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Resumen
Los glicanos son molé culas estructuralmente diversas que se encuentran en la superficie de las
cé lulas vivas. El protocolo detalla un sistema desarrollado para el aná lisis combinado de glucano y
ARN en cé lulas individuales (scGR-seq) utilizando cé lulas madre pluripotentes inducidas por hu‐
manos (hiPSC) y cé lulas progenitoras neurales (NPC) derivadas de hiPSC. scGR-seq consta de per‐
files de glicanos basados en lectina con có digo de barras de ADN mediante secuenciació n (scGly‐
can-seq) y perfiles de transcriptomas unicelulares (scRNA-seq). scGR-seq será una té cnica esencial
para delinear la heterogeneidad celular de los glucanos en los sistemas multicelulares.
Para obtener detalles completos sobre el uso y la ejecució n de este perfil, consulte Minoshima et
al. (2021) .
Áreas temáticas: biología celular, cultivo celular, cé lula ú nica, genó mica, secuenciació n, RNAseq
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El siguiente protocolo describe los pasos específicos para usar cé lulas madre pluripotentes indu‐
cidas por humanos (hiPSC) y cé lulas progenitoras neurales (NPC) derivadas de hiPSC. Sin em‐
bargo, tambié n hemos utilizado este protocolo en otras cé lulas, como fibroblastos dé rmicos hu‐
manos, neuronas derivadas de hiPSC y varias líneas celulares.
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Figura 1
(B) Ilustració n esquemática de scGlycan-seq, scRNA-seq y scGR-seq. Figura reimpresa con permiso de Minos‐
hima et al. (2021) .
Para scRNA-seq, usamos RamDA-seq, un mé todo de secuenciació n de ARN total de una sola cé lula
basado en placas ( Hayashi et al., 2018 ).
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1. Lave 20 g de gel Sepharose CL-4B usando un filtro de vidrio en 500 ml de agua Milli-Q.
2. Suspender el gel Sepharose CL-4B en 30 ml de agua Milli-Q y agregar 3 ml de epiclorhidrina y
13 ml de NaOH 2 N seguido de incubació n a 40 °C durante 2 h con agitació n.
3. Lave la Sepharose CL-4B con 500 ml de agua Milli-Q.
4. Disolver 10 mmol de ligandos de azú car para lectinas (vertabla 1) en 80 mL de NaOH 0,1 M
(pH 13,0) y mezclar todo con Sepharose CL-4B activada con epoxi (preparada en el paso 3).
Incubar a 40 °C durante 24 h y luego lavar con 500 ml de agua Milli-Q.
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tabla 1
Listas de lectinas
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ATCGGAAGAGCACAC
2 SCN Sambucus α2-6Sia CGACGCTCTTCCGATCTCTGTGCCG Laca
nigra CTAGCCAGGGTTGGACTGTCAGAT
CGGAAGAGCACAC
3 SSA Sambucus α2-6Sia CGACGCTCTTCCGATCTCTGGCACT Laca
sieboldiana CGTTGCTGGGTCTGGGGACGTCAG
ATCGGAAGAGCACAC
4 TJAI Trichosanthes α2-6Sia CGACGCTCTTCCGATCTCTGACAG
Laca
japónica CTACTCGTGCGGGAAAGCAGTCAG
ATCGGAAGAGCACAC
5 rPSL1a Polyporus α2-6Sia CGACGCTCTTCCGATCTCTGGGTC
Laca
escamoso TGGGGTCAACTCCGTGGCGTGTC
AGATCGGAAGAGCACAC
6 rDiscoidinII Dictyostelium LacNAc, Galβ1- CGACGCTCTTCCGATCTCTGGGCG
Laca
dicodeum 3GalNAc (T), AAGTCTCAATCGGCGATCGGGTC
AGATCGGAAGAGCACAC
8 rC14 Gallus gallus LacNAc CGACGCTCTTCCGATCTCTGACCC
Laca
domesticus ramificado AAGGCGATCTGACTGTCCACCGTC
AGATCGGAAGAGCACAC
9 GSLII Griffonia bisectriz de CGACGCTCTTCCGATCTCTGTCCT
GlcNAc
simplicifolia GlcNAc CCAAGGAGCCGCCACACCGTCA
GATCGGAAGAGCACAC
10 rSRL Sclerotium Core1,3, CGACGCTCTTCCGATCTCTGCGTG
GlcNAc
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Nota: 1 g de Sepharose gel contiene 0,5 mmol de grupos epoxi. La cantidad de gel a preparar
puede reducirse en función de la escala de purificación.
