras resistencia a
la tension, y puede evitar que los insectos se congelen (efecto anticongelante).
Las proteinas tienen varios niveles de organización
La estructura de una proteína no finaliza con las hélices a y las hojas b;
hay otros niveles de organización.
Estructura primaria (secuencia de aminoácidos)
Estructura secundaria (helices a – hojas b)
Estructura terciaria (configuracion tridimencional completa)
Estructura cuaternaria (complejo de mas de 1 cadena polipeptidica)
Otra unidad de organización es el dominio proteico, definido como cualquier segmento de
una cadena polipeptídica que se puede plegar independientemente en una estructura
compacta y estable.
Por lo general, un dominio consiste en 100-250 aminoácidos (plegados en hélices a, hojas
b y otros elementos de la estructura secundaria), y es la unidad modular a partir de la cual
se forman muchas proteínas de mayor tamaño.
Los diferentes dominios de una proteína a menudo se asocian con diferentes funciones.
Las proteínas pueden ensamblarse en filamentos, láminas o esferas
Las moléculas a menudo se disponen en una hélice que se puede extender largamente.
Este tipo de disposición puede producir un filamento proteico alargado (v.g. actina).
Otros grupos de proteínas se asocian y forman hojas o tubos extendidos, como en los
microtúbulos del citoesqueleto celular, o cápsides esféricas, como en las cubiertas
proteicas de las partículas virales.
Algunos tipos de proteínas tienen formas fibrosas alargadas o globulares
Las proteínas globulares son las que la cadena polipeptídica se pliega en una forma
compacta parecida a un balón de superficie irregular (v.g. enzimas).
En cambio, otras proteínas cumplen funciones en la célula que les exigen abarcar una gran
distancia. Por lo general, estas proteínas tienen una estructura tridimensional alargada, y
se las suele denominar proteínas fibrosas.
COMO FUNCIONAN LAS PROTEINAS

