BIOQUÍMICA GENERAL

Bloque I
Enzimas
Coenzimas
Vitaminas
ATENCIÓN: Repaso previo!!!!!

• Antes de introducirse plenamente en el abordaje de las enzimas, les

sugerimos reafirmar el estudio de las estructuras de aminoácidos,
enlace peptídico, y estructura de las proteínas.
• También que realicen una lectura concienzuda del procesos de
síntesis proteica, particularmente traducción genética, que explica
algunos conceptos que mencionaremos en este Bloque.
• Todos estos conceptos los retomaremos nuevamente en los siguientes
bloques de estudio
Las proteínas se disponen en el espacio formando una estructura
tridimensional definida, que puede tener hasta cuatro niveles de
organización: estructura primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria.
La función de las proteínas está basada en su estructura
tridimensional (orientación en el espacio de las cadenas
polipeptídicas).
Tipo, cantidad y orden de los aa en la cadena
Enlaces (o puentes) de hidrógeno entre los grupos carbonilo (-CO-) y
amino (-NH-) de los carbonos involucrados en las uniones peptídicas
de aminoácidos cercanos en la cadena.
La estructura terciaria describe la cadena polipeptídica totalmente
plegada y compactada y estabilizada por interacciones de cadenas
laterales
 Ej: La Hemolgobina

Investigue: ¿todas las enzimas tienen estructura cuaternaria? ¿Algunas

sólo terciaria? Ejemplifique
ENZIMAS
Temario enzimología

• Generalidades.
• Clasificación.
• Modo de acción de las enzimas.
• Cinética de las reacciones simples catalizadas por enzimas. Ecuación de
Michaelis-Menten.
• Actividad enzimática. Unidades. Cuantificación de la actividad
enzimática.
• Coenzimas.
• Factores que afectan la cinética enzimática. Inhibidores enzimáticos.
• Regulación de la catálisis enzimática.
 E+S [ES] E+P

Las enzimas son moléculas

altamente especializadas que tienen
como función la catálisis o
regulación de la velocidad de las
reacciones químicas que se llevan a
cabo en los seres vivos.
 Las enzimas son en su mayoría proteínas* que catalizan
reacciones químicas

• Son sustancias que, sin consumirse en una reacción,

aumentan notablemente su velocidad.
• Ello hace posible que en condiciones fisiológicas tengan
lugar reacciones que sin catalizador requerirían condiciones
extremas de presión, temperatura o pH.
• Prácticamente todas las reacciones químicas que tienen
lugar en los seres vivos están catalizadas por enzimas.

*En su mayoría son proteínas, hay ARN con capacidad

catalítica (ribozimas)

Investiguen su mecanismo de acción y

que tipos de reacciones catalizan
Aspectos generales de las enzimas

• Las enzimas son catalizadores específicos: cada enzima

cataliza un solo tipo de reacción, y casi siempre actúa
sobre
• un único sustrato o
• un grupo muy reducido de ellos.

Defina sustrato
 Reacción catalizada por una enzima:

centro activo región concreta de la enzima, donde se une el sustrato

 El centro activo comprende:

Un sitio de unión formado por los

aminoácidos que están en contacto
directo con el sustrato

Un sitio catalítico, formado por los

aminoácidos directamente implicados en
el mecanismo de la reacción
 El sustrato se une a la enzima luego se inicia la catálisis

Sitio de unión: es el que le da la especificidad a la enzima

Sitio
catalítico
 MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS
• La acción de los catalizadores consiste en disminuir la Energía de
activación

• Las enzimas son catalizadores especialmente eficaces, ya que

disminuyen la Ea aún más que los catalizadores inorgánicos.

• Por ej, la descomposición del agua oxigenada (H2O2) puede ocurrir

• sin catalizador Ea= 18 Kcal/mol
• con un catalizador inorgánico (platino) Ea= 12 Kcal/mol
• con una enzima específico (catalasa) Ea= 6 Kcal/mol

• Así, se puede calcular que el platino acelera la reacción 20.000 veces,

mientras que la catalasa la acelera 370.000 veces.