Duración: 1 día
9. Mezcle 100 μL de lectina (1 mg/mL en PBS) con una concentració n de 10x de é ster de
dibencilciclooctino-N-hidroxisuccinimida fotoescindible (PC-DBCO-NHS) e incube a 20 °C
durante 1 hora en la oscuridad.
10 Agregue 10 l de Tris-HCl 1 M (pH 8,0) e incube a 20 °C durante 15 min en la oscuridad para
bloquear el exceso de PC-DBCO-NHS.
11 Despué s de la incubació n, retire el PC-DBCO-NHS libre utilizando la columna miniatura de
desalinizació n G-25 (ver materiales y equipos ).
12 Añ adir 200 μM de 5′-azida-DNA (concentració n 10×, vertabla 1) a la PC-DBCO-lectina para
generar lectinas con có digo de barras de ADN.
Duración: 2 días
13 La columna de Sepharose CL-4B inmovilizada con azú car (1 ml en una columna en miniatura)
se lava con 1 ml de PBSE a 4°C.
14 Agregue 100 μL de PBSE a las soluciones de lectina con có digo de barras de ADN y aplíquelas
en la columna Sepharose CL-4B inmovilizada con azú car. Recuperar la fracció n de flujo
continuo (100 l).
15. Lave la columna Sepharose CL-4B inmovilizada con azú car con 400 l de PBSE tres veces.
Recuperar cada una de las fracciones de lavado (400 μL cada una).
dieci Agregar 400 μL de la solució n de elució n que comprende PBSE que contiene un azú car
sé is. apropiado para cada lectina (vertabla 1). Repita este paso tres veces. Recuperar cada una de
las fracciones de elució n (400 μL cada una).
17 Analizar las lectinas con có digo de barras de ADN por SDS-PAGE (Figura 2). Mezcle 4 μL de
cada fracció n de los pasos de purificació n (solo lectina, flujo continuo, lavado, elució n) con 4
μL de tampó n de muestra SDS. Volver arriba
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Figura 2
(A) Ilustració n del proceso de reacció n para conjugar oligonucleó tidos de ADN a lectina.
(B) rBC2LCN muestra una sola banda a 16 kDa (carril 1). El rBC2LCN con có digo de barras de ADN exhibió
una banda de frotis de alto peso molecular a >140 kDa (carril 2). La escisió n de los có digos de barras de ADN
de rBC2LCN por exposició n UV colapsa el frotis al PM de rBC2LCN (16 kDa) (carril 3). Figura reimpresa con
permiso de Minoshima et al. (2021) .
18 Cargue 8 μL de las muestras, así como 5 μL de marcador de tamañ o de proteína preteñ ido en
gel SDSPAGE al 17 %. Ejecute el SDSPAGE utilizando el bú fer de ejecució n SDS a 100 V durante
20 min.
19 Mancha el gel SDSPAGE con GelRed seguido del protocolo del fabricante. Este paso puede teñ ir
tanto los có digos de barras de ADN conjugados con lectina como los libres de manchas.
20 Mancha el gel SDSPAGE con reactivos de tinció n de plata seguido por el protocolo del
fabricante. El gel utilizado para la tinció n GelRed se puede utilizar para la tinció n con plata.
21 Recupere las fracciones de elució n y dialice las lectinas purificadas con có digo de barras de
ADN frente a PBS 0,1x (para diá lisis) utilizando Tube-O-Dialyzer, Medi 8kD.
22 Concentrar las lectinas con có digo de barras de ADN utilizando un filtro centrífugo (Amicon
ultra 0,5 mL 10K) con un peso molecular de corte de 10 kDa.
23 Cuantifique la concentració n de proteína y ADN con el kit de reactivos Bradford y Quant-iT
OliGreen ssDNA, respectivamente, y determine la proporció n de ADN a lectina.
