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E + S ESEP E + P
E E E E
La enzima disminuye la energía de
activación
Sin enzima
Con enzima
• La Ea de la hidrólisis de la urea
baja de 30 a 11 kcal/mol con la
E+S acción de las enzimas, acelerando
la reacción 1014 x
• El aumento de temperatura
necesario para producir la reacción
E+P no catalizada seria de 529ºC
Tiempo de la reacción
Enzima - Catalizador
Tanto la enzima como el catalizador
aceleran la velocidad de una reacción
química.
Una enzima puede transformar 1000
moléculas de sustrato/ segundo
Las enzimas tienen 3 propiedades que los
catalizadores NO tienen
• Especificidad por el sustrato
• Se inactivan por desnaturación
• Pueden ser reguladas
Las enzimas se unen a los reactivos
(sustratos) reduciendo la energía de
activación
Sustrato
Sitio activo
La unión del sustrato es muy
específica
Complementariedad geométrica
Complementariedad de cargas, uniones
iónicas
Modelos:
Encaje inducido
Llave – cerradura.
Estado de transición
Teorías de la acción enzimática, 1
Modelo de Llave y Cerradura (Emil Fischer)
Grupos
Número Enzyme Commission:
químicos
Enzyme EC 2.7.1.1 Enzimas
Comission Subgrupo
Grupo
EC 1.x Oxidorreductasas
EC 2.x Transferasas
EC 3.x Hidrolasas
EC 4.x Liasas
EC 5.x Isomerasas
EC 6.x Ligasas
Clasificación y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de oxidorreducción, en que átomos de
oxigeno ó hidrogeno son trasladados entre moléculas:
AH2 + B A + BH2
Nombre común:
Glucosa oxidasa
Clasificación y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Nomenclatura del subgrupo en oxidorreductasas:
EC 1.1.x - Deshidrogenasas
EC 1.2.x - Oxidasas
EC 1.3.x - Peroxidasas
EC 1.4.x - Oxigenasas
EC 1.5.x - Hidroxilasas
EC 1.6.x - Reductasas
etc.
Aplicaciones: Ensayos de diagnostico clínico (glucosa oxidasa y colesterol oxidasa
Deslignificación ó Bioblanqueamiento
Clasificación y nomenclatura
Grupo 2: Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de átomos ó
grupo de átomos entre moléculas:
A-X + B A + B-X
A-B A+B
Ejemplo
Nombre sistemático:
Histidina amonio-liasa (EC 4.3.1.3)
Nombre común:
Histidasa
Clasificación y nomenclatura
Grupo 4: Liasas
Clasificación de las liasas:
4.1.x - Actúan sobre enlaces C-C
4.2.x - Actúan sobre enlaces C-O
4.3.x - Actúan sobre enlaces C-N
4.4.x - Actúan sobre enlaces C-S
4.5.x - Actúan sobre enlaces C-Haluro (S-, Cl-, Br-, I- At-)
4.6.x - Actúan sobre enlaces P-O
4.99.x - Otras liases
Aplicaciones: Pectato liasa – Remueve los compuestos indeseables (ceras,
pectinas, proteínas) en fibras en la industria textil – “bioscouring”
Clasificación y nomenclatura
Grupo 5: Isomerasas
Catalizan reacciones de isomerización moleculares
A B
Ejemplo:
Glucosa isomerasa (EC 5.3.1.5)
Clasificación y nomenclatura
Grupo 5: Isomerasas
Clasificación de las isomerasas:
Nombre sistémico:
G-L-glutamilo-L-cisteina:glicina ligase
Clasificación y nomenclatura
Grupo 6: Ligasas
Clasificación de las ligasas:
E
S P
Se tendrá:
dp ds
v
dt dt
Como se observa en la figura, la velocidad de reacción (pendiente) disminuye
continuamente a partir de un valor máximo inicial. Esto se puede deber a:
Desaturación de la enzima con sustrato, por disminución de la
concentración del sustrato
Inactivación de la enzima por su inherente inestabilidad
Inhibición por el producto
Desplazamiento del equilibrio, si la reacción es reversible
Baja
concentración
de sustrato
ALTA
concentración
de sustrato
SATURACION
Efecto de la concentración de substrato
. . . .
v
.
.
.
.