Investigue qué es la
energía de activación y el
estado de transición.
 MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS
ENZIMAS

H2O2  H 2O + O2

Perfil energético de una reacción Perfil energético de una reacción

espontánea catalizada
MECANISMO DE ACCIÓN DE
LAS ENZIMAS

Para que una reacción química tenga lugar, las moléculas

de los reactantes deben chocar con una energía y una
orientación adecuadas.
• La actuación de la enzima
• aumenta la concentración efectiva de los sustratos (aumenta la
probabilidad de choque)
• permite que los reactantes (sustratos) se unan a su centro activo
con una orientación óptima para que la reacción se produzca y
• modifica las propiedades químicas del sustrato unido a su centro
activo, debilitando los enlaces existentes y facilitando la
formación de otros nuevos
 MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS
ENZIMAS

Hay dos modelos sobre la forma en que el sustrato se une al centro

activo del enzima:
• el modelo llave-cerradura
• el modelo del ajuste inducido
 MODELO LLAVE-CERRADURA

La estructura del sustrato y la del centro activo son

complementarias.
Este modelo es válido en muchos casos, pero no es siempre
correcto.
Modelo Llave-Cerradura
 MODELO DEL AJUSTE INDUCIDO

El centro activo adopta la conformación idónea sólo en presencia

del sustrato.
La unión del sustrato al centro activo de la enzima desencadena
un cambio conformacional que da lugar a la formación del
producto.
Modelo del Ajuste Inducido
ESPECIFICIDAD ENZIMÁTICA
La especificidad puede ser absoluta (un sitio activo rígido “Teoría de la
llave y cerradura”)

y relativa (sitio activo relajado “teoría del ajuste inducido”)

Nomenclatura

Hay varias formas de nombrar una enzima:

•nombres particulares
•nombre sistemático
•código de la comisión enzimática (enzyme
comission)
Nomenclatura:
nombres particulares

• Antiguamente, las enzimas recibían nombres particulares,

asignados por su descubridor.

• Ejemplos: amilasa (hidrolisa el almidón)

glucoquinasa
Glucosa + ATP  Glucosa-6P + ADP

• Al ir aumentando el número de enzimas conocidas, se hizo

necesaria una nomenclatura sistemática que informara
sobre la acción específica de cada enzima y los sustratos
sobre los que actuaba.
Nomenclatura:
nombre sistemático

Consta actualmente de 3 partes:

• el sustrato preferente
• el tipo de reacción realizado
• terminación "asa"
ejemplo: la glucoquinasa o glucokinasa
ATP: glucosa fosfo transferasa
Glucosa + ATP  Gluc-6P + ADP
Nomenclatura:
Comisión de Enzimas
El nombre es identificado por un código numérico:

• encabezado por las letras EC (enzyme commission)

• seguidas de cuatro números separados por puntos.

• el primer número indica a cual de las seis clases pertenece
la enzima,
• el segundo se refiere a distintas subclases dentro de cada
grupo,
• el tercero y el cuarto se refieren a los grupos químicos
específicos que intervienen en la reacción.
Nomenclatura:
Comisión de Enzimas
Ej.: la ATP:glucosa fosfotransferasa
(glucoquinasa)
Glucosa + ATP  Gluc-6P + ADP
EC 2.7.1.2.
2: transferasa
7: fosfotransferasa
1: el aceptor es un grupo OH
2: es un OH de la D-glucosa el que acepta el grupo fosfato.
Nomenclatura:
Comisión de Enzimas

• Clases
1. Óxido-reductasas
2. Transferasas
3. Hidrolasas
4. Liasas
5. Isomerasas
6. Ligasas
7. Translocasas
 Clase 1: OXIDORREDUCTASAS
Catalizan reacciones de transferencia de hidrógeno
(H) o electrones (e-) de un sustrato a otro

AH2 + B ⇄ A + BH2

Ared + Box ⇄ Aox + Bred

 Clase 2: TRANSFERASAS
Catalizan la transferencia de un grupo químico (distinto
del hidrógeno) de un sustrato a otro

A-B + C ⇄ A + C-B
 Clase 3: HIDROLASAS
Catalizan las reacciones de hidrólisis

A-B + H2O ⇄ AH + B-OH

 Clase 4: LIASAS
Catalizan reacciones de ruptura o unión de sustratos

A-B ⇄ A + B
 Clase 5: ISOMERASAS
Catalizan la interconversión de isómeros

A ⇄ B

Fosfoglucosa isomerasa
 Clase 6: LIGASAS
Catalizan la unión de dos sustratos con hidrólisis
simultánea de un nucleótido trifosfato (ATP, GTP, etc.)