Las proteínas no son masas de material inerte. Sus diferentes secuencias

de aminoácidos dan origen a una gran variedad de formas, cada una con
una topografía superficial única de grupos químicos.
Y la conformación de cada proteína le otorga una función singular basada
en sus propiedades químicas.
Esta unión de estructura, propiedades químicas y actividad les da a las
proteínas la extraordinaria capacidad para coordinar los procesos
dinámicos que se producen en las células vivas.
Por lo tanto, en las proteínas, la forma y la función están inextricablemente
ligadas.
Todas las proteínas se unen a otras moléculas
Las propiedades biológicas de una molécula proteica dependen de su
interacción física con otras moléculas.
De hecho, todas las proteínas se adhieren, o se unen, a otras moléculas.
En algunos casos, esta unión es muy estrecha; en otros, es débil y de corta
duración.
Independientemente de su fuerza, la unión muestra siempre gran
especificidad.
Cualquier sustancia que es fijada por una proteína, tanto si ésta es un ión,
una molécula pequeña o una macromolécula, se denomina ligando de esa
proteína (del latin ligare, unir).
La capacidad de una proteína para unirse selectivamente y con alta
afinidad a un ligando se debe a la formación de un grupo de enlaces
débiles, no covalentes - enlaces de hidrogeno, atracciones electrostáticas,
y atracciones de van der Waals- sumada a interacciones hidrófobas
favorables.
La región de una proteína que se asocia con un ligando, conocida como
su sitio de unión, consiste en una cavidad en la superficie de la proteína
formada por una disposición particular de los aminoácidos.
Los sitios de unión de los anticuerpos son especialmente versátiles
Todas las proteinas se deben unir a ligandos particulares para realizar sus
diversas funciones. Esta capacidad de union se ha desarrollado al maximo
en las proteinas de la familia de los anticuerpos.
Cada anticuerpo se une estrechamente a una molécula diana particular y la
desactiva en forma directa o la marca para su destrucción.
Un anticuerpo reconoce a su diana con una extraordinaria especificidad.
Los anticuerpos son moléculas en forma de Y con dos sitios de unión
idénticos que son, ambos, complementarios de una pequeña parte de la
superficie de la molécula del antígeno.
Las enzimas son catalizadores potentes y muy específicos
Para muchas proteínas, la unión a otra molécula es su única función. En cambio,
hay otras proteínas para las que la unión al ligando es simplemente un primer
paso necesario en su función.
Este es el caso de la clase de proteinas llamadas enzimas; éstas
determinan todas las transformaciones químicas que se producen en las
células. Las enzimas se unen a uno o mas ligandos, llamados sustratos, y
los convierten en productos modificados químicamente, y hace esto una y
otra vez con asombrosa rapidez.
Las enzimas se pueden agrupar en clases funcionales según las
reacciones químicas que catalizan (cuadro 4 – 1).
La lisozima ilustra cómo funciona una enzima
Actúa como un antibiótico natural en la saliva y otras secreciones. Secciona las
cadenas de polisacáridos que forman las paredes celulares de las bacterias.
Como la bacteria esta bajo presión por las fuerzas osmóticas, cortar
cadenas de polisacáridos hace que la pared celular se rompa, y que la
bacteria estalle.
La reacción catalizada por la lisozima es una hidrolisis: la enzima agrega
una molécula de agua a un enlace simple entre dos grupos de azúcar
adyacentes de la cadena de polisacárido y, de ese modo, causa la ruptura del
enlace.
La reacción es energéticamente favorable porque la energía libre de la cadena de
polisacárido seccionada es más baja que la energía libre de la cadena intacta.
El polisacárido puro puede estar durante años en el agua sin ser hidrolizado en
ningún grado detectable. Esto se debe a que hay una barrera de energía para
estas reacciones, llamada energía de activación.
Para que la colisión de una molécula de agua rompa un enlace que une dos
azúcares, la molécula de polisacárido tiene que ser llevada a una forma particular
-estado de transición- en el que los átomos alrededor del enlace presentan
alteración de la geometría y la distribución de electrones.
La mayoría de los fármacos inhiben a las enzimas
Muchos de los fármacos que se indican para tratar o prevenir
enfermedades actúan bloqueando la actividad de una determinada enzima.

Las estatinas inhiben la HMG-CoA reductasa (participa en la síntesis hepática del

colesterol)
El metotrexato disminuye la dihidrofolato reductasa (produce un compuesto
requerido para la síntesis de DNA).
Moléculas pequeñas estrechamente unidas agregan funciones adicionales
a las proteínas
Aunque el orden de los aminoácidos de las proteínas les da a estas
moléculas la forma y la versatilidad para realizar diferentes funciones, a
veces los aminoácidos por sí mismos no son suficientes.
Las proteínas suelen emplear pequeñas moléculas no proteicas para
realizar funciones que serian difíciles o imposibles si solo se utilizaran
aminoácidos.
v.g. la rodopsina detecta la luz por medio de una pequeña molécula, el
retinal

