Práctica 1. Seguimiento del tutorial y resultados.

1. Utilizando los dominios EMBL ó NCBI, acceda a la secuencia NP_000325.4

(Este será denominado TARGET_1)
> NP_000325.4 proteína de canal de sodio tipo 4 subunidad alfa [Homo sapiens]
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2. Descarga el programa Bioedit y copia la secuencia TARGET_1

3. ¿Cuál es la clave de identificación del organismo (taxonomy ID) a la que

corresponde dicha secuencia?
taxón: 9606
4. En la base de datos AmiGO 2 encuentra la entrada GO:0005887 y explica
qué relación tiene con la proteína target
Ambos son componentes de la membrana plasmática y se encuentran en la
periferia de la célula, que tiene parte de su secuencia peptídica incrustada en la
región hidrofóbica de la membrana y son descendientes directos.
5. ¿Cuál es la función molecular de la entrada GO:0005248 y qué relación
tiene con el TARGET_1?
Ambos son canales de sodio, se encuentran incrustados en la membrana
plasmática y permiten la transferencia transmembrana de un ion de sodio por un
canal controlado por voltaje.

6. Copia la información de la sección “Sequence databases” de uniprot de la

entrada P35499 (TARGET_2); encuentra y localiza en esta sección la
secuencia del ARNm y guárdala en formato FASTA.
>sp|P35499|SCN4A_HUMAN Sodium channel protein type 4 subunit alpha
OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SCN4A PE=1 SV=4
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7. Utilizando la base de datos Genome identifica el locus 17q23.3 del

taxonomy ID: 9606. y encuentra cual es la relación que tiene con los targets 1
y 2.
Es la misma región en la que se encuentra el canal de sodio dependiente de
voltaje subunidad 4.

8. Localiza el Gene ID que se estudia en la entrada PMID: 28330959 de

pubmed.
ID gen: 6329
9. Extrae la secuencia 63938554-63972918 de la cadena complementaria del
cromosoma NC_000017.11

10. En la base de datos genes utiliza la herramienta “sequence text view” e

identifica y colorea en el reporte los intrones y exones en la secuencia gene
ID: 6393.
Rojo: Intrones
Verde: Exones
11. Identifique el gen del TARGET_1 y extraiga su secuencia incluyendo
2000 pb rio arriba del codón de inicio de la traducción (en dirección 5’) y
1000 pb rio abajo del codón de paro en dirección 3’ y márquelas con colores
en un documento electrónico.
Duda*

12. Analice la Secuencia_1 en la plataforma pfam y determine la relación que

tiene con la entrada scop ID: 81323 e interpro ID: IPR005821
Ambos transportan iones, poseen actividad de canal iónico regulado por voltaje,
son proteínas de membrana y superficie celular. Comparten el mismo dominio.
Pertenecen a la misma familia:
Family: Ion_trans (PF00520)

13. Utilizando la plataforma PANTHER identifique genes pertenecientes a la

familia a la que pertenece el gen del target_2 para los siguientes
organismos:
a) Canis lupus familiaris
b) Schizosaccharomyces pombe
No hay
c) Felis catus

d) Mus musculus

e) Rattus norvegicus

14. Utilizando los programas Clustal W o Clustal Omega Elabora un

alineamiento múltiple de secuencias utilizando la información de las
siguientes proteínas. Guarda los datos e identifica cual es la identidad y la
similitud con la secuencia Query (esta información la encontraras en la
matriz de correlación).