A + B + XTP ⇄ A-B + XDP + Pi

 Clase 7: TRASLOCASAS
Catalizan intercambio de diversas moléculas entre
diferentes compartimentos

Son el grupo de moléculas que más recientemente se ha

clasificado como enzimas
Investigue dónde se ubican en las células y qué
características poseen que les permite ser ubicadas
como un grupo nuevo de enzimas
 Comisión de Enzimas página web

http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
CINÉTICA ENZIMÁTICA
La cinética enzimática estudia la velocidad de las
reacciones catalizadas por enzimas.

La velocidad de una reacción catalizada por una

enzima puede medirse con relativa facilidad, ya que en
muchos casos no es necesario purificar o aislar la
enzima.

Estos estudios proporcionan información directa

acerca del mecanismo de la reacción catalítica y de la
especifidad de la enzima.
CINÉTICA ENZIMÁTICA
MODELO CINÉTICO DE
MICHAELIS-MENTEN

Los estudios sistemáticos del efecto de la concentración inicial del

sustrato sobre la actividad enzimática comenzaron a realizarse a
finales del siglo XIX. Ya en 1882 se introdujo el concepto del complejo
enzima-sustrato como intermediario del proceso de catálisis
enzimática.

En 1913, Leonor Michaelis y Maud

Menten desarrollaron esta teoría y
propusieron una ecuación de
velocidad que explica el
comportamiento cinético de los
enzimas.
 MODELO CINÉTICO DE MICHAELIS-MENTEN
CÁLCULO DE LA KM Y DE LA Vmax DE UN ENZIMA

V = velocidad de la reacción catalizada por la enzima

 MODELO CINÉTICO DE MICHAELIS-MENTEN
CÁLCULO DE LA KM Y DE LA Vmax DE UN ENZIMA

La representación gráfica de la ecuación de Michaelis-Menten es una

hipérbola . La Vmax corresponde al valor máximo al que tiende la curva
experimental, y la KM corresponde a la concentración de sustrato a la cual
la velocidad de la reacción es la mitad de la Vmax.
 MODELO CINÉTICO DE MICHAELIS-MENTEN
CÁLCULO DE LA KM Y DE LA Vmax DE UN ENZIMA

Para determinar gráficamente los valores de KM y Vmax es más sencillo utilizar

la representación doble recíproca (1/v0 frente a 1/[S]0), ya que es una línea
recta. Esta representación doble recíproca recibe el nombre de representación
de Lineweaver-Burk
La constante de Michaelis-Menten (KM) es un
parámetro cinético importante por varias razones:

• KM es la concentración de sustrato para la cual la

velocidad de reacción es la mitad de la velocidad
máxima.

• El valor de KM da idea de la afinidad del enzima por el

sustrato:
• a menor KM, mayor afinidad de la enzima por el sustrato, y
• a mayor KM, menor afinidad.
ACTIVIDAD ENZIMÁTICA: se mide en términos de
velocidad

• UI: los µmoles de sustrato que la enzima transforma en un

minuto.

• Katal: los moles de sustrato que la enzima transforma en un

segundo

• Cuando se conoce el PM E pura y el número de centros

activos por molécula de enzima, las medidas de actividad
enzimática permiten calcular el número de recambio:
número de moles de sustrato que la enzima convierte por
cada centro activo y por unidad de tiempo.
ACTIVIDAD ENZIMÁTICA: se mide en términos de
velocidad

• La velocidad de una reacción catalizada por un enzima

puede medirse con relativa facilidad, ya que en muchos
casos no es necesario purificar o aislar el enzima.
• La medida se realiza siempre en las condiciones óptimas
de pH, temperatura, presencia de cofactores, etc, y se
utilizan concentraciones saturantes de sustrato.
• En estas condiciones, la velocidad de reacción observada
es la velocidad máxima (Vmax).
• La velocidad puede determinarse midiendo la aparición
de los productos o la desaparición de los reactivos.
La velocidad puede determinarse midiendo
la aparición de los productos o la
desaparición de los reactivos.
• Hay enzimas que no obedecen la ecuación de Michaelis-Menten. Se
dice que su cinética no es Michaeliana.