24 Mezcle 41 sondas con có digo de barras de ADN (5 μg/mL, concentració n final, para cada
lectina) (tabla 1) en un tubo de 1,5 mL y llene hasta 100 μL con PBS/BSA.
25 Guá rdelo a −30°C.
Nota: Se puede usar cualquier lectina para scGR-seq, pero recomendamos verificar si las lecti‐
nas no reaccionan entre sí mediante ensayos como la transferencia de lectina. Etiquetamos 41
sondas con códigos de barras de ADN (tabla 1), que cubren una amplia gama de glucanos
como los glucanos sialilados, galactosilados, manosilados, GlcNAcilados y fucosilados. Volver arriba
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Precaución : Algunas lectinas se eluyen en fracciones de lavado. En este caso, recupere las frac‐
ciones de lavado y utilícelas para los experimentos.
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anticuerpos
Materiales y equipamiento
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Nota: Disuelva trihidrato de acetato de sodio y NaCl con 500 mL de MilliQ, ajuste el pH a 4,0
con ácido acético y llene hasta 1 L con MilliQ.
Nota: Disuelva Tris-HCl y NaCl con 500 mL de MilliQ, ajuste el pH a 4,0 con ácido acético y
llene hasta 1 L con Milli Q.
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Tris-HCl 25 mm 3,03g
Glicina 192 mm 14,4 gramos
SDS 0,1% 1 gramo
PBSE
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Nota: Lave Sephadex G-25 fine con TBS y dispense 0,8 ml de Sephadex G-25 fine en la columna
y guárdela a 4 °C.
PBS/BSA
Nota: Filtre el reactivo con una membrana de PVDF de 0,22 μm y guárdelo a 4 °C.
PBS/BSA/ CaCl2
PBS/BSA n/A 1L
CaCl2 _ 1 mm N/A
Total n/A 1L
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Nota: alicuotar y almacenar a −20°C; sin embargo, puede almacenarse entre 2 °C y 8 °C du‐
rante un máximo de 2 semanas si no se usa de inmediato.
CRÍTICO: realice todos los experimentos de cultivo celular dentro de un gabinete de bio‐
seguridad y use equipo de protección personal, incluidos guantes y gafas.
Duración: 11 días
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Duración: 2 días
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CRÍTICO: se debe agregar CaCl 2 en la solución cuando usa lectinas, que requieren calcio para la actividad
de unión de glicanos.
una. Dispense cé lulas individuales en la tapa de tiras ó pticas planas de 8 tapas (para tubos de 0,2
ml) seleccioná ndolas manualmente con el sistema TOPick I Live Cell Pick u otros mé todos.
b. Cubra los tubos con la tapa que contiene cé lulas individuales, gire hacia abajo y manté ngalos
en hielo.
21 Exponga las cé lulas a la luz ultravioleta durante 15 minutos usando la lá mpara de banco UVP
Blak-Ray XX-15L UV para liberar los có digos de barras de ADN de las lectinas.
22 Centrifugar a 3.549 × g durante 30 s a 4 °C y transferir el sobrenadante a una nueva tira de 8
tubos de 0,2 ml, mantenida en hielo.
CRÍTICO: Tenga cuidado de no tocar las células con la punta de la pipeta. Puede dejar
0,5 μL de sobrenadante en el tubo.
23 Agregue 2,5 l de tampó n de lisis celular en el tubo y cubra el tubo con una tapa.
24 Centrifugue y almacene a -80 °C para secuencias de ARN de una sola cé lula (consulte la
siguiente secció n " secuencia de ARN de una sola cé lula ".
25 Realice PCR para amplificar los có digos de barras de ADN para la secuenciació n.
una. Prepare la mezcla de PCR de la siguiente manera: cada muestra contiene 25 μL de volumen
de reacció n total: 9,75 μL de sobrenadante (plantilla), 12,5 μL de NEBNext UltraII Q5 Master
Mix, 0,25 μL de cebador índice i5 (100 mM) y 2,5 μL de i7 cebador índice (10 mM).
b. Realice las reacciones de PCR de la siguiente manera.
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CRÍTICO: Cuando las cuentas se secan, el color de las cuentas se vuelve más claro.
