MÁSTER DE BIOLOGÍA MOLECULAR

MÓDULO 1 TEMAS 14 y 15
(Semana 12)

CONTROL DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA

EN EUCARIOTAS
Dra. Susana González Rico
CONTROL DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA

Cromatina
Todas las células de un organismo con células grandes tienen el mismo código
genético, pero cada célula se especializa en una tarea diferente y forma tejidos
distintos. Transcripción

No todos los genes de una célula se expresan en todo momento. Por lo tanto
deben existir mecanismos que permitan controlar cuales genes deben expresarse
Post-transcripción
en cada tipo celular y en cada momento del desarrollo.

En los eucariotas el control del momento y lugar de expresión de los genes se

lleva a cabo mediante complejos mecanismos de control de la expresión génica, Traducción
que funcionan en distintos niveles del proceso de expresión génica.

Post-traducción
CONTROL DE LA
EXPRESIÓN
GENÉTICA

Estados de expresión de promotores de ARN

polimerasa II. Cada uno de estos estados ha
sido descrito para genes particulares, pero no
está claro que todos los estados estén en una
vía obligatoria. Por ejemplo, es posible que
algunos eventos de activación génica puedan
pasar de la cromatina silenciosa a la
transcripción basal sin pasar por transcripción
abierta pero reprimida y pausada.
REGULACIÓN A NIVEL DE LA CROMATINA

• Condensación de la cromatina: Las zonas de la

cromatina con menor nivel de condensación se
corresponden con genes que se están expresando
activamente, mientras que la heterocromatina no permite
el acceso de las proteínas necesarias para la
transcripción, y la mayor parte de los genes que no se
expresan están situados en zonas de heterocromatina.
Hay dos tipos de heterocromatina: constitutiva y
facultativa. La heterocromatina constitutiva es igual en
todas las células, mientras que la heterocromatina
facultativa es específica de cada tejido.
REGULACIÓN A NIVEL DE LA CROMATINA

• Zonas super-enrolladas: El super-enrollamiento negativo del ADN

modifica el acceso de las proteínas participantes en la transcripción al
ADN. Las topoisomerasas son unas de las enzimas implicadas en
este tipo de regulación.

• Metilación: En eucariotas, las bases nitrogenadas (principalmente las

citosinas) pueden estar metiladas. La función de la metilación está
relacionada con el control de la transcripción. Así, los genes metilados
son inactivos (no se transcriben), mientras que los no metilados están
activos.
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL

• El control de la transcripción de un gen activo se centra en la regulación de la iniciación de la

transcripción, es decir, de la unión de la ARN polimerasa al promotor del gen.

• En la regulación a nivel transcripcional interactúan elementos reguladores en cis y factores en

trans.
• Los elementos cis están situados en la misma cadena del ADN que se va a transcribir.
• Los factores trans reconocen y se unen a los elementos cis para regular la transcripción.

• Los elementos cis son los promotores, intensificadores o enhancers y los silenciadores, mientras
que los factores trans son los factores de transcripción.
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN CIS

Promotores
El promotor es la región del gen responsable del
inicio de la transcripción.

La caja TATA indica a la ARN polimerasa que la

transcripción comienza aproximadamente a 30 bp
aguas abajo en mamíferos y a 60-120 bp en
levaduras.

La región que se extiende desde la caja TATA y el

sitio de inicio de la transcripción se denomina
promotor nuclear, y es el sitio donde se une el
complejo de preinicio de la transcripción.
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN CIS

Promotores

• Además de la caja TATA, a 100-150 bp upstream del sitio de inicio de la transcripción se pueden
encontrar otras secuencias que regulan la frecuencia a la que se transcribe el gen, como las
cajas CCAAT y CG. A estas secuencias se las denomina elementos próximos al promotor.

• Se estima que hasta el 15% de los genes de los mamíferos presentan más de un promotor
(promotor alternativo), lo que permite el inicio de la transcripción en puntos diferentes y puede dar
lugar a ARNm y polipéptidos diferentes. En ocasiones, los promotores alternativos se utilizan en
tejidos distintos, aunque producen la misma proteína.
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN CIS

Intensificadores

Los intensificadores, potenciadores o enhancers,

también llamados secuencias activadoras aguas
arriba (Upstream activator sequences o UAS) en
levaduras, son secuencias a las que se unen los
factores de transcripción para incrementar la tasa
de transcripción de un gen.