v.g. una molécula de hemoglobina transporta cuatro grupos hemo, el hemo

posibilita que la hemoglobina capte oxigeno en los pulmones y lo libere en
los tejidos.
 Cap. 04 ESTRUCTURA Y
FUNCION DE LAS PROTEINAS
2014 - 2
COMO SE CONTROLAN LAS PROTEINAS
Dentro de la célula, la mayor parte de las proteínas y enzimas no trabajan
en forma continua ni a máxima velocidad.
Su actividad está regulada de manera coordinada, de esta forma la célula
puede mantenerse a sí misma en un estado óptimo, en el que sólo genera
las moléculas que requiere para desarrollarse.
La célula se asegura de no agotar sus reservas energéticas por
acumulación de moléculas que no requiere y de no desperdiciar sus
reservas de sustratos críticos.
La regulación de la actividad de las proteínas tiene lugar en muchos niveles.
- la célula controla cuántas moléculas de cada enzima fabrica regulando la
expresión del gen que codifica esa proteína
- la célula controla las actividades enzimáticas confinando grupos de
enzimas a compartimientos subcelulares específicos
- pero el proceso más rápido y general utilizado para ajustar las
velocidades de reacción opera en la propia enzima.
Aunque las proteínas se pueden activar o desactivar mediante diversos
mecanismos, todos hacen que, de alguna manera, la proteína modifique
su forma y, por lo tanto, su función.
Las actividades catalíticas de las enzimas suelen ser reguladas por otras
moléculas
Una celula tiene miles de enzimas.
Por su accion catalitica, estás generan una compleja red de vías
metabólicas, compuestas por cadenas de reacciones químicas en las que
el producto de una enzima se convierte en el sustrato de la siguiente.
El sistema es tan complejo que se necesitan controles elaborados para
regular estas reacciones.
El tipo más común de control se produce cuando otra molécula distinta de
un sustrato se une a una enzima en un sitio regulador, lo que altera la
velocidad con la que la enzima convierte sus sustratos en productos.

En la inhibición por retroalimentación, una enzima que actúa al principio de

una vía de reacción es inhibida por uno de los productos finales de esa
vía.

La inhibición por retroalimentación es:

- regulacion negativa: impide que una enzima actué
- regulacion positiva: la actividad enzimática es estimulada
Las enzimas alostéricas tienen dos sitios de unión que influyen uno en el
otro
La inhibición por retroalimentación se descubrió en la década de los 1960,
y se la llamo alostería (griego allo, “otro” y stere, “forma”).
Luego, se dieron cuenta de que las enzimas deben tener, dos sitios de
unión diferentes en su superficie:
. sitio activo: reconoce los sustratos
. sitio regulador: reconoce las moléculas reguladoras

Ademas, estos sitios se deben comunicar, de manera

que influyan uno en el otro.
La interacción entre sitios que se localizan en regiones separadas de una
proteina depende de cambios conformacionales de la proteína: la unión a
uno de los sitios induce un cambio de la estructura de la proteína de una
forma plegada a una forma plegada levemente diferente.
La fosforilación puede controlar la actividad proteica mediante la inducción
de un cambio conformacional
Otro forma de regular la actividad proteica consiste en la unión covalente
de un grupo fosfato a una de las cadenas laterales de sus aminoácidos.
Como cada grupo fosfato transporta 2 cargas negativas, el agregado
catalizado por enzimas de un grupo fosfato a una proteína puede causar
un cambio conformacional al atraer, v.g., a un grupo con carga positiva.
A su vez, este cambio conformacional puede afectar la unión de ligandos
en otro lugar de la superficie de la proteína, lo que altera su actividad.
La eliminación del grupo fosfato por una segunda enzima restablece la
conformación original y la actividad inicial de la proteína.
El enzima no fosforilado es inactivo El enzima fosforilado es activo
La fosforilación proteica implica la transferencia del grupo fosfato terminal
del ATP al grupo hidroxilo de una serina, treonina o tirosina de la cadena
lateral de la proteína. Esta reacción se cataliza por una proteincinasa.
La acción inversa, eliminación del grupo fosfato o desfosforiÍación, es
catalizada por una proteinfosfatasa.
Las proteínas que unen GTP también se regulan por la ganancia y perdida
cíclica de un grupo fosfato
Una 2° manera de regular la actividad de una proteína es mediante el
agregado y la eliminación de un grupo fosfato, de un nucleotido de
guanina, sea la GTP o la GDP, que se une estrechamente a la proteína.
Estas proteinas de union a GTP estan en sus conformaciones activas con
GTP unido, la liberacion de un fosfato (GDP) las inactiva.
Hay un gran numero de proteínas de unión a GTP relacionadas que
funcionan como interruptores moleculares en las células.
La hidrólisis de nucleótidos permite a las proteínas motoras producir
grandes movimientos en las células