Si se secara demasiado, sería difícil de eluir.
gra Retire el microtubo de 1,5 ml del soporte magné tico y agregue 160 l de Tris 10 mM (pH 8,5).
mo.
H. Pipetear suavemente el contenido 10 veces e incubar a temperatura ambiente durante 2
min.
i. Exponga el tubo al soporte magné tico y recoja con cuidado el sobrenadante en un tubo de
15 ml.
una. Agregue 5 volú menes de DNA Binding Buffer al tubo de 15 ml y mezcle brevemente con
vortex.
b. Transfiera la mezcla a un tubo de recolecció n que contenga una columna Zymo-Spin.
C. Centrifugar durante 30 s y desechar el flujo continuo.
d. Agregue 200 μL de DNA Wash Buffer a la columna y centrifugue durante 30 s. Repita el
paso de lavado.
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28 Utilice 6,5 μL de la fracció n de elució n para analizar el tamañ o y la cantidad de los productos
de PCR, utilizando el sistema de electroforesis de microchip, MultiNA con el kit DNA-500, de
acuerdo con las instrucciones del fabricante. Aparecerá una sola banda entre 150 y 175 pb si
la biblioteca de ADN se construye con éxito.
Alternativas: Para el análisis del tamaño y la cantidad de los productos de PCR, se podría
considerar Agilent Bioanalyzer o Agilent TapeStation.
30 PhiX desnaturalizante
una. Mezcle 1 l de PhiX 10 nM, 4 l de agua libre de nucleasas y 5 l de NaOH 0,1 N para un total de
10 l, 1 nM de Phix. Mezcle brevemente con vó rtex y centrifugue.
b. Incubar a temperatura ambiente durante 5 min y enfriar en hielo. Volver arriba
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31 Mezcle 540 μL de ADN de biblioteca (paso 29) con 130 μL de 8 pM PhiX (paso 30).
32. Calentar a 96 °C durante 2 min y enfriar en hielo inmediatamente seguido de incubació n
durante 5 min.
33. Cargue 600 μL de la mezcla de bibliotecas en el cartucho de reactivos del kit de reactivos MiSeq
y ejecute la configuració n de acuerdo con las instrucciones del fabricante.
34. Prepare la biblioteca de ADNc utilizando un mé todo de secuenciació n de ARN total de longitud
completa, secuenciació n de amplificació n de desplazamiento aleatorio (RamDA-seq), a partir de
cé lulas individuales, de acuerdo con las instrucciones del fabricante.
35. Cuantifique el ADN de la biblioteca a partir de muestras individuales derivadas de cé lulas
individuales, utilizando el sistema de electroforesis de microchip, MultiNA con el kit DNA-
12000, de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Aparecerá una banda de 150 a 600 pb
si la biblioteca de ADN se construye con éxito.
36. Reú na y mezcle cada biblioteca de ADN y transfiera 50–100 fmol a un tubo de 1,5 ml.
37. Secuenciar el ADN de la biblioteca mixta utilizando un secuenciador de pró xima generació n
como Novaseq6000 de acuerdo con las pautas del secuenciador.
Resultados esperados
Una salida exitosa de scGR-seq asciende a aproximadamente 5000 del total de recuentos de có di‐
gos de barras de ADN. En el caso de scRNA-seq, deberían detectarse aproximadamente 10.000 ge‐
nes. En UMAP, las hiPSC y las NPC se separan en dos grupos en funció n de los datos de Glycan-seq
y RNA-seq (figura 3). La lectina específica de hiPSC, rBC2LCN, muestra una mayor unió n a hiPSC
que a NPC (Figura 4A). Por el contrario, rBanana muestra una mayor unió n a NPC que hiPSC (
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Figura 4A). hiPSCs muestran una mayor expresió n de genes específicos de hiPSC como NANOG y
POU5F1 (Figura 4B); en comparació n, los NPC muestran una mayor expresió n de genes marcado‐
res de NPC como NES (NESTIN), PAX6 y SOX1 (Figura 4B).
figura 3
(A-C) Gráfica UMAP basada en (A) solo los datos de scRNA-seq y (B) solo los datos de scGlycan-seq, y (C) los da‐
tos de scRNA-seq y scGlycan-seq (scGR-seq) de hiPSC (n = 53, rojo) y NPC (n = 43, verde). Figura reimpresa con
permiso de Minoshima et al. (2021) .