• Esto ocurre con las enzimas alostéricos, cuya gráfica v frente a [S] no
es una hipérbola, sino una sigmoide

• En la cinética sigmoidea, pequeñas variaciones en la [S] en una zona

crítica (cercana a la KM) se traduce en grandes variaciones en la
velocidad de reacción.
Factores que afectan la cinética enzimática

La actividad puede estar afectada por:

• pH
• temperatura
• fuerza iónica
• Inhibidores

• Estos parámetros para cada enzima se determinan

experimentalmente. Véase trabajo práctico
 Efecto del pH

• Los enzimas poseen grupos químicos ionizables

(carboxilos -COOH; amino -NH2; etc.) en las cadenas
laterales de sus aminoácidos.
• Según el pH del medio, estos grupos pueden tener
carga eléctrica positiva, negativa o neutra.
• Como la conformación de las proteínas depende, en
parte, de sus cargas eléctricas, habrá un pH en el cual
la conformación será la más adecuada para la
actividad catalítica. Este es el llamado pH óptimo.
La mayoría de los enzimas son muy sensibles a los cambios de pH.
Desviaciones de pocas décimas por encima o por debajo del pH óptimo
pueden afectar drásticamente su actividad.

Como ligeros cambios del pH pueden provocar la desnaturalización de la

proteína, los seres vivos han desarrollado sistemas más o menos complejos
para mantener estable el pH intracelular
Efecto de la Temperatura
 INHIBIDORES

Ciertas moléculas pueden inhibir la acción catalítica de un

enzima: son los inhibidores.

• Irreversibles
E + I  EI
se unen fuertemente a la E y el complejo no se disocia

• Reversibles
E + I ⇄ EI
 Inhibidores Reversibles

Pueden actuar de 3 modos:

• ocupan temporalmente el centro activo por
semejanza estructural con el sustrato original:
inhibidor competitivo

• alteran la conformación espacial del enzima,

impidiendo su unión al sustrato: inhibidor no
competitivo

• Se unen al complejo E-S impidiendo la catálisis del

sustrato: inhibidor acompetitivo
Inhibidores Reversibles
inhibidor competitivo
Inhibidores Reversibles
inhibidor no competitivo
Inhibidores Reversibles
inhibidor acompetitivo

P S
Inhibidores Reversibles
inhibidor acompetitivo

P
Regulación de la catálisis enzimática

• las concentraciones del sustrato y de los productos finales

• presencia de inhibidores
• modulación alostérica
• modificación covalente
• activación por proteólisis (zimógenos)
• isoenzimas
EFECTO DE LAS CONCENTRACIONES SOBRE LA
ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

• La velocidad de una reacción enzimática depende de la concentración de

sustrato.

• Además, la presencia de los productos finales puede hacer que la reacción

sea más lenta, o incluso invertir su sentido
MODULACIÓN ALOSTÉRICA DE LA ACTIVIDAD
ENZIMÁTICA

Hay enzimas que pueden adoptar 2 conformaciones

interconvertibles llamadas R (relajada) y T (tensa).

R es la forma más activa porque se une al sustrato con

más afinidad. Las formas R y T se encuentran en
equilibrio R <==> T
MODULACIÓN ALOSTÉRICA DE LA ACTIVIDAD
ENZIMÁTICA

• Ciertas sustancias tienden a estabilizar la forma R.

• Son los llamados moduladores positivos.
• El propio sustrato es a menudo un modulador positivo.
• Las moléculas que favorecen la forma R pero que actúan sobre una
región de la enzima distinta del centro activo son los activadores
alostéricos (modulador alostérico positivo)
MODULACIÓN ALOSTÉRICA DE LA ACTIVIDAD
ENZIMÁTICA

• Las sustancias que favorecen la forma T y actúan en

lugares distintos del centro activo de la enzima y
disminuyen la actividad enzimática: son los
moduladores alostéricos negativos.
Regulación de la actividad enzimática por
MODIFICACIÓN COVALENTE

• Hay enzimas que pasan de la forma inactiva a la activa uniéndose

covalentemente a un grupo químico de pequeño tamaño como el Pi o
el AMP.

• También se da el caso inverso

La enzima no fosforilada
La enzima
es inactiva
fosforilada es activa
 Regulación de la actividad enzimática por
ACTIVACIÓN PROTEOLÍTICA

• Algunos enzimas no se sintetizan como tales, sino como proteínas

precursoras sin actividad enzimática. Estas proteínas se llaman
proenzimas o zimógenos.