Los cambios conformacionales de las proteínas también permiten que

las proteínas cuya principal función es mover a otras moléculas, las
proteínas motoras, generen las fuerzas responsables de la contracción
muscular y de muchos de los movimientos celulares de proporción.
Las proteínas motoras también son responsables de movimientos IC en
menor escala:
- desplazamiento de los cromosomas hacia los polos celulares durante la
mitosis
- movimiento de orgánulos a lo largo de los carriles moleculares dentro de
la célula
- traslado de enzimas por la cadena de DNA durante la síntesis de una
nueva molécula de DNA .
Muchas proteínas motoras generan movimientos
direccionales:
- como la proteína motora del músculo, miosina,
que "se desplaza" a lo largo de los filamentos de
actina provocando la contracción muscular
- como la proteína cinesina, que interviene en los
movimientos de los cromosomas durante la mítosis.

Este tipo de movimientos pueden ser rápidos:

algunas de las proteínas motoras que participan en
la replicación del DNA se impulsan a lo largo de la
cadena de DNA a velocidades de hasta 1.000
nucleótidos por segundo.
Las proteínas suelen formar grandes complejos que funcionan como
maquinarias proteicas
A medida que se avanza de proteínas pequeñas (un solo dominio) a
proteínas grandes (muchos dominios), las funciones que las proteínas
pueden llevar a cabo se vuelven más elaboradas.
Las tareas más impresionantes son realizadas por grandes ensamblajes
de proteínas formados por numerosas moléculas proteicas.
La modificación covalente controla la localización y el ensamblaje de las
maquinarias proteicas
Las maquinarias proteicas y otros complejos proteicos son importantes en
la vida de la célula. Se ha establecido que la mayoria de las maquinarias
proteicas se forman en lugares determinados de la celula y que son
activadas solo en el sitio y el momento en los que se las necesita.
Por lo general, esta movilización se realiza por el agregado covalente de
un grupo modificador a una o mas cadenas laterales de aminoácidos de
las proteínas participantes.
En la célula, se pueden producir >200 tipos de modificaciones covalentes,
cada una de las cuales ayuda a regular la función de las proteínas.
El conjunto de modificaciones covalentes que contiene una proteína en un
momento dado constituye un código regulador de proteínas. Permite que
las células utilicen de manera optima sus proteínas y que responda con
rapidez a cambios de su condición o de su ambiente.
COMO SE ESTUDIAN LAS PROTEINAS
Conocer cómo funciona una proteína particular exige análisis estructurales
y bioquímicos, los cuales requieren grandes cantidades de proteína pura.
Y aislar un solo tipo de proteína de los miles de otras presentes en una
célula es una tarea formidable.
Durante muchos años, fue preciso purificar las proteínas directamente a
partir de la fuente: los tejidos.
En la actualidad, las proteínas se aíslan con mas frecuencia a partir de
células que crecen en un laboratorio.
En general, estas células permiten obtener grandes cantidades de proteína
pura en solo unos pocos días.
Las células pueden crecer en una placa de cultivo
Si el medio circundante es adecuado, la mayoría de las
células vivirán, proliferarán e incluso, expresarán
propiedades especializadas en una placa de cultivo de
tejidos.
En general, presentan propiedades diferenciadas
apropiadas para su origen: v.g. fibroblastos secretan
colageno, neuronas extienden axones,...
Como estos fenómenos se producen en cultivo, en un
ambiente controlado, es posible estudiarlos de manera
que a menudo no son factibles en tejidos intactos: v.g.
pueden ser expuestas a hormonas o a factores de crecimiento,...
Las técnicas de purificación permiten obtener preparados proteicos
homogéneos a partir de homogeneizados celulares
El primer paso de cualquier procedimiento de purificación consiste en
romper las células para liberar su contenido; el material resultante se llama
homogeneizado celular.
Esta ruptura física es seguida de un procedimiento de fraccionamiento