Los factores de transcripción que se unen a los

intensificadores se denominan coactivadores.
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN CIS

Intensificadores

• Son funcionales a gran distancia. Por ejemplo, un potenciador colocado a

3000 nt del gen, todavía puede aumentar la expresión.

• Los potenciadores pueden estar localizados aguas arriba de un gen,

dentro de la región codificante, aguas abajo o incluso, a miles de
nucleótidos de distancia.

• Son independientes de la orientación. Esto significa que el elemento

puede ser invertido, y aún así afectará a la expresión del gen.

• A menudo se asocian con un gen que se expresa en abundancia.

REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN CIS

Intensificadores
Cuando una proteína de curvatura del ADN se une a un
enhancer, la forma del ADN cambia.

Este cambio permite que se produzca la interacción

entre los activadores unidos a los enhancers y los
factores de transcripción unidos a la región promotora y
a la ARN polimerasa.

Los represores responden a los estímulos externos

para evitar la unión de los factores de transcripción
activadores.
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN CIS

Intensificadores

Por otro lado, los nucleocompresores pueden reprimir

la iniciación de la transcripción reclutando la histona
deacetilasa.

La desacetilación de las histonas aumenta la carga

positiva de las histonas, lo que refuerza la interacción
entre éstas y el ADN, haciendo que éste sea menos
accesible a la transcripción.
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN CIS

Intensificadores
Algunos intensificadores son específicos de tejidos. Otros,
responden a señales externas como los elementos de respuesta al
choque térmico (HSE). Además, se han descrito los elementos de
respuesta a hormonas (HRE), que controlan la transcripción de
genes diana de respuesta a hormonas.

Los aisladores (insulators) son secuencias que impiden que el

intensificador ejerza su acción más allá del propio aislador. Es decir,
permiten que el intensificador module la acción de su promotor, pero
no permiten que afecte a la transcripción de otros promotores.
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN CIS

Silenciadores

Al contrario que los intensificadores, los silenciadores son

secuencias a las que disminuyen la tasa de transcripción.
Cuando se unen a los factores de transcripción
adecuados llamados represores, reprimen la
transcripción del gen.

Los silenciadores y los potenciadores pueden estar muy

próximos entre sí o incluso pueden ser la misma región
diferenciada sólo por el factor de transcripción al que se
une la región.
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN TRANS

La regulación de la transcripción en trans la efectúan los factores de

transcripción, uniéndose a elementos cis, como el promotor o las
regiones intensificadoras. Se pueden clasificar en dos grupos:

Los factores de transcripción generales son imprescindibles para el

inicio de la transcripción en eucariotas, ya que forman junto con la
ARN polimerasa el complejo de preinicio.

Los factores de transcripción específicos de secuencia se unen a

varios sitios reguladores de genes específicos. Pueden actuar como
activadores transcripcionales estimulando la transcripción del gen
adyacente o como represores transcripcionales inhibiéndola.
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN TRANS

Los factores de transcripción presentan en su

estructura diferentes dominios:

• Dominio de unión al ADN: se une a la secuencia

específica

• Dominio de transactivación: regula la transcripción a

través de la interacción con otras proteínas.

• Otros dominios: dimerización, formación de un bucle

en el ADN, unión de efectores, etc…
REGULACIÓN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL EN TRANS

Los dominios de unión al ADN de los factores de

transcripción presentan motivos que interactúan
con las secuencias del ADN.

• Dedos de cinc (Zn fingers)

• Cremalleras de leucina (leucine zippers)
• Hélice-vuelta-hélice (HTH)
• Hélice-giro-hélice (HLH)

Todas estas estructuras presentan hélices alfa que

se introducen en el surco mayor del ADN.
DEDOS DE CINC

Los dedos de cinc (Zn fingers) consisten en

regiones de unos 30 aminoácidos con dos
cisteínas en posición invariable y dos
histidinas que tienen la capacidad de formar
complejos con iones cinc. Estas interacciones
forman un plegamiento de la proteína que
asemeja a dedos.
CREMALLERAS DE LEUCINA (LEUCINE ZIPPERS)

Las cremalleras de leucina (Leu zippers) deben su nombre a que

presentan una leucina cada siete aminoácidos de la hélice alfa, lo que
permite que a lo largo de la secuencia del polipéptido todas las leucinas
se encuentren en la misma dirección. Dos de las hélices alfa de este tipo
son capaces de juntarse en una cremallera para formar una estructura
superenrollada. Por tanto, las proteínas con estructura cremallera se
unen formado dímeros.