Figura 4
(B) Gráficos de violín de 41 expresió n génica marcadora de células seleccionadas en datos de scRNA-seq. Rectán‐
gulo rojo: marcador iPSC, Rectángulo verde: marcador NPC. Figura reimpresa con permiso de Minoshima et al.
(2021) .
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Preprocesamiento de datos
Nuestro software desarrollado internamente, Barcode DNA counting system (Mizuho Information
& Research Institute, Inc., Tokio, Japó n), procesó la lectura de Glycan-seq en el formato FASTQ, al
que se puede acceder desde github ( https://github. com/bioinfo-tsukuba/barcode-dna-counting-
system ). Cada secuencia de lectura se alinea con la referencia del có digo de barras de ADN que
corresponde a cada lectina en este sistema. Se acomodaron al má ximo dos desajustes en la regió n
lateral y un desajuste en la regió n media. Como resultado, los datos de conteo del có digo de ba‐
rras de ADN en cada celda son una lectura. Cada recuento de lectina se normaliza con el recuento
total del có digo de barras de ADN y se expresa como % del recuento total.
Control de calidad
Los datos de conteo extremadamente bajos pueden inducir un sesgo de datos en scGlycan-seq; es
necesario verificar si el nú mero total de có digos de barras influye en el componente 1 o el compo‐
nente 2 obtenido del aná lisis de componentes principales (Figura 5A). Si se detecta el sesgo de‐
pendiente del conteo total, entonces se determina un valor de corte del conteo total del có digo de
barras mediante el mé todo de Otsu usando R con paquetes tidyverse de la siguiente manera (
Otsu, 1979 ) (Figura 5B).
si (log10transformar){
x_original <- x
x <- log10(x)
} Volver arriba
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n <- longitud(x)
sigma <- 0
th <- 0
for(th_now en search_space){
}
}
si (log10transformar){
}
return(lista(sigma=sigma, umbral=th))
}
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df1 %>%
3. Realice la binarizació n en datos de conteo total transformados por log10 con el mé todo de
Otsu
imprimir(res_otsu$umbral)
eps %>%
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geom_point(aes(color = filtrado)) +
geom_hline(yintercept=res_otsu$umbral) +
tema_bw() +
escala_color_discreto(
nombre="Filtrado",
descansos=c(VERDADERO, FALSO),
laboratorios(x="") -> g
parcela(g)
Figura 5
(A) Ejemplo de conjunto de datos total de scGlycan-seq sesgado por có digo de barras. Gráfica de análisis de com‐
ponentes principales (PCA) de datos de scGlycan-seq de 96 fibroblastos ( izquierda ). Gráfico de dispersió n del
componente 1 (PC1) o del componente 2 (PC2) del análisis de componentes principales y el recuento total de có ‐
digos de barras ( centro , derecha ). El componente 1 muestra el sesgo total dependiente del conteo.
(B) Histograma del recuento total de có digos de barras. La línea negra indica el valor de corte que se calcula me‐
diante el método de Otsu usando R. Figura reproducida con permiso de Minoshima et al. (2021) .
En los datos de scRNA-seq, las cé lulas con datos de baja calidad está n determinadas por varios
pará metros, como el recuento de lecturas, el recuento de genes o la relació n de lectura mitocon‐
drial con el paquete Seurat R (versió n 4.02). Las cé lulas muertas/dañ adas exhibieron un bajo re‐
cuento de lecturas y una mayor proporció n de lecturas mitocondriales, mientras que las cé lulas
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agregadas mostraron un recuento de lecturas anormalmente alto. Dado que un valor de corte ó p‐
timo para excluir celdas de baja calidad depende del tipo de celda, la profundidad de lectura y la
calidad de lectura, debe determinarse por conjunto de datos individuales.
Limitaciones
Al igual que la citometría de flujo y la micromatriz de lectina, las cantidades absolutas de glicanos
y las estructuras precisas de los glicanos no se pueden determinar directamente a partir de las in‐
tensidades de señ al descritas anteriormente. Otra limitació n del sistema actual es el rendimiento.