inicial para separar la clase de molécula de interés.
Una vez obtenido este conjunto de proteínas, el trabajó es aislar la proteína
deseada (mediante una serie de pasos de cromatografía, que separan los
componentes individuales de una mezcla compleja).
Las proteínas tambien se pueden separar por electroforesis.
Los estudios automatizados de la estructura y función de las proteínas
están acelerando el ritmo de los descubrimientos
En los últimos 150 años, los bioquímicos han hecho enormes progresos en
el conocimiento de la estructura y la función de las proteínas.
Pero muchos de los adelantos futuros pueden provenir de la proteomica
(técnicas automatizadas muy sensibles).
Gracias a la cristalografía de rayos X y la espectroscopia de resonancia
magnética (RM) ahora se conoce la forma tridimensional de más de
20.000 proteínas. Estas estructuras se archivan en grandes bases de datos, de
acceso publico.
CONCEPTOS ESENCIALES
• Las células vivas contienen una gran diversidad de moléculas proteicas cada una
formada por una cadena lineal de aminoácidos unidos entre sí mediante enlaces
covalentes.
• Cada tipo de proteínas tiene una secuencia única de aminoácidos que determina su
forma tridimensional y su actividad biológica.
• La estructura plegada de una proteína se estabiliza por interacciones no covalentes
entre distintas partes de la cadena polipeptídica.
• Los enlaces de hidrógeno entre regiones vecinas del esqueleto polipeptídico pueden
dar origen a patrones de plegamiento regulares, conocidos como hélices a y hojas b.
• La estructura de muchas proteínas se puede subdividir en regiones globulares más
pequeñas de estructura tridimensional compacta, conocidas como dominios proteicos.
• La función biológica de una proteína depende de las propiedades químicas detalladas
en su superficie y de cómo se une a otras moléculas, denominadas ligandos.
• Cuando una proteína cataliza la formación o la rotura de enlaces covalentes de un
ligando, la proteína se denomina enzima, y el ligando, sustrato.
• En el sitio activo de una enzima, las cadenas laterales de los aminoácidos de la
proteína plegada están posicionadas con precisión, de manera que favorecen la
formación de estados de transición de alta energía por los cuales los sustratos deben
pasar para ser convertidos en productos.
• La estructura tridimensional de muchas proteínas evolucionó de modo que la unión de
un pequeño ligando puede inducir un cambio significativo de la forma de la proteína.
• La mayor parte de las enzimas son proteínas alostéricas que pueden existir en dos
conformaciones que difieren en la actividad catalítica, y la enzima puede ser activada o
desactivada por ligandos que se unen a un sitio regulador diferente para estabilizar la
conformación activa o inactiva.
• Las actividades de la mayor parte de las enzimas dentro de la célula están
estrictamente reguladas. Una de las formas más comunes de regulación es la
inhibición por retroalimentación, en la que una enzima al comienzo de una vía
metabólica es inhibida por su unión a uno de los productos finales de esta vía.
• Muchos miles de proteínas de una célula eucarionte típica son reguladas por ciclos de
fosforilación y desfosforilación, o por la unión e hidrólisis de GTP mediante una
proteína de unión a GTP.
• La hidrólisis de ATP a ADP mediante proteínas motoras produce movimientos dirigidos
en la célula.
• Se forman maquinarías proteicas de alta eficiencia mediante él ensamblaje de
proteínas alostéricas en las que los cambios conformacionales están coordinados y
realizan funciones celulares complejas.
• Un código regulador de proteínas basado en la modificación covalente de múltiples
cadenas laterales de aminoácidos permite que cada célula controle la localización y el
ensamblaje de sus complejos proteicos.
• A partir de homogeneizados celulares se pueden obtener proteínas individuales en
forma pura mediante una serie de pasos cromatográficos. La purificación permite
revelar las propiedades detalladas de una proteína por técnicas bioquímicas y
determinar su estructura tridimensional exacta.