También presentan un grupo de aminoácidos básicos que son los que

reconocen secuencias específicas del ADN. Al segmento básico junto
con la cremallera de leucina se le denomina estructura bZIP. Un ejemplo
de este tipo de factores de transcripción es AP-1, heterodímero formado
por las subunidades c-fos y c-jun.
HÉLICE-VUELTA-HÉLICE (HELIX-TURN-HELIX, HTH)

La estructura hélice-vuelta-hélice o hélice-giro-hélice (helix-turn-helix, HTH)

consta de dos hélices alfa cortas separadas por un giro. La segunda hélice es la
responsable de la unión al ADN. La otra hélice α estabiliza la interacción entre la
proteína y el ADN, pero no juega un papel particularmente fuerte en su
reconocimiento. La hélice de reconocimiento y su hélice precedente tienen
siempre la misma orientación relativa. Un aminoácido glicina permite el giro. Se
une al surco principal del ADN a través de una serie de puentes de hidrógeno y
varias interacciones de Van der Waals con bases expuestas. Una secuencia
similar la presentan las proteínas homeóticas, responsables de la organización
espacial de los segmentos corporales en Drosophila. Las proteínas homeóticas se
componen de 3 hélices alfa. La hélice 3 interacciona con el ADN, mientras que las
hélices 1 y 2 interaccionan con otras proteínas.
HÉLICE-BUCLE-HÉLICE (HELIX-LOOP-HELIX, HLH)

La estructura hélice-asa-hélice o hélice-bucle-hélice (helix-loop-helix,

HLH) se caracteriza por dos α-helices conectadas por un bucle.

En general, los factores de transcripción que incluyen este dominio son

diméricos, cada uno con una hélice que contiene residuos de
aminoácidos básicos que facilitan la unión del ADN. Normalmente una
hélice es más pequeña y, debido a la flexibilidad del bucle, permite la
dimerización al doblarse y empacarse contra otra hélice. La hélice más
grande por lo general contiene las regiones de unión de ADN.

Las proteínas HLH típicamente se unen a una secuencia de consenso

llamada E-box (CANNTG).
REGULACIÓN POST-TRANSCRIPCIONAL

El procesamiento diferencial o splicing

alternativo permite obtener, a partir de un
mismo gen, proteínas diferentes con
distintas funciones. En algunos tejidos o
circunstancias, durante el procesamiento de
un ARNm se eliminan intrones, que se
mantienen en otros tejidos o circunstancias.
Por ejemplo, el gen de la calcitonina en el
tiroides da lugar al péptido calcitonina, pero
en el hipotálamo produce el péptido CGRP.
REGULACIÓN POST-TRANSCRIPCIONAL

Otro punto clave en la regulación de la expresión génica es el

control de la translocación del núcleo al citoplasma. Se
calcula que solo el 5% de los ARNm sintetizados pasan al
citoplasma a través de los poros nucleares.

La exportación del ARNm del núcleo al citoplasma depende del

receptor conservado Mex67-Mtr2 y de varias proteínas
adaptadoras.

En este proceso intervienen varias proteínas que se asocian al

ácido nucleico en el núcleo y el citoplasma y que modulan su
transporte. Por ejemplo, la unión a las proteínas SR hacen
preferente el transporte del ARNm al citoplasma, mientras que la
unión a las hnRNP la impiden.
REGULACIÓN TRADUCCIONAL

La regulación de la expresión génica a nivel traduccional también comprende

varios mecanismos, como son el control de la localización celular del ARNm, el
control de la estabilidad del ARNm, el control de la velocidad de inicio de la
traducción o la actuación de los ARN de interferencia.