[s]
Concepto de velocidad inicial
d[P]
[ ] v = dt , t 0
p
t
Una cinética hiperbólica implica un proceso saturante:
k+1 k+2
E+S ES E+P
k-1
El sistema de ecuaciones diferenciales que describe la dinámica
del sistema
k+1 k+2
E+S ES E+P
k-1
- Simulaciones numéricas
- Hipótesis que lo simplifiquen
Hipótesis de Michaelis - Menten
k+1 k+2
E+S ES E+P
k-1
- La primera parte del mecanismo,
k+1
E+S ES
k-1
Tiene lugar mucho más rápidamente que la segunda:
k+2
ES E+P
Hipótesis de
Michaelis-Menten
E S es e0 xs
Km
Equilibrio rápido ES x x
e0 s
x
Km s
Vmax s
v k 2 x v
k 2 e0 s Km s
v
Km s
k 2 e0 Vmax
Hipótesis de estado estacionario
Según veíamos en la simulación numérica, hay un tiempo
relativamente prolongado en el curso de la reacción en el
que la variación de complejo [ES] es prácticamente igual
a cero:
dx/dt = k+1es - (k-1 + k+2) x = 0
e0 s e0 s
x
k 1 k 2
Vmax s
s
Km s
v
k 1
Km s
v k 2 x Hipótesis de
estado estacionario
k 2 e0 Vmax
A partir de las suposiciones de Michaelis-Menten y
Estado estacionario, llegamos a la ecuación
Vmax * s
v=
Km + s
Vmax/2
La Km es la concentración de sustrato
donde se obtiene la mitad de la Vmax
Vmax
Vmax/2
v
100
Vmax
80
60
40
20
s
0
0 20 40 60 80 100
Km
Representación recíproca doble
(Lineweaver - Burk)
Representación Lineweaver-Burke
0.04
1/v
0.03
1/Vmax
0.02
1 Km 1 1
-1/Km
0.01
v Vmx s Vmx
0.00
-0.4 -0.2 0.0 0.2 0.4 0.6
1/s
Representación s -s/v
(Eadie - Hofstee)
Representación Hanes
1.2
s/v
1.0
0.8
0.6
s 1 Km
0.4
s
-Km v Vmx Vmx
0.2
0.0
-20 0 20 40 60 80 100 120
s
Representación de Eadie-Hofstee
Representación v/s - v
(Wong - Hanes)
Vmax
v 100
v
v Km Vmx
80 s
60
40
20
v/s
0
0 2 4 6 8 10 12 14 16
Métodos de linealización para determinación
parámetros cinéticos
dp ds
a vt 0
dt t 0 dt t 0
k = A exp (-Ea/RT)
Sustrato
oxidado
Algunas enzimas requieren metales para
mejorar su actividad
Isoenzimas o Isozimas
Son formas moleculares diferentes de una
misma enzima
Catalizan la misma reacción
Ejemplo: Lactato deshidrogenasa
Lactato + NAD ==== Piruvato + NADH
M4, M3H1, M2H2, M1H3 y H4
Se diferencian por su movilidad electroforética
Usadas en clínica: sueros normales y sueros
con alguna patología
Así esta actividad corresponde al máximo potencial
catalítico que las enzimas poseen para un determinado
conjunto de condiciones ambientales. Luego, estas
deben ser consideradas en las expresiones matemáticas
representativas del proceso enzimático.
Existen situaciones (sustratos heterogéneos) donde la
velocidad inicial de reacción no es representativa del real
potencial catalítico de la enzima.
Se asume que la velocidad inicial de reacción es
proporcional a la concentración de proteína enzimática.
Inhibición enzimática
Inhibidor:
Efector que hace disminuir la actividad enzimática, a través de
interacciones con el centro activo u otros centros específicos
(alostéricos).
E+I EI
ES + I ESI
Al aumentar la cantidad
de SUSTRATO el
inhibidor competitivo es
desplazado y se forma
producto
S
E ES E+P
I
Se define una constante de [E] [I]
equilibrio de disociación del Ki =
EI inhibidor: [EI]
Características:
- Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas
- A muy altas concentraciones de substrato desaparece la inhibición
- Por lo general, el inhibidor competitivo es un análogo químico del
substrato.
- El inhibidor es tan específico como el substrato
En condiciones de equilibrio rápido, llamando y a la concentración
del complejo EI, para la inhibición competitiva obtenemos el siste-
ma de ecuaciones
(e0 x y ) s
Km
x De donde
(e0 x y )i
Ki
y Vmx s
v
Que resuelto para x nos da i
e0 s Km 1 s
x Ki
i
Km 1 s
Ki
Por tanto, en la inhibición competitiva,
Con inhibidor
El inhibidor competitivo
aumenta la Km
Km Km
Sin con
inhibidor inhibidor
Inhibición competitiva - Representación recíproca doble
0.07
1/v
0.06
0.05
0.04
0.03
1/Vmax
0.02
-1/Km 0.01
1/s
0.00
-0.3 -0.2 -0.1 0.0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6
-1/(Km(1 + i/Ki))
Ejemplo Inhibidor Competitivo
No se forma producto
Inhibición No Competitiva
Inhibidor No Competitivo
EI ESI
E+I E’
- A diferencia de la inhibición reversible, el efecto de los
inhibidores irreversibles depende del tiempo de actuación
del inhibidor.
2. Organofosfóricos
3. Ligandos de metales
4. Metales pesados
Inhibición enzimática
alosterica
Enzimas Alostéricas
Son enzimas cuya estructura proteica está formada
de varias subunidades
No se rigen por la cinética de M - M
Además del sitio o centro activo tienen sitios
alostéricos o de regulación
Sitio activo/sustratos;
Sitio alostérico/moduladores o reguladores
La relación entre la velocidad de reacción y la
concentración de sustrato sigue cinética sigmoídea
Enzimas alostéricas
Las enzimas alostéricas
presentan estructura
cuaternaria.
Tienen diferentes sitios
activos, unen mas de una
molécula de sustrato
La unión del sustrato es
cooperativa
la curva de velocidad
presenta una forma
sigmoidal
Concepto de Cooperatividad
La unión de los sustratos al sitio activo de
una subunidad produce un cambio
conformacional que por contacto físico se
transmite a las subunidades vecinas,
facilitando las interacciones
Modelos de unión: secuencial y concertado
Ejemplos: unión Hb-O2, enzimas alostéricas
y sus sustratos
Moduladores Alostéricos