Dado que scGR-seq es una plataforma basada en placas, el procesamiento del nú mero de cé lulas
se limita a cientos de cé lulas, mientras que puede realizar una secuenciació n de ARN total de lon‐
gitud completa ( Hayashi et al., 2018 ). Por el contrario, los mé todos basados en gotas, como 10×
Genomics (CITE-seq), pueden secuenciar miles de cé lulas a la vez, pero se dirigen solo a los extre‐
mos 3′ de las transcripciones de poli(A) ( Baran-Gale et al., 2018 ).
Solució n de problemas
Problema 1
La proporció n molar del có digo de barras de ADN en relació n con la lectina es demasiado baja (
paso 23 de " purificació n de lectinas con có digo de barras de ADN ").
Solucion potencial
Problema 2
Las cé lulas pueden aglutinarse parcialmente despué s de la incubació n con lectinas con có digo de
barras de ADN ( paso 19 de “ single cell glycan-seq ”).
Solucion potencial
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Las cé lulas pueden aglutinarse durante la incubació n con lectinas con có digo de barras de ADN.
Los agregados celulares se pueden eliminar utilizando un filtro de 100 μm. En el picking manual,
las celdas individuales se pueden seleccionar mediante inspecció n visual. En FACS, la selecció n con
FSC-H y FSC-W puede excluir del aná lisis las cé lulas agregadas.
Problema 3
No se detecta ninguna banda cuando los có digos de barras de ADN obtenidos de cada cé lula indi‐
vidual se ejecutaron en el sistema de electroforesis de microchip, MultiNA ( paso 28 de " seq de
glucano de cé lula ú nica ").
Solucion potencial
Se recomienda incluir muestras a granel (1 × 10 4 cé lulas) como control positivo para validar las
reacciones de PCR. Si la banda se detecta solo en muestras a granel, es probable que la cantidad
de có digos de barras de ADN obtenidos de cada cé lula individual sea demasiado baja. Incluso en
ese caso, puede ser detectable en un secuenciador de ú ltima generació n como Miseq si sigue el
protocolo del "paso 29: Desnaturalizació n del ADN de la biblioteca si la concentració n del ADN de
la biblioteca es < 4 nM".
Problema 4
La cantidad de biblioteca de cDNA obtenida de cada cé lula individual es inferior a 50–100 fmol
(paso 35 de “ single cell RNA-seq ”).
Solucion potencial
Mantenga un espacio experimental limpio para evitar la degradació n del ARN por contaminació n
con ARNasa.
Confirme que el etanol se seca despué s de los pasos de lavado de las perlas AMPure, ya que el
etanol domé stico puede inhibir las reacciones posteriores.
Remove low yield samples from sequencing analysis with Next-generation sequencer.
Include whole volume of low yield samples into the mixed cDNA library.
Problem 5
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6/9/22, 13:21 scGR-seq: análisis integrado de glucano y ARN en células individuales - PMC
High amount of primer dimers is detected around 110–130 bp when cDNA library obtained from
each single-cell were run on the microchip electrophoresis system, MultiNA (“single cell RNA-seq”
step 35).
Potential solution
Resource availability
Lead contact
Further information and requests for resources and reagents should be directed to and will be
fulfilled by the lead contact, Hiroaki Tateno (h-tateno@aist.go.jp).
Materials availability
Recombinant lectins are available from FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation or the lead
contact upon request.
Acknowledgments
This work was supported by JST PRESTO (JPMJPR16F6), JST A-STEP (JPMJTR20UD), JST-CREST
(JPMJCR17H2), and AMED-Prime (21gm6010018h0004) awarded to H.T. This research was also
supported by AMED Moonshot Research and Development Program (JP21zf0127005) awarded to
H.O.
Author contributions
H.T. designed research and wrote the paper. H. Odaka developed the experimental methods and
wrote the paper. H. Ozaki developed the data analytical methods.
Declaration of interests
Footnotes
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Supplemental information
The code of the barcode DNA counting system is available from github
(https://github.com/bioinfo-tsukuba/barcode-dna-counting-system).
References
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