Además, se puede controlar la expresión génica por la alteración de factores y

enzimas, la concentración citoplasmática de los tRNAs y la concentración de las
subunidades ribosomales para formar los polirribosomas, entre otros.
 CONTROL DE LA DEGRADACIÓN DEL ARN MENSAJERO

El espectro de proteínas sintetizadas por una célula es en gran medida un reflejo de la abundancia de sus plantillas de ARNm.
Dicha abundancia es consecuencia de la combinación de sus tasas de síntesis y degradación.

Las moléculas de ARN son poco estables, y son rápidamente degradadas en el citoplasma por las nucleasas. Pero los ARNm
eucariotas están protegidos de las exonucleasas por sus extremos modificados: el capuchón de 7 guanosinas metiladas protege
contra el ataque del extremo 5‘, y la cola de poli(A), en asociación con las proteínas ligadas, protege contra el ataque de 3'. La
unión de las proteínas PABP (polyA-binding proteins) ralentiza la degradación del ARNm. Además, la presencia de determinadas
secuencias en la región 3´UTR afecta la velocidad con la que se degrada la cola de poli-A.

En E. coli la vida media típica del ARNm es de unos 3

minutos, pero la vida media de los ARNm individuales
puede ser tan corta como 20 segundos o tan larga
como 90 minutos.
CONTROL DE LA DEGRADACIÓN DEL ARN MENSAJERO

La degradación de la inmensa mayoría de los ARNm depende de la deadenilación; es decir, la degradación se

inicia por la ruptura de su cola protectora de poli(A). La cola de poli(A) de un ARNm recién sintetizado (alrededor de
200 nt) está sujeta a un acortamiento gradual al entrar en el citoplasma, un proceso catalizado por nucleasas
específicas de poli(A), también llamadas deadenilasas.

Cuando la cola presenta unos 10-12 residuos de adenosina, la degradación se acelera por dos vías.

• En la primera de ellas, la eliminación del capuchón 5´ que produce un extremo de ARN monofosforilado,
sustrato para la exonucleación procesiva de 5' a 3' Xrn1, que digiere rápidamente el ARNm.
• En la otra vía, la degradación del ARNm va en sentido 3`-5` y es catalizado por el exosoma, un complejo en
forma de anillo que consiste en un núcleo de nueve subunidades con una o más proteínas adicionales
adheridas a su superficie.
• Se han descrito otras cuatro vías para la degradación del ARNm, específicas de ciertos subconjuntos de ARNm,
y normalmente implican eventos regulados de degradación.
CONTROL DE LA DEGRADACIÓN DEL ARN MENSAJERO

Algunos elementos cis específicos afectan la tasa de degradación de un ARNm.

Los elementos desestabilizadores (ED) pueden acelerar la degradación del ARNm, mientras que los
elementos estabilizadores (SEs) pueden reducirla.

Los elementos ricos en A-U (AREs) son elementos desestabilizadores comunes en los mamíferos y
se unen a una variedad de proteínas.

Algunas proteínas de unión a los ED interactúan con componentes de la maquinaria de degradación.

Los elementos estabilizadores se producen en algunos ARNm de gran estabilidad.

Las tasas de degradación de los ARNm pueden ser alteradas en respuesta a una variedad de
señales.
CONTROL DE LA LOCALIZACIÓN CELULAR

Los ARNm se traducen en el sitio que se localizan en el

citoplasma. En la región 3´UTR se encuentran las
secuencias con la información de la localización
citoplasmática del ARNm, llamadas códigos zip. Existen
proteínas que reconocen estos códigos zip y que median
en su localización. Además, los microtúbulos y las
proteínas motoras desempeñan una función importante en
el transporte de los ARNm a sus localizaciones específicas.

La localización del ARNm cumple varias funciones

importantes en los organismos eucarióticos.
CONTROL DEL INICIO DE LA TRADUCCIÓN

Existen diferentes mecanismos que regulan la tasa de traducción de los ARNm

en respuesta a estímulos celulares cambiantes. Algunos afectan de forma global
a todos los ARNm, como puede ser la modificación de los factores que
participan en la traducción.

Por ejemplo, en respuesta a estímulos estresantes, se activa una proteína

quinasa (existen 4 diferentes) que fosforila al factor de iniciación eIF2, lo que
bloquea la síntesis de proteínas.
CONTROL DEL INICIO DE LA TRADUCCIÓN

Otros mecanismos son específicos, a través del reconocimiento

de elementos específicos en las UTR de los ARNm.