• Para activarse, los zimógenos sufren un ataque hidrolítico que origina

la liberación de uno o varios péptidos.

• El resto de la molécula proteica adopta la conformación y las

propiedades del enzima activo.

• Ej.: las enzimas digestivas se secretan en forma de zimógenos y en el

tubo digestivo se convierten en la forma activa. Es el caso de la
quimotripsina, que se sintetiza en forma de quimotripsinógeno
Regulación de la actividad enzimática por
ACTIVACIÓN PROTEOLÍTICA
 REGULACIÓN DE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA POR MEDIO DE
ISOENZIMAS
• Algunos enzimas tienen distinta estructura molecular aunque su función
biológica es similar. Se llaman isozimas o isoenzimas.

• Estas diferencias de estructura se traducen en ligeros cambios en sus

propiedades, de forma que cada isozima(isoenzima)se adapta
perfectamente a la función que debe realizar.

Así, podemos observar la existencia de isoenzimas en función de:

• el tipo de tejido: Por ejemplo, la lactato deshidrogenasa presenta isozimas
distintas en músculo y corazón.

• el compartimento celular donde actúa: Por ejemplo, la malato deshidrogenasa

del citoplasma es distinta a la de la mitocondria.

• el momento concreto del desarrollo del individuo. Ej: algunos enzimas de la

glicólisis del feto son diferentes de las mismas enzimas en el adulto.
EJEMPLO DE ISOENZIMAS
ACTIVIDAD ENZIMÁTICA: se mide en términos de
velocidad

• La velocidad puede determinarse bien midiendo la aparición de los

productos o la desaparición de los reactivos.
- A medida que la reacción transcurre, la
velocidad de acumulación del producto va
disminuyendo porque se va consumiendo el
sustrato de la reacción
- Para evitar esta complicación se procede a
vo medir la velocidad inicial de la reacción
(v0).
- La velocidad inicial de la reacción es igual a
la pendiente de la curva de avance a tiempo
cero
- De esta forma, la medida de v0 se realiza
antes de que se consuma el 10% del total del
sustrato, de forma que pueda considerarse
la [S] como esencialmente constante a
lo largo del experimento.
Para estudiar la cinética enzimática se mide el efecto de la
concentración inicial de sustrato sobre la velocidad inicial de la
reacción, manteniendo la cantidad de enzima constante.

• Si representamos v0 frente a [S]0 obtenemos una gráfica

• Cuando [S]0 es pequeña, la velocidad inicial es directamente

proporcional a la concentración de sustrato, y por tanto, la reacción es
de primer orden.
• A altas [S]0, la enzima se encuentra saturada por el sustrato, y la
velocidad ya no depende de [S]0. En este punto, la reacción es de orden
cero y la velocidad es máxima (Vmax).
COENZIMAS Y
COFACTORES
Cofactores - Coenzimas

A veces, una enzima requiere para su función la presencia de

sustancias no proteicas que colaboran en la catálisis:
• los cofactores. Pueden ser iones inorgánicos como el Fe++, Mg++,
Mn++, Zn++ etc. Casi un tercio de las enzimas conocidas requieren
cofactores.
• Cuando el cofactor es una molécula orgánica se llama coenzima.
Cofactores - Coenzimas

Muchas de estas coenzimas se sintetizan a partir de

vitaminas.
Cuando los cofactores y las coenzimas se encuentran unidos
covalentemente a la enzima se llaman grupos prostéticos.
La forma catalíticamente activa de la enzima, es decir, la
enzima unida a su grupo prostético, se llama holoenzima. La
parte proteica de una holoenzima (inactiva) se llama
apoenzima, de forma que:
apoenzima + grupo prostético= holoenzima
 Coenzima: NAD+
Nicotinamida Adenina Dinuclótido
nicotinamida
Deriva de la Vitamina B3
(ácido nicotínico)
pirofosfato

adenina

ribosas
 Coenzima: FAD
Flavina Adenina Dinucleótido
Es grupo prostético
H
Flavina Deriva de la Vitamina B2 (flavina)
H
FAD forma oxidada
Ribitol
FADH2 forma reducida

Pirofosfato Adenina

Ribosa
Teniendo en cuenta los nombres de las coenzimas FAD y
NAD+ realice un esquema de la estructura química de las
mismas analizando la naturaleza química de las
moléculas que las componen