Por ejemplo, en la región 5´UTR del ARNm de la ferritina

(proteína que secuestra hierro en el citoplasma celular) hay una
secuencia llamada elemento de respuesta al hierro (IRE) a la que
se une la proteína reguladora de hierro (IRP). Cuando la
concentración de hierro es baja, la IRP se une al IRE, lo que
provoca la represión de la traducción de la ferritina. Cuando hay
hierro en el citoplasma, se une a la IRP, lo que provoca que se
libere del IRE y se produzca la traducción del ARNm de la
ferritina.
CONTROL POR ARN DE INTERFERENCIA

Los ARN de interferencia, especialmente los miRNA, controlan la traducción del ARN mediante
diferentes mecanismos.

Los microARN o miRNA son pequeñas moléculas de ARN monocatenario de 22 nt, parcialmente
complementarias a su secuencia diana, que se unen a otras moléculas de ARN formando una
molécula de ARN bicatenaria. Puede provocar diferentes efectos:

• Impedir el ensamblaje del ribosoma sobre el ARNm: si esta unión se realiza sobre la secuencia
Shine-Dalgarno, por ejemplo.
• Control de la estabilidad del ARNm: la célula reconoce al ARN bicatenario como extraño, por lo
que las exonucleasas lo degradan
• Bloqueo de splicing o de transporte al citoplasma: propio de las células eucariotas
REGULACIÓN A NIVEL POST-TRADUCCIONAL

Las proteínas recién sintetizadas pueden sufrir modificaciones postraduccionales (glicosilaciones,

fosforilaciones, acetilaciones, ribosilaciones, etc…) que son, a su vez, una manera de controlar la
expresión de los genes en eucariotas. Por ejemplo, la unión de grupos prostéticos a glicoproteínas y
lipoproteínas.

Una misma proteína puede sufrir distintas modificaciones, lo que dará lugar a productos con
funcionalidad diferente. Así, muchos precursores de neuropéptidos y neurohormonas son
procesados por diferentes proteasas en función del tipo celular, obteniéndose diferentes productos
finales.
REGULACIÓN A NIVEL POST-TRADUCCIONAL

También se da el caso de poliproteínas que sufren cortes. Por ejemplo, la insulina está formada por
dos cadenas polipeptídicas. Primero se sintetiza la preproinsulina, que es una cadena de 86
aminoácidos. A continuación, se elimina el péptido señal y queda la proinsulina (62 aminoácidos),
que va a sufrir un plegamiento tridimensional. Por último, se eliminan 31 aminoácidos por cortes
internos dando la insulina activa.

Otra vía de control es la activación de enzimas por cortes efectuados por proteasas como la
quimiotripsina. La forma precursora de muchas enzimas es inactiva. Se activan después de ser
cortadas en puntos específicos.
REGULACIÓN A NIVEL POST-TRADUCCIONAL

Aunque no es propiamente una regulación de la expresión génica, la regulación de la estabilidad de

las proteínas está muy relacionada. La degradación de las proteínas la realizan los proteosomas,
que reconocen si las proteínas están poliubiquitinadas. Los aminoácidos terminales determinan la
unión a ubiquitina (mediada por las ligasas de ubiquitina). Los aminoácidos Met, Gly, Ala, Ser, Thr y
Val se consideran estabilizadores, mientras que los aminoácidos Ile, Gln, Tyr, Glu, Pro, Leu, Phe,
Asp, Lys y Arg son desestabilizadores. Otras proteínas portan una secuencia interna específica de
aminoácidos llamada degrón que asegura que no sobrevivan mucho tiempo dentro de la célula.
BIBLIOGRAFIA

1. Krebs JE, Lewin B, Kilpatrick ST, Goldstein ES (2014) Lewin’s genes XI, 11th ed. Jones &
Bartlett Learning, Burlington, Mass

2. Solomon EP, Berg LR, Martin DW (2011) Biology, 9th ed. Brooks/Cole, Belmont, CA.

3. Alberts B (2015) Molecular biology of the cell, Sixth edition. Garland Science, Taylor and Francis
Group, New York, NY

4. Karp G, Patton JG (2013) Cell and molecular biology: concepts and experiments, 7th ed. John
Wiley, Hoboken, NJ
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